View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9873_2D_low_21 (Length: 284)

Name: NF9873_2D_low_21
Description: NF9873_2D
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9873_2D_low_21
NF9873_2D_low_21
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (1-270)||(26087209-26087478)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (34-267)||(4819124-4819357)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (60-270)||(6612051-6612261)
chr7 (108-271)||(17293928-17294091)
[»] chr8 (11 HSPs)
chr8 (8-268)||(28865338-28865599)
chr8 (8-269)||(30648185-30648446)
chr8 (1-268)||(15329242-15329509)
chr8 (1-268)||(15509611-15509878)
chr8 (56-273)||(14726610-14726827)
chr8 (105-271)||(31075673-31075839)
chr8 (51-266)||(26088481-26088696)
chr8 (60-235)||(29552134-29552309)
chr8 (111-256)||(27712390-27712535)
chr8 (107-222)||(24508498-24508613)
chr8 (86-271)||(31040487-31040672)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 254; Significance: 1e-141; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 1 - 270
Target Start/End: Original strand, 26087209 - 26087478
Alignment:
Q  1 ccctcttgtttaatattccattttccagctctacagcgcctctttgtttatttgttttgagccatccaacaagtacttgaagggcctcatattgttcatt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26087209 ccctcttgtttaatattccattttccagctctacagcgcctctttgtttatttgtttcgagccatccaacaagtacttgaagggcctcatattgttcatt 26087308  T
Q  101 cttgatagcaatatgcaatgcagtctcgcacctcacagtcacatctctaatggaattaggacatacaaggaggaatttagctaaaaggtcaacctctcca 200  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26087309 cttgatagcaatatgcaatgcggtctcacacctcacagtcacatctctaatggaattaggacatacaaggaggaatttagctaaaaggtcaacctctcca 26087408  T
Q  201 atttgacttgcaaaatgaagagcagttaagccttctcttccttgaaatctaacaagttctttattgatgt 270  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  26087409 atttgacttgcaaaatgaagagcagttaagccttctcttccttgaactctaacaagttctttattgatgt 26087478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 98; Significance: 3e-48; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 34 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 4819357 - 4819124
Alignment:
Q  34 cagcgcctctttgtttatttgttttgagccatccaacaagtacttgaagggcctcatattgttcattcttgatagcaatatgcaatgcagtctcgcacct 133  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||| || | ||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||  ||||    
T  4819357 cagcacctctttgtttatttgttttgagccagccgagaagcacttgaagggcctcatactgttcattcatgacagcaatatgcaatgcagtctcaaacct 4819258  T
Q  134 cacagtcacatctctaatggaattaggacatacaaggaggaatttagctaaaaggtcaacctctccaatttgacttgcaaaatgaagagcagttaagcct 233  Q
    ||||||||  | |  ||| || |  |||||  ||| ||| || ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||     
T  4819257 cacagtcaagtattcaatagattccggacaagcaaagagaaaattagctaaaagttcaacctcgccaatttgacttgcaaaatgaagaggagttatgcca 4819158  T
Q  234 tctcttccttgaaatctaacaagttctttattga 267  Q
    | |||||||| || ||||||||| || |||||||    
T  4819157 tttcttccttcaactctaacaaggtccttattga 4819124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 95; Significance: 2e-46; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 60 - 270
Target Start/End: Original strand, 6612051 - 6612261
Alignment:
Q  60 agccatccaacaagtacttgaagggcctcatattgttcattcttgatagcaatatgcaatgcagtctcgcacctcacagtcacatctctaatggaattag 159  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||| || |  |||||| |  |    
T  6612051 agccagccaacaagtactcgaagggcctcaaattgttgattcttaatagcaatatgcagtgcagtctcgtgcctcacagtcaaatattcaatggattccg 6612150  T
Q  160 gacatacaaggaggaatttagctaaaaggtcaacctctccaatttgacttgcaaaatgaagagcagttaagccttctcttccttgaaatctaacaagttc 259  Q
    |||| |    ||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||| ||||||||| ||||||||| ||    
T  6612151 gacacaacttgagaaatttagctaaaagatcaacctcaccaatttgacttgcaaaatgaagaggagttatggcttcttttccttgaattctaacaaggtc 6612250  T
Q  260 tttattgatgt 270  Q
    |||||||||||    
T  6612251 tttattgatgt 6612261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 108 - 271
Target Start/End: Original strand, 17293928 - 17294091
Alignment:
Q  108 gcaatatgcaatgcagtctcgcacctcacagtcacatctctaatggaattaggacatacaaggaggaatttagctaaaaggtcaacctctccaatttgac 207  Q
    |||||||||| |||||| || | || |||||||||||||  ||||||||| |||||  |||  || |||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  17293928 gcaatatgcagtgcagtttcaccccccacagtcacatcttgaatggaattcggacaagcaaaaagtaatttagctaaaagttcaacctcaccaatttgac 17294027  T
Q  208 ttgcaaaatgaagagcagttaagccttctcttccttgaaatctaacaagttctttattgatgtc 271  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| || |||||| |||||||| |||||    
T  17294028 ttgcaaaatgaagaggagttaagccttctctcccttgaactcgaacaaggtctttattaatgtc 17294091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 82; Significance: 9e-39; HSPs: 11)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 82; E-Value: 9e-39
Query Start/End: Original strand, 8 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 28865599 - 28865338
Alignment:
Q  8 gtttaatattccattttccagctctacagcgcctctttgtttatttgttttgagccatccaacaagtacttgaagggcctcatattgttcattcttgata 107  Q
    ||||||||||| | | ||||||||| ||||||| ||  ||| |||| ||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||| |||    
T  28865599 gtttaatattctactctccagctcttcagcgccactccgttcatttttttcgagccatccaacaagcacttgaaaggcctcaaattgttcattcttaata 28865500  T
Q  108 gcaatatgcaat-gcagtctcgcacctcacagtcacatctctaatggaattaggacatacaaggaggaatttagctaaaaggtcaacctctccaatttga 206  Q
    |||||||||| | |  ||||| ||||||||||||  ||||  |||||| |  ||||| |  | ||| || | ||||||||| |||||||| ||||||||     
T  28865499 gcaatatgcagtgggggtctcacacctcacagtccaatcttcaatggattctggacacaataagagaaagtgagctaaaagatcaacctcaccaatttgg 28865400  T
Q  207 cttgcaaaatgaagagcagttaagccttctcttccttgaaatctaacaagttctttattgat 268  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||  || ||||||||| ||||| |||||    
T  28865399 cttgcaaaatgaagaggagttaagccgtctcgtcctctaactctaacaaggtctttgttgat 28865338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 8 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 30648446 - 30648185
Alignment:
Q  8 gtttaatattccattttccagctctacagcgcctctttgtttatttgttttgagccatccaacaagtacttgaagggcctcatattgttcattcttgata 107  Q
    ||||||||||  ||||||||||| |  ||| ||||| ||| ||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| || | |    
T  30648446 gtttaatattttattttccagcttttgagcccctctctgtgtattttttttgagccagctaacaagtacttgaagggcctcatattgttcatttttaaca 30648347  T
Q  108 gcaatatgcaatgcagtctcgcacctcacagtcacatctctaatggaattaggacatacaaggaggaatttagctaaaaggtcaacctctccaatttgac 207  Q
    | |||||| | ||||||||||| |||||||||||  | |  ||| || |  ||||| | | |||| || | |||||| |  | |||||| ||| ||||||    
T  30648346 gaaatatggagtgcagtctcgcgcctcacagtcaagtattcaattgattccggacacaaacggagaaagtaagctaacatttgaacctcaccattttgac 30648247  T
Q  208 ttgcaaaatgaagagcagttaagccttctcttccttgaaatctaacaagttctttattgatg 269  Q
     |||||||||||||| ||||| |||||||||||||  || ||||||||| ||||||||||||    
T  30648246 atgcaaaatgaagaggagttatgccttctcttcctctaactctaacaaggtctttattgatg 30648185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 1 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 15329509 - 15329242
Alignment:
Q  1 ccctcttgtttaatattccattttccagctctacagcgcctctttgtttatttgttttgagccatccaacaagtacttgaagggcctcatattgttcatt 100  Q
    |||||| ||||||||||| | | | | |||||  |||||| ||  |||||||| ||| |||||| |||||||| ||||||| || |||| ||||||||||    
T  15329509 ccctctcgtttaatattctactcttccgctctttagcgcccctccgtttatttttttcgagccacccaacaagcacttgaaaggactcaaattgttcatt 15329410  T
Q  101 cttgatagcaatatgcaatgcagtctcgcacctcacagtcacatctctaatggaattaggacatacaaggaggaatttagctaaaaggtcaacctctcca 200  Q
    ||| ||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||  ||||  |||||| |  |||||    | ||| || | ||||||||| |||||||| |||    
T  15329409 cttaatagcaatatgcagtggggtctcgcacctcacagtccaatcttcaatggattctggacacgagaagagaaagtgagctaaaagatcaacctcacca 15329310  T
Q  201 atttgacttgcaaaatgaagagcagttaagccttctcttccttgaaatctaacaagttctttattgat 268  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||  || ||||||||| ||||| |||||    
T  15329309 atttggcttgcaaaatgaagaggagttaagccgtctcgtcctataactctaacaaggtctttgttgat 15329242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 1 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 15509878 - 15509611
Alignment:
Q  1 ccctcttgtttaatattccattttccagctctacagcgcctctttgtttatttgttttgagccatccaacaagtacttgaagggcctcatattgttcatt 100  Q
    |||||| ||||||||||| | | | | |||||  |||||| ||  |||||||| ||| |||||| |||||||| ||||||| || |||| ||||||||||    
T  15509878 ccctctcgtttaatattctactcttccgctctttagcgcccctccgtttatttttttcgagccacccaacaagcacttgaaaggactcaaattgttcatt 15509779  T
Q  101 cttgatagcaatatgcaatgcagtctcgcacctcacagtcacatctctaatggaattaggacatacaaggaggaatttagctaaaaggtcaacctctcca 200  Q
    ||| ||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||  ||||  |||||| |  |||||    | ||| || | ||||||||| |||||||| |||    
T  15509778 cttaatagcaatatgcagtggggtctcgcacctcacagtccaatcttcaatggattctggacacgagaagagaaagtgagctaaaagatcaacctcacca 15509679  T
Q  201 atttgacttgcaaaatgaagagcagttaagccttctcttccttgaaatctaacaagttctttattgat 268  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||  || ||||||||| ||||| |||||    
T  15509678 atttggcttgcaaaatgaagaggagttaagccgtctcgtcctataactctaacaaggtctttgttgat 15509611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 56 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 14726827 - 14726610
Alignment:
Q  56 tttgagccatccaacaagtacttgaagggcctcatattgttcattcttgatagcaatatgcaatgcagtctcgcacctcacagtcacatctctaatggaa 155  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||| | ||||||||||| |||||||||   ||| |||||||  | |  ||||||     
T  14726827 tttgagccagccaacaagtacttgaagtgcctcaaactgttcattcttaacagcaatatgcagtgcagtctcctgccttacagtcaagtattcaatggat 14726728  T
Q  156 ttaggacatacaaggaggaatttagctaaaaggtcaacctctccaatttgacttgcaaaatgaagagcagttaagccttctcttccttgaaatctaacaa 255  Q
    |  ||||| |  | ||| ||   | ||||||| |||||||| ||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  14726727 tccggacacaataagagaaagcaaactaaaagatcaacctcaccattttgacttgcgaaatgaagaggagttaagccttctcttcctttaactctaacaa 14726628  T
Q  256 gttctttattgatgtcca 273  Q
    | ||||||||||||||||    
T  14726627 ggtctttattgatgtcca 14726610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 105 - 271
Target Start/End: Original strand, 31075673 - 31075839
Alignment:
Q  105 atagcaatatgcaatgcagtctcgcacctcacagtcacatctctaatggaattaggacatacaaggaggaatttagctaaaaggtcaacctctccaattt 204  Q
    ||||||| ||| | ||||||||| | ||||||||| ||||||   || ||||| ||||| ||||  ||||| ||||||| ||||||||| |||||| |||    
T  31075673 atagcaacatgaagtgcagtctcacccctcacagtaacatcttggatcgaatttggacaaacaaataggaaattagctacaaggtcaacttctccatttt 31075772  T
Q  205 gacttgcaaaatgaagagcagttaagccttctcttccttgaaatctaacaagttctttattgatgtc 271  Q
    |||  |||| |||||||| |||||| ||||| |||||||  | |||||||||||| ||||| |||||    
T  31075773 gacaagcaatatgaagaggagttaaaccttcccttcctttgattctaacaagttccttattcatgtc 31075839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 51 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 26088696 - 26088481
Alignment:
Q  51 tttgttttgagccatccaacaagtacttgaagggcctcatattgttcattcttgatagcaatatgcaatgcagtctcgcacctcacagtcacatctctaa 150  Q
    |||||| |||||||   ||||||||||||||| |||||| | ||| ||||||| | ||||||||||| ||||||||||  ||||||||| |  | |  ||    
T  26088696 tttgttctgagccagataacaagtacttgaagagcctcaaactgtccattcttaacagcaatatgcagtgcagtctcgtgcctcacagttaagtattcaa 26088597  T
Q  151 tggaattaggacatacaaggaggaatttagctaaaaggtcaacctctccaatttgacttgcaaaatgaagagcagttaagccttctcttccttgaaatct 250  Q
    | || |  ||||| |  | ||| || |   ||||| | | |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||| || |||    
T  26088596 tagattccggacacaagaagagaaagtattctaaatgattaacctcaccaatttgacttgcaaaatgaagaggagttataccttctcttcctttaattct 26088497  T
Q  251 aacaagttctttattg 266  Q
    |||||| |||||||||    
T  26088496 aacaaggtctttattg 26088481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 60 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 29552309 - 29552134
Alignment:
Q  60 agccatccaacaagtacttgaagggcctcatattgttcattcttgatagcaatatgcaatgcagtctcgcacctcacagtcacatctctaatggaattag 159  Q
    ||||| ||||| |||||||  ||||| ||  | ||| |||| || ||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||  | |  ||| || | ||    
T  29552309 agccagccaactagtacttttagggcgtcgaactgtgcattattaatagcaatatgaagtgcggtctcgcacctcacagtcaagtattcaatagattcag 29552210  T
Q  160 gacatacaaggaggaatttagctaaaaggtcaacctctccaatttgacttgcaaaatgaagagcagttaagccttc 235  Q
    ||||| |   ||| || | ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||| ||||||||    
T  29552209 gacatgcgttgagaaagtaagctaaaaggtcaacctctccaatttggcttgcataatgaagaggagtcaagccttc 29552134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 111 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 27712535 - 27712390
Alignment:
Q  111 atatgcaatgcagtctcgcacctcacagtcacatctctaatggaattaggacatacaaggaggaatttagctaaaaggtcaacctctccaatttgacttg 210  Q
    |||||||  |||||||| | |||||||||||| |||  ||| |||| ||||||  |||  ||||| ||||||||||||||||| ||| || | |||||||    
T  27712535 atatgcagagcagtctcacccctcacagtcacgtcttcaatagaatcaggacaagcaacaaggaacttagctaaaaggtcaacttcttcattatgacttg 27712436  T
Q  211 caaaatgaagagcagttaagccttctcttccttgaaatctaacaag 256  Q
    |||||||| ||| |||  | ||||||||||||| || ||| |||||    
T  27712435 caaaatgaggaggagtccaaccttctcttcctttaactctgacaag 27712390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 107 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 24508613 - 24508498
Alignment:
Q  107 agcaatatgcaatgcagtctcgcacctcacagtcacatctctaatggaattaggacatacaaggaggaatttagctaaaaggtcaacctctccaatttga 206  Q
    ||||||||||||||||||||  | ||||||||| || |||  |||||| |  |||||  ||| ||||| |||||||||||  ||| |||| ||| |||||    
T  24508613 agcaatatgcaatgcagtcttacccctcacagttacgtcttcaatggattctggacaagcaaagaggagtttagctaaaatttcatcctcaccattttga 24508514  T
Q  207 cttgcaaaatgaagag 222  Q
    ||||||||||||||||    
T  24508513 cttgcaaaatgaagag 24508498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 86 - 271
Target Start/End: Original strand, 31040487 - 31040672
Alignment:
Q  86 ctcatattgttcattcttgatagcaatatgcaatgcagtctcgcacctcacagtcacatctctaatggaattaggacatacaaggaggaatttagctaaa 185  Q
    |||||| |||||||| || | ||||||||| | ||||||||| | ||||||||| ||||||   || ||||| ||||| ||||  |  || || ||||||    
T  31040487 ctcataatgttcatttttcacagcaatatgaagtgcagtctcacccctcacagtaacatcttcgatcgaatttggacaaacaaacaaaaagttggctaaa 31040586  T
Q  186 aggtcaacctctccaatttgacttgcaaaatgaagagcagttaagccttctcttccttgaaatctaacaagttctttattgatgtc 271  Q
    |||||||  |||||| |||| |  |||| |||||||| |||||| |||||  ||||||  | |||||||||||| ||||| |||||    
T  31040587 aggtcaatttctccactttggcaagcaagatgaagaggagttaaaccttcctttcctttgattctaacaagttccttattcatgtc 31040672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University