View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9881_low_5 (Length: 612)

Name: NF9881_low_5
Description: NF9881
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9881_low_5
NF9881_low_5
[»] chr6 (11 HSPs)
chr6 (72-596)||(29484943-29485467)
chr6 (294-596)||(14738766-14739081)
chr6 (294-596)||(33332270-33332585)
chr6 (294-596)||(24432515-24432830)
chr6 (10-76)||(29482998-29483064)
chr6 (342-519)||(24077556-24077733)
chr6 (301-479)||(17693490-17693668)
chr6 (301-470)||(13880116-13880285)
chr6 (367-479)||(25943037-25943149)
chr6 (367-467)||(22349672-22349772)
chr6 (255-293)||(18013862-18013900)
[»] chr7 (15 HSPs)
chr7 (294-596)||(18412236-18412551)
chr7 (294-596)||(21987498-21987813)
chr7 (294-596)||(49090266-49090582)
chr7 (294-596)||(21644615-21644930)
chr7 (294-596)||(9186339-9186654)
chr7 (294-596)||(16883505-16883820)
chr7 (294-596)||(24262517-24262832)
chr7 (294-596)||(5818380-5818694)
chr7 (522-596)||(12405156-12405230)
chr7 (301-479)||(7071419-7071597)
chr7 (370-479)||(44013234-44013343)
chr7 (301-473)||(3323422-3323594)
chr7 (301-470)||(25406791-25406960)
chr7 (367-470)||(25352729-25352832)
chr7 (256-293)||(2249522-2249559)
[»] chr8 (12 HSPs)
chr8 (294-596)||(18866864-18867179)
chr8 (294-596)||(18856469-18856784)
chr8 (294-596)||(35743967-35744283)
chr8 (294-596)||(10685458-10685773)
chr8 (294-596)||(26299928-26300243)
chr8 (524-596)||(23800712-23800784)
chr8 (370-518)||(15945992-15946140)
chr8 (301-479)||(28892132-28892310)
chr8 (367-479)||(21038798-21038910)
chr8 (367-479)||(33034009-33034121)
chr8 (367-470)||(16755961-16756064)
chr8 (377-470)||(28329285-28329378)
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (294-596)||(9225598-9225913)
chr4 (294-596)||(16625187-16625502)
chr4 (294-596)||(5146484-5146794)
chr4 (301-479)||(15313686-15313864)
chr4 (370-479)||(4559573-4559682)
[»] scaffold0197 (1 HSPs)
scaffold0197 (294-596)||(15503-15818)
[»] chr3 (18 HSPs)
chr3 (294-596)||(16262940-16263255)
chr3 (294-595)||(3324731-3325045)
chr3 (294-596)||(2673414-2673729)
chr3 (294-596)||(28490367-28490682)
chr3 (294-596)||(32478918-32479233)
chr3 (294-596)||(8515672-8515987)
chr3 (294-596)||(9603041-9603356)
chr3 (294-505)||(1309449-1309660)
chr3 (301-479)||(10898373-10898551)
chr3 (301-479)||(22624614-22624792)
chr3 (301-479)||(29912590-29912768)
chr3 (301-479)||(54189876-54190054)
chr3 (301-470)||(10097441-10097610)
chr3 (301-470)||(10204326-10204495)
chr3 (301-467)||(10611412-10611578)
chr3 (367-470)||(6304688-6304791)
chr3 (301-470)||(16458842-16459011)
chr3 (370-479)||(47881592-47881701)
[»] chr5 (12 HSPs)
chr5 (294-596)||(27448400-27448715)
chr5 (294-596)||(43595699-43596014)
chr5 (294-596)||(43628493-43628808)
chr5 (294-596)||(24556778-24557093)
chr5 (294-596)||(24597810-24598125)
chr5 (294-596)||(37557818-37558133)
chr5 (294-596)||(31398186-31398501)
chr5 (294-521)||(28836870-28837097)
chr5 (349-596)||(33789948-33790208)
chr5 (370-481)||(10628725-10628836)
chr5 (367-479)||(25446855-25446967)
chr5 (370-479)||(31781163-31781272)
[»] chr2 (9 HSPs)
chr2 (294-596)||(19347856-19348171)
chr2 (294-410)||(25394464-25394580)
chr2 (522-596)||(10446619-10446693)
chr2 (367-521)||(20053461-20053615)
chr2 (539-596)||(25402486-25402543)
chr2 (367-470)||(39683625-39683728)
chr2 (301-470)||(2737582-2737751)
chr2 (301-458)||(17933510-17933667)
chr2 (367-470)||(22715934-22716037)
[»] scaffold0006 (2 HSPs)
scaffold0006 (294-596)||(1086-1400)
scaffold0006 (294-431)||(9242-9378)
[»] chr1 (8 HSPs)
chr1 (298-596)||(41396821-41397132)
chr1 (294-586)||(47100022-47100327)
chr1 (294-518)||(9025083-9025307)
chr1 (522-596)||(19360032-19360106)
chr1 (367-479)||(2399925-2400037)
chr1 (367-479)||(9523096-9523208)
chr1 (550-596)||(17346707-17346753)
chr1 (526-580)||(9025008-9025063)
[»] scaffold0078 (1 HSPs)
scaffold0078 (294-596)||(35588-35903)
[»] scaffold0008 (1 HSPs)
scaffold0008 (105-293)||(243180-243366)
[»] scaffold0842 (1 HSPs)
scaffold0842 (522-596)||(4388-4462)
[»] scaffold0028 (1 HSPs)
scaffold0028 (522-596)||(150149-150223)
[»] scaffold0188 (1 HSPs)
scaffold0188 (539-596)||(19133-19190)
[»] scaffold0256 (1 HSPs)
scaffold0256 (367-479)||(17693-17805)
[»] scaffold0023 (1 HSPs)
scaffold0023 (367-470)||(49907-50010)
[»] scaffold0026 (1 HSPs)
scaffold0026 (256-293)||(150808-150845)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 485; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 485; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 72 - 596
Target Start/End: Original strand, 29484943 - 29485467
Alignment:
Q  72 aaggtgcctctggatccgggaaccgcttgctctggtggttaagagtgtcgtgaggatttgtgcgagaaggtgcgtggacgcgctcgctattctccgaagc 171  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29484943 aaggtgcctctggatccgggaaccgcttgctctggtggttaagagtgttgtgaggatttgtgcgagaaggtgcgtggacgcgctcgctattctccgaagc 29485042  T
Q  172 ctctttgttctctggccaagcgagttcgccaatggaatgggctatgaccgacatgagagtgctcggttgacttaggttagaaagaaagattccctcgtta 271  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29485043 ctctttgttctctggccaagcgagttcgccaatggaatgggctatgaccgacatgagagtgctcggttgacttaggttagaaagaaagattccctcgtta 29485142  T
Q  272 ggaagtttagtcgattgtcattaccattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgcttaattatggtgca 371  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| |||| | |||||    
T  29485143 ggaagtttagtcgattgtcattaccattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcaccctgcgaaattttacaaacctcatgctcaattctagtgca 29485242  T
Q  372 ataacctagactatcaaacatgcttagcgaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaaacatc 471  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29485243 ataacctagactattaaacatgcttagggaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaaacatc 29485342  T
Q  472 tttagacgaacgttgcccatgccttggactttgcatgctttattatttcccctccttcttttagaaccaaagtcccaaaatattccttcctaggacacat 571  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29485343 tttagacgaatgttgcccatgccttggactttgcacgctttattatttcccctccttcttttagaaccaaagtcccaaaatattccttcctaggacacat 29485442  T
Q  572 gtgataagagcatcccgagtccaaa 596  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  29485443 gtgataagagcatcccgagtccaaa 29485467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 294 - 596
Target Start/End: Complemental strand, 14739081 - 14738766
Alignment:
Q  294 accattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgcttaattatggtgcaataacctagactatcaaacatg 393  Q
    |||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| | ||||||||||||||| |||||||||||    
T  14739081 accattcattctagacccctttaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgctctattctagtgcaataacctagattatcaaacatg 14738982  T
Q  394 cttagcgaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaaacatctttagacgaacgttgcccatgc 493  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14738981 cttagggaaattaaattacgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaaacatctttagacgaacgttgcccatgc 14738882  T
Q  494 cttggactttgcatgctttattatttcc-------------cctccttcttttagaaccaaagtcccaaaatattccttcctaggacacatgtgataaga 580  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||             |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  14738881 cttggactttgcaagctttgttatttccgagtcgaacaactcctccttcttttagaatcaaagtctcaaaatattcctttctaggacacatgtgataaga 14738782  T
Q  581 gcatcccgagtccaaa 596  Q
    ||||||||||||||||    
T  14738781 gcatcccgagtccaaa 14738766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 294 - 596
Target Start/End: Complemental strand, 33332585 - 33332270
Alignment:
Q  294 accattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgcttaattatggtgcaataacctagactatcaaacatg 393  Q
    |||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| | ||||||||||||||| |||||||||||    
T  33332585 accattcattctagacccctttaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgctctattctagtgcaataacctagattatcaaacatg 33332486  T
Q  394 cttagcgaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaaacatctttagacgaacgttgcccatgc 493  Q
    ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  33332485 cttatggaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaaacatctttagacgaacgttgcccgtgc 33332386  T
Q  494 cttggactttgcatgctttattattt-------------cccctccttcttttagaaccaaagtcccaaaatattccttcctaggacacatgtgataaga 580  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||             | |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  33332385 cttggactttgcaagctttgttatttctgagtcgaacaactcctccttcttttagaatcaaagtctcaaaatattcctttctaggacacatgtgataaga 33332286  T
Q  581 gcatcccgagtccaaa 596  Q
    ||||||||||||||||    
T  33332285 gcatcccgagtccaaa 33332270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 294 - 596
Target Start/End: Complemental strand, 24432830 - 24432515
Alignment:
Q  294 accattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgcttaattatggtgcaataacctagactatcaaacatg 393  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | || |||||||||||||||||||| |||    
T  24432830 accaatcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgctcaattctagtacaataacctagactatcaaatatg 24432731  T
Q  394 cttagcgaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaaacatctttagacgaacgttgcccatgc 493  Q
    ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||    
T  24432730 cttatggaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaaacatctttagacgaacggtgcccacgc 24432631  T
Q  494 cttggactttgcatgctttattatttcc-------------cctccttcttttagaaccaaagtcccaaaatattccttcctaggacacatgtgataaga 580  Q
    |||||||| |||| ||||| ||||||||             |||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||| |||| | |||||||||    
T  24432630 cttggactgtgcacgctttgttatttccgagtcgaacaactcctcattcttttagagccaaagtctcaaaatattcctttctatgacatacgtgataaga 24432531  T
Q  581 gcatcccgagtccaaa 596  Q
    ||||||||||||||||    
T  24432530 gcatcccgagtccaaa 24432515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 10 - 76
Target Start/End: Original strand, 29482998 - 29483064
Alignment:
Q  10 cgtaggagagaagtttgcttttatgtgctttctgcttgagagtaagctaagcttgttggatgaaggt 76  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29482998 cgtaggagagaagtttgcttttatgtgctttctgcttgagagtaagctaagcttgttggatgaaggt 29483064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 342 - 519
Target Start/End: Original strand, 24077556 - 24077733
Alignment:
Q  342 tttacaaaccccatgcttaattatggtgcaataacctagactatcaaacatgcttagcgaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcc 441  Q
    |||||||||| |||||| |||  | || ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||| ||||  ||||  | |||||||||    
T  24077556 tttacaaacctcatgctcaatcctagtacaataacctagactatcaaacatgcttatggaaattaaagttcgcttatgttcaagaacctatctcacatcc 24077655  T
Q  442 cttaaaaggaattcacggccatcaaacatctttagacgaacgttgcccatgccttggactttgcatgctttattattt 519  Q
    |||| || ||||||| ||  ||||||||| |||| ||||||| |   ||||| |||||||||||| || || ||||||    
T  24077656 cttagaatgaattcatggatatcaaacatatttaaacgaacggtagacatgcgttggactttgcaagccttgttattt 24077733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 301 - 479
Target Start/End: Original strand, 17693490 - 17693668
Alignment:
Q  301 attttagaccctttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgcttaattatggtgcaataacctagactatcaaacatgcttagcg 400  Q
    ||||||||||||||| |  ||| |||||||||||| |||||| |    || ||| | | |||| | |||||||| ||||||| ||||||||||||||  |    
T  17693490 attttagaccctttagctataaccaatgcaccatgagaaattctcatcacaccacgttcaattctagtgcaatagcctagaccatcaaacatgcttatgg 17693589  T
Q  401 aaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaaacatctttagacg 479  Q
    | |||||||||| | ||||||| |||| | ||||||||||| | |||||||| |||||  |||||||||| || |||||    
T  17693590 atattaaatttctcctaagttcaggaatatacctcacatccttcaaaaggaaatcacgatcatcaaacattttgagacg 17693668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 301 - 470
Target Start/End: Complemental strand, 13880285 - 13880116
Alignment:
Q  301 attttagaccctttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgcttaattatggtgcaataacctagactatcaaacatgcttagcg 400  Q
    ||||||||||||||| || ||| |||||||||||| |||||| |    || ||| | | |||| | |||||||| ||||||| ||||||||||||||  |    
T  13880285 attttagaccctttagccataaccaatgcaccatgagaaattctcatcacaccacgttcaattctagtgcaatagcctagaccatcaaacatgcttatgg 13880186  T
Q  401 aaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaaacat 470  Q
    | |||||||||| | ||||||| |||| | ||||||||| | | |||||||| |||||  ||||||||||    
T  13880185 atattaaatttctcctaagttcaggaatatacctcacattcttcaaaaggaaatcacgatcatcaaacat 13880116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 367 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 25943149 - 25943037
Alignment:
Q  367 gtgcaataacctagactatcaaacatgcttagcgaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaa 466  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||  || |||||||||| | ||||||| |||| | ||||||||||| | |||||||| |||||  ||||||    
T  25943149 gtgcaatagcctagaccatcaaacatgcttatggatattaaatttctcctaagttcaggaatatacctcacatccttcaaaaggaaatcacgatcatcaa 25943050  T
Q  467 acatctttagacg 479  Q
    |||| || |||||    
T  25943049 acattttgagacg 25943037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 367 - 467
Target Start/End: Original strand, 22349672 - 22349772
Alignment:
Q  367 gtgcaataacctagactatcaaacatgcttagcgaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaa 466  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||  || |||||||||  | ||||||| |||| | ||||||||||| | |||||||| |||||| ||||||    
T  22349672 gtgcaatagcctagaccatcaaacatgcttatagatattaaatttaacctaagttcaggaatatacctcacatccttcaaaaggaaatcacggtcatcaa 22349771  T
Q  467 a 467  Q
    |    
T  22349772 a 22349772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 255 - 293
Target Start/End: Complemental strand, 18013900 - 18013862
Alignment:
Q  255 gaaagattccctcgttaggaagtttagtcgattgtcatt 293  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  18013900 gaaagattccctcgtcaggaagtttggtcgattgtcatt 18013862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 224; Significance: 1e-123; HSPs: 15)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 294 - 596
Target Start/End: Original strand, 18412236 - 18412551
Alignment:
Q  294 accattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgcttaattatggtgcaataacctagactatcaaacatg 393  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||| ||||||||||    
T  18412236 accattcattttagaccccttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgctcaattctagtgcaataacctagaccatcaaacatg 18412335  T
Q  394 cttagcgaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaaacatctttagacgaacgttgcccatgc 493  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18412336 cttagggaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaaacatctttagacgaacgttgcccatgc 18412435  T
Q  494 cttggactttgcatgctttattatttcc-------------cctccttcttttagaaccaaagtcccaaaatattccttcctaggacacatgtgataaga 580  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||             |||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  18412436 cttggactttgcaagctttgttatttccgagtcgaacaactcctccttcttttagagtcaaagtctcaaaatattcctttctaggacacatgtgataaga 18412535  T
Q  581 gcatcccgagtccaaa 596  Q
    ||||||||||||||||    
T  18412536 gcatcccgagtccaaa 18412551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 294 - 596
Target Start/End: Original strand, 21987498 - 21987813
Alignment:
Q  294 accattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgcttaattatggtgcaataacctagactatcaaacatg 393  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||     
T  21987498 accattcattttagatcctttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatt 21987597  T
Q  394 cttagcgaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaaacatctttagacgaacgttgcccatgc 493  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21987598 cttagggaaattaaatttcgtttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaaacatctttagacgaacgttgcccatgc 21987697  T
Q  494 cttggactttgcatgctttattatttcc-------------cctccttcttttagaaccaaagtcccaaaatattccttcctaggacacatgtgataaga 580  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||             ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21987698 cttggactttgcacgctttgttatttccgagtcgaacaactcctccttcttttagagccaaagtctcaaaatattccttcctaggacacatgtgataaga 21987797  T
Q  581 gcatcccgagtccaaa 596  Q
    |||||| |||||||||    
T  21987798 gcatcctgagtccaaa 21987813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 294 - 596
Target Start/End: Original strand, 49090266 - 49090582
Alignment:
Q  294 accattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgcttaattatggtgcaataacctagactatcaaacatg 393  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||    
T  49090266 accattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgcttaattctagtgcaataacctagactatcaaacatg 49090365  T
Q  394 cttagcgaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaaacatctttagacgaacgttgcccatgc 493  Q
    ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49090366 cttaaggaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacagccatcaaacatctttagacgaacgttgcccatgc 49090465  T
Q  494 cttggactttgcatgc-tttattatttcc-------------cctccttcttttagaaccaaagtcccaaaatattccttcctaggacacatgtgataag 579  Q
    ||||||||||||| || ||| ||||||||             ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||    
T  49090466 cttggactttgcacgctttttttatttccgagtcgagcaactcctccttcttttagagccaaagtctcaaaatattccttcctaagacacatgtgatcag 49090565  T
Q  580 agcatcccgagtccaaa 596  Q
    |||||||||||||||||    
T  49090566 agcatcccgagtccaaa 49090582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 294 - 596
Target Start/End: Original strand, 21644615 - 21644930
Alignment:
Q  294 accattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgcttaattatggtgcaataacctagactatcaaacatg 393  Q
    |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||    
T  21644615 accattcattttagacccctcaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatg 21644714  T
Q  394 cttagcgaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaaacatctttagacgaacgttgcccatgc 493  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21644715 cttagggaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaaacatctttagacgaacgttgcccatgc 21644814  T
Q  494 cttggactttgcatgctttattatttcc-------------cctccttcttttagaaccaaagtcccaaaatattccttcctaggacacatgtgataaga 580  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||             |||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  21644815 cttggactttgcaagctttgttatttccgagtcgaacaactcctccttcttttagagtcaaagtctcaaaatattcctttctaggacacatgtggtaaga 21644914  T
Q  581 gcatcccgagtccaaa 596  Q
    ||||||||||||||||    
T  21644915 gcatcccgagtccaaa 21644930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 294 - 596
Target Start/End: Complemental strand, 9186654 - 9186339
Alignment:
Q  294 accattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgcttaattatggtgcaataacctagactatcaaacatg 393  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||| |||||||||||||    
T  9186654 accattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgctcaattctagtgcaataacctatactatcaaacatg 9186555  T
Q  394 cttagcgaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaaacatctttagacgaacgttgcccatgc 493  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  9186554 cttagggaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacttcacatcctttaaaaggaattcacggccatcaaacatctttagacgaacgatgcccatgc 9186455  T
Q  494 cttggactttgcatgctttattatttcc-------------cctccttcttttagaaccaaagtcccaaaatattccttcctaggacacatgtgataaga 580  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||             ||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  9186454 cttggactttgcacgctttgttatttccgagtcaaacaactcctccttcttttagagccaaagtctcaaaatatttctttctaggacacatgtgataaga 9186355  T
Q  581 gcatcccgagtccaaa 596  Q
    ||||||||||||||||    
T  9186354 gcatcccgagtccaaa 9186339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 294 - 596
Target Start/End: Original strand, 16883505 - 16883820
Alignment:
Q  294 accattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgcttaattatggtgcaataacctagactatcaaacatg 393  Q
    |||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| | ||||||||||||||| |||||||||||    
T  16883505 accattcattctagacccctttaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgctctattctagtgcaataacctagattatcaaacatg 16883604  T
Q  394 cttagcgaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaaacatctttagacgaacgttgcccatgc 493  Q
    ||||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16883605 cttatggaaattaaatttcgcttaagttcgggaacatacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaaacatctttagacgaacgttgcccatgc 16883704  T
Q  494 cttggactttgcatgctttattatttcc-------------cctccttcttttagaaccaaagtcccaaaatattccttcctaggacacatgtgataaga 580  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||             |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||| | ||||||||||||    
T  16883705 cttggactttgcaagctttgttatttccgagtcgaacaactcctccttcttttagaatcaaagtctcaaaatattcctttctagggctcatgtgataaga 16883804  T
Q  581 gcatcccgagtccaaa 596  Q
    ||||||||||||||||    
T  16883805 gcatcccgagtccaaa 16883820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 294 - 596
Target Start/End: Complemental strand, 24262832 - 24262517
Alignment:
Q  294 accattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgcttaattatggtgcaataacctagactatcaaacatg 393  Q
    |||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| | ||||||||||||||| |||||||||||    
T  24262832 accattcattctagacccctttaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgctctattctagtgcaataacctagattatcaaacatg 24262733  T
Q  394 cttagcgaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaaacatctttagacgaacgttgcccatgc 493  Q
    ||||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24262732 cttatggaaattaaatttcgcttaagttcgggaacatacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaaacatctttagacgaacgttgcccatgc 24262633  T
Q  494 cttggactttgcatgctttattatttcc-------------cctccttcttttagaaccaaagtcccaaaatattccttcctaggacacatgtgataaga 580  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||             |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||| | ||||||||||||    
T  24262632 cttggactttgcaagctttgttatttccgagtcgaacaactcctccttcttttagaatcaaagtctcaaaatattcctttctagggctcatgtgataaga 24262533  T
Q  581 gcatcccgagtccaaa 596  Q
    ||||||||||||||||    
T  24262532 gcatcccgagtccaaa 24262517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 294 - 596
Target Start/End: Complemental strand, 5818694 - 5818380
Alignment:
Q  294 accattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgcttaattatggtgcaataacctagactatcaaacatg 393  Q
    ||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||| ||||| |||||| |||||| ||||||| |||| | ||||||||||||| |||||| ||||||    
T  5818694 accattcatcttagaccctttaactgtaatgaatgcatcatgcaaaatttgacaaactccatgctcaattttagtgcaataacctatactatctaacatg 5818595  T
Q  394 cttagcgaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaaacatctttagacgaacgttgcccatgc 493  Q
    |||||  ||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  5818594 cttaggaaaattaaatttcgttcaagttcgggaacaaacgtcacatccgttagaaggaattcacgaccatcaaacatctttagacgaacgtttcccatgc 5818495  T
Q  494 cttggactttgcatgctttattatttcc-------------cctccttcttttagaaccaaagtcccaaaatattccttcctaggacacatgtgataaga 580  Q
    ||||||||||||| | ||| ||||||||             ||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| || |    
T  5818494 cttggactttgcaagttttgttatttccgagtcgaacaactcctccttcttttagagccaaagtctcaaaatatttcttcctaggacacatgtga-aaaa 5818396  T
Q  581 gcatcccgagtccaaa 596  Q
     || ||||||||||||    
T  5818395 acaccccgagtccaaa 5818380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 522 - 596
Target Start/End: Original strand, 12405156 - 12405230
Alignment:
Q  522 cctccttcttttagaaccaaagtcccaaaatattccttcctaggacacatgtgataagagcatcccgagtccaaa 596  Q
    |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12405156 cctccttcttttagaatcaaagtctcaaaatattcctttctaggacacatgtgataagagcatcccgagtccaaa 12405230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 301 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 7071597 - 7071419
Alignment:
Q  301 attttagaccctttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgcttaattatggtgcaataacctagactatcaaacatgcttagcg 400  Q
    ||||||||||||||| || ||| |||||||||||| |||||| |    || ||| | | |||| | |||||||| ||||||| ||||||||||||||  |    
T  7071597 attttagaccctttagccataaccaatgcaccatgagaaattctcatcacaccacgttcaattctagtgcaatagcctagaccatcaaacatgcttatgg 7071498  T
Q  401 aaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaaacatctttagacg 479  Q
    | |||||||||| | ||||||| |||| | ||||| ||||| | |||||||| |||||  |||||||||| || |||||    
T  7071497 atattaaatttctcctaagttcaggaatatacctctcatccttcaaaaggaaatcacgatcatcaaacattttgagacg 7071419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 370 - 479
Target Start/End: Original strand, 44013234 - 44013343
Alignment:
Q  370 caataacctagactatcaaacatgcttagcgaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaaaca 469  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||  || |||||||||  ||||||||| |||| | ||||||||||| | |||||||| |||||| |||||||||    
T  44013234 caatatcctagaccatcaaacatgcttatagatattaaatttatcttaagttcaggaatatacctcacatccttcaaaaggaaatcacggtcatcaaaca 44013333  T
Q  470 tctttagacg 479  Q
    | || |||||    
T  44013334 ttttaagacg 44013343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 301 - 473
Target Start/End: Original strand, 3323422 - 3323594
Alignment:
Q  301 attttagaccctttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgcttaattatggtgcaataacctagactatcaaacatgcttagcg 400  Q
    |||| |||||||||| || ||| |||||||||||| |||||| |    || ||| | | |||| | |||||||| ||||||| ||||||||||||||  |    
T  3323422 atttcagaccctttagccataaccaatgcaccatgagaaattctcatcacaccacgttcaattctagtgcaatagcctagaccatcaaacatgcttatgg 3323521  T
Q  401 aaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaaacatctt 473  Q
    | |||||||||| | ||||||| |||| | ||||||||| | | |||||||| |||||  |||||||||||||    
T  3323522 atattaaatttctcctaagttcaggaatatacctcacattcttcaaaaggaaatcacgatcatcaaacatctt 3323594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 301 - 470
Target Start/End: Complemental strand, 25406960 - 25406791
Alignment:
Q  301 attttagaccctttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgcttaattatggtgcaataacctagactatcaaacatgcttagcg 400  Q
    |||| |||||||||| || ||| |||||||||||| |||||| |    || ||| | | |||| | |||||||| ||||||| ||||||||||||||  |    
T  25406960 atttcagaccctttagccataaccaatgcaccatgagaaattctcatcacaccacgttcaattctagtgcaatagcctagaccatcaaacatgcttatgg 25406861  T
Q  401 aaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaaacat 470  Q
    | |||||||||| | ||||||| |||| | ||||||||| | | |||||||| |||||  ||||||||||    
T  25406860 atattaaatttctcctaagttcaggaatatacctcacattcttcaaaaggaaatcacgatcatcaaacat 25406791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 367 - 470
Target Start/End: Complemental strand, 25352832 - 25352729
Alignment:
Q  367 gtgcaataacctagactatcaaacatgcttagcgaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaa 466  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||  || |||||||||| | ||||||| |||| | ||||||||| | | |||||||| |||||  ||||||    
T  25352832 gtgcaatagcctagaccatcaaacatgcttatggatattaaatttctcctaagttcaggaatatacctcacattcttcaaaaggaaatcacgatcatcaa 25352733  T
Q  467 acat 470  Q
    ||||    
T  25352732 acat 25352729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 256 - 293
Target Start/End: Complemental strand, 2249559 - 2249522
Alignment:
Q  256 aaagattccctcgttaggaagtttagtcgattgtcatt 293  Q
    |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  2249559 aaagattccctcgtaaggaagtttggtcgattgtcatt 2249522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 220; Significance: 1e-121; HSPs: 12)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 294 - 596
Target Start/End: Complemental strand, 18867179 - 18866864
Alignment:
Q  294 accattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgcttaattatggtgcaataacctagactatcaaacatg 393  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||| |||||||||||    
T  18867179 accattcattctagaccccttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgctcaattctagtgcaataacctagattatcaaacatg 18867080  T
Q  394 cttagcgaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaaacatctttagacgaacgttgcccatgc 493  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18867079 cttagggaaattaaattacgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaaacatctttagacgaacgttgcccatgc 18866980  T
Q  494 cttggactttgcatgctttattatttcc-------------cctccttcttttagaaccaaagtcccaaaatattccttcctaggacacatgtgataaga 580  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||             |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  18866979 cttggactttgcaagctttgttatttccgagtcgaacaactcctccttcttttagaatcaaagtctcaaaatattcctttctaggacacatgtgataaga 18866880  T
Q  581 gcatcccgagtccaaa 596  Q
    ||||||||||||||||    
T  18866879 gcatcccgagtccaaa 18866864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 208; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 294 - 596
Target Start/End: Complemental strand, 18856784 - 18856469
Alignment:
Q  294 accattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgcttaattatggtgcaataacctagactatcaaacatg 393  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||| ||||||||||     
T  18856784 accattcattctagaccccttaaccgtaatcaatgcaccatgcaaaattttacaaaccccatgctcaattctagtgcaataacctagattatcaaacata 18856685  T
Q  394 cttagcgaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaaacatctttagacgaacgttgcccatgc 493  Q
    | ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18856684 catagggaaattaaattacgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaaacatctttagacgaacgttgcccatgc 18856585  T
Q  494 cttggactttgcatgctttattatttcc-------------cctccttcttttagaaccaaagtcccaaaatattccttcctaggacacatgtgataaga 580  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||             |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  18856584 cttggactttgcaagctttgttatttccgagtcgaacaactcctccttcttttagaatcaaagtctcaaaatattcctttctaggacacatgtgataaga 18856485  T
Q  581 gcatcccgagtccaaa 596  Q
    ||||||||||||||||    
T  18856484 gcatcccgagtccaaa 18856469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 294 - 596
Target Start/End: Original strand, 35743967 - 35744283
Alignment:
Q  294 accattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgcttaattatggtgcaataacctagactatcaaacatg 393  Q
    |||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| | ||||||||||||||| |||||||||||    
T  35743967 accattcattctagaccccttaatcgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgctctattctagtgcaataacctagattatcaaacatg 35744066  T
Q  394 cttagcgaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaaacatctttagacgaacgttgcccatgc 493  Q
    ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35744067 cttatggaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaaacatctttagacgaacgttgcccatgc 35744166  T
Q  494 cttggactttgcatgctttattatttc--------------ccctccttcttttagaaccaaagtcccaaaatattccttcctaggacacatgtgataag 579  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||              || |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| |    
T  35744167 cttggactttgcaagctttgttatttccgagtcgaacaactccttccttcttttagaatcaaagtctcaaaatattcctttctaggacacatgtgatatg 35744266  T
Q  580 agcatcccgagtccaaa 596  Q
    |||||||||||||||||    
T  35744267 agcatcccgagtccaaa 35744283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 294 - 596
Target Start/End: Complemental strand, 10685773 - 10685458
Alignment:
Q  294 accattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgcttaattatggtgcaataacctagactatcaaacatg 393  Q
    |||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| | ||||||||||||||| |||||||||||    
T  10685773 accattcattctagacccctttaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgctctattctagtgcaataacctagattatcaaacatg 10685674  T
Q  394 cttagcgaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaaacatctttagacgaacgttgcccatgc 493  Q
    ||||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10685673 cttatggaaattaaatttcgcttaagttcgggaacatacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaaacatctttagacgaacgttgcccatgc 10685574  T
Q  494 cttggactttgcatgctttattatttcc-------------cctccttcttttagaaccaaagtcccaaaatattccttcctaggacacatgtgataaga 580  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||             |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||| | ||||||||||||    
T  10685573 cttggactttgcaagctttgttatttccgagtcgaacaactcctccttcttttagaatcaaagtctcaaaatattcctttctagggctcatgtgataaga 10685474  T
Q  581 gcatcccgagtccaaa 596  Q
    ||||||||||||||||    
T  10685473 gcatcccgagtccaaa 10685458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 294 - 596
Target Start/End: Original strand, 26299928 - 26300243
Alignment:
Q  294 accattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgcttaattatggtgcaataacctagactatcaaacatg 393  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||| | |||||||||||||||||||||||||||    
T  26299928 accattcattttagaccccttaaccgtaatcaatgcaccatacgaaattttacaaaccccatgttcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatg 26300027  T
Q  394 cttagcgaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaaacatctttagacgaacgttgcccatgc 493  Q
     |||  ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  26300028 gttatggaaattaaattacgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaaacatctttacacgaacgttgcccatgc 26300127  T
Q  494 cttggactttgcatgctttattatttcc-------------cctccttcttttagaaccaaagtcccaaaatattccttcctaggacacatgtgataaga 580  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||             |||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  26300128 cttggactttgcaagctttgttatttccgagtcgaacaactcctccttcttttagagtcaaagtctcaaaatattcctttctatgacacatgtgataaga 26300227  T
Q  581 gcatcccgagtccaaa 596  Q
    ||||||| ||||||||    
T  26300228 gcatcccaagtccaaa 26300243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 61; E-Value: 7e-26
Query Start/End: Original strand, 524 - 596
Target Start/End: Complemental strand, 23800784 - 23800712
Alignment:
Q  524 tccttcttttagaaccaaagtcccaaaatattccttcctaggacacatgtgataagagcatcccgagtccaaa 596  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  23800784 tccttcttttagaaccaaagtctcaaaatattccttcctaagacacatgtgataagagcatcccgagttcaaa 23800712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 370 - 518
Target Start/End: Complemental strand, 15946140 - 15945992
Alignment:
Q  370 caataacctagactatcaaacatgcttagcgaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaaaca 469  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||  || |||||||||| ||||||||  |||| | ||||||||| | | |||||||| |||||| |||||||||    
T  15946140 caataacctagaccatcaaacatgcttatagatattaaatttctcttaagtttaggaatatacctcacattcttcaaaaggaaatcacggtcatcaaaca 15946041  T
Q  470 tctttagacgaacgttgcccatgccttggactttgcatgctttattatt 518  Q
    | || ||| | | | ||||||  ||||| | |||||| |||||||||||    
T  15946040 ttttgagatggatggtgcccaaaccttgaattttgcaagctttattatt 15945992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 301 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 28892310 - 28892132
Alignment:
Q  301 attttagaccctttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgcttaattatggtgcaataacctagactatcaaacatgcttagcg 400  Q
    ||||||||||||||| |  ||| |||||||||||| |||||| |    || ||| | | |||| | |||||||| ||||||| ||||||||||||||  |    
T  28892310 attttagaccctttagctataaccaatgcaccatgagaaattctcatcacaccacgttcaattctagtgcaatagcctagaccatcaaacatgcttatgg 28892211  T
Q  401 aaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaaacatctttagacg 479  Q
    | |||||||||| | ||||||| |||| | ||||||||||| | |||||||| |||||  |||||||||| || |||||    
T  28892210 atattaaatttctcctaagttcaggaatatacctcacatccttcaaaaggaaatcacgatcatcaaacattttgagacg 28892132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 367 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 21038910 - 21038798
Alignment:
Q  367 gtgcaataacctagactatcaaacatgcttagcgaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaa 466  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||  || ||||||||| || ||||||| |||| | ||||||||||| | |||||||| ||| || ||||||    
T  21038910 gtgcaatagcctagaccatcaaacatgcttatagatattaaattttgcctaagttcaggaatatacctcacatccttcaaaaggaaatcatggtcatcaa 21038811  T
Q  467 acatctttagacg 479  Q
    |||| || |||||    
T  21038810 acattttgagacg 21038798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 367 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 33034121 - 33034009
Alignment:
Q  367 gtgcaataacctagactatcaaacatgcttagcgaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaa 466  Q
    |||||| | ||||||| ||||||||||||||  || |||||||||| ||||||||| |||| | |||||||| || | |||||||| |||||| ||| ||    
T  33034121 gtgcaaaatcctagaccatcaaacatgcttatagatattaaatttctcttaagttcaggaatatacctcacacccttcaaaaggaaatcacggtcattaa 33034022  T
Q  467 acatctttagacg 479  Q
    |||| || |||||    
T  33034021 acattttgagacg 33034009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 367 - 470
Target Start/End: Original strand, 16755961 - 16756064
Alignment:
Q  367 gtgcaataacctagactatcaaacatgcttagcgaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaa 466  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||  || |||||||||| | ||||||| |||| | ||||||||| | | |||||||| |||||  ||||||    
T  16755961 gtgcaatagcctagaccatcaaacatgcttatggatattaaatttctcctaagttcaggaatatacctcacattcttcaaaaggaaatcacgatcatcaa 16756060  T
Q  467 acat 470  Q
    ||||    
T  16756061 acat 16756064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 377 - 470
Target Start/End: Complemental strand, 28329378 - 28329285
Alignment:
Q  377 ctagactatcaaacatgcttagcgaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaaacat 470  Q
    |||||| ||||||||||||||  || |||||||||| ||||||||| |||| | ||||||||| | | |||||||| |||||  ||||||||||    
T  28329378 ctagaccatcaaacatgcttatggatattaaatttctcttaagttcaggaatatacctcacattcttcaaaaggaaatcacgatcatcaaacat 28329285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 216; Significance: 1e-118; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 294 - 596
Target Start/End: Complemental strand, 9225913 - 9225598
Alignment:
Q  294 accattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgcttaattatggtgcaataacctagactatcaaacatg 393  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| | ||||||||||||||| |||||||||||    
T  9225913 accattcattctagaccccttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgctctattctagtgcaataacctagattatcaaacatg 9225814  T
Q  394 cttagcgaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaaacatctttagacgaacgttgcccatgc 493  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9225813 cttagggaaattaaattacgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaaacatctttagacgaacgttgcccatgc 9225714  T
Q  494 cttggactttgcatgctttattatttcc-------------cctccttcttttagaaccaaagtcccaaaatattccttcctaggacacatgtgataaga 580  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||             |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  9225713 cttggactttgcaagctttgttatttccgagtcaaacaactcctccttcttttagaatcaaagtctcaaaatattcctttctaggacacatgtgataaga 9225614  T
Q  581 gcatcccgagtccaaa 596  Q
    ||||||||||||||||    
T  9225613 gcatcccgagtccaaa 9225598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 208; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 294 - 596
Target Start/End: Complemental strand, 16625502 - 16625187
Alignment:
Q  294 accattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgcttaattatggtgcaataacctagactatcaaacatg 393  Q
    |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||    
T  16625502 accattcattttagactctttaatcgtaatcaatgcaccatgcgaaactttacaaacctcatgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatg 16625403  T
Q  394 cttagcgaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaaacatctttagacgaacgttgcccatgc 493  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16625402 cttagggaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcaaatcccttaaaataaattcacggtcatcaaacatctttagacgaacgttgcccatgc 16625303  T
Q  494 cttggactttgcatgctttattatttcc-------------cctccttcttttagaaccaaagtcccaaaatattccttcctaggacacatgtgataaga 580  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||             ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16625302 cttggactttgcacgctttgttatttccgattcgaacaactcctccttcttttagagccaaagtctcaaaatattccttcctaggacacatgtgataaga 16625203  T
Q  581 gcatcccgagtccaaa 596  Q
    ||||||||||||||||    
T  16625202 gcatcccgagtccaaa 16625187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 155; E-Value: 6e-82
Query Start/End: Original strand, 294 - 596
Target Start/End: Original strand, 5146484 - 5146794
Alignment:
Q  294 accattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgcttaattatggtgcaataacctagactatcaaacatg 393  Q
    |||||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||    
T  5146484 accattcattttagaccct--aaccgtaatcaatgcatcatgctcaattttacaaaccccatgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatg 5146581  T
Q  394 cttagcgaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaaacatctttagacgaacgttgcccatgc 493  Q
    ||||| |||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||    
T  5146582 cttagggaaattaaattttgcttaagtgcgggaaccaacctcacatcccttaaaaggatttcacggccatcaaacatctttatacgaacgttgctcgtgc 5146681  T
Q  494 cttggactttgcatgctttattatttcc-------------cctccttcttttagaaccaaagtcccaaaatattccttcctaggacacatgtgataaga 580  Q
    |||||||||||||  |||| ||||||||             |||||||  |||||| |||||    |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  5146682 cttggactttgcacactttgttatttccgagtcgaacaactcctccttaatttagagccaaa---tcaaaatattccttcctaggacacatgcgataaga 5146778  T
Q  581 gcatcccgagtccaaa 596  Q
    |||||| |||||||||    
T  5146779 gcatcctgagtccaaa 5146794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 301 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 15313864 - 15313686
Alignment:
Q  301 attttagaccctttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgcttaattatggtgcaataacctagactatcaaacatgcttagcg 400  Q
    ||||||||||||||| |  ||| |||||||||||| |||||| |    || ||| | | |||| | |||||||| ||||||| ||||||||||||||  |    
T  15313864 attttagaccctttagctataaccaatgcaccatgagaaattctcatcacaccacgttcaattctagtgcaatagcctagaccatcaaacatgcttatag 15313765  T
Q  401 aaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaaacatctttagacg 479  Q
    | |||||||||| | ||||||| |||| | ||||||||||| | |||||||| |||||| |||||||||| || |||||    
T  15313764 atattaaatttctcctaagttcaggaatatacctcacatccttcaaaaggaaatcacggtcatcaaacattttgagacg 15313686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 370 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 4559682 - 4559573
Alignment:
Q  370 caataacctagactatcaaacatgcttagcgaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaaaca 469  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||  || |||||||||| ||||||||| |||| | ||||||||||| | |||||||| |||||| |||||||||    
T  4559682 caataccctagaccatcaaacatgcttatagatattaaatttctcttaagttcaggaatatacctcacatccttcaaaaggaaatcacggtcatcaaaca 4559583  T
Q  470 tctttagacg 479  Q
    | || |||||    
T  4559582 ttttgagacg 4559573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0197 (Bit Score: 212; Significance: 1e-116; HSPs: 1)
Name: scaffold0197
Description:

Target: scaffold0197; HSP #1
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 294 - 596
Target Start/End: Complemental strand, 15818 - 15503
Alignment:
Q  294 accattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgcttaattatggtgcaataacctagactatcaaacatg 393  Q
    |||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| | ||||||||||||||| |||||||||||    
T  15818 accattcattctagacccctttaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgctctattctagtgcaataacctagattatcaaacatg 15719  T
Q  394 cttagcgaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaaacatctttagacgaacgttgcccatgc 493  Q
    ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15718 cttatggaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaaacatctttagacgaacgttgcccatgc 15619  T
Q  494 cttggactttgcatgctttattatttcc-------------cctccttcttttagaaccaaagtcccaaaatattccttcctaggacacatgtgataaga 580  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||             |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  15618 cttggactttgcaagctttgttatttccgagtcgaacaactcctccttcttttagaatcaaagtctcaaaatattcctttctaggacacatgtgataaga 15519  T
Q  581 gcatcccgagtccaaa 596  Q
    ||||||||||||||||    
T  15518 gcatcccgagtccaaa 15503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 212; Significance: 1e-116; HSPs: 18)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 294 - 596
Target Start/End: Original strand, 16262940 - 16263255
Alignment:
Q  294 accattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgcttaattatggtgcaataacctagactatcaaacatg 393  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||| | |||||||||||||||||||||||||||    
T  16262940 accattcattttagaccctttaatcgttatcaatgcaccattcgaaattttacaaaccccatgccaaattttagtgcaataacctagactatcaaacatg 16263039  T
Q  394 cttagcgaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaaacatctttagacgaacgttgcccatgc 493  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16263040 cttagggaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaaacatctttagacgaacgttgcccatgc 16263139  T
Q  494 cttggactttgcatgctttattattt-------------cccctccttcttttagaaccaaagtcccaaaatattccttcctaggacacatgtgataaga 580  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||             | ||||||| ||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  16263140 cttggactttgcacgctttgttatttctgagtcgaacaactcctccttattttagagccaaagtctcaaaatatttcttcctaggacacatgtgataaga 16263239  T
Q  581 gcatcccgagtccaaa 596  Q
    ||||||||||||||||    
T  16263240 gcatcccgagtccaaa 16263255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 294 - 595
Target Start/End: Complemental strand, 3325045 - 3324731
Alignment:
Q  294 accattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgcttaattatggtgcaataacctagactatcaaacatg 393  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||| | || |||||||||| |||||||||||||    
T  3325045 accattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcaccatgtgagattttacaaaccccatgctcaattctagtacaataacctatactatcaaacatg 3324946  T
Q  394 cttagcgaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaaacatctttagacgaacgttgcccatgc 493  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  3324945 cttagggaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcctttaaaaggaattcacggccatcaaacatctttagacgaacggtgcccatgc 3324846  T
Q  494 cttggactttgcatgctttattatttcc-------------cctccttcttttagaaccaaagtcccaaaatattccttcctaggacacatgtgataaga 580  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||||             ||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  3324845 cttgggctttgcatgcttttttatttccgagtcaaacaactcctccttcttttagagccaaagtatcaaaatattccttcctaggacacatgtaataaga 3324746  T
Q  581 gcatcccgagtccaa 595  Q
    |||||||||||||||    
T  3324745 gcatcccgagtccaa 3324731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 294 - 596
Target Start/End: Complemental strand, 2673729 - 2673414
Alignment:
Q  294 accattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgcttaattatggtgcaataacctagactatcaaacatg 393  Q
    |||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| | ||||||||||||||| |||||||||||    
T  2673729 accattcattctagacccctttaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgctctattctagtgcaataacctagattatcaaacatg 2673630  T
Q  394 cttagcgaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaaacatctttagacgaacgttgcccatgc 493  Q
    ||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2673629 cttatggaaattaaatttcgcttaagttcgggaaaaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaaacatctttagacgaacgttgcccatgc 2673530  T
Q  494 cttggactttgcatgctttattatttcc-------------cctccttcttttagaaccaaagtcccaaaatattccttcctaggacacatgtgataaga 580  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||             |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||| | ||||||||||||    
T  2673529 cttggactttgcaagctttgttatttccgagtcgaacaactcctccttcttttagaatcaaagtctcaaaatattcctttctagggctcatgtgataaga 2673430  T
Q  581 gcatcccgagtccaaa 596  Q
    ||||||||||||||||    
T  2673429 gcatcccgagtccaaa 2673414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 294 - 596
Target Start/End: Complemental strand, 28490682 - 28490367
Alignment:
Q  294 accattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgcttaattatggtgcaataacctagactatcaaacatg 393  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| | ||||||||||||||| |||||||||||    
T  28490682 accattcattctagaccccttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgctctattctagtgcaataacctagattatcaaacatg 28490583  T
Q  394 cttagcgaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaaacatctttagacgaacgttgcccatgc 493  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  28490582 cttagggaaattaaattacgcttaagttcgggaaaaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaaacatctttagacgaacgttgcccatac 28490483  T
Q  494 cttggactttgcatgctttattatttcc-------------cctccttcttttagaaccaaagtcccaaaatattccttcctaggacacatgtgataaga 580  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||             ||||||||||| |||| ||||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  28490482 cttggactttgcaagctttgttatttccaagtcgaacaactcctccttctttaagaatcaaagtctcaaaatattcatttctaggacacatgtgataaga 28490383  T
Q  581 gcatcccgagtccaaa 596  Q
    ||||||||||||||||    
T  28490382 gcatcccgagtccaaa 28490367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 294 - 596
Target Start/End: Original strand, 32478918 - 32479233
Alignment:
Q  294 accattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgcttaattatggtgcaataacctagactatcaaacatg 393  Q
    |||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| | ||||||||||||||| |||||||||||    
T  32478918 accattcattctagacccctttaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgctctattctagtgcaataacctagattatcaaacatg 32479017  T
Q  394 cttagcgaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaaacatctttagacgaacgttgcccatgc 493  Q
    ||||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32479018 cttatggaaattaaatttcgcttaagttcgggaacatacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaaacatctttagacgaacgttgcccatgc 32479117  T
Q  494 cttggactttgcatgctttattatttcc-------------cctccttcttttagaaccaaagtcccaaaatattccttcctaggacacatgtgataaga 580  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||             |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||| | ||||||||||||    
T  32479118 cttggactttgcaagctttgttatttccgagtcgaacaactcctccttcttttagaatcaaagtctcaaaatattcctttctagggctcatgtgataaga 32479217  T
Q  581 gcatcccgagtccaaa 596  Q
    ||||||||||||||||    
T  32479218 gcatcccgagtccaaa 32479233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 294 - 596
Target Start/End: Original strand, 8515672 - 8515987
Alignment:
Q  294 accattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgcttaattatggtgcaataacctagactatcaaacatg 393  Q
    |||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| | ||||||||||||||| |||||||||||    
T  8515672 accattcattctagacccctttaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgctctattctagtgcaataacctagattatcaaacatg 8515771  T
Q  394 cttagcgaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaaacatctttagacgaacgttgcccatgc 493  Q
    ||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  8515772 cttatggaaattaaatttcgcttaagttcgggaacatacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaaacatctttagacgaacgtttcccatgc 8515871  T
Q  494 cttggactttgcatgctttattatttcc-------------cctccttcttttagaaccaaagtcccaaaatattccttcctaggacacatgtgataaga 580  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||             |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||| | ||||||||||||    
T  8515872 cttggactttgcaagctttgttatttccgagtcgaacaactcctccttcttttagaatcaaagtctcaaaatattcctttctagggctcatgtgataaga 8515971  T
Q  581 gcatcccgagtccaaa 596  Q
    ||||||||||||||||    
T  8515972 gcatcccgagtccaaa 8515987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 176; E-Value: 2e-94
Query Start/End: Original strand, 294 - 596
Target Start/End: Complemental strand, 9603356 - 9603041
Alignment:
Q  294 accattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgcttaattatggtgcaataacctagactatcaaacatg 393  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||    
T  9603356 accattcattttagaccatttaaccataatcaatgcaccatgtgaaattttacaaaccccatgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatg 9603257  T
Q  394 cttagcgaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaaacatctttagacgaacgttgcccatgc 493  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||| ||||||    
T  9603256 cttagggaaattaaatttcgcttaagtttgggagcaaacctcacatcctttaaaaggaattcacggccatcaaacatctatagacgaatattgtccatgc 9603157  T
Q  494 cttggactttgcatgctttattattt-------------cccctccttcttttagaaccaaagtcccaaaatattccttcctaggacacatgtgataaga 580  Q
     |||||||||||| ||||| ||||||             |  |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  9603156 tttggactttgcacgctttgttatttctgagtcgaacaacttctccttctcttagagccaaagtctcaaaatattcctttctaggacacatatgataaga 9603057  T
Q  581 gcatcccgagtccaaa 596  Q
    ||||||||||||||||    
T  9603056 gcatcccgagtccaaa 9603041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 172; E-Value: 4e-92
Query Start/End: Original strand, 294 - 505
Target Start/End: Original strand, 1309449 - 1309660
Alignment:
Q  294 accattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgcttaattatggtgcaataacctagactatcaaacatg 393  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| | |||||||||||||| ||||||||||||    
T  1309449 accattcattttagatcccttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaatcccatgctcaattctagtgcaataacctaggctatcaaacatg 1309548  T
Q  394 cttagcgaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaaacatctttagacgaacgttgcccatgc 493  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1309549 cttagggaaattaaattacgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaaacatctttagacgaacgttgcccatgc 1309648  T
Q  494 cttggactttgc 505  Q
    ||||||| ||||    
T  1309649 cttggacgttgc 1309660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 301 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 10898551 - 10898373
Alignment:
Q  301 attttagaccctttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgcttaattatggtgcaataacctagactatcaaacatgcttagcg 400  Q
    ||||||||||||||| |  ||| |||||||||||| |||||| |    || ||| | | |||| | |||||||| ||||||| ||||||||||||||  |    
T  10898551 attttagaccctttagctataaccaatgcaccatgagaaattctcatcacaccacgttcaattctagtgcaatagcctagaccatcaaacatgcttatgg 10898452  T
Q  401 aaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaaacatctttagacg 479  Q
    | |||||||||| | ||||||| |||| | ||||||||||| | |||||||| |||||  |||||||||| || |||||    
T  10898451 atattaaatttctcctaagttcaggaatatacctcacatccttcaaaaggaaatcacgatcatcaaacattttgagacg 10898373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 301 - 479
Target Start/End: Original strand, 22624614 - 22624792
Alignment:
Q  301 attttagaccctttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgcttaattatggtgcaataacctagactatcaaacatgcttagcg 400  Q
    ||||||||||||||| |  ||| |||||||||||| |||||| |    || ||| | | |||| | |||||||| ||||||| ||||||||||||||  |    
T  22624614 attttagaccctttagctataaccaatgcaccatgagaaattctcatcacaccacgttcaattctagtgcaatagcctagaccatcaaacatgcttatgg 22624713  T
Q  401 aaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaaacatctttagacg 479  Q
    | |||||||||| | ||||||| |||| | ||||||||||| | |||||||| |||||  |||||||||| || |||||    
T  22624714 atattaaatttctcctaagttcaggaatatacctcacatccttcaaaaggaaatcacgatcatcaaacattttgagacg 22624792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 301 - 479
Target Start/End: Original strand, 29912590 - 29912768
Alignment:
Q  301 attttagaccctttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgcttaattatggtgcaataacctagactatcaaacatgcttagcg 400  Q
    ||||||||||||||| |  |||||||||||||||| |||||| |    || ||| | | |||| | |||||||| ||||||| ||||||||||||||  |    
T  29912590 attttagaccctttagctataatcaatgcaccatgagaaattctcatcacaccacgttcaattctagtgcaatagcctagaccatcaaacatgcttatgg 29912689  T
Q  401 aaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaaacatctttagacg 479  Q
    | |||||||||| | ||||||  |||| | ||||||||||| | |||||||| |||||  |||||||||| || |||||    
T  29912690 atattaaatttctcctaagtttaggaatatacctcacatccttcaaaaggaaatcacgatcatcaaacattttgagacg 29912768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 301 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 54190054 - 54189876
Alignment:
Q  301 attttagaccctttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgcttaattatggtgcaataacctagactatcaaacatgcttagcg 400  Q
    ||||||||||||||| |  ||| |||||||||||| |||||| |    || ||| | | |||| | |||||||| ||||||| ||||||||||||||  |    
T  54190054 attttagaccctttagctataaccaatgcaccatgagaaattctcatcacaccacgttcaattctagtgcaatagcctagaccatcaaacatgcttatgg 54189955  T
Q  401 aaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaaacatctttagacg 479  Q
    | |||||||||| | ||||||| |||| | ||||||||||| | |||||||| |||||  |||||||||| || |||||    
T  54189954 atattaaatttctcctaagttcaggaatatacctcacatccttcaaaaggaaatcacgatcatcaaacattttgagacg 54189876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 301 - 470
Target Start/End: Original strand, 10097441 - 10097610
Alignment:
Q  301 attttagaccctttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgcttaattatggtgcaataacctagactatcaaacatgcttagcg 400  Q
    ||||||||||||||| || ||| |||||||||||| |||||| |    || ||| | | |||| | |||||||| ||||||| ||||||||||||||  |    
T  10097441 attttagaccctttagccataaccaatgcaccatgagaaattctcatcacaccacgttcaattctagtgcaatagcctagaccatcaaacatgcttatgg 10097540  T
Q  401 aaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaaacat 470  Q
    | |||||||||| | ||||||| |||| | ||||||||| | | |||||||| |||||  ||||||||||    
T  10097541 atattaaatttctcctaagttcaggaatatacctcacattcttcaaaaggaaatcacgatcatcaaacat 10097610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 301 - 470
Target Start/End: Original strand, 10204326 - 10204495
Alignment:
Q  301 attttagaccctttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgcttaattatggtgcaataacctagactatcaaacatgcttagcg 400  Q
    ||||||||||||||| || ||| |||||||||||| |||||| |    || ||| | | |||| | |||||||| ||||||| ||||||||||||||  |    
T  10204326 attttagaccctttagccataaccaatgcaccatgagaaattctcatcacaccacgttcaattctagtgcaatagcctagaccatcaaacatgcttatgg 10204425  T
Q  401 aaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaaacat 470  Q
    | |||||||||| | ||||||| |||| | ||||||||| | | |||||||| |||||  ||||||||||    
T  10204426 atattaaatttctcctaagttcaggaatatacctcacattcttcaaaaggaaatcacgatcatcaaacat 10204495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 301 - 467
Target Start/End: Original strand, 10611412 - 10611578
Alignment:
Q  301 attttagaccctttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgcttaattatggtgcaataacctagactatcaaacatgcttagcg 400  Q
    ||||||||||||||| |  ||| |||||||||||| |||||| |    |  ||||| | |||| | |||||||| ||||||| ||||||||||||||  |    
T  10611412 attttagaccctttagctataaccaatgcaccatgagaaattctcatcataccatgttcaattctagtgcaatatcctagaccatcaaacatgcttatag 10611511  T
Q  401 aaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaaa 467  Q
    | |||||||||| ||| ||||| |||| | |||||| |||| | |||||||| |||||| |||||||    
T  10611512 atattaaatttctcttcagttcaggaatatacctcatatccttcaaaaggaaatcacgggcatcaaa 10611578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 367 - 470
Target Start/End: Complemental strand, 6304791 - 6304688
Alignment:
Q  367 gtgcaataacctagactatcaaacatgcttagcgaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaa 466  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||  || |||||||||| | ||||||| |||| | ||||||||| | | |||||||| |||||  ||||||    
T  6304791 gtgcaatagcctagaccatcaaacatgcttatggatattaaatttctcctaagttcaggaatatacctcacattcttcaaaaggaaatcacgatcatcaa 6304692  T
Q  467 acat 470  Q
    ||||    
T  6304691 acat 6304688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 301 - 470
Target Start/End: Complemental strand, 16459011 - 16458842
Alignment:
Q  301 attttagaccctttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgcttaattatggtgcaataacctagactatcaaacatgcttagcg 400  Q
    ||||||||||||||| |  ||| |||||||||||| |||||| |    || ||| | | |||| | |||||||| ||||||  ||||||||||||||  |    
T  16459011 attttagaccctttagctataaccaatgcaccatgagaaattctcatcacaccacgttcaattctagtgcaatagcctagatcatcaaacatgcttatgg 16458912  T
Q  401 aaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaaacat 470  Q
    | |||||||||| | ||||||| |||| | || |||||||| | |||||||| |||||  ||||||||||    
T  16458911 atattaaatttctcctaagttcaggaatatacttcacatccttcaaaaggaaatcacgatcatcaaacat 16458842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 370 - 479
Target Start/End: Original strand, 47881592 - 47881701
Alignment:
Q  370 caataacctagactatcaaacatgcttagcgaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaaaca 469  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||  || ||||||||||  |||||||| |||| | ||||| ||||| | ||||| || ||| || |||||||||    
T  47881592 caatatcctagaccatcaaacatgcttatagatattaaatttcttttaagttcaggaatatacctcgcatccttcaaaagcaaatcaaggtcatcaaaca 47881691  T
Q  470 tctttagacg 479  Q
    | || |||||    
T  47881692 ttttgagacg 47881701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 208; Significance: 1e-113; HSPs: 12)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 208; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 294 - 596
Target Start/End: Original strand, 27448400 - 27448715
Alignment:
Q  294 accattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgcttaattatggtgcaataacctagactatcaaacatg 393  Q
    |||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| | ||||||||||||||| |||||||||||    
T  27448400 accattcattctataccccttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgctctattctagtgcaataacctagattatcaaacatg 27448499  T
Q  394 cttagcgaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaaacatctttagacgaacgttgcccatgc 493  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27448500 cttagggaaattaaattacgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaaacatctttagacgaacgttgcccatgc 27448599  T
Q  494 cttggactttgcatgctttattatttcc-------------cctccttcttttagaaccaaagtcccaaaatattccttcctaggacacatgtgataaga 580  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||             |||||||||||||||| ||||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  27448600 cttggactttgcaagctttgttatttccgagtcgaacaactcctccttcttttagaatcaaagtctcaaaatattcatttctaggacacatgtgataaga 27448699  T
Q  581 gcatcccgagtccaaa 596  Q
    ||||||||||||||||    
T  27448700 gcatcccgagtccaaa 27448715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 294 - 596
Target Start/End: Original strand, 43595699 - 43596014
Alignment:
Q  294 accattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgcttaattatggtgcaataacctagactatcaaacatg 393  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| | ||||||||||||||| |||||||||||    
T  43595699 accattcattctagaccccttaaccgtaatcagtgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgctctattctagtgcaataacctagattatcaaacatg 43595798  T
Q  394 cttagcgaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaaacatctttagacgaacgttgcccatgc 493  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  43595799 cttagggaaattaaattacgcttaagttcgggaacaaaccttacatcccttaaaaggaattcacggccatcaaacatatttagacgaacgttgcccatgc 43595898  T
Q  494 cttggactttgcatgctttattatttcc-------------cctccttcttttagaaccaaagtcccaaaatattccttcctaggacacatgtgataaga 580  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||             |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  43595899 cttggactttgcaagctttgttatttccgagtcgaacaactcctccttcttttagaatcaaagtctcaaaatattcctttctaggacacatgtgataaga 43595998  T
Q  581 gcatcccgagtccaaa 596  Q
    ||||||||||||||||    
T  43595999 gcatcccgagtccaaa 43596014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 294 - 596
Target Start/End: Original strand, 43628493 - 43628808
Alignment:
Q  294 accattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgcttaattatggtgcaataacctagactatcaaacatg 393  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| | ||||||||||||||| |||||||||||    
T  43628493 accattcattctagaccccttaaccgtaatcagtgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgctctattctagtgcaataacctagattatcaaacatg 43628592  T
Q  394 cttagcgaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaaacatctttagacgaacgttgcccatgc 493  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  43628593 cttagggaaattaaattacgcttaagttcgggaacaaaccttacatcccttaaaaggaattcacggccatcaaacatatttagacgaacgttgcccatgc 43628692  T
Q  494 cttggactttgcatgctttattatttcc-------------cctccttcttttagaaccaaagtcccaaaatattccttcctaggacacatgtgataaga 580  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||             |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  43628693 cttggactttgcaagctttgttatttccgagtcgaacaactcctccttcttttagaatcaaagtctcaaaatattcctttctaggacacatgtgataaga 43628792  T
Q  581 gcatcccgagtccaaa 596  Q
    ||||||||||||||||    
T  43628793 gcatcccgagtccaaa 43628808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 294 - 596
Target Start/End: Complemental strand, 24557093 - 24556778
Alignment:
Q  294 accattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgcttaattatggtgcaataacctagactatcaaacatg 393  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||| |||| |||||||||||||    
T  24557093 accattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgctcaattctagtgcaatatcctaaactatcaaacatg 24556994  T
Q  394 cttagcgaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaaacatctttagacgaacgttgcccatgc 493  Q
    || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  24556993 ctaagggaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcctttaaaaggaattcacggctatcaaacatctttagacgaacggtgcccatgc 24556894  T
Q  494 cttggactttgcatgctttattatttcc-------------cctccttcttttagaaccaaagtcccaaaatattccttcctaggacacatgtgataaga 580  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||             ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||  ||||| |||||||||||||    
T  24556893 cttggactttgcacgctttgttatttccgagtcgaacaactcctccttcttttagagccaaagtctcaaaatattcctttgtaggatacatgtgataaga 24556794  T
Q  581 gcatcccgagtccaaa 596  Q
     |||||| ||||||||    
T  24556793 tcatcccaagtccaaa 24556778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 294 - 596
Target Start/End: Complemental strand, 24598125 - 24597810
Alignment:
Q  294 accattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgcttaattatggtgcaataacctagactatcaaacatg 393  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||| |||| |||||||||||||    
T  24598125 accattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgctcaattctagtgcaatatcctaaactatcaaacatg 24598026  T
Q  394 cttagcgaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaaacatctttagacgaacgttgcccatgc 493  Q
    || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  24598025 ctaagggaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcctttaaaaggaattcacggctatcaaacatctttagacgaacggtgcccatgc 24597926  T
Q  494 cttggactttgcatgctttattatttcc-------------cctccttcttttagaaccaaagtcccaaaatattccttcctaggacacatgtgataaga 580  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||             ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||  ||||| |||||||||||||    
T  24597925 cttggactttgcacgctttgttatttccgagtcgaacaactcctccttcttttagagccaaagtctcaaaatattcctttgtaggatacatgtgataaga 24597826  T
Q  581 gcatcccgagtccaaa 596  Q
     |||||| ||||||||    
T  24597825 tcatcccaagtccaaa 24597810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 294 - 596
Target Start/End: Complemental strand, 37558133 - 37557818
Alignment:
Q  294 accattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgcttaattatggtgcaataacctagactatcaaacatg 393  Q
    |||||||||| ||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| | ||||||||||||||| |||||||||||    
T  37558133 accattcattctagaccccttaatagtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgctctattctagtgcaataacctagattatcaaacatg 37558034  T
Q  394 cttagcgaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaaacatctttagacgaacgttgcccatgc 493  Q
    ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37558033 cttatggaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaaacatctttagacgaacgttgcccatgc 37557934  T
Q  494 cttggactttgcatgctttattatttcc-------------cctccttcttttagaaccaaagtcccaaaatattccttcctaggacacatgtgataaga 580  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||             |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| | ||||||  ||||||||||||    
T  37557933 cttggactttgcaagctttgttatttccgagtcgaacaattcctccttcttttagaatcaaagtctcaaaatattccattctaggaatcatgtgataaga 37557834  T
Q  581 gcatcccgagtccaaa 596  Q
    ||||||||||||||||    
T  37557833 gcatcccgagtccaaa 37557818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 294 - 596
Target Start/End: Complemental strand, 31398501 - 31398186
Alignment:
Q  294 accattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgcttaattatggtgcaataacctagactatcaaacatg 393  Q
    |||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |  |||||||||||||| |||||||||||    
T  31398501 accattcattctagacccctttaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgctctattctactgcaataacctagattatcaaacatg 31398402  T
Q  394 cttagcgaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaaacatctttagacgaacgttgcccatgc 493  Q
    ||||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31398401 cttatggaaattaaatttcgcttaagttcgggaacatacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaaacatctttagacgaacgttgcccatgc 31398302  T
Q  494 cttggactttgcatgctttattatttcc-------------cctccttcttttagaaccaaagtcccaaaatattccttcctaggacacatgtgataaga 580  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||             |||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||| ||||| | ||||||||||||    
T  31398301 cttggactttgcaagctttgttatttccgagtcgaacaactcctccttcttttagaatcaaagtctcaaaatgttcctttctagggctcatgtgataaga 31398202  T
Q  581 gcatcccgagtccaaa 596  Q
    ||||||||||||||||    
T  31398201 gcatcccgagtccaaa 31398186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 188; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 294 - 521
Target Start/End: Original strand, 28836870 - 28837097
Alignment:
Q  294 accattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgcttaattatggtgcaataacctagactatcaaacatg 393  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||    
T  28836870 accattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaacctcatgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatg 28836969  T
Q  394 cttagcgaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaaacatctttagacgaacgttgcccatgc 493  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  28836970 cttagggaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaatctcacatcctttaaaaggaattcacggccatcaaacatctttagacaaacggtgcccatgc 28837069  T
Q  494 cttggactttgcatgctttattatttcc 521  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  28837070 cttggactttgcatgctttgttatttcc 28837097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 165; E-Value: 6e-88
Query Start/End: Original strand, 349 - 596
Target Start/End: Original strand, 33789948 - 33790208
Alignment:
Q  349 accccatgcttaattatggtgcaataacctagactatcaaacatgcttagcgaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaa 448  Q
    ||||||||||  ||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33789948 accccatgctctattctagtgcaataacctagattatcaaacatgcttatggaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaa 33790047  T
Q  449 ggaattcacggccatcaaacatctttagacgaacgttgcccatgccttggactttgcatgctttattatttcc-------------cctccttcttttag 535  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||             ||||||||||||||    
T  33790048 ggaattcacggccatcaaacatctttagatgaacgttgcccatgccttggactttgcaagctttgttatttccgagtcgaacaactcctccttcttttag 33790147  T
Q  536 aaccaaagtcccaaaatattccttcctaggacacatgtgataagagcatcccgagtccaaa 596  Q
    || ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33790148 aatcaaagtctcaaaatattcctttctaggacacatgtgataagagcatcccgagtccaaa 33790208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 370 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 10628836 - 10628725
Alignment:
Q  370 caataacctagactatcaaacatgcttagcgaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaaaca 469  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||  || |||||||||| ||||||||| |||| | ||||||||| | | |||| ||| |||||| |||||||||    
T  10628836 caatatcctagaccatcaaacatgcttatagatattaaatttctcttaagttcaggaatatacctcacattcttcaaaaagaaatcacggtcatcaaaca 10628737  T
Q  470 tctttagacgaa 481  Q
    | || |||||||    
T  10628736 ttttgagacgaa 10628725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 367 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 25446967 - 25446855
Alignment:
Q  367 gtgcaataacctagactatcaaacatgcttagcgaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaa 466  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||  || |||||||||| | ||||||| |||| | ||||||||||  | |||||||| |||||  ||||||    
T  25446967 gtgcaatagcctagaccatcaaacatgcttatggatattaaatttctcctaagttcaggaatatacctcacatcattcaaaaggaaatcacgatcatcaa 25446868  T
Q  467 acatctttagacg 479  Q
    |||| || |||||    
T  25446867 acattttgagacg 25446855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 370 - 479
Target Start/End: Original strand, 31781163 - 31781272
Alignment:
Q  370 caataacctagactatcaaacatgcttagcgaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaaaca 469  Q
    ||||| ||||||| || |||||||||||  || |||||||||| ||||||||| |||| | || |||||| | | |||||||| |||||| ||| |||||    
T  31781163 caatatcctagaccattaaacatgcttatagatattaaatttctcttaagttcaggaatatacatcacattcttcaaaaggaaatcacggtcattaaaca 31781262  T
Q  470 tctttagacg 479  Q
    | || |||||    
T  31781263 ttttgagacg 31781272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 208; Significance: 1e-113; HSPs: 9)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 208; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 294 - 596
Target Start/End: Original strand, 19347856 - 19348171
Alignment:
Q  294 accattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgcttaattatggtgcaataacctagactatcaaacatg 393  Q
    |||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| | ||||||||||||||| |||||||||||    
T  19347856 accattcattctagaccccttaatcgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgctctattctagtgcaataacctagattatcaaacatg 19347955  T
Q  394 cttagcgaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaaacatctttagacgaacgttgcccatgc 493  Q
    ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19347956 cttatggaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaaacatctttagacgaacgttgcccatgc 19348055  T
Q  494 cttggactttgcatgctttattattt-------------cccctccttcttttagaaccaaagtcccaaaatattccttcctaggacacatgtgataaga 580  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||             | |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  19348056 cttggactttgcaagctttgttatttctgagtcgaacaactcctccttcttttagaatcaaagtctcaaaatattcctttctaggacacatgtgataaga 19348155  T
Q  581 gcatcccgagtccaaa 596  Q
    ||||||||||||||||    
T  19348156 gcatcccgagtccaaa 19348171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 294 - 410
Target Start/End: Original strand, 25394464 - 25394580
Alignment:
Q  294 accattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgcttaattatggtgcaataacctagactatcaaacatg 393  Q
    ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||    
T  25394464 accattcatttaagaccccttaaccgtaatcaatgcaccatgcaaaattttacaaaccccgtgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatg 25394563  T
Q  394 cttagcgaaattaaatt 410  Q
    ||||| |||||||||||    
T  25394564 cttagggaaattaaatt 25394580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 522 - 596
Target Start/End: Complemental strand, 10446693 - 10446619
Alignment:
Q  522 cctccttcttttagaaccaaagtcccaaaatattccttcctaggacacatgtgataagagcatcccgagtccaaa 596  Q
    |||| |||||||||| |||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10446693 cctctttcttttagagccaaagtatcaaaatattccttcctgggacacatgtgataagagcatcccgagtccaaa 10446619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 367 - 521
Target Start/End: Original strand, 20053461 - 20053615
Alignment:
Q  367 gtgcaataacctagactatcaaacatgcttagcgaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaa 466  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||  || |||||||||| | ||||||| |||| | ||||||||||| | |||||||| |||||| ||||||    
T  20053461 gtgcaatagcctagaccatcaaacatgcttatagatattaaatttctcctaagttcaggaatatacctcacatccttcaaaaggaaatcacggtcatcaa 20053560  T
Q  467 acatctttagacgaacgttgcccatgccttggactttgcatgctttattatttcc 521  Q
    |||| || ||||| |   ||||||| ||||| | ||| || || |||||||||||    
T  20053561 acattttgagacggatagtgcccataccttgaattttacaagccttattatttcc 20053615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 539 - 596
Target Start/End: Original strand, 25402486 - 25402543
Alignment:
Q  539 caaagtcccaaaatattccttcctaggacacatgtgataagagcatcccgagtccaaa 596  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25402486 caaagtctcaaaatattcctttctaggacacatgtgataagagcatcccgagtccaaa 25402543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 367 - 470
Target Start/End: Complemental strand, 39683728 - 39683625
Alignment:
Q  367 gtgcaataacctagactatcaaacatgcttagcgaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaa 466  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||  || |||||||||| ||||||||| |||| | ||||||||| | | |||||||| |||||  ||||||    
T  39683728 gtgcaatagcctagaccatcaaacatgcttatggatattaaatttctcttaagttcaggaatatacctcacattcttcaaaaggaaatcacgatcatcaa 39683629  T
Q  467 acat 470  Q
    ||||    
T  39683628 acat 39683625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 301 - 470
Target Start/End: Complemental strand, 2737751 - 2737582
Alignment:
Q  301 attttagaccctttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgcttaattatggtgcaataacctagactatcaaacatgcttagcg 400  Q
    ||||||||||||||| || ||| |||||||||||| |||||| |    || ||| | | |||| | |||||||| ||||||| ||||||||||||||  |    
T  2737751 attttagaccctttagccataaccaatgcaccatgagaaattctcatcacaccacgttcaattctagtgcaatagcctagaccatcaaacatgcttacgg 2737652  T
Q  401 aaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaaacat 470  Q
    | |||||||||| | ||||||  |||| | ||||||||| | | |||||||| |||||  ||||||||||    
T  2737651 atattaaatttctcctaagtttaggaatatacctcacattcttcaaaaggaaatcacgatcatcaaacat 2737582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 301 - 458
Target Start/End: Complemental strand, 17933667 - 17933510
Alignment:
Q  301 attttagaccctttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgcttaattatggtgcaataacctagactatcaaacatgcttagcg 400  Q
    ||||||||||||||| |  ||| |||||||||||| |||||| |    || ||| | | |||| | |||||||| ||||||| ||||||||||||||  |    
T  17933667 attttagaccctttagctataaccaatgcaccatgagaaattctcatcacaccacgttcaattctagtgcaatagcctagaccatcaaacatgcttatgg 17933568  T
Q  401 aaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacg 458  Q
    | |||||||||| | ||||||| |||| | |||| |||||| | |||||||| |||||    
T  17933567 atattaaatttctcctaagttcaggaatatacctaacatccttcaaaaggaaatcacg 17933510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 367 - 470
Target Start/End: Original strand, 22715934 - 22716037
Alignment:
Q  367 gtgcaataacctagactatcaaacatgcttagcgaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaa 466  Q
    |||||||| ||||||  ||||||||||||||  || |||||||||| | ||||||| |||| | || |||||||| | |||||||| |||||  ||||||    
T  22715934 gtgcaatagcctagaacatcaaacatgcttatggatattaaatttctcctaagttcaggaatatacttcacatccttcaaaaggaaatcacgatcatcaa 22716033  T
Q  467 acat 470  Q
    ||||    
T  22716034 acat 22716037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006 (Bit Score: 204; Significance: 1e-111; HSPs: 2)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 294 - 596
Target Start/End: Original strand, 1086 - 1400
Alignment:
Q  294 accattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgcttaattatggtgcaataacctagactatcaaacatg 393  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||    
T  1086 accattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaa-ccgcatgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatg 1184  T
Q  394 cttagcgaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaaacatctttagacgaacgttgcccatgc 493  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1185 cttagggaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcaagaccatcaaacatctttagacgaacgttgcccatgc 1284  T
Q  494 cttggactttgcatgctttattatttcc-------------cctccttcttttagaaccaaagtcccaaaatattccttcctaggacacatgtgataaga 580  Q
    ||||||||||||| || || ||||||||             ||||||||||||||| |||||||| |||||||||| || ||| ||||||||||||||||    
T  1285 cttggactttgcacgccttgttatttccgagtcgagctactcctccttcttttagagccaaagtctcaaaatattcatttctaagacacatgtgataaga 1384  T
Q  581 gcatcccgagtccaaa 596  Q
    ||||||||||||||||    
T  1385 gcatcccgagtccaaa 1400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006; HSP #2
Raw Score: 110; E-Value: 4e-55
Query Start/End: Original strand, 294 - 431
Target Start/End: Original strand, 9242 - 9378
Alignment:
Q  294 accattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgcttaattatggtgcaataacctagactatcaaacatg 393  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||    
T  9242 accattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaa-ccgcatgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatg 9340  T
Q  394 cttagcgaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaa 431  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9341 cttagggaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaa 9378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 200; Significance: 1e-109; HSPs: 8)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 298 - 596
Target Start/End: Original strand, 41396821 - 41397132
Alignment:
Q  298 ttcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgcttaattatggtgcaataacctagactatcaaacatgctta 397  Q
    |||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| | ||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  41396821 ttcattctagacccctttaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgctctattctagtgcaataacctagattgtcaaacatgctta 41396920  T
Q  398 gcgaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaaacatctttagacgaacgttgcccatgccttg 497  Q
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  41396921 tggaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaaacatctttagacaaacgttgcccatgccttg 41397020  T
Q  498 gactttgcatgctttattatttcc-------------cctccttcttttagaaccaaagtcccaaaatattccttcctaggacacatgtgataagagcat 584  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||             |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  41397021 gactttgcaagctttgttatttccgagtcgaacaactcctccttcttttagaatcaaagtctcaaaatattcctttctaggacacatgtgataagagcat 41397120  T
Q  585 cccgagtccaaa 596  Q
    ||||||||||||    
T  41397121 cccgagtccaaa 41397132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 294 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 47100327 - 47100022
Alignment:
Q  294 accattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgcttaattatggtgcaataacctagactatcaaacatg 393  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||    
T  47100327 accattcattttagaccctttaatcgtaatcaatacaccatgcgaaattttacaaaccccatgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatg 47100228  T
Q  394 cttagcgaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaaacatctttagacgaacgttgcccatgc 493  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  47100227 cttagggaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcctttaataggaattcacggtcatcaaacatctttagacgaacagtgcccatgc 47100128  T
Q  494 cttggactttgcatgctttattattt-------------cccctccttcttttagaaccaaagtcccaaaatattccttcctaggacacatgtgataaga 580  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||             | ||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  47100127 cttggactttgcacgctttgttattttcgagtcaaacaactcctccttcttttagagccaaagtctcaaaatatttcttcctatgacacatgtgataaga 47100028  T
Q  581 gcatcc 586  Q
    ||||||    
T  47100027 gcatcc 47100022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 294 - 518
Target Start/End: Complemental strand, 9025307 - 9025083
Alignment:
Q  294 accattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgcttaattatggtgcaataacctagactatcaaacatg 393  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||||| || |||||||||||||||| | |||||||||  | |||| |  |||||||| |||||||||||||||||    
T  9025307 accattcattttagaccctttaagagtaattaaagcaccatgcgaaatttcataaaccccatattcaattctaatgcaataatctagactatcaaacatg 9025208  T
Q  394 cttagcgaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaaacatctttagacgaacgttgcccatgc 493  Q
     |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||  | |||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  9025207 tttagggaaattaaatttcgcataagttcgggaacaaacctcacataccttagaaggaattcacaacaatcaaacatctttagacgaacggtgcccatgc 9025108  T
Q  494 cttggactttgcatgctttattatt 518  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||    
T  9025107 cttggactttgcaagctttgttatt 9025083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 522 - 596
Target Start/End: Complemental strand, 19360106 - 19360032
Alignment:
Q  522 cctccttcttttagaaccaaagtcccaaaatattccttcctaggacacatgtgataagagcatcccgagtccaaa 596  Q
    |||||||||||||||  ||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19360106 cctccttcttttagagtcaaagcctcaaaatattcctttctaggacacatgtgataagagcatcccgagtccaaa 19360032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 367 - 479
Target Start/End: Original strand, 2399925 - 2400037
Alignment:
Q  367 gtgcaataacctagactatcaaacatgcttagcgaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaa 466  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||   | |||||||||| ||||||||| |||| | ||||||||||| | |||||||| |||||| ||||||    
T  2399925 gtgcaatatcctagaccatcaaacatgcttataaatattaaatttctcttaagttcaggaatatacctcacatccttcaaaaggaaatcacggtcatcaa 2400024  T
Q  467 acatctttagacg 479  Q
    |||| || |||||    
T  2400025 acattttgagacg 2400037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 367 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 9523208 - 9523096
Alignment:
Q  367 gtgcaataacctagactatcaaacatgcttagcgaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaa 466  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||  || |||||||||| | ||||||| |||| | |||||| |||  | |||||||| |||||  ||||||    
T  9523208 gtgcaatagcctagaccatcaaacatgcttatggatattaaatttctcctaagttcaggaatatacctcaaatcattcaaaaggaaatcacgatcatcaa 9523109  T
Q  467 acatctttagacg 479  Q
    |||| || |||||    
T  9523108 acattttgagacg 9523096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 550 - 596
Target Start/End: Complemental strand, 17346753 - 17346707
Alignment:
Q  550 aatattccttcctaggacacatgtgataagagcatcccgagtccaaa 596  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  17346753 aatattcattcctaggacacatgtgataagagcaccccgactccaaa 17346707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 526 - 580
Target Start/End: Complemental strand, 9025063 - 9025008
Alignment:
Q  526 cttcttttagaaccaaa-gtcccaaaatattccttcctaggacacatgtgataaga 580  Q
    ||||||||||| ||||| |||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  9025063 cttcttttagagccaaaagtcttaaaatattcctttctaggacacatgtgataaga 9025008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0078 (Bit Score: 164; Significance: 2e-87; HSPs: 1)
Name: scaffold0078
Description:

Target: scaffold0078; HSP #1
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 294 - 596
Target Start/End: Original strand, 35588 - 35903
Alignment:
Q  294 accattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccccatgcttaattatggtgcaataacctagactatcaaacatg 393  Q
    |||||| |||||||||| | |||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| |||| |||||||    
T  35588 accattaattttagaccttataactgtaattaatgcaccatgcaaaattttacaaaccccatgctcaattatagtgcaataacctagcctataaaacatg 35687  T
Q  394 cttagcgaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaaacatctttagacgaacgttgcccatgc 493  Q
    |||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||     
T  35688 cttctggaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatctcttagaaggaattcacggccatcaaagatctttagacgaacggtgcccatga 35787  T
Q  494 cttggactttgcatgctttattatttcc-------------cctccttcttttagaaccaaagtcccaaaatattccttcctaggacacatgtgataaga 580  Q
    |||||| |||||| ||||| ||||||||             ||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  35788 cttggattttgcaagcttttttatttccgagtcgaacaactcctccttcttttagagccaaattctcaaaatattccttcataagacacatgtgataaga 35887  T
Q  581 gcatcccgagtccaaa 596  Q
    ||| ||||||||||||    
T  35888 gcaccccgagtccaaa 35903  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0008 (Bit Score: 61; Significance: 7e-26; HSPs: 1)
Name: scaffold0008
Description:

Target: scaffold0008; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 7e-26
Query Start/End: Original strand, 105 - 293
Target Start/End: Original strand, 243180 - 243366
Alignment:
Q  105 ggtggttaagagtgtcgtgaggatttgtgcgagaaggtgcgtggacgcgctcgctattctccgaagcctctttgttctctggccaagcgagttcgccaat 204  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||| ||||||| |  ||| |||||||||||||||||||| ||| || ||||||||  |  |||| |||||||||||||    
T  243180 ggtggttaagagtgttgtgagaatt-gtgcgagcacatgcatggacgcgctcgctattctctgaaccc-ctttgttccataaccaaacgagttcgccaat 243277  T
Q  205 ggaatgggctatgaccgacatgagagtgctcggttgacttaggttagaaagaaagattccctcgttaggaagtttagtcgattgtcatt 293  Q
    ||| |||  | || ||| |||| || |||||||||||||||||| |||  || |||||||||||| | ||||||| |||||||||||||    
T  243278 ggactggcttgtgtccgtcatgcgaatgctcggttgacttaggtcagatggagagattccctcgtcaagaagtttggtcgattgtcatt 243366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0842 (Bit Score: 59; Significance: 1e-24; HSPs: 1)
Name: scaffold0842
Description:

Target: scaffold0842; HSP #1
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 522 - 596
Target Start/End: Complemental strand, 4462 - 4388
Alignment:
Q  522 cctccttcttttagaaccaaagtcccaaaatattccttcctaggacacatgtgataagagcatcccgagtccaaa 596  Q
    ||||||||||||| | |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4462 cctccttcttttaaagccaaagtctcaaaatatttcttcctaggacacatgtgataagagcatcccgagtccaaa 4388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0028 (Bit Score: 55; Significance: 3e-22; HSPs: 1)
Name: scaffold0028
Description:

Target: scaffold0028; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 522 - 596
Target Start/End: Complemental strand, 150223 - 150149
Alignment:
Q  522 cctccttcttttagaaccaaagtcccaaaatattccttcctaggacacatgtgataagagcatcccgagtccaaa 596  Q
    |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||    
T  150223 cctccttcttttagaatcaaagtctcaaaatattcctttctagggctcatgtgataagagcatcccgagtccaaa 150149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0188 (Bit Score: 50; Significance: 3e-19; HSPs: 1)
Name: scaffold0188
Description:

Target: scaffold0188; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 539 - 596
Target Start/End: Complemental strand, 19190 - 19133
Alignment:
Q  539 caaagtcccaaaatattccttcctaggacacatgtgataagagcatcccgagtccaaa 596  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19190 caaagtctcaaaatattcctttctaggacacatgtgataagagcatcccgagtccaaa 19133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0256 (Bit Score: 45; Significance: 2e-16; HSPs: 1)
Name: scaffold0256
Description:

Target: scaffold0256; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 367 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 17805 - 17693
Alignment:
Q  367 gtgcaataacctagactatcaaacatgcttagcgaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaa 466  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||  || |||||||||| ||||||||| |||| | ||||||||||  | | |||||| |||||| ||||||    
T  17805 gtgcaatatcctagaccatcaaacatgcttatggatattaaatttctcttaagttcaggaatatacctcacatctttcacaaggaaatcacggtcatcaa 17706  T
Q  467 acatctttagacg 479  Q
    |||| || |||||    
T  17705 acattttgagacg 17693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0023 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0023
Description:

Target: scaffold0023; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 367 - 470
Target Start/End: Original strand, 49907 - 50010
Alignment:
Q  367 gtgcaataacctagactatcaaacatgcttagcgaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaa 466  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||  || |||||||||| | ||||||| |||| | ||||||||| | | |||||||| |||||  ||||||    
T  49907 gtgcaatagcctagaccatcaaacatgcttatggatattaaatttctcctaagttcaggaatatacctcacattcttcaaaaggaaatcacgatcatcaa 50006  T
Q  467 acat 470  Q
    ||||    
T  50007 acat 50010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0026 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0026
Description:

Target: scaffold0026; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 256 - 293
Target Start/End: Complemental strand, 150845 - 150808
Alignment:
Q  256 aaagattccctcgttaggaagtttagtcgattgtcatt 293  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  150845 aaagattccctcgttaggaagtttggtcaattgtcatt 150808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University