View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9873_high_42 (Length: 319)

Name: NF9873_high_42
Description: NF9873
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9873_high_42
NF9873_high_42
[»] chr1 (23 HSPs)
chr1 (18-281)||(51545541-51545805)
chr1 (26-272)||(43869530-43869773)
chr1 (26-275)||(23172384-23172633)
chr1 (34-202)||(35479055-35479222)
chr1 (38-191)||(6576051-6576203)
chr1 (34-191)||(33682383-33682540)
chr1 (34-226)||(31802496-31802691)
chr1 (34-226)||(46637871-46638066)
chr1 (34-179)||(47264851-47264996)
chr1 (59-226)||(42559458-42559624)
chr1 (137-224)||(34777771-34777858)
chr1 (64-224)||(2869994-2870154)
chr1 (64-224)||(3013021-3013181)
chr1 (112-224)||(4855576-4855688)
chr1 (109-224)||(33600765-33600880)
chr1 (61-207)||(35009254-35009401)
chr1 (137-224)||(45046124-45046211)
chr1 (61-203)||(46583147-46583289)
chr1 (29-90)||(3370714-3370774)
chr1 (39-191)||(42135190-42135345)
chr1 (64-224)||(51895734-51895894)
chr1 (110-223)||(52643241-52643354)
chr1 (137-209)||(15104864-15104936)
[»] chr8 (25 HSPs)
chr8 (18-281)||(37802872-37803135)
chr8 (18-274)||(15143563-15143819)
chr8 (39-275)||(10268719-10268955)
chr8 (39-275)||(11032079-11032315)
chr8 (39-226)||(17808037-17808224)
chr8 (34-202)||(32823235-32823402)
chr8 (59-194)||(11720920-11721055)
chr8 (30-271)||(38884132-38884373)
chr8 (43-226)||(11788709-11788889)
chr8 (34-226)||(33749449-33749644)
chr8 (61-226)||(31822274-31822442)
chr8 (64-224)||(42942189-42942349)
chr8 (61-224)||(41042150-41042313)
chr8 (155-225)||(9185873-9185943)
chr8 (61-224)||(9672735-9672898)
chr8 (61-224)||(33708376-33708539)
chr8 (61-224)||(40339246-40339409)
chr8 (61-224)||(5036854-5037017)
chr8 (65-203)||(26239977-26240115)
chr8 (139-224)||(8609442-8609527)
chr8 (140-224)||(13282800-13282884)
chr8 (140-224)||(38547630-38547714)
chr8 (67-122)||(9185940-9185995)
chr8 (160-224)||(13108012-13108076)
chr8 (64-220)||(22272680-22272836)
[»] chr7 (25 HSPs)
chr7 (18-304)||(31914269-31914555)
chr7 (18-274)||(23965315-23965571)
chr7 (26-268)||(6057697-6057936)
chr7 (27-266)||(17199836-17200074)
chr7 (26-266)||(25972308-25972548)
chr7 (30-226)||(48456808-48457004)
chr7 (39-226)||(367098-367284)
chr7 (30-226)||(13035079-13035275)
chr7 (34-202)||(46811691-46811859)
chr7 (151-266)||(46867025-46867140)
chr7 (61-224)||(23905818-23905981)
chr7 (34-226)||(46995768-46995963)
chr7 (61-224)||(30939975-30940138)
chr7 (64-224)||(37115089-37115249)
chr7 (61-224)||(29996060-29996223)
chr7 (33-224)||(48851864-48852055)
chr7 (34-196)||(7402300-7402462)
chr7 (143-224)||(47385851-47385932)
chr7 (137-224)||(35692992-35693079)
chr7 (61-203)||(46439076-46439218)
chr7 (34-191)||(47340947-47341107)
chr7 (140-225)||(12903280-12903365)
chr7 (160-205)||(32839868-32839913)
chr7 (61-181)||(6603985-6604105)
chr7 (140-224)||(27665690-27665774)
[»] chr2 (20 HSPs)
chr2 (18-306)||(39282054-39282324)
chr2 (18-306)||(15806726-15806996)
chr2 (18-281)||(860596-860849)
chr2 (18-167)||(32607794-32607943)
chr2 (27-306)||(14000680-14000959)
chr2 (30-275)||(40098491-40098736)
chr2 (29-271)||(4415770-4416012)
chr2 (38-226)||(42002386-42002574)
chr2 (33-224)||(40151283-40151474)
chr2 (34-226)||(91413-91608)
chr2 (29-209)||(4046701-4046880)
chr2 (34-191)||(29908757-29908917)
chr2 (62-216)||(36414-36571)
chr2 (109-224)||(17696621-17696736)
chr2 (18-80)||(62504-62566)
chr2 (29-209)||(26584339-26584523)
chr2 (61-224)||(42518800-42518963)
chr2 (162-224)||(2767349-2767411)
chr2 (138-224)||(40560638-40560724)
chr2 (140-224)||(44709402-44709486)
[»] scaffold0129 (1 HSPs)
scaffold0129 (22-306)||(5256-5540)
[»] chr4 (20 HSPs)
chr4 (22-281)||(37478512-37478753)
chr4 (26-275)||(50132319-50132568)
chr4 (26-226)||(27383018-27383218)
chr4 (30-275)||(9590862-9591107)
chr4 (26-275)||(44973315-44973566)
chr4 (34-202)||(44557585-44557752)
chr4 (61-209)||(41761293-41761440)
chr4 (39-191)||(2349675-2349830)
chr4 (34-179)||(10767170-10767315)
chr4 (34-191)||(27625675-27625830)
chr4 (34-224)||(10371781-10371974)
chr4 (85-224)||(35403250-35403389)
chr4 (61-224)||(49523529-49523692)
chr4 (39-111)||(4614013-4614085)
chr4 (109-209)||(41781932-41782032)
chr4 (66-226)||(7149951-7150111)
chr4 (137-209)||(52867801-52867873)
chr4 (137-224)||(51012330-51012417)
chr4 (62-223)||(48646304-48646465)
chr4 (39-122)||(35996850-35996936)
[»] chr6 (11 HSPs)
chr6 (18-306)||(11164554-11164824)
chr6 (18-268)||(25170853-25171102)
chr6 (30-224)||(31209652-31209846)
chr6 (34-226)||(30640441-30640633)
chr6 (34-226)||(4645377-4645572)
chr6 (61-224)||(7372526-7372689)
chr6 (34-226)||(29113944-29114136)
chr6 (61-224)||(20523781-20523944)
chr6 (100-209)||(6899904-6900013)
chr6 (138-223)||(7050163-7050248)
chr6 (160-220)||(9399067-9399127)
[»] scaffold0092 (1 HSPs)
scaffold0092 (18-306)||(35207-35477)
[»] chr3 (26 HSPs)
chr3 (26-275)||(5133915-5134161)
chr3 (18-275)||(54093409-54093666)
chr3 (26-275)||(5126660-5126906)
chr3 (26-275)||(41624572-41624821)
chr3 (30-275)||(7589837-7590082)
chr3 (29-209)||(22219645-22219825)
chr3 (34-217)||(31886508-31886694)
chr3 (38-191)||(1846433-1846587)
chr3 (62-223)||(51685016-51685177)
chr3 (61-224)||(17515725-17515888)
chr3 (30-120)||(17260316-17260406)
chr3 (112-224)||(35905340-35905452)
chr3 (62-223)||(48830383-48830544)
chr3 (109-209)||(610030-610130)
chr3 (61-224)||(21349109-21349272)
chr3 (137-220)||(54898845-54898928)
chr3 (110-203)||(42279932-42280025)
chr3 (39-191)||(45256486-45256641)
chr3 (112-208)||(2225781-2225877)
chr3 (112-224)||(7884501-7884613)
chr3 (112-224)||(41978152-41978264)
chr3 (61-224)||(46198135-46198298)
chr3 (149-205)||(17260237-17260294)
chr3 (63-224)||(44794622-44794783)
chr3 (140-224)||(2660628-2660712)
chr3 (61-209)||(44275782-44275930)
[»] scaffold0204 (1 HSPs)
scaffold0204 (18-304)||(28927-29201)
[»] chr5 (15 HSPs)
chr5 (34-275)||(15457968-15458208)
chr5 (60-226)||(9221237-9221402)
chr5 (39-205)||(25510124-25510285)
chr5 (29-226)||(27076190-27076387)
chr5 (34-226)||(32088724-32088919)
chr5 (61-224)||(2853875-2854038)
chr5 (34-226)||(18727669-18727863)
chr5 (137-224)||(7268247-7268334)
chr5 (31-163)||(19997579-19997712)
chr5 (112-220)||(17574726-17574834)
chr5 (144-226)||(6116122-6116204)
chr5 (61-224)||(12737524-12737686)
chr5 (61-224)||(12800347-12800509)
chr5 (61-224)||(24540757-24540920)
chr5 (156-226)||(35399518-35399588)
[»] scaffold0004 (1 HSPs)
scaffold0004 (137-224)||(108219-108306)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 217; Significance: 1e-119; HSPs: 23)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 18 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 51545805 - 51545541
Alignment:
Q  18 aatctaagcatgcatcaagcttcacttctttggaaa-gccgagggttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttgg 116  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  51545805 aatctaagcatgcatcaagcttcagttcattggaaaagtcgggggttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccagatggaccataatttgg 51545706  T
Q  117 atatggcactcgaacaacgtcaggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctcta 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51545705 atatggcactcgaacaacgtcaggagcaattggatgtgatggtgcaggacccctcaccggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctcta 51545606  T
Q  217 atgccataccattttgcaggaacacattgcaacaacagtttcaatcatatcagtccctatttaat 281  Q
    ||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51545605 atgccatacctctttgcaggaacacactgcaacaacagtttcaatcatatcagtccctatttaat 51545541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 26 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 43869773 - 43869530
Alignment:
Q  26 catgcatcaagcttcacttctttggaaagccgagggttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcac 125  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||| ||    
T  43869773 catgcatcaagtatcacttctttggaaagccgagagttgggataaactccatgaacttaggttgagttgaacagaatggaccataatttggatatggtac 43869674  T
Q  126 tcgaacaacgtcaggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgccatac 225  Q
    || || |||| |||||||||||||  ||| |||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||    
T  43869673 tctaataacgccaggagcagttgg--gtgttggtgcagga-ccctcattggtgtttgtttaggcctctcatttgaaataattgaccctctaatgccatac 43869577  T
Q  226 cattttgcaggaacacattgcaacaacagtttcaatcatatcagtcc 272  Q
    |   |||| |||||||  |||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  43869576 ctccttgctggaacaccctgcaacaacattttcaatcataacagtcc 43869530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 118; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 26 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 23172633 - 23172384
Alignment:
Q  26 catgcatcaagcttcacttctttggaaagccgagggttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcac 125  Q
    |||||||||||  ||||||||||| |||  || |||||||||||||||||| ||||||||||||| | | |||||||||| |||||||||||||||| ||    
T  23172633 catgcatcaagtatcacttctttgaaaattcgggggttgggataaactccacgaacttaggttgagtcggaccggatggatcataatttggatatggtac 23172534  T
Q  126 tcgaacaacgtcaggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgccatac 225  Q
    || || |||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||  ||||||||| |||||    
T  23172533 tctaataacgcctggagcagttggatgtgttggtgcaggacccctcactggtttttgcgtaggcctctcatttgaaataattgaccctctaatgtcatac 23172434  T
Q  226 cattttgcaggaacacattgcaacaacagtttcaatcatatcagtcccta 275  Q
    |   ||||||||||||  | | |||||| ||||||||||||  |||||||    
T  23172433 ctccttgcaggaacaccctactacaacattttcaatcatatttgtcccta 23172384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 69; E-Value: 6e-31
Query Start/End: Original strand, 34 - 202
Target Start/End: Original strand, 35479055 - 35479222
Alignment:
Q  34 aagcttcacttctttggaaagccgagggttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactcgaacaa 133  Q
    |||||||||||||||||||| | | ||||||  |||||||||||||| | ||||||| ||||||||| |||||||||  |||||||||| |||| ||  |    
T  35479055 aagcttcacttctttggaaatctgggggttgt-ataaactccatgaattgaggttgatttgaaccgggtggaccataggttggatatggaactctaatta 35479153  T
Q  134 cgtcaggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaa 202  Q
     | |||||| |||||||||   ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||    
T  35479154 tgccaggaggagttggatgacctggtgcaggacccctcattggtgtttgcttaggcctatcatctgaaa 35479222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 38 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 6576203 - 6576051
Alignment:
Q  38 ttcacttctttggaaagccgagggttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactcgaacaacgtc 137  Q
    |||||||||||| ||| ||| ||||||  |||||||||||||| | ||||||| ||||||||| |||||||||  |||||||||| |||| ||  | | |    
T  6576203 ttcacttctttgaaaatccgggggttgt-ataaactccatgaattgaggttgatttgaaccgggtggaccataggttggatatggaactctaattatgcc 6576105  T
Q  138 aggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcct 191  Q
    | ||| |||||||||   ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  6576104 atgaggagttggatgacctggtgcaggacccctcattggtgtttgcttaggcct 6576051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 34 - 191
Target Start/End: Original strand, 33682383 - 33682540
Alignment:
Q  34 aagcttcacttctttggaaagccgagggttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactcgaacaa 133  Q
    |||||| ||||||||| ||| ||| ||||||| |||||||||||||| | ||||||| |  |||||| |||||||||  |||||||||| |||| ||  |    
T  33682383 aagctttacttctttgaaaatccgggggttggtataaactccatgaattgaggttgattctaaccgggtggaccataggttggatatggaactctaatta 33682482  T
Q  134 cgtcaggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcct 191  Q
     | |||||| ||||||||  | ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  33682483 tggcaggaggagttggattagttggtgtaggacccctcattggtgtttgcttaggcct 33682540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 34 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 31802691 - 31802496
Alignment:
Q  34 aagcttcacttctttggaaagccgagggttgggataaactccatgaacttag---gttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactcgaa 130  Q
    |||| ||||||||||||||| |||   ||||  |||||||||||||| ||||   ||||| | |||||||||||||||||  |||||||||| || | ||    
T  31802691 aagcatcacttctttggaaatccggtagttgatataaactccatgaatttagtaggttgagtcgaaccggatggaccataggttggatatggaaccctaa 31802592  T
Q  131 caacgtcaggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgccatacc 226  Q
      | | ||| |  ||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||  ||||| || ||| ||||||| ||||||||    
T  31802591 ttatgccagcacgagttggatgagctggtgcaggacccctcattggtgtttgcctaggcctatcaactgaaagaattggtcctctaaggccatacc 31802496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 34 - 226
Target Start/End: Original strand, 46637871 - 46638066
Alignment:
Q  34 aagcttcacttctttggaaagccgagggttgggataaactccatgaacttag---gttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactcgaa 130  Q
    |||| ||||||||||||||| |||   ||||| |||||||||||||| ||||   ||||| | |||||||||||||||||  |||||||||| || | ||    
T  46637871 aagcatcacttctttggaaatccggtagttggtataaactccatgaatttagtaggttgagtcgaaccggatggaccataggttggatatggaaccctaa 46637970  T
Q  131 caacgtcaggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgccatacc 226  Q
      | | ||| || ||||||||| | ||||||||||||||||| || ||||||| ||||||| |||  ||||| || ||| ||||||| | ||||||    
T  46637971 ttatgccagcaggagttggatgagctggtgcaggacccctcattgatgtttgcctaggcctatcaactgaaagaattggtcctctaaggtcatacc 46638066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 34 - 179
Target Start/End: Original strand, 47264851 - 47264996
Alignment:
Q  34 aagcttcacttctttggaaagccgagggttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactcgaacaa 133  Q
    |||| ||||||||| ||||| ||| | ||||| |||||||||||||| | ||||||| | ||||||| |||||||||  |||||||||| || | ||  |    
T  47264851 aagcatcacttcttgggaaatccgggagttggtataaactccatgaattgaggttgagtcgaaccgggtggaccataggttggatatggaaccctaatca 47264950  T
Q  134 cgtcaggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgt 179  Q
     | ||| || ||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||    
T  47264951 tgccagcaggagttggatgagctggtgcaggacccctcattggtgt 47264996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 59 - 226
Target Start/End: Original strand, 42559458 - 42559624
Alignment:
Q  59 gggttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactcgaacaacgtcaggagcagttggatgtgatgg 158  Q
    ||||||||||||||| |||||| |  |||||| | ||| ||||||  |||||| ||| |||||  ||||||| |||  || |||||||| |||||| |||    
T  42559458 gggttgggataaactacatgaattggggttgagtagaatcggatgacccataacttgaatatgttactcgaataactccaagagcagttagatgtggtgg 42559557  T
Q  159 tgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgccatacc 226  Q
     |||||| |||||| ||||| ||||||||  || | | ||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  42559558 agcagga-ccctcattggtgcttgcttagaacttttagttgaaataactggtcctctcatgccatacc 42559624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 137 - 224
Target Start/End: Original strand, 34777771 - 34777858
Alignment:
Q  137 caggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgccata 224  Q
    ||||||||||||||| |  ||| ||||||||||||| ||||||||| ||| || | ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||    
T  34777771 caggagcagttggattttgtggagcaggacccctcagtggtgtttgtttatgcatgtcatttgaaatcactggtcctctcatgccata 34777858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 64 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 2870154 - 2869994
Alignment:
Q  64 gggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactcgaacaacgtcaggagcagttggatgtgatggtgcag 163  Q
    ||||||||||||||| | |  |||||| | ||||||||||  || |||||||||| | | |||| || |||  ||||||||||||||| |  ||  ||||    
T  2870154 gggataaactccatgtattggggttgagtagaaccggatgacccgtaatttggattttgaactctaataactccaggagcagttggatcttgtgaagcag 2870055  T
Q  164 gacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgccata 224  Q
     |||||||| ||||||||| ||| || | ||||||||||| | ||| ||||| ||||||||    
T  2870054 aacccctcaatggtgtttgtttatgcatgtcatttgaaatcattggtcctctcatgccata 2869994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 64 - 224
Target Start/End: Original strand, 3013021 - 3013181
Alignment:
Q  64 gggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactcgaacaacgtcaggagcagttggatgtgatggtgcag 163  Q
    ||||||||||||||| | |  |||||| | ||| ||||||| || |||||||||| ||| |||| || |||  |||||||| ||| || |  ||| |||     
T  3013021 gggataaactccatgtattggggttgagtagaagcggatggcccgtaatttggatttggaactctaataactccaggagcaattgaattttgtggagcaa 3013120  T
Q  164 gacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgccata 224  Q
    ||||||||| ||||||||| ||| || |  |||||||||| ||||| ||||| ||||||||    
T  3013121 gacccctcagtggtgtttgtttatgcatgccatttgaaatcactggtcctctcatgccata 3013181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 112 - 224
Target Start/End: Original strand, 4855576 - 4855688
Alignment:
Q  112 tttggatatggcactcgaacaacgtcaggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggac 211  Q
    ||||||| ||| |||| || |||  ||||||||||||||| |  ||| ||||||||||||| ||||||||| ||| || | ||||||||||| || || |    
T  4855576 tttggatttggaactctaataactccaggagcagttggattttgtggagcaggacccctcagtggtgtttgtttatgcatgtcatttgaaatcacgggtc 4855675  T
Q  212 ctctaatgccata 224  Q
    |||| ||||||||    
T  4855676 ctctcatgccata 4855688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 109 - 224
Target Start/End: Original strand, 33600765 - 33600880
Alignment:
Q  109 taatttggatatggcactcgaacaacgtcaggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactg 208  Q
    |||||||||| ||| |||| || |||  | ||||||||||||| |  ||| ||||||||||| | ||||||||| ||| || | ||||||||||| ||||    
T  33600765 taatttggatttggaactctaataactcccggagcagttggattttgtggagcaggaccccttattggtgtttgtttatgcatgtcatttgaaatcactg 33600864  T
Q  209 gacctctaatgccata 224  Q
    | ||||| ||||||||    
T  33600865 gtcctctcatgccata 33600880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 61 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 35009401 - 35009254
Alignment:
Q  61 gttgggataaactccatgaact-taggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactcgaacaacgtcaggagcagttggatgtgatggt 159  Q
    |||||||||||||||||||| | | |||||| |  ||||||||   ||||||||||||||||| |||| ||||||  ||  ||||||||||| |  |||     
T  35009401 gttgggataaactccatgaattctgggttgagtaaaaccggatttcccataatttggatatggtactctaacaactccaaaagcagttggattttgtgga 35009302  T
Q  160 gcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataact 207  Q
    ||| |||| |||||||  ||||||| ||| | |||| |||||||||||    
T  35009301 gcatgacctctcactgacgtttgctcaggtcactcagttgaaataact 35009254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 137 - 224
Target Start/End: Original strand, 45046124 - 45046211
Alignment:
Q  137 caggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgccata 224  Q
    ||||||||||||||| |  ||| ||||||||||||| ||||||||| ||| || | ||||||||||| | ||| ||||| ||||||||    
T  45046124 caggagcagttggattttgtggagcaggacccctcagtggtgtttgtttatgcatgtcatttgaaatcattggtcctctcatgccata 45046211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 61 - 203
Target Start/End: Original strand, 46583147 - 46583289
Alignment:
Q  61 gttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactcgaacaacgtcaggagcagttggatgtgatggtg 160  Q
    |||||||||||||||||| | |  |||||| | ||| ||||||  || |||||||||| ||| |||| || |||  || |||||||||||| |  ||| |    
T  46583147 gttgggataaactccatgtattggggttgagtagaaacggatgacccgtaatttggatttggaactctaataactccaagagcagttggatcttgtggag 46583246  T
Q  161 caggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaat 203  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||| || | |||||| ||||    
T  46583247 caggacccctcagtggtgtttgtttatgcatgtcatttaaaat 46583289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 29 - 90
Target Start/End: Original strand, 3370714 - 3370774
Alignment:
Q  29 gcatcaagcttcacttctttggaaagccgagggttgggataaactccatgaacttaggttga 90  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| || ||||||| |||||||| |||||| |||||||||    
T  3370714 gcatcaagcatcacttctttggaaatcctagggttgagataaacttcatgaa-ttaggttga 3370774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 39 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 42135345 - 42135190
Alignment:
Q  39 tcacttctttggaaagccgagggttgggataaactccatgaacttag---gttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactcgaacaacg 135  Q
    |||||||||||||||  || | ||||| |||||||||||||| ||||   ||||| | ||||||| |||||||||  |||||||||| || | ||  | |    
T  42135345 tcacttctttggaaattcgggagttggtataaactccatgaatttagtatgttgagtcgaaccgggtggaccataggttggatatggaaccctaatcatg 42135246  T
Q  136 tcaggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcct 191  Q
     ||| || ||||||||  | | |||||| |||||||| |||||| |||||||||||    
T  42135245 ccagcagaagttggataagctagtgcagaacccctcattggtgtctgcttaggcct 42135190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 64 - 224
Target Start/End: Original strand, 51895734 - 51895894
Alignment:
Q  64 gggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactcgaacaacgtcaggagcagttggatgtgatggtgcag 163  Q
    ||||||||||||||| | |  |||||| | ||| ||||||  ||||||||||||| | | |||| || |||  ||| | ||||||||| |  ||| ||||    
T  51895734 gggataaactccatgtattatggttgagtagaagcggatgacccataatttggattttgaactctaataactccagaaacagttggattttgtggagcag 51895833  T
Q  164 gacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgccata 224  Q
    ||||||||| ||||||||| ||| || |  |||| ||||| ||||| ||||| ||||||||    
T  51895834 gacccctcagtggtgtttgtttatgcatgccattcgaaatcactggtcctctcatgccata 51895894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 110 - 223
Target Start/End: Original strand, 52643241 - 52643354
Alignment:
Q  110 aatttggatatggcactcgaacaacgtcaggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactgg 209  Q
    ||||||||| ||| |||| || |||  ||||||||||| ||| |  ||| ||||||||||||| ||||||||| ||| || | ||||| ||||| |||||    
T  52643241 aatttggatttggaactctaataactccaggagcagttagattttgtggagcaggacccctcagtggtgtttgtttatgcttgtcattcgaaatcactgg 52643340  T
Q  210 acctctaatgccat 223  Q
      |||| |||||||    
T  52643341 ttctctcatgccat 52643354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #23
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 137 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 15104936 - 15104864
Alignment:
Q  137 caggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactgg 209  Q
    |||||||||||| || |  ||| ||| ||||||||| ||||||||| ||| |||| ||||||||||| |||||    
T  15104936 caggagcagttgaattttgtggagcatgacccctcagtggtgtttgtttatgcctgtcatttgaaatcactgg 15104864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 208; Significance: 1e-114; HSPs: 25)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 208; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 18 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 37803135 - 37802872
Alignment:
Q  18 aatctaagcatgcatcaagcttcacttctttggaaagccgagggttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttgga 117  Q
    |||||||||||||||||||||||| || |||||||||  | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37803135 aatctaagcatgcatcaagcttcagttatttggaaagttgggggttgagataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttgga 37803036  T
Q  118 tatggcactcgaacaacgtcaggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaa 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  37803035 tatggcactcgaacaacgtcaggagcaattggatgtgatgatgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataattggacctctaa 37802936  T
Q  218 tgccataccattttgcaggaacacattgcaacaacagtttcaatcatatcagtccctatttaat 281  Q
    || ||||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  37802935 tgtcatacctctttgcaggaacacactgcaacaacagtttcaaccatatcagtccctatttaat 37802872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 161; E-Value: 7e-86
Query Start/End: Original strand, 18 - 274
Target Start/End: Original strand, 15143563 - 15143819
Alignment:
Q  18 aatctaagcatgcatcaagcttcacttctttggaaagccgagggttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttgga 117  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  15143563 aatctaagcatgcatcaaacttcacttctttggaaagccgggggttgggataaactctatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatctgga 15143662  T
Q  118 tatggcactcgaacaacgtcaggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaa 217  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||| |||| ||||||||||  ||  || |||    
T  15143663 tatggcactcgaataacgccaggagcagttggatgtgatggtgcaggaccccttaatggtgtttgattaggcatctcttttgaaataataggcactttaa 15143762  T
Q  218 tgccataccattttgcaggaacacattgcaacaacagtttcaatcatatcagtccct 274  Q
    |||||||||   ||||||||||||  |||||| | |||||||||||||| |||||||    
T  15143763 tgccatacctccttgcaggaacaccctgcaaccatagtttcaatcatattagtccct 15143819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 39 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 10268955 - 10268719
Alignment:
Q  39 tcacttctttggaaagccgagggttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactcgaacaacgtca 138  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||| |||||||||||| |||||||||| |||| || |||| ||    
T  10268955 tcacttctttggaaatccgagggttgggataaactccatgaatttaggttgagtcgaaccagatggaccataacttggatatggtactctaataacggca 10268856  T
Q  139 ggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgccataccattttgcaggaa 238  Q
    | |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||  || ||||||||| ||||||   ||| || ||    
T  10268855 gaagcagttggatgtgctggtgcatgacccctcactggtgttttcttaggtctctcatttaaaataataggtcctctaatgtcatacctccttgtagtaa 10268756  T
Q  239 cacattgcaacaacagtttcaatcatatcagtcccta 275  Q
    |||  |||||  ||| ||||||||| |||||||||||    
T  10268755 caccctgcaattacattttcaatcaaatcagtcccta 10268719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 109; E-Value: 8e-55
Query Start/End: Original strand, 39 - 275
Target Start/End: Original strand, 11032079 - 11032315
Alignment:
Q  39 tcacttctttggaaagccgagggttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactcgaacaacgtca 138  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| | | ||| ||||| |||||| |||||||||| |||| || |||| ||    
T  11032079 tcacttctttggaaatccgagggttggaataaactccatgaatttaggttgagtcggaccagatggtccataacttggatatggtactctaataacggca 11032178  T
Q  139 ggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgccataccattttgcaggaa 238  Q
    | |||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||  || ||||||||| ||||||   ||| || ||    
T  11032179 gaagcagttggatgtgctggtgtaggacccctaactggtgtttgtttaggcctctcatttgaaataataggtcctctaatgtcatacctccttgtagtaa 11032278  T
Q  239 cacattgcaacaacagtttcaatcatatcagtcccta 275  Q
    ||| ||||||  ||| ||||||||| |||||||||||    
T  11032279 caccttgcaattacattttcaatcaaatcagtcccta 11032315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 39 - 226
Target Start/End: Original strand, 17808037 - 17808224
Alignment:
Q  39 tcacttctttggaaagccgagggttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactcgaacaacgtca 138  Q
    ||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||| |  |||||| | ||||||||||| |||||| ||| |||||||| || || |||  ||    
T  17808037 tcacttctttggaaatcctggggttgggataaactccatgaattagggttgagtagaaccggatggtccataacttgaatatggcattctaataactcca 17808136  T
Q  139 ggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgccatacc 226  Q
     ||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||  |||||||  || | ||| | ||||||||||||| ||||| ||| ||||||    
T  17808137 agagcagttggaagtggtggagcaggacccctcactcttgtttgcgcagacttcttagttgaaataactggtcctctcatgtcatacc 17808224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 34 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 32823402 - 32823235
Alignment:
Q  34 aagcttcacttctttggaaagccgagggttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactcgaacaa 133  Q
    |||||||||||||||||||| ||| ||||||  |||||||||||||| | ||||||| | ||||||| |||||||||  ||| |||||| |||| ||  |    
T  32823402 aagcttcacttctttggaaatccgggggttgt-ataaactccatgaattgaggttgattcgaaccgggtggaccataggttgaatatggaactctaatta 32823304  T
Q  134 cgtcaggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaa 202  Q
     | |||||| |||||||||   ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||| |||||    
T  32823303 tgccaggaggagttggatgacctggtgcaggacccctcattggtgtttacttaggcctatcatctgaaa 32823235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 59 - 194
Target Start/End: Original strand, 11720920 - 11721055
Alignment:
Q  59 gggttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactcgaacaacgtcaggagcagttggatgtgatgg 158  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| | | ||||||||| | ||| || |||||||||| |||| || ||| |||||||||||||||| |  |||    
T  11720920 gggttgggataaactccatgaatttaggtttagtagaaccggattgtccaaaacttggatatggtactctaataacttcaggagcagttggattttgtgg 11721019  T
Q  159 tgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctc 194  Q
     ||||||||| | ||||||||||| |||||||||||    
T  11721020 agcaggacccataactggtgtttggttaggcctctc 11721055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 30 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 38884373 - 38884132
Alignment:
Q  30 catcaagcttcacttctttggaaagccgagggttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactcga 129  Q
    |||||||| |||||||||||||||  |  || ||| ||||||||  || || ||||||||| | ||||||||| |||||||| |||||||||  |||| |    
T  38884373 catcaagcatcacttctttggaaattcagggattgagataaactatataaatttaggttgaatcgaaccggatagaccataacttggatatgatactcta 38884274  T
Q  130 acaacgtcaggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgccataccatt 229  Q
    | ||||  |  | ||||| |||||| | ||| |||| |||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||| ||  | ||||||  ||||||       
T  38884273 ataacgctaacaacagttagatgtgctagtggaggatccctcagtggtgtttgcttaggtctatcatttgaaataattgatcttctaatatcatacctcc 38884174  T
Q  230 ttgcaggaacacattgcaacaacagtttcaatcatatcagtc 271  Q
    ||| || ||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  38884173 ttgtagtaacaccttgcaacaacattttcaatcaaatcagtc 38884132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 43 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 11788889 - 11788709
Alignment:
Q  43 ttctttggaaagccgagggttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactcgaacaacgtcaggag 142  Q
    ||||||||||| ||  |||||| ||||||| |||| || |  |||||| | ||||||||| | |||||| || ||||||| |||| || |||  ||||||    
T  11788889 ttctttggaaatcctggggttgtgataaacgccatcaattggggttgaatagaaccggattgcccataactttgatatggtactctaataactccaggag 11788790  T
Q  143 cagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgccatacc 226  Q
    ||||||||| | |||| ||||||||||||| ||||| |||| ||||||| ||| |||||||||||   ||||| ||||||||||    
T  11788789 cagttggattttatggagcaggacccctcattggtgcttgcctaggcctttcagttgaaataact---cctctcatgccatacc 11788709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 34 - 226
Target Start/End: Original strand, 33749449 - 33749644
Alignment:
Q  34 aagcttcacttctttggaaagccgagggttgggataaactccatgaacttag---gttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactcgaa 130  Q
    |||| ||||||||||||||| |||   ||||| |||||||||||||| ||||   ||||| | |||||||||||||||||  |||||||||| || | ||    
T  33749449 aagcatcacttctttggaaatccggtagttggtataaactccatgaatttagtaggttgagtcgaaccggatggaccataggttggatatggaaccctaa 33749548  T
Q  131 caacgtcaggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgccatacc 226  Q
      | | ||| || ||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||  |||||| |||  ||||| || ||| ||||||| ||||||||    
T  33749549 ttatgccagcaggagttggatgagctggtgcaggacccctcattggtgtttgccaaggcctatcaactgaaagaattggtcctctaaggccatacc 33749644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 61 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 31822442 - 31822274
Alignment:
Q  61 gttgggataaactccatgaacttag---gttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactcgaacaacgtcaggagcagttggatgtgatg 157  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||   ||||  | |||||||||||||||||  |||||||||| || | ||  | | ||| || |||| |||| | ||    
T  31822442 gttggtataaactccatgaatttagtaggttgggtcgaaccggatggaccataggttggatatggaaccctaattatgccagcaggagttagatgagctg 31822343  T
Q  158 gtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgccatacc 226  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||  ||||| |||||| ||||||| ||||||||    
T  31822342 gtgcaggacccctcattggtgtttgcttaggcctatcaactgaaagaactggtcctctaaggccatacc 31822274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 64 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 42942349 - 42942189
Alignment:
Q  64 gggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactcgaacaacgtcaggagcagttggatgtgatggtgcag 163  Q
    ||||||||||||||| | | || |||| | ||| ||||||| || ||||||| || ||| |||| || |||  ||||||||||||||| |  ||| ||||    
T  42942349 gggataaactccatgtattgagattgagtagaagcggatggcccgtaatttgaatttggaactctaataactccaggagcagttggattttgtggagcag 42942250  T
Q  164 gacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgccata 224  Q
    ||||||||| ||||||||| ||| || |  |||||||||| ||||| ||||| ||||||||    
T  42942249 gacccctcagtggtgtttgtttatgcatgccatttgaaattactggtcctctcatgccata 42942189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 61 - 224
Target Start/End: Original strand, 41042150 - 41042313
Alignment:
Q  61 gttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactcgaacaacgtcaggagcagttggatgtgatggtg 160  Q
    |||||||||||||||||| | | ||||||| | ||| ||||||  | ||||||||||| ||| |||| || |||  | | ||||||||||| |  ||| |    
T  41042150 gttgggataaactccatgtattgaggttgagtagaagcggatgacctataatttggatttggaactctaataactccggaagcagttggattttgtggag 41042249  T
Q  161 caggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgccata 224  Q
    || ||||||||| ||||||||| ||| || | ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||    
T  41042250 catgacccctcagtggtgtttgtttatgcatatcatttgaaatcactggtcctctcatgccata 41042313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 155 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 9185943 - 9185873
Alignment:
Q  155 atggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgccatac 225  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||  |||||||| |||||    
T  9185943 atggtacaggacccctcactgttgtttgctttggcctctcatttgaaataattggttctctaatgtcatac 9185873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 61 - 224
Target Start/End: Original strand, 9672735 - 9672898
Alignment:
Q  61 gttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactcgaacaacgtcaggagcagttggatgtgatggtg 160  Q
    ||||| |||||||||||| | | ||||||  | ||| ||||||  || |||||||||| ||| |||| || |||   ||||||| |||||| |  ||| |    
T  9672735 gttggaataaactccatgtattgaggttgtgtagaagcggatgacccgtaatttggatttggaactctaataactctaggagcaattggattttgtggag 9672834  T
Q  161 caggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgccata 224  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||| |||| ||||||||||| ||||| | ||| ||||||||    
T  9672835 caggacccctcagtggtgtttgtttatgcctgtcatttgaaatcactggtcatctcatgccata 9672898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 61 - 224
Target Start/End: Original strand, 33708376 - 33708539
Alignment:
Q  61 gttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactcgaacaacgtcaggagcagttggatgtgatggtg 160  Q
    |||||||||||||||||| | |  |||||| | ||| ||||||  || |||||||||| ||| | || || |||  || |||||||||||| |  ||| |    
T  33708376 gttgggataaactccatgtattggggttgagtagaagcggatgatccgtaatttggatttggaattctaataactccaagagcagttggatctagtggag 33708475  T
Q  161 caggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgccata 224  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||| || | ||||||||||| | ||| ||||| ||||||||    
T  33708476 caggacccctcagtggtgtttgtttatgcatgtcatttgaaatcattggtcctctcatgccata 33708539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 61 - 224
Target Start/End: Original strand, 40339246 - 40339409
Alignment:
Q  61 gttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactcgaacaacgtcaggagcagttggatgtgatggtg 160  Q
    |||||||||||||||||| | |  |||||| ||||| ||||||  || |||||||||| ||  |||| || |||  ||||| ||||||||| |  ||| |    
T  40339246 gttgggataaactccatgtattggggttgagttgaagcggatgacccgtaatttggatttgaaactctaataactccaggaccagttggattttgtggag 40339345  T
Q  161 caggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgccata 224  Q
    || || |||||| ||||||||| ||| || | ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||    
T  40339346 caagatccctcagtggtgtttgtttatgcatgtcatttgaaatcactggtcctctcatgccata 40339409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 61 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 5037017 - 5036854
Alignment:
Q  61 gttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactcgaacaacgtcaggagcagttggatgtgatggtg 160  Q
    |||||||||||||||||| | |  |||||| | ||| ||||||   | |||||||||| ||| |||| || ||   ||||| ||||||||| |  ||| |    
T  5037017 gttgggataaactccatgtattggggttgagtagaagcggatgactcgtaatttggatttggaactctaataattccaggaacagttggattttgtggag 5036918  T
Q  161 caggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgccata 224  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||| || | ||||||||||| ||||| ||||| || |||||    
T  5036917 caggacccctcagtggtgtttgtttatgcatgtcatttgaaatcactggtcctctcattccata 5036854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 65 - 203
Target Start/End: Original strand, 26239977 - 26240115
Alignment:
Q  65 ggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactcgaacaacgtcaggagcagttggatgtgatggtgcagg 164  Q
    |||||||||||||| | |  |||||| | ||| ||||||| ||| ||||||||| ||| |||| || |||  ||||||||||||||| |  ||  |||||    
T  26239977 ggataaactccatgtattggggttgagtagaagcggatggcccacaatttggatttggaactctaataactccaggagcagttggattttgtgaagcagg 26240076  T
Q  165 acccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaat 203  Q
    | |||| | ||||||||| ||| |||| |||||||||||    
T  26240077 aacccttagtggtgtttgtttatgcctgtcatttgaaat 26240115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 139 - 224
Target Start/End: Original strand, 8609442 - 8609527
Alignment:
Q  139 ggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgccata 224  Q
    |||||| |||||| |  ||| ||||||||||||| ||||||||| ||| || | ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||    
T  8609442 ggagcaattggattttgtggagcaggacccctcagtggtgtttgtttatgcatgtcatttgaaatcactggtcctctcatgccata 8609527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #21
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 140 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 13282884 - 13282800
Alignment:
Q  140 gagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgccata 224  Q
    |||||||||||| |  ||| ||||||||||||| ||||||||| ||| || | ||||||||||| ||||| | ||| ||||||||    
T  13282884 gagcagttggattttgtggagcaggacccctcagtggtgtttgtttatgcatgtcatttgaaatcactggtcttctcatgccata 13282800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #22
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 140 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 38547714 - 38547630
Alignment:
Q  140 gagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgccata 224  Q
    |||||||||||| |  ||| ||||||||||||| ||||||||| ||| |  | ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||    
T  38547714 gagcagttggattttgtggagcaggacccctcagtggtgtttgtttatgtatgtcatttgaaatcactggtcctctcatgccata 38547630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #23
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 67 - 122
Target Start/End: Complemental strand, 9185995 - 9185940
Alignment:
Q  67 ataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatgg 122  Q
    ||||||| ||| || ||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  9185995 ataaactacataaatttaggttgactcgaaccggatggactataacttggatatgg 9185940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #24
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 160 - 224
Target Start/End: Original strand, 13108012 - 13108076
Alignment:
Q  160 gcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgccata 224  Q
    ||||||||||||| ||||||||| ||| || | |||||||||||  |||| ||||| ||||||||    
T  13108012 gcaggacccctcagtggtgtttgtttatgcatgtcatttgaaatcgctggtcctctcatgccata 13108076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #25
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 64 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 22272836 - 22272680
Alignment:
Q  64 gggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactcgaacaacgtcaggagcagttggatgtgatggtgcag 163  Q
    ||||||||||||||| | |  |||||| | ||| ||||||  ||||||||||||| ||| |||| || |||   ||||||| |||||| |  ||| ||||    
T  22272836 gggataaactccatgtattggggttgagtagaagcggatgacccataatttggatttggaactctaataactctaggagcaattggattttgtggagcag 22272737  T
Q  164 gacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgc 220  Q
    ||||||||  ||||||||| ||| || |  |||||||| | ||||| ||||| ||||    
T  22272736 gacccctcggtggtgtttgtttatgcatgccatttgaagtcactggtcctctcatgc 22272680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 186; Significance: 1e-101; HSPs: 25)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 186; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 18 - 304
Target Start/End: Complemental strand, 31914555 - 31914269
Alignment:
Q  18 aatctaagcatgcatcaagcttcacttctttggaaagccgagggttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttgga 117  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31914555 aatctaagcatgcatcaagtttcacttctttggcaagccggtggttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttgga 31914456  T
Q  118 tatggcactcgaacaacgtcaggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaa 217  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||| ||| | | |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  31914455 tatggcactcgaacaacgccaagagcagttggatgcgatggtgcatgactcgttactgatgtttgcttaggcctctcatttgaaataattggtcctctaa 31914356  T
Q  218 tgccataccattttgcaggaacacattgcaacaacagtttcaatcatatcagtccctatttaatnnnnnnntcaatcaaattagtcc 304  Q
    |||||||||   ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||       ||||||||||||||||    
T  31914355 tgccatacctccttgcaggaacaccctgcaacaacagtttcaatcatatcagtccatatttaataaaatattcaatcaaattagtcc 31914269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 165; E-Value: 3e-88
Query Start/End: Original strand, 18 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 23965571 - 23965315
Alignment:
Q  18 aatctaagcatgcatcaagcttcacttctttggaaagccgagggttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttgga 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||    
T  23965571 aatctaagcatgcatcaagcttcacttctttggaaagtcgggggttgggataaacttcatgaacttaggttgacttgaattggatggaccataatctgga 23965472  T
Q  118 tatggcactcgaacaacgtcaggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaa 217  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||    
T  23965471 tatggcactcgaataacgccaggagcagttggatgtgatggtgcaagacccctcaatggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataataggccctctaa 23965372  T
Q  218 tgccataccattttgcaggaacacattgcaacaacagtttcaatcatatcagtccct 274  Q
    |||||||||   |||||||||||   | |||||| ||||| |||||||| |||||||    
T  23965371 tgccatacctccttgcaggaacaaccttcaacaagagtttaaatcatattagtccct 23965315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 26 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 6057936 - 6057697
Alignment:
Q  26 catgcatcaagcttcacttctttggaaagccgagggttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcac 125  Q
    |||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||    
T  6057936 catgtatcaagtatcacttctttggaaagccgagggttgggataaactccataaacttaggttgagttgaaccgggtggaccataatttggatatggtac 6057837  T
Q  126 tcgaacaacgtcaggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgccatac 225  Q
    || || |||| |||||| ||||||  ||| |||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  6057836 tctaataacgccaggaggagttgg--gtgttggtgcagga-ccctcattggtgtttgtttaggcctctcatttgaaataattggccctctaatgccatac 6057740  T
Q  226 cattttgcaggaacacattgcaacaacagtttcaatcatatca 268  Q
    |   |||| |||||||  |||||||||| ||||||||||||||    
T  6057739 ctccttgctggaacaccctgcaacaacattttcaatcatatca 6057697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 27 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 17200074 - 17199836
Alignment:
Q  27 atgcatcaagcttcacttctttggaaagccgagggttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcact 126  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||| |||    
T  17200074 atgcatcaagtatcacttctttggaaagtcgggggttgggataaactccatgaacttaggttgagttgaactagatggaccataatttggatatggtact 17199975  T
Q  127 cgaacaacgtcaggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgccatacc 226  Q
    | || |||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||| |||  ||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||    
T  17199974 ctaataacg-caggagcagttggatgtgttggtgtaggacccctcattggtgtttgtttatacctctcatttgaaataattggccctctaatgacatacc 17199876  T
Q  227 attttgcaggaacacattgcaacaacagtttcaatcatat 266  Q
       ||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||    
T  17199875 tccttgcaggaacaccctgcaacaacattttcaatcatat 17199836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 129; E-Value: 9e-67
Query Start/End: Original strand, 26 - 266
Target Start/End: Original strand, 25972308 - 25972548
Alignment:
Q  26 catgcatcaagcttcacttctttggaaagccgagggttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcac 125  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||| ||    
T  25972308 catgcatcaagtatcacttctttggaaagtcgggggttgggataaactccatgaacttaggttgagttgaaccagatgaaccataatttggatatggtac 25972407  T
Q  126 tcgaacaacgtcaggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgccatac 225  Q
    || || |||| |||||||||||||||||  |||||  |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||| || ||| | |||||||||||||    
T  25972408 tctaataacgccaggagcagttggatgtcctggtgtgggacccctcattggtgtttgtttaggcctctcatttaaaaaaattggccatctaatgccatac 25972507  T
Q  226 cattttgcaggaacacattgcaacaacagtttcaatcatat 266  Q
    |   ||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||    
T  25972508 ctccttgcaggaacaccctgcaacaacattttcaatcatat 25972548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 30 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 48457004 - 48456808
Alignment:
Q  30 catcaagcttcacttctttggaaagccgagggttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactcga 129  Q
    |||||||| ||||||||||||||| | | ||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||  |||| |    
T  48457004 catcaagcatcacttctttggaaatctgggggttgggataaactccgtgaatttaggttgactcgaaccggatggaccataacttgaatatgatactcta 48456905  T
Q  130 acaacgtcaggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgccatacc 226  Q
    | || | || |||||||| |||||| ||||| | ||||| ||| | ||||||||||||||||||||| |||||||| |||  |||||||| ||||||    
T  48456904 ataatgccatgagcagtttgatgtgctggtgtatgacccttcattagtgtttgcttaggcctctcatatgaaataattggttctctaatgtcatacc 48456808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 57; E-Value: 8e-24
Query Start/End: Original strand, 39 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 367284 - 367098
Alignment:
Q  39 tcacttctttggaaagccgagggttgggataaactccatgaacttagg-ttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactcgaacaacgtc 137  Q
    ||||||||||||||| |   |||||| ||||||||||||||| ||||| |||| | ||||||||| |||||||| |||||  || || || || |||  |    
T  367284 tcacttctttggaaatcttggggttgagataaactccatgaa-ttaggattgagtagaaccggatagaccataacttggacgtgtcattctaataactcc 367186  T
Q  138 aggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgccatacc 226  Q
    ||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||| ||| | ||||| ||||||||||||| | ||| || |||||||    
T  367185 aggagcagttggatgtggtggagcag-acccctcactggtgtttgcgtagacttctcagttgaaataactggtcatctcattccatacc 367098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 57; E-Value: 8e-24
Query Start/End: Original strand, 30 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 13035275 - 13035079
Alignment:
Q  30 catcaagcttcacttctttggaaagccgagggttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactcga 129  Q
    ||||||||  |||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||| |  |||||| | ||||||||||  |||||| ||||||||| || |  |    
T  13035275 catcaagcgccacttctttggaaatcctggggttgggataaactccatgaattatggttgattagaaccggatgacccataacttggatatgacatttta 13035176  T
Q  130 acaacgtcaggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgccatacc 226  Q
    |  || |||| |||||||||||||| ||| |||| |||  |||||||| ||||| ||| | |||||  |||||||| ||| |||||||| |||||||    
T  13035175 attacttcagaagcagttggatgtggtggagcagtaccgttcactggtatttgcgtagacttctcagctgaaataattggtcctctaataccatacc 13035079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 57; E-Value: 8e-24
Query Start/End: Original strand, 34 - 202
Target Start/End: Original strand, 46811691 - 46811859
Alignment:
Q  34 aagcttcacttctttggaaagccgagggttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactcgaacaa 133  Q
    ||||||||||||||||||||  || ||||||| ||||||| ||| || | ||||||| | ||||| | |||||||||  |||||||| | |||| ||  |    
T  46811691 aagcttcacttctttggaaattcgggggttggtataaacttcataaattgaggttgattcgaaccaggtggaccataggttggatatagaactctaatta 46811790  T
Q  134 cgtcaggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaa 202  Q
     | |||||| |||||||||   ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  46811791 tgccaggagaagttggatgacctggtgcaggacccctcattggtgtttgcttaggcctatcagttgaaa 46811859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 52; E-Value: 8e-21
Query Start/End: Original strand, 151 - 266
Target Start/End: Original strand, 46867025 - 46867140
Alignment:
Q  151 tgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgccataccattttgcaggaacacattgcaaca 250  Q
    |||| ||||| ||||||||||| ||||||||| || ||| ||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||   ||||| ||||||  |||||||    
T  46867025 tgtgctggtgtaggacccctcattggtgtttgttttggcttctcatttgaaataattggccctctaatgtcatacctccttgcaagaacaccctgcaaca 46867124  T
Q  251 acagtttcaatcatat 266  Q
    ||| ||||||||||||    
T  46867125 acattttcaatcatat 46867140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 61 - 224
Target Start/End: Original strand, 23905818 - 23905981
Alignment:
Q  61 gttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactcgaacaacgtcaggagcagttggatgtgatggtg 160  Q
    |||||||||||||||||| | | ||||||| | ||| ||||||  || |||||||||| ||| |||| || |||  || |||||||||||| |  ||| |    
T  23905818 gttgggataaactccatgtattgaggttgagtagaagcggatgacccgtaatttggatttggaactctaataactccaagagcagttggattttgtggag 23905917  T
Q  161 caggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgccata 224  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||| || | ||||||||||| ||||| ||| | ||||||||    
T  23905918 caggacccctcagtggtgtttgtttatgcatgtcatttgaaatcactggtcctgtcatgccata 23905981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 34 - 226
Target Start/End: Original strand, 46995768 - 46995963
Alignment:
Q  34 aagcttcacttctttggaaagccgagggttgggataaactccatgaacttag---gttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactcgaa 130  Q
    |||| ||||||||||||||| |||   ||||| |||||||||||| | ||||   ||||| | |||| ||||||||||||  |||||||||| || | ||    
T  46995768 aagcatcacttctttggaaatccggtagttggtataaactccatgcatttagtaggttgagtcgaactggatggaccataggttggatatggaaccctaa 46995867  T
Q  131 caacgtcaggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgccatacc 226  Q
      | | ||| || |||| |||| | ||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||| |||  ||||| || ||| ||||||| ||||||||    
T  46995868 ttatgccagcaggagttagatgagctggtgcaggacccctcattggtgtttgcctagacctatcaactgaaagaattggtcctctaaggccatacc 46995963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 61 - 224
Target Start/End: Original strand, 30939975 - 30940138
Alignment:
Q  61 gttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactcgaacaacgtcaggagcagttggatgtgatggtg 160  Q
    |||||||||||||||||| | |  |||||| | ||| ||||||  ||||||||||||| ||| |||  || |||  ||||||||||||||| |  ||| |    
T  30939975 gttgggataaactccatgtattggggttgagtagaagcggatgacccataatttggatttggaactgtaataactccaggagcagttggattttgtggag 30940074  T
Q  161 caggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgccata 224  Q
    || |||||||||  |||||||| ||| || | ||||||||||| ||||| ||| | ||||||||    
T  30940075 caagacccctcagcggtgtttgtttatgcatgtcatttgaaatcactggtcctttcatgccata 30940138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 64 - 224
Target Start/End: Original strand, 37115089 - 37115249
Alignment:
Q  64 gggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactcgaacaacgtcaggagcagttggatgtgatggtgcag 163  Q
    ||||||||||||||| | |  |||||| | ||| |||||||    |||||||||| ||| |||| || |||  |||||| |||||||| |  ||| ||||    
T  37115089 gggataaactccatgtattatggttgagtagaagcggatggcatgtaatttggatttggaactctaataactccaggagtagttggattttgtggagcag 37115188  T
Q  164 gacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgccata 224  Q
    ||||||||| ||||||||| ||| || |  |||||||||| ||||| ||||| ||||||||    
T  37115189 gacccctcagtggtgtttgtttatgcatgccatttgaaatcactggtcctctgatgccata 37115249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 61 - 224
Target Start/End: Original strand, 29996060 - 29996223
Alignment:
Q  61 gttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactcgaacaacgtcaggagcagttggatgtgatggtg 160  Q
    |||||||||||||||||| | |  |||||| | ||| ||||||  || |||||||||| ||| | || || |||  || ||||||||||||    ||| |    
T  29996060 gttgggataaactccatgtattggggttgagtagaagcggatgacccgtaatttggatttggaattctaataactccaagagcagttggatcctgtggag 29996159  T
Q  161 caggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgccata 224  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||| || | ||||||||||| | ||| ||||| ||||||||    
T  29996160 caggacccctcagtggtgtttgtttatgcatgtcatttgaaatcattggtcctctcatgccata 29996223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 33 - 224
Target Start/End: Original strand, 48851864 - 48852055
Alignment:
Q  33 caagcttcacttctttggaaagccgagggttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactcgaaca 132  Q
    ||||| ||||| ||||||||| ||   ||||||||||||||||||| | |  |||||| | ||| ||||||  || |||||||||| ||| |||| || |    
T  48851864 caagcatcactactttggaaatcctgaggttgggataaactccatgtattggggttgagtagaagcggatgacccgtaatttggatttggaactctaata 48851963  T
Q  133 acgtcaggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgccata 224  Q
    ||  ||| ||||||||||  |  ||| ||||| ||||||| | ||||||| ||| | || ||||||||||| | ||| ||||| ||||||||    
T  48851964 actccagaagcagttggactttgtggagcagggcccctcagtagtgtttgtttatgtctgtcatttgaaatcattggtcctctcatgccata 48852055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 34 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 7402462 - 7402300
Alignment:
Q  34 aagcttcacttctttggaaagccgagggttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactcgaacaa 133  Q
    |||| ||||||||||| |||  |  ||||||||||||| |||||||| |  |||||| | |||||  ||||  ||||| |||||||||  |||| || ||    
T  7402462 aagcatcacttctttgaaaattctggggttgggataaattccatgaattagggttgagtagaaccaaatggctcataacttggatatgatactctaataa 7402363  T
Q  134 cgtcaggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcat 196  Q
    |  || | | | ||||||||| ||| ||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  7402362 ctccaagtgaaattggatgtggtggagcaagacccctcactcgtgtttgcttagtcctctcat 7402300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 143 - 224
Target Start/End: Original strand, 47385851 - 47385932
Alignment:
Q  143 cagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgccata 224  Q
    ||||||||| |  ||| ||||||||||||| ||||||||| ||| |||| |||||| |||| ||||| ||||| ||||||||    
T  47385851 cagttggattttgtggagcaggacccctcagtggtgtttgtttatgcctgtcatttaaaatcactggtcctctcatgccata 47385932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 137 - 224
Target Start/End: Original strand, 35692992 - 35693079
Alignment:
Q  137 caggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgccata 224  Q
    ||||||||||||||| |  ||| ||||||||| ||| ||||||||| ||| || | ||||||||||| ||| | ||||| ||||||||    
T  35692992 caggagcagttggattttgtggagcaggacccttcagtggtgtttgtttatgcatgtcatttgaaatcactagtcctctcatgccata 35693079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 61 - 203
Target Start/End: Original strand, 46439076 - 46439218
Alignment:
Q  61 gttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactcgaacaacgtcaggagcagttggatgtgatggtg 160  Q
    |||||||||||||||||| | |  |||||| | ||| ||||||  || |||||||||| ||| |||| ||||||  || ||||| |||||| |  ||| |    
T  46439076 gttgggataaactccatgtattggggttgagtagaagcggatgacccgtaatttggatttggaactctaacaactccaagagcaattggattttgtggag 46439175  T
Q  161 caggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaat 203  Q
    |||||||||| | ||||||||| ||| || | || ||||||||    
T  46439176 caggaccccttaatggtgtttgtttatgcatgtcgtttgaaat 46439218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 34 - 191
Target Start/End: Original strand, 47340947 - 47341107
Alignment:
Q  34 aagcttcacttctttggaaagccgagggttgggataaactccatgaact---taggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactcgaa 130  Q
    |||| |||||||||||||||  || | ||||| |||||||||||||| |   |||||||| | ||||||| |||||||||  |||||||||| || | ||    
T  47340947 aagcatcacttctttggaaattcgggagttggtataaactccatgaatttagtaggttgagtcgaaccgggtggaccataggttggatatggaaccctaa 47341046  T
Q  131 caacgtcaggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcct 191  Q
      | | ||| || ||||||||  | ||||| || | |||||| |||||| |||||||||||    
T  47341047 tcatgccagcaggagttggataagctggtgaagaatccctcattggtgtctgcttaggcct 47341107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 140 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 12903365 - 12903280
Alignment:
Q  140 gagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgccatac 225  Q
    ||||||||| ||||| ||| | | |||||||||||| ||||||||||| |||| || || |||||  ||| ||||||| |||||||    
T  12903365 gagcagttgcatgtgttggagtatgacccctcactgatgtttgcttagacctcacagttaaaatatttggtcctctaacgccatac 12903280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 160 - 205
Target Start/End: Complemental strand, 32839913 - 32839868
Alignment:
Q  160 gcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataa 205  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||| |||||||||    
T  32839913 gcaggacccctcactagtgttttcttagacctctcagttgaaataa 32839868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #24
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 61 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 6604105 - 6603985
Alignment:
Q  61 gttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactcgaacaacgtcaggagcagttggatgtgatggtg 160  Q
    |||||||||||||||||| | | ||||||| | ||| ||||||   | |||||||||| ||| |||| || |||   |||||||||||||| |  ||| |    
T  6604105 gttgggataaactccatgtattgaggttgagtagaagcggatgactcgtaatttggatttggaactctaataactctaggagcagttggattttgtggag 6604006  T
Q  161 caggacccctcactggtgttt 181  Q
    |||||||||||| || |||||    
T  6604005 caggacccctcagtgatgttt 6603985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #25
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 140 - 224
Target Start/End: Original strand, 27665690 - 27665774
Alignment:
Q  140 gagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgccata 224  Q
    |||||||||||| |  ||| |||| |||||||| ||||||||| ||| || | ||||||||||| | ||| ||||| ||||||||    
T  27665690 gagcagttggatcttgtggagcagaacccctcagtggtgtttgtttatgcatgtcatttgaaatcattggtcctctcatgccata 27665774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 181; Significance: 9e-98; HSPs: 20)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 181; E-Value: 9e-98
Query Start/End: Original strand, 18 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 39282324 - 39282054
Alignment:
Q  18 aatctaagcatgcatcaagcttcacttctttggaaagccgagggttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttgga 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39282324 aatctaagcatgcatcaagcttcacttctttggaaagccgggggttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttgga 39282225  T
Q  118 tatggcactcgaacaacgtcaggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaa 217  Q
    |||||||||||||||| ||||                  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39282224 tatggcactcgaacaatgtca------------------ggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaa 39282143  T
Q  218 tgccataccattttgcaggaacacattgcaacaacagtttcaatcatatcagtccctatttaatnnnnnnntcaatcaaattagtccct 306  Q
    | |||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||       ||||||||||||||||||    
T  39282142 taccatacctctttgcaggaacacactgcaacaacagtttcaatcataacagtccctatttaataaaaaattcaatcaaattagtccct 39282054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 173; E-Value: 5e-93
Query Start/End: Original strand, 18 - 306
Target Start/End: Original strand, 15806726 - 15806996
Alignment:
Q  18 aatctaagcatgcatcaagcttcacttctttggaaagccgagggttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttgga 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  15806726 aatctaagcatgcatcaagcttcacttctttggaaagccgggggttgggataaactccatgaacataggttgacttgaaccggatggaccataacttgga 15806825  T
Q  118 tatggcactcgaacaacgtcaggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaa 217  Q
    |||||||||||||||| ||||||                  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  15806826 tatggcactcgaacaatgtcagg------------------tgcaggacccctcactggtgtttgcttaggtctctcatttgaaataactggacctctaa 15806907  T
Q  218 tgccataccattttgcaggaacacattgcaacaacagtttcaatcatatcagtccctatttaatnnnnnnntcaatcaaattagtccct 306  Q
    |||||||||  |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||    
T  15806908 tgccatacctctttgcaggaacacactgcaacaacaatttcaatcatatcagtccctatttaataaaaaattcaatcaaattagtccct 15806996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 155; E-Value: 3e-82
Query Start/End: Original strand, 18 - 281
Target Start/End: Original strand, 860596 - 860849
Alignment:
Q  18 aatctaagcatgcatcaagcttcacttctttggaaagccgaggg-ttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttgg 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  860596 aatctaagcatgcatcaagcttcacttctttggaaagtcgggggattgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttgg 860695  T
Q  117 atatggcactcgaacaacgtcaggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctcta 216  Q
    |||||||||| ||           ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  860696 atatggcacttga-----------agcagttggatgtgatggtgcagaactcctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataattggccctcta 860784  T
Q  217 atgccataccattttgcaggaacacattgcaacaacagtttcaatcatatcagtccctatttaat 281  Q
    ||||||||||   || ||| |||||  |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  860785 atgccatacctccttccagtaacactctgcaacaagagtttcaatcataccagtccctatttaat 860849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 18 - 167
Target Start/End: Original strand, 32607794 - 32607943
Alignment:
Q  18 aatctaagcatgcatcaagcttcacttctttggaaagccgagggttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttgga 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  32607794 aatctaagcatgcatcaagcttcacttctttggaaagctggaggttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaactggatgaaccataatttgga 32607893  T
Q  118 tatggcactcgaacaacgtcaggagcagttggatgtgatggtgcaggacc 167  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32607894 tatggcactcgaacaacgtcaggagcagttggatgtgatggtgcaggacc 32607943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 27 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 14000959 - 14000680
Alignment:
Q  27 atgcatcaagcttcacttctttggaaagccgagggttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcact 126  Q
    ||||||||||  ||||||||||||  ||||  | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||    
T  14000959 atgcatcaagtatcacttctttggggagccaggagttgggataaactccatgaacttaggttgagttgaatcggatggaccataatttggatatggtact 14000860  T
Q  127 cgaacaacgtcaggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgccatacc 226  Q
    | || |||| || |||||||| | |||| | ||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||    
T  14000859 ctaataacgccatgagcagttaggtgtgctagtgcaagacccctcattggtgtttgtttaggcctctcatttgaaataattggccctctaatgtcatacc 14000760  T
Q  227 attttgcaggaacacattgcaacaacagtttcaatcatatcagtccctatttaatnnnnnnntcaatcaaattagtccct 306  Q
       | | | |||||     |||||||| ||||||||||||||||||||| || ||       ||||||||||||||||||    
T  14000759 tcctggtaagaacagccaacaacaacaatttcaatcatatcagtccctaattcataagacattcaatcaaattagtccct 14000680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 30 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 40098736 - 40098491
Alignment:
Q  30 catcaagcttcacttctttggaaagccgagggttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactcga 129  Q
    |||||| | ||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||  ||| ||||| |  ||||||||||||||||| ||||||||| ||||| |    
T  40098736 catcaaacatcacttctttggaaatctgagggtcgggataaactccatgagtttatgttgattcaaaccggatggaccataagttggatatgacactcaa 40098637  T
Q  130 acaacgtcaggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgccataccatt 229  Q
    | || |||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||| ||| |||||||| |||||||       
T  40098636 ataatgtcaggagcagttggaagtgctggtgcaagacccctcactggtgtttacttaggcctctgatttaaaataattggccctctaataccatacctcc 40098537  T
Q  230 ttgcaggaacacattgcaacaacagtttcaatcatatcagtcccta 275  Q
    | | |||||||   |||||||||| ||||| ||| |||||||||||    
T  40098536 tagtaggaacatcctgcaacaacattttcattcaaatcagtcccta 40098491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 29 - 271
Target Start/End: Original strand, 4415770 - 4416012
Alignment:
Q  29 gcatcaagcttcacttctttggaaagccgagggttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactcg 128  Q
    ||||||||  ||||||||||||||| | || ||||||||||| |||||||||||||| |||  ||||||| |||||||||||| ||| |||||| || |     
T  4415770 gcatcaagtatcacttctttggaaatctgaaggttgggataatctccatgaacttagattgggttgaacctgatggaccataagttgaatatggaacact 4415869  T
Q  129 aacaacgtcaggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgccataccat 228  Q
    || || | || ||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||  | |||||||||||||       
T  4415870 aataatgccaagagcagttggatgagttggtgcaggacccctcactagtgttttcttaggcctctcatttgaaataattgaccgtctaatgccatacatc 4415969  T
Q  229 tttgcaggaacacattgcaacaacagtttcaatcatatcagtc 271  Q
     ||| || |||||  | |||||||| |||||||||||||||||    
T  4415970 cttgtagaaacaccctacaacaacattttcaatcatatcagtc 4416012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 38 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 42002574 - 42002386
Alignment:
Q  38 ttcacttctttggaaagccgagggttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactcgaacaacgtc 137  Q
    |||||||||||| ||| ||| ||||||| ||||||| |||||| | ||||||| | ||||||| |||||||||  |||||||||| |||| ||  | |      
T  42002574 ttcacttctttgaaaatccgggggttggtataaacttcatgaattgaggttgattcgaaccgggtggaccataggttggatatggaactctaattatgga 42002475  T
Q  138 aggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgccatacc 226  Q
    ||||| ||||||||| | |||||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||  ||||| |||||| |||||||  |||||||    
T  42002474 aggaggagttggatgagttggtgcaggatccctcattggtgtttgcttaggcctatcagctgaaagaactggtcctctaagaccatacc 42002386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 33 - 224
Target Start/End: Original strand, 40151283 - 40151474
Alignment:
Q  33 caagcttcacttctttggaaagccgagggttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactcgaaca 132  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||  | |||||||||||||||||||| | ||||||| | |||||  |||| ||||||   |||||||  |||| || |    
T  40151283 caagcatcacttctttggaaatcctggtgttgggataaactccatgaattgaggttgagtagaaccatatggcccataaccaggatatgatactctaata 40151382  T
Q  133 acgtcaggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgccata 224  Q
    |   |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| | |||||||||||| ||||||| |||||||| | || ||||| ||||||||    
T  40151383 agtccaggagcagttggatgtgctggagcaggacccctcattagtgtttgcttagacctctcagttgaaatatcaggtcctctcatgccata 40151474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 34 - 226
Target Start/End: Original strand, 91413 - 91608
Alignment:
Q  34 aagcttcacttctttggaaagccgagggttgggataaactccatgaacttag---gttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactcgaa 130  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||   |||| |||||||||||||| ||||   ||||| | ||||   ||||||||||  |||||||||| || | ||    
T  91413 aagcatcacttctttggaaatccgataattggtataaactccatgaatttagtaggttgagtcgaactaaatggaccataggttggatatggaaccctaa 91512  T
Q  131 caacgtcaggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgccatacc 226  Q
      | | ||| || ||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||  ||||| || ||| ||||||  ||||||||    
T  91513 ttatgccagcaggagttggatgagctggtgcaggacccctcattggtgtttgcctaggcctatcaactgaaagaattggtcctctagggccatacc 91608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 29 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 4046880 - 4046701
Alignment:
Q  29 gcatcaagcttcacttctttggaaagccgagggttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactcg 128  Q
    ||||||| | ||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||| |  |||||| | |||||  || |||||||| ||||||||| || ||     
T  4046880 gcatcaaacatcacttctttggaaatcctggggttgggataaactccatgaattatggttgagtagaaccaaat-gaccataacttggatatgtcattct 4046782  T
Q  129 aacaacgtcaggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactgg 209  Q
    || |||   || |||||||||||||| |||   ||||||| ||  |||||||||| ||| | ||||  |||||||||||||    
T  4046781 aataactctagtagcagttggatgtggtggattaggacccttcgttggtgtttgcgtagacttctccgttgaaataactgg 4046701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 34 - 191
Target Start/End: Original strand, 29908757 - 29908917
Alignment:
Q  34 aagcttcacttctttggaaagccgagggttgggataaactccatgaacttag---gttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactcgaa 130  Q
    |||| |||||||||||||||  |||  ||||| |||||||||| ||| ||||   ||||| | |||||||||||||||||  |||||||||| || | ||    
T  29908757 aagcatcacttctttggaaattcgaaagttggtataaactccacgaatttagtaggttgaatcgaaccggatggaccataggttggatatggaaccctaa 29908856  T
Q  131 caacgtcaggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcct 191  Q
      | | ||| |  ||||||||| | |||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||    
T  29908857 ttatgccagcatgagttggatgagctggtgcaggaaccctcattggtgtttgcttaagcct 29908917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 62 - 216
Target Start/End: Original strand, 36414 - 36571
Alignment:
Q  62 ttgggataaactccatgaacttag---gttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactcgaacaacgtcaggagcagttggatgtgatgg 158  Q
    |||| |||||||||||||| ||||   ||||| | ||||  |||||||||||  |||||||||| || | ||  | | ||| || ||||||||| | |||    
T  36414 ttggtataaactccatgaatttagtaggttgagtcgaactagatggaccataggttggatatggaaccctaattatgccagcaggagttggatgagctgg 36513  T
Q  159 tgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctcta 216  Q
    |||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||  ||||| || ||| ||||||    
T  36514 tgcaggacccctcattggtgtttgcctaggcctatcaactgaaagaattggtcctcta 36571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 109 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 17696736 - 17696621
Alignment:
Q  109 taatttggatatggcactcgaacaacgtcaggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactg 208  Q
    |||||||||| ||| |||| ||||||  ||||||||||||||| |  ||| |||||| |||||| ||||||||| ||| || | | ||||||||| |||     
T  17696736 taatttggatttggaactctaacaactccaggagcagttggattttgtggagcaggatccctcagtggtgtttgtttatgcatgttatttgaaatcacta 17696637  T
Q  209 gacctctaatgccata 224  Q
    | ||||| ||||||||    
T  17696636 gtcctctgatgccata 17696621  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 18 - 80
Target Start/End: Original strand, 62504 - 62566
Alignment:
Q  18 aatctaagcatgcatcaagcttcacttctttggaaagccgagggttgggataaactccatgaa 80  Q
    ||||||| |||||||||||  ||||||||||| ||| ||| |||||| |||||||||||||||    
T  62504 aatctaaacatgcatcaagtatcacttctttgaaaatccgggggttgtgataaactccatgaa 62566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 29 - 209
Target Start/End: Original strand, 26584339 - 26584523
Alignment:
Q  29 gcatcaagcttcacttctttggaaagccgagggttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactcg 128  Q
    ||||||||| |||||| |||| ||| ||  ||||||||||| |||| ||||| |  |||||| | ||| ||||||  |||||| ||||||||| || ||     
T  26584339 gcatcaagcatcacttatttgaaaatcctggggttgggatatactcgatgaattagggttgagtagaatcggatgatccataacttggatatgtcattct 26584438  T
Q  129 aacaacgtcaggagcagttggatgtgatggtgcaggaccc----ctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactgg 209  Q
    || |||   ||||||||||||||||| ||| | || ||||    | ||||||||||||| ||| | ||||| || ||||||||||    
T  26584439 aataactctaggagcagttggatgtggtggagtagaacccccctcccactggtgtttgcgtagacttctcagttaaaataactgg 26584523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 61 - 224
Target Start/End: Original strand, 42518800 - 42518963
Alignment:
Q  61 gttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactcgaacaacgtcaggagcagttggatgtgatggtg 160  Q
    |||||||||||||||||| | |  |||||| |||||  |||||   | |||||||||| ||| |||| || |||  ||||||||||||||| |  ||| |    
T  42518800 gttgggataaactccatgtattggggttgagttgaagtggatgtctcgtaatttggatttggaactctaataactccaggagcagttggatttcgtggag 42518899  T
Q  161 caggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgccata 224  Q
    ||| |||||||  || |||||| ||| || | || |||||||| ||||| ||||| ||||||||    
T  42518900 cagcacccctcggtgttgtttgtttatgcatatcgtttgaaatcactggtcctctcatgccata 42518963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 162 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 2767411 - 2767349
Alignment:
Q  162 aggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgccata 224  Q
    ||||||||||| ||||||||| ||| || | ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||    
T  2767411 aggacccctcagtggtgtttgtttatgcatgtcatttgaaatcactggtcctctcatgccata 2767349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 138 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 40560724 - 40560638
Alignment:
Q  138 aggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgccata 224  Q
    |||||||||||||| |  ||| ||||||||||||| ||||||||| ||| || |  |||||||||| | ||| ||||| ||||||||    
T  40560724 aggagcagttggattttgtggagcaggacccctcaatggtgtttgtttatgcatgccatttgaaatcattggtcctctcatgccata 40560638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #20
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 140 - 224
Target Start/End: Original strand, 44709402 - 44709486
Alignment:
Q  140 gagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgccata 224  Q
    |||||||||||  |  ||| ||||||||||||| ||||||||| ||| || | ||||||| ||| ||||| ||||| ||||||||    
T  44709402 gagcagttggagtttgtggagcaggacccctcaatggtgtttgtttatgcatgtcatttgtaatcactggtcctctcatgccata 44709486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0129 (Bit Score: 176; Significance: 8e-95; HSPs: 1)
Name: scaffold0129
Description:

Target: scaffold0129; HSP #1
Raw Score: 176; E-Value: 8e-95
Query Start/End: Original strand, 22 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 5540 - 5256
Alignment:
Q  22 taagcatgcatcaagcttcacttctttggaaagccgagggttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatg 121  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5540 taagcatgcatcaagtttcacttctttggcacgccggtggttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatg 5441  T
Q  122 gcactcgaacaacgtcaggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgcc 221  Q
     ||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||| ||| | | |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  5440 acactcgaacaatgccaagagcagttggatgtgatggtgcatgactcgttactgatgtttgcttaggcctctcatttgaaataattggtcctctaatgcc 5341  T
Q  222 ataccattttgcaggaacacattgcaacaacagtttcaatcatatcagtccctatttaatnnnnnnntcaatcaaattagtccct 306  Q
    |||||   ||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||    
T  5340 atacctccttgcaggaacaccctgtaacaacagtttcaatcatatcagtccctatttaataaaacattcaatcaaattagtccct 5256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 173; Significance: 5e-93; HSPs: 20)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 173; E-Value: 5e-93
Query Start/End: Original strand, 22 - 281
Target Start/End: Original strand, 37478512 - 37478753
Alignment:
Q  22 taagcatgcatcaagcttcacttctttggaaagccgagggttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatg 121  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37478512 taagcatgcatcaagcttcacttctttggaaagtcgggggttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatg 37478611  T
Q  122 gcactcgaacaacgtcaggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgcc 221  Q
    |||||||||||| ||||||                  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37478612 gcactcgaacaatgtcagg------------------tgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgcc 37478693  T
Q  222 ataccattttgcaggaacacattgcaacaacagtttcaatcatatcagtccctatttaat 281  Q
    |||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  37478694 atacctctttgcaggaacacactgcaacaacagtttcaatcatatcagtccatatttaat 37478753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 154; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 26 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 50132568 - 50132319
Alignment:
Q  26 catgcatcaagcttcacttctttggaaagccgagggttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcac 125  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  50132568 catgcatcaagtatcacttctttggaaagccaggggttaggataaactccatgaacttaggttgagttgaaccggatggaccataatttggatatggtac 50132469  T
Q  126 tcgaacaacgtcaggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgccatac 225  Q
    || || ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| || |||||||||||| |||||||||||||||| |||  |||| |||||||||    
T  50132468 tctaataacgtcaggagcagttggatgtgctggtgcaggatccctcattgatgtttgcttaggtctctcatttgaaataattggctctctgatgccatac 50132369  T
Q  226 cattttgcaggaacacattgcaacaacagtttcaatcatatcagtcccta 275  Q
    | | ||||||||||||  |||||||||| |||||||||| ||||||||||    
T  50132368 cttcttgcaggaacaccctgcaacaacattttcaatcatctcagtcccta 50132319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 26 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 27383218 - 27383018
Alignment:
Q  26 catgcatcaagcttcacttctttggaaagccgagggttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcac 125  Q
    |||||||||||  ||| ||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||    
T  27383218 catgcatcaagtatcagttctttgaaaatccgggggttgggataaactccatgaacttaggttgagttgaaccggatgaaccataatttggatatggaac 27383119  T
Q  126 tcgaacaacgtcaggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgccatac 225  Q
    || || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||| |||||| ||| ||||||||| |||||    
T  27383118 tctaataacgtcaggagcagttggatgtgctggtgcaggacccctcactagtgtttgactaggcctctcatttaaaataattggccctctaatgtcatac 27383019  T
Q  226 c 226  Q
    |    
T  27383018 c 27383018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 30 - 275
Target Start/End: Original strand, 9590862 - 9591107
Alignment:
Q  30 catcaagcttcacttctttggaaagccgagggttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactcga 129  Q
    |||||||| ||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||| |||| |||| | |||||||||||||||||| |||||||||| |||  |    
T  9590862 catcaagcatcacttctttggaaatctgggggttgggataaactccatgaatttagattgagtcgaaccggatggaccataacttggatatggtacttta 9590961  T
Q  130 acaacgtcaggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgccataccatt 229  Q
    | | ||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||| || |||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||| || ||       
T  9590962 atagcgtcaggagcagttggatgtgctggtacaagacccctcattgatgtttgcttaggcctctcatttaaaataattggtcctctaatgctatgcctcc 9591061  T
Q  230 ttgcaggaacacattgcaacaacagtttcaatcatatcagtcccta 275  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||| ||||    
T  9591062 ttgcaggaacacactgcaacaacattttcaatcaaatcagttccta 9591107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 26 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 44973566 - 44973315
Alignment:
Q  26 catgcatcaagcttcacttctttggaaagccgagggttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcac 125  Q
    ||||||| |||  ||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  44973566 catgcataaagtatcacttctttggaaagccgggatttgggataaactccatgaacttaggttgagttaaaccggatggaccataatttggatatggtac 44973467  T
Q  126 tcgaacaacgtcaggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctcta--atgccat 223  Q
    |  || |||  |||||||||||||||||| ||||| ||| |  |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||  ||| |||    
T  44973466 tttaataactccaggagcagttggatgtgctggtgtagggcttctcattggtgtttgtttaggcctctcatttgaaataattggccctctaatatgtcat 44973367  T
Q  224 accattttgcaggaacacattgcaacaacagtttcaatcatatcagtcccta 275  Q
    |||    || |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  44973366 acctccatggaggaacaccttgcaacaacaatttcaatcatatcagtcccta 44973315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 34 - 202
Target Start/End: Original strand, 44557585 - 44557752
Alignment:
Q  34 aagcttcacttctttggaaagccgagggttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactcgaacaa 133  Q
    |||||||||||||||||||| ||| ||||||  |||||||||||||| | ||||||| | ||||||| |||||||||  |||||||||| |||| ||  |    
T  44557585 aagcttcacttctttggaaatccgggggttgt-ataaactccatgaattgaggttgattcgaaccgggtggaccataggttggatatggaactctaatta 44557683  T
Q  134 cgtcaggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaa 202  Q
     | |||||| |||||||||   | ||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  44557684 tgccaggaggagttggatgacctagtgcatgacccctcattggtgtttgcttaggcctatcagttgaaa 44557752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 61 - 209
Target Start/End: Original strand, 41761293 - 41761440
Alignment:
Q  61 gttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactcgaacaacgtcaggagcagttggatgtgatggtg 160  Q
    |||||||||||||||||| | |  |||||| | ||| ||||||| || |||||||||| ||| |||| || ||| |||||||||||||||| || ||| |    
T  41761293 gttgggataaactccatgtattggggttgagtagaagcggatggtccgtaatttggatttggaactctaataacttcaggagcagttggatttg-tggag 41761391  T
Q  161 caggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactgg 209  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||| || | | ||||||||| |||||    
T  41761392 caggacccctcagtggtgtttgtttatgcatgttatttgaaatcactgg 41761440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 39 - 191
Target Start/End: Original strand, 2349675 - 2349830
Alignment:
Q  39 tcacttctttggaaagccgagggttgggataaactccatgaact---taggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactcgaacaacg 135  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| |   |||||||| | ||||||| |||||||||  |||||||||| || | ||  | |    
T  2349675 tcacttctttggaaatccgagagttggtataaactccatgaatttagtaggttgagtcgaaccgggtggaccataggttggatatggaaccctaatcatg 2349774  T
Q  136 tcaggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcct 191  Q
     ||| || ||||||||| | |||||||||||| |||| |||||| | |||||||||    
T  2349775 ccagcaggagttggatgagctggtgcaggaccgctcattggtgtattcttaggcct 2349830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 34 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 10767315 - 10767170
Alignment:
Q  34 aagcttcacttctttggaaagccgagggttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactcgaacaa 133  Q
    |||| ||||||||| ||||| ||| | ||||| |||||||||||||| | ||||||| | ||||||| |||||||||  |||||||||| || | ||  |    
T  10767315 aagcatcacttcttgggaaatccgggagttggtataaactccatgaattgaggttgagtcgaaccgggtggaccataggttggatatggaaccctaatca 10767216  T
Q  134 cgtcaggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgt 179  Q
     | ||| || ||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||    
T  10767215 tgccagcaggagttggatgagctggtgcaggacccctcattggtgt 10767170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 34 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 27625830 - 27625675
Alignment:
Q  34 aagcttcacttctttggaaagccgagggttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactcgaacaa 133  Q
    |||||||||||||||||||| |||  |||||  |||||||||||||| | ||||||| | ||| |||  ||||||||  ||| |||||| |||| ||  |    
T  27625830 aagcttcacttctttggaaatccggaggttgt-ataaactccatgaattgaggttgattcgaatcggg-ggaccataggttgaatatggaactctaatta 27625733  T
Q  134 cgtcaggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcct 191  Q
     | |||||| |||||||||   |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  27625732 tgccaggaggagttggatgacctggtacaggacccctcattggtgtttgcttaggcct 27625675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 34 - 224
Target Start/End: Original strand, 10371781 - 10371974
Alignment:
Q  34 aagcttcacttctttggaaagccgagggttgggataaactccatgaactta---ggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactcgaa 130  Q
    |||| |||||| || ||||| ||| | ||||| |||||||||||||| |||   |||||| | ||||||| |||||||||  |||||||||| || | ||    
T  10371781 aagcatcacttgttgggaaatccgggagttggtataaactccatgaatttaataggttgagtcgaaccgggtggaccataggttggatatggaaccctaa 10371880  T
Q  131 caacgtcaggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgccata 224  Q
      | | ||| || ||||||||| | ||||||||||||||||| |||||| | ||||||||| |||  ||||  ||| || ||||||| ||||||    
T  10371881 tcatgccagcaggagttggatgagctggtgcaggacccctcattggtgtattcttaggcctatcagctgaaggaaccggtcctctaaggccata 10371974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 85 - 224
Target Start/End: Original strand, 35403250 - 35403389
Alignment:
Q  85 ggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactcgaacaacgtcaggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgct 184  Q
    |||||| | ||| ||||||| || |||||||||| ||| |||| || |||  |||||||||||| || |  ||| ||||||||||||| ||||||||| |    
T  35403250 ggttgattagaagcggatggcccgtaatttggatctggaactctaataactccaggagcagttgaattttgtggagcaggacccctcagtggtgtttgtt 35403349  T
Q  185 taggcctctcatttgaaataactggacctctaatgccata 224  Q
    || || | ||||||||||| ||| | ||||| ||||||||    
T  35403350 tatgcatgtcatttgaaatcactagtcctctcatgccata 35403389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 61 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 49523692 - 49523529
Alignment:
Q  61 gttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactcgaacaacgtcaggagcagttggatgtgatggtg 160  Q
    |||||||||||||||||| | |  |||||| | ||| ||||||  || |||||||||| ||| |||| || |||  || |||||||||||| |  ||| |    
T  49523692 gttgggataaactccatgtattggggttgagtagaagcggatgacccgtaatttggatttggaactctaataactccaagagcagttggattttgtggag 49523593  T
Q  161 caggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgccata 224  Q
     ||||||||||| || |||||| ||| || | ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||    
T  49523592 taggacccctcattgatgtttgtttatgcatgtcatttgaaatcactggtcctctcatgccata 49523529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 39 - 111
Target Start/End: Complemental strand, 4614085 - 4614013
Alignment:
Q  39 tcacttctttggaaagccgagggttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataa 111  Q
    ||||||||||||||| ||   ||||||||||| || |||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  4614085 tcacttctttggaaatcctgaggttgggataagcttcatgaatttaggttgagttgaaccggatggcccataa 4614013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 109 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 41782032 - 41781932
Alignment:
Q  109 taatttggatatggcactcgaacaacgtcaggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactg 208  Q
    |||||||||| ||| |||| || |||  |||||||||||| || |  ||| ||||||||||||| ||||||||| ||| |||| ||||||||||| ||||    
T  41782032 taatttggatttggaactctaataactccaggagcagttgaattttgtggagcaggacccctcagtggtgtttgtttatgcctgtcatttgaaatcactg 41781933  T
Q  209 g 209  Q
    |    
T  41781932 g 41781932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 66 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 7150111 - 7149951
Alignment:
Q  66 gataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactcgaacaacgtcaggagcagttggatgtgatggtgcagga 165  Q
    ||||||||||||||| |  |||||| | |||| | |||  |||||| ||||||||| || || ||  || |||| |||||||||||||| ||| |||| |    
T  7150111 gataaactccatgaattagggttgagtagaactgaatgacccataacttggatatgacattctaatgacttcagtagcagttggatgtggtggagcagta 7150012  T
Q  166 cccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgccatacc 226  Q
    | | ||| | || ||||| ||| | ||||| ||||||||| ||| ||||| ||||||||||    
T  7150011 cgcttcattagtatttgcgtagacttctcagttgaaataattggtcctcttatgccatacc 7149951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 137 - 209
Target Start/End: Original strand, 52867801 - 52867873
Alignment:
Q  137 caggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactgg 209  Q
    ||||||||||||||| |  ||| ||||||||||||| ||||||||| ||| || | ||||||||||| |||||    
T  52867801 caggagcagttggattttgtggagcaggacccctcagtggtgtttgtttatgcatgtcatttgaaatcactgg 52867873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 137 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 51012417 - 51012330
Alignment:
Q  137 caggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgccata 224  Q
    ||||||||||||||| |  ||| ||||||||||||| || |||||| ||| || | ||||||||||| ||| | ||||| ||||||||    
T  51012417 caggagcagttggattttgtggagcaggacccctcagtgatgtttgtttatgcatgtcatttgaaatcactagtcctctcatgccata 51012330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 62 - 223
Target Start/End: Original strand, 48646304 - 48646465
Alignment:
Q  62 ttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactcgaacaacgtcaggagcagttggatgtgatggtgc 161  Q
    ||||||||||||||||| | |  |||||| | ||| | ||||| ||| ||||||||| ||  |||| || |||  ||||||||||||||| |  ||| ||    
T  48646304 ttgggataaactccatgtattggggttgagtagaagcagatggcccacaatttggatttgaaactctaataactccaggagcagttggattttgtggagc 48646403  T
Q  162 aggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgccat 223  Q
    ||||||| ||| || |||||| ||| ||||  ||||| |||| |||||  |||| |||||||    
T  48646404 aggacccttcaatgatgtttgattatgcctgccatttaaaatcactggttctctcatgccat 48646465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 39 - 122
Target Start/End: Complemental strand, 35996936 - 35996850
Alignment:
Q  39 tcacttctttggaaagccgagggttgggataaactccatgaact---taggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatgg 122  Q
    ||||||||||||||| ||| | ||||| ||||||||||| || |   |||||||| | ||||||| |||||||||  ||||||||||    
T  35996936 tcacttctttggaaatccgggagttggtataaactccataaatttagtaggttgagtcgaaccgggtggaccataggttggatatgg 35996850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 169; Significance: 1e-90; HSPs: 11)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 169; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 18 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 11164824 - 11164554
Alignment:
Q  18 aatctaagcatgcatcaagcttcacttctttggaaagccgagggttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttgga 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11164824 aatctaagcatgcatcaagcttcacttctttggaaagtcgggggttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttgga 11164725  T
Q  118 tatggcactcgaacaacgtcaggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaa 217  Q
    |||||||||||||||| ||||                  ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||    
T  11164724 tatggcactcgaacaatgtca------------------ggtgcaggacccctcactggtatttgcttaggtctctcatttgaaataattggacctctaa 11164643  T
Q  218 tgccataccattttgcaggaacacattgcaacaacagtttcaatcatatcagtccctatttaatnnnnnnntcaatcaaattagtccct 306  Q
    |||||||||  |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||    
T  11164642 tgccatacctctttgcaggaacacactgcaacaacattttcaatcatatcagtccctatttaataaaaaattcaatcaaattagtccct 11164554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 18 - 268
Target Start/End: Original strand, 25170853 - 25171102
Alignment:
Q  18 aatctaagcatgcatcaagcttcacttctttggaaagccgagggttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttgga 117  Q
    ||||||| |||||||||||  |||||||||| ||||  || |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||    
T  25170853 aatctaaacatgcatcaagtatcacttctttagaaattcgtgggttgggataaactcaatgaacttaggttgagttgaaccggatggaccataatttcga 25170952  T
Q  118 tatggcactcgaacaacgtcaggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaa 217  Q
    ||||| |||| || ||||  ||||||||||||||||| | ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||    
T  25170953 tatggaactctaataacgctaggagcagttggatgtgctagtgcatga-ccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaacaattggccctctaa 25171051  T
Q  218 tgccataccattttgcaggaacacattgcaacaacagtttcaatcatatca 268  Q
    |  ||||||   ||| ||||||||  |||||||||| ||||||||||||||    
T  25171052 tttcatacctccttgaaggaacaccctgcaacaacattttcaatcatatca 25171102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 91; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 30 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 31209846 - 31209652
Alignment:
Q  30 catcaagcttcacttctttggaaagccgagggttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactcga 129  Q
    |||||||| |||||||||||||||     |||||||||||||||||| ||| ||| ||||| | |||||| || |||||||| |||||||||| |||| |    
T  31209846 catcaagcatcacttctttggaaatttaggggttgggataaactccacgaatttatgttgagtcgaaccgaatagaccataacttggatatggtactcta 31209747  T
Q  130 acaacgtcaggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgccata 224  Q
    | |||| |||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||| ||||    
T  31209746 ataacgccaggagcagttggatgtgtttgtgcatgacccctcactggtgttttcttaggcctctcatttaaaataattggtcctctaatgtcata 31209652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 34 - 226
Target Start/End: Original strand, 30640441 - 30640633
Alignment:
Q  34 aagcttcacttctttggaaagccgagggttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactcgaacaa 133  Q
    |||||||||||| ||||||| ||| ||||||| |||||||||||||| | ||||||| | |||||||||||||||||  |||||||||  |||| ||  |    
T  30640441 aagcttcacttcattggaaatccgggggttggtataaactccatgaattgaggttgattcgaaccggatggaccataggttggatatgaaactctaatta 30640540  T
Q  134 cgtcaggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgccatacc 226  Q
     | |||||| |||||||||   ||||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||  ||||| |||||| | ||||| ||||||||    
T  30640541 tgccaggaggagttggatgacctggtgcaggacccctcatttgtgtttgcttaggcctatcagctgaaaaaactggtcttctaaggccatacc 30640633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 34 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 4645572 - 4645377
Alignment:
Q  34 aagcttcacttctttggaaagccgagggttgggataaactccatgaactta---ggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactcgaa 130  Q
    |||| ||||||||||||||| ||| | ||||| |||||||||||||| |||   |||||| | ||||||| |||||||||  |||||||||| || | ||    
T  4645572 aagcatcacttctttggaaatccgggagttggtataaactccatgaatttaataggttgagtcgaaccgggtggaccataggttggatatggaaccctaa 4645473  T
Q  131 caacgtcaggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgccatacc 226  Q
      | | ||| || ||||||||| | ||||||||||||||||| |||||| | ||||||||| |||  ||||  ||| || ||||||| ||||||||    
T  4645472 tcatgccagcaggagttggatgagctggtgcaggacccctcattggtgtattcttaggcctttcagctgaaggaaccggtcctctaaggccatacc 4645377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 61 - 224
Target Start/End: Original strand, 7372526 - 7372689
Alignment:
Q  61 gttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactcgaacaacgtcaggagcagttggatgtgatggtg 160  Q
    |||||||||||||||||| | |  |||||| | ||| ||||||  || |||||||||| ||| |||| || |||  ||||||||||||||| |  ||| |    
T  7372526 gttgggataaactccatgtattggggttgagtagaagcggatgacccgtaatttggatttggaactctaataactccaggagcagttggattttgtggag 7372625  T
Q  161 caggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgccata 224  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||| || |  |||||||||| ||| | ||||| ||||||||    
T  7372626 caggacccctcagtggtgtttgtttatgcatgccatttgaaatcactagtcctctcatgccata 7372689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 34 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 29114136 - 29113944
Alignment:
Q  34 aagcttcacttctttggaaagccgagggttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactcgaacaa 133  Q
    |||| ||||||||| | ||| ||| | ||||| |||||||||||||| | ||||||| | ||||||| |||||||||  |||||||||| || | ||  |    
T  29114136 aagcatcacttcttggaaaatccgggagttggtataaactccatgaattgaggttgagtcgaaccgggtggaccataggttggatatggaaccctaatca 29114037  T
Q  134 cgtcaggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgccatacc 226  Q
     | ||| || ||||||||| | ||||||||||||||||  |||||| | ||| ||||| | |  ||||  |||||| ||||||| ||||||||    
T  29114036 tgccagcaggagttggatgagctggtgcaggacccctcgttggtgtattctttggcctattagctgaaggaactggtcctctaaggccatacc 29113944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 61 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 20523944 - 20523781
Alignment:
Q  61 gttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactcgaacaacgtca-ggagcagttggatgtgatggt 159  Q
    |||||||||||||||||| | |  |||||| | ||| ||||||  ||||||||||||| ||| | || || ||| ||| ||||||||||||| |  |||     
T  20523944 gttgggataaactccatgtattggggttgagtagaagcggatgacccataatttggatttggaagtctaataac-tcatggagcagttggattttgtgga 20523846  T
Q  160 gcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgccata 224  Q
    ||||||| ||||| ||||||||| ||| || |  |||||||||| ||||| ||||| ||||||||    
T  20523845 gcaggacacctcagtggtgtttgtttatgcatgacatttgaaatcactggtcctctcatgccata 20523781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 100 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 6900013 - 6899904
Alignment:
Q  100 gatggaccataatttggatatggcactcgaacaacgtcaggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttg 199  Q
    ||||| ||| ||||||||| ||| |||| || |||  ||  ||||||||||| |  ||| ||||||||||||| ||||||||| ||| |||| |||||||    
T  6900013 gatggcccacaatttggatttggaactctaataactccaaaagcagttggattttgtggagcaggacccctcagtggtgtttgtttatgcctgtcatttg 6899914  T
Q  200 aaataactgg 209  Q
    |||| |||||    
T  6899913 aaatcactgg 6899904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 138 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 7050248 - 7050163
Alignment:
Q  138 aggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgccat 223  Q
    |||| ||||||||| |  ||| ||||||||||||| ||||||||| ||| |||| |||||| |||| |||||  |||| |||||||    
T  7050248 aggaccagttggattttgtggagcaggacccctcaatggtgtttgtttatgcctgtcatttaaaatcactggttctctcatgccat 7050163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 160 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 9399127 - 9399067
Alignment:
Q  160 gcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgc 220  Q
    ||||||||||||| ||||||||| ||| | || ||||||||||| ||||| ||||| ||||    
T  9399127 gcaggacccctcagtggtgtttgtttatgtctgtcatttgaaatcactggtcctctcatgc 9399067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0092 (Bit Score: 161; Significance: 7e-86; HSPs: 1)
Name: scaffold0092
Description:

Target: scaffold0092; HSP #1
Raw Score: 161; E-Value: 7e-86
Query Start/End: Original strand, 18 - 306
Target Start/End: Original strand, 35207 - 35477
Alignment:
Q  18 aatctaagcatgcatcaagcttcacttctttggaaagccgagggttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttgga 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  35207 aatctaagcatgcatcaagcttcacttctttggaaagccgggggttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatagaccataatttgga 35306  T
Q  118 tatggcactcgaacaacgtcaggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaa 217  Q
    |||||||||||||||| ||||                  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  35307 tatggcactcgaacaatgtca------------------ggtgcaggacccctcattggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctttaa 35388  T
Q  218 tgccataccattttgcaggaacacattgcaacaacagtttcaatcatatcagtccctatttaatnnnnnnntcaatcaaattagtccct 306  Q
    || |||| |  |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||       ||||||||||||||||||    
T  35389 tgtcatatctctttgcaggaacatactgcaacaacagtttcaatcatattagtccctatttaataaaaatttcaatcaaattagtccct 35477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 147; Significance: 2e-77; HSPs: 26)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 26 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 5134161 - 5133915
Alignment:
Q  26 catgcatcaagcttcacttctttggaaagccgagggttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcac 125  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| ||    
T  5134161 catgcatcaagtatcacttctttggaaagccgagagttgggataaactccatgaacttaggttgagttgaactggatggaccataatttggatatggtac 5134062  T
Q  126 tcgaacaacgtcaggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgccatac 225  Q
    || || |||| |||||||||||||  ||| |||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  5134061 tctaataacgccaggagcagttgg--gtgttggtgcagga-ccctcattggtgtttgtttaggcctctcatttgaaataattggccctctaatgccatac 5133965  T
Q  226 cattttgcaggaacacattgcaacaacagtttcaatcatatcagtcccta 275  Q
    |   |||| |||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  5133964 ctccttgctggaacaccctgcaacaacattttcaatcatatcagtcccta 5133915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 18 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 54093666 - 54093409
Alignment:
Q  18 aatctaagcatgcatcaagcttcacttctttggaaagccgagggttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttgga 117  Q
    ||||||| |||||||||||  ||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  54093666 aatctaaacatgcatcaagtatcacttctttggaaatctgggggttgggataaactccatgaacttagattgagttgaaccggatgaaccataatttgga 54093567  T
Q  118 tatggcactcgaacaacgtcaggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaa 217  Q
    ||||| | || || ||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | | | |||||    
T  54093566 tatggaattctaataacgctaggagcagttggatgtgttggtgcaggacccctcactgatgtttgcttaggcctctcatttgaaataatttgccgtctaa 54093467  T
Q  218 tgccataccattttgcaggaacacattgcaacaacagtttcaatcatatcagtcccta 275  Q
    || ||||||   ||||||||||||  ||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  54093466 tgtcatacctccttgcaggaacaccctgcaataacattttcaatcatatcagtcccta 54093409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 26 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 5126906 - 5126660
Alignment:
Q  26 catgcatcaagcttcacttctttggaaagccgagggttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcac 125  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||    
T  5126906 catgcatcaagtatcacttctttggaaagccgagagttgggataaactccatgaacttaggttgagttgaaccggatggaccataatttggatatgatac 5126807  T
Q  126 tcgaacaacgtcaggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgccatac 225  Q
    || || |||| || ||||||||||  ||| |||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  5126806 tctaataacgccaagagcagttgg--gtgttggtgcagga-ccctcattggtgtttgtttaggcctctcatttgaaataattggccctctaatgccatac 5126710  T
Q  226 cattttgcaggaacacattgcaacaacagtttcaatcatatcagtcccta 275  Q
    |   |||  |||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  5126709 ctccttggtggaacaccctgcaacaacattttcaatcatatcagtcccta 5126660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 138; E-Value: 4e-72
Query Start/End: Original strand, 26 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 41624821 - 41624572
Alignment:
Q  26 catgcatcaagcttcacttctttggaaagccgagggttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcac 125  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| ||    
T  41624821 catgcatcaagtatcacttctttggaaagccggcagttgggataaactccatgaacttaggttgagttgaactggatggaccataatttggatatggtac 41624722  T
Q  126 tcgaacaacgtcaggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgccatac 225  Q
    || || |||| |||||||||| ||||||| |||||||||| | |||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||  |||||    
T  41624721 tctaataacgccaggagcagtaggatgtgctggtgcaggatctctcattggtgtttgtttagacctctcatttgaaataattggccctctaatatcatac 41624622  T
Q  226 cattttgcaggaacacattgcaacaacagtttcaatcatatcagtcccta 275  Q
    |   ||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  41624621 ctccttgcaggaacaccctgcaacaacaatttcaatcatatcagtcccta 41624572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 30 - 275
Target Start/End: Original strand, 7589837 - 7590082
Alignment:
Q  30 catcaagcttcacttctttggaaagccgagggttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactcga 129  Q
    |||||||| ||||||||||| |||  || ||||||||||||||| |||||| ||||||||| | |||||| ||  ||||||| |||||||||| |||| |    
T  7589837 catcaagcatcacttctttgaaaattcgggggttgggataaacttcatgaatttaggttgagtcgaaccgaataaaccataacttggatatggtactcta 7589936  T
Q  130 acaacgtcaggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgccataccatt 229  Q
    | |||| |||||| |||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||| || ||| ||||||||| ||||||  |    
T  7589937 ataacgccaggagtagttggatatgctggtgcaggacccctcattggtgtttgtttatgcctctcatttgaaacaattggtcctctaatgtcatacctct 7590036  T
Q  230 ttgcaggaacacattgcaacaacagtttcaatcatatcagtcccta 275  Q
    |||  | |||||  |||||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  7590037 ttgtggtaacaccctgcaacaacattttcaatcaaatcagtcccta 7590082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 29 - 209
Target Start/End: Original strand, 22219645 - 22219825
Alignment:
Q  29 gcatcaagcttcacttctttggaaagccgagggttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactcg 128  Q
    ||||||| | ||||||||||| ||| ||  |||||| ||||||||||||||| |  |||||| | ||||||||||  |||||| ||  ||||| || ||     
T  22219645 gcatcaaacatcacttctttgaaaatcccggggttgagataaactccatgaattagggttgagtagaaccggatgacccataactttaatatgacattct 22219744  T
Q  129 aacaacgtcaggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactgg 209  Q
    || |||  ||  |||||||||||||| ||| |||||| || |||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||    
T  22219745 aataactccataagcagttggatgtggtggagcaggaaccttcactggtgtttgcgtagacttctcatttgaaataactgg 22219825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 34 - 217
Target Start/End: Original strand, 31886508 - 31886694
Alignment:
Q  34 aagcttcacttctttggaaagccgagggttgggataaactccatgaacttag---gttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactcgaa 130  Q
    |||| ||||||||||||||| |||   ||||| |||||||||||||| ||||   ||||| | ||||||| |||||||||  |||||||||| || | ||    
T  31886508 aagcatcacttctttggaaatccggaagttggtataaactccatgaatttagtaggttgagtcgaaccgggtggaccataggttggatatggaaccctaa 31886607  T
Q  131 caacgtcaggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaa 217  Q
      | | ||| || ||||||||| | |||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||  ||||| ||  ||||||||||    
T  31886608 ttatgccagcagaagttggatgagctggtgcaggacctctcattggtgtttgcttaggcctatcagctgaaagaaacggacctctaa 31886694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 38 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 1846587 - 1846433
Alignment:
Q  38 ttcacttctttggaaagccgaggg-ttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactcgaacaacgt 136  Q
    ||||||| ||||||||  || ||| |||| |||||||||||||| | ||||||| ||||||||| || ||||||  |||||||||  |||| ||  | |     
T  1846587 ttcacttttttggaaattcgggggattggtataaactccatgaattgaggttgatttgaaccgggtgaaccataggttggatatgaaactctaattatgc 1846488  T
Q  137 caggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcct 191  Q
    |||||| ||||||||| | | ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  1846487 caggaggagttggatgagcttgtgcaggacccctcattggtgtttgtttaggcct 1846433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 62 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 51685177 - 51685016
Alignment:
Q  62 ttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactcgaacaacgtcaggagcagttggatgtgatggtgc 161  Q
    ||||||||||||||||| | |  |||||| | ||| ||||||| || |||||||||| ||| |||| || |||  |||||||||||||||||  ||| ||    
T  51685177 ttgggataaactccatgtattggggttgagtagaagcggatggcccgtaatttggatttggaactctaataactccaggagcagttggatgttgtggagc 51685078  T
Q  162 aggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgccat 223  Q
    ||||||||| | ||||||||| ||| || | ||||| ||||| |||||  |||| |||||||    
T  51685077 aggaccccttagtggtgtttgtttatgcttgtcattcgaaatcactggttctctcatgccat 51685016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 61 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 17515888 - 17515725
Alignment:
Q  61 gttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactcgaacaacgtcaggagcagttggatgtgatggtg 160  Q
    |||||||||||||||||| | |  |||||| | ||| ||||||  ||  ||||||||| ||  |||| || |||  ||||||||||||||| |  ||| |    
T  17515888 gttgggataaactccatgtattggggttgagtagaagcggatgacccggaatttggatttgaaactctaataactccaggagcagttggattttgtggag 17515789  T
Q  161 caggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgccata 224  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||| || | ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||    
T  17515788 caggacccctcagtggtgtttgtttatgcatgtcatttgaaatcactggtcctctcatgccata 17515725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 30 - 120
Target Start/End: Complemental strand, 17260406 - 17260316
Alignment:
Q  30 catcaagcttcacttctttggaaagccgagggttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttggatat 120  Q
    |||||||  |||||| |||| ||| |||  ||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||| |||||||||||| ||||||||    
T  17260406 catcaagaatcacttatttgaaaatccggaggttgggataaactccatgaatttaggttgagtcgaaccagatggaccataagttggatat 17260316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 112 - 224
Target Start/End: Original strand, 35905340 - 35905452
Alignment:
Q  112 tttggatatggcactcgaacaacgtcaggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggac 211  Q
    ||||||| ||| |||| || |||  ||||||||||||||| |  ||||||||||||||| | ||||||||| ||| || | ||||||||||| ||||| |    
T  35905340 tttggatttggaactctaataactccaggagcagttggattttgtggtgcaggacccctgagtggtgtttgtttatgcatgtcatttgaaatcactggtc 35905439  T
Q  212 ctctaatgccata 224  Q
    |||| ||||||||    
T  35905440 ctctcatgccata 35905452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 62 - 223
Target Start/End: Original strand, 48830383 - 48830544
Alignment:
Q  62 ttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactcgaacaacgtcaggagcagttggatgtgatggtgc 161  Q
    ||||||||||||||||| | |  |||||| | ||| ||||||  ||  |||||| || ||| |||| || |||  ||| ||||||||||| |  ||| ||    
T  48830383 ttgggataaactccatgtattggggttgagtagaagcggatgatccgcaatttgaatttggaactctaataactccagaagcagttggattttgtggagc 48830482  T
Q  162 aggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgccat 223  Q
    ||||||||||| ||||||||| ||| |||| ||||||||||| |||||  |||| |||||||    
T  48830483 aggacccctcaatggtgtttgtttatgcctgtcatttgaaatcactggttctctcatgccat 48830544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 109 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 610130 - 610030
Alignment:
Q  109 taatttggatatggcactcgaacaacgtcaggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactg 208  Q
    |||||||||| ||| |||| || |||  ||||||||||||||| |  ||| ||||||||||||| ||||||||| ||| || | ||||||||||| ||||    
T  610130 taatttggatttggaactctaataactccaggagcagttggattttgtggagcaggacccctcagtggtgtttgtttatgcatgtcatttgaaatcactg 610031  T
Q  209 g 209  Q
    |    
T  610030 g 610030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 61 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 21349272 - 21349109
Alignment:
Q  61 gttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactcgaacaacgtcaggagcagttggatgtgatggtg 160  Q
    |||||||||||||||||| | |  |||||| | |||  |||||| || |||||||||| ||| |||| |  |||  |||||||| |||||| |  ||| |    
T  21349272 gttgggataaactccatgtattggggttgagtagaagtggatggcccgtaatttggatttggaactctactaactccaggagcaattggattttgtggag 21349173  T
Q  161 caggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgccata 224  Q
    |||| ||||||||| || |||| ||| || | ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||    
T  21349172 cagggcccctcactagtatttgtttatgcatgtcatttgaaatcactggtcctctcatgccata 21349109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 137 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 54898928 - 54898845
Alignment:
Q  137 caggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgc 220  Q
    ||||||||||||||| |  ||| ||||||||||||| ||||||||| ||| || | ||||||||||| ||||| ||||| ||||    
T  54898928 caggagcagttggattttgtggagcaggacccctcagtggtgtttgtttatgcatgtcatttgaaatcactggtcctctcatgc 54898845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 110 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 42280025 - 42279932
Alignment:
Q  110 aatttggatatggcactcgaacaacgtcaggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaat 203  Q
    ||||||||| ||| |||| || |||  ||||||||||||||| |  ||| ||||||||||||  ||||||||| ||| |||| |||||||||||    
T  42280025 aatttggatttggaactctaataactccaggagcagttggattttgtggagcaggacccctcggtggtgtttgtttatgcctgtcatttgaaat 42279932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 39 - 191
Target Start/End: Original strand, 45256486 - 45256641
Alignment:
Q  39 tcacttctttggaaagccgagggttgggataaactccatgaact---taggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactcgaacaacg 135  Q
    |||||||||||||||  || | ||||| |||||||||||||| |   |||||||| | ||||||| |||||||||  |||||||||| || | ||  | |    
T  45256486 tcacttctttggaaattcgggagttggtataaactccatgaatttagtaggttgagtcgaaccgggtggaccataggttggatatggaaccctaatcatg 45256585  T
Q  136 tcaggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcct 191  Q
     ||| |  ||||||||  | |||||||| |||||||| |||||| |||||||||||    
T  45256586 ccagcatgagttggataagctggtgcagaacccctcattggtgtctgcttaggcct 45256641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 112 - 208
Target Start/End: Original strand, 2225781 - 2225877
Alignment:
Q  112 tttggatatggcactcgaacaacgtcaggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactg 208  Q
    ||||||| ||| |||| || |||  ||||||||||||||| |  ||| ||||||||||||| ||||||||| ||| || | ||||||||||| ||||    
T  2225781 tttggatttggaactctaataactccaggagcagttggattttgtggagcaggacccctcagtggtgtttgtttatgcatgtcatttgaaatcactg 2225877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 112 - 224
Target Start/End: Original strand, 7884501 - 7884613
Alignment:
Q  112 tttggatatggcactcgaacaacgtcaggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggac 211  Q
    ||||||| ||| |||| || |||  |||||||||||| || |  ||| ||||||||||||| ||||||||| ||| || | ||||||||||| ||| | |    
T  7884501 tttggatttggaactctaataactccaggagcagttgaattttgtggagcaggacccctcagtggtgtttgtttatgcatgtcatttgaaatcacttgtc 7884600  T
Q  212 ctctaatgccata 224  Q
    |||| ||||||||    
T  7884601 ctctcatgccata 7884613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 112 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 41978264 - 41978152
Alignment:
Q  112 tttggatatggcactcgaacaacgtcaggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggac 211  Q
    ||||||| ||| |||| || |||  |||||||||||| || |  ||| ||||||||||||| ||||||||| ||| || | ||||||||||| ||||| |    
T  41978264 tttggatttggaactctaataactccaggagcagttgaattttgtggagcaggacccctcagtggtgtttgtttatgcatgtcatttgaaatcactggtc 41978165  T
Q  212 ctctaatgccata 224  Q
     ||| ||||||||    
T  41978164 ttctcatgccata 41978152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 61 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 46198298 - 46198135
Alignment:
Q  61 gttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactcgaacaacgtcaggagcagttggatgtgatggtg 160  Q
    |||||||||||||||||| | |  |||||| | |||  |||||  || |||||||||| ||| |||| || |||  |||||||||||| || |  ||| |    
T  46198298 gttgggataaactccatgtattggggttgagtagaagtggatgacccgtaatttggatttggaactctaataactccaggagcagttgaattttgtggag 46198199  T
Q  161 caggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgccata 224  Q
     | ||||||||| ||||||||| ||| || | ||||||||||| ||||  ||||| ||||||||    
T  46198198 tatgacccctcagtggtgtttgtttatgcatgtcatttgaaatcactgatcctctcatgccata 46198135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 149 - 205
Target Start/End: Complemental strand, 17260294 - 17260237
Alignment:
Q  149 gatgtgatggtgcaggacccctcactggtg-tttgcttaggcctctcatttgaaataa 205  Q
    |||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||| | || ||||||||||||    
T  17260294 gatgtgctggtgcaggaccactcactggtgttttgcttagacttcccatttgaaataa 17260237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 63 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 44794783 - 44794622
Alignment:
Q  63 tgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactcgaacaacgtcaggagcagttggatgtgatggtgca 162  Q
    |||||||||||||||| | |  |||||| | ||| ||||||  || |||||||||| ||  | || || |||  || |||||||||||| |  ||| |||    
T  44794783 tgggataaactccatgtattggggttgagtagaagcggatgacccgtaatttggatttgaaattctaataactccaagagcagttggatcttgtggagca 44794684  T
Q  163 ggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgccata 224  Q
    |||||||||| ||||||||| ||| || | ||||||||| | | ||| ||||| ||||||||    
T  44794683 ggacccctcagtggtgtttgtttatgcatgtcatttgaattcattggtcctctcatgccata 44794622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 140 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 2660712 - 2660628
Alignment:
Q  140 gagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgccata 224  Q
    |||||||||||| |  ||| ||||||||||| | ||||||||| ||| || | ||||||||||| | ||| ||||| ||||||||    
T  2660712 gagcagttggatcttgtggagcaggacccctaagtggtgtttgtttatgcatgtcatttgaaatcattggtcctctcatgccata 2660628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 61 - 209
Target Start/End: Original strand, 44275782 - 44275930
Alignment:
Q  61 gttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactcgaacaacgtcaggagcagttggatgtgatggtg 160  Q
    |||||||||||||||||| | |  |||| | | ||| ||||||  || ||||||| || ||| |||| || |||  || ||||||||| || |  ||| |    
T  44275782 gttgggataaactccatgtattggggttaagtagaagcggatgacccgtaatttgaatttggaactctaataactccatgagcagttgaattttgtggag 44275881  T
Q  161 caggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactgg 209  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||| || | ||||||||||| |||||    
T  44275882 caggacccctcagtggtgtttgtttatgcatgtcatttgaaatcactgg 44275930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0204 (Bit Score: 141; Significance: 6e-74; HSPs: 1)
Name: scaffold0204
Description:

Target: scaffold0204; HSP #1
Raw Score: 141; E-Value: 6e-74
Query Start/End: Original strand, 18 - 304
Target Start/End: Original strand, 28927 - 29201
Alignment:
Q  18 aatctaagcatgcatcaagcttcacttctttggaaagccgaggg-ttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttgg 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28927 aatctaagcatgcatcaagcttcacttctttaaaaagccaggggattgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttgg 29026  T
Q  117 atatggcactcgaacaacgtcaggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctcta 216  Q
    |||||||||| ||           |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||| ||||||    
T  29027 atatggcacttga-----------agcagttggatgtgatggtgcaggacccttcactggtgtttgctta-gtctctcatttgaaataattggccctcta 29114  T
Q  217 atgccataccattttgcaggaacacattgcaacaacagtttcaatcatatcagtccctatttaatnnnnnnntcaatcaaattagtcc 304  Q
    ||| ||||||   ||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||       ||||||||||||||||    
T  29115 atgtcatacctccttgcaggaacaccctgcaacaagagtttcaatcatatcagt-cctatttaataaaacattcaatcaaattagtcc 29201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 110; Significance: 2e-55; HSPs: 15)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 34 - 275
Target Start/End: Original strand, 15457968 - 15458208
Alignment:
Q  34 aagcttcacttctttggaaagccgagggttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactcgaacaa 133  Q
    |||| |||||| |||||||| |||  ||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||| |||| |||||||||| |||| || ||    
T  15457968 aagcatcacttttttggaaatccggaggttgggataaactccatgaatttaggttgagtcgaaccggatggactataacttggatatggtactctaataa 15458067  T
Q  134 cgtcaggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgccataccattttgc 233  Q
    ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||| | ||||   |||     
T  15458068 cgtcaggagcagttggatgtgctgatgcaggacccctcactggtgcttgcttagg-ctctcatttgaaataattggtcctctaatgtcgtacctccttgt 15458166  T
Q  234 aggaacacattgcaacaacagtttcaatcatatcagtcccta 275  Q
    || |||||  |||||  ||| ||||||||| |||||||||||    
T  15458167 agtaacaccctgcaattacattttcaatcaaatcagtcccta 15458208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 59; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 60 - 226
Target Start/End: Original strand, 9221237 - 9221402
Alignment:
Q  60 ggttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactcgaacaacgtcaggagcagttggatgtgatggt 159  Q
    ||||| |||||||||||||||||  |||||| | |||| |||||| |||||| ||||||||| || || ||||||  |||||||||||||||||| |||     
T  9221237 ggttgtgataaactccatgaactatggttgagtagaactggatggcccataacttggatatgtcattctaacaactccaggagcagttggatgtggtgga 9221336  T
Q  160 gcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgccatacc 226  Q
    ||||| |||||||||  |||||||||||   ||||| ||||||||  ||| ||||| ||||||||||    
T  9221337 gcagg-cccctcactaatgtttgcttagatttctcagttgaaatagttggtcctctcatgccatacc 9221402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 39 - 205
Target Start/End: Original strand, 25510124 - 25510285
Alignment:
Q  39 tcacttctttggaaagccgagggttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactcgaacaacgtca 138  Q
    ||||||||||||||| ||| || | || |||||||||||||| |||| |||| | |||||||||| ||||||| || ||||||| |||| || |||| ||    
T  25510124 tcacttctttggaaatccgtggat-ggaataaactccatgaatttagattgagtcgaaccggatgaaccataacttagatatggtactctaataacgcca 25510222  T
Q  139 ggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataa 205  Q
    ||||||    |||||   | | ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  25510223 ggagca----gatgtccagctacaggacccctcactggtgttttcttaggcctcacatttgaaataa 25510285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 29 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 27076387 - 27076190
Alignment:
Q  29 gcatcaagcttcacttctttggaaagccgagggttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactcg 128  Q
    ||||||| | ||||||||||| ||| |   |||||||||||||||||||||| |  || ||| | ||||  ||||| | |||| ||||||||| || |      
T  27076387 gcatcaaacatcacttctttgaaaatcttggggttgggataaactccatgaattagggatgagtagaactagatggcctataacttggatatgacatttt 27076288  T
Q  129 aacaacgtcaggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgccatacc 226  Q
    || | |   ||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||| ||| | ||||| ||||||||||| | ||||| ||||||||||    
T  27076287 aatagctctaggagtagttggatgtggtggagcaggacccctcactagtgtttgcgtagacttctcaattgaaataactagtcctctcatgccatacc 27076190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 34 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 32088919 - 32088724
Alignment:
Q  34 aagcttcacttctttggaaagccgagggttgggataaactccatgaact---taggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactcgaa 130  Q
    |||| ||||||||||||||| |||   |||||  ||||||||||||| |   |||||||| | |||||||||||||||||  |||||||||| || | ||    
T  32088919 aagcatcacttctttggaaatccggtagttggtctaaactccatgaattcagtaggttgagtcgaaccggatggaccataggttggatatggaaccctaa 32088820  T
Q  131 caacgtcaggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgccatacc 226  Q
      | |  || || ||||||||| |  |||||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||  ||||| |||||| ||||||| | ||||||    
T  32088819 ttatgctagcaggagttggatgagcaggtgcaggacccttcattggtgtttgcttaggcctatcaactgaaagaactggtcctctaaggtcatacc 32088724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 61 - 224
Target Start/End: Original strand, 2853875 - 2854038
Alignment:
Q  61 gttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactcgaacaacgtcaggagcagttggatgtgatggtg 160  Q
    |||||||||||||||||| | |  |||||| | ||| ||||||  || |||||||||| ||| |||| || |||  || |||||||||||| |  ||| |    
T  2853875 gttgggataaactccatgtattagggttgagtagaagcggatgacccgtaatttggatttggaactctaataactccaagagcagttggatcttgtggag 2853974  T
Q  161 caggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgccata 224  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||| || | ||||||||||| | ||| ||||| ||||||||    
T  2853975 caggacccctcaatggtgtttgtttatgcatgtcatttgaaatcattggtcctctcatgccata 2854038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 34 - 226
Target Start/End: Original strand, 18727669 - 18727863
Alignment:
Q  34 aagcttcacttctttggaaagccgagggttgggataaactccatgaact---taggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactcgaa 130  Q
    |||| ||||||||||||||| |||   ||||| |||||||||||||| |   |||||||| | |||||| ||||| ||||  |||||||||| || | ||    
T  18727669 aagcatcacttctttggaaatccggtagttggtataaactccatgaattcagtaggttgagtcgaaccgaatggaacataggttggatatggaaccctaa 18727768  T
Q  131 caacgtcaggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgccatacc 226  Q
      | | ||| || ||||||||| | ||||||||||||| ||| |||||||||||||||| | |||  ||||| |||||| ||||||| || |||||    
T  18727769 ttatgccagaaggagttggatgagctggtgcaggaccc-tcattggtgtttgcttaggcttatcaactgaaagaactggtcctctaaggctatacc 18727863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 137 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 7268334 - 7268247
Alignment:
Q  137 caggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgccata 224  Q
    ||||||||||||||| |  ||| ||||||||||||| ||||||||| ||| || | ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||    
T  7268334 caggagcagttggattttgtggagcaggacccctcagtggtgtttgtttatgcatgtcatttgaaatcactggtcctctcatgccata 7268247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 31 - 163
Target Start/End: Complemental strand, 19997712 - 19997579
Alignment:
Q  31 atcaagcttcacttctttggaaag-ccgagggttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactcga 129  Q
    ||||||| ||||||||||| |||  ||| ||||||| |||||||||||||| |  |||| | | |||  |||||| |||||| |||||||||||| || |    
T  19997712 atcaagcatcacttctttgaaaattccgggggttggaataaactccatgaattagggttaaatagaataggatggcccataacttggatatggcattcta 19997613  T
Q  130 acaacgtcaggagcagttggatgtgatggtgcag 163  Q
    | ||| |||| |||||||||||||| ||| ||||    
T  19997612 ataacttcagaagcagttggatgtggtggagcag 19997579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 112 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 17574834 - 17574726
Alignment:
Q  112 tttggatatggcactcgaacaacgtcaggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggac 211  Q
    ||||||| ||| |||| || |||  ||||||||||||||| |  ||| ||||||||||||| ||||||||| ||| || | ||||||||||| ||||| |    
T  17574834 tttggatttggaactctaataactccaggagcagttggattttgtggagcaggacccctcagtggtgtttgtttatgcatgtcatttgaaatcactggtc 17574735  T
Q  212 ctctaatgc 220  Q
    |||| ||||    
T  17574734 ctctcatgc 17574726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 144 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 6116204 - 6116122
Alignment:
Q  144 agttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgccatacc 226  Q
    ||||||||||| |||  |||||| |||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||| |||  |||| || |||||||    
T  6116204 agttggatgtgttggatcaggactcctcactgttgtttgcttagacctctcagttgaaataattggttctctcataccatacc 6116122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 61 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 12737686 - 12737524
Alignment:
Q  61 gttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactcgaacaacgtcaggagcagttggatgtgatggtg 160  Q
    |||||||||||||||||| | |  |||||| | ||| ||||||| || |||||||||| ||| | || || |||   ||||||||||| || |  ||| |    
T  12737686 gttgggataaactccatgtattgcggttgagtagaagcggatggcccgtaatttggatttggaaatctaataactctaggagcagttgaattttgtggag 12737587  T
Q  161 caggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgccata 224  Q
    |||||||| ||| || |||||||||| || | ||||||||||| || || ||||| ||||||||    
T  12737586 caggaccc-tcagtgatgtttgcttatgcatgtcatttgaaatcacaggtcctctcatgccata 12737524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 61 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 12800509 - 12800347
Alignment:
Q  61 gttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactcgaacaacgtcaggagcagttggatgtgatggtg 160  Q
    |||||||||||||||||| | |  |||||| | ||| ||||||| || |||||||||| ||| | || || |||   ||||||||||| || |  ||| |    
T  12800509 gttgggataaactccatgtattgcggttgagtagaagcggatggcccgtaatttggatttggaaatctaataactctaggagcagttgaattttgtggag 12800410  T
Q  161 caggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgccata 224  Q
    |||||||| ||| || |||||||||| || | ||||||||||| || || ||||| ||||||||    
T  12800409 caggaccc-tcagtgatgtttgcttatgcatgtcatttgaaatcacaggtcctctcatgccata 12800347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 61 - 224
Target Start/End: Original strand, 24540757 - 24540920
Alignment:
Q  61 gttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactcgaacaacgtcaggagcagttggatgtgatggtg 160  Q
    |||||||||||||||||| | |  |||||| | ||| ||||||  || |||||||||| ||| | || || |||  || |||  ||||||| |  ||| |    
T  24540757 gttgggataaactccatgtattggggttgagtagaagcggatgacccgtaatttggatttggaattctaataactccaagagttgttggatcttgtggag 24540856  T
Q  161 caggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgccata 224  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||| || | ||||||||||| | ||| ||||| ||||||||    
T  24540857 caggacccctcagtggtgtttgtttatgcatgtcatttgaaatcattggtcctctcatgccata 24540920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 156 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 35399588 - 35399518
Alignment:
Q  156 tggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgccatacc 226  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||  || || |||| | ||||||| ||||||||    
T  35399588 tggtgcaggacctctcattggtgtttgcttaggcctatcagatgtaagaactagtcctctaaggccatacc 35399518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0004 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0004
Description:

Target: scaffold0004; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 137 - 224
Target Start/End: Original strand, 108219 - 108306
Alignment:
Q  137 caggagcagttggatgtgatggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgccata 224  Q
    ||||||||||||||| |  ||| ||||||||||||| ||||||||| ||| |||| |||||| |||| ||||| | ||| ||||||||    
T  108219 caggagcagttggattttgtggagcaggacccctcagtggtgtttgtttatgcctgtcatttaaaatcactggtcttctcatgccata 108306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University