View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9869_low_11 (Length: 479)

Name: NF9869_low_11
Description: NF9869
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9869_low_11
NF9869_low_11
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (18-424)||(6489232-6489636)
chr2 (76-420)||(6479921-6480265)
chr2 (425-469)||(6489658-6489702)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (18-362)||(51946714-51947058)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 283; Significance: 1e-158; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 283; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 18 - 424
Target Start/End: Original strand, 6489232 - 6489636
Alignment:
Q  18 atttcaggacgaacgaggcgtgtaggatttggaaaacaaggcattctccgcctatgtagagttgaacggacagcagctgggg-ggacacactgctgcggt 116  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| | ||||||    
T  6489232 atttcgggacgaacgaggcatgtaggatttggaaaacaaggcattcttcggctatgtagagttgaacggacatcagctgggggggacacaccgatgcggt 6489331  T
Q  117 tgatgaagagacactcaacatccaagccgacaaggaatctattgttgttttcgtagggtttgatgcttgagagccatttgtccaccatgaaaggtttatt 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  6489332 tgatgaagagacactcaacatccaagccgacaaggaatctattgttgttttcgtagggtttgatgcttgagagccatttgtccaccatgaaaggtctatt 6489431  T
Q  217 tgtgatcattgtgtgaatgatgtctgagtggaagaagacatcgtacttgttgtgagttttgttagggagaacataatcgattgtgctgatggacatcgtg 316  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||   ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||| ||||    
T  6489432 tgtgatcattgtgtgaatgatgtctgagtgaaagaagacatcgtac---ttgtgagttttgttagggagagcataaccgattgtggtgatggacaacgtg 6489528  T
Q  317 gattttcaaagaatattagtgaattcttaaaagctaagtgatgtat-nnnnnnnntaggctagtcaaatatatagaaggtgaattcattcataaaggctg 415  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||         ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  6489529 gattttcaaagaatattattgaattcttgaaagc-aagtgatgtataaaaaaaaataggctagtcaaatatataaaaggtgaattcattcataaaggctg 6489627  T
Q  416 ccgatacat 424  Q
    |||||||||    
T  6489628 ccgatacat 6489636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 76 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 6480265 - 6479921
Alignment:
Q  76 gagttgaacggacagcagctg-gggggacacactgctgcggttgatgaagagacactcaacatccaagccgacaaggaatctattgttgttttcgtaggg 174  Q
    ||||||||||||||||| ||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6480265 gagttgaacggacagcaactgcgggggacacaccactgcggttgatgaagagacactcaacatccaagccgacaaggaatctattgttgttttcgtaggg 6480166  T
Q  175 tttgatgcttgagagccatttgtccaccatgaaaggtttatttgtgatcattgtgtgaatgatgtctgagtggaagaagacatcgtacttgttgtgagtt 274  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||    
T  6480165 tttgatgcttgagagccatttgtccaccatgaaaggtttatttgtgatcattgtgtgaatgatgtctgagtggaagaagacatcgtacttgttgtggttt 6480066  T
Q  275 ttgttagggagaacataatcgattgtgctgatggacatcgtggattttcaaagaatattagtgaattcttaaaagctaagtgatgtatnnnnnnnntagg 374  Q
    |||||||||||| | |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||        ||||    
T  6480065 ttgttagggagagcgtaatcgattgtggtgatggacattgtggattttcaaagaatattattgaattcttgaaagctaagtgatgtat-aaaaaaatagg 6479967  T
Q  375 ctagtcaaatatatagaaggtgaattcattcataaaggctgccgat 420  Q
     |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  6479966 gtagttaaatatatagaagatgaattcattcataaaggctgccgat 6479921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 425 - 469
Target Start/End: Original strand, 6489658 - 6489702
Alignment:
Q  425 aaacagaaccatgaccaaatatataacctttccactaaccctttg 469  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6489658 aaagagaaccatgaccaaatatataacctttccactaaccctttg 6489702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 250; Significance: 1e-139; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 250; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 18 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 51947058 - 51946714
Alignment:
Q  18 atttcaggacgaacgaggcgtgtaggatttggaaaacaaggcattctccgcctatgtagagttgaacggacagcagctggggg-gacacactgctgcggt 116  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||    | |||    
T  51947058 atttcgggacgaacgaggcgtgtaggatttggaaaacaaggcattctccgcctatgtatagttgaa-ggacagcagctgggggagacacaccagagtggt 51946960  T
Q  117 tgatgaagagacactcaacatccaagccgacaaggaatctattgttgttttcgtagggtttgatgcttgagagccatttgtccaccatgaaaggtttatt 216  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51946959 tgatgaagagacactcaacatctaagccgacaaggaagctattgttgttttcgtatggtttgatgcttgagagccatttgtccaccatgaaaggtttatt 51946860  T
Q  217 tgtgatcattgtgtgaatgatgtctgagtggaagaagacatcgtacttgttgtgagttttgttagggagaacataatcgattgtgctgatggacatcgtg 316  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| | | |||||||||||| ||||||||||||||    
T  51946859 tgtgatcattgtgtgaatgatgtctgagtggaagaagacatcgtgcttgttgtgagttttattagggacagcgtaatcgattgtggtgatggacatcgtg 51946760  T
Q  317 gattttcaaagaatattagtgaattcttaaaagctaagtgatgtat 362  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||||| | |||||||||||||||    
T  51946759 gattttcaatgaatattattgaattcttgagagctaagtgatgtat 51946714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University