View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9873_1D_high_1 (Length: 736)

Name: NF9873_1D_high_1
Description: NF9873_1D
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9873_1D_high_1
NF9873_1D_high_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (23-727)||(44040978-44041674)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 604; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 604; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 23 - 727
Target Start/End: Original strand, 44040978 - 44041674
Alignment:
Q  23 aagaccacccctttctttctcacttcttaccaaattcttcttcctcggccttgtcgggtatgtgtgtaattgcattacattagtcgtattatttaaggtt 122  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44040978 aagaccacccctttctttctcacttcttgccaaatttttcttcctcggccttgtcgggtatgtgtgtaattgcattacattagtcgtattatttaaggtt 44041077  T
Q  123 tcaaatcgtgatcgcatgatttgactgatactcaaacataaaaggctttgtaatagcgtggcggccacaactgtggtggctgattatttaaggtttcaaa 222  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  44041078 tcaaatcgtgatcgcatgatttgactgatactcaaacataaaaggctttgtaacagcttagcggccacaactgtggtggctgattatttaaggttttaaa 44041177  T
Q  223 tggcgattgcatgaattcgactgatactggaactaaaagagtttataattgcagccacaactgtggtggctgattgtttttaaaatcttgattgtgtcta 322  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||   |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44041178 tggcgattgcatggattcgactgatactggaactaaaagattt---aattgcggccacaactgtggtggctgattgtttttaaaatcttgattgtgtcta 44041274  T
Q  323 ttttctatccctttatgagataattactaaatagaaatgaggaatcatgattcatgatcattggaaatttgcagcataactatcatgcagaattgtgtat 422  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44041275 ttttctatccctttatgagataattactaaatagaaatgaagaatcatgat-------cattggaaatttgcagcataactatcatgcagaattgtgtat 44041367  T
Q  423 tcactggcataagctacagctctcccacccttggatctgctatgagcaacttgactccggcgatcacttttgttctagcagtcatcttcaggtaaatagg 522  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44041368 tcactggcataagctacagctctcccacccttggatctgctatgagcaacttgactccggcgatcacttttgttctagcagtcatcttcaggtaaatagg 44041467  T
Q  523 tgtgttggaaaat--gtgttagataatgtgttgatagtactaaaatataaataaacaaccatgtttagaggttcttatgcaaacttataattatgcataa 620  Q
    |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44041468 tgtgttggaaaatatgtgttagataatgtgttgatagtactaaaatataaataaacaaccatgtttagaggttcttatgcaaacttataattatgcataa 44041567  T
Q  621 cagttggattattttactatttcaaaaaccattgtaggatggagaagttggatgctggaagctcaataagccagatcaaaattgtggggactgtgatgtc 720  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  44041568 cagttggattattttactatttcaaaaaccgttgtaggatggagaagttggatgctggaagctcaataagccagatcaaaattgtggggactgtggtgtc 44041667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University