View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF9902_low_11 (Length: 355)
Name: NF9902_low_11
Description: NF9902
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF9902_low_11 |
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Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 304; Significance: 1e-171; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 304; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 1 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 41095454 - 41095118
Alignment:
| Q |
1 |
tcaatcatgttaggttaaagagaaattatgatcttgaaatgataaacacatatagcttatgttttccacactgtatggcttctactttatttcattcgat |
100 |
Q |
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||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
41095454 |
tcaatcatgttaggttaaaga--aattatgatcttgaaatgataaacacatatagcttatgttttccacactgtatggcttctactttatttcattcgat |
41095357 |
T |
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| Q |
101 |
ataatcccatcatatgataacatgcaaggcaatttgaattgaaacatcattagtattgaacagatcatgcataatacaacaccaataaaagtgcagtaca |
200 |
Q |
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| T |
41095356 |
ataatcccatcatataataacatgcaaggcaatttgaattgaaacatcattagtagtgaacagatcatgcataatacaacaccaataaaagtgcagtacg |
41095257 |
T |
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| Q |
201 |
gaaatcaataaatggaaattgaaatagagagatgcaacaagtaattgatttggattaatttcgtatgtagcagcgacatcaaataacaaggactgaattc |
300 |
Q |
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| T |
41095256 |
gaaatcaataaatggaaattgaaatagagagatgcaacaattaattgattcggattaatttcgtatgtagcagcgacatcaaataacaaggactgaattc |
41095157 |
T |
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| Q |
301 |
aaatagataaggcaacaataataagaagtaacacacatg |
339 |
Q |
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| T |
41095156 |
aaatagataaggcaacaataataagaagtaacactcatg |
41095118 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 292; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 1 - 339
Target Start/End: Original strand, 14048395 - 14048731
Alignment:
| Q |
1 |
tcaatcatgttaggttaaagagaaattatgatcttgaaatgataaacacatatagcttatgttttccacactgtatggcttctactttatttcattcgat |
100 |
Q |
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| T |
14048395 |
tcaatcatgttaggttaaaga--aattatgatcttgaaatgataaacacatatagcttatgttttccacactgtatgggttctactttatttcattcgat |
14048492 |
T |
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| Q |
101 |
ataatcccatcatatgataacatgcaaggcaatttgaattgaaacatcattagtattgaacagatcatgcataatacaacaccaataaaagtgcagtaca |
200 |
Q |
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| T |
14048493 |
ataatcccatcatataataacatgcaaggcaatttgaattgaaacatcattagtagtgaatagatcatgcataatacaacaccaataaaattgcagtacg |
14048592 |
T |
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| Q |
201 |
gaaatcaataaatggaaattgaaatagagagatgcaacaagtaattgatttggattaatttcgtatgtagcagcgacatcaaataacaaggactgaattc |
300 |
Q |
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| T |
14048593 |
gaaatcaataaatggaaattgaaatagagagatgcaacaagtaattgatttggattaatttcgtatgtagcagcgacatcaaataacaaggactgaattc |
14048692 |
T |
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| Q |
301 |
aaatagataaggcaacaataataagaagtaacacacatg |
339 |
Q |
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| T |
14048693 |
aaatggataaggcaacaataataagtagtaacacgcatg |
14048731 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 292; Significance: 1e-164; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 292; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 1 - 339
Target Start/End: Original strand, 13611786 - 13612122
Alignment:
| Q |
1 |
tcaatcatgttaggttaaagagaaattatgatcttgaaatgataaacacatatagcttatgttttccacactgtatggcttctactttatttcattcgat |
100 |
Q |
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| T |
13611786 |
tcaatcatgttaggttaaaga--aattatgatcttgaaatgataaacacatatagcttatgttttccacactgaatggcttttactttatttcattcgat |
13611883 |
T |
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| Q |
101 |
ataatcccatcatatgataacatgcaaggcaatttgaattgaaacatcattagtattgaacagatcatgcataatacaacaccaataaaagtgcagtaca |
200 |
Q |
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| T |
13611884 |
ataatcccatcatataataacatgcaaggcaatttgaattgaaacatcattagtagtgaacaaatcatgcataatacaacaccaataaaagtgcagtacg |
13611983 |
T |
|
| Q |
201 |
gaaatcaataaatggaaattgaaatagagagatgcaacaagtaattgatttggattaatttcgtatgtagcagcgacatcaaataacaaggactgaattc |
300 |
Q |
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| T |
13611984 |
gaaatcaataaatggaaattgaaatagagagatgcaacaattaattgattcggattaatttcgtatgtagcagcgacatcaaataacaaggactgaattc |
13612083 |
T |
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| Q |
301 |
aaatagataaggcaacaataataagaagtaacacacatg |
339 |
Q |
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| T |
13612084 |
aaatagataaggcaacaataataagaagtaacactcatg |
13612122 |
T |
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