View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9893_low_5 (Length: 528)

Name: NF9893_low_5
Description: NF9893
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9893_low_5
NF9893_low_5
[»] chr7 (15 HSPs)
chr7 (18-519)||(4712887-4713388)
chr7 (192-519)||(4846842-4847169)
chr7 (18-517)||(4784658-4785157)
chr7 (18-519)||(4698011-4698512)
chr7 (18-517)||(4817087-4817586)
chr7 (26-516)||(4862691-4863181)
chr7 (20-197)||(4854579-4854756)
chr7 (94-357)||(4652390-4652653)
chr7 (94-357)||(4665805-4666068)
chr7 (94-370)||(4629779-4630055)
chr7 (111-357)||(4635744-4635990)
chr7 (111-404)||(4660688-4660984)
chr7 (257-417)||(4642737-4642897)
chr7 (230-370)||(4671646-4671786)
chr7 (111-165)||(4671527-4671581)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (111-330)||(18926749-18926968)
chr4 (276-361)||(45191491-45191576)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 502; Significance: 0; HSPs: 15)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 502; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 519
Target Start/End: Complemental strand, 4713388 - 4712887
Alignment:
Q  18 acgggtccaccatctcttcaactatcacaccttcattgtaacattttttgaacaaagcaaccatgttcactttttccttatccaaagaatgatccaaagg 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4713388 acgggtccaccatctcttcaactatcacaccttcattgtaacattttttgaacaaagcaaccatgttcactttttccttatccaaagaatgatccaaagg 4713289  T
Q  118 tggtctcgcacacaacacctcaagaagcacaactccgaatgagtacacgtcagacttaagagtcaacttgtttcgtaggtagcactctggatccaaatat 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4713288 tggtctcgcacacaacacctcaagaagcacaactccgaatgagtacacgtcagacttaagagtcaacttgtttcgtaggtagcactctggatccaaatat 4713189  T
Q  218 cctatactacccttcaccatagtgctgacatgagtcattgatatccctgttggtcccacttttgataaaccgaaatcagaaaccttagccacccattttt 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4713188 cctatactacccttcaccatagtgctgacatgagtcattgatatccctgttggtcccacttttgataaaccgaaatcagaaaccttagccacccattttt 4713089  T
Q  318 catccaacaatatatttgtactcttaacgtcacggtgtatgatattatgcttcgcaccttcatgaagataatgcaatccccttgctgcacataatagaat 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4713088 catccaacaatatatttgtactcttaacgtcacggtgtatgatattatgcttcgcaccttcatgaagataatgcaatccccttgctgcacataatagaat 4712989  T
Q  418 attaagtctttgattccacctaagaggttcgttatccgaaccatagagatgttcacggagagtgccatgttccataaagtcataaacaagaatcatctct 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4712988 attaagtctttgattccacctaagaggttcgttatccgaaccatagagatgttcacggagagtgccatgttccataaagtcataaacaagaatcatctct 4712889  T
Q  518 gc 519  Q
    ||    
T  4712888 gc 4712887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 244; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 192 - 519
Target Start/End: Complemental strand, 4847169 - 4846842
Alignment:
Q  192 gtaggtagcactctggatccaaatatcctatactacccttcaccatagtgctgacatgagtcattgatatccctgttggtcccacttttgataaaccgaa 291  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  4847169 gtaggtaacattctggatccaaatatcctatactacccttcaccatagtgcttacatgagtcattgatatcccggttggtcccacttttgataacccgaa 4847070  T
Q  292 atcagaaaccttagccacccatttttcatccaacaatatatttgtactcttaacgtcacggtgtatgatattatgcttcgcaccttcatgaagataatgc 391  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |    
T  4847069 atcagaaaccttagccacccatttttcatccaacaatatgtttgtactcttaacgtcacgatgtatgatattgtgcttcgcaccttcatgaagataattc 4846970  T
Q  392 aatccccttgctgcacataatagaatattaagtctttgattccacctaagaggttcgttatccgaaccatagagatgttcacggagagtgccatgttcca 491  Q
    || ||||||||||||| ||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||| ||    
T  4846969 aacccccttgctgcacctaatagaatctcgagtctttgattccacctaagaggttcattatccgaaccatagagatgttcactgagagtaccacgttgca 4846870  T
Q  492 taaagtcataaacaagaatcatctctgc 519  Q
    | ||||||||||| ||||||||||||||    
T  4846869 tgaagtcataaactagaatcatctctgc 4846842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 18 - 517
Target Start/End: Complemental strand, 4785157 - 4784658
Alignment:
Q  18 acgggtccaccatctcttcaactatcacaccttcattgtaacattttttgaacaaagcaaccatgttcactttttccttatccaaagaatgatccaaagg 117  Q
    ||||||||||||| ||||||| || || |||||||||||||||| |||  ||| || || |||   |  |||||| ||||||||||||| || |||| ||    
T  4785157 acgggtccaccatatcttcaattaccataccttcattgtaacatgtttgaaaccaaacagccaaacttgcttttttcttatccaaagaacgaaccaacgg 4785058  T
Q  118 tggtctcgcacacaacacctcaagaagcacaactccgaatgagtacacgtcagacttaagagtcaacttgtttcgtaggtagcactctggatccaaatat 217  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||| | | ||| | |||| | ||||||||||||||     
T  4785057 gggtctcgcacacaacacctcaagaagcacaacaccgaaagagtacacatcagactttagagtcaacctttgtcgcatgtagtattctggatccaaatac 4784958  T
Q  218 cctatactacccttcaccatagtgctgacatgagtcattgatatccctgttggtcccacttttgataaaccgaaatcagaaaccttagccacccattttt 317  Q
    || | |||||| |||||||||||||||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  4784957 ccgagactacctttcaccatagtgctgacatgggtcatcgacatccctgtaggtcccacttttgataacccaaaatcagaaaccttagccacccattttt 4784858  T
Q  318 catccaacaatatatttgtactcttaacgtcacggtgtatgatattatgcttcgcaccttcatgaagataatgcaatccccttgctgcacataatagaat 417  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||| ||||  || |||| |||||||||    
T  4784857 catccaacaatatgtttgtactcttcacgtcacggtgtatgatattgtgcttcgcacctgcatgcagataatgcaacccccgcgcggcacctaatagaat 4784758  T
Q  418 attaagtctttgattccacctaagaggttcgttatccgaaccatagagatgttcacggagagtgccatgttccataaagtcataaacaagaatcatctct 517  Q
     | ||| || || |||||  ||||||||| |||||| || ||||| |||| |||||  ||| ||||| ||| ||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  4784757 ctcaagcctctgcttccaggtaagaggtttgttatctgatccataaagatattcacatagactgccacgttgcatgaagtcataaacgagaatcatctct 4784658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 18 - 519
Target Start/End: Complemental strand, 4698512 - 4698011
Alignment:
Q  18 acgggtccaccatctcttcaactatcacaccttcattgtaacattttttgaacaaagcaaccatgttcactttttccttatccaaagaatgatccaaagg 117  Q
    ||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||| ||| |||| ||   || |   || |||||| ||| ||||||||| || |||||||    
T  4698512 acgggtccaccatctcttcgatgatcacaccttcattgtaacatctttggaaccaaaagactaaactcgcttttttcttttccaaagaacgaaccaaagg 4698413  T
Q  118 tggtctcgcacacaacacctcaagaagcacaactccgaatgagtacacgtcagacttaagagtcaacttgtttcgtaggtagcactctggatccaaatat 217  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||| || || ||||||||||| ||||| || |||||| | |  || |||||| | || ||||| |||||     
T  4698412 tggtctcgcacacaatacctcaagaagcacaacaccaaaagagtacacgtcggactttagggtcaacctttgacgaaggtagtattcgggatctaaatac 4698313  T
Q  218 cctatactacccttcaccatagtgctgacatgagtcattgatatccctgttggtcccacttttgataaaccgaaatcagaaaccttagccacccattttt 317  Q
    || | ||||||||||||| |||||||||| || ||||| || || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  4698312 ccgagactacccttcaccttagtgctgacgtgggtcatcgacattcctgttggtcccacttttgataacccgaaatcagaaaccttagccacccatttat 4698213  T
Q  318 catccaacaatatatttgtactcttaacgtcacggtgtatgatattatgcttcgcaccttcatgaagataatgcaatccccttgctgcacataatagaat 417  Q
    |||| |||||||| || |||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |  || |||||||| |  ||||||||    
T  4698212 catctaacaatatgttggtactcttcacatcacggtgtatgatattgtgcttcgcacctgcatgaagataatgtaggcctcttgctgcccccaatagaat 4698113  T
Q  418 attaagtctttgattccacctaagaggttcgttatccgaaccatagagatgttcacggagagtgccatgttccataaagtcataaacaagaatcatctct 517  Q
     |  ||||| |  |||||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||| ||||| ||||| ||||||||||||    
T  4698112 ctcgagtctcttcttccaagtaagaggttcgttatccgaaccatagagatattcacgaagagtgccacgttccatgaagtcgtaaacgagaatcatctct 4698013  T
Q  518 gc 519  Q
    ||    
T  4698012 gc 4698011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 18 - 517
Target Start/End: Complemental strand, 4817586 - 4817087
Alignment:
Q  18 acgggtccaccatctcttcaactatcacaccttcattgtaacattttttgaacaaagcaaccatgttcactttttccttatccaaagaatgatccaaagg 117  Q
    ||||||||||||| ||||||| || || |||||||||||||||| |||  ||| || || |||   |  |||||| ||||||||||||  || |||| ||    
T  4817586 acgggtccaccatatcttcaattaccataccttcattgtaacatgtttgaaaccaaacagccaaacttgcttttttcttatccaaagaccgaaccaacgg 4817487  T
Q  118 tggtctcgcacacaacacctcaagaagcacaactccgaatgagtacacgtcagacttaagagtcaacttgtttcgtaggtagcactctggatccaaatat 217  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||  | | ||| | |||| | ||||||||||||||     
T  4817486 gggtctcgcacacaacacctcaagaagcacaacaccgaaagagtacacatcagactttagagtcaatctttgtcgcatgtagtattctggatccaaatac 4817387  T
Q  218 cctatactacccttcaccatagtgctgacatgagtcattgatatccctgttggtcccacttttgataaaccgaaatcagaaaccttagccacccattttt 317  Q
    || | |||||| |||||||||||||||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  4817386 ccgagactacctttcaccatagtgctgacatgggtcatcgacatccctgtaggtcccacttttgataacccaaaatcagaaaccttagccacccattttt 4817287  T
Q  318 catccaacaatatatttgtactcttaacgtcacggtgtatgatattatgcttcgcaccttcatgaagataatgcaatccccttgctgcacataatagaat 417  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||| |||| | ||||||||| ||||  || |||| |||||||||    
T  4817286 catccaacaatatgtttgtactcttcacatcacggtgtatgatattgtgcttcgcacctgcatgcaaataatgcaacccccgcgcggcacctaatagaat 4817187  T
Q  418 attaagtctttgattccacctaagaggttcgttatccgaaccatagagatgttcacggagagtgccatgttccataaagtcataaacaagaatcatctct 517  Q
     | ||| || || |||||  ||||||||| |||||| || ||||| |||| |||||  ||| ||||| ||| ||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  4817186 ctcaagcctctgcttccaggtaagaggtttgttatctgatccataaagatattcacatagactgccacgttgcatgaagtcataaacgagaatcatctct 4817087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 26 - 516
Target Start/End: Original strand, 4862691 - 4863181
Alignment:
Q  26 accatctcttcaactatcacaccttcattgtaacattttttgaacaaagcaaccatgttcactttttccttatccaaagaatgatccaaaggtggtctcg 125  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||  ||| || | || |   || |||||| ||| ||  ||||| || |||| ||||||||||    
T  4862691 accatctcttcaattatgacaccttcattgtaacatttttgaaaccaaacgactaaactcgcttttttcttttcagaagaacgaaccaatggtggtctcg 4862790  T
Q  126 cacacaacacctcaagaagcacaactccgaatgagtacacgtcagacttaagagtcaacttgtttcgtaggtagcactctggatccaaatatcctatact 225  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||||| || |||||||| || || ||||||||| | |  || |||||| | |||||||| |||||||| | |||    
T  4862791 cacacaacacctcaagaaggacaacaccgaaagaatacacgtcggattttagagtcaacctttgacgaaggtagtattctggatctaaatatccaagact 4862890  T
Q  226 acccttcaccatagtgctgacatgagtcattgatatccctgttggtcccacttttgataaaccgaaatcagaaaccttagccacccatttttcatccaac 325  Q
    |||||||||||  |||||||| ||||| || || || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  4862891 acccttcaccacggtgctgacgtgagtgatagacattcctgttggtcccacttttgataacccgaaatcagacaccttagccacccatttttcatccaac 4862990  T
Q  326 aatatatttgtactcttaacgtcacggtgtatgatattatgcttcgcaccttcatgaagataatgcaatccccttgctgcacataatagaatattaagtc 425  Q
    ||||| || |||||||| |||||||||||||||||||| |||||  ||||  ||||||||||||| || ||||||||||| |  || ||||| | |||||    
T  4862991 aatatgttggtactcttcacgtcacggtgtatgatattgtgctttacaccagcatgaagataatgtaacccccttgctgcccccaacagaatctcaagtc 4863090  T
Q  426 tttgattccacctaagaggttcgttatccgaaccatagagatgttcacggagagtgccatgttccataaagtcataaacaagaatcatctc 516  Q
    | |  |||||  |||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||| |||||||||||    
T  4863091 tcttcttccaagtaagaggttcattatccgaaccataaagatattcacggagagtgccacgttgcatgaagtcataaacgagaatcatctc 4863181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 130; E-Value: 4e-67
Query Start/End: Original strand, 20 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 4854756 - 4854579
Alignment:
Q  20 gggtccaccatctcttcaactatcacaccttcattgtaacattttttgaacaaagcaaccatgttcactttttccttatccaaagaatgatccaaaggtg 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||    
T  4854756 gggtccaccatctcttcaactatcactccttcattgtaacattttttgaacaaagcaaccatgttcacttttttcttatccaataaatgatccaaaggtg 4854657  T
Q  120 gtctcgcacacaacacctcaagaagcacaactccgaatgagtacacgtcagacttaagagtcaacttgtttcgtaggt 197  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| ||| | ||||| |||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  4854656 gtctcgcacacaacatctcaagaagtacatcaccgaaagagtacacatcagactttagagtcaacctgtttcgtaggt 4854579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 94 - 357
Target Start/End: Original strand, 4652390 - 4652653
Alignment:
Q  94 cttatccaaagaatgatccaaaggtggtctcgcacacaacacctcaagaagcacaactccgaatgagtacacgtcagacttaagagtcaacttgtttcgt 193  Q
    ||||||||||  | || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||| || ||||| | | | |   |     
T  4652390 cttatccaaatcacgaaccaaaggtggtctagcacacaacacctcaagaagcaccacaccgaatgagtacacatcagattttagagttagcctttggagc 4652489  T
Q  194 aggtagcactctggatccaaatatcctatactacccttcaccatagtgctgacatgagtcattgatatccctgttggtcccacttttgataaaccgaaat 293  Q
    |  ||  | |||||||||||||| ||||  |||||||||||||| ||||| ||||| ||  | || |||| ||| ||||||||||| ||||| || ||||    
T  4652490 atataatattctggatccaaataccctaggctacccttcaccatcgtgctaacatgggttgtagacatccttgtcggtcccactttcgataatccaaaat 4652589  T
Q  294 cagaaaccttagccacccatttttcatccaacaatatatttgtactcttaacgtcacggtgtat 357  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || || ||||| ||||||||||||||    
T  4652590 cagaaaccttagccacccatttctcatccaacaatatgttggtgctcttcacgtcacggtgtat 4652653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 94 - 357
Target Start/End: Original strand, 4665805 - 4666068
Alignment:
Q  94 cttatccaaagaatgatccaaaggtggtctcgcacacaacacctcaagaagcacaactccgaatgagtacacgtcagacttaagagtcaacttgtttcgt 193  Q
    ||||||||||  | || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||| ||||| || ||||| | | | |   |     
T  4665805 cttatccaaatcacgaaccaaaggtggtctagcacacaacacctcaagaagcaccacaccgaacgagtacacatcagattttagagttagcctttggagc 4665904  T
Q  194 aggtagcactctggatccaaatatcctatactacccttcaccatagtgctgacatgagtcattgatatccctgttggtcccacttttgataaaccgaaat 293  Q
    |  ||  | || |||||||||||||| |  || ||||||||||| ||||||||||| ||  ||||||||||||| |||||||| || ||||| || || |    
T  4665905 atataatattcgggatccaaatatccgaggctccccttcaccatcgtgctgacatgggtagttgatatccctgtcggtcccaccttggataacccaaagt 4666004  T
Q  294 cagaaaccttagccacccatttttcatccaacaatatatttgtactcttaacgtcacggtgtat 357  Q
    | |||||||| |||| ||||||||||||||||||||| || || ||||| ||||||||||||||    
T  4666005 cggaaacctttgccatccatttttcatccaacaatatgttggtgctcttcacgtcacggtgtat 4666068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 94 - 370
Target Start/End: Original strand, 4629779 - 4630055
Alignment:
Q  94 cttatccaaagaatgatccaaaggtggtctcgcacacaacacctcaagaagcacaactccgaatgagtacacgtcagacttaagagtcaacttgtttcgt 193  Q
    ||||||||||  | || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || || || |||||||||||||| || ||||| | | | |   |     
T  4629779 cttatccaaatcacgaaccaaaggtggtctagcacacaacacctcaagaagcaccacaccaaacgagtacacgtcagattttagagttagcctttggagc 4629878  T
Q  194 aggtagcactctggatccaaatatcctatactacccttcaccatagtgctgacatgagtcattgatatccctgttggtcccacttttgataaaccgaaat 293  Q
    |  ||| | || |||||||||||||| |  || ||||||||||| ||||||||||| ||  | | ||| ||||| |||||||| || ||||| |||||||    
T  4629879 atatagtattcgggatccaaatatccaaggctccccttcaccatcgtgctgacatgggtagtcgttattcctgtaggtcccaccttggataacccgaaat 4629978  T
Q  294 cagaaaccttagccacccatttttcatccaacaatatatttgtactcttaacgtcacggtgtatgatattatgcttc 370  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||| || || ||||| |||||||| ||||| || || ||||||    
T  4629979 cagaaaccttagctacccatttctcatccaacagtatgttggtgctctttacgtcacgatgtattatcttgtgcttc 4630055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 111 - 357
Target Start/End: Original strand, 4635744 - 4635990
Alignment:
Q  111 ccaaaggtggtctcgcacacaacacctcaagaagcacaactccgaatgagtacacgtcagacttaagagtcaacttgtttcgtaggtagcactctggatc 210  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| || |||||||| | | | |     |  ||| |||| |||||    
T  4635744 ccaaaggtggcctagcacacaacacctcaagaagcaccacaccgaatgagtacacgtctgatttaagagtaagcctttggaacatatagtactcaggatc 4635843  T
Q  211 caaatatcctatactacccttcaccatagtgctgacatgagtcattgatatccctgttggtcccacttttgataaaccgaaatcagaaaccttagccacc 310  Q
     ||||| || |  || ||||| || || |||||||| || ||  | ||||| ||||| |||||||| |||||||| || ||||||||||||||||| | |    
T  4635844 taaataccccaagcttcccttaacaattgtgctgacgtgggtagtcgatatacctgtcggtcccacctttgataacccaaaatcagaaaccttagctatc 4635943  T
Q  311 catttttcatccaacaatatatttgtactcttaacgtcacggtgtat 357  Q
    ||||| |||||||||||||| || || ||||| |||||||| |||||    
T  4635944 catttctcatccaacaatatgttggtgctctttacgtcacgatgtat 4635990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 59; E-Value: 9e-25
Query Start/End: Original strand, 111 - 404
Target Start/End: Original strand, 4660688 - 4660984
Alignment:
Q  111 ccaaaggtggtctcgcacacaacacctcaagaagcacaactccgaatgagtacacgtcagacttaagagtcaacttgtttcgtaggtagcactctggatc 210  Q
    |||| ||||| || ||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||| ||||| || ||||| ||| | |   | |  ||| | |  |||||    
T  4660688 ccaatggtggcctagcacacaacacctcaagaagcaccacaccgaacgagtacacttcagattttagagttaacctttggagcatatagtattggggatc 4660787  T
Q  211 caaatatcctatactacccttcaccatagtgctgac---atgagtcattgatatccctgttggtcccacttttgataaaccgaaatcagaaaccttagcc 307  Q
    |||||| || |  || ||||||||||| ||||||||   ||||||  | ||||||||||| |||||||| || ||||| ||||| || |||||||||||     
T  4660788 caaatacccaaggctccccttcaccattgtgctgacgtgatgagtagtcgatatccctgtcggtcccaccttggataacccgaagtcggaaaccttagct 4660887  T
Q  308 acccatttttcatccaacaatatatttgtactcttaacgtcacggtgtatgatattatgcttcgcaccttcatgaagataatgcaatccccttgctg 404  Q
    |||||||| | |||||||||||| || || ||||| ||||| |||||||| || || || ||| |  |  |||||||||||||||| || |||||||    
T  4660888 acccatttgtgatccaacaatatgttggtgctctttacgtcgcggtgtattattttgtgtttcacctcagcatgaagataatgcaaccctcttgctg 4660984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 257 - 417
Target Start/End: Original strand, 4642737 - 4642897
Alignment:
Q  257 gatatccctgttggtcccacttttgataaaccgaaatcagaaaccttagccacccatttttcatccaacaatatatttgtactcttaacgtcacggtgta 356  Q
    ||||||||||| |||||||| || ||||| ||||| || ||||||||||| | ||||||||||||||||||||| || || ||||| |||||||| ||||    
T  4642737 gatatccctgtaggtcccaccttggataacccgaagtcggaaaccttagctatccatttttcatccaacaatatgttggtgctcttcacgtcacgatgta 4642836  T
Q  357 tgatattatgcttcgcaccttcatgaagataatgcaatccccttgctgcacataatagaat 417  Q
    | || || |||||| |  |  |||||||||||| ||  || ||||| |||| |||||||||    
T  4642837 ttattttgtgcttcacctcagcatgaagataattcagccctcttgcggcacctaatagaat 4642897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 230 - 370
Target Start/End: Original strand, 4671646 - 4671786
Alignment:
Q  230 ttcaccatagtgctgacatgagtcattgatatccctgttggtcccacttttgataaaccgaaatcagaaaccttagccacccatttttcatccaacaata 329  Q
    |||||||| |||||||| || ||  ||| |||||| || |||||||| || ||||| ||||| || ||||||||||| | |||||| |||||||||||||    
T  4671646 ttcaccattgtgctgacgtgggtagttgttatccccgtgggtcccaccttggataacccgaagtcggaaaccttagctatccatttctcatccaacaata 4671745  T
Q  330 tatttgtactcttaacgtcacggtgtatgatattatgcttc 370  Q
    | || || ||||| |||||||| ||||| || || ||||||    
T  4671746 tgttggtgctcttcacgtcacgatgtattattttgtgcttc 4671786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 111 - 165
Target Start/End: Original strand, 4671527 - 4671581
Alignment:
Q  111 ccaaaggtggtctcgcacacaacacctcaagaagcacaactccgaatgagtacac 165  Q
    |||||||||| || ||||||||||| |||||||| || || ||||||||||||||    
T  4671527 ccaaaggtggcctagcacacaacacttcaagaagtaccacaccgaatgagtacac 4671581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 72; Significance: 2e-32; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 111 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 18926968 - 18926749
Alignment:
Q  111 ccaaaggtggtctcgcacacaacacctcaagaagcacaactccgaatgagtacacgtcagacttaagagtcaacttgtttcgtaggtagcactctggatc 210  Q
    |||||||||| || |||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||| || || || | | | |   | |  ||| |||| |||||    
T  18926968 ccaaaggtggccttgcacacaatacctcaagaagcaccacaccgaatgagtacacgtcagattttagggtaagcctttggagcatatagtactcaggatc 18926869  T
Q  211 caaatatcctatactacccttcaccatagtgctgacatgagtcattgatatccctgttggtcccacttttgataaaccgaaatcagaaaccttagccacc 310  Q
     ||||| || | ||| ||||||||||| ||||||||||| ||  |||||||||| ||||||||||| || ||||| ||||| || |||||||||||||||    
T  18926868 taaatacccaagactccccttcaccattgtgctgacatgggtagttgatatccccgttggtcccaccttggataacccgaagtcggaaaccttagccacc 18926769  T
Q  311 catttttcatccaacaatat 330  Q
    ||||| |||||||| |||||    
T  18926768 catttctcatccaataatat 18926749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 276 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 45191576 - 45191491
Alignment:
Q  276 cttttgataaaccgaaatcagaaaccttagccacccatttttcatccaacaatatatttgtactcttaacgtcacggtgtatgata 361  Q
    |||| |||||||| |||||||||||||| || ||  | || |||||||| | |||||||||  |||| ||||||||||||||||||    
T  45191576 ctttagataaaccaaaatcagaaaccttggcaacataattctcatccaagagtatatttgttgtcttcacgtcacggtgtatgata 45191491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University