View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9901_low_1 (Length: 870)

Name: NF9901_low_1
Description: NF9901
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9901_low_1
NF9901_low_1
[»] chr4 (19 HSPs)
chr4 (12-846)||(38242199-38243034)
chr4 (429-677)||(38237169-38237417)
chr4 (440-677)||(38219663-38219900)
chr4 (429-677)||(38252662-38252910)
chr4 (432-677)||(38247631-38247876)
chr4 (429-677)||(38213265-38213513)
chr4 (391-677)||(38225750-38226036)
chr4 (16-165)||(38220026-38220175)
chr4 (28-200)||(38253194-38253371)
chr4 (12-152)||(38237919-38238059)
chr4 (34-160)||(38226372-38226498)
chr4 (34-161)||(38213992-38214119)
chr4 (675-790)||(38237029-38237147)
chr4 (720-791)||(38247496-38247567)
chr4 (28-70)||(38248176-38248218)
chr4 (261-322)||(38253005-38253066)
chr4 (675-730)||(38225670-38225728)
chr4 (675-729)||(38213186-38213243)
chr4 (261-298)||(38247998-38248035)
[»] chr6 (5 HSPs)
chr6 (390-677)||(17453577-17453861)
chr6 (429-675)||(17432693-17432927)
chr6 (12-165)||(17433384-17433537)
chr6 (12-165)||(17454463-17454616)
chr6 (675-730)||(17432612-17432669)
[»] scaffold0083 (1 HSPs)
scaffold0083 (461-609)||(48989-49137)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (461-609)||(21547807-21547955)
[»] chr2 (6 HSPs)
chr2 (461-619)||(11475169-11475327)
chr2 (459-619)||(11486400-11486560)
chr2 (536-615)||(11480655-11480734)
chr2 (74-150)||(11485810-11485886)
chr2 (536-607)||(11463351-11463422)
chr2 (86-150)||(11479728-11479792)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 804; Significance: 0; HSPs: 19)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 804; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 846
Target Start/End: Complemental strand, 38243034 - 38242199
Alignment:
Q  12 gcagcacagaccatagggaggaaaatgggtgtgttcatgtgaagaggacaagtctcccatttcaaactggtggatatgtgatctatggtgttgcacatca 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38243034 gcagcacagaccatagggaggaaaatgggtgtgttcatgtgaagaggacaagtctcccatttcaaactggtggatatgtgatctatggtgttgcacatca 38242935  T
Q  112 gcattcaggtggaattggatccaccctatatggacaggtaatttccaatagttaaagatagattatactaattcttaaatacttggaagtaccgacactt 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38242934 gcattcaggtggaattggatccaccctatatggacaggtaatttccaatagttaaagatagattatactaattcttaaatacttggaagtaccgacactt 38242835  T
Q  212 gagattaaagatgtatagtcggactccgagacaacactactttgtgattatatataatcccttctatttgttcatgtaatagttttcgattgagattagc 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  38242834 gagattaaagatgtatagtcggactccgagacaacactactttgtgattatatataatcccttctatttgttcatgtaatagttttcgattgaggttagc 38242735  T
Q  312 aaatgtttaattaacaagtaaatgatgtgaataattagcagttgaggactatcggtgcttgttttcattgtatactggtttgtttaagaagttaaacatg 411  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38242734 aaatgtttaattaacaagtaaatggtgtgaataattagcagttgaggactatcggtgcttgttttcattgtatactggtttgtttaagaagttaaacatg 38242635  T
Q  412 gtataatagataaataacttgttttgtgaaattgatggattatgttttcaggatgggagggttatatgttcttctaaaccaagttatggaaatggaagcg 511  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  38242634 gtataatagatcaataacttgttttgtgaaattgatggattatgttttcaggatgggagggttatatgttcttccaaaccaagttatggaaatggaagcg 38242535  T
Q  512 aagcaggaaatgaagcgggatacattgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttcaatcaagattattgatggtgaaactttaactctagagtc 611  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38242534 aagcaggaaatgaagtgggatacattgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttcaatcaagattattgatggtgaaactttaactctagagtc 38242435  T
Q  612 taactacaacaatagccaagaacacactggtgtaatgggatttttctacctattggtggcagaacattctactcgttcttcat-ttttatggacaaataa 710  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  38242434 taactacaacaatagccaagaacacactggtgtaatgggatttttctacctattggtggcagaacattctactcgttcttcattttttatggacaaataa 38242335  T
Q  711 tatacttttagataattagttacttaaatcataatataaatggcgtgtcattgatggtatcaaagtaaaatatgagtgattaattgttaagggcaaccga 810  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38242334 tatacttttagataattagttacttaaatcataatataaatggcgtgtcattgatggtatcaaagtaaaatatgagtgattaattgttaagggcaaccga 38242235  T
Q  811 atacttatacttctctctattcagctagctatgtga 846  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  38242234 atacttacacttctctctattcagctagctatgtga 38242199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 181; E-Value: 2e-97
Query Start/End: Original strand, 429 - 677
Target Start/End: Complemental strand, 38237417 - 38237169
Alignment:
Q  429 cttgttttgtgaaattgatggattatgttttcaggatgggagggttatatgttcttctaaaccaagttatggaaatggaagcgaagcaggaaatgaagcg 528  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38237417 cttgttttgtgaaatttgtggattatgttttcaggatggaagggttatatgttcctctataccaagttatggaaatggaagcgaagcaggaaatgaagcg 38237318  T
Q  529 ggatacattgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttcaatcaagattattgatggtgaaactttaactctagagtctaactacaacaatagcc 628  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |     
T  38237317 ggatacattgtaggaatgtccacttgttatcctaaaccaggttctgtcaagattattgatggtgaaactttaactctagagtctaactacaacagcacca 38237218  T
Q  629 aagaacacactggtgtaatgggatttttctacctattggtggcagaaca 677  Q
    | || ||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  38237217 aggagcacaccggagtaatgggacttttctacctattggtggcagaaca 38237169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 162; E-Value: 5e-86
Query Start/End: Original strand, 440 - 677
Target Start/End: Complemental strand, 38219900 - 38219663
Alignment:
Q  440 aaattgatggattatgttttcaggatgggagggttatatgttcttctaaaccaagttatggaaatggaagcgaagcaggaaatgaagcgggatacattgt 539  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| | |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||  | || ||||||||    
T  38219900 aaatttatggattatgttttcaggatgagagggttatatgctcttcaataccaagatatggaaatggaaacgaagctggaaatgagacaggctacattgt 38219801  T
Q  540 aggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttcaatcaagattattgatggtgaaactttaactctagagtctaactacaacaatagccaagaacacact 639  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||| ||||||||||||||||||||||| |    
T  38219800 aggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttctatcaagattattgatggtgaaactttaactttagtctctatctacaacaatagccaagaacacaat 38219701  T
Q  640 ggtgtaatgggatttttctacctattggtggcagaaca 677  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  38219700 ggtgtaatgggacttttctacctattggtggcagaaca 38219663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 145; E-Value: 7e-76
Query Start/End: Original strand, 429 - 677
Target Start/End: Complemental strand, 38252910 - 38252662
Alignment:
Q  429 cttgttttgtgaaattgatggattatgttttcaggatgggagggttatatgttcttctaaaccaagttatggaaatggaagcgaagcaggaaatgaagcg 528  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||| ||||| ||||||||||||||| |     
T  38252910 cttgttttgtgaaatttgtggattatgttttcaggatgggagggttatatgttcttctataccaaattacggaaagggaagtgaagcaggaaatgaatca 38252811  T
Q  529 ggatacattgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttcaatcaagattattgatggtgaaactttaactctagagtctaactacaacaatagcc 628  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  | |     
T  38252810 ggctacattgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttctgttaagataattgatggtgaaactttgactctagagtctaactacaacagcacca 38252711  T
Q  629 aagaacacactggtgtaatgggatttttctacctattggtggcagaaca 677  Q
    | || ||||| || ||||||||  |||||||| ||||||||||||||||    
T  38252710 aggagcacaccggagtaatggggcttttctacatattggtggcagaaca 38252662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 142; E-Value: 5e-74
Query Start/End: Original strand, 432 - 677
Target Start/End: Complemental strand, 38247876 - 38247631
Alignment:
Q  432 gttttgtgaaattgatggattatgttttcaggatgggagggttatatgttcttctaaaccaagttatggaaatggaagcgaagcaggaaatgaagcggga 531  Q
    ||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||  |||||||||||||| ||        
T  38247876 gttttgtgatatttgtggattatgttttcaggatgggagggttatatgttcttctataccaagttatggaaccggaaatgaagcaggaaatgaggcaacc 38247777  T
Q  532 tacattgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttcaatcaagattattgatggtgaaactttaactctagagtctaactacaacaatagccaag 631  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  | |   |    
T  38247776 tatattgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttctgtcaagattattgatggtgaaactttaaccctagagtctaactacaacagcaccaggg 38247677  T
Q  632 aacacactggtgtaatgggatttttctacctattggtggcagaaca 677  Q
    | |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  38247676 agcacactggagtaatgggacttttctacctattggtggcagaaca 38247631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 141; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 429 - 677
Target Start/End: Complemental strand, 38213513 - 38213265
Alignment:
Q  429 cttgttttgtgaaattgatggattatgttttcaggatgggagggttatatgttcttctaaaccaagttatggaaatggaagcgaagcaggaaatgaagcg 528  Q
    |||||||| ||||||   ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||  |||||||||||||| ||     
T  38213513 cttgttttctgaaatatgtggattatgttttcaggatggaagggttatatgttcttctataccaagttatggaactggaaatgaagcaggaaatgaggca 38213414  T
Q  529 ggatacattgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttcaatcaagattattgatggtgaaactttaactctagagtctaactacaacaatagcc 628  Q
       || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| |||     
T  38213413 aactatattgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttctgtcaagattattgatggtgaaactttgactctagtgtctaactacagcaacagca 38213314  T
Q  629 aagaacacactggtgtaatgggatttttctacctattggtggcagaaca 677  Q
    | || |||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  38213313 aggagcacactggagtaatgggacttttctacttattggtggcagaaca 38213265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 139; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 391 - 677
Target Start/End: Complemental strand, 38226036 - 38225750
Alignment:
Q  391 ttgtttaagaagttaaacatggtataatagataaataacttgttttgtgaaattgatggattatgttttcaggatgggagggttatatgttcttctaaac 490  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||| |||||   ||||| ||||||||||||||| || ||||||||||| |||| ||    
T  38226036 ttgtttaagaagttaaatatggtataatagattaatagcttgttttgcgaaatatgtggatcatgttttcaggatggcagagttatatgttcctctatac 38225937  T
Q  491 caagttatggaaatggaagcgaagcaggaaatgaagcgggatacattgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttcaatcaagattattgatgg 590  Q
    ||||||| ||||||||||  ||||| || |||||  | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||  |||||||    
T  38225936 caagttacggaaatggaaatgaagctgggaatgagacaggctacattgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttctgtcaagatagttgatgg 38225837  T
Q  591 tgaaactttaactctagagtctaactacaacaatagccaagaacacactggtgtaatgggatttttctacctattggtggcagaaca 677  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| ||  | | | || |||||||| ||||||||| |||||||| | ||||||||||||||    
T  38225836 tgaaactttaactctagtgtctaactacagcagcaccaaggagcacactggagtaatgggacttttctacttgttggtggcagaaca 38225750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 110; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 16 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 38220175 - 38220026
Alignment:
Q  16 cacagaccatagggaggaaaatgggtgtgttcatgtgaagaggacaagtctcccatttcaaactggtggatatgtgatctatggtgttgcacatcagcat 115  Q
    |||| |||||| ||| | |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||    
T  38220175 cacaaaccataaggatggaaatggttgtgttcatgtgaagaggataagtctcccatttcaaactggtggttatgtgatctatggtgttgcacatcaacat 38220076  T
Q  116 tcaggtggaattggatccaccctatatggacaggtaatttccaatagtta 165  Q
    || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38220075 tcgggtggaatcggatccaccctatatggacaggtaatttccaatagtta 38220026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 94; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 28 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 38253371 - 38253194
Alignment:
Q  28 ggaggaaaatgggtgtgttcatgtgaagaggacaagtctcccatttcaaactggtggatatgtgatctatggtgttgcacatcagcattcaggtggaatt 127  Q
    ||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||| | ||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  38253371 ggagggaaatgggtgtgttcatgtaaaaaggacaagtctcccactacaaaccggtggctatgtgatctatggtgttgctcatcagcattcaggtggaatt 38253272  T
Q  128 ggatccaccctatatggacaggtaatttccaatagt-----taaagatagattatactaattcttaaatacttggaag 200  Q
    ||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||     || | |||||||  | |||||||||||||||||||||    
T  38253271 ggatcaaccctatttggacaggtaatttgcaatagtcacagtacatatagattgcagtaattcttaaatacttggaag 38253194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 89; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 12 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 38238059 - 38237919
Alignment:
Q  12 gcagcacagaccatagggaggaaaatgggtgtgttcatgtgaagaggacaagtctcccatttcaaactggtggatatgtgatctatggtgttgcacatca 111  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||| |||||    
T  38238059 gcagcacagaccataaggagggaaattcctgtgttcatgtgaagaggacaagtctcccatttcaaactggtggctatatgatctatggtgctgctcatca 38237960  T
Q  112 gcattcaggtggaattggatccaccctatatggacaggtaa 152  Q
     |||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  38237959 acattcaggcggaattggatcaactctatatggacaggtaa 38237919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 83; E-Value: 7e-39
Query Start/End: Original strand, 34 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 38226498 - 38226372
Alignment:
Q  34 aaatgggtgtgttcatgtgaagaggacaagtctcccatttcaaactggtggatatgtgatctatggtgttgcacatcagcattcaggtggaattggatcc 133  Q
    |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  38226498 aaatggttgtgttgatgtgaagaggacaagtctcccactacaaactggtggctatgtgatctatggtgttgctcatcagcattcaggtggaattggatca 38226399  T
Q  134 accctatatggacaggtaatttccaat 160  Q
    || ||||| || |||||||||| ||||    
T  38226398 actctatacgggcaggtaatttacaat 38226372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 76; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 34 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 38214119 - 38213992
Alignment:
Q  34 aaatgggtgtgttcatgtgaagaggacaagtctcccatttcaaactggtggatatgtgatctatggtgttgcacatcagcattcaggtggaattggatcc 133  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||| |||||  |||||| |||||| |||||||||||||| |||||||||||     
T  38214119 aaatggttgtgttcatgtgatgaggacaagtctcccactacaaactggtggctatgttgtctatgctgttgctcatcagcattcaggcggaattggatca 38214020  T
Q  134 accctatatggacaggtaatttccaata 161  Q
    || ||||||||||||||||||| |||||    
T  38214019 actctatatggacaggtaatttgcaata 38213992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 56; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 675 - 790
Target Start/End: Complemental strand, 38237147 - 38237029
Alignment:
Q  675 acattctactcgttcttcattttt-atggaca--aataatatacttttagataattagttacttaaatcataatataaatggcgtgtcattgatggtatc 771  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| |  |||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||| ||| || |||| |||||| ||    
T  38237147 acattctactcgttcttcattttttatggatataaataatatacttttagataattagttacatatatgataatataagtggagtttcatggatggtgtc 38237048  T
Q  772 aaagtaaaatatgagtgat 790  Q
    ||||||| |||||| ||||    
T  38237047 aaagtaatatatgattgat 38237029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 48; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 720 - 791
Target Start/End: Complemental strand, 38247567 - 38247496
Alignment:
Q  720 agataattagttacttaaatcataatataaatggcgtgtcattgatggtatcaaagtaaaatatgagtgatt 791  Q
    ||||||||||||||  | || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  38247567 agataattagttacacatatgataatataaatagcgtgtcattgatggtatcaaagtaaaatatgattgatt 38247496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 28 - 70
Target Start/End: Complemental strand, 38248218 - 38248176
Alignment:
Q  28 ggaggaaaatgggtgtgttcatgtgaagaggacaagtctccca 70  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  38248218 ggagggaaatgggtgtgttcatgtgaaaaggacaagtctccca 38248176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 261 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 38253066 - 38253005
Alignment:
Q  261 atatataatcccttctatttgttcatgtaatagttttcgattgagattagcaaatgtttaat 322  Q
    |||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||| |||  || ||||||||||||    
T  38253066 atatataatcacctctatttgatcatgtaatagttttcgatagagggtaacaaatgtttaat 38253005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 675 - 730
Target Start/End: Complemental strand, 38225728 - 38225670
Alignment:
Q  675 acattctactcgttcttcat-ttttatgg--acaaataatatacttttagataattagt 730  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||  | ||||||||| ||||||||||||||||    
T  38225728 acattctactcgttcttcattttttatggatataaataatatgcttttagataattagt 38225670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 675 - 729
Target Start/End: Complemental strand, 38213243 - 38213186
Alignment:
Q  675 acattctactcgttcttcat-ttttatgg--acaaataatatacttttagataattag 729  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||  | ||||||||| |||||||||||||||    
T  38213243 acattctactcgttcttcattttttatggatataaataatatgcttttagataattag 38213186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 261 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 38248035 - 38247998
Alignment:
Q  261 atatataatcccttctatttgttcatgtaatagttttc 298  Q
    |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  38248035 atatataatcacctctatttgttcatgtaatagttttc 38247998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 146; Significance: 2e-76; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 146; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 390 - 677
Target Start/End: Complemental strand, 17453861 - 17453577
Alignment:
Q  390 tttgtttaagaagttaaacatggtataatagataaataacttgttttgtgaaattgatggattatgttttcaggatgggagggttatatgttcttctaaa 489  Q
    |||| |||||||||||||||| |||| ||| ||||    ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |    
T  17453861 tttgattaagaagttaaacattgtattatacataag---cttgttttgtgaaatttgtggattatgttttcaggatgggagagttatatgttcttctgta 17453765  T
Q  490 ccaagttatggaaatggaagcgaagcaggaaatgaagcgggatacattgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttcaatcaagattattgatg 589  Q
    |||||||||||| ||||||  |||||||||||||| || || ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||    
T  17453764 ccaagttatggacatggaaatgaagcaggaaatgaggcagggtacattgtaggaatgtctacttgttatcctaaaccaggttctgtcaagataattgatg 17453665  T
Q  590 gtgaaactttaactctagagtctaactacaacaatagccaagaacacactggtgtaatgggatttttctacctattggtggcagaaca 677  Q
    |||||| ||||||||  || |||||||||||||| | | |||| || ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  17453664 gtgaaattttaactcatgaatctaactacaacaacaccaaagagcatactggagtaatgggacttttctacctattggtggcagaaca 17453577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 110; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 429 - 675
Target Start/End: Complemental strand, 17432927 - 17432693
Alignment:
Q  429 cttgttttgtgaaattgatggattatgttttcaggatgggagggttatatgttcttctaaaccaagttatggaaatggaagcgaagcaggaaatgaagcg 528  Q
    |||||| ||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||            |||| ||     
T  17432927 cttgttctgtaaaatttgtggattatgttttcaggatgggagggttatatgttcttctacaccaagttatggcaatggaa------------atgaggca 17432840  T
Q  529 ggatacattgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttcaatcaagattattgatggtgaaactttaactctagagtctaactacaacaatagcc 628  Q
    || ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||  ||||||| | ||||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||| | |     
T  17432839 gggtacattgtaggaatgtctacttgttatcctaaaccaggttctgtcaagataaatgatggtgaaattttaactctagaatctaactacaccaacacca 17432740  T
Q  629 aagaacacactggtgtaatgggatttttctacctattggtggcagaa 675  Q
    |||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  17432739 aagaccacactggagtaatgggacttttctacctattggtggcagaa 17432693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 98; E-Value: 8e-48
Query Start/End: Original strand, 12 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 17433537 - 17433384
Alignment:
Q  12 gcagcacagaccatagggaggaaaatgggtgtgttcatgtgaagaggacaagtctcccatttcaaactggtggatatgtgatctatggtgttgcacatca 111  Q
    |||||| |||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  17433537 gcagcagagaccatgaggaggaaaatggttgtgttcatgtgaagaggacaagtctcccactacaaactggtggatatgtgatctatgctgttgctcatca 17433438  T
Q  112 gcattcaggtggaattggatccaccctatatggacaggtaatttccaatagtta 165  Q
     ||||||||||||| |||||| || ||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  17433437 acattcaggtggaactggatcaactctatacggacaggtaatttgcaatagtta 17433384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 90; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 12 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 17454616 - 17454463
Alignment:
Q  12 gcagcacagaccatagggaggaaaatgggtgtgttcatgtgaagaggacaagtctcccatttcaaactggtggatatgtgatctatggtgttgcacatca 111  Q
    ||||||||||||||  ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||    
T  17454616 gcagcacagaccatgaggagggaaatggttgtgttcatgtgaagaggacaagtctcccactgcaaactggtggctatgtgatctatgctgttgctcatca 17454517  T
Q  112 gcattcaggtggaattggatccaccctatatggacaggtaatttccaatagtta 165  Q
     |||||||| ||| ||||||| ||  |||||||||||||||||| |||||||||    
T  17454516 acattcagggggagttggatcaactttatatggacaggtaatttgcaatagtta 17454463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 675 - 730
Target Start/End: Complemental strand, 17432669 - 17432612
Alignment:
Q  675 acattctactcgttcttcattttt-atggac-aaataatatacttttagataattagt 730  Q
    |||||| ||| ||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  17432669 acattccactagttcttcattttttatggattaaataatatacttttagataattagt 17432612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0083 (Bit Score: 69; Significance: 2e-30; HSPs: 1)
Name: scaffold0083
Description:

Target: scaffold0083; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 461 - 609
Target Start/End: Original strand, 48989 - 49137
Alignment:
Q  461 aggatgggagggttatatgttcttctaaaccaagttatggaaatggaagcgaagcaggaaatgaagcgggatacattgtaggaatgtccacatgttatcc 560  Q
    ||||||||| ||| ||||||  ||| |||||||  |||||||||||||  |||||||||||||||   |||||  |||||||||||||||| ||||||||    
T  48989 aggatgggaaggtaatatgtaattcaaaaccaaaatatggaaatggaaaggaagcaggaaatgaaaaaggatatgttgtaggaatgtccacttgttatcc 49088  T
Q  561 taaaccaggttcaatcaagattattgatggtgaaactttaactctagag 609  Q
    | |||||||||| ||||||||  || |||||||||||||||||||||||    
T  49089 tcaaccaggttctatcaagatatttaatggtgaaactttaactctagag 49137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 57; Significance: 2e-23; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 461 - 609
Target Start/End: Original strand, 21547807 - 21547955
Alignment:
Q  461 aggatgggagggttatatgttcttctaaaccaagttatggaaatggaagcgaagcaggaaatgaagcgggatacattgtaggaatgtccacatgttatcc 560  Q
    ||||||||| ||||||||||  ||| || ||||  |||||||||||||  |||||||||||||||   || ||  ||||||||||| |||| ||||||||    
T  21547807 aggatgggaaggttatatgtaattcaaatccaaaatatggaaatggaaaggaagcaggaaatgaaaaagggtatgttgtaggaatgaccacttgttatcc 21547906  T
Q  561 taaaccaggttcaatcaagattattgatggtgaaactttaactctagag 609  Q
    | |||||||||| ||||||||  || ||||||||||||||| |||||||    
T  21547907 tcaaccaggttctatcaagatacttaatggtgaaactttaattctagag 21547955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 51; Significance: 9e-20; HSPs: 6)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 51; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 461 - 619
Target Start/End: Original strand, 11475169 - 11475327
Alignment:
Q  461 aggatgggagggttatatgttcttctaaaccaagttatggaaatggaagcgaagcaggaaatgaagcgggatacattgtaggaatgtccacatgttatcc 560  Q
    |||||||||| ||||||||| |||| |  ||||  || ||||| |||||  |||||||||||||    || || |||||||||||||| |||||||| ||    
T  11475169 aggatgggagagttatatgtacttcaatcccaaagtacggaaaaggaaggaaagcaggaaatgagaaagggtatattgtaggaatgtcaacatgttaccc 11475268  T
Q  561 taaaccaggttcaatcaagattattgatggtgaaactttaactctagagtctaactaca 619  Q
    |||||||||||| ||||||||  |||||||||| ||||||||  |||||  ||||||||    
T  11475269 taaaccaggttctatcaagatatttgatggtgagactttaacattagagagtaactaca 11475327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 459 - 619
Target Start/End: Original strand, 11486400 - 11486560
Alignment:
Q  459 tcaggatgggagggttatatgttcttctaaaccaagttatggaaatggaagcgaagcaggaaatgaagcgggatacattgtaggaatgtccacatgttat 558  Q
    ||||||||| || ||||||||| |||| |  ||||  |||||||| ||||    ||||||||||||    |||||  ||||||| ||||| ||||||||     
T  11486400 tcaggatggaagagttatatgtacttcaatcccaaaatatggaaaaggaaagagagcaggaaatgagaaaggatatgttgtaggcatgtcaacatgttac 11486499  T
Q  559 cctaaaccaggttcaatcaagattattgatggtgaaactttaactctagagtctaactaca 619  Q
    |||||||||||||| ||||||||  |||||||||||| ||||||  ||||| |||||||||    
T  11486500 cctaaaccaggttctatcaagatatttgatggtgaaaatttaacattagagactaactaca 11486560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 536 - 615
Target Start/End: Original strand, 11480655 - 11480734
Alignment:
Q  536 ttgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttcaatcaagattattgatggtgaaactttaactctagagtctaac 615  Q
    ||||||||||||| || ||||| |||| ||||||||| ||||||||  |||||||||||| ||||||| ||||| |||||    
T  11480655 ttgtaggaatgtcaacttgttaccctataccaggttctatcaagatatttgatggtgaaattttaactttagaggctaac 11480734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 74 - 150
Target Start/End: Original strand, 11485810 - 11485886
Alignment:
Q  74 caaactggtggatatgtgatctatggtgttgcacatcagcattcaggtggaattggatccaccctatatggacaggt 150  Q
    |||| |||||| ||||| |||||||| ||||  |||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||| ||||    
T  11485810 caaaatggtggttatgtcatctatggagttggtcatcagcattcaggtgcaattggatcaactctatatggaaaggt 11485886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 536 - 607
Target Start/End: Original strand, 11463351 - 11463422
Alignment:
Q  536 ttgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttcaatcaagattattgatggtgaaactttaactctag 607  Q
    ||||||||||||| || ||||| |||||||||||||| |||||| |  |||||||||||| |||||| ||||    
T  11463351 ttgtaggaatgtcaacttgttaccctaaaccaggttctatcaagttatttgatggtgaaattttaacactag 11463422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 86 - 150
Target Start/End: Original strand, 11479728 - 11479792
Alignment:
Q  86 tatgtgatctatggtgttgcacatcagcattcaggtggaattggatccaccctatatggacaggt 150  Q
    ||||| || ||||| ||||  |||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||    
T  11479728 tatgtcatatatggagttggccatcagcattcaggtgcaattggatcaactctatatggacaggt 11479792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University