View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9881_high_3 (Length: 737)

Name: NF9881_high_3
Description: NF9881
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9881_high_3
NF9881_high_3
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (20-721)||(11759133-11759840)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 641; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 641; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 721
Target Start/End: Complemental strand, 11759840 - 11759133
Alignment:
Q  20 agatgaggattatagatagcataaaataaaaatggtagcaataaaaattatttgctcattcctttatgatagttttgtctcttaattaaaataaggatga 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11759840 agatgaggattatagatagcataaaataaaaatggtagcaataaaaattatttgctcattcctttatgatagttttgtctcttaattaaaataaggatga 11759741  T
Q  120 gaagaagacaatcatgtaatgtaacaataaaacaaccaaattaaatttcaaaatttatttttatgggcgtgtaaaaaagtttaacagtatcgctatatac 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  11759740 gaagaagacaatcatgtaatgtaacaataaaacaaccaaattaaattttaaaatttatttttatgcgcgtgtaaaaaagttttacagtatcgttatatac 11759641  T
Q  220 aaattaaattcttaaatttttagatcattgttgtataagttgttttgctagcctatggttacaggcatgccaaaatgttaatactataataatttctata 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  11759640 aaattaaattcttaaatttttagatcattgttgtataagttgttttgctagcctatggttacaggcatgccaaaatgttaatattataataatttctata 11759541  T
Q  320 atcttatagatattttatttaaagctggtacaatttttaaaaagaaatttaccctacatttacaacttgcaagtaaaaggtaaaatctctcgttggacaa 419  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  11759540 atcttatagatattttatttaaagctggtacaatttttaaaaagaaatttacactacatttacaacttgcaagtaaaaggtaaaatctctcgttggaaaa 11759441  T
Q  420 cctgaagtaactaaccgcatgcacgagtaaaaagaaaagtgcacatattccatgtactataatgtgaatttaacccacacacttcattttatttcacatt 519  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11759440 cctgaagtaactaaccgcatgcacgagtaaaaagaaaagtgcacatattccatgtactaaaatgtgaatttaacccacacacttcattttatttcacatt 11759341  T
Q  520 ttataaatatttgattgatcacatttctcactctcgttcatgttcttattttctaaccttcaaaagcgtgtctcacaagacaagtggaagctcctaagta 619  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  11759340 tgataaatatttgattgatcacatttctcactctcgttcttgttcttattttctaaccttcaaaagcgtgtctcacaagacaagtggaagctactaagta 11759241  T
Q  620 ctaactgattctccaaca------atctcatcacactcttcaagcgtgctctctcacatgcaacactacttaataacgaactactagcttttaattaagt 713  Q
    ||||||||||||||||||      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11759240 ctaactgattctccaacaatctttatctcatcacactcttcaagcgtgctctctcacatgcaacactacttaataacgaactactagcttttaattaagt 11759141  T
Q  714 aataacaa 721  Q
    ||||||||    
T  11759140 aataacaa 11759133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University