View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF9868_low_1 (Length: 921)
Name: NF9868_low_1
Description: NF9868
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF9868_low_1 |
 | |
|
| [»] scaffold0051 (1 HSPs) |
| | |
|
Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 796; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 796; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 903
Target Start/End: Original strand, 26407292 - 26408182
Alignment:
| Q |
14 |
caaaggtgagaacggtgaagcttcaatctcttaagagagattatgaaaatgaaaggatgaaggagaacgagaacctaaacgaatacgtcaatagactctc |
113 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||| |
|
|
| T |
26407292 |
caaaggtgagaacggtgaagcttcaatctcttaagagagattatgaaaatgaaaggatgaaggagaacgagaacctgaacgaatacttcaacagactctc |
26407391 |
T |
|
| Q |
114 |
cgagttggtgaatcagatgaagtcacatggtgatacgatagaagatcgtagaattgttgacaaaattctgatcagtttgacagcaagatttgaccca-tg |
212 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
|
|
| T |
26407392 |
cgagttggtgaatcagatgaagtcacatggtgatacgatagaagatcgcagaattgttgacaaaattctgatcagtttgacagcaagatttgacccaatg |
26407491 |
T |
|
| Q |
213 |
gtgggtgtgatagaagaaaccaaggatctatcaaccttgactattcaagggttgatggggtctttgagatcctacgagcaaaggatgttacgacattctg |
312 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26407492 |
gtgggtgtgatagaagaaaccaaggatctatcaaccttgactattcaagggttgatggggtctttgagatcctacgagcaaaggatgttacgacattctg |
26407591 |
T |
|
| Q |
313 |
aaaaatcaattgagagtgcctttcaatctaaactcaacattcagcccaacaatggtgaaaataagccccaaatacaaactagaggtgagtcttctagagg |
412 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26407592 |
aaaaatcaattgagagtgcctttcaatctaaactcaacattcagcccaacaatggtgaaaataagccccaaatacaaactagaggtgagtcttctagagg |
26407691 |
T |
|
| Q |
413 |
tggcagatttggaagaggcagaggcagaggtcgaaactcacgtggcagatctggaagaagcgcaaatgacggaagatggaatgaatcatcaaacaaatgg |
512 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
26407692 |
tggcagatttggaagaggcagaggcagaggtcgaaactcacgtggcagatctggaagaagcgcaaatggcggaagatggaatgaagcatcaaacaaatgg |
26407791 |
T |
|
| Q |
513 |
tgcaaaatttgtaacagtggcactcatgacgagaaggactgttggtacaaaggcaaaccgcaatgccacaattgcaagagattcgggcaccttcaaaagg |
612 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26407792 |
tgcaaaatttgtaacagtggcactcatgacgagaaggactgttggtacaaaggcaaaccgcaatgccacaattgcaagagattcgggcaccttcaaaagg |
26407891 |
T |
|
| Q |
613 |
actgtcgtcttgcaaagcaacaacatgcttcgtacgcagaaggagaatctgatgaaggaaatttgttttatgcttgtcaaaaagcattgcatgnnnnnnn |
712 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26407892 |
actgtcgtcttgcaaagcaacaacatgcttcgtacgcagaaggagaatctgatgaaggaaatttgttttatgcttgtcaaaaagcattgcatgaagaaga |
26407991 |
T |
|
| Q |
713 |
nnnnnntgtatggtatttggacagcggctaaagcaaccatatgaccggacagaagggagcatttataaacactgattcttcatgtggctcaaaagttaaa |
812 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26407992 |
aaaaaatgtatggtatttggacagcggctgtagcaaccatatgaccggacagaagggagcatttataaacattgattcttcatgtggctcaaaagttaaa |
26408091 |
T |
|
| Q |
813 |
ttgggaaatggagaacatgttgaagtgaaagggaaaggaagcattggagtcaccatgaagcaaggaagcagagtcacacatgacacgctct |
903 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
26408092 |
ttgggaaatggagaacatgtcgaagtgaaagggaaaggaagcattggagtcaccacgaagcaaggaagcagagtcatacatgacacgctct |
26408182 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 55; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 103 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 17535720 - 17535526
Alignment:
| Q |
103 |
aatagactctccgagttggtgaatcagatgaagtcacatggtgatacgatagaagatcgtagaattgttgacaaaattctgatcagtttgacagcaagat |
202 |
Q |
| |
|
||||||||| | || |||||||| || ||||| || ||||| ||||| || |||||||||||||||||||| |||||| | || |||||| | || || |
|
|
| T |
17535720 |
aatagactcactgatttggtgaaccaaatgaaatctcatggagatacaattgaagatcgtagaattgttgataaaattttaatttgtttgattgaaaaat |
17535621 |
T |
|
| Q |
203 |
ttgaccc-atggtgggtgtgatagaagaaaccaaggatctatcaaccttgactattcaagggttgatggggtctttgagatcctacgagcaaagg |
296 |
Q |
| |
|
||| || ||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||| | | |||||| |||||||||| | |||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
17535620 |
atgatcctatggtggctgttatagaagaaactaaggatctatcaaccatgattgtccaagggctgatggggtcacttagatcctatgagcaaagg |
17535526 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 723 - 862
Target Start/End: Complemental strand, 17535108 - 17534969
Alignment:
| Q |
723 |
tggtatttggacagcggctaaagcaaccatatgaccggacagaagggagcatttataaacactgattcttcatgtggctcaaaagttaaattgggaaatg |
822 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||||| | ||||| |||||||| ||| | || | ||| || || ||| |||| | |||| |||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
17535108 |
tggtacttggacagcgggtgtagcaatcatatgacaggagataaagaagctttcattgacattgatccctcatttggctcaaaagttaaattaggaaatg |
17535009 |
T |
|
| Q |
823 |
gagaacatgttgaagtgaaagggaaaggaagcattggagt |
862 |
Q |
| |
|
||||| | ||||||| |||| ||||| |||||| |||| |
|
|
| T |
17535008 |
gagaattttttgaagttgaaggcaaagggagcattagagt |
17534969 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 792; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 792; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 903
Target Start/End: Complemental strand, 26901334 - 26900444
Alignment:
| Q |
14 |
caaaggtgagaacggtgaagcttcaatctcttaagagagattatgaaaatgaaaggatgaaggagaacgagaacctaaacgaatacgtcaatagactctc |
113 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||| |
|
|
| T |
26901334 |
caaaggtgagaacggtgaagcttcaatctcttaagagagattatgaaaatgaaaggatgaaggagaacgagaacctgaacgaatacttcaacagactctc |
26901235 |
T |
|
| Q |
114 |
cgagttggtgaatcagatgaagtcacatggtgatacgatagaagatcgtagaattgttgacaaaattctgatcagtttgacagcaagatttgaccca-tg |
212 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
|
|
| T |
26901234 |
cgagttggtgaatcagatgaagtcacatggtgatacgatagaagatcgcagaattgttgacaaaattctgatcagtttgacagcaagatttgacccaatg |
26901135 |
T |
|
| Q |
213 |
gtgggtgtgatagaagaaaccaaggatctatcaaccttgactattcaagggttgatggggtctttgagatcctacgagcaaaggatgttacgacattctg |
312 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26901134 |
gtgggtgtgatagaagaaaccaaggatctatcaaccttgactattcaagggttgatggggtctttgagatcctacgagcaaaggatgttacgacattctg |
26901035 |
T |
|
| Q |
313 |
aaaaatcaattgagagtgcctttcaatctaaactcaacattcagcccaacaatggtgaaaataagccccaaatacaaactagaggtgagtcttctagagg |
412 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26901034 |
aaaaatcaattgagagtgcctttcaatctaaactcaacattcagcctaacaatggtgaaaataagccccaaatacaaactagaggtgagtcttctagagg |
26900935 |
T |
|
| Q |
413 |
tggcagatttggaagaggcagaggcagaggtcgaaactcacgtggcagatctggaagaagcgcaaatgacggaagatggaatgaatcatcaaacaaatgg |
512 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
26900934 |
tggcagatttggaagaggcagaggcagaggtcgaaactcacgtggcagatctggaagaagcgcaaatggcggaagatggaatgaagcatcaaacaaatgg |
26900835 |
T |
|
| Q |
513 |
tgcaaaatttgtaacagtggcactcatgacgagaaggactgttggtacaaaggcaaaccgcaatgccacaattgcaagagattcgggcaccttcaaaagg |
612 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26900834 |
tgcaaaatttgtaacagtggcactcatgacgagaaggactgttggtacaaaggcaaaccgcaatgccacaattgcaagagattcgggcaccttcaaaagg |
26900735 |
T |
|
| Q |
613 |
actgtcgtcttgcaaagcaacaacatgcttcgtacgcagaaggagaatctgatgaaggaaatttgttttatgcttgtcaaaaagcattgcatgnnnnnnn |
712 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26900734 |
actgtcgtcttgcaaagcaacaacatgcttcgtacgcagaaggagaatctgatgaaggaaatttgttttatgcttgtcaaaaagcattgcatgaagaaga |
26900635 |
T |
|
| Q |
713 |
nnnnnntgtatggtatttggacagcggctaaagcaaccatatgaccggacagaagggagcatttataaacactgattcttcatgtggctcaaaagttaaa |
812 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26900634 |
aaaaaatgtatggtatttggacagcggctgtagcaaccatatgaccggacagaagggagcatttataaacattgattcttcatgtggctcaaaagttaaa |
26900535 |
T |
|
| Q |
813 |
ttgggaaatggagaacatgttgaagtgaaagggaaaggaagcattggagtcaccatgaagcaaggaagcagagtcacacatgacacgctct |
903 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
26900534 |
ttgggaaatggagaacatgtcgaagtgaaagggaaaggaagcattggagtcaccacgaagcaaggaagcagagtcatacatgacacgctct |
26900444 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 792; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 792; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 903
Target Start/End: Original strand, 24047682 - 24048572
Alignment:
| Q |
14 |
caaaggtgagaacggtgaagcttcaatctcttaagagagattatgaaaatgaaaggatgaaggagaacgagaacctaaacgaatacgtcaatagactctc |
113 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||| |
|
|
| T |
24047682 |
caaaggtgagaacggtgaagcttcaatctcttaagagagattatgaaaatgaaaggatgaaggagaacgagaacctgaacgaatacttcaacagactctc |
24047781 |
T |
|
| Q |
114 |
cgagttggtgaatcagatgaagtcacatggtgatacgatagaagatcgtagaattgttgacaaaattctgatcagtttgacagcaagatttgaccca-tg |
212 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
|
|
| T |
24047782 |
cgagttggtgaatcagatgaagtcacatggtgatacgatagaagatcgcagaattgttgacaaaattctgatcagtttgacagcaagatttgacccaatg |
24047881 |
T |
|
| Q |
213 |
gtgggtgtgatagaagaaaccaaggatctatcaaccttgactattcaagggttgatggggtctttgagatcctacgagcaaaggatgttacgacattctg |
312 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
24047882 |
gtgggtgtgatagaagaaaccaaggatctatcaaccttgactattcaagggttgatggggtctttgagatcctacgagcaaaggatgttacgacattctg |
24047981 |
T |
|
| Q |
313 |
aaaaatcaattgagagtgcctttcaatctaaactcaacattcagcccaacaatggtgaaaataagccccaaatacaaactagaggtgagtcttctagagg |
412 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
24047982 |
aaaaatcaattgagagtgcctttcaatcgaaactcaacattcagcccaacaatggtgaaaataagccccaaatacaaactagaggtgagtcttctagagg |
24048081 |
T |
|
| Q |
413 |
tggcagatttggaagaggcagaggcagaggtcgaaactcacgtggcagatctggaagaagcgcaaatgacggaagatggaatgaatcatcaaacaaatgg |
512 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
24048082 |
tggcagatttggaagaggcagaggcagaggtcgaaactcacgtggcagatctggaagaagcgcaaatggcggaagatggaatgaagcatcaaacaaatgg |
24048181 |
T |
|
| Q |
513 |
tgcaaaatttgtaacagtggcactcatgacgagaaggactgttggtacaaaggcaaaccgcaatgccacaattgcaagagattcgggcaccttcaaaagg |
612 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
24048182 |
tgcaaaatttgtaacagtggcactcatgacgagaaggactgttggtacaaaggcaaaccgcaatgccacaattgcaagagattcgggcaccttcaaaagg |
24048281 |
T |
|
| Q |
613 |
actgtcgtcttgcaaagcaacaacatgcttcgtacgcagaaggagaatctgatgaaggaaatttgttttatgcttgtcaaaaagcattgcatgnnnnnnn |
712 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
24048282 |
actgtcgtcttgcaaagcaacaacatgcttcgtacgcagaaggagaatctgatgaaggaaatttgttttatgcttgtcaaaaagcattgcatgaagaaga |
24048381 |
T |
|
| Q |
713 |
nnnnnntgtatggtatttggacagcggctaaagcaaccatatgaccggacagaagggagcatttataaacactgattcttcatgtggctcaaaagttaaa |
812 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
24048382 |
aaaaaatgtatggtatttggacagcggctgtagcaaccatatgaccggacagaagggagcatttataaacattgattcttcatgtggctcaaaagttaaa |
24048481 |
T |
|
| Q |
813 |
ttgggaaatggagaacatgttgaagtgaaagggaaaggaagcattggagtcaccatgaagcaaggaagcagagtcacacatgacacgctct |
903 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
24048482 |
ttgggaaatggagaacatgtcgaagtgaaagggaaaggaagcattggagtcaccacgaagcaaggaagcagagtcatacatgacacgctct |
24048572 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 784; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 903
Target Start/End: Original strand, 23675406 - 23676296
Alignment:
| Q |
14 |
caaaggtgagaacggtgaagcttcaatctcttaagagagattatgaaaatgaaaggatgaaggagaacgagaacctaaacgaatacgtcaatagactctc |
113 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||| |
|
|
| T |
23675406 |
caaaggtgagaacggtgaagcttcaatctcttaagagagattatgaaaatgaaaggatgaaggagaacgagaacctgaacgaatacttcaacagactctc |
23675505 |
T |
|
| Q |
114 |
cgagttggtgaatcagatgaagtcacatggtgatacgatagaagatcgtagaattgttgacaaaattctgatcagtttgacagcaagatttgaccca-tg |
212 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
|
|
| T |
23675506 |
cgagttggtgaatcagatgaagtcgcatggtgatacgatagaagatcgcagaattgttgacaaaattctgatcagtttgacagcaagatttgacccaatg |
23675605 |
T |
|
| Q |
213 |
gtgggtgtgatagaagaaaccaaggatctatcaaccttgactattcaagggttgatggggtctttgagatcctacgagcaaaggatgttacgacattctg |
312 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
23675606 |
gtgggtgtgatagaagaaaccaaggatctatcaaccttgactattcaagggttgatggggtctttgagatcctacgagcaaaggatgttacgacattctg |
23675705 |
T |
|
| Q |
313 |
aaaaatcaattgagagtgcctttcaatctaaactcaacattcagcccaacaatggtgaaaataagccccaaatacaaactagaggtgagtcttctagagg |
412 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
23675706 |
aaaaatcaattgagagtgcctttcaatcgaaactcaacattcagcccaacaatggtgaaaataagccccaaatacaaactagaggtgagtcttctagagg |
23675805 |
T |
|
| Q |
413 |
tggcagatttggaagaggcagaggcagaggtcgaaactcacgtggcagatctggaagaagcgcaaatgacggaagatggaatgaatcatcaaacaaatgg |
512 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
23675806 |
tggcagatttggaagaggcagaggcagaggtcgaaactcacgtggcagatctggaagaagcgcaaatggcggaagatggaatgaagcatcaaacaaatgg |
23675905 |
T |
|
| Q |
513 |
tgcaaaatttgtaacagtggcactcatgacgagaaggactgttggtacaaaggcaaaccgcaatgccacaattgcaagagattcgggcaccttcaaaagg |
612 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
23675906 |
tgcaaaatttgtaacagtggcactcatgacgagaaggactgttggtacaaaggcaaaccgcaatgccacaattgcaagagattcgggcaccttcaaaagg |
23676005 |
T |
|
| Q |
613 |
actgtcgtcttgcaaagcaacaacatgcttcgtacgcagaaggagaatctgatgaaggaaatttgttttatgcttgtcaaaaagcattgcatgnnnnnnn |
712 |
Q |
| |
|
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
23676006 |
actgtcgtcttggaaagcaacaacatgcttcgtacgcagaaggagaatctgatgaaggaaatttgttttatgcttgtcaaaaagcattgcatgaagaaga |
23676105 |
T |
|
| Q |
713 |
nnnnnntgtatggtatttggacagcggctaaagcaaccatatgaccggacagaagggagcatttataaacactgattcttcatgtggctcaaaagttaaa |
812 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
23676106 |
aaaaaatgtatggtatttggacagcggctgtagcaaccatatgaccggacagaagggagcatttataaacattgattcttcatgtggctcaaaagttaaa |
23676205 |
T |
|
| Q |
813 |
ttgggaaatggagaacatgttgaagtgaaagggaaaggaagcattggagtcaccatgaagcaaggaagcagagtcacacatgacacgctct |
903 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
23676206 |
ttgggaaatggagaacatgtcgaagtgaaagggaaaggaagcattggagtcaccacgaagcaaggaagcagagtcatacatgacacgctct |
23676296 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 784; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 784; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 903
Target Start/End: Complemental strand, 27209747 - 27208857
Alignment:
| Q |
14 |
caaaggtgagaacggtgaagcttcaatctcttaagagagattatgaaaatgaaaggatgaaggagaacgagaacctaaacgaatacgtcaatagactctc |
113 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||| |
|
|
| T |
27209747 |
caaaggtgagaacggtgaagcttcaatctcttaagatagattatgaaaatgaaaggatgaaggagaacgagaacctgaacgaatacttcaacagactctc |
27209648 |
T |
|
| Q |
114 |
cgagttggtgaatcagatgaagtcacatggtgatacgatagaagatcgtagaattgttgacaaaattctgatcagtttgacagcaagatttgaccca-tg |
212 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
|
|
| T |
27209647 |
cgagttggtgaatcagatgaagtcacatggtgatacgatagaagatcgcagaattgttgacaaaattctgatcagtttgacagcaagatttgacccaatg |
27209548 |
T |
|
| Q |
213 |
gtgggtgtgatagaagaaaccaaggatctatcaaccttgactattcaagggttgatggggtctttgagatcctacgagcaaaggatgttacgacattctg |
312 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
27209547 |
gtgggtgtgatagaagaaaccaaggatctatcaaccttgactattcaagggttgatggggtctttgagatcctacgagcaaaggatgttacgacattctg |
27209448 |
T |
|
| Q |
313 |
aaaaatcaattgagagtgcctttcaatctaaactcaacattcagcccaacaatggtgaaaataagccccaaatacaaactagaggtgagtcttctagagg |
412 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
27209447 |
aaaaatcaattgagagtgcctttcaatctaaactcaacattcagcccaacaatggtgaaaataagccccaaatacaaactagaggtgagtcttctagagg |
27209348 |
T |
|
| Q |
413 |
tggcagatttggaagaggcagaggcagaggtcgaaactcacgtggcagatctggaagaagcgcaaatgacggaagatggaatgaatcatcaaacaaatgg |
512 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
27209347 |
tggcagatttggaagaggcagaggcagaggtcgaaactcacatggcagatctggaagaagcgcaaatggcagaagatggaatgaagcatcaaacaaatgg |
27209248 |
T |
|
| Q |
513 |
tgcaaaatttgtaacagtggcactcatgacgagaaggactgttggtacaaaggcaaaccgcaatgccacaattgcaagagattcgggcaccttcaaaagg |
612 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
27209247 |
tgcaaaatttgtaacagtggcactcatgacgagaaggactgttggtacaaaggcaaaccgcaatgccacaattgcaagagattcgggcaccttcaaaagg |
27209148 |
T |
|
| Q |
613 |
actgtcgtcttgcaaagcaacaacatgcttcgtacgcagaaggagaatctgatgaaggaaatttgttttatgcttgtcaaaaagcattgcatgnnnnnnn |
712 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
27209147 |
actgtcgtcttgcaaagcaacaacatgcttcgtacgcagaaggagaatctgatgaaggaaatttgttttatgcttgtcaaaaagcattgcatgaagaaga |
27209048 |
T |
|
| Q |
713 |
nnnnnntgtatggtatttggacagcggctaaagcaaccatatgaccggacagaagggagcatttataaacactgattcttcatgtggctcaaaagttaaa |
812 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
27209047 |
aaaaaatgtatggtatttggacagcggctgtagcaaccatatgaccggacagaagggagcatttataaacattgattcttcatgtggctcaaaagttaaa |
27208948 |
T |
|
| Q |
813 |
ttgggaaatggagaacatgttgaagtgaaagggaaaggaagcattggagtcaccatgaagcaaggaagcagagtcacacatgacacgctct |
903 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
27208947 |
ttgggaaatggagaacatgtcgaagtgaaagggaaaggaagcattggagtcaccacgaagcaaggaagcagagtcatacatgacacgctct |
27208857 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0051 (Bit Score: 55; Significance: 4e-22; HSPs: 1)
Name: scaffold0051
Description:
Target: scaffold0051; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 103 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 38164 - 37970
Alignment:
| Q |
103 |
aatagactctccgagttggtgaatcagatgaagtcacatggtgatacgatagaagatcgtagaattgttgacaaaattctgatcagtttgacagcaagat |
202 |
Q |
| |
|
||||||||| | || |||||||| || ||||| || ||||| ||||| || |||||||||||||||||||| |||||| | || || |||| | || || |
|
|
| T |
38164 |
aatagactcgctgatttggtgaaccaaatgaaatctcatggagatacaattgaagatcgtagaattgttgataaaattttaattagcttgattgaaaaat |
38065 |
T |
|
| Q |
203 |
ttgaccc-atggtgggtgtgatagaagaaaccaaggatctatcaaccttgactattcaagggttgatggggtctttgagatcctacgagcaaagg |
296 |
Q |
| |
|
||| || ||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||| | |||||| |||||||||| | ||||| || ||||||||| |
|
|
| T |
38064 |
atgatcctatggtggctgttatagaagaaactaaggatctatcaaccatgactttccaagggctgatggggtcacttagatcatatgagcaaagg |
37970 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University