View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9910_low_1 (Length: 773)

Name: NF9910_low_1
Description: NF9910
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9910_low_1
NF9910_low_1
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (11-758)||(44450215-44450963)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 721; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 721; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 758
Target Start/End: Complemental strand, 44450963 - 44450215
Alignment:
Q  11 cataggtgagactaaattcatgttattttctacattggagggataaattgatatcaactggaactaaattgttgtaacatttttagaaggccaaatttgt 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44450963 cataggtgagactaaattcatgttattttctacatttgagggataaattgatatcaactggaactaaattgttgtaacatttttagaaggccaaatttgt 44450864  T
Q  111 gccactttctgcgattgagggattaaactgttattaactttcttcagggtaccataatgaatgttaagtctgttctttttacctggagattattcattat 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44450863 gccactttctgcgattgagggattaaactgttattaactttcttcagggtaccataatgaatgttaagtctgttctttttacctggagattattcattat 44450764  T
Q  211 tttaaacaaagtcaaattcacagttctttaaaccaatgtattttcttaaagtaaatgcatttgagtatattactaatcaaatttcaagtatgtcagtgcg 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  44450763 tttaaacaaagtcaaattcacagttctttaaaccaatgtattttcttaaagtaaatgcatttgagtatattactaatcaaatttcaagtatgtcaatgcg 44450664  T
Q  311 ccaaattcctaaacaattaccatgttttcatttcggcacgagggggaagcaacaaacaaggctaggtcctaagaagggctgtgcccattacattagctag 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44450663 ccaaattcctaaacaattaccatgttttcattttggtacgagggggaagcaacaaacaaggctaggtcctaagaagggctgtgcccattacattagctag 44450564  T
Q  411 caagaggggtgcaaggtcaggggaggagagttgagaattggcatgctatgttagtattattgacggccccgaatatgtactcatataatataatctatag 510  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44450563 caagaggggtgcaaggtcaggggaggagagttgagaattggcatgctatgttagtattattgacggccccgaatatgtactcatataatataatctatag 44450464  T
Q  511 tgta-agatgtacttccggcacctgagtgtgtactctctacactacaaagcacaaacagtatgacatcaacatgtttgctaaagcctaaaacacatcatt 609  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44450463 tgtatagatgtacttccggcacctgagtgtgtactctctacactacaaagcacaaacagtatgacatcaacatgtttgctaaagcctaaaacacatcatt 44450364  T
Q  610 tccgtccgaagtaggacaaaaacaatgcacgtgaaatcattgatgacaggaatttttcaataggcttaaagaaattgagtaatagaacaatggcatttga 709  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44450363 tccgtccgaagtaggacaaaaataatgcacgtgaaatcattgatgacaggaatttttcaataggcttaaagaaattgagtaatagaacaatggcatttga 44450264  T
Q  710 atagcttatatagcaaaataaattgtgaatgtcaaagaataaagaactt 758  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44450263 atagcttatatagcaaaataaattgtgaatgtcaaagaataaagaactt 44450215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University