View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9876_low_2 (Length: 503)

Name: NF9876_low_2
Description: NF9876
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9876_low_2
NF9876_low_2
[»] chr7 (7 HSPs)
chr7 (22-489)||(47292283-47292750)
chr7 (25-489)||(47298890-47299354)
chr7 (6-450)||(47267482-47267926)
chr7 (67-485)||(47283508-47283926)
chr7 (77-485)||(47278925-47279333)
chr7 (53-486)||(47242621-47243058)
chr7 (108-487)||(47256804-47257186)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (72-486)||(32731311-32731725)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (390-485)||(20519638-20519733)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 380; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 380; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 489
Target Start/End: Complemental strand, 47292750 - 47292283
Alignment:
Q  22 gttcatcaatctttcttctttaggacttcagacatagttgtgcttcgtctcttggttccatttcaccttcgccattgtaccacattcgatcttatcactt 121  Q
    ||||||| |||||||||||||||  |||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||| ||||||||| |||    
T  47292750 gttcatcgatctttcttctttagagcttctgacatagctgcgcttcgtctcttggttccatttcaccttcgtcaatgcaccacatttgatcttatcgctt 47292651  T
Q  122 catgtttttggtgttgtcgcacaaaagcattgcagttagaggcagatgacgagatacgaatgatgtgtatcgtcaatgcacgttcgaggtttaatgctaa 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||| |||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||   |||    
T  47292650 catgtttttggtgttgtcgcacaaaagcattgcagttagaggcggataaagaggtacgaatgatgtgcgtcgtcaatgcacgctcgaggtttaacattaa 47292551  T
Q  222 caattcgccacttgttggatattacggtaactgttttgcttacccagcggccgtcaccactgcagggaagctttgtggaaatccatttgcttatgcagtg 321  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  47292550 caattcgccacttgttggatattacggtaactgttttgcttacccagcggccgtcaccactgcagggaagctttgtggaaatccatttggttatgcagtg 47292451  T
Q  322 gagttggtaagaaaattaaaagctgaagttactgaggaatacatgcattctgtggccgatcttatggttattaaggaacggtgtttatttacaactgtaa 421  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47292450 gagttggtaagaaaattaaaagctgaagttactgaggaatacatgcattctgtggccgatcttatggttattaaggaacggtgtttatttacaactgtaa 47292351  T
Q  422 ggtcttgtgttatctcagatttgactcgtgctaggctctcagaagtgaattttggttggggtgaaggg 489  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47292350 ggtcttgtgttatctcagatttgactcgtgctaggctctcagaagtgaattttggttggggtgaaggg 47292283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 357; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 25 - 489
Target Start/End: Complemental strand, 47299354 - 47298890
Alignment:
Q  25 catcaatctttcttctttaggacttcagacatagttgtgcttcgtctcttggttccatttcaccttcgccattgtaccacattcgatcttatcacttcat 124  Q
    ||||||||||||||||||||  |||| |||||||     ||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||| ||||||    
T  47299354 catcaatctttcttctttagagcttctgacatagccacacttcgtctcttggttccatttcaccttcgtcaatgcaccacattcgatcttatcgcttcat 47299255  T
Q  125 gtttttggtgttgtcgcacaaaagcattgcagttagaggcagatgacgagatacgaatgatgtgtatcgtcaatgcacgttcgaggtttaatgctaacaa 224  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  47299254 gtttttggtgttgtcgcacaaaagcattgcagttagaggcagatgaagaggtacgaatgatgtgcatcgccaatgcacgctcgaggtttaatgttaacaa 47299155  T
Q  225 ttcgccacttgttggatattacggtaactgttttgcttacccagcggccgtcaccactgcagggaagctttgtggaaatccatttgcttatgcagtggag 324  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||    
T  47299154 ttcgccacttgttggatactacggtaactgttttgcttacccagcggccgtcaccactgcaaggaagctttgtggaaacccatttggttatgcagtggag 47299055  T
Q  325 ttggtaagaaaattaaaagctgaagttactgaggaatacatgcattctgtggccgatcttatggttattaaggaacggtgtttatttacaactgtaaggt 424  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47299054 ttggtaagaaaattaaaagctgaagttacagaggaatacatgcattctgtggccgatcttatggttattaaggaacggtgtttatttacaactgtaaggt 47298955  T
Q  425 cttgtgttatctcagatttgactcgtgctaggctctcagaagtgaattttggttggggtgaaggg 489  Q
    ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  47298954 cttgtattatttcagatttgactcgtgctaggctctcagaagtgaatttcggatggggtgaaggg 47298890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 353; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 450
Target Start/End: Original strand, 47267482 - 47267926
Alignment:
Q  6 agataccaccaccctggttcatcaatctttcttctttaggacttcagacatagttgtgcttcgtctcttggttccatttcaccttcgccattgtaccaca 105  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47267482 agataccacaaccctagttcatcaatctttcttctttaggacttcagacattgttgtgcttcgtctcttggttccatttcaccttcgccattgtaccaca 47267581  T
Q  106 ttcgatcttatcacttcatgtttttggtgttgtcgcacaaaagcattgcagttagaggcagatgacgagatacgaatgatgtgtatcgtcaatgcacgtt 205  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  47267582 ttcgatcttatcacttcatgtttttggtgttgtcgcacaaaagcattgcagttagaggcagatgacgagatacgaatgatgtgtattgtcaatgcacgtt 47267681  T
Q  206 cgaggtttaatgctaacaattcgccacttgttggatattacggtaactgttttgcttacccagcggccgtcaccactgcagggaagctttgtggaaatcc 305  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |    
T  47267682 cgaggtttaatgctaacaattcgccacttgttggatactacggtaattgttttgcttacccggcggccgtcaccactgcagggaagctttgtggaaactc 47267781  T
Q  306 atttgcttatgcagtggagttggtaagaaaattaaaagctgaagttactgaggaatacatgcattctgtggccgatcttatggttattaaggaacggtgt 405  Q
    ||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||| || ||||||    
T  47267782 attaggttatgctgtggagttggtaagaaaattaaaagctgaagttacagaggaatatatgcattctgtagcagatcttatggttattaaagagcggtgt 47267881  T
Q  406 ttatttacaactgtaaggtcttgtgttatctcagatttgactcgt 450  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| | |||||| | ||||||    
T  47267882 ttatttacaactataaggtcttgtgttgtttcagatgtaactcgt 47267926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 203; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 67 - 485
Target Start/End: Original strand, 47283508 - 47283926
Alignment:
Q  67 cgtctcttggttccatttcaccttcgccattgtaccacattcgatcttatcacttcatgtttttggtgttgtcgcacaaaagcattgcagttagaggcag 166  Q
    |||| |||| |||||||||||||||| || || |  ||||| |||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||    
T  47283508 cgtcacttgattccatttcaccttcgtcaatgcagtacatttgatcttatcaccgcatgtttttggtgttgccgcacaaaagcattgcagttagagccag 47283607  T
Q  167 atgacgagatacgaatgatgtgtatcgtcaatgcacgttcgaggtttaatgctaacaattcgccacttgttggatattacggtaactgttttgcttaccc 266  Q
    |||| ||  ||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||  ||| || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||    
T  47283608 atgaagaagtacgaatgatgtgcatcgttaatgcacgttcaaggtttagggctgaccattcgccacttgttggatattatggtaactgttttgctttccc 47283707  T
Q  267 agcggccgtcaccactgcagggaagctttgtggaaatccatttgcttatgcagtggagttggtaagaaaattaaaagctgaagttactgaggaatacatg 366  Q
     || || |||||||| |||||||||||||||||||| || || | |||||||||||| ||| ||||||||  ||||||| ||||||| || |||||||||    
T  47283708 ggctgctgtcaccaccgcagggaagctttgtggaaaccctttaggttatgcagtggaattgataagaaaagcaaaagctcaagttacagaagaatacatg 47283807  T
Q  367 cattctgtggccgatcttatggttattaaggaacggtgtttatttacaactgtaaggtcttgtgttatctcagatttgactcgtgctaggctctcagaag 466  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || |||||| | ||||| ||||||||||||| |  | ||||||    
T  47283808 cattctttggcagatcttatggttattaaggaacgatgtttatttacaacagtaagatcgtgtgttgtatcagacttgactcgtgctaagtacgcagaag 47283907  T
Q  467 tgaattttggttggggtga 485  Q
    ||||||| || ||||||||    
T  47283908 tgaatttcggatggggtga 47283926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 77 - 485
Target Start/End: Original strand, 47278925 - 47279333
Alignment:
Q  77 ttccatttcaccttcgccattgtaccacattcgatcttatcacttcatgtttttggtgttgtcgcacaaaagcattgcagttagaggcagatgacgagat 176  Q
    |||||||||||||||| || || |  ||||| |||||||||||  |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||| ||  |    
T  47278925 ttccatttcaccttcgtcaatgcagtacatttgatcttatcaccgcatgtttttggtgttgccgtacaaaagcattgcagttagagccagatgaagaagt 47279024  T
Q  177 acgaatgatgtgtatcgtcaatgcacgttcgaggtttaatgctaacaattcgccacttgttggatattacggtaactgttttgcttacccagcggccgtc 276  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||  ||| || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| || || |||    
T  47279025 acgaatgatgtgcatcgttaatgcacgttcaaggtttagggctgaccattcgccacttgttggatattatggtaactgttttgctttcccggctgctgtc 47279124  T
Q  277 accactgcagggaagctttgtggaaatccatttgcttatgcagtggagttggtaagaaaattaaaagctgaagttactgaggaatacatgcattctgtgg 376  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| || | ||||| |||||| ||| ||||||||  ||||||| ||||||| || ||||||||||||||| |||    
T  47279125 accaccgcagggaagctttgtggaaatcctttaggttatggagtggaattgataagaaaagcaaaagctcaagttacagaagaatacatgcattctttgg 47279224  T
Q  377 ccgatcttatggttattaaggaacggtgtttatttacaactgtaaggtcttgtgttatctcagatttgactcgtgctaggctctcagaagtgaattttgg 476  Q
    | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||| ||||||||| | ||||| ||||||||||||| |  | ||||||||||||||||    
T  47279225 cagatcttatggttattaaggaacgatgtttatttacaacaataagatcttgtgttgtatcagacttgactcgtgctaagtacgcagaagtgaattttgg 47279324  T
Q  477 ttggggtga 485  Q
     ||||||||    
T  47279325 atggggtga 47279333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 141; E-Value: 1e-73
Query Start/End: Original strand, 53 - 486
Target Start/End: Original strand, 47242621 - 47243058
Alignment:
Q  53 acatagttgtgcttcgtctcttggttccatttcaccttcgccattgtaccacattc----gatcttatcacttcatgtttttggtgttgtcgcacaaaag 148  Q
    |||||| |||| |||||  |||||||||| |||||||||  ||||| || |||||     |||||||||||| ||| || |||||| || ||||||||||    
T  47242621 acatagctgtgattcgttgcttggttccaattcaccttcatcattgcactacattaatttgatcttatcactgcatattattggtgctgccgcacaaaag 47242720  T
Q  149 cattgcagttagaggcagatgacgagatacgaatgatgtgtatcgtcaatgcacgttcgaggtttaatgctaacaattcgccacttgttggatattacgg 248  Q
    |||||||| ||||| ||||||| ||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||| |||||||  |||     ||||||||||||||||    
T  47242721 cattgcagatagagccagatgaagaggtacgaatgatgtgcatcgttaatgcacgttccaggtttagtgctaacccttctttgtttgttggatattacgg 47242820  T
Q  249 taactgttttgcttacccagcggccgtcaccactgcagggaagctttgtggaaatccatttgcttatgcagtggagttggtaagaaaattaaaagctgaa 348  Q
    ||| ||  |||||| | | ||||| |||||||| |||  | ||||||||||||| | ||| | |||||||||||||||| ||||||||  |||| || ||    
T  47242821 taattgcattgctttctcggcggctgtcaccaccgcaaaggagctttgtggaaaccaattaggttatgcagtggagttgataagaaaagcaaaaactcaa 47242920  T
Q  349 gttactgaggaatacatgcattctgtggccgatcttatggttattaaggaacggtgtttatttacaactgtaaggtcttgtgttatctcagatttgactc 448  Q
    ||||| |||||||||||||||||| | || ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||  ||||| |  | || |||| |||||    
T  47242921 gttacagaggaatacatgcattctttagcagattttatggttattaaggaacgatgtttatttacaactggaagaacttgtatagtgtcggattggactc 47243020  T
Q  449 gtgctaggctctcagaagtgaattttggttggggtgaa 486  Q
    ||||||   |||||||||||||||| || |||||||||    
T  47243021 gtgctaatttctcagaagtgaatttcggatggggtgaa 47243058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 108 - 487
Target Start/End: Original strand, 47256804 - 47257186
Alignment:
Q  108 cgatcttatcacttcatgtttttggtgttgtcgcacaaaagcattgcagttagaggcagatgacgagatacgaatgatgtgtatcgtcaatgcacgttcg 207  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||| || |||||||||||||||||| ||||  ||||||| ||  | ||||||||||| ||||| |||||||| |||    
T  47256804 cgatcttatcactgcatgttattggtgctgccgcacaaaagcattgcaggtagaaccagatgaagatgtgcgaatgatgtgcatcgttaatgcacgctcg 47256903  T
Q  208 aggtttaatgctaacaa---ttcgccacttgttggatattacggtaactgttttgcttacccagcggccgtcaccactgcagggaagctttgtggaaatc 304  Q
    ||||||| |||||| ||   |||| | ||  |||||||||| || |||||| |||||| | | ||||| |||||||| |||  | ||||||||||||| |    
T  47256904 aggtttagtgctaataaccgttcgtcgctcattggatattatggcaactgtattgctttctcggcggcagtcaccaccgcaaaggagctttgtggaaacc 47257003  T
Q  305 catttgcttatgcagtggagttggtaagaaaattaaaagctgaagttactgaggaatacatgcattctgtggccgatcttatggttattaaggaacggtg 404  Q
     ||| | |||||||||||||||| ||||||||  ||||||| ||||||| ||| | |||||||| ||  |||| ||| ||||||||||||||||||| ||    
T  47257004 aattaggttatgcagtggagttgataagaaaagcaaaagctcaagttacagagaagtacatgcactcattggcagattttatggttattaaggaacgatg 47257103  T
Q  405 tttatttacaactgtaaggtcttgtgttatctcagatttgactcgtgctaggctctcagaagtgaattttggttggggtgaag 487  Q
    |||||||||||  | |||  | ||| |  | ||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||| || ||||||||||    
T  47257104 tttatttacaaagggaagaacatgtatggtgtcagattggactcgtgctaagttctcagaagtgaatttcggatggggtgaag 47257186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 143; Significance: 7e-75; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 143; E-Value: 7e-75
Query Start/End: Original strand, 72 - 486
Target Start/End: Original strand, 32731311 - 32731725
Alignment:
Q  72 cttggttccatttcaccttcgccattgtaccacattcgatcttatcacttcatgtttttggtgttgtcgcacaaaagcattgcagttagaggcagatgac 171  Q
    |||||||||| |||||||||  ||||| || ||||| |||||||||| | |||||| |||||| || |||||||||||||||||| ||||| |||||||     
T  32731311 cttggttccaattcaccttcatcattgcactacatttgatcttatcagtgcatgttattggtgctgccgcacaaaagcattgcagatagagccagatgaa 32731410  T
Q  172 gagatacgaatgatgtgtatcgtcaatgcacgttcgaggtttaatgctaacaattcgccacttgttggatattacggtaactgttttgcttacccagcgg 271  Q
    ||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||| |||||||  |||     || |||||||||||||||| ||| |||||| | | ||||    
T  32731411 gaggtacgaatgatgtgcatcgttaatgcacgttccaggtttagtgctaacccttctttgtttattggatattacggtaattgtattgctttctcggcgg 32731510  T
Q  272 ccgtcaccactgcagggaagctttgtggaaatccatttgcttatgcagtggagttggtaagaaaattaaaagctgaagttactgaggaatacatgcattc 371  Q
    | |||||||| |||  | ||||||||||||| | ||| | |||||||||||||||| ||||||||  |||| || ||||||| |||||||||||||||||    
T  32731511 ctgtcaccaccgcaaaggagctttgtggaaaccaattaggttatgcagtggagttgataagaaaagcaaaaactcaagttacagaggaatacatgcattc 32731610  T
Q  372 tgtggccgatcttatggttattaaggaacggtgtttatttacaactgtaaggtcttgtgttatctcagatttgactcgtgctaggctctcagaagtgaat 471  Q
    | | || |||  |||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||  ||||| |  | ||||||| |||||||||||   | ||||||||||||    
T  32731611 tttagcagattgtatggttattaaggaacgatgtttatttacaaccggaagaacttgtatggtgtcagattggactcgtgctaatttatcagaagtgaat 32731710  T
Q  472 tttggttggggtgaa 486  Q
    || || |||||||||    
T  32731711 ttcggatggggtgaa 32731725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 52; Significance: 1e-20; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 390 - 485
Target Start/End: Original strand, 20519638 - 20519733
Alignment:
Q  390 tattaaggaacggtgtttatttacaactgtaaggtcttgtgttatctcagatttgactcgtgctaggctctcagaagtgaattttggttggggtga 485  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||| ||||||| | ||  ||||||||||||||| ||||||||    
T  20519638 tattaaggaacgatgtttacttacaactgtaagttgttgtgttatgtcagatttgacacgtgctaagttcagagaagtgaattttggatggggtga 20519733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University