View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9873_low_13 (Length: 494)

Name: NF9873_low_13
Description: NF9873
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9873_low_13
NF9873_low_13
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (12-477)||(33810497-33810962)
chr5 (12-477)||(33815415-33815880)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (12-477)||(4836501-4836966)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (12-477)||(54968167-54968632)
[»] scaffold0479 (1 HSPs)
scaffold0479 (12-477)||(1515-1980)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (87-477)||(22982096-22982486)
chr6 (87-477)||(23805922-23806312)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (16-451)||(25004185-25004616)
chr4 (131-282)||(14177674-14177825)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 430; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 430; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 477
Target Start/End: Original strand, 33810497 - 33810962
Alignment:
Q  12 aacctgtgcatgttccattacctggtcatttgaaactcagtaagacacaatgtcttgagaatgaccgagagaaagaagaaatgagcaaggtgccctattc 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33810497 aacctgtgcatgttccattacctggtcatttgaaactcagtaagacacaatgtcctgagaatgatcaagagaaagaagaaatgagcaaggtgccctattc 33810596  T
Q  112 ttcagccgtgggtagccttatgtacgccatggtctgcacgaggccagacatcggttatgtagtaggagtcgtgagtagattcctatcaaatccaggaaaa 211  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33810597 ttcagccgtgggtagccttatgtacgccatggtctgcacgaggccagacatcggttatgctgtaggagtcgtgagtagattcctatcaaatccaggaaaa 33810696  T
Q  212 gaacactggagtgctgtgaaatggatactgaggtatctaaaaggaactgccaaaaagtgcttatgttttggcaatggaaatcaaatgctcgttggatatg 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33810697 gaacactggagtgctgtgaaatggatactgaggtatctaaaaggaactgccaaaaagtgcttatgttttggcaatggaaatcaaatgctcgttggatatg 33810796  T
Q  312 tagatgctgatatggccggagatgtagattcaagaaaatctacatctggatatttgattacttttgcagggggagctgtctcatggcaatcgcgactaca 411  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  33810797 tagatgctgatatggccggagatatagattcaagaaaatctacatctggatatttgattacttttgcagggggagctgtctcatggcaatctcgactaca 33810896  T
Q  412 aaaatgcgttgctttaagtaccacagaagcagagtacatcgcaatcactgaaggttgtaaggagat 477  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  33810897 aaagtgcgttgctttaagtaccacagaagcagagtacatcgcaatcactgaaggctgtaaggagat 33810962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 430; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 477
Target Start/End: Original strand, 33815415 - 33815880
Alignment:
Q  12 aacctgtgcatgttccattacctggtcatttgaaactcagtaagacacaatgtcttgagaatgaccgagagaaagaagaaatgagcaaggtgccctattc 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33815415 aacctgtgcatgttccattacctggtcatttgaaactcagtaagacacaatgtcctgagaatgatcaagagaaagaagaaatgagcaaggtgccctattc 33815514  T
Q  112 ttcagccgtgggtagccttatgtacgccatggtctgcacgaggccagacatcggttatgtagtaggagtcgtgagtagattcctatcaaatccaggaaaa 211  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33815515 ttcagccgtgggtagccttatgtacgccatggtctgcacgaggccagacatcggttatgctgtaggagtcgtgagtagattcctatcaaatccaggaaaa 33815614  T
Q  212 gaacactggagtgctgtgaaatggatactgaggtatctaaaaggaactgccaaaaagtgcttatgttttggcaatggaaatcaaatgctcgttggatatg 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33815615 gaacactggagtgctgtgaaatggatactgaggtatctaaaaggaactgccaaaaagtgcttatgttttggcaatggaaatcaaatgctcgttggatatg 33815714  T
Q  312 tagatgctgatatggccggagatgtagattcaagaaaatctacatctggatatttgattacttttgcagggggagctgtctcatggcaatcgcgactaca 411  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  33815715 tagatgctgatatggccggagatatagattcaagaaaatctacatctggatatttgattacttttgcagggggagctgtctcatggcaatctcgactaca 33815814  T
Q  412 aaaatgcgttgctttaagtaccacagaagcagagtacatcgcaatcactgaaggttgtaaggagat 477  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  33815815 aaagtgcgttgctttaagtaccacagaagcagagtacatcgcaatcactgaaggctgtaaggagat 33815880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 354; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 354; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 477
Target Start/End: Complemental strand, 4836966 - 4836501
Alignment:
Q  12 aacctgtgcatgttccattacctggtcatttgaaactcagtaagacacaatgtcttgagaatgaccgagagaaagaagaaatgagcaaggtgccctattc 111  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  4836966 aacctatgcatgttccactacctggtcatttgaaactcagtaagacacaatgtcctgagaatgaccaagagaaagaagaaatgagcaaggttccctattc 4836867  T
Q  112 ttcagccgtgggtagccttatgtacgccatggtctgcacgaggccagacatcggttatgtagtaggagtcgtgagtagattcctatcaaatccaggaaaa 211  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||     
T  4836866 ttcagctgtgggtagccttatgtacgccatggtctacacgaggccagacatcggttatgttgtaggagtcgtgagtagattcctatcaaacccaggaaag 4836767  T
Q  212 gaacactggagtgctgtgaaatggatactgaggtatctaaaaggaactgccaaaaagtgcttatgttttggcaatggaaatcaaatgctcgttggatatg 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||   ||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  4836766 gaacactggagtgctgtgaaatggatactgaggtatataaaaggaactttaaaaaaatgtttatgttttggcaagggaaatcaaatgctcgctggatatg 4836667  T
Q  312 tagatgctgatatggccggagatgtagattcaagaaaatctacatctggatatttgattacttttgcagggggagctgtctcatggcaatcgcgactaca 411  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  4836666 tagatactgatatggccggagatgtggattcaagaaaatctacatccggatatttgattacttttgcagggggagctgtctcatggcaatcgcgattaca 4836567  T
Q  412 aaaatgcgttgctttaagtaccacagaagcagagtacatcgcaatcactgaaggttgtaaggagat 477  Q
    ||| ||| ||||||| |||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4836566 aaagtgcattgctttgagtaccacggaagctgaatacatcgcaatcactgaaggttgtaaggagat 4836501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 282; Significance: 1e-158; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 282; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 12 - 477
Target Start/End: Complemental strand, 54968632 - 54968167
Alignment:
Q  12 aacctgtgcatgttccattacctggtcatttgaaactcagtaagacacaatgtcttgagaatgaccgagagaaagaagaaatgagcaaggtgccctattc 111  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54968632 aacctgtgcatgttccactacctggtcatttgaaactcagtaagacacaatgtcctgagaatgaccaagagaaagaagaaatgagcaaggtgccctattc 54968533  T
Q  112 ttcagccgtgggtagccttatgtacgccatggtctgcacgaggccagacatcggttatgtagtaggagtcgtgagtagattcctatcaaatccaggaaaa 211  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| || |||||||| | |||||  |||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||    
T  54968532 ttcagctgtgggtagccttatgtacgcaatggtttgcacaagaccagacattgcttatgcggtaggagttgtgagtagattcctgtcgaatccaggaaaa 54968433  T
Q  212 gaacactggagtgctgtgaaatggatactgaggtatctaaaaggaactgccaaaaagtgcttatgttttggcaatggaaatcaaatgctcgttggatatg 311  Q
    || || |||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| | || ||  | |||||||||| ||||||| | ||| ||||  |||    
T  54968432 gagcattggaatgctgtgaaatggatattgaggtatctaagaggaactgccaaacaatgtttgcgctttggcaatgaaaatcaattactcattgggcatg 54968333  T
Q  312 tagatgctgatatggccggagatgtagattcaagaaaatctacatctggatatttgattacttttgcagggggagctgtctcatggcaatcgcgactaca 411  Q
    ||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||    
T  54968332 tagatgcagatatggcaggagatgtagattccagaaaatctacttccggatatttgatcacttttgcagggggagctgtttcatggcaatcacgattaca 54968233  T
Q  412 aaaatgcgttgctttaagtaccacagaagcagagtacatcgcaatcactgaaggttgtaaggagat 477  Q
    ||| ||| ||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54968232 aaagtgcattgctttgagtaccacagaagctgaatacatcgcaatcactgaaggttgtaaggagat 54968167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0479 (Bit Score: 262; Significance: 1e-146; HSPs: 1)
Name: scaffold0479
Description:

Target: scaffold0479; HSP #1
Raw Score: 262; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 12 - 477
Target Start/End: Original strand, 1515 - 1980
Alignment:
Q  12 aacctgtgcatgttccattacctggtcatttgaaactcagtaagacacaatgtcttgagaatgaccgagagaaagaagaaatgagcaaggtgccctattc 111  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1515 aacctgtgcatgttccactacctggtcatttgaaactcaataagacacaatgtcctgagaatgaccaagagaaagaagaaatgagcaaggtgccctattc 1614  T
Q  112 ttcagccgtgggtagccttatgtacgccatggtctgcacgaggccagacatcggttatgtagtaggagtcgtgagtagattcctatcaaatccaggaaaa 211  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||||| || |||||||| | |||||  |||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||    
T  1615 ttcagctgtgggaagccttatgtacgcaatggtttgcacaagaccagacattgcttatgcggtaggagttgtgagtagattcctgtcgaatccaggaaaa 1714  T
Q  212 gaacactggagtgctgtgaaatggatactgaggtatctaaaaggaactgccaaaaagtgcttatgttttggcaatggaaatcaaatgctcgttggatatg 311  Q
    || || |||| || ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| | || ||  | |||||||||| ||||||| | ||| ||||  |||    
T  1715 gagcattggaatgatgtgaaatggatattgaggtatctaagaggaactgccaaacaatgtttgagctttggcaatgaaaatcaattactcattgggcatg 1814  T
Q  312 tagatgctgatatggccggagatgtagattcaagaaaatctacatctggatatttgattacttttgcagggggagctgtctcatggcaatcgcgactaca 411  Q
    ||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||    
T  1815 tagatgcagatatggcaggagatgtagattccagaaaatctacttccggatatttgatcacttttgcagggggagctgtttcatggcaatcacgattaca 1914  T
Q  412 aaaatgcgttgctttaagtaccacagaagcagagtacatcgcaatcactgaaggttgtaaggagat 477  Q
    ||| ||| ||||||| ||||||||  |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1915 aaagtgcattgctttgagtaccacgaaagctgaatacatcgcaatcactgaaggttgtaaggagat 1980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 179; Significance: 2e-96; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 87 - 477
Target Start/End: Complemental strand, 22982486 - 22982096
Alignment:
Q  87 aagaaatgagcaaggtgccctattcttcagccgtgggtagccttatgtacgccatggtctgcacgaggccagacatcggttatgtagtaggagtcgtgag 186  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||  |||| ||||| || |||||||| | |||||  |||||| | |||||    
T  22982486 aagaaatgagcaaggtgccctattcttctgttgtgggtagccttatgtacgcattggtttgcacaagaccagacattgcttatgcggtaggaattgtgag 22982387  T
Q  187 tagattcctatcaaatccaggaaaagaacactggagtgctgtgaaatggatactgaggtatctaaaaggaactgccaaaaagtgcttatgttttggcaat 286  Q
    ||||||  | || |||| || ||| || || |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| | || || || |||||||||    
T  22982386 tagattattgtcgaatctagaaaaggagcattggaatgctgtgaaatggatactgaggtatctaagaggaattgccaaacaatgtttgtgctttggcaat 22982287  T
Q  287 ggaaatcaaatgctcgttggatatgtagatgctgatatggccggagatgtagattcaagaaaatctacatctggatatttgattacttttgcagggggag 386  Q
    | ||||||| | ||| |||   |||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| || |  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  22982286 gaaaatcaattactcattgcgcatgtagatgcagatatggcaggagatgtagattccagaaaatcgacttaaggatatttgattacttttgcagggggag 22982187  T
Q  387 ctgtctcatggcaatcgcgactacaaaaatgcgttgctttaagtaccacagaagcagagtacatcgcaatcactgaaggttgtaaggagat 477  Q
    || |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  22982186 ctatctcttggcaatcacgactacaaaaatgcgttgctttgagtaccatagaagctgaatacatcacaatcactgaaggttgtaaggagat 22982096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 87 - 477
Target Start/End: Original strand, 23805922 - 23806312
Alignment:
Q  87 aagaaatgagcaaggtgccctattcttcagccgtgggtagccttatgtacgccatggtctgcacgaggccagacatcggttatgtagtaggagtcgtgag 186  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||  |||| ||||| || |||||||| | |||||  |||||| | |||||    
T  23805922 aagaaatgagcaaggtgccctattcttctgttgtgggtagccttatgtacgcattggtttgcacaagaccagacattgcttatgcggtaggaattgtgag 23806021  T
Q  187 tagattcctatcaaatccaggaaaagaacactggagtgctgtgaaatggatactgaggtatctaaaaggaactgccaaaaagtgcttatgttttggcaat 286  Q
    ||||||  | || |||| || ||| || || |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| | || || || |||||||||    
T  23806022 tagattattgtcgaatctagaaaaggagcattggaatgctgtgaaatggatactgaggtatctaagaggaattgccaaacaatgtttgtgctttggcaat 23806121  T
Q  287 ggaaatcaaatgctcgttggatatgtagatgctgatatggccggagatgtagattcaagaaaatctacatctggatatttgattacttttgcagggggag 386  Q
    | ||||||| | ||| |||   |||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| || |  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  23806122 gaaaatcaattactcattgcgcatgtagatgcagatatggcaggagatgtagattccagaaaatcgacttaaggatatttgattacttttgcagggggag 23806221  T
Q  387 ctgtctcatggcaatcgcgactacaaaaatgcgttgctttaagtaccacagaagcagagtacatcgcaatcactgaaggttgtaaggagat 477  Q
    || |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  23806222 ctatctcttggcaatcacgactacaaaaatgcgttgctttgagtaccatagaagctgaatacatcacaatcactgaaggttgtaaggagat 23806312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 150; Significance: 4e-79; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 150; E-Value: 4e-79
Query Start/End: Original strand, 16 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 25004616 - 25004185
Alignment:
Q  16 tgtgcatgttccattacctggtcatttgaaactcagtaagacacaatgtcttgagaatgaccgagagaaagaagaaatgagcaaggtgccctattcttca 115  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||| |  || |||   |||||||| ||| |||||||||||| |  || | |||| |||||||    
T  25004616 tgtgcatgttccactac-tggtcatttgaaacttagtaagata--atatctacggaatgaccaagaaaaagaagaaatgggttagtttccctcttcttca 25004520  T
Q  116 gccgtgggtagccttatgtacgccatggtctgcacgaggccagacatcggttatgtagtaggagtcgtgagtagattcctatcaaatccaggaaaagaac 215  Q
    |  |||| ||| |||| ||| | |||||| |||||||| ||| | |||| |||||| ||||| ||  |||||||||||  ||| || | || ||| ||||    
T  25004519 gttgtggatagtcttacgtatgtcatggtttgcacgagaccata-atcgattatgttgtagg-gttttgagtagattcaaatcgaacctagaaaatgaac 25004422  T
Q  216 actggagtgctgtgaaatggatactgaggtatctaaaaggaactgccaaaaagtgcttatgtttt-ggcaatggaaatcaaatgctcgttggatatgtag 314  Q
    ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| || |||||||||||||    
T  25004421 actagagtgctatgaaatggatactgaggtatctaaaaggaacaggcaaaaagtgcttatgtttttggcaatggagatcaaattcttgttggatatgtag 25004322  T
Q  315 atgctgatatggccggagatgtagattcaagaaaatctacatctggatatttgattacttttgcagggggagctgtctcatggcaatcgcgactacaaaa 414  Q
    | | ||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||   ||  ||||||||||    
T  25004321 aagttgatatggcgggagatgtagattcaaggaaatctgcatttggatatttgattacttttacaggtggagttgtctcatggatgtcatgactacaaaa 25004222  T
Q  415 atgcgttgctttaagtaccacagaagcagagtacatc 451  Q
     || |||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  25004221 gtgtgttgctttaagtaccacagaagcataatacatc 25004185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 131 - 282
Target Start/End: Original strand, 14177674 - 14177825
Alignment:
Q  131 atgtacgccatggtctgcacgaggccagacatcggttatgtagtaggagtcgtgagtagattcctatcaaatccaggaaaagaacactggagtgctgtga 230  Q
    ||||| || ||||| ||||| |||||||| || | | ||||||| ||||| || || || || || || ||||| |||||||||||||||   |||||||    
T  14177674 atgtatgcaatggtttgcaccaggccagatattgctcatgtagttggagttgttagcaggtttctttccaatccgggaaaagaacactgggaagctgtga 14177773  T
Q  231 aatggatactgaggtatctaaaaggaactgccaaaaagtgcttatgttttgg 282  Q
    | |||||  |||||||||| |||||||   | || ||||||||||| |||||    
T  14177774 agtggatcttgaggtatctgaaaggaagctctaataagtgcttatgctttgg 14177825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University