View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9913A_low_19 (Length: 465)

Name: NF9913A_low_19
Description: NF9913A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9913A_low_19
NF9913A_low_19
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (16-454)||(5172698-5173136)
chr4 (23-454)||(4842396-4842827)
chr4 (23-447)||(5159789-5160213)
chr4 (23-447)||(5182037-5182458)
chr4 (25-454)||(5195424-5195853)
chr4 (23-438)||(5213606-5214018)
chr4 (25-305)||(4856875-4857151)
chr4 (25-159)||(7142257-7142390)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 283; Significance: 1e-158; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 283; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 16 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 5173136 - 5172698
Alignment:
Q  16 catcagaatcaaattatattgataagaaagaaaagtaggaatgacacttcctttgtccttgtttaggttgaaatttctaagaatgagggacttcaattga 115  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  5173136 catcagtatcaaattatattgataagaaagaaaagtaggaatgacacttcctttgtccttgtttaggttgcaatttctaagaatgagggacttcaattga 5173037  T
Q  116 aatttcggaatccactttgttttttcagtttcaatgtgtactccggtactattgttcggtgaaatatatagatgttgaagattggagtgattagccaagg 215  Q
    ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || || || |||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||      
T  5173036 aatttaggaaaccactttgttttttcagtttcaatgtgtactccagtgctgtttttcgatgaaatatgtagatgctgaagattggagtgattagccaaaa 5172937  T
Q  216 tggtcaatgaaaatgatccttgcatgtaatttccaaagaaggataagtatgccagggatgtgagattggtagtgaaggatggaaaatttccagtgaacag 315  Q
    || | | ||||||||||||||||||||||||| || |||  |||||| ||| || ||||||||||||  || |||||||||||||||||||| |||| ||    
T  5172936 tgataagtgaaaatgatccttgcatgtaattttcatagagtgataagaatgtcaaggatgtgagattactaatgaaggatggaaaatttccactgaatag 5172837  T
Q  316 attattgccaaggtcaagaactctgaggtttgttaagttgcttaaacactcaggaagtttagcatcaaacatgttattgctgatgtccagttctaccaaa 415  Q
    ||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  5172836 attatggctaaggtcaagaattctgaggtttgttaagttacttaaacactcaggaagtttagccccaaacatgtttttgctgatatccagttctaccaaa 5172737  T
Q  416 cccttcaaactgcatagtcctgtaataattaactatgtc 454  Q
     |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  5172736 tccttcaaattgcatagtcctgtcataattaactatgtc 5172698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 276; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 23 - 454
Target Start/End: Original strand, 4842396 - 4842827
Alignment:
Q  23 atcaaattatattgataagaaagaaaagtaggaatgacacttcctttgtccttgtttaggttgaaatttctaagaatgagggacttcaattgaaatttcg 122  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  4842396 atcaaattatattgataagaaagaaaagtaggaatgacacttcctttcttcatgtttaggttgcaatttctaagaatgagggacttcaattgaaatttag 4842495  T
Q  123 gaatccactttgttttttcagtttcaatgtgtactccggtactattgttcggtgaaatatatagatgttgaagattggagtgattagccaaggtggtcaa 222  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| || || | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  || | |     
T  4842496 gaaaccactttgttttttcagtttcaatgtgtactccaatactgtttttagatgaaatatatagatgctgaagattggagtgattagccaaattgataag 4842595  T
Q  223 tgaaaatgatccttgcatgtaatttccaaagaaggataagtatgccagggatgtgagattggtagtgaaggatggaaaatttccagtgaacagattattg 322  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || |||  |||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |    
T  4842596 tgaaaatgatccttgcatgtaattttcatagagtgataagaatgtcaaggatgtgagattggtagtgaaggatggaaaatttccaccgaacagattatgg 4842695  T
Q  323 ccaaggtcaagaactctgaggtttgttaagttgcttaaacactcaggaagtttagcatcaaacatgttattgctgatgtccagttctaccaaacccttca 422  Q
    | ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||| ||||||||| ||||| ||||||    
T  4842696 ctaaggtcaagaattctgaggtttgttaagttacttaaacactcaggaagtttagccccaaacatgtttttgctgatatccagttcttccaaatccttca 4842795  T
Q  423 aactgcatagtcctgtaataattaactatgtc 454  Q
    || ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  4842796 aattgcatagtcctgtcataattaactatgtc 4842827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 269; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 23 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 5160213 - 5159789
Alignment:
Q  23 atcaaattatattgataagaaagaaaagtaggaatgacacttcctttgtccttgtttaggttgaaatttctaagaatgagggacttcaattgaaatttcg 122  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |    
T  5160213 atcaaattgtattgataagaaagaaaagtaggaatgacacttcctttgtccttgtttaggttgcaatttctaagaatgagtgacttcaattgaaatttag 5160114  T
Q  123 gaatccactttgttttttcagtttcaatgtgtactccggtactattgttcggtgaaatatatagatgttgaagattggagtgattagccaaggtggtcaa 222  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||  || | || || | |||||||||||||   | ||||||||| ||||||||||| ||| ||||    
T  5160113 gaaaccactttgttttttcagtttcaatgtctactccaatattgttttttgatgaaatatatagaacctcaagattggaatgattagccaaagtgctcaa 5160014  T
Q  223 tgaaaatgatccttgcatgtaatttccaaagaaggataagtatgccagggatgtgagattggtagtgaaggatggaaaatttccagtgaacagattattg 322  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||| |||||||| |||||| |||||||||||||     
T  5160013 tgaaaatgatccttgcatgtaatttccatagaaggataagtatgccagtgatgtgagattgctaatgaaagatggaaactttccactgaacagattatta 5159914  T
Q  323 ccaaggtcaagaactctgaggtttgttaagttgcttaaacactcaggaagtttagcatcaaacatgttattgctgatgtccagttctaccaaacccttca 422  Q
    | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||| | |||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  5159913 ctaagttcaagaactctgaggtttgttaagttgcttaaacactcaggaaatttagcactaaacatgttctggctgatatccagttctaccaaatccttca 5159814  T
Q  423 aactgcatagtcctgtaataattaa 447  Q
    || ||||||||||||| ||||||||    
T  5159813 aattgcatagtcctgtcataattaa 5159789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 263; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 23 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 5182458 - 5182037
Alignment:
Q  23 atcaaattatattgataagaaagaaaagtaggaatgacacttcctttgtccttgtttaggttgaaatttctaagaatgagggacttcaattgaaatttcg 122  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||| |    
T  5182458 atcaaattatattgatatgaaagaaaagtaggaatgacacctcctttctccttgtttaggttgcaatttctaagaatgagtgtcttcaattgaaatttgg 5182359  T
Q  123 gaatccactttgttttttcagtttcaatgtgtactccggtactattgttcggtgaaatatatagatgttgaagattggagtgattagccaaggtggtcaa 222  Q
    ||| ||||||||| ||||||||||||||| | |||||   ||| || | |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||| ||||    
T  5182358 gaaaccactttgtcttttcagtttcaatgagaactcc---actgttttccggtgaaatatatagatgctgaagatttgagtgattagccaaagtgctcaa 5182262  T
Q  223 tgaaaatgatccttgcatgtaatttccaaagaaggataagtatgccagggatgtgagattggtagtgaaggatggaaaatttccagtgaacagattattg 322  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||| ||||||||||||||| |||||||||||||     
T  5182261 tgaaaatgatccttgcatgtaatttccatagaaggataagtatgccagtgatgtgagattgctaatgaaagatggaaaatttccactgaacagattatta 5182162  T
Q  323 ccaaggtcaagaactctgaggtttgttaagttgcttaaacactcaggaagtttagcatcaaacatgttattgctgatgtccagttctaccaaacccttca 422  Q
    | ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||| |||||| |||| |||||||||| ||||||    
T  5182161 ctaagttcaagaactctaaggtttgttaagttgcttaaacactctggaagtttagcactaaacatgttatagctgatatccaattctaccaaatccttca 5182062  T
Q  423 aactgcatagtcctgtaataattaa 447  Q
    || ||||||||||||| ||||||||    
T  5182061 aattgcatagtcctgtcataattaa 5182037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 262; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 25 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 5195853 - 5195424
Alignment:
Q  25 caaattatattgataagaaagaaaagtaggaatgacacttcctttgtccttgtttaggttgaaatttctaagaatgagggacttcaattgaaatttcgga 124  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||| || ||||||||||||||||| |||    
T  5195853 caaattatattgatatgaaagaaaagtaggaatgacacttccttcgtccttgtttaggttgcaatttctaacaataagtgacttcaattgaaatttagga 5195754  T
Q  125 atccactttgttttttcagtttcaatgtgtactccggtactattgttcggtgaaatatatagatgttgaagattggagtgattagccaaggtggtcaatg 224  Q
    | |||||||||||||||||||||||||| ||||||  || | || || | |||||||||||||   | ||||||||| ||||||||||| ||| ||||||    
T  5195753 aaccactttgttttttcagtttcaatgtctactccaatattgttttttgatgaaatatatagaacctcaagattggaatgattagccaaagtgctcaatg 5195654  T
Q  225 aaaatgatccttgcatgtaatttccaaagaaggataagtatgccagggatgtgagattggtagtgaaggatggaaaatttccagtgaacagattattgcc 324  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |     
T  5195653 aaaatgatccttgcatgtaatttccatagaaggataagtatgccagtgatgtgagattgctaatgaaagatggaaaatttccactgaacagattattact 5195554  T
Q  325 aaggtcaagaactctgaggtttgttaagttgcttaaacactcaggaagtttagcatcaaacatgttattgctgatgtccagttctaccaaacccttcaaa 424  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||  ||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||| |||    
T  5195553 aagttcaagaactctgaggtttgttaagttgcttaaacaatctggaagtttagcactaaacatgtttttgctgatatccagttctaccaaatccttaaaa 5195454  T
Q  425 ctgcatagtcctgtaataattaactatgtc 454  Q
     ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  5195453 ttgcatagtcctgtcataattaactatgtc 5195424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 23 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 5214018 - 5213606
Alignment:
Q  23 atcaaattatattgataagaaagaaaagtaggaatgacacttcctttgtccttgtttaggttgaaatttctaagaatgagggacttcaattgaaatttcg 122  Q
    |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||| |    
T  5214018 atcaaactatattgatatgaaagaaaagtaggaatgacacttcctttgtccttgtttaagttgcaatttctaagaatgagtgtcttcaattgaaatttgg 5213919  T
Q  123 gaatccactttgttttttcagtttcaatgtgtactccggtactattgttcggtgaaatatatagatgttgaagattggagtgattagccaaggtggtcaa 222  Q
    | | ||||||||| |||||||||||||||| | | ||  | || ||||  | ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  5213918 gtaaccactttgtcttttcagtttcaatgtttgcaccaatgct-ttgt--gatgaaatatatagatgctggagattggagtgattagccaaagtgctcaa 5213822  T
Q  223 tgaaaatgatccttgcatgtaatttccaaagaaggataagtatgccagggatgtgagattggtagtgaaggatggaaaatttccagtgaacagattattg 322  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||  || |||||||||||||||||||| |||||| ||||| |    
T  5213821 tgaaaatgatccttgcatgtaatttccaaagagggataagtatgccagtgatgtgagattactaatgaaggatggaaaatttccactgaacaaattatag 5213722  T
Q  323 ccaaggtcaagaactctgaggtttgttaagttgcttaaacactcaggaagtttagcatcaaacatgttattgctgatgtccagttctaccaaacccttca 422  Q
    | ||| ||||||||  | |||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||   ||||||||||| |||||| || || ||||||||| ||||||    
T  5213721 ctaagttcaagaacattcaggtttgttaagttgcttaaacactcgggaagttgcgcgctaaacatgttatagctgatatctagctctaccaaatccttca 5213622  T
Q  423 aactgcatagtcctgt 438  Q
    |  |||||||||||||    
T  5213621 atttgcatagtcctgt 5213606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 175; E-Value: 5e-94
Query Start/End: Original strand, 25 - 305
Target Start/End: Original strand, 4856875 - 4857151
Alignment:
Q  25 caaattatattgataagaaagaaaagtaggaatgacacttcctttgtccttgtttaggttgaaatttctaagaatgagggacttcaattgaaatttcgga 124  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||    
T  4856875 caaattatattgatatgaaagaaaagtaggaatgacacttccttcgtccatgtttaggttgcaatttctaagaatgagtgtcttcaattgaaatttggga 4856974  T
Q  125 atccactttgttttttcagtttcaatgtgtactccggtactattgttcggtgaaatatatagatgttgaagattggagtgattagccaaggtggtcaatg 224  Q
    | ||||||||| ||||||||||||||| | |||||   ||| || | |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  4856975 aaccactttgtcttttcagtttcaatgagaactcc---actgttttccggtgaaatatatagatgctgaagatttgagtgattagccaaagtggtcaatg 4857071  T
Q  225 aaaatgatccttgcatgtaatttccaaagaaggataagtatgccagggatgtgagattggtagtgaaggatggaaaatttc 305  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4857072 aaaatgatccttgcatgtaatttccatagatggat-agtatgcaagagatgtgagattggtagtgaaggatggaaaatttc 4857151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 25 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 7142390 - 7142257
Alignment:
Q  25 caaattatattgataagaaagaaaagtaggaatgacacttcctttgtccttgtttaggttgaaatttctaagaatgagggacttcaattgaaatttcgga 124  Q
    |||||||| |||||| |||| |||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||  || || |  |  | ||||||| | |||    
T  7142390 caaattatgttgatatgaaaaaaaactaggaatgacatttcctttgtccatgttttggttgcaatttttaa-cataagtgtatgtagttgaaatctagga 7142292  T
Q  125 atccactttgttttttcagtttcaatgtgtactcc 159  Q
    | ||||||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  7142291 aaccactttgtattttcagtttcaacgtgtactcc 7142257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University