View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9903_low_1 (Length: 661)

Name: NF9903_low_1
Description: NF9903
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9903_low_1
NF9903_low_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (14-642)||(5418085-5418713)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 581; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 581; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 642
Target Start/End: Original strand, 5418085 - 5418713
Alignment:
Q  14 cagagaaaaaagccacgtaaacaaacacagtttttggtgctatgaacaactcatacaatgcaatgaatatggcaatttgacaatatcaatatgcatatgc 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5418085 cagagaaaaaagccacgtaaacaaacacagtttttggtgctatgaacaactcatacaatgcaatgaatatggcaatttgacaatatcaatatgcatatgc 5418184  T
Q  114 aacgtttcatcttgatgatcaatcaatatatatacatataggggacaaacgacaattaaattcgagtatggatcaataaagccataaagtacgtacgcgg 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5418185 aacgtttcatcttgatgatcaatcaatatatatacatataggggacaaacgacaattaaattcgagtatggatcaataaagccataaagtacgtacgcgg 5418284  T
Q  214 cttccgcacataataccacactaccaaacccactatccagctgtctctttgcttgcaattttgagatgtcaatacatttcacaaaccaaagctaaaagac 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  5418285 cttccgcacataataccacactaccaaacccactatccagctgtctctttgcttgcaattttgagatgtcaatacatttcacaaaacaaagctaaaagac 5418384  T
Q  314 tcataaattgactcaataaccttgaatttggtttaactgttttctagaatccgcattcacgtagtcgagacacaagtgaccgtttgattttaatgtaatt 413  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5418385 tcataaattgactcaataaccttgaatttggtttaactgttttctagaatccgcattcacttagtcgagacacaagtgaccgtttgattttaatgtaatt 5418484  T
Q  414 taaaattatagagtttgaatctgaatcgtccaatcttaatcaaatcaccactaaagttctagagtacgtgaatgcgcagaatccttaaaattaaagatga 513  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||    
T  5418485 taaaaatatagagtttgaatgtgaatcgtccaatcttaatcaaataaccactaaaattctagagtacgtgaatacgcggaatccttaaaattaaaggtga 5418584  T
Q  514 gcatgatccaattccctttagttataccttcccatcttttcacctacccattttgtactataaataatgtcactcacacaattcaaccacataagcctca 613  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5418585 gcatgatccaattccctttagttataccttcccatcttttcacctacccattttctactataaataatctcactcacacaattcaaccacataagcctca 5418684  T
Q  614 aacttccttagtgagtttcccttcctctg 642  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  5418685 aacttccttagtgagttttccttcctctg 5418713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University