View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9874_high_6 (Length: 336)

Name: NF9874_high_6
Description: NF9874
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9874_high_6
NF9874_high_6
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (11-322)||(15775676-15775987)
chr8 (134-283)||(15775884-15776032)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (11-322)||(24813123-24813434)
chr4 (134-283)||(24813078-24813226)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (11-322)||(3790838-3791149)
chr2 (134-198)||(3791130-3791194)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (11-322)||(13178078-13178389)
chr5 (134-283)||(13178033-13178181)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (134-322)||(3452467-3452655)
chr7 (137-322)||(26267899-26268084)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (266-322)||(27622631-27622687)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 304; Significance: 1e-171; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 304; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 11 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 15775987 - 15775676
Alignment:
Q  11 gatggacatcactggggatttgtaatgggattagaattgacttgacgtcgtcctgatttgaaaggtagcaattggccaaactgcaccggctcacaggata 110  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15775987 gatggaaatcactggggatttgtaatgggattagaattgacttgacgtcgtcctgatttgaaaggtagcaattggccaaactgcaccggctcacaggata 15775888  T
Q  111 acagaggtagaagtaagttgactgggacaagctgttcttggactgaactagccacttatccgaacatgtatgggaatcactggagattgaaataagaatt 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15775887 acagaggtagaagtaagttgactgggacaagctgttcttggactgaactagccacttatccgaacatgtatgggaatcactggagattgaaataagaatt 15775788  T
Q  211 tgaaactgacttgacgtcatcttagtttgaaaggtggaaactggccaaactgcactggctcacaaggtaacaggggtgttgattattgacttgaaattgg 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15775787 tgaaactgacttgacgtcatcttagtttgaaaggtggaaactggccaaactgcactggctcacaaggtaacaggggtgttgattattgacttgaaattgg 15775688  T
Q  311 ccttgctatttg 322  Q
    | ||||||||||    
T  15775687 cattgctatttg 15775676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 134 - 283
Target Start/End: Complemental strand, 15776032 - 15775884
Alignment:
Q  134 gggacaagctgttcttggactgaactagccacttatccgaacatgtatgggaatcactggaga-ttgaaataagaatttgaaactgacttgacgtcatct 232  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||| || ||| |||  ||  ||  || |||||||||||| ||     
T  15776032 gggacaaactgttcttggattgaactagccacttatccaaacatggatggaaatcactggggatttgtaatggga--ttagaattgacttgacgtcgtcc 15775935  T
Q  233 tagtttgaaaggtggaaactggccaaactgcactggctcacaaggtaacag 283  Q
    |  |||||||||| | || |||||||||||||| |||||||| | ||||||    
T  15775934 tgatttgaaaggtagcaattggccaaactgcaccggctcacaggataacag 15775884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 300; Significance: 1e-169; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 300; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 11 - 322
Target Start/End: Original strand, 24813123 - 24813434
Alignment:
Q  11 gatggacatcactggggatttgtaatgggattagaattgacttgacgtcgtcctgatttgaaaggtagcaattggccaaactgcaccggctcacaggata 110  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24813123 gatggaaatcactggggatttgtaatgggattagaattgacttgacgtcgtcctgatttgaaaggtagcaattggccaaactgcaccggctcacaggata 24813222  T
Q  111 acagaggtagaagtaagttgactgggacaagctgttcttggactgaactagccacttatccgaacatgtatgggaatcactggagattgaaataagaatt 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24813223 acagaggtagaagtaagttgactgggacaagctgttcttggactgaactagccacttatccgaacatgtatgggaatcactggagattgaaataagaatt 24813322  T
Q  211 tgaaactgacttgacgtcatcttagtttgaaaggtggaaactggccaaactgcactggctcacaaggtaacaggggtgttgattattgacttgaaattgg 310  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24813323 tgaaactgacttgacgtcatcttagtttgaaaggtggaaagtggccaaactgcactggctcacaaggtaacaggggtgttgattattgacttgaaattgg 24813422  T
Q  311 ccttgctatttg 322  Q
    | ||||||||||    
T  24813423 cattgctatttg 24813434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 134 - 283
Target Start/End: Original strand, 24813078 - 24813226
Alignment:
Q  134 gggacaagctgttcttggactgaactagccacttatccgaacatgtatgggaatcactggaga-ttgaaataagaatttgaaactgacttgacgtcatct 232  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||| || ||| |||  ||  ||  || |||||||||||| ||     
T  24813078 gggacaagctgttcttggattgaactagccacttatccaaacatggatggaaatcactggggatttgtaatggga--ttagaattgacttgacgtcgtcc 24813175  T
Q  233 tagtttgaaaggtggaaactggccaaactgcactggctcacaaggtaacag 283  Q
    |  |||||||||| | || |||||||||||||| |||||||| | ||||||    
T  24813176 tgatttgaaaggtagcaattggccaaactgcaccggctcacaggataacag 24813226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 296; Significance: 1e-166; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 296; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 11 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 3791149 - 3790838
Alignment:
Q  11 gatggacatcactggggatttgtaatgggattagaattgacttgacgtcgtcctgatttgaaaggtagcaattggccaaactgcaccggctcacaggata 110  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  3791149 gatggaaatcactggggatttgtaatgggattagaattgacttgacgtcgtcctgatttgaaaggtagcaattggccaaactgcaccggctcataggata 3791050  T
Q  111 acagaggtagaagtaagttgactgggacaagctgttcttggactgaactagccacttatccgaacatgtatgggaatcactggagattgaaataagaatt 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3791049 acagaggtagaagtaagttgactgggacaagctgttcttggactgaactagccacttatccgaacatgtatgggaatcactggagattgaaataagaatt 3790950  T
Q  211 tgaaactgacttgacgtcatcttagtttgaaaggtggaaactggccaaactgcactggctcacaaggtaacaggggtgttgattattgacttgaaattgg 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3790949 tgaaactgacttgacgtcatcttagtttgaaaggtggaacctggccaaactgcactggctcacaaggtaacaggggtgttgattattgacttgaaattgg 3790850  T
Q  311 ccttgctatttg 322  Q
    | ||||||||||    
T  3790849 cattgctatttg 3790838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 134 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 3791194 - 3791130
Alignment:
Q  134 gggacaagctgttcttggactgaactagccacttatccgaacatgtatgggaatcactggagatt 198  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||| ||||    
T  3791194 gggacaagctgttcttggattgaactagccacttatccaaacatggatggaaatcactggggatt 3791130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 292; Significance: 1e-164; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 292; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 11 - 322
Target Start/End: Original strand, 13178078 - 13178389
Alignment:
Q  11 gatggacatcactggggatttgtaatgggattagaattgacttgacgtcgtcctgatttgaaaggtagcaattggccaaactgcaccggctcacaggata 110  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13178078 gatggaaatcactggggatttgtaatgggattagaattgacttgacgtcgtcctgatttgaaaggtagcaattggccaaactgcaccggctcacaggata 13178177  T
Q  111 acagaggtagaagtaagttgactgggacaagctgttcttggactgaactagccacttatccgaacatgtatgggaatcactggagattgaaataagaatt 210  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13178178 acagaggtagaagtaagttgactgggacaagctgttcttgaactgaactagccacttatccgaacatgtatgggaatcactggagattgaaataagaatt 13178277  T
Q  211 tgaaactgacttgacgtcatcttagtttgaaaggtggaaactggccaaactgcactggctcacaaggtaacaggggtgttgattattgacttgaaattgg 310  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  13178278 tgaaactgacttgacatcatcttagtttgaaaggtggaaactggccaaactgcactggctcacaaggtaacaggggtgttgatcattgacttgaaattgg 13178377  T
Q  311 ccttgctatttg 322  Q
    | ||||||||||    
T  13178378 cattgctatttg 13178389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 134 - 283
Target Start/End: Original strand, 13178033 - 13178181
Alignment:
Q  134 gggacaagctgttcttggactgaactagccacttatccgaacatgtatgggaatcactggaga-ttgaaataagaatttgaaactgacttgacgtcatct 232  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||| || ||| |||  ||  ||  || |||||||||||| ||     
T  13178033 gggacaagctgttcttggattgaactagccacttatccaaacatggatggaaatcactggggatttgtaatggga--ttagaattgacttgacgtcgtcc 13178130  T
Q  233 tagtttgaaaggtggaaactggccaaactgcactggctcacaaggtaacag 283  Q
    |  |||||||||| | || |||||||||||||| |||||||| | ||||||    
T  13178131 tgatttgaaaggtagcaattggccaaactgcaccggctcacaggataacag 13178181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 165; Significance: 3e-88; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 165; E-Value: 3e-88
Query Start/End: Original strand, 134 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 3452655 - 3452467
Alignment:
Q  134 gggacaagctgttcttggactgaactagccacttatccgaacatgtatgggaatcactggagattgaaataagaatttgaaactgacttgacgtcatctt 233  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3452655 gggacaagctgttcttggattgaactagccacttatccaaacatggatggaaatcactggggattgaaataagaatttgaaactgacttgacgtcatctt 3452556  T
Q  234 agtttgaaaggtggaaactggccaaactgcactggctcacaaggtaacaggggtgttgattattgacttgaaattggccttgctatttg 322  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  3452555 agtttgaaaggtggaaactggccaaactgcactggctcacaaggtaacaggggtgttgattattgacttgaaattggcattgctatttg 3452467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 137 - 322
Target Start/End: Original strand, 26267899 - 26268084
Alignment:
Q  137 acaagctgttcttggact-gaactagccacttatccgaacatgtatgggaatcactggagattgaaataagaatttgaaactgacttgacgtcatcttag 235  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||| | |    | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26267899 acaagctgttcttggacttgaactagccacttgaccgaaca-gaaacatattcactggggattgaaataagaatttgaaactgacttgacgtcatcttag 26267997  T
Q  236 tttgaaaggtggaaactggccaaactgcactggctcacaaggtaacaggggtgttgattattgacttgaaattggccttgctatttg 322  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  26267998 tttgaaaggtggaaactggccaaactgcactggctcacaaggtaataggggtgttgattattgacttgaaattggcattgctatttg 26268084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 45; Significance: 1e-16; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 266 - 322
Target Start/End: Original strand, 27622631 - 27622687
Alignment:
Q  266 tggctcacaaggtaacaggggtgttgattattgacttgaaattggccttgctatttg 322  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  27622631 tggctcacaagataacaggggtgttggttattgacttgaaattggcattgctatttg 27622687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University