View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9873_2D_low_3 (Length: 502)

Name: NF9873_2D_low_3
Description: NF9873_2D
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9873_2D_low_3
NF9873_2D_low_3
[»] chr2 (27 HSPs)
chr2 (16-294)||(30731961-30732240)
chr2 (297-502)||(30731471-30731676)
chr2 (31-293)||(30733943-30734205)
chr2 (47-253)||(32918074-32918281)
chr2 (47-254)||(43850042-43850250)
chr2 (30-258)||(9020836-9021065)
chr2 (31-258)||(9026775-9027003)
chr2 (133-248)||(2841010-2841125)
chr2 (30-279)||(8973280-8973530)
chr2 (31-250)||(9008018-9008238)
chr2 (100-245)||(19232359-19232504)
chr2 (174-258)||(9032042-9032126)
chr2 (166-279)||(9023415-9023528)
chr2 (133-258)||(9030387-9030512)
chr2 (180-258)||(8979311-8979389)
chr2 (140-240)||(10763878-10763978)
chr2 (135-279)||(8988423-8988568)
chr2 (133-279)||(9016461-9016611)
chr2 (134-256)||(8992139-8992262)
chr2 (180-254)||(8984686-8984760)
chr2 (140-245)||(6471709-6471813)
chr2 (136-219)||(17225659-17225743)
chr2 (133-243)||(35701893-35702003)
chr2 (133-216)||(17275862-17275945)
chr2 (110-192)||(8912989-8913074)
chr2 (31-87)||(8992294-8992349)
chr2 (209-244)||(39814115-39814150)
[»] chr1 (26 HSPs)
chr1 (16-294)||(14669584-14669863)
chr1 (16-294)||(14706041-14706320)
chr1 (40-293)||(14708532-14708786)
chr1 (22-294)||(14654222-14654494)
chr1 (22-294)||(14664013-14664285)
chr1 (16-294)||(14683703-14683982)
chr1 (39-294)||(14716244-14716500)
chr1 (297-502)||(14670148-14670353)
chr1 (53-286)||(14681560-14681794)
chr1 (53-286)||(14674442-14674676)
chr1 (22-286)||(14679820-14680085)
chr1 (22-294)||(14652478-14652752)
chr1 (22-294)||(14662269-14662543)
chr1 (31-254)||(38175420-38175644)
chr1 (39-279)||(28366097-28366338)
chr1 (152-294)||(14676585-14676727)
chr1 (31-294)||(14667007-14667264)
chr1 (110-279)||(33988038-33988208)
chr1 (130-244)||(11872471-11872585)
chr1 (297-418)||(14676148-14676263)
chr1 (297-418)||(14683266-14683381)
chr1 (169-241)||(37422175-37422247)
chr1 (175-251)||(28698549-28698625)
chr1 (134-193)||(14703134-14703193)
chr1 (348-415)||(14653974-14654040)
chr1 (348-415)||(14663765-14663831)
[»] chr8 (15 HSPs)
chr8 (39-292)||(10944297-10944550)
chr8 (46-280)||(41841058-41841292)
chr8 (29-247)||(40054312-40054531)
chr8 (133-280)||(44878950-44879097)
chr8 (133-280)||(44880824-44880971)
chr8 (49-245)||(37679757-37679953)
chr8 (47-247)||(37682057-37682258)
chr8 (147-255)||(42555090-42555198)
chr8 (135-230)||(44582870-44582965)
chr8 (174-280)||(42220880-42220985)
chr8 (204-254)||(42872514-42872564)
chr8 (174-258)||(42092010-42092093)
chr8 (141-193)||(44583111-44583162)
chr8 (133-187)||(42554655-42554709)
chr8 (31-96)||(42872408-42872471)
[»] chr4 (17 HSPs)
chr4 (46-260)||(11652298-11652512)
chr4 (40-281)||(49106428-49106670)
chr4 (100-281)||(50077158-50077340)
chr4 (40-256)||(3461042-3461258)
chr4 (32-281)||(49108524-49108774)
chr4 (135-246)||(26998735-26998846)
chr4 (141-246)||(26984668-26984773)
chr4 (135-246)||(48205832-48205943)
chr4 (133-219)||(21503706-21503792)
chr4 (142-245)||(41013548-41013651)
chr4 (140-240)||(26982549-26982646)
chr4 (147-281)||(49533638-49533765)
chr4 (138-211)||(35806165-35806238)
chr4 (140-183)||(54677590-54677633)
chr4 (140-190)||(34481105-34481155)
chr4 (187-240)||(6431957-6432010)
chr4 (206-242)||(34481155-34481191)
[»] chr5 (8 HSPs)
chr5 (31-254)||(7524961-7525185)
chr5 (133-258)||(1716444-1716570)
chr5 (44-247)||(3643640-3643843)
chr5 (135-243)||(4103249-4103357)
chr5 (110-214)||(5350672-5350777)
chr5 (138-245)||(16037861-16037966)
chr5 (176-240)||(19261152-19261216)
chr5 (133-193)||(13636366-13636426)
[»] chr6 (8 HSPs)
chr6 (91-281)||(10795840-10796031)
chr6 (32-281)||(10791543-10791793)
chr6 (50-247)||(30521242-30521440)
chr6 (50-193)||(13136608-13136752)
chr6 (135-245)||(8875691-8875803)
chr6 (133-204)||(11333273-11333344)
chr6 (48-121)||(10509478-10509551)
chr6 (141-240)||(21216032-21216131)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (133-247)||(27134511-27134625)
chr7 (133-241)||(8128149-8128256)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (199-245)||(15758562-15758608)
[»] scaffold0549 (1 HSPs)
scaffold0549 (136-193)||(5450-5507)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 244; Significance: 1e-135; HSPs: 27)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 244; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 16 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 30732240 - 30731961
Alignment:
Q  16 gatatgaaccagaataaaaatttaaacttgaattggtggggtgcgccagaccaatgctatagtgcaacacattgacgacacacaagaagcctagtagcaa 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  30732240 gatatgaaccagaataaaaatttaaacttgaattggtggggtgcaccagaccaatgctatagtgcaacacattgacaacacacgagaagcctagtagcaa 30732141  T
Q  116 gctacttaagtggcctcccccc-tcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacac 214  Q
    |||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  30732140 gctaccaaagtggcctccccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatattagatattaaactgataagaacagatactacac 30732041  T
Q  215 ttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgggctcgttgctgcttttatatcagacatgttctcag 294  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30732040 ttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgggctcgttgctgcttttatatcagacatgttctcag 30731961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 297 - 502
Target Start/End: Complemental strand, 30731676 - 30731471
Alignment:
Q  297 actacacacagagatcagtcttgtcttggttcccaaaggtgatgtgatgagttataactactattaaaccaaatacacaacactgaagttgcaaacttat 396  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30731676 actacacacagagattagtcttgtcttggttcccaaaggtgatgtgatgagttataactactattaaaccaaatacacaacactgaagttgcaaacttat 30731577  T
Q  397 ttatggcataccatgtgaaacatcctcttcaactcctgaacaatagacaaaggatcgctccatcggattagtcggtccttaggttggcaacatggtaaac 496  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30731576 ttatagcataccatgtgaaacatcctcttcaactcctgaaccatagacaaaggattgctccatcggattagtcggtccttaggttggcaacatggtaaac 30731477  T
Q  497 atcctc 502  Q
    ||||||    
T  30731476 atcctc 30731471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 152; E-Value: 3e-80
Query Start/End: Original strand, 31 - 293
Target Start/End: Complemental strand, 30734205 - 30733943
Alignment:
Q  31 aaaaatttaaacttgaattggtggggtgcgccagaccaatgctatagtgcaacacattgacgacacacaagaagcctagtagcaagctacttaagtggcc 130  Q
    |||||||| |||||| |||||||||||||||||  ||||||| |||||||||| || || |||||| | |||||||||||||||||||||| || ||||     
T  30734205 aaaaatttgaacttggattggtggggtgcgccaagccaatgcaatagtgcaacgcactggcgacactcgagaagcctagtagcaagctactaaaatggct 30734106  T
Q  131 tc-ccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaa 229  Q
    || |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30734105 tctccccctaaaaaaagtaatttaatatcatgtgaaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaa 30734006  T
Q  230 aggccgagaaaggtatgagttgaaagatgggctcgttgctgcttttatatcagacatgttctca 293  Q
    |||||||||||||||| ||||  || ||| | ||  ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  30734005 aggccgagaaaggtataagttacaacatgagatc-ctgctgcttttatatctgacatgttctca 30733943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 136; E-Value: 1e-70
Query Start/End: Original strand, 47 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 32918281 - 32918074
Alignment:
Q  47 attggtggggtgcgccagaccaatgctatagtgcaacacattgacgacacacaagaagcctagtagcaagctacttaagtggcctc-ccccctcaaaaaa 145  Q
    ||||||| ||||||||| || |||||||||||||||| ||||  |||||||  ||||||  ||||||||||||||  | |||| || |||||||||||||    
T  32918281 attggtgaggtgcgccaaactaatgctatagtgcaacgcattagcgacacaagagaagcagagtagcaagctactgcaatggcttctccccctcaaaaaa 32918182  T
Q  146 gtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtat 245  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32918181 gtaatttaatatcgtgtggaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtat 32918082  T
Q  246 gagttgaa 253  Q
    ||||||||    
T  32918081 gagttgaa 32918074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 113; E-Value: 5e-57
Query Start/End: Original strand, 47 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 43850250 - 43850042
Alignment:
Q  47 attggtggggtgcgccagaccaatgctatagtgcaacacattgacgacacacaagaagcctagtagcaagctacttaagtggcctc-ccccctcaaaaaa 145  Q
    |||||| ||||||||||  || |||| |||||||||| ||| | |||||||  ||||| | | |||||||||| | ||||| |||| |||||||||||||    
T  43850250 attggttgggtgcgccaagcctatgcaatagtgcaacgcataggcgacacattagaagtccaatagcaagctattgaagtgacctctccccctcaaaaaa 43850151  T
Q  146 gtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtat 245  Q
    || |||||||||| |||||  |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43850150 gtgatttaatatcatgtgactcattgggccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtat 43850051  T
Q  246 gagttgaaa 254  Q
    |||||||||    
T  43850050 gagttgaaa 43850042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 103; E-Value: 5e-51
Query Start/End: Original strand, 30 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 9021065 - 9020836
Alignment:
Q  30 taaaaatttaaacttgaattggtggggtgcgccagaccaatgctatagtgcaacacattgacgacacacaagaagcctagtagcaagctacttaagtggc 129  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||| |||| |||||||||||||| |  |||||   ||||||| | ||||||| || | || ||||    
T  9021065 taaaaatttgaacttgaattggtggggtgcacca-acctatgcaatagtgcaacacataggtgacacttgagaagcccaatagcaagttattgaaatggc 9020967  T
Q  130 ctccc-ccctcaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagcca 227  Q
    ||| | ||||||||||||||||||||||  || |||| ||||||| |||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9020966 ctctcaccctcaaaaaagtaatttaatactgtagtgacccattgggccacatctcagatattaaattgataagaacagatactacacttgatcttagcca 9020867  T
Q  228 aaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatg 258  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  9020866 aaaggccgagaaatgtatgaattgaaagatg 9020836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 31 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 9027003 - 9026775
Alignment:
Q  31 aaaaatttaaacttgaattggtggggtgcgccagaccaatgctatagtgcaacacattgacgacacacaagaagcctagtagcaagctacttaagtggcc 130  Q
    |||||||| |||||||||||| |||||| ||||| ||||||| |||||||||  ||| | ||||||   |||| || | |||||||||| | || ||| |    
T  9027003 aaaaatttgaacttgaattggaggggtgtgccag-ccaatgcaatagtgcaaagcataggcgacacttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtc 9026905  T
Q  131 tccccc-ctcaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaa 228  Q
    || ||| ||||||||||||||||||||  || |||| ||||||| ||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9026904 tctcccactcaaaaaagtaatttaatactgttgtgacccattgggccactaatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaa 9026805  T
Q  229 aaggccgagaaaggtatgagttgaaagatg 258  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9026804 aaggccgagaaaggtatgagttgaaagatg 9026775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 133 - 248
Target Start/End: Original strand, 2841010 - 2841125
Alignment:
Q  133 ccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaagg 232  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2841010 ccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgatccattgaaccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaagg 2841109  T
Q  233 ccgagaaaggtatgag 248  Q
    ||||||||||||||||    
T  2841110 ccgagaaaggtatgag 2841125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 30 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 8973530 - 8973280
Alignment:
Q  30 taaaaatttaaacttgaattggtggggtgcgccagaccaatgctatagtgcaacacattgacgacacacaagaagcctagtagcaagctacttaagtggc 129  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||  || ||| |||||||||| |||   | ||||   |||| || |  ||||||||| | || |||     
T  8973530 taaaaatttgaacttgaattggtggggcgcgccagctca-tgcaatagtgcaacgcatatgcaacacttgagaaacccaacagcaagctattgaaatggt 8973432  T
Q  130 ctc-ccccctcaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagcca 227  Q
    ||| |||||| |||||||||||||||||| || |||| ||||||| ||||  ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8973431 ctctcccccttaaaaaagtaatttaatattgttgtgacccattgggccactaatcagatattaaactaataagaacagatactacacttgatcttagcca 8973332  T
Q  228 aaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgggctcgttgctgcttttatat 279  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |  |||||||||||    
T  8973331 aaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgaactcgcttatgcttttatat 8973280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 31 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 9008238 - 9008018
Alignment:
Q  31 aaaaatttaaacttgaattggtggggtgcgccagaccaatgctatagtgcaacacattgacgacacacaagaagcctagtagcaagctacttaagtggcc 130  Q
    ||||| || |||| |||||||||||||| ||||| | ||||| |||||||||  ||| | ||||||   |||| || | || |||| || | || |||||    
T  9008238 aaaaaattgaactagaattggtggggtgtgccag-cgaatgcaatagtgcaaagcataggcgacacttgagaaacccaataacaagttattgaaatggcc 9008140  T
Q  131 tc-ccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtg-tgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaa 228  Q
    || ||||||||||||||||||||||||  ||  ||| ||||||| ||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9008139 tctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttatgacccattgggccactaatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaa 9008040  T
Q  229 aaggccgagaaaggtatgagtt 250  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  9008039 aaggccgagaaaggtatgagtt 9008018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 100 - 245
Target Start/End: Original strand, 19232359 - 19232504
Alignment:
Q  100 agaagcctagtagcaagctacttaagtggcctc-ccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgata 198  Q
    ||||||| | |||||||||| | ||||||| || |||||||||||| |||||||||||| |||||| ||| |||  |||||||||| |||||||| ||||    
T  19232359 agaagcccaatagcaagctattgaagtggcttctccccctcaaaaaggtaatttaatattgtgtgacccaatgggtcacatatcag-tattaaactgata 19232457  T
Q  199 agaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtat 245  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19232458 agaacagatattacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtat 19232504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 174 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 9032126 - 9032042
Alignment:
Q  174 ccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatg 258  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9032126 ccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttaaccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatg 9032042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 166 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 9023528 - 9023415
Alignment:
Q  166 ccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgggctcgt 265  Q
    ||||||| ||||  ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||     
T  9023528 ccattgggccactaatcagatattaaactaataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagttggactcgc 9023429  T
Q  266 tgctgcttttatat 279  Q
    |  |||||||||||    
T  9023428 ttatgcttttatat 9023415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 133 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 9030512 - 9030387
Alignment:
Q  133 ccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaagg 232  Q
    ||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||||  |||| | ||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9030512 ccccctcaaaaaagtaatttaatactgtgtgacccattgagccacttctcaaatattaaattgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaagg 9030413  T
Q  233 ccgagaaaggtatgagttgaaagatg 258  Q
    || |||||  ||||||||||||||||    
T  9030412 ccaagaaaaatatgagttgaaagatg 9030387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 71; E-Value: 6e-32
Query Start/End: Original strand, 180 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 8979389 - 8979311
Alignment:
Q  180 atcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatg 258  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8979389 atcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatg 8979311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 69; E-Value: 9e-31
Query Start/End: Original strand, 140 - 240
Target Start/End: Original strand, 10763878 - 10763978
Alignment:
Q  140 aaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaa 239  Q
    |||||||||||||||||| || || ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  10763878 aaaaaagtaatttaatattgtatggaccattgatccacatatcagatattaaactgataagaacatatactacacttgatcttagtcaaaagaccgagaa 10763977  T
Q  240 a 240  Q
    |    
T  10763978 a 10763978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 135 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 8988568 - 8988423
Alignment:
Q  135 ccctcaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggc 233  Q
    ||||||||||||||||||||||| || | |||||||||   |||  |||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  8988568 ccctcaaaaaagtaatttaatattgttgagaaccattgagtcactgatcaaatattaaactgataagaacaaatactacacttgatcttcgccaaaaggc 8988469  T
Q  234 cgagaaaggtatgagttgaaagatgggctcgttgctgcttttatat 279  Q
    | |||| ||||| ||||||||||||  |||| |  |||||||||||    
T  8988468 caagaatggtataagttgaaagatgaactcgcttatgcttttatat 8988423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 61; E-Value: 6e-26
Query Start/End: Original strand, 133 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 9016611 - 9016461
Alignment:
Q  133 ccccctcaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgaaccattggtccacatatcagatattaaacc---gataagaacagatactacacttgatcttagccaa 228  Q
    ||||||||||||||||||||||||  || |||| ||||||| ||||  ||||||||||||||    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  9016611 ccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtgacccattgggccactaatcagatattaaactactgataagaacagatactacatttgatcttagccaa 9016512  T
Q  229 aaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgggctcgttgctgcttttatat 279  Q
    |||| |||  |||||||||||| |||||||  |||| |  |||||||||||    
T  9016511 aaggtcgaataaggtatgagttaaaagatgaactcgcttatgcttttatat 9016461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 134 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 8992262 - 8992139
Alignment:
Q  134 cccctcaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaagg 232  Q
    ||||||||||||||||||||||||  | |||| ||||||| ||||  |||||||||| |||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  8992262 cccctcaaaaaagtaatttaatattattgtgacccattgggccactaatcagatattgaactcataagaacatatactacacttgatcttagccaaaaga 8992163  T
Q  233 ccgagaaaggtatgagttgaaaga 256  Q
    | |||||||| ||||||| |||||    
T  8992162 ctgagaaaggcatgagttaaaaga 8992139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #20
Raw Score: 59; E-Value: 9e-25
Query Start/End: Original strand, 180 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 8984760 - 8984686
Alignment:
Q  180 atcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaa 254  Q
    |||| |||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8984760 atcaaatattaaactaataagaacaaatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaa 8984686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #21
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 140 - 245
Target Start/End: Original strand, 6471709 - 6471813
Alignment:
Q  140 aaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaa 239  Q
    |||||||||| |||||||| ||||| ||||| | ||  ||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||    
T  6471709 aaaaaagtaacttaatatcatgtgatccattagaccgtatatcagatattaaactaataagaacatatactacactt-atcttagccaaaaggtcgaaaa 6471807  T
Q  240 aggtat 245  Q
    ||||||    
T  6471808 aggtat 6471813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #22
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 136 - 219
Target Start/End: Original strand, 17225659 - 17225743
Alignment:
Q  136 cctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgat-aagaacagatactacacttgat 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||  |||||| ||| ||||||| |||||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  17225659 cctcaaaaaagtaatttaatatcgtatgattcattggaccagatatcagttattaaaccgataaaaaacagatactacacttgat 17225743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #23
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 133 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 35702003 - 35701893
Alignment:
Q  133 ccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaagg 232  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||||    |||| |||||||||| |||||||||  |||| |||| |||| |||||||||||||||||||| |    
T  35702003 ccccctcaaaaaagtaaactaatatcgtgtgacttgttggcccacatatcaaatattaaactaataaaaacaaataccacacttgatcttagccaaaaag 35701904  T
Q  233 ccgagaaaggt 243  Q
      |||||||||    
T  35701903 ttgagaaaggt 35701893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #24
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 133 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 17275945 - 17275862
Alignment:
Q  133 ccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacactt 216  Q
    |||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||| |||||||| | | ||| ||| |||||||||  |||||||||||    
T  17275945 ccccctcaaaaatgtaattcaatatcgtgtgatccattggaccacatattaaagattgaactgataagaacgtatactacactt 17275862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #25
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 110 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 8913074 - 8912989
Alignment:
Q  110 tagcaagctacttaagtggcctc-ccccctcaaaaaagtaatttaatatc--gtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaa 192  Q
    |||||||||||| || ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||  |||||| |||||||| | ||||||||    
T  8913074 tagcaagctactgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatatcatgtgtgattcattggaccacatattatatattaaa 8912989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #26
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 31 - 87
Target Start/End: Complemental strand, 8992349 - 8992294
Alignment:
Q  31 aaaaatttaaacttgaattggtggggtgcgccagaccaatgctatagtgcaacacat 87  Q
    |||||||| |||||||||||| |||||||||||| || |||| ||||||||||||||    
T  8992349 aaaaatttgaacttgaattggaggggtgcgccag-cccatgcaatagtgcaacacat 8992294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #27
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 209 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 39814150 - 39814115
Alignment:
Q  209 ctacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggta 244  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  39814150 ctacacttgatcatagccaaaaggccgagaaaggta 39814115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 240; Significance: 1e-133; HSPs: 26)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 240; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 16 - 294
Target Start/End: Original strand, 14669584 - 14669863
Alignment:
Q  16 gatatgaaccagaataaaaatttaaacttgaattggtggggtgcgccagaccaatgctatagtgcaacacattgacgacacacaagaagcctagtagcaa 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |  |||||||||    
T  14669584 gatatgaaccagaataaaaatttaaacttgaattggtggggtgcaccagaccaatgctatagtgcaacacattggcgacacacaagaggattagtagcaa 14669683  T
Q  116 gctacttaagtggcctc-ccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacac 214  Q
    |||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  14669684 gctactaaagttgcctctccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacac 14669783  T
Q  215 ttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgggctcgttgctgcttttatatcagacatgttctcag 294  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14669784 ttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgggctcgttgctgcttttatatcagacatgttctcag 14669863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 16 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 14706320 - 14706041
Alignment:
Q  16 gatatgaaccagaataaaaatttaaacttgaattggtggggtgcgccagaccaatgctatagtgcaacacattgacgacacacaagaagcctagtagcaa 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | | |||||||||| |  |||||||||    
T  14706320 gatatgaaccagaataaaaatttaaacttgaattggtggggtgcgccagaccaatgttatagtgcaacacatagtcaacacacaagaggattagtagcaa 14706221  T
Q  116 gctacttaagtggcctc-ccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacac 214  Q
    |||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  14706220 gctactaaagttgcctctccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacac 14706121  T
Q  215 ttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgggctcgttgctgcttttatatcagacatgttctcag 294  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||    
T  14706120 ttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgggctcggtgctgcttttatatcagaaacgttctcag 14706041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 40 - 293
Target Start/End: Complemental strand, 14708786 - 14708532
Alignment:
Q  40 aacttgaattggtggggtgcgccagaccaatgctatagtgcaacacattgacgacacacaagaagcctagtagcaagctacttaagtggcctc-ccccct 138  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||| ||||| |||| ||||||    
T  14708786 aacttgaattggtggggtgcgccaggccaatgctgtagtgcaacacattgacgacacaagagaagcctaatagcaagctactaaagtgacctctccccct 14708687  T
Q  139 caaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgaga 238  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14708686 caaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgaga 14708587  T
Q  239 aaggtatgagttgaaagatgggctcgttgctgcttttatatcagacatgttctca 293  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |  |||||||||||| ||||| ||||||    
T  14708586 aaggtatgagttgaaagatgggctcactagtgcttttatatctgacattttctca 14708532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 22 - 294
Target Start/End: Original strand, 14654222 - 14654494
Alignment:
Q  22 aaccagaataaaaatttaaacttgaattggtggggtgcgccagaccaatgctatagtgcaacacattgacgacacacaagaagcctagtagcaagctact 121  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||| | || |||||||||||||    
T  14654222 aaccagaataaaaatttaa-cttgaattggtggggtgagccaagccaatgctatagtgcaacatattggcgacacacgagaggactcgtagcaagctact 14654320  T
Q  122 taagtggcctc-ccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatc 220  Q
     |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  14654321 gaagtggcctctccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatc 14654420  T
Q  221 ttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgggctcgttgctgcttttatatcagacatgttctcag 294  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  | |||||||||||||| |||||| |||||||    
T  14654421 ttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatggacaagctgctgcttttatattagacattttctcag 14654494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 22 - 294
Target Start/End: Original strand, 14664013 - 14664285
Alignment:
Q  22 aaccagaataaaaatttaaacttgaattggtggggtgcgccagaccaatgctatagtgcaacacattgacgacacacaagaagcctagtagcaagctact 121  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||| | || |||||||||||||    
T  14664013 aaccagaataaaaatttaa-cttgaattggtggggtgagccaagccaatgctatagtgcaacatattggcgacacacgagaggactcgtagcaagctact 14664111  T
Q  122 taagtggcctc-ccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatc 220  Q
     |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  14664112 gaagtggcctctccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatc 14664211  T
Q  221 ttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgggctcgttgctgcttttatatcagacatgttctcag 294  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  | |||||||||||||| |||||| |||||||    
T  14664212 ttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatggacaagctgctgcttttatattagacattttctcag 14664285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 16 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 14683982 - 14683703
Alignment:
Q  16 gatatgaaccagaataaaaatttaaacttgaattggtggggtgcgccagaccaatgctatagtgcaacacattgacgacacacaagaagcctagtagcaa 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||| | ||||||||||    
T  14683982 gatatgaaccagaataaaaatttaactttggattggtggggtgcaccaagccaatgctatagtgcaacacattggtgacacacgagaggactagtagcaa 14683883  T
Q  116 gctacttaagtggcctc-ccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacac 214  Q
    |||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  14683882 gctactaaagttgcctctccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacac 14683783  T
Q  215 ttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgggctcgttgctgcttttatatcagacatgttctcag 294  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || | ||| ||||||||| ||||||| |||||||    
T  14683782 ttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaatatggactagctgccgcttttataacagacatcttctcag 14683703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 39 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 14716500 - 14716244
Alignment:
Q  39 aaacttgaattggtggggtgcgccagaccaatgctatagtgcaacacattgacgacacacaagaagcctagtagcaagctacttaagtggcctc-ccccc 137  Q
    ||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |  ||||||||||||||| |||| ||||| |||||    
T  14716500 aaacttgaattggtggggtgcaccaagccaatgctatagtgcaacacattggcgacacacgagaggattagtagcaagctactaaagttgcctctccccc 14716401  T
Q  138 tcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgag 237  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14716400 tcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatattagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgag 14716301  T
Q  238 aaaggtatgagttgaaagatgggctcgttgctgcttttatatcagacatgttctcag 294  Q
    |||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  14716300 aaaggtatgagttgaaagatgaactcggtgctgcttttatatcagacatcttctcag 14716244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 182; E-Value: 3e-98
Query Start/End: Original strand, 297 - 502
Target Start/End: Original strand, 14670148 - 14670353
Alignment:
Q  297 actacacacagagatcagtcttgtcttggttcccaaaggtgatgtgatgagttataactactattaaaccaaatacacaacactgaagttgcaaacttat 396  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14670148 actacacacagagatcagtcttgtcttggttcccaaaggtgatgtgatgagttataactactattaaaccaaatacacaacactgaagttgcaaacttat 14670247  T
Q  397 ttatggcataccatgtgaaacatcctcttcaactcctgaacaatagacaaaggatcgctccatcggattagtcggtccttaggttggcaacatggtaaac 496  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  14670248 ttatagcataccatgtgaaacatcctcttcaactcctgaaccatagacaaagaattgctccatcggattagtcggtccttaggctggaaacatggtaaac 14670347  T
Q  497 atcctc 502  Q
    ||||||    
T  14670348 atcctc 14670353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 167; E-Value: 3e-89
Query Start/End: Original strand, 53 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 14681794 - 14681560
Alignment:
Q  53 ggggtgcgccagaccaatgctatagtgcaacacattgacgacacacaagaagcctagtagcaagctacttaagtggcctc-ccccctcaaaaaagtaatt 151  Q
    |||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||  ||||| | |||||||||||||||||||||| || |||| || |||||||||||||||||||    
T  14681794 ggggtgtgccaaaccaatgctatagtgcaatacattgttgacacccgagaagcctagtagcaagctactaaaatggcttctccccctcaaaaaagtaatt 14681695  T
Q  152 taatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttg 251  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  14681694 taatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtataagttg 14681595  T
Q  252 aaagatgggctcgttgctgcttttatatcagacat 286  Q
    ||| ||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  14681594 aaaaatgggctaggtgctgcttttatatcagacat 14681560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 163; E-Value: 8e-87
Query Start/End: Original strand, 53 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 14674676 - 14674442
Alignment:
Q  53 ggggtgcgccagaccaatgctatagtgcaacacattgacgacacacaagaagcctagtagcaagctacttaagtggcctc-ccccctcaaaaaagtaatt 151  Q
    |||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||  ||||| | |||||||||||||||||||||| || |||| || |||||||||||||||||||    
T  14674676 ggggtgtgccaaaccaatgctatagtgcaatacattgttgacacccgagaagcctagtagcaagctactaaaatggcttctccccctcaaaaaagtaatt 14674577  T
Q  152 taatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttg 251  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14674576 taatatcatgtgaaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttg 14674477  T
Q  252 aaagatgggctcgttgctgcttttatatcagacat 286  Q
     ||||| |||| | |||||||||||||||||||||    
T  14674476 gaagattggctaggtgctgcttttatatcagacat 14674442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 162; E-Value: 3e-86
Query Start/End: Original strand, 22 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 14680085 - 14679820
Alignment:
Q  22 aaccagaataaaaatttaaacttgaattggtggggtgcgccagaccaatgctatagtgcaacacattgacgacacacaagaagcctagtagcaagctact 121  Q
    ||||| || ||||||||| |||   |||||| ||||||||||  |||||||| ||||||||| ||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  14680085 aaccaaaaaaaaaatttagactcagattggtcgggtgcgccaagccaatgctgtagtgcaacgcattggcaacactcaagaagcctagtagcaagctact 14679986  T
Q  122 taagtggcctc-ccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatc 220  Q
     |  |||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  14679985 aatatggcttctccccctcaaaaaagtaatttaatatcatgtgaaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatc 14679886  T
Q  221 ttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgggctcgttgctgcttttatatcagacat 286  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| | |||||||||||||||||||||    
T  14679885 ttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttggaagattggctaggtgctgcttttatatcagacat 14679820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 22 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 14652752 - 14652478
Alignment:
Q  22 aaccagaataaaa-atttaaacttgaattggtggggtgcgccagaccaatgctatagtgcaacacattgacgacacacaagaagcctagtagcaagctac 120  Q
    ||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||   |||| | |||||||||||||||||||||    
T  14652752 aaccaaaataaaatatttgaacttgaattggtggggtgcgccacgccaatgctatagtgcaacgcattggaaacactcgagaagcctagtagcaagctac 14652653  T
Q  121 ttaagtggcctc-ccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgat 219  Q
    | || |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  14652652 taaaatggcttctccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtggaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgat 14652553  T
Q  220 cttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgggctcgttgctgcttttatatcagacatgttctcag 294  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| || || || || |  | ||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  14652552 cttagccaaaaggccgagaaaggtatgatttcaatgaaggaccagctgctgctcttatatcagacatcttctcag 14652478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 22 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 14662543 - 14662269
Alignment:
Q  22 aaccagaataaaa-atttaaacttgaattggtggggtgcgccagaccaatgctatagtgcaacacattgacgacacacaagaagcctagtagcaagctac 120  Q
    ||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||   |||| | |||||||||||||||||||||    
T  14662543 aaccaaaataaaatatttgaacttgaattggtggggtgcgccacgccaatgctatagtgcaacgcattggaaacactcgagaagcctagtagcaagctac 14662444  T
Q  121 ttaagtggcctc-ccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgat 219  Q
    | || |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  14662443 taaaatggcttctccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtggaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgat 14662344  T
Q  220 cttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgggctcgttgctgcttttatatcagacatgttctcag 294  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| || || || || |  | ||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  14662343 cttagccaaaaggccgagaaaggtatgatttcaatgaaggaccagctgctgctcttatatcagacatcttctcag 14662269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 31 - 254
Target Start/End: Original strand, 38175420 - 38175644
Alignment:
Q  31 aaaaatttaaacttgaattggtggggtgcgccagaccaatgctatagtgcaacacattgacgacacacaagaagcctagtagcaagctacttaagtggcc 130  Q
    ||||| || |||| |||||||||||||||||||| |  |||  ||||||||||||||   |||||||  | || || || ||||||||||| | ||||      
T  38175420 aaaaaattgaactagaattggtggggtgcgccaggcttatgtaatagtgcaacacataagcgacacatgataaacccagcagcaagctactgaggtggtt 38175519  T
Q  131 tc-ccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaa 229  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38175520 tctccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgacccattggaacacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaa 38175619  T
Q  230 aggccgagaaaggtatgagttgaaa 254  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  38175620 aggccgagaaaggtatgagttgaaa 38175644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 39 - 279
Target Start/End: Original strand, 28366097 - 28366338
Alignment:
Q  39 aaacttgaattggtggggtgcgccagaccaatgctatagtgcaacacattgacgacacacaagaagcctagtagcaagctacttaagtggcctc-ccccc 137  Q
    |||||| |||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||| |||  ||||||||  | |  |||||||||||||||||  | | | ||| |||||    
T  28366097 aaactttaattggtgggatgcgccag-ccaatgcaatagtgcaacgcataaacgacacatgaaagacctagtagcaagctactataatagtctctccccc 28366195  T
Q  138 tcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtc-cacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccga 236  Q
    | ||||||||||||||||||||||||| |||||||   ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28366196 ttaaaaaagtaatttaatatcgtgtgacccattggggtcacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccga 28366295  T
Q  237 gaaaggtatgagttgaaagatgggctcgttgctgcttttatat 279  Q
    |||||||||||||||||||| ||| |||   ||||||||||||    
T  28366296 gaaaggtatgagttgaaagaggggttcgcatctgcttttatat 28366338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 111; E-Value: 8e-56
Query Start/End: Original strand, 152 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 14676727 - 14676585
Alignment:
Q  152 taatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttg 251  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14676727 taatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttg 14676628  T
Q  252 aaagatgggctcgttgctgcttttatatcagacatgttctcag 294  Q
    ||| |||| || | ||| ||||||||| ||||||| |||||||    
T  14676627 aaatatggactagctgccgcttttataacagacatcttctcag 14676585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 108; E-Value: 5e-54
Query Start/End: Original strand, 31 - 294
Target Start/End: Original strand, 14667007 - 14667264
Alignment:
Q  31 aaaaatttaaacttgaattggtggggtgcgccagaccaatgctatagtgcaacacattgacgacacacaagaagcctagtagcaagctacttaag-tggc 129  Q
    |||||||| | |||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| || | |||| | |||||||| |       ||||| ||  ||||    
T  14667007 aaaaatttgagcttggattggtggggtgcgccaagccaatgctatagtgcaacacactggcaacactcgagaagccttg-------ctactaaaaatggc 14667099  T
Q  130 ctc-ccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaa 228  Q
     || ||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14667100 ttctccccctagaaaaagtaatttaatatcatgtgaaccattggtccacgtatcagatattaaactaataagaacagatactacacttgatcttagccaa 14667199  T
Q  229 aaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgggctcgttgctgcttttatatcagacatgttctcag 294  Q
    ||||||||||||||||||||||  || ||| | ||  ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  14667200 aaggccgagaaaggtatgagttacaacatgagatc-ctgctgcttttatatctgacatgttctcag 14667264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 110 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 33988208 - 33988038
Alignment:
Q  110 tagcaagctacttaagtggcctc-ccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagata 208  Q
    |||||||||| | || ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  33988208 tagcaagctattgaaatggcctctcccccttaaaaaagtaatttaatatcgtgtgactcattgagccacatatcagatattaaactgataagaacagata 33988109  T
Q  209 ctacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgggctcgttgctgcttttatat 279  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |  |||||||||||    
T  33988108 ctacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatggactcacttatgcttttatat 33988038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 130 - 244
Target Start/End: Original strand, 11872471 - 11872585
Alignment:
Q  130 ctcccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaa 229  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  11872471 ctcccccttaaaaaaagtaatttaatatcgtgtgacccattgaaccacatatcatatattaaactgataagaacagatagtacacttgatcttagtcaaa 11872570  T
Q  230 aggccgagaaaggta 244  Q
    |||||||||||||||    
T  11872571 aggccgagaaaggta 11872585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 297 - 418
Target Start/End: Complemental strand, 14676263 - 14676148
Alignment:
Q  297 actacacacagagatcagtcttgtcttggttcccaaaggtgatgtgatgagttataactactattaaaccaaatacacaacactgaagttgcaaacttat 396  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||     ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  14676263 actacacacagagatcagtcttgtcttggttccaaaaggtgatg-----agttataactactataaaaccaaatacacaacactgacgttgcaaccttat 14676169  T
Q  397 ttatggcataccatgtgaaaca 418  Q
    |||| ||||||||| |||||||    
T  14676168 ttat-gcataccatatgaaaca 14676148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 297 - 418
Target Start/End: Complemental strand, 14683381 - 14683266
Alignment:
Q  297 actacacacagagatcagtcttgtcttggttcccaaaggtgatgtgatgagttataactactattaaaccaaatacacaacactgaagttgcaaacttat 396  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||     ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  14683381 actacacacagagatcagtcttgtcttggttccaaaaggtgatg-----agttataactactataaaaccaaatacacaacactgacgttgcaaccttat 14683287  T
Q  397 ttatggcataccatgtgaaaca 418  Q
    |||| ||||||||| |||||||    
T  14683286 ttat-gcataccatatgaaaca 14683266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 169 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 37422247 - 37422175
Alignment:
Q  169 ttggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaag 241  Q
    |||| |||||||||||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37422247 ttggaccacatatcagatattaaactgataagaacatatgctacacttgatcttagccaaaaggccgagaaag 37422175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #23
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 175 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 28698625 - 28698549
Alignment:
Q  175 cacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttg 251  Q
    ||||||||| ||||||||  ||||| || | |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  28698625 cacatatcaaatattaaattgataaaaatatatactacatttgatcttagccaaaagaccgagaaatgtatgagttg 28698549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #24
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 134 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 14703193 - 14703134
Alignment:
Q  134 cccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaac 193  Q
    ||||| |||||  ||||||||||||||||| || |||||||||||||||| |||||||||    
T  14703193 cccctaaaaaatttaatttaatatcgtgtggactattggtccacatatcaaatattaaac 14703134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #25
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 348 - 415
Target Start/End: Original strand, 14653974 - 14654040
Alignment:
Q  348 ttataactactattaaaccaaatacacaacactgaagttgcaaacttatttatggcataccatgtgaa 415  Q
    ||||||| ||||| |||| ||||| ||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||| ||||    
T  14653974 ttataaccactataaaactaaataaacaacactgaagttgc-gacttatttatagcataccatatgaa 14654040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #26
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 348 - 415
Target Start/End: Original strand, 14663765 - 14663831
Alignment:
Q  348 ttataactactattaaaccaaatacacaacactgaagttgcaaacttatttatggcataccatgtgaa 415  Q
    ||||||| ||||| |||| ||||| ||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||| ||||    
T  14663765 ttataaccactataaaactaaataaacaacactgaagttgc-gacttatttatagcataccatatgaa 14663831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 147; Significance: 3e-77; HSPs: 15)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 147; E-Value: 3e-77
Query Start/End: Original strand, 39 - 292
Target Start/End: Original strand, 10944297 - 10944550
Alignment:
Q  39 aaacttgaattggtggggtgcgccagaccaatgctatagtgcaacacattgacgacacacaagaagcctagtagcaagctacttaagtggcctcccccc- 137  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |   ||||| |||||||||||||||||||||||| || |||| || ||||     
T  10944297 aaacttgaattggtggggtgcgccaaaccaatgctatagtgcaacgcaatagtgacactcaagaagcctagtagcaagctactaaaatggcttctcccca 10944396  T
Q  138 tcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgag 237  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  10944397 tcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccatttgtccacatataagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggtcgag 10944496  T
Q  238 aaaggtatgagttgaaagatgggctcgttgctgcttttatatcagacatgttctc 292  Q
    |||||||||||||  || ||| ||||  |  |||||||||||| |||||||||||    
T  10944497 aaaggtatgagttacaacatgagctc-ctattgcttttatatctgacatgttctc 10944550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 46 - 280
Target Start/End: Original strand, 41841058 - 41841292
Alignment:
Q  46 aattggtggggtgcgccagaccaatgctatagtgcaacacattgacgacacacaagaagcctagtagcaagctacttaagtggcctcccccc-tcaaaaa 144  Q
    ||||| ||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||| | |||||| | ||||||| | |||||||||| |   ||||| || |||| |||||||    
T  41841058 aattgatggggtgcgccagccca-tgcaatagtgcaacacataggcgacactcgagaagcccaatagcaagctattggggtggcttctccccatcaaaaa 41841156  T
Q  145 agtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggta 244  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41841157 agtaatttaatatcgtgtgacccattggaccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggta 41841256  T
Q  245 tgagttgaaagatgggctcgttgctgcttttatatc 280  Q
    |||||||||||||||| | | | |||||||||||||    
T  41841257 tgagttgaaagatgggttggcttctgcttttatatc 41841292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 29 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 40054531 - 40054312
Alignment:
Q  29 ataaaaatttaaacttgaattggtggggtgcgccagaccaatgctatagtgcaacacattgacgacacacaagaagcctagtagcaagctacttaagtgg 128  Q
    ||||||| || |||| | |||||||||||||||||  |  |||| ||||||||||||||   ||||||  |||||||| | |||||||||| | ||||||    
T  40054531 ataaaaaattgaactagtattggtggggtgcgccaagcttatgcaatagtgcaacacataagcgacacttaagaagcccaatagcaagctattgaagtgg 40054432  T
Q  129 cctc-ccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagcca 227  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40054431 cctctccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtatgacccattgggccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagcca 40054332  T
Q  228 aaaggccgagaaaggtatga 247  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  40054331 aaaggccgagaaaggtatga 40054312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 108; E-Value: 5e-54
Query Start/End: Original strand, 133 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 44879097 - 44878950
Alignment:
Q  133 ccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaagg 232  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44879097 ccccctcaaaaaagtaatttaatatcatgtgacccattgagccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaagg 44878998  T
Q  233 ccgagaaaggtatgagttgaaagatgggctcgttgctgcttttatatc 280  Q
    ||||||||||||||||||||| | ||||||||   |||||||||||||    
T  44878997 ccgagaaaggtatgagttgaatgttgggctcgcctctgcttttatatc 44878950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 108; E-Value: 5e-54
Query Start/End: Original strand, 133 - 280
Target Start/End: Original strand, 44880824 - 44880971
Alignment:
Q  133 ccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaagg 232  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44880824 ccccctcaaaaaagtaatttaatatcatgtgacccattgagccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaagg 44880923  T
Q  233 ccgagaaaggtatgagttgaaagatgggctcgttgctgcttttatatc 280  Q
    ||||||||||||||||||||| | ||||||||   |||||||||||||    
T  44880924 ccgagaaaggtatgagttgaatgttgggctcgcctctgcttttatatc 44880971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 49 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 37679953 - 37679757
Alignment:
Q  49 tggtggggtgcgccagaccaatgctatagtgcaacacattgacgacacacaagaagcctagtagcaagctacttaagtggcctc-ccccctcaaaaaagt 147  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  | ||||||| | || ||| | |||||||||||    |||||||| ||||||||| |||      
T  37679953 tggtggggtgcgccagaccattgctatagtgcaacacaaaggcgacacaga-gaggcccaatagcaagctaccgtggtggcctctccccctcaataaata 37679855  T
Q  148 aatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtat 245  Q
    |||||||||||  ||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37679854 aatttaatatcaagtggaccattggcccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtat 37679757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 47 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 37682258 - 37682057
Alignment:
Q  47 attggtggggtgcgccagaccaatgctatagtgcaacacattgacgacacacaagaagcctagtagcaagctacttaagtggcctcccc-cctcaaaaaa 145  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||  |  || |||||   |||  |||| |||||||||| ||  |||| ||| |  ||| ||||||    
T  37682258 attggtggggcgcgccagaccaatgcaatagtgcaacgtaaagatgacacttgagagacctaatagcaagctattttggtggactctcatcctaaaaaaa 37682159  T
Q  146 gtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtat 245  Q
      |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  37682158 caaatttaatatcgtgtggaccattggcccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaatgtat 37682059  T
Q  246 ga 247  Q
    ||    
T  37682058 ga 37682057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 61; E-Value: 6e-26
Query Start/End: Original strand, 147 - 255
Target Start/End: Original strand, 42555090 - 42555198
Alignment:
Q  147 taatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatg 246  Q
    ||||||||||||||||||  |||||  |||||||||| ||||||||| ||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||  | |||||||||||    
T  42555090 taatttaatatcgtgtgattcattgaaccacatatcaaatattaaactgataaaaacagattctgcacttgatcttagccaaaagatcaagaaaggtatg 42555189  T
Q  247 agttgaaag 255  Q
    |||||||||    
T  42555190 agttgaaag 42555198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 135 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 44582965 - 44582870
Alignment:
Q  135 ccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaa 230  Q
    |||||||||||||||||||||||| |   | ||||||  | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44582965 ccctcaaaaaagtaatttaatatcatagaatccattgagctacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaa 44582870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 174 - 280
Target Start/End: Original strand, 42220880 - 42220985
Alignment:
Q  174 ccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgggctcgttgctgctt 273  Q
    ||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||| |  |||||   ||||||    
T  42220880 ccacatatcagatattaaactaataagaa-agatactacacttgatcttagccaaaagaccgaaaaatgtatgagttgaaagctatgctcgcctctgctt 42220978  T
Q  274 ttatatc 280  Q
    |||||||    
T  42220979 ttatatc 42220985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 204 - 254
Target Start/End: Original strand, 42872514 - 42872564
Alignment:
Q  204 agatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaa 254  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42872514 agatactacacttaatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaa 42872564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 174 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 42092093 - 42092010
Alignment:
Q  174 ccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatg 258  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||| || |||| ||||||||  ||||||||||||||| |||||||    
T  42092093 ccacatatcagatattaaactgataagaacaaatattacacttaattttag-caaaaggcaaagaaaggtatgagtttaaagatg 42092010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 141 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 44583162 - 44583111
Alignment:
Q  141 aaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaac 193  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||    
T  44583162 aaaaagtaatttaatatcgtgtgtaccatt-gttcacatatcagatattaaac 44583111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 133 - 187
Target Start/End: Original strand, 42554655 - 42554709
Alignment:
Q  133 ccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagata 187  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||| |  |||||  ||||||||||||||    
T  42554655 ccccctcaaaaaaataatttaatatcgtgtaattcattgacccacatatcagata 42554709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 31 - 96
Target Start/End: Original strand, 42872408 - 42872471
Alignment:
Q  31 aaaaatttaaacttgaattggtggggtgcgccagaccaatgctatagtgcaacacattgacgacac 96  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||||| ||| ||| ||| |||||||||||||| ||||||||    
T  42872408 aaaaaattaaactt-aattggtggggtgcgtcagccca-tgcaatagtgcaacacatagacgacac 42872471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 136; Significance: 1e-70; HSPs: 17)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 136; E-Value: 1e-70
Query Start/End: Original strand, 46 - 260
Target Start/End: Original strand, 11652298 - 11652512
Alignment:
Q  46 aattggtggggtgcgccagaccaatgctatagtgcaacacattgacgacacacaagaagcctagtagcaagctacttaagtggcctc-ccccctcaaaaa 144  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||| | |||||| ||||||||| | |||||||||| |  |||||| || ||||||||||||    
T  11652298 aattggtggggtgcgccagccca-tgcaatagtgcaacacataggcgacactcaagaagcccaatagcaagctattggagtggcttctccccctcaaaaa 11652396  T
Q  145 agtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggta 244  Q
    | |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11652397 aataatttaatatcgtgtgacccattgggccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggta 11652496  T
Q  245 tgagttgaaagatggg 260  Q
    |||||| |||||||||    
T  11652497 tgagttaaaagatggg 11652512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 40 - 281
Target Start/End: Original strand, 49106428 - 49106670
Alignment:
Q  40 aacttgaattggtggggtgcgccagaccaatgctatagtgcaacacattgacgacacacaagaagcctagtagcaagctacttaagtggcctc-ccccct 138  Q
    |||| ||||||||||||||||||   |  |||| ||||||||||||||   ||||||| |||||  | |||||||||||||| | ||| | || ||||||    
T  49106428 aactagaattggtggggtgcgcctagctcatgcaatagtgcaacacatgagcgacacataagaaatccagtagcaagctactaaggtgacttctccccct 49106527  T
Q  139 caaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgaga 238  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49106528 caaaaaagtaatttaatatcgtgtgatccattggaccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgaga 49106627  T
Q  239 aaggtatgagttgaaagatgggctcgttgctgcttttatatca 281  Q
    |||||||||||||||||   |||| | | ||||||||||||||    
T  49106628 aaggtatgagttgaaagggtggctggcttctgcttttatatca 49106670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 100 - 281
Target Start/End: Original strand, 50077158 - 50077340
Alignment:
Q  100 agaagcctagtagcaagctacttaagtggcctc-ccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgata 198  Q
    ||||||| | |||||||||| | ||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||    
T  50077158 agaagcccaatagcaagctattgaagtggcttctccccctcaaaaaagtaatttaatatcatgtgaaccattggaacacatatcagatattaaactgata 50077257  T
Q  199 agaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgggctcgttgctgcttttatatca 281  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| | | ||||||||||||||    
T  50077258 agaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagaagagctggcttctgcttttatatca 50077340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 40 - 256
Target Start/End: Original strand, 3461042 - 3461258
Alignment:
Q  40 aacttgaattggtggggtgcgccagaccaatgctatagtgcaacacattgacgacacacaagaagcctagtagcaagctacttaagtggcctc-ccccct 138  Q
    |||||| |||||||||||| ||||| || |||| |||||||||| ||| |||||||| | |||| || | |||||||||| | || |||| || ||||||    
T  3461042 aacttgtattggtggggtgtgccag-cctatgcaatagtgcaacgcatagacgacactcgagaaacccaatagcaagctattgaaatggcttctccccct 3461140  T
Q  139 caaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgaga 238  Q
     ||||||||||||||||||||||||| ||||||   ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3461141 taaaaaagtaatttaatatcgtgtgacccattgagtcacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgaga 3461240  T
Q  239 aaggtatgagttgaaaga 256  Q
    ||||||||| ||||||||    
T  3461241 aaggtatgaattgaaaga 3461258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 111; E-Value: 8e-56
Query Start/End: Original strand, 32 - 281
Target Start/End: Original strand, 49108524 - 49108774
Alignment:
Q  32 aaaatttaaacttgaattggtggggtgcgccagaccaatgctatagtgcaacacattgacgacacacaagaagcctagtagcaagctacttaagtggcct 131  Q
    |||| ||||||| | ||||||||||||||||   |  |||| ||||||||||||||   ||||||| |||||| | | ||||||||||||    || | |    
T  49108524 aaaaattaaactaggattggtggggtgcgcctagctcatgcaatagtgcaacacatgagcgacacataagaagtccaatagcaagctactgtgatgactt 49108623  T
Q  132 c-ccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaa 230  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||   ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49108624 ctccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgacccattgagtcacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaa 49108723  T
Q  231 ggccgagaaaggtatgagttgaaagatgggctcgttgctgcttttatatca 281  Q
    |||||||||||||||||||||||| || |||| | | ||| ||||||||||    
T  49108724 ggccgagaaaggtatgagttgaaatataggctggcttctgattttatatca 49108774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 135 - 246
Target Start/End: Original strand, 26998735 - 26998846
Alignment:
Q  135 ccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggcc 234  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26998735 ccctaaaaaaagtaatttaatatcgtgtggaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggcc 26998834  T
Q  235 gagaaaggtatg 246  Q
    ||||||||||||    
T  26998835 gagaaaggtatg 26998846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 98; E-Value: 5e-48
Query Start/End: Original strand, 141 - 246
Target Start/End: Original strand, 26984668 - 26984773
Alignment:
Q  141 aaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaa 240  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26984668 aaaaagtaatttaatatcgtgtggaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaa 26984767  T
Q  241 ggtatg 246  Q
    ||||||    
T  26984768 ggtatg 26984773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 135 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 48205943 - 48205832
Alignment:
Q  135 ccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggcc 234  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||| ||||||||||   ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  48205943 ccctcaaaaaagtaatttaatatcatgtaaaccaatggtccacatataagatattaaattaataagaacagatactacacttaatcttagctaaaaggcc 48205844  T
Q  235 gagaaaggtatg 246  Q
    ||||||||||||    
T  48205843 gagaaaggtatg 48205832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 133 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 21503792 - 21503706
Alignment:
Q  133 ccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgat 219  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  21503792 ccccctcaaaaaaataatttaatatcgtgtgacctattgagccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgat 21503706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 142 - 245
Target Start/End: Original strand, 41013548 - 41013651
Alignment:
Q  142 aaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaag 241  Q
    |||| |||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| || |||| |||||| ||||||||||||||||     
T  41013548 aaaaataatttaataccatgtgaacccttggtccacatatcagatattaaacggataagaacatatattatacttaatcttaaccaaaaggccgagaaaa 41013647  T
Q  242 gtat 245  Q
    ||||    
T  41013648 gtat 41013651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 140 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 26982646 - 26982549
Alignment:
Q  140 aaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaa 239  Q
    |||||| | |||||||||| ||| || ||||| ||||||||| ||||| |||||   ||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  26982646 aaaaaaatgatttaatatcatgtaaatcattgatccacatattagatactaaac---taataacagatgctacacttgatcttagccaagaggccgagaa 26982550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 147 - 281
Target Start/End: Original strand, 49533638 - 49533765
Alignment:
Q  147 taatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatg 246  Q
    |||||||||||||||||| | ||||    ||||||||||||||||     |||||||||||| | |||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  49533638 taatttaatatcgtgtgacctattgagtaacatatcagatattaa-----taagaacagata-tgcacttgatcttagccaag-ggccgagaaaggtatg 49533730  T
Q  247 agttgaaagatgggctcgttgctgcttttatatca 281  Q
     |||| || | ||||| | | ||| ||||||||||    
T  49533731 ggttggaataagggctggcttctggttttatatca 49533765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 138 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 35806238 - 35806165
Alignment:
Q  138 tcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatacta 211  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||  |||| |   |||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||    
T  35806238 tcaaaaaagtaatttaatatcgtgcgactcattagattacatatcatatattaaactgataagaacaaatacta 35806165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 140 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 54677633 - 54677590
Alignment:
Q  140 aaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatca 183  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||    
T  54677633 aaaaaagtaatttaatatcgtgtgatccattagaccacatatca 54677590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 140 - 190
Target Start/End: Original strand, 34481105 - 34481155
Alignment:
Q  140 aaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatatta 190  Q
    ||||||||||||||||||| |||| | ||||| | ||||||||||||||||    
T  34481105 aaaaaagtaatttaatatcttgtggatcattgattcacatatcagatatta 34481155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 187 - 240
Target Start/End: Original strand, 6431957 - 6432010
Alignment:
Q  187 attaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaa 240  Q
    |||||||  ||||||| |||||||| || ||||||||||||| |||||||||||    
T  6431957 attaaactaataagaagagatactaaacctgatcttagccaataggccgagaaa 6432010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 206 - 242
Target Start/End: Original strand, 34481155 - 34481191
Alignment:
Q  206 atactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaagg 242  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  34481155 atactacactcgatcttagccaaaaggctgagaaagg 34481191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 125; Significance: 4e-64; HSPs: 8)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 125; E-Value: 4e-64
Query Start/End: Original strand, 31 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 7525185 - 7524961
Alignment:
Q  31 aaaaatttaaacttgaattggtggggtgcgccagaccaatgctatagtgcaacacattgacgacacacaagaagcctagtagcaagctacttaagtggcc 130  Q
    ||||| |||||||  |||||||||||||||||   || |||| |||||||||| ||| |||||||||  |||| || || ||||||||||| | | ||||    
T  7525185 aaaaaattaaactaaaattggtggggtgcgcctagcccatgcaatagtgcaacgcatggacgacacatgagaaacccagcagcaagctactaaggcggcc 7525086  T
Q  131 tc-ccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaa 229  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7525085 tctccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgatccattggatcacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaa 7524986  T
Q  230 aggccgagaaaggtatgagttgaaa 254  Q
    |||||||||||||||||| ||||||    
T  7524985 aggccgagaaaggtatgacttgaaa 7524961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 133 - 258
Target Start/End: Original strand, 1716444 - 1716570
Alignment:
Q  133 ccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccatt-ggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaag 231  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1716444 cccccttaaaaaagtaatttaatatcgtgtgacccatttggaccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaag 1716543  T
Q  232 gccgagaaaggtatgagttgaaagatg 258  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||    
T  1716544 gccgagaaaggtatgagttaaaagatg 1716570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 44 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 3643843 - 3643640
Alignment:
Q  44 tgaattggtggggtgcgccagaccaatgctatagtgcaacacattgacgacacacaagaagcctagtagcaagctacttaagtggcctc-ccccctcaaa 142  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||   | |||| | |||| || | |||||||||| |    | |  || |||||| |||    
T  3643843 tgaattggtggggtgcgccag-ccaatgcaatagtgcaacacataagcaacactcgagaaacccaatagcaagctattgtgatagtttctcccccttaaa 3643745  T
Q  143 aaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaagg 242  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3643744 aaagtaatttaatatcgtgtgacccaatgggccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaagg 3643645  T
Q  243 tatga 247  Q
    |||||    
T  3643644 tatga 3643640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 135 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 4103357 - 4103249
Alignment:
Q  135 ccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggcc 234  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||     
T  4103357 ccctaaaaaaagcaatttaatatcgtgtggactattgggccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttaaccaaaatgct 4103258  T
Q  235 gagaaaggt 243  Q
    |||||||||    
T  4103257 gagaaaggt 4103249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 110 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 5350777 - 5350672
Alignment:
Q  110 tagcaagctacttaagtggcctcc-cccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagata 208  Q
    |||||||||||||  |||| |||  |||||||| |||  |||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||| ||||| || |||||    
T  5350777 tagcaagctactttggtggactctacccctcaagaaataaatttaatatcgtgtggaccattgtcccacatatcagatattaaactgataacaatagata 5350678  T
Q  209 ctacac 214  Q
    ||||||    
T  5350677 ctacac 5350672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 138 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 16037966 - 16037861
Alignment:
Q  138 tcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgag 237  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| ||||| | |||| ||||| |||||||    ||||||||| |||||||||||||||||||  ||| |||||||    
T  16037966 tcaaaaaagtaatttaatatcgtttgacccattagaccac-tatcaaatattaagataataagaacaaatactacacttgatcttag-aaaacggccgag 16037869  T
Q  238 aaaggtat 245  Q
    ||| ||||    
T  16037868 aaaagtat 16037861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 176 - 240
Target Start/End: Original strand, 19261152 - 19261216
Alignment:
Q  176 acatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaa 240  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||||| ||| ||||||||||||||  |||||||| ||||||    
T  19261152 acatatcagatatttaacggataagaacatatattacacttgatcttaatcaaaaggctgagaaa 19261216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 133 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 13636426 - 13636366
Alignment:
Q  133 ccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaac 193  Q
    ||||||||| ||  |||||||||| |||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  13636426 ccccctcaagaacttaatttaataccgtgtggaccgttgatccacatatcagatattaaac 13636366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 124; Significance: 1e-63; HSPs: 8)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 91 - 281
Target Start/End: Original strand, 10795840 - 10796031
Alignment:
Q  91 cgacacacaagaagcctagtagcaagctacttaagtggcctc-ccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatatt 189  Q
    |||||||  ||||||||| |||||||||| | ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||    
T  10795840 cgacacatgagaagcctaatagcaagctattgaagtggcttctccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgacccattgggtcacatatcagatatt 10795939  T
Q  190 aaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgggctcgttgctgcttttatatca 281  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| | | ||||||||||||||    
T  10795940 aaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagaagagctggcttctgcttttatatca 10796031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 32 - 281
Target Start/End: Original strand, 10791543 - 10791793
Alignment:
Q  32 aaaatttaaacttgaattggtggggtgcgccagaccaatgctatagtgcaacacattgacgacacacaagaagcctagtagcaagctacttaagtggcct 131  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||||  ||  ||  |||| |||||||||| ||    |||||||  ||||||||| |||||||||| | ||||||| |    
T  10791543 aaaagttaaactagaattggtggggtgtacctaactcatgcaatagtgcaacgcacgagcgacacatgagaagcctaatagcaagctattgaagtggctt 10791642  T
Q  132 c-ccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaa 230  Q
    | |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10791643 ctccccctcaaaaaagtaatttaatatcatgtgacccattggatcacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaa 10791742  T
Q  231 ggccgagaaaggtatgagttgaaagatgggctcgttgctgcttttatatca 281  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | | | | | ||||||||||||||    
T  10791743 ggccgagaaaggtatgagttgaaagaagagttggcttctgcttttatatca 10791793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 50 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 30521440 - 30521242
Alignment:
Q  50 ggtggggtgcgccagaccaatgctatagtgcaacacattgacgacacacaagaagcctagtagcaagctacttaagtggcctc-ccccctcaaaaaagta 148  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||||||||  ||  ||||||||   |||  || | ||||||||||    ||||| ||| |||||||||||||  |    
T  30521440 ggtggggtgcgccaggccaatgcaatagtgcaaagcaaagacgacacttgagagacccaatagcaagctatagtagtggactctccccctcaaaaaataa 30521341  T
Q  149 atttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatga 247  Q
    ||| ||||||||||||  |  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  30521340 attgaatatcgtgtgaggcgatggtccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatctcagccaaaaggtcgagaaaggtatga 30521242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 50 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 13136752 - 13136608
Alignment:
Q  50 ggtggggtgcgccagaccaatgctatagtgcaacacattgacgacacacaagaagcctagtagcaagctacttaagtggc-ctcccccctcaaaaaagta 148  Q
    |||||||||||||| || |||||||||||||||| ||||  |||||||  ||||||  ||||||||||||||  | |||| |  ||| ||||||||||||    
T  13136752 ggtggggtgcgccaaactaatgctatagtgcaacgcattagcgacacaagagaagcagagtagcaagctactgcaatggctcctccctctcaaaaaagta 13136653  T
Q  149 atttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaac 193  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  13136652 atttaatatcgtgtggaccattggtccacatatcagatattaaac 13136608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 66; E-Value: 6e-29
Query Start/End: Original strand, 135 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 8875803 - 8875691
Alignment:
Q  135 ccctcaaaaaagta--atttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaagg 232  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||||| | | ||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  8875803 ccctcaaaaaagtataatttaatatcgtgtaatctattggaccacatatcagatattaaattgataagaacagatattacacttgatcttagccaaaagg 8875704  T
Q  233 ccgagaaaggtat 245  Q
    ||| |||| ||||    
T  8875703 ccgggaaatgtat 8875691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 133 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 11333344 - 11333273
Alignment:
Q  133 ccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaaca 204  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  11333344 ccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgatccgttggaccacatatcagatattaaactgataagaaca 11333273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 48 - 121
Target Start/End: Complemental strand, 10509551 - 10509478
Alignment:
Q  48 ttggtggggtgcgccagaccaatgctatagtgcaacacattgacgacacacaagaagcctagtagcaagctact 121  Q
    |||||||||||| |||  |||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  10509551 ttggtggggtgctccaagccaatgctatagtgcaacgcattagcgacacacaagaagccgagtagcaagctact 10509478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 141 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 21216131 - 21216032
Alignment:
Q  141 aaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaa 240  Q
    |||||||||||||||||  |||||  |||||  |||||||| ||||||||||| |||||||| |||| ||| || ||||||||| |||||| || |||||    
T  21216131 aaaaagtaatttaatattttgtgattcattgagccacatataagatattaaactgataagaatagatgctatacatgatcttagtcaaaagaccaagaaa 21216032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 71; Significance: 6e-32; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 6e-32
Query Start/End: Original strand, 133 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 27134625 - 27134511
Alignment:
Q  133 ccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaagg 232  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||  |||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||  ||||||    
T  27134625 ccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtttgactcattagaccacatatcagatattaaaccaataagaacagatactagatttgatcttagtgaaaagg 27134526  T
Q  233 ccgagaaaggtatga 247  Q
    |||| ||||||||||    
T  27134525 ccgaaaaaggtatga 27134511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 133 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 8128256 - 8128149
Alignment:
Q  133 ccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaagg 232  Q
    ||||||||| |||  |||||||||| |||||| ||||||| |||||||||| |||||||||  | ||||||| ||||||||||| |||||| |||||||     
T  8128256 ccccctcaagaaataaatttaatattgtgtga-ccattggcccacatatcatatattaaactaaaaagaacatatactacacttaatcttaaccaaaaga 8128158  T
Q  233 ccgagaaag 241  Q
     ||||||||    
T  8128157 acgagaaag 8128149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 39; Significance: 0.0000000000008; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 199 - 245
Target Start/End: Original strand, 15758562 - 15758608
Alignment:
Q  199 agaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtat 245  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  15758562 agaacagatattacacttgatcttagccaaaaggctgagaaaggtat 15758608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0549 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0549
Description:

Target: scaffold0549; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 136 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 5507 - 5450
Alignment:
Q  136 cctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaac 193  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||    
T  5507 cctcaaaaaataaatttaatatcgtgtgaacaattggcccatatatcagatattaaac 5450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University