View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9869_low_15 (Length: 430)

Name: NF9869_low_15
Description: NF9869
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9869_low_15
NF9869_low_15
[»] chr4 (19 HSPs)
chr4 (18-192)||(26071040-26071213)
chr4 (17-128)||(24221783-24221894)
chr4 (17-128)||(23185418-23185529)
chr4 (17-128)||(26688362-26688473)
chr4 (18-128)||(23722888-23722998)
chr4 (18-128)||(27925732-27925842)
chr4 (18-128)||(42547054-42547165)
chr4 (17-114)||(16822108-16822204)
chr4 (17-128)||(30543674-30543784)
chr4 (17-128)||(39068571-39068682)
chr4 (17-128)||(41477474-41477586)
chr4 (17-128)||(9958356-9958467)
chr4 (256-294)||(26071277-26071315)
chr4 (73-139)||(54578518-54578584)
chr4 (17-126)||(35668138-35668247)
chr4 (22-114)||(11818768-11818860)
chr4 (52-128)||(33615448-33615524)
chr4 (98-139)||(15329398-15329439)
chr4 (24-56)||(890978-891010)
[»] chr8 (19 HSPs)
chr8 (18-192)||(22342870-22343044)
chr8 (18-192)||(22354530-22354704)
chr8 (18-192)||(15004205-15004368)
chr8 (18-111)||(31628139-31628232)
chr8 (18-125)||(232566-232673)
chr8 (18-125)||(708977-709084)
chr8 (18-125)||(746189-746296)
chr8 (18-125)||(870084-870191)
chr8 (18-121)||(33365581-33365684)
chr8 (20-106)||(30233434-30233520)
chr8 (17-128)||(24617314-24617425)
chr8 (17-128)||(44172703-44172814)
chr8 (256-294)||(15004432-15004470)
chr8 (256-294)||(22342768-22342806)
chr8 (18-133)||(27822589-27822704)
chr8 (17-128)||(39330566-39330677)
chr8 (77-128)||(43799735-43799786)
chr8 (256-294)||(22354428-22354466)
chr8 (66-139)||(36700429-36700502)
[»] chr3 (14 HSPs)
chr3 (22-192)||(1672489-1672659)
chr3 (22-192)||(44269831-44270001)
chr3 (18-133)||(4773880-4773995)
chr3 (18-128)||(39084781-39084891)
chr3 (18-128)||(48432587-48432697)
chr3 (18-139)||(45222382-45222503)
chr3 (18-128)||(12025620-12025730)
chr3 (17-125)||(41237199-41237307)
chr3 (18-128)||(8262585-8262695)
chr3 (17-117)||(52965739-52965839)
chr3 (36-139)||(15042593-15042696)
chr3 (17-128)||(46552202-46552313)
chr3 (256-294)||(44270065-44270103)
chr3 (17-109)||(39069197-39069289)
[»] chr7 (16 HSPs)
chr7 (18-192)||(10461489-10461662)
chr7 (18-128)||(36107109-36107219)
chr7 (18-128)||(40210586-40210696)
chr7 (22-128)||(24954303-24954409)
chr7 (18-128)||(33439065-33439175)
chr7 (18-128)||(41986769-41986879)
chr7 (108-192)||(13071133-13071216)
chr7 (17-139)||(26624314-26624436)
chr7 (18-139)||(32538042-32538163)
chr7 (18-139)||(37633057-37633178)
chr7 (28-139)||(25981067-25981178)
chr7 (256-294)||(13071280-13071318)
chr7 (24-106)||(49105873-49105955)
chr7 (256-294)||(10461387-10461425)
chr7 (18-60)||(28363182-28363224)
chr7 (18-60)||(44959230-44959272)
[»] scaffold0001 (1 HSPs)
scaffold0001 (18-128)||(396892-397002)
[»] chr5 (10 HSPs)
chr5 (18-133)||(23928379-23928494)
chr5 (18-128)||(9889224-9889334)
chr5 (18-139)||(40484323-40484443)
chr5 (17-128)||(6011174-6011285)
chr5 (22-128)||(14633802-14633908)
chr5 (18-128)||(29289883-29289993)
chr5 (27-116)||(34696335-34696424)
chr5 (18-125)||(35667876-35667983)
chr5 (18-95)||(12854199-12854276)
chr5 (76-128)||(7945654-7945706)
[»] chr1 (17 HSPs)
chr1 (18-133)||(14795993-14796108)
chr1 (18-133)||(14804867-14804982)
chr1 (18-128)||(8059591-8059701)
chr1 (18-125)||(21969305-21969412)
chr1 (30-128)||(40710132-40710230)
chr1 (17-139)||(32829395-32829517)
chr1 (17-128)||(1246826-1246937)
chr1 (17-128)||(7145551-7145662)
chr1 (22-128)||(31199991-31200097)
chr1 (18-115)||(19584471-19584568)
chr1 (32-124)||(28250964-28251056)
chr1 (17-128)||(28881945-28882055)
chr1 (18-125)||(50050340-50050447)
chr1 (18-134)||(38036470-38036586)
chr1 (71-139)||(43312812-43312880)
chr1 (18-125)||(51250671-51250778)
chr1 (32-127)||(42666692-42666786)
[»] chr6 (7 HSPs)
chr6 (22-133)||(8769985-8770096)
chr6 (18-133)||(30125765-30125880)
chr6 (18-133)||(3100588-3100703)
chr6 (17-125)||(9605976-9606084)
chr6 (17-128)||(31261122-31261232)
chr6 (18-128)||(18999842-18999952)
chr6 (18-134)||(31834520-31834636)
[»] chr2 (16 HSPs)
chr2 (18-128)||(34899220-34899330)
chr2 (17-128)||(20565336-20565447)
chr2 (18-133)||(22416500-22416615)
chr2 (17-139)||(18765137-18765259)
chr2 (18-128)||(30357413-30357523)
chr2 (17-124)||(13369778-13369885)
chr2 (17-128)||(36441306-36441417)
chr2 (18-128)||(8423835-8423945)
chr2 (22-139)||(17473675-17473790)
chr2 (17-128)||(17206233-17206344)
chr2 (18-60)||(8371573-8371615)
chr2 (24-133)||(37576024-37576133)
chr2 (18-62)||(10789089-10789133)
chr2 (18-128)||(27451672-27451782)
chr2 (33-128)||(20464466-20464561)
chr2 (22-126)||(18890616-18890720)
[»] scaffold0688 (2 HSPs)
scaffold0688 (17-128)||(2729-2840)
scaffold0688 (17-125)||(4399-4507)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 127; Significance: 2e-65; HSPs: 19)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 18 - 192
Target Start/End: Original strand, 26071040 - 26071213
Alignment:
Q  18 atagggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggta 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  26071040 atagggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactattgggccggtttgggtaaacccactaatttccgggttggattgggttgggta 26071139  T
Q  118 gtgggttacccgaattaatttttgcttcnnnnnnnnngtagtattaaaccaaatgacaagtcatcataatttttt 192  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26071140 gtgggttacccgaattaatttttgcttc-ttttttttgtagtattaaaccaaatgacaagtcatcataatttttt 26071213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 17 - 128
Target Start/End: Complemental strand, 24221894 - 24221783
Alignment:
Q  17 aatagggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggt 116  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||| ||||| ||| |||||  |||||||| |||||| |||||||| |||||||||||| ||||||    
T  24221894 aatagggtactccggtttgagtgaggtaaaataaccactcgttatactattgggtaggtttgggcaaacccactaatttttgggttgggttggattgggt 24221795  T
Q  117 agtgggttaccc 128  Q
    | ||||||||||    
T  24221794 aatgggttaccc 24221783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 17 - 128
Target Start/End: Complemental strand, 23185529 - 23185418
Alignment:
Q  17 aatagggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggt 116  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||  |||| ||| |||||| |||||||  |||||| |||||||| |||||||||||| ||||||    
T  23185529 aataggatactccggtttgggtgaggtaaaataaccacatgttatactattgggcgggtttggacaaacccactaatttttgggttgggttggattgggt 23185430  T
Q  117 agtgggttaccc 128  Q
    | ||||||||||    
T  23185429 aatgggttaccc 23185418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 17 - 128
Target Start/End: Complemental strand, 26688473 - 26688362
Alignment:
Q  17 aatagggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggt 116  Q
    |||||| |||||||||||| ||||||||||||  |||||||||| ||| |||||  |||||||| ||| || |||||||| |||||||||||| ||||||    
T  26688473 aataggatactccggtttgagtgaggtaaaataaccacccgttatactattgggtgggtttgggcaaatccactaatttttgggttgggttggattgggt 26688374  T
Q  117 agtgggttaccc 128  Q
    | | ||||||||    
T  26688373 aataggttaccc 26688362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 18 - 128
Target Start/End: Original strand, 23722888 - 23722998
Alignment:
Q  18 atagggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggta 117  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |  ||||  |||||| | ||||||  |||||| ||| |||| ||||||| ||||    
T  23722888 atagggtactccggtttgggttaggtaaaatatccacccgttaaattaatgggtgggtttgagcaaacccattaatttccggtttggtttgggttaggta 23722987  T
Q  118 gtgggttaccc 128  Q
    |||||||||||    
T  23722988 gtgggttaccc 23722998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 18 - 128
Target Start/End: Complemental strand, 27925842 - 27925732
Alignment:
Q  18 atagggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggta 117  Q
    |||||||||| |||||||||| || |||||| ||||||||||||| |  ||||  |||||||  |||| | ||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  27925842 atagggtacttcggtttgggttagttaaaatatccacccgttaaattaatgggtgggtttggacaaactcactaattttcggtttggtttgggttgggta 27925743  T
Q  118 gtgggttaccc 128  Q
    |||||||||||    
T  27925742 gtgggttaccc 27925732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 18 - 128
Target Start/End: Original strand, 42547054 - 42547165
Alignment:
Q  18 atagggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccaccc-gttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggt 116  Q
    ||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||| |||||| |  ||||  |||||||| |||||| |||||||  || |||| |||||||||||    
T  42547054 atagggtactccggtttgggttagataaaatatccaccccgttaaattaatgggtgggtttgggcaaacccactaatttctggtttggtttgggttgggt 42547153  T
Q  117 agtgggttaccc 128  Q
    ||||||||||||    
T  42547154 agtgggttaccc 42547165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 17 - 114
Target Start/End: Complemental strand, 16822204 - 16822108
Alignment:
Q  17 aatagggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgg 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||| ||| |||||  |||||||  |||||| |||||||| |||||||||||| ||||    
T  16822204 aatagggtactccggtttgggtgagg-aaaataaccacccgttatactattgggtgggtttggacaaacccactaatttttgggttgggttggattgg 16822108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 17 - 128
Target Start/End: Original strand, 30543674 - 30543784
Alignment:
Q  17 aatagggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggt 116  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||  ||| |||||| ||| |||||  |||||||   |||||  ||||||| |||||||||||| ||||||    
T  30543674 aatagggtactccggtttggatgaggtaaaataaccatccgttatactattgggtgggtttggacgaaccc-ataatttttgggttgggttggattgggt 30543772  T
Q  117 agtgggttaccc 128  Q
    | ||||||||||    
T  30543773 aatgggttaccc 30543784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 17 - 128
Target Start/End: Complemental strand, 39068682 - 39068571
Alignment:
Q  17 aatagggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggt 116  Q
    |||| ||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||| ||| |   ||||||| |||||| || | ||| |||||||||||| ||||||    
T  39068682 aataaggttctccggtttgggtgaggtaaaataaccacccgttatactattgagtgtgtttgggcaaacccactgagttttgggttgggttggattgggt 39068583  T
Q  117 agtgggttaccc 128  Q
    | ||||||||||    
T  39068582 aatgggttaccc 39068571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 17 - 128
Target Start/End: Original strand, 41477474 - 41477586
Alignment:
Q  17 aatagggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaact-gttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttggg 115  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||||||||  |||||||||| |||  ||||   |||||||| ||| || |||||||| |||||| ||||| |||||    
T  41477474 aatagggtactccgatttgggtaaggtaaaataaccacccgttatactatttggatgggtttgggcaaatccactaatttttgggttgtgttggattggg 41477573  T
Q  116 tagtgggttaccc 128  Q
    || ||||||||||    
T  41477574 taatgggttaccc 41477586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 17 - 128
Target Start/End: Original strand, 9958356 - 9958467
Alignment:
Q  17 aatagggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggt 116  Q
    |||||||| || |||||| |||||||||||||  ||||||||||  || ||||   |||||||  |||||| |||| ||| |||||||||||| ||||||    
T  9958356 aatagggttcttcggtttcggtgaggtaaaataaccacccgttattctattggataggtttggacaaacccactaagttttgggttgggttggattgggt 9958455  T
Q  117 agtgggttaccc 128  Q
    | || |||||||    
T  9958456 aatgagttaccc 9958467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 256 - 294
Target Start/End: Original strand, 26071277 - 26071315
Alignment:
Q  256 ctcaaaaagcgcagcatcttaaattagctaaagtcttgg 294  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  26071277 ctcaaaaagcgcatcatcttaaattagctaaagtcttgg 26071315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 73 - 139
Target Start/End: Complemental strand, 54578584 - 54578518
Alignment:
Q  73 ggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggtagtgggttacccgaattaatttt 139  Q
    |||||||| |||||| ||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||| || ||||| ||||    
T  54578584 ggtttgggcaaacccactagttttcggtttggtttgggttgggtagtgggttagccaaattattttt 54578518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 17 - 126
Target Start/End: Original strand, 35668138 - 35668247
Alignment:
Q  17 aatagggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggt 116  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||||||   |||  |||| ||| |||||  |||||||  |||||| |||||||| |||||||||||  ||| ||    
T  35668138 aatagggtactccagtttaggtgaggtaaaataatcactggttatactattgggtgggtttggacaaacccactaatttttgggttgggttgaattgcgt 35668237  T
Q  117 agtgggttac 126  Q
    | ||||||||    
T  35668238 aatgggttac 35668247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 22 - 114
Target Start/End: Complemental strand, 11818860 - 11818768
Alignment:
Q  22 ggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgg 114  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| |   ||||||||| | | |||||  ||||||| ||||||| ||||||| ||| |||| |||||||||    
T  11818860 ggtactctggtttgggtgaggtaaagtaatcacccgttacattattgggttggtttggataaacccactaatttccggtttggattgggttgg 11818768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 52 - 128
Target Start/End: Original strand, 33615448 - 33615524
Alignment:
Q  52 cacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggtagtgggttaccc 128  Q
    ||||||||| ||| ||| |  |||||||| |||||| |||||||| |||||||||||| || |||| ||||||||||    
T  33615448 cacccgttatactattgtgtgggtttgggaaaaccctctaatttttgggttgggttggattaggtaatgggttaccc 33615524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 98 - 139
Target Start/End: Original strand, 15329398 - 15329439
Alignment:
Q  98 gggttgggttgggttgggtagtgggttacccgaattaatttt 139  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||    
T  15329398 gggttgggttgggttgagtagtgggttacccaaattattttt 15329439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 24 - 56
Target Start/End: Complemental strand, 891010 - 890978
Alignment:
Q  24 tactccggtttgggtgaggtaaaatgtccaccc 56  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  891010 tacttcggtttgggtgaggtaaaatgtccaccc 890978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 120; Significance: 3e-61; HSPs: 19)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 18 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 22343044 - 22342870
Alignment:
Q  18 atagggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggta 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||| |||||||  ||||||||||||||||||||    
T  22343044 atagggtactccggtttgggtgaggtaaaatatccacccgttaaactattgggccagtttgggtaagcccactaatttctgggttgggttgggttgggta 22342945  T
Q  118 gtgggttacccgaattaatttttgcttcnnnnnnnnngtagtattaaaccaaatgacaagtcatcataatttttt 192  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22342944 gtgggttacccgaattaatttttgcttctttttttttgtagtattaaaccaaatgacaagtcatcataatttttt 22342870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 18 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 22354704 - 22354530
Alignment:
Q  18 atagggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggta 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||| |||||||  ||||||||||||||||||||    
T  22354704 atagggtactccggtttgggtgaggtaaaatatccacccgttaaactattgggccagtttgggtaagcccactaatttctgggttgggttgggttgggta 22354605  T
Q  118 gtgggttacccgaattaatttttgcttcnnnnnnnnngtagtattaaaccaaatgacaagtcatcataatttttt 192  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22354604 gtgggttacccgaattaatttttgcttctttttttttgtagtattaaaccaaatgacaagtcatcataatttttt 22354530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 18 - 192
Target Start/End: Original strand, 15004205 - 15004368
Alignment:
Q  18 atagggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggta 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||| |          ||||||||||    
T  15004205 atagggtactccggtttgggtgaggtaaaatatccacccgttaaactattgggctggtttgggtaaacccactaatttcc----------gggttgggta 15004294  T
Q  118 gtgggttacccgaattaatttttgcttcnnnnnnnnngtagtattaaaccaaatgacaagtcatcataatttttt 192  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15004295 gtgggttacccgaattaatttttgcttc-ttttttttgtagtattaaaccaaatgacaagtcatcataatttttt 15004368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 18 - 111
Target Start/End: Complemental strand, 31628232 - 31628139
Alignment:
Q  18 atagggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggt 111  Q
    ||||| |||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||| |  ||||  |||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  31628232 ataggatactccagtttgggttaggtaaaatatccacccgttaaattaatgggtgggtttgggcaaacccactaattttcggtttgggttgggt 31628139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 18 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 232673 - 232566
Alignment:
Q  18 atagggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggta 117  Q
    |||| |||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||| |  ||||    |||||| |||||| ||||||| ||| |||| ||||||||||||    
T  232673 atagagtactccggtttgggttaggttaaatatccacccgttaaattaatgggtgcatttgggcaaacccactaatttccggtttggtttgggttgggta 232574  T
Q  118 gtgggtta 125  Q
    ||||||||    
T  232573 gtgggtta 232566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 18 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 709084 - 708977
Alignment:
Q  18 atagggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggta 117  Q
    |||| |||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||| |  ||||    |||||| |||||| ||||||| ||| |||| ||||||||||||    
T  709084 atagagtactccggtttgggttaggttaaatatccacccgttaaattaatgggtgcatttgggcaaacccactaatttccggtttggtttgggttgggta 708985  T
Q  118 gtgggtta 125  Q
    ||||||||    
T  708984 gtgggtta 708977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 18 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 746296 - 746189
Alignment:
Q  18 atagggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggta 117  Q
    |||| |||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||| |  ||||    |||||| |||||| ||||||| ||| |||| ||||||||||||    
T  746296 atagagtactccggtttgggttaggttaaatatccacccgttaaattaatgggtgcatttgggcaaacccactaatttccggtttggtttgggttgggta 746197  T
Q  118 gtgggtta 125  Q
    ||||||||    
T  746196 gtgggtta 746189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 18 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 870191 - 870084
Alignment:
Q  18 atagggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggta 117  Q
    |||| |||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||| |  ||||    |||||| |||||| ||||||| ||| |||| ||||||||||||    
T  870191 atagagtactccggtttgggttaggttaaatatccacccgttaaattaatgggtgcatttgggcaaacccactaatttccggtttggtttgggttgggta 870092  T
Q  118 gtgggtta 125  Q
    ||||||||    
T  870091 gtgggtta 870084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 18 - 121
Target Start/End: Complemental strand, 33365684 - 33365581
Alignment:
Q  18 atagggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggta 117  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||||||| | ||||||||||| |  ||||  |||||||| |||||  ||||||| ||| |||| ||||||||||||    
T  33365684 atagggtactccggtttggattaggtaaaatattcacccgttaaattaatgggtgggtttgggcaaacctactaatttccggtttggtttgggttgggta 33365585  T
Q  118 gtgg 121  Q
    ||||    
T  33365584 gtgg 33365581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 20 - 106
Target Start/End: Complemental strand, 30233520 - 30233434
Alignment:
Q  20 agggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggt 106  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||||   || |||||| ||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  30233520 agggtactccggttaaggtgaggtaaaataatcatccgttatactattggaccggtttgggtaaacccactaattttcggtttgggt 30233434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 17 - 128
Target Start/End: Complemental strand, 24617425 - 24617314
Alignment:
Q  17 aatagggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggt 116  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| ||||||  |||   |||| ||| ||| |  |||||||| |||||| |||||||| |||||||||||| ||||||    
T  24617425 aatagggtacttcggtttgggtgagataaaataaccatttgttatactattgagtgggtttgggcaaacccactaatttttgggttgggttggattgggt 24617326  T
Q  117 agtgggttaccc 128  Q
    | |||| |||||    
T  24617325 aatgggctaccc 24617314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 17 - 128
Target Start/End: Complemental strand, 44172814 - 44172703
Alignment:
Q  17 aatagggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggt 116  Q
    |||| |||||| | ||||||||||||||||||  ||||  |||| ||| |||||  ||||||||  | ||| |||||||| |||||||||||| ||||||    
T  44172814 aataaggtacttccgtttgggtgaggtaaaataaccacttgttatactattgggtgggtttgggcgagcccactaatttttgggttgggttggattgggt 44172715  T
Q  117 agtgggttaccc 128  Q
    | ||||||||||    
T  44172714 aatgggttaccc 44172703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 256 - 294
Target Start/End: Original strand, 15004432 - 15004470
Alignment:
Q  256 ctcaaaaagcgcagcatcttaaattagctaaagtcttgg 294  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15004432 ctcaaaaagcgcagcatcttaaattagctaaagtcttgg 15004470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 256 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 22342806 - 22342768
Alignment:
Q  256 ctcaaaaagcgcagcatcttaaattagctaaagtcttgg 294  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  22342806 ctcaaaaagcgcaacatcttaaattagctaaagtcttgg 22342768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 18 - 133
Target Start/End: Original strand, 27822589 - 27822704
Alignment:
Q  18 atagggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggta 117  Q
    |||||||||| | |||||| |||| |||||||||||||| ||| | |  ||||  |||||||  |||||| ||| ||||||| |||| ||||||||| ||    
T  27822589 atagggtacttcagtttggttgagataaaatgtccacccattatattaatgggtgggtttggacaaacccactagttttcggtttggtttgggttggtta 27822688  T
Q  118 gtgggttacccgaatt 133  Q
    || | |||||| ||||    
T  27822689 gtagattacccaaatt 27822704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 17 - 128
Target Start/End: Original strand, 39330566 - 39330677
Alignment:
Q  17 aatagggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggt 116  Q
    |||||||||||||| ||| | |||||||||||  ||||| |||| ||| ||||   |||||||  |||||| |||||||| | ||||| |||| |||| |    
T  39330566 aatagggtactccgatttagatgaggtaaaataaccacctgttatactattggatgggtttggacaaacccactaatttttgtgttggattggattggat 39330665  T
Q  117 agtgggttaccc 128  Q
    | ||||||||||    
T  39330666 aatgggttaccc 39330677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 77 - 128
Target Start/End: Original strand, 43799735 - 43799786
Alignment:
Q  77 tgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggtagtgggttaccc 128  Q
    |||| |||||| |||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  43799735 tgggcaaacccactaatttttgggttgggttggattgggtaatgggttaccc 43799786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 256 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 22354466 - 22354428
Alignment:
Q  256 ctcaaaaagcgcagcatcttaaattagctaaagtcttgg 294  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  22354466 ctcaaaaagtgcatcatcttaaattagctaaagtcttgg 22354428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 66 - 139
Target Start/End: Original strand, 36700429 - 36700502
Alignment:
Q  66 ttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggtagtgggttacccgaattaatttt 139  Q
    |||||| |||||||| |||||| |||||||  || |||||||| ||| |||||||||||| || ||||| ||||    
T  36700429 ttgggctggtttgggcaaacccactaatttatggtttgggttgagttaggtagtgggttatccaaattattttt 36700502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 120; Significance: 3e-61; HSPs: 14)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 22 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 1672659 - 1672489
Alignment:
Q  22 ggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggtagtgg 121  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  1672659 ggtactccggtttgggtgagataaaatgtccatccgttaaactattgggccggtttgggtaaacccactaatttccgggttggattgggttgggtagtgg 1672560  T
Q  122 gttacccgaattaatttttgcttcnnnnnnnnngtagtattaaaccaaatgacaagtcatcataatttttt 192  Q
    ||||||||||||||||||||||||         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1672559 gttacccgaattaatttttgcttctttttttttgtagtattaaaccaaatgacaagtcatcataatttttt 1672489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 116; E-Value: 7e-59
Query Start/End: Original strand, 22 - 192
Target Start/End: Original strand, 44269831 - 44270001
Alignment:
Q  22 ggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggtagtgg 121  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  44269831 ggtactccggtttgggtgagataaaatgtccacccgttaaactattggaccggtttgggtaaacccactaatttccgggttggattgggttgggtagtgg 44269930  T
Q  122 gttacccgaattaatttttgcttcnnnnnnnnngtagtattaaaccaaatgacaagtcatcataatttttt 192  Q
    |||||||||||||||||||||||          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44269931 gttacccgaattaatttttgcttttttttttttgtagtattaaaccaaatgacaagtcatcataatttttt 44270001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 64; E-Value: 8e-28
Query Start/End: Original strand, 18 - 133
Target Start/End: Original strand, 4773880 - 4773995
Alignment:
Q  18 atagggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggta 117  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |  ||||  |||||||| |||||| ||||||| ||| |||| ||||||||||||    
T  4773880 atagggtactccggtttgggttaggtaaaatatccacccgttaaattaatgggtgggtttgggcaaacccactaatttccggtttggtttgggttgggta 4773979  T
Q  118 gtgggttacccgaatt 133  Q
    ||||||||||| ||||    
T  4773980 gtgggttacccaaatt 4773995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 18 - 128
Target Start/End: Original strand, 39084781 - 39084891
Alignment:
Q  18 atagggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggta 117  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |  |||   |||||||| |||||| ||||||| ||| |||| ||||||||||||    
T  39084781 atagggtactccggtttgggttaggtaaaatatccacccgttaaattaatggatgggtttgggcaaacccactaatttccggtttggtttgggttgggta 39084880  T
Q  118 gtgggttaccc 128  Q
    |||||||||||    
T  39084881 gtgggttaccc 39084891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 18 - 128
Target Start/End: Original strand, 48432587 - 48432697
Alignment:
Q  18 atagggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggta 117  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |  ||||  |||||||| |||||| ||||||| ||| |||| || |||||||||    
T  48432587 ataggatactccggtttgggttaggtaaaatatccacccgttaaattaatgggtgggtttgggcaaacccactaatttccggtttggttttggttgggta 48432686  T
Q  118 gtgggttaccc 128  Q
    |||||||||||    
T  48432687 gtgggttaccc 48432697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 18 - 139
Target Start/End: Original strand, 45222382 - 45222503
Alignment:
Q  18 atagggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggta 117  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |  |||   |||||||| |||||| ||| ||||||| |||| |||||||||| |    
T  45222382 atagggtaccccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccattatattaatggatgggtttgggaaaacccactagttttcggtttggtttgggttgggca 45222481  T
Q  118 gtgggttacccgaattaatttt 139  Q
    ||||||||||| ||||| ||||    
T  45222482 gtgggttacccaaattattttt 45222503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 18 - 128
Target Start/End: Original strand, 12025620 - 12025730
Alignment:
Q  18 atagggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggta 117  Q
    ||||||||||||||||||||| | ||||||| | ||||||||||| |  ||||  |||||||| |||||| ||||||| | | |||| ||||||||||||    
T  12025620 atagggtactccggtttgggttaagtaaaatatacacccgttaaattaatgggtgggtttgggcaaacccactaatttccagtttggtttgggttgggta 12025719  T
Q  118 gtgggttaccc 128  Q
    |||||||||||    
T  12025720 gtgggttaccc 12025730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 17 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 41237307 - 41237199
Alignment:
Q  17 aatagggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggt 116  Q
    ||||||||||| || |||||||||||||||||  ||||  || | ||| |||||  |||||||| || ||| |||||||| |||||||||||| ||||||    
T  41237307 aatagggtacttcgatttgggtgaggtaaaataaccacttgtcatactattgggtgggtttgggcaatcccactaatttttgggttgggttggattgggt 41237208  T
Q  117 agtgggtta 125  Q
    | |||||||    
T  41237207 aatgggtta 41237199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 18 - 128
Target Start/End: Original strand, 8262585 - 8262695
Alignment:
Q  18 atagggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggta 117  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||||||||   || || ||| ||  ||| |  |||||||| ||||||| ||||||  |||||||||||| |||||||    
T  8262585 atagggtgctccagtttgggtgaggtaaaataaacatccattataccattgtgttggtttgggcaaacccgttaatttctgggttgggttggattgggta 8262684  T
Q  118 gtgggttaccc 128  Q
     ||||||||||    
T  8262685 atgggttaccc 8262695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 17 - 117
Target Start/End: Complemental strand, 52965839 - 52965739
Alignment:
Q  17 aatagggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggt 116  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||| || ||| |||||  |||||||  |||||| ||  |||| | |||||||| | ||||||    
T  52965839 aatagggtactccgatttgggtgaggtaaaatacccacccgatatactattgggtgggtttggacaaacccactggtttttgagttgggttagattgggt 52965740  T
Q  117 a 117  Q
    |    
T  52965739 a 52965739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 36 - 139
Target Start/End: Complemental strand, 15042696 - 15042593
Alignment:
Q  36 ggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggtagtgggttacccgaattaa 135  Q
    |||||||||||||  ||| || ||| ||| ||| ||||||||||| |||||| || | ||  || |||| |||||||||||||||| |||||| |||||     
T  15042696 ggtgaggtaaaataaccatccattacactattgagccggtttgggcaaacccactgaattctggtttggattgggttgggtagtggtttacccaaattat 15042597  T
Q  136 tttt 139  Q
    ||||    
T  15042596 tttt 15042593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 17 - 128
Target Start/End: Complemental strand, 46552313 - 46552202
Alignment:
Q  17 aatagggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggt 116  Q
    |||| ||||||| ||||||||| |||||||||  ||| || ||| ||  |||||  |||||||  |||||  |||||||| |||||||||||| ||||||    
T  46552313 aataaggtactctggtttgggtaaggtaaaataaccatccattataccattgggtgggtttggacaaaccaactaatttttgggttgggttggattgggt 46552214  T
Q  117 agtgggttaccc 128  Q
    | |||| |||||    
T  46552213 aatgggataccc 46552202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 256 - 294
Target Start/End: Original strand, 44270065 - 44270103
Alignment:
Q  256 ctcaaaaagcgcagcatcttaaattagctaaagtcttgg 294  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  44270065 ctcaaaaagtgcatcatcttaaattagctaaagtcttgg 44270103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 17 - 109
Target Start/End: Original strand, 39069197 - 39069289
Alignment:
Q  17 aatagggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgg 109  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| ||  |||| ||||| ||| ||| ||  ||||||| |||| | || ||||| ||| ||||||||    
T  39069197 aatagggtacttcggtttgggtgaggtaagataaccactcgttatactattgagcgagtttgggcaaactcactgatttttggggtgggttgg 39069289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 115; Significance: 3e-58; HSPs: 16)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 18 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 10461662 - 10461489
Alignment:
Q  18 atagggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggta 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||    
T  10461662 atagggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccatccgttaaactattgggccggtttgggtaaacccactaatttccgagttgggttgggttgggta 10461563  T
Q  118 gtgggttacccgaattaatttttgcttcnnnnnnnnngtagtattaaaccaaatgacaagtcatcataatttttt 192  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||         |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  10461562 gtgggttactcgaattaatttttgcttc-ttttttttgtagtattaaaccaaatgacaagtcaccataatttttt 10461489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 18 - 128
Target Start/End: Original strand, 36107109 - 36107219
Alignment:
Q  18 atagggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggta 117  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |  ||||  |||||||| |||||| ||||||| ||| |||| ||||||||| ||    
T  36107109 atagggtactccggtttgggttaggtaaaatatccacccgttaaattaatgggtgggtttgggcaaacccactaatttccggtttggtttgggttggata 36107208  T
Q  118 gtgggttaccc 128  Q
    |||||||||||    
T  36107209 gtgggttaccc 36107219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 18 - 128
Target Start/End: Complemental strand, 40210696 - 40210586
Alignment:
Q  18 atagggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggta 117  Q
    |||||||||||||||||||||  |||||||| | ||||||||||| |  ||||  |||||||| |||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  40210696 atagggtactccggtttgggtttggtaaaatattcacccgttaaattaatgggtgggtttgggcaaacccactaattttcggtttggtttgggttgggta 40210597  T
Q  118 gtgggttaccc 128  Q
    |||||||||||    
T  40210596 gtgggttaccc 40210586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 22 - 128
Target Start/End: Original strand, 24954303 - 24954409
Alignment:
Q  22 ggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggtagtgg 121  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||| |  ||||  |||||||| |||||| ||||||| ||| |||| ||||||||||||||||    
T  24954303 ggtactccggtttggattaggtaaaatatccacccgttaaattaatgggtgggtttgggcaaacccactaatttccggtttggtttgggttgggtagtgg 24954402  T
Q  122 gttaccc 128  Q
    |||||||    
T  24954403 gttaccc 24954409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 18 - 128
Target Start/End: Complemental strand, 33439175 - 33439065
Alignment:
Q  18 atagggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggta 117  Q
    ||||| |||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||| |  ||||  |||||||| |||||| || |||| ||| |||| |||| |||||||    
T  33439175 ataggatactccggtttgggtttggtaaaatatccacccgttaaattaatgggtgggtttgggcaaacccactcatttccggtttggtttggattgggta 33439076  T
Q  118 gtgggttaccc 128  Q
    |||||||||||    
T  33439075 gtgggttaccc 33439065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 18 - 128
Target Start/End: Original strand, 41986769 - 41986879
Alignment:
Q  18 atagggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggta 117  Q
    ||||| |||||  |||||||| ||||||||| ||| ||||||||| |  ||||  |||||||| |||||| ||||||||||| |||| ||| ||||||||    
T  41986769 ataggatactctagtttgggttaggtaaaatatccgcccgttaaattaatgggtgggtttgggcaaacccactaattttcggtttggtttgagttgggta 41986868  T
Q  118 gtgggttaccc 128  Q
    |||||||||||    
T  41986869 gtgggttaccc 41986879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 108 - 192
Target Start/End: Original strand, 13071133 - 13071216
Alignment:
Q  108 gggttgggtagtgggttacccgaattaatttttgcttcnnnnnnnnngtagtattaaaccaaatgacaagtcatcataatttttt 192  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  13071133 gggttgggtagtgggttacccgaattaatttttgcttc-ttttttttgcagtattaaaccaaattacaagtcatcataatttttt 13071216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 17 - 139
Target Start/End: Original strand, 26624314 - 26624436
Alignment:
Q  17 aatagggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggt 116  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||||||   |||  |||| ||| |||||   |||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||  |    
T  26624314 aatagggtacttcggtttggatgaggtaaaataatcacgggttatactattgggtgagtttgggtaaacccactaatttttgggttgggttggattgatt 26624413  T
Q  117 agtgggttacccgaattaatttt 139  Q
    | |||||||||||| ||| ||||    
T  26624414 aatgggttacccgacttattttt 26624436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 18 - 139
Target Start/End: Original strand, 32538042 - 32538163
Alignment:
Q  18 atagggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggta 117  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| | |  ||||   ||||||  ||| || ||| ||||||| |||  || | |||||||    
T  32538042 atagggtactccggtttgagtgaggtaaaatgtccacccattatattaatgggtgagtttggacaaatccactagttttcggtttgttttagattgggta 32538141  T
Q  118 gtgggttacccgaattaatttt 139  Q
    ||||||||||| ||||||||||    
T  32538142 gtgggttacccaaattaatttt 32538163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 18 - 139
Target Start/End: Complemental strand, 37633178 - 37633057
Alignment:
Q  18 atagggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggta 117  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||  ||| | |  ||||   ||||||  |||||| ||| ||||||| |||| || |||||||||    
T  37633178 atagggtattccggtttgggtgaggtagaatgtccacctattatattaatgggtgagtttggacaaacccactagttttcggtttggttttggttgggta 37633079  T
Q  118 gtgggttacccgaattaatttt 139  Q
    ||||||||||| ||||| ||||    
T  37633078 gtgggttacccaaattattttt 37633057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 28 - 139
Target Start/End: Original strand, 25981067 - 25981178
Alignment:
Q  28 ccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggtagtgggttacc 127  Q
    ||||||||||||| |||||||  ||||| |||| | | ||||| ||||||| | |||||| |||||||  || ||| ||||| |||||| ||||||||||    
T  25981067 ccggtttgggtgaagtaaaataaccacctgttatattattgggtcggtttgagcaaacccactaatttctggtttgagttggattgggtggtgggttacc 25981166  T
Q  128 cgaattaatttt 139  Q
    | ||||| ||||    
T  25981167 caaattattttt 25981178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 256 - 294
Target Start/End: Original strand, 13071280 - 13071318
Alignment:
Q  256 ctcaaaaagcgcagcatcttaaattagctaaagtcttgg 294  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  13071280 ctcaaaaagcgcaacatcttaaattagctaaagtcttgg 13071318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 24 - 106
Target Start/End: Complemental strand, 49105955 - 49105873
Alignment:
Q  24 tactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggt 106  Q
    |||||| ||||||||||||||||||  ||||| |||| ||| |||||  |||||||| ||||||  ||||||| |||||||||    
T  49105955 tactccagtttgggtgaggtaaaataaccaccagttatactattgggtgggtttgggcaaacccattaatttttgggttgggt 49105873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 256 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 10461425 - 10461387
Alignment:
Q  256 ctcaaaaagcgcagcatcttaaattagctaaagtcttgg 294  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  10461425 ctcaaaaagcgcaacatcttaaattagctagagtcttgg 10461387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 18 - 60
Target Start/End: Original strand, 28363182 - 28363224
Alignment:
Q  18 atagggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgtta 60  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  28363182 ataggatactccggtttgggtgagataaaacgtccacccgtta 28363224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 18 - 60
Target Start/End: Original strand, 44959230 - 44959272
Alignment:
Q  18 atagggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgtta 60  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  44959230 ataggatactccggtttgggtgaggtaaaacgtccacctgtta 44959272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0001 (Bit Score: 67; Significance: 1e-29; HSPs: 1)
Name: scaffold0001
Description:

Target: scaffold0001; HSP #1
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 18 - 128
Target Start/End: Original strand, 396892 - 397002
Alignment:
Q  18 atagggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggta 117  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |  ||||  |||||||| |||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  396892 atagggtactccggtttgggttaggtaaaatatccacccgttaaattaatgggtgggtttgggcaaacccactaattttcggtttggtttgggttgggta 396991  T
Q  118 gtgggttaccc 128  Q
    |||||||||||    
T  396992 gtgggttaccc 397002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 64; Significance: 8e-28; HSPs: 10)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 8e-28
Query Start/End: Original strand, 18 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 23928494 - 23928379
Alignment:
Q  18 atagggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggta 117  Q
    |||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |  ||||  |||||||| |||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  23928494 atagggtattccggtttgggttaggtaaaatatccacccgttaaattaatgggtgggtttgggcaaacccactaattttcggtttggtttgggttgggta 23928395  T
Q  118 gtgggttacccgaatt 133  Q
    ||||||||||| ||||    
T  23928394 gtgggttacccaaatt 23928379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 18 - 128
Target Start/End: Complemental strand, 9889334 - 9889224
Alignment:
Q  18 atagggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggta 117  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |  ||||  |||||||| |||||| ||||||| ||| |||| ||||||||||||    
T  9889334 atagggtactccggtttgggttaggtaaaatatccacccgttaaattaatgggtgggtttgggcaaacccactaatttccggtttggtttgggttgggta 9889235  T
Q  118 gtgggttaccc 128  Q
    |||||||||||    
T  9889234 gtgggttaccc 9889224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 18 - 139
Target Start/End: Original strand, 40484323 - 40484443
Alignment:
Q  18 atagggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggta 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |  ||||  |||||||| |||||  ||| ||||||| |||| ||||||||||||    
T  40484323 atagggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccatt-aattaatgggtgggtttgggcaaaccaactagttttcggtttggtttgggttgggta 40484421  T
Q  118 gtgggttacccgaattaatttt 139  Q
    ||||||||||| ||||| ||||    
T  40484422 gtgggttacccaaattattttt 40484443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 17 - 128
Target Start/End: Complemental strand, 6011285 - 6011174
Alignment:
Q  17 aatagggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggt 116  Q
    |||| ||||||  |||||||||||||||||||  |||||||||| | | |||||  |||||||| |||||  |||||||| |||||||||||| ||||||    
T  6011285 aataaggtactttggtttgggtgaggtaaaataaccacccgttatattattgggtgggtttgggcaaacctactaatttttgggttgggttggattgggt 6011186  T
Q  117 agtgggttaccc 128  Q
    | ||||||||||    
T  6011185 aatgggttaccc 6011174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 22 - 128
Target Start/End: Original strand, 14633802 - 14633908
Alignment:
Q  22 ggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggtagtgg 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| | |  ||||  ||| |||| ||| || ||||||||||| |||| ||||||||| ||||||    
T  14633802 ggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccatccattatattaatgggtgggtatgggcaaatccactaattttcggtttggtttgggttggatagtgg 14633901  T
Q  122 gttaccc 128  Q
     ||||||    
T  14633902 attaccc 14633908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 18 - 128
Target Start/End: Complemental strand, 29289993 - 29289883
Alignment:
Q  18 atagggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggta 117  Q
    |||| |||||||||||| ||| || |||||| | ||||||||||| |   |||  |||||||| |||||| ||||||||||| |||| ||| ||||||||    
T  29289993 atagagtactccggtttaggttagataaaatattcacccgttaaattaacgggtgggtttgggcaaacccactaattttcggtttggtttgagttgggta 29289894  T
Q  118 gtgggttaccc 128  Q
    |||||||||||    
T  29289893 gtgggttaccc 29289883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 27 - 116
Target Start/End: Original strand, 34696335 - 34696424
Alignment:
Q  27 tccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggt 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| | |  | ||  |||||||  |||||| ||| ||| ||| ||||||||||||||||    
T  34696335 tccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttatattaataggtgggtttggacaaacccactagtttccggtttgggttgggttgggt 34696424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 18 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 35667983 - 35667876
Alignment:
Q  18 atagggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggta 117  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||||||||| || |||||| | |  ||||  ||| |||  |||||| ||| ||||||| |||| |||||||||||     
T  35667983 atagagtactgcggtttgggtgaggtaaaatgttcatccgttatattactgggtgggtctggacaaacccactagttttcggtttggtttgggttgggtg 35667884  T
Q  118 gtgggtta 125  Q
    ||||||||    
T  35667883 gtgggtta 35667876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 18 - 95
Target Start/End: Original strand, 12854199 - 12854276
Alignment:
Q  18 atagggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattt 95  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||  |||||||||| ||| || ||  | |||||| ||||||||||||||    
T  12854199 ataggatactccggtttaggtgaggtaaaataaccacccgttatactatttggtggatttgggcaaacccgctaattt 12854276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 76 - 128
Target Start/End: Complemental strand, 7945706 - 7945654
Alignment:
Q  76 ttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggtagtgggttaccc 128  Q
    ||||| |||||| ||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  7945706 ttgggcaaacccactagtttttgggttgggttggattgggtagtgggttaccc 7945654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 64; Significance: 8e-28; HSPs: 17)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 8e-28
Query Start/End: Original strand, 18 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 14796108 - 14795993
Alignment:
Q  18 atagggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggta 117  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |  ||||  |||||||| |||||| ||||||| ||| |||| ||||||||||||    
T  14796108 atagggtactccggtttgggttaggtaaaatatccacccgttaaattaatgggtgggtttgggcaaacccactaatttccggtttggtttgggttgggta 14796009  T
Q  118 gtgggttacccgaatt 133  Q
    ||||||||||| ||||    
T  14796008 gtgggttacccaaatt 14795993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 64; E-Value: 8e-28
Query Start/End: Original strand, 18 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 14804982 - 14804867
Alignment:
Q  18 atagggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggta 117  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |  ||||  |||||||| |||||| ||||||| ||| |||| ||||||||||||    
T  14804982 atagggtactccggtttgggttaggtaaaatatccacccgttaaattaatgggtgggtttgggcaaacccactaatttccggtttggtttgggttgggta 14804883  T
Q  118 gtgggttacccgaatt 133  Q
    ||||||||||| ||||    
T  14804882 gtgggttacccaaatt 14804867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 18 - 128
Target Start/End: Complemental strand, 8059701 - 8059591
Alignment:
Q  18 atagggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggta 117  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |  ||||  |||||||| |||||| ||||||| ||| |||  ||||||||||||    
T  8059701 atagggtactccggtttgggttaggtaaaatatccacccgttaaattaatgggtgggtttgggcaaacccactaatttccggtttgatttgggttgggta 8059602  T
Q  118 gtgggttaccc 128  Q
    |||||||||||    
T  8059601 gtgggttaccc 8059591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 18 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 21969412 - 21969305
Alignment:
Q  18 atagggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggta 117  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |  ||||  |||||||| ||| || ||||||||||| |||| || |||||||||    
T  21969412 atagggtactccggtttgggttaggtaaaatatccacccgttaaattaatgggtgggtttgggcaaatccactaattttcggtttggtttcggttgggta 21969313  T
Q  118 gtgggtta 125  Q
    ||||||||    
T  21969312 gtgggtta 21969305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 30 - 128
Target Start/End: Complemental strand, 40710230 - 40710132
Alignment:
Q  30 ggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggtagtgggttaccc 128  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |  ||||  |||||||| |||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  40710230 ggtttgggttaggtaaaatatccacccgttaaattaatgggtgggtttgggcaaacccactaattttcggtttggtttgggttgggtagtgggttaccc 40710132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 17 - 139
Target Start/End: Original strand, 32829395 - 32829517
Alignment:
Q  17 aatagggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggt 116  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||  |||| ||||| ||| |||||  |||||||  ||| || |||||||| |||||||||| | ||||||    
T  32829395 aataggctactccggtttgggtgaggtaaaataaccactcgttatactattgggtgggtttggacaaatccactaatttttgggttgggttagattgggt 32829494  T
Q  117 agtgggttacccgaattaatttt 139  Q
    | |||||||||||| ||| ||||    
T  32829495 aatgggttacccgacttattttt 32829517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 17 - 128
Target Start/End: Complemental strand, 1246937 - 1246826
Alignment:
Q  17 aatagggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggt 116  Q
    ||||| ||||| |||||| |||||| ||||||  |||||||||| ||| |||||  | |||||| |||||| |||||||| |||||||||||| ||||||    
T  1246937 aatagtgtacttcggtttaggtgagataaaataaccacccgttatactattgggtggatttgggcaaacccactaatttttgggttgggttggattgggt 1246838  T
Q  117 agtgggttaccc 128  Q
    | ||||||||||    
T  1246837 aatgggttaccc 1246826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 17 - 128
Target Start/End: Original strand, 7145551 - 7145662
Alignment:
Q  17 aatagggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggt 116  Q
    ||||| ||||| |||||| |||||| ||||||  |||||||||| ||| |||||  | |||||| |||||| |||||||| |||||||||||| ||||||    
T  7145551 aatagtgtacttcggtttaggtgagataaaataaccacccgttatactattgggtggatttgggcaaacccactaatttttgggttgggttggattgggt 7145650  T
Q  117 agtgggttaccc 128  Q
    | ||||||||||    
T  7145651 aatgggttaccc 7145662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 22 - 128
Target Start/End: Original strand, 31199991 - 31200097
Alignment:
Q  22 ggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggtagtgg 121  Q
    |||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||||| | |  ||||  |||||||  |||||| ||||||| ||| |||| ||||||||||||||||    
T  31199991 ggtattccggtttgggttaggtaaaatatccacccgttagattaatgggtgggtttggacaaacccactaatttccggtttggtttgggttgggtagtgg 31200090  T
Q  122 gttaccc 128  Q
    |||||||    
T  31200091 gttaccc 31200097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 18 - 115
Target Start/End: Original strand, 19584471 - 19584568
Alignment:
Q  18 atagggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttggg 115  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |  || |  |||||||| |||||| ||||||| ||| |||| ||||||||||    
T  19584471 atagggtactccggtttgggttaggtaaaatatccacccgttaaattaatgagtgggtttgggcaaacccactaatttccggtttggtttgggttggg 19584568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 32 - 124
Target Start/End: Original strand, 28250964 - 28251056
Alignment:
Q  32 tttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggtagtgggtt 124  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||| ||| |||||  |||||||| |||||| |||||||| |||||||||||| |||| || ||||||    
T  28250964 tttgggtgaggtaaaataaccacccgttatactattgggtgggtttgggcaaaccctctaatttttgggttgggttggattggataatgggtt 28251056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 17 - 128
Target Start/End: Original strand, 28881945 - 28882055
Alignment:
Q  17 aatagggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggt 116  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||   |||||| || ||| |||||  |||||||| |||||| |||||  | |||||| ||||| ||||||    
T  28881945 aataggatactccggtttgggtgaggtaaaataatcacccg-tatactattgggtgggtttgggcaaacccactaatacttgggttgagttggattgggt 28882043  T
Q  117 agtgggttaccc 128  Q
    | ||||||||||    
T  28882044 aatgggttaccc 28882055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 18 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 50050447 - 50050340
Alignment:
Q  18 atagggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggta 117  Q
    ||||| || |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |  ||||   ||||||  |||||| ||||||| ||| || | ||||||||||||    
T  50050447 ataggatattccggtttgggttaggtaaaatatccacccgttaaattaatgggtgagtttggacaaacccactaatttccggttttgtttgggttgggta 50050348  T
Q  118 gtgggtta 125  Q
    ||||||||    
T  50050347 gtgggtta 50050340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 18 - 134
Target Start/End: Complemental strand, 38036586 - 38036470
Alignment:
Q  18 atagggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggta 117  Q
    ||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||| |||| | |  |||    ||||||| |||||| ||| ||||||| |||| ||| |||||||     
T  38036586 ataggatacttcggtttgggtgaggtaaaacgtccacctgttatattaatggatgagtttgggcaaacccactagttttcggtttggtttgcgttgggtt 38036487  T
Q  118 gtgggttacccgaatta 134  Q
    ||||||||||| |||||    
T  38036486 gtgggttacccaaatta 38036470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 71 - 139
Target Start/End: Original strand, 43312812 - 43312880
Alignment:
Q  71 ccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggtagtgggttacccgaattaatttt 139  Q
    ||||||| ||||||||  ||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  43312812 ccggtttaggtaaacctactaattttttggttgggttggattgggtagtgggttacccaaattattttt 43312880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 18 - 125
Target Start/End: Original strand, 51250671 - 51250778
Alignment:
Q  18 atagggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggta 117  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||||| | || |||||||| |  ||||   |||| || |||||| ||||||||||| |||| ||||| ||| ||    
T  51250671 atagggtactccgatttgggttaggtaaaatattcatccgttaaattaatgggtgagtttaggcaaacccactaattttcggtttggtttgggctggata 51250770  T
Q  118 gtgggtta 125  Q
    ||||||||    
T  51250771 gtgggtta 51250778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 32 - 127
Target Start/End: Original strand, 42666692 - 42666786
Alignment:
Q  32 tttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggtagtgggttacc 127  Q
    |||||||||||||||||  ||||| |||| | | ||||   |||||||  |||||| |||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  42666692 tttgggtgaggtaaaataaccacc-gttataatattggatgggtttggacaaacccactaatttttgggttgggttggattgggtaatgggttacc 42666786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 60; Significance: 2e-25; HSPs: 7)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 22 - 133
Target Start/End: Original strand, 8769985 - 8770096
Alignment:
Q  22 ggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggtagtgg 121  Q
    |||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||| |  ||||  |||||||| |||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  8769985 ggtactccggtttgggtttggtaaaatatccacccgttaaattaatgggtgggtttgggcaaacccactaattttcggtttggtttgggttgggtagtgg 8770084  T
Q  122 gttacccgaatt 133  Q
    ||||||| ||||    
T  8770085 gttacccaaatt 8770096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 18 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 30125880 - 30125765
Alignment:
Q  18 atagggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggta 117  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |  ||||  |||||||| |||||| |||||||  || |||| ||||||||||||    
T  30125880 atagggtactccggtttgggttaggtaaaatatccacccgttaaattaatgggtgggtttgggcaaacccactaatttctggtttggtttgggttgggta 30125781  T
Q  118 gtgggttacccgaatt 133  Q
    ||||||||||| ||||    
T  30125780 gtgggttacccaaatt 30125765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 18 - 133
Target Start/End: Original strand, 3100588 - 3100703
Alignment:
Q  18 atagggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggta 117  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||| |  ||||  |||| ||| |||||| ||||||| ||| |||| ||||||||| ||    
T  3100588 atagggtactccggtttggattaggtaaaatatccacccgttaaattaatgggtgggttcgggcaaacccactaatttccggtttggtttgggttggata 3100687  T
Q  118 gtgggttacccgaatt 133  Q
    ||||||||||| ||||    
T  3100688 gtgggttacccaaatt 3100703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 17 - 125
Target Start/End: Original strand, 9605976 - 9606084
Alignment:
Q  17 aatagggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggt 116  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||  ||| | |||| ||| |||||  |||||||| ||| |  || ||||| |||||||||||| ||||||    
T  9605976 aatagggtactcaggtttgggtgaggtaaaataaccatctgttatactattgggtgggtttgggcaaatcgactgatttttgggttgggttggattgggt 9606075  T
Q  117 agtgggtta 125  Q
    | |||||||    
T  9606076 aatgggtta 9606084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 17 - 128
Target Start/End: Original strand, 31261122 - 31261232
Alignment:
Q  17 aatagggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggt 116  Q
    |||| |||||| |||||||||| ||||||| |  |||||||||| ||| |||||  |||||||| |||||| | |||||| |||||||||||| |||| |    
T  31261122 aatatggtacttcggtttgggtaaggtaaa-taaccacccgttatactattgggtaggtttgggcaaacccacaaatttttgggttgggttggattggat 31261220  T
Q  117 agtgggttaccc 128  Q
    | ||||||||||    
T  31261221 aatgggttaccc 31261232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 18 - 128
Target Start/End: Complemental strand, 18999952 - 18999842
Alignment:
Q  18 atagggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggta 117  Q
    |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||   ||| |||| |||||| ||| | | ||| |||| ||| |||||||     
T  18999952 atagagtactctggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttatattattggatgggtctgggcaaacccactagtgtccggtttggtttgagttgggtg 18999853  T
Q  118 gtgggttaccc 128  Q
    |||||||||||    
T  18999852 gtgggttaccc 18999842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 18 - 134
Target Start/End: Complemental strand, 31834636 - 31834520
Alignment:
Q  18 atagggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggta 117  Q
    ||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||| |  |||    ||||||| |||||| ||| ||| ||| || | || ||||||||     
T  31834636 ataggatactccgatttggatgaggtaaaatgtccatccgttaaattaatggatgagtttgggcaaacccactagtttccggtttagcttcggttgggtt 31834537  T
Q  118 gtgggttacccgaatta 134  Q
    ||||||||||| |||||    
T  31834536 gtgggttacccaaatta 31834520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 59; Significance: 7e-25; HSPs: 16)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 18 - 128
Target Start/End: Original strand, 34899220 - 34899330
Alignment:
Q  18 atagggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggta 117  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||| |  ||||  |||||||| |||||| ||||||| ||| |||| ||||||||||||    
T  34899220 atagggtactccggtttgggttaggtaaaatatccatccgttaaattaatgggtgggtttgggcaaacccactaatttccggtttggtttgggttgggta 34899319  T
Q  118 gtgggttaccc 128  Q
    |||||||||||    
T  34899320 gtgggttaccc 34899330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 17 - 128
Target Start/End: Complemental strand, 20565447 - 20565336
Alignment:
Q  17 aatagggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggt 116  Q
    ||||||||||||| ||||||||| ||||||||  |||||||||| ||| |||||  |||||||| |||||| |||||||| ||||| |||||| ||||||    
T  20565447 aatagggtactccagtttgggtggggtaaaataaccacccgttatactattgggtgggtttgggcaaacccactaatttttgggttaggttggattgggt 20565348  T
Q  117 agtgggttaccc 128  Q
    | ||||||||||    
T  20565347 aatgggttaccc 20565336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 18 - 133
Target Start/End: Original strand, 22416500 - 22416615
Alignment:
Q  18 atagggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggta 117  Q
    |||||||||||||||||||||  ||| |||| ||||||||||||| |  ||||  |||||||| |||||| ||||||| ||| |||| ||||||||||||    
T  22416500 atagggtactccggtttgggtttggtcaaatatccacccgttaaattaatgggtgggtttgggcaaacccactaatttccggtttggtttgggttgggta 22416599  T
Q  118 gtgggttacccgaatt 133  Q
    ||||||||||| ||||    
T  22416600 gtgggttacccaaatt 22416615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 17 - 139
Target Start/End: Original strand, 18765137 - 18765259
Alignment:
Q  17 aatagggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggt 116  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||| |||||  |||||||| |||||| |||||||| |||||| ||| | ||| ||    
T  18765137 aatatggtactccggtttgggtgaggtaaaataaccacccgttatactattgggtgggtttgggcaaacccactaatttttgggttgagttagattgagt 18765236  T
Q  117 agtgggttacccgaattaatttt 139  Q
    | |||||||||||| ||| ||||    
T  18765237 aatgggttacccgacttattttt 18765259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 18 - 128
Target Start/End: Complemental strand, 30357523 - 30357413
Alignment:
Q  18 atagggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggta 117  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |  |||   |||||||| |||||| ||||||| ||| |||| ||||||||| |     
T  30357523 atagggtactccggtttgggttaggtaaaatatccacccgttaaattaatggatgggtttgggcaaacccactaatttccggtttggtttgggttggatg 30357424  T
Q  118 gtgggttaccc 128  Q
    |||||||||||    
T  30357423 gtgggttaccc 30357413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 17 - 124
Target Start/End: Complemental strand, 13369885 - 13369778
Alignment:
Q  17 aatagggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggt 116  Q
    ||||||||||| |||||||||||| |||||||  |||  ||||| ||| |||||  ||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||    
T  13369885 aatagggtacttcggtttgggtgaagtaaaataaccatacgttatactattgggtgggtttggataaacccactaatttttgggttgggttggattgggt 13369786  T
Q  117 agtgggtt 124  Q
    | ||||||    
T  13369785 aatgggtt 13369778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 17 - 128
Target Start/End: Original strand, 36441306 - 36441417
Alignment:
Q  17 aatagggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggt 116  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||| |||||  ||||| || |||| |  |||||||  ||||||||||| ||||||    
T  36441306 aataaggtactccggtttgggtgaggtaaaataaccacccgttatactattgggtgggtttaggcaaactcattaatttttaggttgggttggattgggt 36441405  T
Q  117 agtgggttaccc 128  Q
    | ||| ||||||    
T  36441406 aatggattaccc 36441417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 18 - 128
Target Start/End: Complemental strand, 8423945 - 8423835
Alignment:
Q  18 atagggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggta 117  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | |  ||||  ||| |||  |||||| ||| ||||||| |||| ||||||||| |     
T  8423945 atagagtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccatccgttatattactgggtgggtctggacaaacccactagttttcggtttggtttgggttggatg 8423846  T
Q  118 gtgggttaccc 128  Q
    |||||||||||    
T  8423845 gtgggttaccc 8423835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 22 - 139
Target Start/End: Original strand, 17473675 - 17473790
Alignment:
Q  22 ggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggtagtgg 121  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||  ||||||||||||| | |  ||||   |||||||||||| | ||||||||||| |||| |||| |||||||||||    
T  17473675 ggtaccccggtttcggtgaggtaa--tgtccacccgttatattaatgggtgagtttgggtaaactcactaattttcggtttggtttggattgggtagtgg 17473772  T
Q  122 gttacccgaattaatttt 139  Q
    ||||||| ||||| ||||    
T  17473773 gttacccaaattattttt 17473790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 17 - 128
Target Start/End: Complemental strand, 17206344 - 17206233
Alignment:
Q  17 aatagggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggt 116  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||||||   || |||||| ||| ||| |   ||||||| |||| | |||||||| |||||||||||| ||||||    
T  17206344 aatagagtactccagtttgggtgaggtaaaataatcatccgttatactattgagtgagtttgggcaaactcactaatttttgggttgggttggattgggt 17206245  T
Q  117 agtgggttaccc 128  Q
    | ||||||||||    
T  17206244 aatgggttaccc 17206233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 18 - 60
Target Start/End: Complemental strand, 8371615 - 8371573
Alignment:
Q  18 atagggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgtta 60  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8371615 atagagtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgtta 8371573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 24 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 37576133 - 37576024
Alignment:
Q  24 tactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggtagtgggt 123  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||| |  |||   |||||||  ||||||  |||||| ||| |||| ||||||||||||||||||    
T  37576133 tactccggtttgggttaggtaaaatattcacccgttaaattaatggatgggtttggacaaacccattaatttccggtttggtttgggttgggtagtgggt 37576034  T
Q  124 tacccgaatt 133  Q
     |||| ||||    
T  37576033 cacccaaatt 37576024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 18 - 62
Target Start/End: Complemental strand, 10789133 - 10789089
Alignment:
Q  18 atagggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaa 62  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  10789133 atagggtactccggtttgggttaggtaaaatatccacccgttaaa 10789089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 18 - 128
Target Start/End: Complemental strand, 27451782 - 27451672
Alignment:
Q  18 atagggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggta 117  Q
    ||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||| | |  ||||  |||||||| |||| | ||| ||||||| |||| ||| |||||||     
T  27451782 ataggatactccagtttgggtgaggtaaaacgtccacccattatattaatgggtgggtttgggaaaactcactagttttcggtttggtttgagttgggtt 27451683  T
Q  118 gtgggttaccc 128  Q
    ||| |||||||    
T  27451682 gtgagttaccc 27451672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 33 - 128
Target Start/End: Complemental strand, 20464561 - 20464466
Alignment:
Q  33 ttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggtagtgggttaccc 128  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||| ||| |||||  | |||||| ||| || ||||||||  ||||||||||| ||| ||| || |||||||    
T  20464561 ttgggtgaggtaaaataaccacccgttatactattgggtggatttgggaaaatccactaattttttggttgggttggattgagtaatgagttaccc 20464466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 22 - 126
Target Start/End: Original strand, 18890616 - 18890720
Alignment:
Q  22 ggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggtagtgg 121  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||  |||||||||| ||| || ||  | |||||  ||||||  |||||||  ||||||||||| ||| ||| |||    
T  18890616 ggtacttcagtttgggtgaggtaaaataaccacccgttatactatttggtggatttggacaaacccattaatttttcggttgggttggattgagtaatgg 18890715  T
Q  122 gttac 126  Q
    |||||    
T  18890716 gttac 18890720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0688 (Bit Score: 52; Significance: 1e-20; HSPs: 2)
Name: scaffold0688
Description:

Target: scaffold0688; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 17 - 128
Target Start/End: Complemental strand, 2840 - 2729
Alignment:
Q  17 aatagggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggt 116  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||||||||  |||||||||| | | |||||  |||||||  |||||| |||||||| |||||||||||| ||||||    
T  2840 aatagggtacttcagtttgggtgaggtaaaataaccacccgttatattattgggtgggtttggacaaacccactaatttttgggttgggttggattgggt 2741  T
Q  117 agtgggttaccc 128  Q
    | ||||||||||    
T  2740 aatgggttaccc 2729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0688; HSP #2
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 17 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 4507 - 4399
Alignment:
Q  17 aatagggtactccggtttgggtgaggtaaaatgtccacccgttaaactgttgggccggtttgggtaaacccgctaattttcgggttgggttgggttgggt 116  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||||||||  |||||||||| | | |||||  |||||||  |||||| |||||||| |||||||||||| ||||||    
T  4507 aatagggtacttcagtttgggtgaggtaaaataaccacccgttatattattgggtgggtttggccaaacccactaatttttgggttgggttggattgggt 4408  T
Q  117 agtgggtta 125  Q
    | |||||||    
T  4407 aatgggtta 4399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University