View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9896_high_3 (Length: 457)

Name: NF9896_high_3
Description: NF9896
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9896_high_3
NF9896_high_3
[»] chr2 (8 HSPs)
chr2 (16-446)||(17664355-17664785)
chr2 (16-446)||(17715081-17715511)
chr2 (16-446)||(17619868-17620298)
chr2 (19-446)||(17645484-17645911)
chr2 (16-443)||(17701675-17702102)
chr2 (19-244)||(17654082-17654307)
chr2 (16-148)||(17708397-17708528)
chr2 (16-108)||(17727835-17727926)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 407; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 407; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 446
Target Start/End: Original strand, 17664355 - 17664785
Alignment:
Q  16 caaacttccataggtaagttgccattttcaattagaaatcttgttggcctccgacaattgttcttgagggagtgcatgagcctaactcagctaccagata 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  17664355 caaacttccataggtaagttgccattttcaattagaaatcttgttggcctccgacaattgttcttgagggagtgcatgagcctaactcagctaccggata 17664454  T
Q  116 gtattcgtatattgcctaaactcgagataataacggcttatggttgtggaggatttcgattgtttgaggataaagaaaaggtgggttcagaagtgtttcc 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17664455 gtattcgtatattgcctaaactcgagataataacggcttatggttgtagaggatttcgattgtttgaggataaagaaaaggtgggttcagaagtgtttcc 17664554  T
Q  216 agaagccatgcttgtttgtaaagaaggaagcgaggaatcgcttgatatgtcctctcttaacatatgccctgataatgtcatagaagtatttagtacttca 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17664555 agaagccatgcttgtttgtaaagaaggaagcgcggaatcgcttgatatgtcctctcttaacatatgccctgataatgtcatagaagtatttagtacttca 17664654  T
Q  316 attcttgatgataatgttgtattaatgagaaaagggattgctaaagggagaggaaattggtatcaacatgaaagcaacgaatcatccttacgattttggt 415  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17664655 attcttgatggtaatgttgtattaatgagagaagggattgctaaagggagaggaaattggtatgaacatgaaagcaacgaatcatccttacgattttggt 17664754  T
Q  416 ttcaaaataaattccccaggatagctctgtg 446  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17664755 ttcaaaataaattccccaggatagctctgtg 17664785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 395; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 446
Target Start/End: Original strand, 17715081 - 17715511
Alignment:
Q  16 caaacttccataggtaagttgccattttcaattagaaatcttgttggcctccgacaattgttcttgagggagtgcatgagcctaactcagctaccagata 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  17715081 caaacttccataggtaagttgccattttcaattagaaatcttgttggcctccgacaaatgttcttgagggagtgcatgagcctaactcagctaccggata 17715180  T
Q  116 gtattcgtatattgcctaaactcgagataataacggcttatggttgtggaggatttcgattgtttgaggataaagaaaaggtgggttcagaagtgtttcc 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17715181 gtattcgtatattgcctaaactcgagataataacggcttatggttgtagaggatttcgattgtttgaggataaagaaaaggtgggttcagaagtgtttcc 17715280  T
Q  216 agaagccatgcttgtttgtaaagaaggaagcgaggaatcgcttgatatgtcctctcttaacatatgccctgataatgtcatagaagtatttagtacttca 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17715281 agaagccatgcttgtttgtaaagaaggaagcgtggaatcgcttgatatgtcctctcttaacatatgccctgataatgtcatagaagtatttagtacttca 17715380  T
Q  316 attcttgatgataatgttgtattaatgagaaaagggattgctaaagggagaggaaattggtatcaacatgaaagcaacgaatcatccttacgattttggt 415  Q
    |||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  17715381 attcttgatggtaatgttgtatttatgagagaagggattgctaaagggagaggaaattggtatcgacatgaaagcaacgaatcacccttacgattttggt 17715480  T
Q  416 ttcaaaataaattccccaggatagctctgtg 446  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17715481 ttcaaaataaattccccaggatagctctgtg 17715511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 343; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 446
Target Start/End: Original strand, 17619868 - 17620298
Alignment:
Q  16 caaacttccataggtaagttgccattttcaattagaaatcttgttggcctccgacaattgttcttgagggagtgcatgagcctaactcagctaccagata 115  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||    
T  17619868 caaacttccatagataagttgccattttcaattagaaatcttgttggcctccgacgattgttcttgagggaatgcatgagcctaactcagctaacggata 17619967  T
Q  116 gtattcgtatattgcctaaactcgagataataacggcttatggttgtggaggatttcgattgtttgaggataaagaaaaggtgggttcagaagtgtttcc 215  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  17619968 gtattcgtatattgccgaaactcgagatattaacggcttatggttgtagaggatttcaattgtttgagagtaaagaaaaagtgggttcagaagtgtttcc 17620067  T
Q  216 agaagccatgcttgtttgtaaagaaggaagcgaggaatcgcttgatatgtcctctcttaacatatgccctgataatgtcatagaagtatttagtacttca 315  Q
      ||||||||||||||| ||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||    
T  17620068 taaagccatgcttgtttataaagaaggaagcgcagaattgcttgatatgtcctctcttaacatatgccccgataatgtcatagaagtaattagtacttca 17620167  T
Q  316 attcttgatgataatgttgtattaatgagaaaagggattgctaaagggagaggaaattggtatcaacatgaaagcaacgaatcatccttacgattttggt 415  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17620168 attcttgatggtaatgttgtattaatgagaaaagggattgctaaagggagaggaaattggtatcgacatgaaagcaacgaatcatccttacgattttggt 17620267  T
Q  416 ttcaaaataaattccccaggatagctctgtg 446  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17620268 ttcaaaataaattccccaggatagctctgtg 17620298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 256; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 19 - 446
Target Start/End: Original strand, 17645484 - 17645911
Alignment:
Q  19 acttccataggtaagttgccattttcaattagaaatcttgttggcctccgacaattgttcttgagggagtgcatgagcctaactcagctaccagatagta 118  Q
    |||||||||| ||| |||||||||||||||  ||| || ||||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||    
T  17645484 acttccatagataaattgccattttcaattcaaaagctcgttggcctccgacgattgttcttgagggaatgcttgagcctaactcagctaccggatagta 17645583  T
Q  119 ttcgtatattgcctaaactcgagataataacggcttatggttgtggaggatttcgattgtttgaggataaagaaaaggtgggttcagaagtgtttccaga 218  Q
    |||||| |||||||||||| ||||||| || ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||| |    
T  17645584 ttcgtacattgcctaaacttgagataacaatggcttatggttgtagaggatttcaattgtttgaggataaagaaaaagtgggttcaaaaatgtttccaaa 17645683  T
Q  219 agccatgcttgtttgtaaagaaggaagcgaggaatcgcttgatatgtcctctcttaacatatgccctgataatgtcatagaagtatttagtacttcaatt 318  Q
     ||||||||||||| ||||||||||||   ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |    
T  17645684 tgccatgcttgtttataaagaaggaagtccggaattgcttgatatgtcctctcttaacatctgccctgataatgccatagaagtatttagtacttcaact 17645783  T
Q  319 cttgatgataatgttgtattaatgagaaaagggattgctaaagggagaggaaattggtatcaacatgaaagcaacgaatcatccttacgattttggtttc 418  Q
    |||| |  ||||||||  || ||||| |||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||    
T  17645784 cttggtattaatgttgatttcatgagcaaagggattcttgaagggagaggaaattggtatcaacatgaaagcgacaaatcatccttacgtttttggtttc 17645883  T
Q  419 aaaataaattccccaggatagctctgtg 446  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||    
T  17645884 aaaataaattccccaggataactctgtg 17645911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 252; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 16 - 443
Target Start/End: Original strand, 17701675 - 17702102
Alignment:
Q  16 caaacttccataggtaagttgccattttcaattagaaatcttgttggcctccgacaattgttcttgagggagtgcatgagcctaactcagctaccagata 115  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||| ||||    
T  17701675 caaacttccatagataagttgccattttcaattagaaatcttgttggcctccgacaattgttcttgagggaatgcgcgagcctaactcagctaccggata 17701774  T
Q  116 gtattcgtatattgcctaaactcgagataataacggcttatggttgtggaggatttcgattgtttgaggataaagaaaaggtgggttcagaagtgtttcc 215  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  17701775 gtattcatatattgcctaaacttgagataataacggcttatggttgtataggatttcgattgtttgaggataaagaaaaagtgggttcaaaagtgtttcc 17701874  T
Q  216 agaagccatgcttgtttgtaaagaaggaagcgaggaatcgcttgatatgtcctctcttaacatatgccctgataatgtcatagaagtatttagtacttca 315  Q
    | ||||||||||||||| ||||||||||||   || || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| || |||||    
T  17701875 aaaagccatgcttgtttataaagaaggaagtccggtattgcttgatatgtcctctcttaacatatgccccgataatgccatagaagtattttgttcttca 17701974  T
Q  316 attcttgatgataatgttgtattaatgagaaaagggattgctaaagggagaggaaattggtatcaacatgaaagcaacgaatcatccttacgattttggt 415  Q
     || ||  |   |||| ||  || || || | |||||||  | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  17701975 tttattcgtatgaatgctgatttcatcagcatagggattcttgaaggtagaggaaattggtatcaacatgaaagcaacgaatcatccttacatttttggt 17702074  T
Q  416 ttcaaaataaattccccaggatagctct 443  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||||    
T  17702075 ttcaaaataaattccccaagattgctct 17702102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 19 - 244
Target Start/End: Original strand, 17654082 - 17654307
Alignment:
Q  19 acttccataggtaagttgccattttcaattagaaatcttgttggcctccgacaattgttcttgagggagtgcatgagcctaactcagctaccagatagta 118  Q
    |||||||||| |||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||  || ||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||| |||||||    
T  17654082 acttccatagataagttaccagtttcaattggaaatcttgttggcctcgaacgattgttcttgagggaatgcaagagccttactcagctaccggatagta 17654181  T
Q  119 ttcgtatattgcctaaactcgagataataacggcttatggttgtggaggatttcgattgtttgaggataaagaaaaggtgggttcagaagtgtttccaga 218  Q
    |||||||||||||||| || | |||||||| || ||||| |||| ||||||||| |||||||||||||  |||||| |||||||||||||| |||||| |    
T  17654182 ttcgtatattgcctaagcttgggataataatggtttatgattgtagaggatttcaattgtttgaggatcgagaaaaagtgggttcagaagtatttccaaa 17654281  T
Q  219 agccatgcttgtttgtaaagaaggaa 244  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||    
T  17654282 agccatgcttgtttataatgaaggaa 17654307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 69; E-Value: 9e-31
Query Start/End: Original strand, 16 - 148
Target Start/End: Original strand, 17708397 - 17708528
Alignment:
Q  16 caaacttccataggtaagttgccattttcaattagaaatcttgttggcctccgacaattgttcttgagggagtgcatgagcctaactcagctaccagata 115  Q
    |||||||||||||  |||||||||||||||||| || |||||||| |||||| | | | |||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  17708397 caaacttccatagacaagttgccattttcaattggagatcttgttagcctccaagact-gttcttgaggcagtgcaagagtctaactcagctaccagata 17708495  T
Q  116 gtattcgtatattgcctaaactcgagataataa 148  Q
    | ||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  17708496 gcattcgtatattacctaaacttgagataataa 17708528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 16 - 108
Target Start/End: Original strand, 17727835 - 17727926
Alignment:
Q  16 caaacttccataggtaagttgccattttcaattagaaatcttgttggcctccgacaattgttcttgagggagtgcatgagcctaactcagcta 108  Q
    |||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |  | |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  17727835 caaacttccatagacaagttgccattttcaattggaaatcttgttagcctcc-aagactgttcttgagggagtgcaagagtctaactcagcta 17727926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University