View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9879_low_45 (Length: 350)

Name: NF9879_low_45
Description: NF9879
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9879_low_45
NF9879_low_45
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (1-344)||(16838193-16838536)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (1-344)||(29728718-29729061)
chr7 (1-344)||(38513357-38513700)
[»] scaffold0376 (1 HSPs)
scaffold0376 (1-338)||(3247-3585)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (1-340)||(45285013-45285350)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (1-344)||(20477876-20478219)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (1-213)||(24004916-24005128)
chr4 (210-344)||(24004315-24004449)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 324; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 324; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 16838536 - 16838193
Alignment:
Q  1 ccaccaagggtcatacaagtcctatcaaaaagttgctcttttgtcatgagaaggttctcatttgaaacatactgggcaaacccaagagctgctgttccgc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16838536 ccaccaagggtcatacaagtcctatcaaaaagttgctcttttgtcatgagaaggttctcatttgaaacatactgggcaaacccaagagctgctgttccgc 16838437  T
Q  101 gaggaacaatagttactttcaataatggctcggtatgttccaagaaccaaccaacaacggcatggcctgcttcgtggcaagcaatggtacgcctttcctg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  16838436 gaggaacaatagttactttcaataatggctcggtatgttccaagaaccaaccaacaacagcatggcctgcttcgtggtaagcaacggtacgcctttcctg 16838337  T
Q  201 cttacttattacccggttcttcttctctaaaccgccaatgattctatcaatagctgcctcgaaatgatccattgtgacttgtgcttcttcagtcctcgca 300  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16838336 cttacttattacacggttcttcttctctaaaccgccaatgattctatcaatagctgcctcgaaatgatccattgtgacttgtgcttcttcagtcctcgca 16838237  T
Q  301 gcaattagagcagcttcattgcaaacattagcaatctctgctcc 344  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  16838236 gcaattagagcagcttcattacaaacattagcaatctctgctcc 16838193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 320; Significance: 1e-180; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 320; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 1 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 29729061 - 29728718
Alignment:
Q  1 ccaccaagggtcatacaagtcctatcaaaaagttgctcttttgtcatgagaaggttctcatttgaaacatactgggcaaacccaagagctgctgttccgc 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  29729061 ccaccaagggtcatacaagtcctatcaaaaagttgctcttttgtcatgagaaggttctcatttgaaacatactgcgcaaacccaagagctgctgttccgc 29728962  T
Q  101 gaggaacaatagttactttcaataatggctcggtatgttccaagaaccaaccaacaacggcatggcctgcttcgtggcaagcaatggtacgcctttcctg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  29728961 gaggaacaatagttactttcaataatggctcggtatgttccaagaaccaaccaacaacagcatggcctgcttcgtggtaagcaattgtacgcctttcctg 29728862  T
Q  201 cttacttattacccggttcttcttctctaaaccgccaatgattctatcaatagctgcctcgaaatgatccattgtgacttgtgcttcttcagtcctcgca 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29728861 cttacttattacccggttcttcttctctaaaccgccaatgattctatcaatagctgcctcgaaatgatccattgtgacttgtgcttcttcagtcctcgca 29728762  T
Q  301 gcaattagagcagcttcattgcaaacattagcaatctctgctcc 344  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  29728761 gcaattagagcagcttcattgcaaacattagaaatatctgctcc 29728718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 1 - 344
Target Start/End: Original strand, 38513357 - 38513700
Alignment:
Q  1 ccaccaagggtcatacaagtcctatcaaaaagttgctcttttgtcatgagaaggttctcatttgaaacatactgggcaaacccaagagctgctgttccgc 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  38513357 ccaccaagggtcatacaagtcctatcgaaaagttgttcctttgtcatgagaaggttctcatttggaacatactgggcaaacccaagagccgatgttccgc 38513456  T
Q  101 gaggaacaatagttactttcaataatggctcggtatgttccaagaaccaaccaacaacggcatggcctgcttcgtggcaagcaatggtacgcctttcctg 200  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||  |||| ||||| |||||||| ||| ||||||  || || |||| | |    
T  38513457 gaggaacaatagttactttcaacaatgggtcagtatgttccaagaaccaacctgcaacagcatgacctgcttcatggtaagcaacagtgcgtctttgcag 38513556  T
Q  201 cttacttattacccggttcttcttctctaaaccgccaatgattctatcaatagctgcctcgaaatgatccattgtgacttgtgcttcttcagtcctcgca 300  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||   |||||| ||||||||||||||||| |||    
T  38513557 cttacttattaccctgttcttcttctccaaaccaccaatgatcctatcaatagctgcctcgaaatgatcatgtgtgacgtgtgcttcttcagtccttgca 38513656  T
Q  301 gcaattagagcagcttcattgcaaacattagcaatctctgctcc 344  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  38513657 gcaatcagagcagcttcattgcaaacattagcaatatccgctcc 38513700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0376 (Bit Score: 215; Significance: 1e-118; HSPs: 1)
Name: scaffold0376
Description:

Target: scaffold0376; HSP #1
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 1 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 3585 - 3247
Alignment:
Q  1 ccaccaagggtcatacaagtcctatcaaaaagttgctcttttgtcatgagaaggttctcatttgaaacatactgggcaaacccaagagctgctgttccgc 100  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  3585 ccaccaagggccatacaagtcctatcgaaaagttgctccttggtcatgagaaggttttcatttgacaaatactgggcaaacccaagagtttctgttccgc 3486  T
Q  101 gaggaacaatagttactttcaataatggctcggtatgttccaagaaccaacca-acaacggcatggcctgcttcgtggcaagcaatggtacgcctttcct 199  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||  |||||  ||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||    
T  3485 gaggaacaatagttactttcaacaatggctcagtatgttccaagaaccaaccccacaacaacatggcctgcttcatggtaagcaatagtacgcctttcct 3386  T
Q  200 gcttacttattacccggttcttcttctctaaaccgccaatgattctatcaatagctgcctcgaaatgatccattgtgacttgtgcttcttcagtcctcgc 299  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||| | ||||| ||| |||| |||||||| ||    
T  3385 gcttacttattaccatgttcttcttctctaaaccgccaatgaccctatcaatggctgcctcgaaatgatccttcgtgacatgttcttcatcagtccttgc 3286  T
Q  300 agcaattagagcagcttcattgcaaacattagcaatctc 338  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3285 agcaatcagagcagcttcattgcaaacattagcaatctc 3247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 185; Significance: 1e-100; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 1 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 45285350 - 45285013
Alignment:
Q  1 ccaccaagggtcatacaagtcctatcaaaaagttgctcttttgtcatgagaaggttctcatttgaaacatactgggcaaacccaagagctgctgttccgc 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||| ||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |    
T  45285350 ccaccaagggtcatacaagtcctatcaaaaagctgctctt--gtcatgagatggttctcgtttggaacatactgcgcaaacccaagagctgctgttcctc 45285253  T
Q  101 gaggaacaatagttactttcaataatggctcggtatgttccaagaaccaaccaacaacggcatggcctgcttcgtggcaagcaatggtacgcctttcctg 200  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| |  ||||||||||||||||||||  |||| ||||| |||||||| ||| |||||| ||| ||||| | |||    
T  45285252 gaggaacaatagttactttcaaaaatggattagtatgttccaagaaccaacctgcaacagcatgacctgcttcatggtaagcaacggttcgcctgtgctg 45285153  T
Q  201 cttacttattacccggttcttcttctctaaaccgccaatgattctatcaatagctgcctcgaaatgatccattgtgacttgtgcttcttcagtcctcgca 300  Q
    ||| |||||||||  |||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||| | |||| ||||||||| || |||    
T  45285152 cttgcttattaccttgttcttcttctccaaaccaccgatgatcctatcaatagctgcctcaaaatgatcctttgtggcatgtgtttcttcagtacttgca 45285053  T
Q  301 gcaattagagcagcttcattgcaaacattagcaatctctg 340  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  45285052 gcaatcagagcagcttcattgcaaacattagcaatgtctg 45285013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 184; Significance: 2e-99; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 184; E-Value: 2e-99
Query Start/End: Original strand, 1 - 344
Target Start/End: Original strand, 20477876 - 20478219
Alignment:
Q  1 ccaccaagggtcatacaagtcctatcaaaaagttgctcttttgtcatgagaaggttctcatttgaaacatactgggcaaacccaagagctgctgttccgc 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||| |||  ||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||| |    
T  20477876 ccaccaagggtcatacaagtcctatcgaaaagctgctcctttgtcatgagatggtcgtcatttggaacaaactgggcaaacccaagagccgctgttccac 20477975  T
Q  101 gaggaacaatagttactttcaataatggctcggtatgttccaagaaccaaccaacaacggcatggcctgcttcgtggcaagcaatggtacgcctttcctg 200  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||  ||||  ||||||| ||||| ||| |||||| |||||| || ||||     
T  20477976 gaggaacaatagttactttcaacaatggctcagtatgttccaagaaccaacccgcaacaacatggcccgcttcatggtaagcaacggtacgtctatcctt 20478075  T
Q  201 cttacttattacccggttcttcttctctaaaccgccaatgattctatcaatagctgcctcgaaatgatccattgtgacttgtgcttcttcagtcctcgca 300  Q
    ||| |||||||||  |||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||  |||||| |||||||||||||| || |||    
T  20478076 cttgcttattaccttgttcttcttctccaaaccaccaatgatcctatcaatagctgcctcaaaatgatcctctgtgacatgtgcttcttcagttcttgca 20478175  T
Q  301 gcaattagagcagcttcattgcaaacattagcaatctctgctcc 344  Q
    || || |||||||||||||||||||| |||||||| || |||||    
T  20478176 gctatcagagcagcttcattgcaaacgttagcaatgtccgctcc 20478219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 121; Significance: 6e-62; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 121; E-Value: 6e-62
Query Start/End: Original strand, 1 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 24005128 - 24004916
Alignment:
Q  1 ccaccaagggtcatacaagtcctatcaaaaagttgctcttttgtcatgagaaggttctcatttgaaacatactgggcaaacccaagagctgctgttccgc 100  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||| |||||| |||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||| |||||||| ||||    
T  24005128 ccaccaagggtcatacaagtcatatccaaaagctgctcctttgtcctgagaaggttctcacttggaacatattgggcaaacccaagtgctgctgtgccgc 24005029  T
Q  101 gaggaacaatagttactttcaataatggctcggtatgttccaagaaccaaccaacaacggcatggcctgcttcgtggcaagcaatggtacgcctttcctg 200  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||||||   ||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||| ||| ||||||  |||||||||||| |    
T  24005028 gaggaacaatggttactttcaacaatggctcacaatgttccaagaaccaacctgcaacagcatggcctgcttcatggtaagcaacagtacgcctttcccg 24004929  T
Q  201 cttacttattacc 213  Q
    |||||||||||||    
T  24004928 cttacttattacc 24004916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 91; E-Value: 5e-44
Query Start/End: Original strand, 210 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 24004449 - 24004315
Alignment:
Q  210 tacccggttcttcttctctaaaccgccaatgattctatcaatagctgcctcgaaatgatccattgtgacttgtgcttcttcagtcctcgcagcaattaga 309  Q
    ||||| |||||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||| |||||||| |||    
T  24004449 taccctgttcttcttctccaaaccaccaatgatcctatcgatagctgcctcgaaatgatccattgtgacttgcgattcatcagtccttgcagcaatcaga 24004350  T
Q  310 gcagcttcattgcaaacattagcaatctctgctcc 344  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  24004349 gcagcttcattgcaaacattagcaatgtctgctcc 24004315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University