View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9907_1 (Length: 1168)

Name: NF9907_1
Description: NF9907
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9907_1
NF9907_1
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (19-1139)||(3939679-3940808)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (805-931)||(2983888-2984014)
chr7 (618-703)||(2984649-2984734)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 972; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 972; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 1139
Target Start/End: Complemental strand, 3940808 - 3939679
Alignment:
Q  19 ggacatcatcctttaaatcttcatagccttcaactccaaagcagaaacggacagtgttatcataaattctatatttttccctttctttccttggaagatc 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3940808 ggacatcatcctttaaatcttcatagccttcaactccaaagcagaaacggacggtgttatcataaattctatatttttccctttctttccttggaagatc 3940709  T
Q  119 cctatagcaaaatnnnnnnngaatatattaaaatatacatatttcctctataatggataaagttaaatcatacatttgaaaaagattcaatcaaatacca 218  Q
    |||||||||||||       ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3940708 cctatagcaaaataaaaaaagaaaatattaaaatatacatatttcctctataatggataaagttaaatcatacatttgaaaaagattcaatcaaatacca 3940609  T
Q  219 ataagacatgattgctggctgattcacaacactctcaacaccaccaaaggatggagcaatgtatgggattttcaacgaatcaacaaactttatcgtcctc 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  3940608 ataagacatgattgctggctgattcacaacactctcaacaccaccaaaggatggagcaatgtatgggattttcaatgaatcaacaaactttatcgtcctc 3940509  T
Q  319 attatatctccatcaatctgcatgattagaaacatcataatccaaatttactaaataataataacaccaaaaacataatttaaatgagaaacatagttta 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  3940508 attatatctccatcaatctgcatgattagaaacatcataatccaaatttactaaataataataacaccaaaaacataatttaaatgaaaaacataattta 3940409  T
Q  419 cttcaaatataaaagtagtttatcggtttaatgactatacactgacaatttaaaaccttttctttacacaatcgtcaaattcaatgatcgtgtgaaagaa 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  3940408 cttcaaatataaaagtagtttatcggtttaatgactatacactgacaatttaaaaccttttttttacacaatcgtcaaattcgatgatcgtgtgaaagaa 3940309  T
Q  519 tgttttaaattgttagtgtatagtcattcaacagatgaactattactcactttagaaag-nnnnnnnnntgcaaatcaaggtaaaagaacaaaccataca 617  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||          |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3940308 tgttttaaattgtcagtgtatagtcattcaacggatgaactattactcactttagaaagaaaaaaaaaatgcaaatcaaggtaaaagaacaaaccataca 3940209  T
Q  618 tcaaaacagacaacacctccaaaaccagtcatttgcctcttggcgagggcatattcgggatgacttggcaagccgggatagtagactcgtgtcacctatc 717  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3940208 tcaaaacagacaacacctccaaaaccagtcatttgcctcttggcgagggcatattcgggatgacttggcaagccgggatagtagactcgtgtcacctatc 3940109  T
Q  718 aataacattgaaaatagtcatcgtcgatgaattgcattatatcttgaacatcattgttgaagatataaactagacattgtctatatcaatgccaagatac 817  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3940108 aataacatcgaaaatagtcatcgtcgatgaattgcattatatcttgaacatcattgttgaagatataaactagacattgtctatatcaatgccaagatac 3940009  T
Q  818 cttaggatgtgtctctaaaagttgggccatcttcattgctgttgcattttgatgttgtacacgaagatgcaaggttttcatacctctaatgactaggtat 917  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3940008 cttaggatgtgtctctaaaagttgggccatcttcattgctgttgaattttgatgttgtacacgaagatgcaaggttttcatacctctaatgactaggtat 3939909  T
Q  918 gcagaattctgttatcataaacatgtag--------caacatagtaactaaaaatatgcataatttctcgtnnnnnnnttaagtcaaaacatgtttaatt 1009  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||| |||||||||| |       ||||||||||||||||||||||    
T  3939908 gcagaattctgttatcataaacatgtagcaacatgtcaacatagtaactaaaaatatgtataatttctcataaaaaaattaagtcaaaacatgtttaatt 3939809  T
Q  1010 caaaggtgaagggaacaatcatgtagaaatgtgtaccgggctaagagtgccacccaaaatgaaatggaaactacgaacttgtgaaatcaacttctctgaa 1109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3939808 caaaggtgaagggaacaatcatgtagaaatgtgtaccgggctaagagtgccacccaaaatgaaatggaaactacgaacttgtgaaatcaacttctctgaa 3939709  T
Q  1110 ccacttatgcaaccagcaaggacctaaaac 1139  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3939708 ccacttatgcaaccagcaaggacctaaaac 3939679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 55; Significance: 5e-22; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 805 - 931
Target Start/End: Complemental strand, 2984014 - 2983888
Alignment:
Q  805 aatgccaagataccttaggatgtgtctctaaaagttgggccatcttcattgctgttgcattttgatgttgtacacgaagatgcaaggttttcatacctct 904  Q
    ||||||| | |||||| ||||||| ||||||||||| ||||||| ||||| | |||| ||| || || ||||||||||||||||  |||||||| |||||    
T  2984014 aatgccatggtaccttgggatgtgcctctaaaagtttggccatcctcattccggttgaattctgttgctgtacacgaagatgcagcgttttcatgcctct 2983915  T
Q  905 aatgactaggtatgcagaattctgtta 931  Q
     |||| ||||||||||| |||||||||    
T  2983914 gatgaataggtatgcagcattctgtta 2983888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 618 - 703
Target Start/End: Complemental strand, 2984734 - 2984649
Alignment:
Q  618 tcaaaacagacaacacctccaaaaccagtcatttgcctcttggcgagggcatattcgggatgacttggcaagccgggatagtagac 703  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||| |||| ||  | | ||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  2984734 tcaaaactgaccacacctccaaaaccagtcatctgcctcatggcaagctcgtgttcaggatgacttggcaagcctggatagtagac 2984649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University