View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9913A_low_446 (Length: 219)

Name: NF9913A_low_446
Description: NF9913A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9913A_low_446
NF9913A_low_446
[»] chr1 (8 HSPs)
chr1 (19-215)||(51052414-51052610)
chr1 (19-215)||(11909115-11909311)
chr1 (19-215)||(35540983-35541179)
chr1 (19-215)||(6050537-6050733)
chr1 (96-192)||(16917842-16917938)
chr1 (110-191)||(47623111-47623192)
chr1 (110-192)||(43388392-43388474)
chr1 (29-192)||(37191243-37191406)
[»] chr5 (20 HSPs)
chr5 (19-215)||(30732324-30732520)
chr5 (19-215)||(12825133-12825329)
chr5 (19-215)||(27117171-27117367)
chr5 (20-215)||(42513655-42513850)
chr5 (19-139)||(12820035-12820155)
chr5 (43-215)||(23238342-23238514)
chr5 (45-207)||(8227986-8228148)
chr5 (29-215)||(28535685-28535871)
chr5 (43-215)||(35983801-35983973)
chr5 (82-192)||(19255155-19255265)
chr5 (47-215)||(42928093-42928261)
chr5 (86-215)||(31641513-31641641)
chr5 (96-192)||(25857457-25857553)
chr5 (106-192)||(27767063-27767149)
chr5 (110-191)||(10776789-10776870)
chr5 (96-192)||(8300215-8300311)
chr5 (110-192)||(33385407-33385489)
chr5 (19-83)||(3418717-3418781)
chr5 (56-192)||(18359125-18359260)
chr5 (86-202)||(33169659-33169775)
[»] chr2 (9 HSPs)
chr2 (19-215)||(4552103-4552299)
chr2 (82-192)||(41207013-41207123)
chr2 (86-192)||(15917655-15917761)
chr2 (44-190)||(28252679-28252825)
chr2 (106-192)||(12645557-12645643)
chr2 (86-192)||(17764995-17765101)
chr2 (71-190)||(14439738-14439857)
chr2 (89-192)||(40176672-40176775)
chr2 (71-192)||(10999984-11000104)
[»] chr3 (18 HSPs)
chr3 (19-215)||(2364211-2364407)
chr3 (19-215)||(7312710-7312906)
chr3 (19-215)||(19920239-19920435)
chr3 (19-215)||(10323581-10323777)
chr3 (43-215)||(34332825-34332997)
chr3 (29-215)||(40930538-40930724)
chr3 (106-193)||(7032339-7032426)
chr3 (110-192)||(29523778-29523860)
chr3 (110-192)||(11203844-11203926)
chr3 (110-191)||(33496572-33496653)
chr3 (110-192)||(12342259-12342340)
chr3 (86-192)||(26771022-26771128)
chr3 (96-179)||(7031063-7031146)
chr3 (71-192)||(35214404-35214525)
chr3 (86-206)||(15312584-15312704)
chr3 (110-192)||(36801108-36801190)
chr3 (93-202)||(963186-963295)
chr3 (86-202)||(2755843-2755959)
[»] scaffold0369 (1 HSPs)
scaffold0369 (19-215)||(11215-11411)
[»] scaffold0034 (1 HSPs)
scaffold0034 (19-215)||(105853-106049)
[»] chr8 (14 HSPs)
chr8 (19-215)||(7924320-7924516)
chr8 (19-215)||(8299737-8299933)
chr8 (19-215)||(172037-172233)
chr8 (43-215)||(13396346-13396518)
chr8 (43-213)||(32266522-32266692)
chr8 (43-215)||(41665379-41665551)
chr8 (29-215)||(9922545-9922731)
chr8 (96-192)||(20824307-20824403)
chr8 (29-192)||(13200067-13200230)
chr8 (110-192)||(17699507-17699589)
chr8 (71-192)||(2170328-2170449)
chr8 (110-192)||(37434157-37434239)
chr8 (92-177)||(34137011-34137096)
chr8 (19-157)||(2529820-2529958)
[»] chr7 (11 HSPs)
chr7 (19-215)||(4938138-4938334)
chr7 (43-215)||(11277262-11277434)
chr7 (47-215)||(47876945-47877113)
chr7 (43-215)||(29967933-29968105)
chr7 (50-215)||(235447-235614)
chr7 (43-215)||(37919502-37919674)
chr7 (43-215)||(17720593-17720765)
chr7 (19-109)||(31177421-31177511)
chr7 (29-192)||(25619403-25619566)
chr7 (110-192)||(18532653-18532735)
chr7 (70-192)||(37254743-37254865)
[»] chr4 (17 HSPs)
chr4 (19-215)||(23642601-23642797)
chr4 (19-215)||(47418738-47418934)
chr4 (28-215)||(13270901-13271088)
chr4 (19-213)||(47685907-47686101)
chr4 (43-219)||(15740179-15740355)
chr4 (19-215)||(1828550-1828746)
chr4 (43-213)||(19755222-19755395)
chr4 (43-213)||(19784411-19784584)
chr4 (47-215)||(7403875-7404043)
chr4 (89-192)||(55725719-55725822)
chr4 (110-192)||(12697838-12697920)
chr4 (110-192)||(45472742-45472824)
chr4 (92-190)||(11587233-11587331)
chr4 (111-192)||(8361126-8361207)
chr4 (110-192)||(20002750-20002832)
chr4 (19-74)||(159842-159897)
chr4 (89-179)||(5790138-5790228)
[»] chr6 (14 HSPs)
chr6 (19-200)||(12734059-12734240)
chr6 (43-213)||(2553595-2553765)
chr6 (47-215)||(18651244-18651412)
chr6 (54-215)||(24767434-24767595)
chr6 (106-215)||(21168220-21168329)
chr6 (96-192)||(17579114-17579210)
chr6 (96-192)||(17573688-17573784)
chr6 (110-192)||(17606367-17606449)
chr6 (106-192)||(21630140-21630226)
chr6 (53-190)||(14373026-14373163)
chr6 (110-192)||(10577282-10577364)
chr6 (92-177)||(15958861-15958946)
chr6 (43-192)||(20883066-20883215)
chr6 (93-202)||(13937708-13937817)
[»] scaffold0472 (1 HSPs)
scaffold0472 (43-215)||(3210-3382)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 181; Significance: 6e-98; HSPs: 8)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 181; E-Value: 6e-98
Query Start/End: Original strand, 19 - 215
Target Start/End: Original strand, 51052414 - 51052610
Alignment:
Q  19 caaatgagaaacatcttcgacaaccccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaac 118  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51052414 caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacagatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaac 51052513  T
Q  119 cgatccctcagaagtcaccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 215  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51052514 cgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 51052610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 173; E-Value: 3e-93
Query Start/End: Original strand, 19 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 11909311 - 11909115
Alignment:
Q  19 caaatgagaaacatcttcgacaaccccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaac 118  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11909311 caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacatagccgctcctccacagatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaac 11909212  T
Q  119 cgatccctcagaagtcaccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 215  Q
    |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11909211 cgatccctcagaagtcgccaagcaatgatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 11909115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 19 - 215
Target Start/End: Original strand, 35540983 - 35541179
Alignment:
Q  19 caaatgagaaacatcttcgacaaccccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaac 118  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  35540983 caaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataatcgttcctccacagatagaatgccacgatttgccaaattatgttttgtgggtaac 35541082  T
Q  119 cgatccctcagaagtcaccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 215  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35541083 cgatccctcagtagtcgccaagcaaggatagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 35541179  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 141; E-Value: 4e-74
Query Start/End: Original strand, 19 - 215
Target Start/End: Original strand, 6050537 - 6050733
Alignment:
Q  19 caaatgagaaacatcttcgacaaccccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaac 118  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||| || ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  6050537 caaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcagaaccgctcctccacagatagaatgccacaatttgccaaattaagttttgtaggtaac 6050636  T
Q  119 cgatccctcagaagtcaccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 215  Q
    ||||||||||  |||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  6050637 cgatccctcattagtcgccaagcaaggatagagactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccacattatggtgtaactggggctgctcct 6050733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 49; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 96 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 16917938 - 16917842
Alignment:
Q  96 ccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcaccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 192  Q
    ||||||||  ||| |||||||| ||||||||||  |||| ||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  16917938 ccaaattagatttagtaggtaagcgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 16917842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 110 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 47623192 - 47623111
Alignment:
Q  110 gtaggtaaccgatccctcagaagtcaccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatat 191  Q
    |||||||| || ||||||| ||| | ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||    
T  47623192 gtaggtaagcggtccctcaaaagccgccaagcaagaatagatactttgagaggtacctgtttatgccaaattaattccatat 47623111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 110 - 192
Target Start/End: Original strand, 43388392 - 43388474
Alignment:
Q  110 gtaggtaaccgatccctcagaagtcaccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 192  Q
    |||||||| ||||||||||  | || ||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  43388392 gtaggtaaacgatccctcaacaatcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 43388474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 29 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 37191406 - 37191243
Alignment:
Q  29 acatcttcgacaaccccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctca 128  Q
    |||||||| |||  ||||||||| |  ||||| || || ||||||||| ||  ||||||||||| |||||| ||   ||| |||||||| ||||| ||||    
T  37191406 acatcttcaacatgcccacatcccgtgacacaaaatcgatcctccacagatgtaatgccacgatctgccaagttggatttagtaggtaatcgatctctca 37191307  T
Q  129 gaagtcaccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 192  Q
      || | ||||||||||||| | ||||| | | ||||| |||||||||| | ||| ||||||||    
T  37191306 acagccgccaagcaaggatataaacttttaaatgaaccagtttatgccagattaactccatatt 37191243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 177; Significance: 1e-95; HSPs: 20)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 177; E-Value: 1e-95
Query Start/End: Original strand, 19 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 30732520 - 30732324
Alignment:
Q  19 caaatgagaaacatcttcgacaaccccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaac 118  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30732520 caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacagatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaac 30732421  T
Q  119 cgatccctcagaagtcaccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 215  Q
    |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30732420 cgatccctcagaagtcgccaagcaaagatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 30732324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 173; E-Value: 3e-93
Query Start/End: Original strand, 19 - 215
Target Start/End: Original strand, 12825133 - 12825329
Alignment:
Q  19 caaatgagaaacatcttcgacaaccccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaac 118  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12825133 caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacagatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaac 12825232  T
Q  119 cgatccctcagaagtcaccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 215  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12825233 cgatccctcagaagtcgccaagcaaggatacatactttgagaggaacttgtttatgccaaattaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 12825329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 19 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 27117367 - 27117171
Alignment:
Q  19 caaatgagaaacatcttcgacaaccccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaac 118  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||    
T  27117367 caaatgagaaacatcttcgacattcccacagccagaaacacataaccgctcctccatagatagaatgccacggtttaccaaattaagttttgtgggtaac 27117268  T
Q  119 cgatccctcagaagtcaccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 215  Q
    || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  27117267 cggtccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaagtccatattatggtgtaactggatctgctcct 27117171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 144; E-Value: 7e-76
Query Start/End: Original strand, 20 - 215
Target Start/End: Original strand, 42513655 - 42513850
Alignment:
Q  20 aaatgagaaacatcttcgacaaccccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaacc 119  Q
    ||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42513655 aaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataaccgctcctccacagatagaatgtcacgatttgccaaattaagttttgtaggtaacc 42513754  T
Q  120 gatccctcagaagtcaccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 215  Q
    |||||||||  |||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  42513755 gatccctcattagtcgccaagcaaggatagagactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccacattatggtgtaactggggctgctcct 42513850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 101; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 19 - 139
Target Start/End: Complemental strand, 12820155 - 12820035
Alignment:
Q  19 caaatgagaaacatcttcgacaaccccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaac 118  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12820155 caaatgagagacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacagatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaac 12820056  T
Q  119 cgatccctcagaagtcaccaa 139  Q
    |||||||||| ||||| ||||    
T  12820055 cgatccctcataagtcgccaa 12820035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 101; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 43 - 215
Target Start/End: Original strand, 23238342 - 23238514
Alignment:
Q  43 cccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcaccaagca 142  Q
    |||||||||||||||||| |||||| |||||| |  || ||||||||| ||||||||||||  ||| |||||||||||||| |||| ||||| |||||||    
T  23238342 cccacatccagaaacacacaaccgcgcctccaaagctaaaatgccacggtttgccaaattacttttcgtaggtaaccgatctctcaaaagtctccaagca 23238441  T
Q  143 aggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 215  Q
    |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  23238442 aggatagaaactttgagaggaacctatttatgccaaattaactccatattatggtgtaactggggttgctcct 23238514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 45 - 207
Target Start/End: Original strand, 8227986 - 8228148
Alignment:
Q  45 cacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcaccaagcaag 144  Q
    |||||||||||||||| |||||| |||||| |  || |||| |||| ||||||||||||  ||| |||||||||||||| |||| ||||| |||||||||    
T  8227986 cacatccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgtcacggtttgccaaattacttttcgtaggtaaccgatctctcaaaagtctccaagcaag 8228085  T
Q  145 gatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactgggg 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||    
T  8228086 gatagatactttgagaggaacctgtttatgtcaaattaactccatattatggtgtaactgggg 8228148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 29 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 28535871 - 28535685
Alignment:
Q  29 acatcttcgacaaccccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctca 128  Q
    |||||||| |||  |||||| ||||||||||| | | || |||||| |  || ||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  28535871 acatcttctacattcccacaaccagaaacacacatctgcgcctccaaaggtaaaatgccacggtttgccaaattattttttgtaggtaaccgatccctca 28535772  T
Q  129 gaagtcaccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 215  Q
    |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||| || || |||||||| ||||||||||    
T  28535771 gaagtcgccaagcaaggatagaaactttgagaggaacctgtgtatgccaaattaactccatgttttgatgtaactgaggctgctcct 28535685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 43 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 35983973 - 35983801
Alignment:
Q  43 cccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcaccaagca 142  Q
    |||||| ||| ||||||| |||||| |||||| |  || |||| || | ||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  35983973 cccacaaccaaaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgtcatggtttgccaaattattttttgtaggtaaccgattcctcagaagtcgccaagca 35983874  T
Q  143 aggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||| ||||| || || |||||||| ||||||||||    
T  35983873 aggatagatactttgagaggaacctgtgtaagccaaattaactccatgttttgatgtaactgaggctgctcct 35983801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 82 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 19255265 - 19255155
Alignment:
Q  82 aatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcaccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaact 181  Q
    |||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |    
T  19255265 aatgccacaatttgccaaattattttttgtaggtaaccgatccctcagaaaccgccaagcaaggatagatactttgagagaaatctgtttatgccaaatt 19255166  T
Q  182 aagtccatatt 192  Q
    || ||||||||    
T  19255165 aactccatatt 19255155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 69; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 47 - 215
Target Start/End: Original strand, 42928093 - 42928261
Alignment:
Q  47 catccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcaccaagcaagga 146  Q
    |||||||| ||||| |||||| ||||||    || ||||||||  |||| |||||||  |||||||| |||||||||||||||||| | |||| ||||||    
T  42928093 catccagagacacacaaccgcacctccaagggtaaaatgccacagtttgtcaaattattttttgtagttaaccgatccctcagaagccgccaaacaagga 42928192  T
Q  147 tagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 215  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||  | |||||||||||||| ||||    
T  42928193 tagagactttgagaggaacctgtttataccaaattaactccatatttggatgtaactggggctgttcct 42928261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 62; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 86 - 215
Target Start/End: Original strand, 31641513 - 31641641
Alignment:
Q  86 ccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcaccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagt 185  Q
    ||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||| ||| |    
T  31641513 ccacggtttgccaaattattttttgtaggtaaccgatccctcagtagtctccatgcaaggatagaaacttt-agaggaacctgtgtatgccaaattaact 31641611  T
Q  186 ccatattatggtgtaactggggctgctcct 215  Q
    |||| || || ||||| || ||||||||||    
T  31641612 ccatgttttgatgtaagtgaggctgctcct 31641641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 49; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 96 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 25857553 - 25857457
Alignment:
Q  96 ccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcaccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 192  Q
    ||||||||  ||| |||||||| ||||||||||  |||| ||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  25857553 ccaaattagatttagtaggtaagcgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 25857457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 47; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 106 - 192
Target Start/End: Original strand, 27767063 - 27767149
Alignment:
Q  106 ttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcaccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 192  Q
    |||||||||||| ||||||||||  |||| ||||||||||||| | ||||| | |||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  27767063 ttttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatataaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 27767149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 110 - 191
Target Start/End: Original strand, 10776789 - 10776870
Alignment:
Q  110 gtaggtaaccgatccctcagaagtcaccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatat 191  Q
    |||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||| |  ||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  10776789 gtaggtaaacgatccctcagcagtcgccaagcaaggatagaaacttttaagggaacctgtttatgccaaattaactccatat 10776870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 45; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 96 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 8300311 - 8300215
Alignment:
Q  96 ccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcaccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 192  Q
    ||||||||  ||| |||||||| ||||||||||  |||| |||| |||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  8300311 ccaaattagatttagtaggtaagcgatccctcaacagtcgccaaacaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 8300215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 110 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 33385489 - 33385407
Alignment:
Q  110 gtaggtaaccgatccctcagaagtcaccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 192  Q
    |||||||| ||||||||||  |||| ||||||||||||||| ||||| |  ||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  33385489 gtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaagggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 33385407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 19 - 83
Target Start/End: Original strand, 3418717 - 3418781
Alignment:
Q  19 caaatgagaaacatcttcgacaaccccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaa 83  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||| || ||||||||| ||||||    
T  3418717 caaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataatcgttcctccacagatagaa 3418781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 56 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 18359260 - 18359125
Alignment:
Q  56 acacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcaccaagcaaggatagatactt 155  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||| ||||| ||||| |||||| ||   ||| |||||||| ||||||||||  |  | |||||||||||| || ||||    
T  18359260 acacaaaaccgatcctccacatatataatgc-acgatctgccaagttggatttagtaggtaaacgatccctcaacaaccgccaagcaaggattgaaactt 18359162  T
Q  156 tgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 192  Q
    | | |||||||||||||||| | | ||| ||||||||    
T  18359161 ttaaaggaacctgtttatgctagattaactccatatt 18359125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 86 - 202
Target Start/End: Original strand, 33169659 - 33169775
Alignment:
Q  86 ccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcaccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagt 185  Q
    |||||| ||||||||||  |||| ||||||||||| |||||||| |  | ||||||||  ||||| ||||| | ||| |||||||| |||||||  || |    
T  33169659 ccacgacttgccaaattttgtttagtaggtaaccggtccctcagcaaacgccaagcaaaaatagacactttcaaaggcacctgtttgtgccaaatcaact 33169758  T
Q  186 ccatattatggtgtaac 202  Q
    ||||||| || ||||||    
T  33169759 ccatattttgatgtaac 33169775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 169; Significance: 8e-91; HSPs: 9)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 169; E-Value: 8e-91
Query Start/End: Original strand, 19 - 215
Target Start/End: Original strand, 4552103 - 4552299
Alignment:
Q  19 caaatgagaaacatcttcgacaaccccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaac 118  Q
    |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4552103 caaatgagaaacattttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacagatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaac 4552202  T
Q  119 cgatccctcagaagtcaccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 215  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4552203 cgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttaagaggaacctatttatgccaaattaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 4552299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 82 - 192
Target Start/End: Original strand, 41207013 - 41207123
Alignment:
Q  82 aatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcaccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaact 181  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |    
T  41207013 aatgccacgatttgccaaattattttttgtaggtaaccgatccctcagaagccgccaagcaaggatagagactttgagaggaacctgtttatgccaaatt 41207112  T
Q  182 aagtccatatt 192  Q
    || ||||||||    
T  41207113 aactccatatt 41207123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 86 - 192
Target Start/End: Original strand, 15917655 - 15917761
Alignment:
Q  86 ccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcaccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagt 185  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||| | ||||| |||||||||| ||||||| ||| ||| |    
T  15917655 ccacgatttgccaaattaacttttgtaggtaaacgatccctcagcagtccccaagcaaggatacagactttcagaggaacctatttatgcgaaattaact 15917754  T
Q  186 ccatatt 192  Q
    | |||||    
T  15917755 caatatt 15917761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 55; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 44 - 190
Target Start/End: Original strand, 28252679 - 28252825
Alignment:
Q  44 ccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcaccaagcaa 143  Q
    ||||| || ||||||||||||||| |||||| ||  | ||||||| | |||||||||||    || |||||||| |||||||||| ||| | ||||||||    
T  28252679 ccacaaccggaaacacataaccgcccctccatatgaataatgccatggtttgccaaatttcccttcgtaggtaagcgatccctcaaaagccgccaagcaa 28252778  T
Q  144 ggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccata 190  Q
    | ||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||| ||||||    
T  28252779 gaatagatacttttagaggtacctgtttatgccaaattaattccata 28252825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 106 - 192
Target Start/End: Original strand, 12645557 - 12645643
Alignment:
Q  106 ttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcaccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 192  Q
    |||||||||||| ||||||||||  || | |||||||||||| || ||||| |||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  12645557 ttttgtaggtaagcgatccctcaatagccgccaagcaaggattgaaacttttagagaaacctgtttatgccaaattaactccatatt 12645643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 86 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 17765101 - 17764995
Alignment:
Q  86 ccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcaccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagt 185  Q
    ||||| |||||||||||   ||| ||||||||  |||||||||  || | ||||||||| ||||| ||||| |||||| ||||||||||||| | ||| |    
T  17765101 ccacggtttgccaaatttgctttcgtaggtaaatgatccctcaatagccgccaagcaagaatagagactttaagaggagcctgtttatgccatattaact 17765002  T
Q  186 ccatatt 192  Q
    |||||||    
T  17765001 ccatatt 17764995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 71 - 190
Target Start/End: Original strand, 14439738 - 14439857
Alignment:
Q  71 tccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcaccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtt 170  Q
    |||||| ||||||| ||||| | | |||||||   ||| |||||||| ||||||||||  ||||  ||||| | |||||| ||||| | |||||||||||    
T  14439738 tccacagatagaatcccacgttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgtcaagccaagatagaaacttttaaaggaacctgtt 14439837  T
Q  171 tatgccaaactaagtccata 190  Q
    ||||||| | ||| ||||||    
T  14439838 tatgccagattaactccata 14439857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 89 - 192
Target Start/End: Original strand, 40176672 - 40176775
Alignment:
Q  89 cgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcaccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtcca 188  Q
    ||||||| |||||| | ||| |||||||| ||||||||||  |  | |||||||||||  || ||||| ||||| |||||||| ||||| ||||| ||||    
T  40176672 cgatttgtcaaattgactttagtaggtaaacgatccctcaacaaccgccaagcaaggactgaaacttttagaggtacctgtttgtgccagactaactcca 40176771  T
Q  189 tatt 192  Q
    ||||    
T  40176772 tatt 40176775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 71 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 11000104 - 10999984
Alignment:
Q  71 tccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcaccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtt 170  Q
    |||||| ||||||| ||||| | |||||||||   ||| ||||| || |||||||| | | | ||||||||||||||||| ||||| | || ||||||||    
T  11000104 tccacagatagaatcccacgttctgccaaatttgatttagtaggcaaacgatccctaaca-gccaccaagcaaggatagaaacttttaaagaaacctgtt 11000006  T
Q  171 tatgccaaactaagtccatatt 192  Q
    |||| || | ||| ||||||||    
T  11000005 tatggcagattaactccatatt 10999984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 161; Significance: 5e-86; HSPs: 18)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 161; E-Value: 5e-86
Query Start/End: Original strand, 19 - 215
Target Start/End: Original strand, 2364211 - 2364407
Alignment:
Q  19 caaatgagaaacatcttcgacaaccccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaac 118  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2364211 caaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataaccgctcctccacagatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaac 2364310  T
Q  119 cgatccctcagaagtcaccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 215  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2364311 cgatccctcagtagtcgccaagcaaggatagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 2364407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 157; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 19 - 215
Target Start/End: Original strand, 7312710 - 7312906
Alignment:
Q  19 caaatgagaaacatcttcgacaaccccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaac 118  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7312710 caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacaaagccgctcctccacagacagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaac 7312809  T
Q  119 cgatccctcagaagtcaccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 215  Q
    ||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7312810 cgatccctcattagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggtacctgtttatgccaaattaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 7312906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 157; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 19 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 19920435 - 19920239
Alignment:
Q  19 caaatgagaaacatcttcgacaaccccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaac 118  Q
    |||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  19920435 caaatgagaagcatcttcgacattcccacatccagaaacacataaccgctcctccacagatagaatgcctcgatttaccaaattaagttttgtaggtaac 19920336  T
Q  119 cgatccctcagaagtcaccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 215  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  19920335 cgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaagtccatatgatggtgtaactggggcttctcct 19920239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 19 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 10323777 - 10323581
Alignment:
Q  19 caaatgagaaacatcttcgacaaccccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaac 118  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||| ||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  10323777 caaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataaccgctcatccccagatagaatgccacgagttgccaaattaagttttgtaggtaac 10323678  T
Q  119 cgatccctcagaagtcaccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 215  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  10323677 cgatccctcagtagtcgccaagcaaggatagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccatactatggtgtaactggggctgctcct 10323581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 109; E-Value: 5e-55
Query Start/End: Original strand, 43 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 34332997 - 34332825
Alignment:
Q  43 cccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcaccaagca 142  Q
    |||||||||||||||||| |||||| |||||| |  || ||||||||| ||||||||||||  |||||||||||| ||||| |||||||||  |||||||    
T  34332997 cccacatccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgccacggtttgccaaattattttttgtaggtaatcgatctctcagaagttgccaagca 34332898  T
Q  143 aggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  34332897 aggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccatattatgatgtaactggggctgctcct 34332825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 87; E-Value: 7e-42
Query Start/End: Original strand, 29 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 40930724 - 40930538
Alignment:
Q  29 acatcttcgacaaccccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctca 128  Q
    |||||||||||   |||||| ||||||||||| |||||| |||||| |  || || |||||| ||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||    
T  40930724 acatcttcgacgttcccacaaccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaaggccacggtttgccaaattattttttgtaggtaaccaatccctca 40930625  T
Q  129 gaagtcaccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 215  Q
     ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || || || ||||| || |||||||    
T  40930624 aaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgtcaaactaactccatgttttgatgcaactgaggttgctcct 40930538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 56; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 106 - 193
Target Start/End: Original strand, 7032339 - 7032426
Alignment:
Q  106 ttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcaccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatta 193  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||| || |||| ||||    
T  7032339 ttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccatgcaaggatagaaattttgagaggaacctgtttgtgccaaaccaactccaaatta 7032426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 47; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 110 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 29523860 - 29523778
Alignment:
Q  110 gtaggtaaccgatccctcagaagtcaccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 192  Q
    |||||||| ||||||||||  |||| ||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  29523860 gtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 29523778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 110 - 192
Target Start/End: Original strand, 11203844 - 11203926
Alignment:
Q  110 gtaggtaaccgatccctcagaagtcaccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 192  Q
    |||||||| ||||||||||  |||| ||||||||| ||||| ||||| | |||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  11203844 gtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaagtatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 11203926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 110 - 191
Target Start/End: Original strand, 33496572 - 33496653
Alignment:
Q  110 gtaggtaaccgatccctcagaagtcaccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatat 191  Q
    |||||||| ||||||||||  |||| |||||||| |||||| ||||| | |||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  33496572 gtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaatgatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatat 33496653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 110 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 12342340 - 12342259
Alignment:
Q  110 gtaggtaaccgatccctcagaagtcaccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 192  Q
    |||||||| ||||||||||  |||| ||||||||||||||| ||||| | | |||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  12342340 gtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaactttta-aagaacctgtttatgccaaattaactccatatt 12342259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 86 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 26771128 - 26771022
Alignment:
Q  86 ccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcaccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagt 185  Q
    ||||| |||||||||||   ||| |||||||| |||||||||| ||| | ||||| ||| ||||| ||||| |||||| ||||||||||||| | ||| |    
T  26771128 ccacggtttgccaaatttgctttcgtaggtaaacgatccctcaaaagccgccaagtaagaatagagactttaagaggagcctgtttatgccacattaact 26771029  T
Q  186 ccatatt 192  Q
    |||||||    
T  26771028 ccatatt 26771022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 96 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 7031146 - 7031063
Alignment:
Q  96 ccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcaccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaa 179  Q
    ||||||||  ||| |||||||| ||||||||||  || | ||||||||||||||| | ||| | ||||||||||||||||||||    
T  7031146 ccaaattagatttagtaggtaagcgatccctcaacagacgccaagcaaggatagaaagttttaaaggaacctgtttatgccaaa 7031063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 71 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 35214525 - 35214404
Alignment:
Q  71 tccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcaccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtt 170  Q
    |||||||||||||| ||||| | || ||||||   ||| ||||| || ||||||||||  |  | |||| |||||||||| ||||| | |||||||||||    
T  35214525 tccacatatagaatcccacgttctggcaaatttgatttagtaggcaaacgatccctcaacatccgccaaacaaggatagaaacttttaaaggaacctgtt 35214426  T
Q  171 tatgccaaactaagtccatatt 192  Q
    ||||||| | ||| ||||||||    
T  35214425 tatgccagattaactccatatt 35214404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 86 - 206
Target Start/End: Original strand, 15312584 - 15312704
Alignment:
Q  86 ccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcaccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagt 185  Q
    ||||||||| |||||||   |||  |||| || |||| |||||| |||||||||||||  ||| | ||||| ||||| |||||||||||||||| ||| |    
T  15312584 ccacgattttccaaattctctttaataggcaaacgattcctcagcagtcaccaagcaaatatatagacttttagaggtacctgtttatgccaaattaact 15312683  T
Q  186 ccatattatggtgtaactggg 206  Q
    ||| ||| || ||||| ||||    
T  15312684 ccaaattttgatgtaaatggg 15312704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 110 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 36801190 - 36801108
Alignment:
Q  110 gtaggtaaccgatccctcagaagtcaccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 192  Q
    |||||||| ||||||||||| |||  ||||||||||||| | ||||| |  ||||||| ||||||| ||| ||| ||||||||    
T  36801190 gtaggtaaacgatccctcagcagttgccaagcaaggatataaacttttaagggaacctatttatgctaaattaactccatatt 36801108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 93 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 963295 - 963186
Alignment:
Q  93 ttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcaccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 192  Q
    ||||||||||  |||| ||||||||||| |||||||| |  | ||||||||  ||||| ||||| | ||| |||||||| |||||||  || ||||||||    
T  963295 ttgccaaattttgtttagtaggtaaccggtccctcagcaaacgccaagcaaaaatagacactttcaaaggcacctgtttgtgccaaatcaactccatatt 963196  T
Q  193 atggtgtaac 202  Q
     || ||||||    
T  963195 ttgatgtaac 963186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 86 - 202
Target Start/End: Original strand, 2755843 - 2755959
Alignment:
Q  86 ccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcaccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagt 185  Q
    |||||| ||||||||||   ||| ||||||||||| |||||||| |  | ||||||||  ||||| ||||| | ||| |||||||| |||||||  || |    
T  2755843 ccacgacttgccaaattttatttagtaggtaaccggtccctcagcaaacgccaagcaaatatagacactttcaaaggtacctgtttgtgccaaatcaact 2755942  T
Q  186 ccatattatggtgtaac 202  Q
    ||||||| || ||||||    
T  2755943 ccatattttgatgtaac 2755959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0369 (Bit Score: 149; Significance: 7e-79; HSPs: 1)
Name: scaffold0369
Description:

Target: scaffold0369; HSP #1
Raw Score: 149; E-Value: 7e-79
Query Start/End: Original strand, 19 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 11411 - 11215
Alignment:
Q  19 caaatgagaaacatcttcgacaaccccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaac 118  Q
    ||||||| |||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  11411 caaatgaaaaacattttcgacattcccacatccagaaacacataaccgctcctccacagatagaatgccacggtttgccaaattaagttttgtaggtaac 11312  T
Q  119 cgatccctcagaagtcaccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 215  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||    
T  11311 cgatccctgagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaagtccagattatggtgtagctgggtctgctcct 11215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0034 (Bit Score: 149; Significance: 7e-79; HSPs: 1)
Name: scaffold0034
Description:

Target: scaffold0034; HSP #1
Raw Score: 149; E-Value: 7e-79
Query Start/End: Original strand, 19 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 106049 - 105853
Alignment:
Q  19 caaatgagaaacatcttcgacaaccccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaac 118  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  106049 caaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataaccgctcctccacagatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaac 105950  T
Q  119 cgatccctcagaagtcaccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 215  Q
    ||||||||||  |||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  105949 cgatccctcattagtcgccaagcaaggatagagactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccacattatggtgtaactggggctgctcct 105853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 149; Significance: 7e-79; HSPs: 14)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 149; E-Value: 7e-79
Query Start/End: Original strand, 19 - 215
Target Start/End: Original strand, 7924320 - 7924516
Alignment:
Q  19 caaatgagaaacatcttcgacaaccccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaac 118  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7924320 caaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataaccgctcctccacagatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaac 7924419  T
Q  119 cgatccctcagaagtcaccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 215  Q
    ||||||||||  |||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  7924420 cgatccctcattagtcgccaagcaaggatagagactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccacattatggtgtaactggggctgctcct 7924516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 149; E-Value: 7e-79
Query Start/End: Original strand, 19 - 215
Target Start/End: Original strand, 8299737 - 8299933
Alignment:
Q  19 caaatgagaaacatcttcgacaaccccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaac 118  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8299737 caaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacacataatcgctcctccacagatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaac 8299836  T
Q  119 cgatccctcagaagtcaccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 215  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||| |||||    
T  8299837 cgatccctcagtagtcgccaagcaaggatagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccaaattatggtgtaattggggctactcct 8299933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 19 - 215
Target Start/End: Original strand, 172037 - 172233
Alignment:
Q  19 caaatgagaaacatcttcgacaaccccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaac 118  Q
    ||||||||||||||||||||||   ||||| ||||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||| ||| |||||||||||||||| ||||||    
T  172037 caaatgagaaacatcttcgacattaccacagccagaaacacataaccgctcctccatagatagaatgtcacggtttaccaaattaagttttgtgggtaac 172136  T
Q  119 cgatccctcagaagtcaccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 215  Q
    || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||  ||||||||    
T  172137 cggtccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaagtccattttatggtgtaactggttctgctcct 172233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 101; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 43 - 215
Target Start/End: Original strand, 13396346 - 13396518
Alignment:
Q  43 cccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcaccaagca 142  Q
    |||||||||||||||||| |||||| |||||| |  || ||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||    
T  13396346 cccacatccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgccacggtttgccaaattattttttgtaggtaaccgatctctcaggagtcgccaagca 13396445  T
Q  143 aggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 215  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||| ||| ||||| |||||||||||||    
T  13396446 aggatagatactttgagaggaacttgtttatgccaaattaactccatatgatgatgtaattggggctgctcct 13396518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 99; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 43 - 213
Target Start/End: Original strand, 32266522 - 32266692
Alignment:
Q  43 cccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcaccaagca 142  Q
    |||||||||||||||||| |||||| |||||| |  || ||||||||| ||||||||||||  ||| |||||||||||||| |||| ||||| |||||||    
T  32266522 cccacatccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgccacggtttgccaaattacttttcgtaggtaaccgatctctcaaaagtctccaagca 32266621  T
Q  143 aggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctc 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||| || |||||    
T  32266622 aggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccaaattatggtgtaactgtggttgctc 32266692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 43 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 41665551 - 41665379
Alignment:
Q  43 cccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcaccaagca 142  Q
    |||||||||||||||||| |||||| |||||| |  || |||| || | ||||||||||||  ||||||||||||| |||| || || | || |||||||    
T  41665551 cccacatccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgtcatggtttgccaaattattttttgtaggtaactgatctcttaggaatcgccaagca 41665452  T
Q  143 aggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||| ||||| |||||||||||||    
T  41665451 aggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccatatgatgatgtaattggggctgctcct 41665379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 79; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 29 - 215
Target Start/End: Original strand, 9922545 - 9922731
Alignment:
Q  29 acatcttcgacaaccccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctca 128  Q
    |||||||| |||  |||||| ||||||||||| | |||| |||||| |  || ||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  9922545 acatcttctacattcccacaaccagaaacacacatccgcgcctccagaggtaaaatgccacggtttgccaaattatcttttgtaggtaaccgatccctca 9922644  T
Q  129 gaagtcaccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 215  Q
    ||||||  || ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||  || || ||||| || ||||||||||    
T  9922645 gaagtcgtcatgcaaggatagaaactttgagaggaacctgtgtatgccaaattaactccaagttttgatgtaagtgaggctgctcct 9922731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 49; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 96 - 192
Target Start/End: Original strand, 20824307 - 20824403
Alignment:
Q  96 ccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcaccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 192  Q
    ||||||||  ||| |||||||| ||||||||||  |||| ||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  20824307 ccaaattagatttagtaggtaagcgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 20824403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 29 - 192
Target Start/End: Original strand, 13200067 - 13200230
Alignment:
Q  29 acatcttcgacaaccccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctca 128  Q
    |||||||| |||  |||||| |||| |||||| |||||  |||||| |  |||||| |  || | |||||||||   |||||||||||| ||||||||||    
T  13200067 acatcttcaacatgcccacacccagtaacacaaaaccgagcctccataggtagaattctgcgctctgccaaattgtattttgtaggtaaacgatccctca 13200166  T
Q  129 gaagtcaccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 192  Q
      ||   |||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  13200167 atagctgccaagcaaggattgaaacttttagaggaacctgtttatgccaaactaactccatatt 13200230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 47; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 110 - 192
Target Start/End: Original strand, 17699507 - 17699589
Alignment:
Q  110 gtaggtaaccgatccctcagaagtcaccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 192  Q
    |||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||| |  ||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  17699507 gtaggtaaacgatccctcagcagtcgccaagcaaggatagaaacttttaagggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 17699589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 71 - 192
Target Start/End: Original strand, 2170328 - 2170449
Alignment:
Q  71 tccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcaccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtt 170  Q
    |||||| ||||||| ||||| | | |||||||   ||| |||||||| ||||||||||   ||| ||||||||||||||| ||||| | |||||||||||    
T  2170328 tccacagatagaatcccacgttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacggtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtt 2170427  T
Q  171 tatgccaaactaagtccatatt 192  Q
    ||||||| | ||| ||||||||    
T  2170428 tatgccagattaactccatatt 2170449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 110 - 192
Target Start/End: Original strand, 37434157 - 37434239
Alignment:
Q  110 gtaggtaaccgatccctcagaagtcaccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 192  Q
    |||||||| ||||||||||  |||| ||||||||| ||||| ||||| | |||||| ||||||||||||| ||| ||||||||    
T  37434157 gtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaagaatagagacttttaaaggaacatgtttatgccaaattaactccatatt 37434239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 92 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 34137096 - 34137011
Alignment:
Q  92 tttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcaccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgcca 177  Q
    |||||||||||   ||| |||||||| |||||| ||| ||| | ||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  34137096 tttgccaaattttctttcgtaggtaaacgatccatcataagccgccaagcaagaatagagactttgagaggtacctgtttatgcca 34137011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 19 - 157
Target Start/End: Original strand, 2529820 - 2529958
Alignment:
Q  19 caaatgagaaacatcttcgacaaccccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaac 118  Q
    ||||||||  |||||||| |||  |||||| || | |||||| |||||  |||||| |  |||||| ||||||| | |||||||   ||||||||||||     
T  2529820 caaatgagtcacatcttcaacatgcccacaccctgtaacacaaaaccgagcctccaaaagtagaattccacgatctaccaaattgtattttgtaggtaag 2529919  T
Q  119 cgatccctcagaagtcaccaagcaaggatagatactttg 157  Q
    ||||||||||  || | |||||||||||| || ||||||    
T  2529920 cgatccctcaatagccgccaagcaaggattgaaactttg 2529958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 149; Significance: 7e-79; HSPs: 11)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 149; E-Value: 7e-79
Query Start/End: Original strand, 19 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 4938334 - 4938138
Alignment:
Q  19 caaatgagaaacatcttcgacaaccccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaac 118  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4938334 caaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataaccgctcctccacagatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaac 4938235  T
Q  119 cgatccctcagaagtcaccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 215  Q
    ||||||||||  |||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  4938234 cgatccctcattagtcgccaagcaaggatagagactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccacattatggtgtaactggggctgctcct 4938138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 109; E-Value: 5e-55
Query Start/End: Original strand, 43 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 11277434 - 11277262
Alignment:
Q  43 cccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcaccaagca 142  Q
    |||||||||||||||||| |||||| |||||| |  || ||||||||| ||||||||||||  ||| |||||||||||||| |||| ||||| |||||||    
T  11277434 cccacatccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgccacggtttgccaaattatttttcgtaggtaaccgatctctcaaaagtcgccaagca 11277335  T
Q  143 aggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  11277334 aggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccatattatggtgtaactggggttgctcct 11277262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 101; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 47 - 215
Target Start/End: Original strand, 47876945 - 47877113
Alignment:
Q  47 catccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcaccaagcaagga 146  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||| |  || ||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||    
T  47876945 catccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgccacggtttgccaaattattttttgtaggtaactgatctctcagaagtcgccaagcaagga 47877044  T
Q  147 tagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||| || |||||||||||||||||||    
T  47877045 tagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccctattttgatgtaactggggctgctcct 47877113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 97; E-Value: 8e-48
Query Start/End: Original strand, 43 - 215
Target Start/End: Original strand, 29967933 - 29968105
Alignment:
Q  43 cccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcaccaagca 142  Q
    |||||||||||||||||| |||||| |||||| |  || ||||||| | ||||||||||||  ||| |||||||||||||| |||| |||||  ||||||    
T  29967933 cccacatccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgccatggtttgccaaattacttttcgtaggtaaccgatctctcaaaagtcctcaagca 29968032  T
Q  143 aggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  29968033 aggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccatactatggtgtaactggggttgctcct 29968105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 50 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 235614 - 235447
Alignment:
Q  50 ccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaat--taagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcaccaagcaaggat 147  Q
    ||||||||||| |||||| |||||| |  || ||||||||| ||||||||||  |   ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  235614 ccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgccacggtttgccaaatgattttttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggat 235515  T
Q  148 agatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 215  Q
    ||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||| || |||||||||||||||||||    
T  235514 agagactttgagatgaacctgtttatgccaaattaactccatattttgatgtaactggggctgctcct 235447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 43 - 215
Target Start/End: Original strand, 37919502 - 37919674
Alignment:
Q  43 cccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcaccaagca 142  Q
    |||||| | ||||||||| |||||| |||||| |  || ||||| ||| ||||||||||||  |||||||||||||| ||| ||||| |||| |||||||    
T  37919502 cccacaactagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgcaacggtttgccaaattattttttgtaggtaaccaatctctcaggagtcgccaagca 37919601  T
Q  143 aggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| | ||||| ||| ||||| |||||||||||||    
T  37919602 aggatagatactttgagaggaacctgtttataccaaattaacttcatatgatgatgtaattggggctgctcct 37919674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 77; E-Value: 7e-36
Query Start/End: Original strand, 43 - 215
Target Start/End: Original strand, 17720593 - 17720765
Alignment:
Q  43 cccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcaccaagca 142  Q
    |||||| | ||||||||| | |||| |||||| |  || ||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||    
T  17720593 cccacaactagaaacacacatccgcgcctccagaggtaaaatgccacggtttgccaaattatcttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccatgca 17720692  T
Q  143 aggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 215  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||  || || ||||| || ||||||||||    
T  17720693 aggatagaaactttgagaggaacctgtgtatgccaaattaactccaagttttgatgtaagtgaggctgctcct 17720765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 19 - 109
Target Start/End: Complemental strand, 31177511 - 31177421
Alignment:
Q  19 caaatgagaaacatcttcgacaaccccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagtttt 109  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  31177511 caaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgtcaaattaagtttt 31177421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 29 - 192
Target Start/End: Original strand, 25619403 - 25619566
Alignment:
Q  29 acatcttcgacaaccccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctca 128  Q
    |||||||| |||  ||||||||| |  ||||| || || ||||||||| ||  ||||||||||| |||||| ||   ||| |||||||| || |||||||    
T  25619403 acatcttcaacatgcccacatcctgtgacacaaaatcggtcctccacagatgcaatgccacgatctgccaagttggatttagtaggtaatcgttccctca 25619502  T
Q  129 gaagtcaccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 192  Q
      |  | ||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||| | ||| ||||||||    
T  25619503 acaaccgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccatattaactccatatt 25619566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 110 - 192
Target Start/End: Original strand, 18532653 - 18532735
Alignment:
Q  110 gtaggtaaccgatccctcagaagtcaccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 192  Q
    |||||||| ||||||||||  |||| ||||||||||||| | ||||| | |||||||||||||||| | | ||| ||||||||    
T  18532653 gtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatataaacttttaaaggaacctgtttatgcgagattaactccatatt 18532735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 70 - 192
Target Start/End: Original strand, 37254743 - 37254865
Alignment:
Q  70 ctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcaccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgt 169  Q
    ||||||| ||| |||||||| || |||||| ||   ||| |||||||| ||||||||||  |  | |||||||||||| || ||||| | || |||||||    
T  37254743 ctccacagatataatgccacaatctgccaagttggatttagtaggtaaacgatccctcaacaaccgccaagcaaggattgaaacttttaaagtaacctgt 37254842  T
Q  170 ttatgccaaactaagtccatatt 192  Q
    |||||||| | ||| ||||||||    
T  37254843 ttatgccagattaactccatatt 37254865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 149; Significance: 7e-79; HSPs: 17)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 149; E-Value: 7e-79
Query Start/End: Original strand, 19 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 23642797 - 23642601
Alignment:
Q  19 caaatgagaaacatcttcgacaaccccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaac 118  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23642797 caaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataaccgctcctccacagatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaac 23642698  T
Q  119 cgatccctcagaagtcaccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 215  Q
    ||||||||||  |||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  23642697 cgatccctcattagtcgccaagcaaggatagagactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccacattatggtgtaactggggctgctcct 23642601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 19 - 215
Target Start/End: Original strand, 47418738 - 47418934
Alignment:
Q  19 caaatgagaaacatcttcgacaaccccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaac 118  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||||||| | ||| ||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  47418738 caaatgagtaacatcttcgacaatcccacatcctgcaacgcataaccgctcctccccagatagaatgccacgagttgccaaattaagttttgtaggtaac 47418837  T
Q  119 cgatccctcagaagtcaccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 215  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  47418838 cgatccctcagtagtcgccaagcaaggatagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccatactatggtgtaactggggctgctcct 47418934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 144; E-Value: 7e-76
Query Start/End: Original strand, 28 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 13271088 - 13270901
Alignment:
Q  28 aacatcttcgacaaccccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctc 127  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13271088 aacatcttcgacaatcccacatccagtaactcataaccgctcctccacagatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctc 13270989  T
Q  128 agaagtcaccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 215  Q
    |  |||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  13270988 attagtcgccaagcaaggatagagactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccacattatggtgtaactggggctgctcct 13270901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 139; E-Value: 7e-73
Query Start/End: Original strand, 19 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 47686101 - 47685907
Alignment:
Q  19 caaatgagaaacatcttcgacaaccccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaac 118  Q
    |||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||    
T  47686101 caaacgagaaacatcttcgacattcccacatccagaaacacataaccgctcctccacagataaaatgccacggtttgccaaattatgttttgtaggtaac 47686002  T
Q  119 cgatccctcagaagtcaccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctc 213  Q
    ||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  47686001 cgatctctcaaaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgtcaaattaagtccagattatggtgtaacttgggctgctc 47685907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 43 - 219
Target Start/End: Original strand, 15740179 - 15740355
Alignment:
Q  43 cccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcaccaagca 142  Q
    |||||| ||||||||||| |||||| |||||| |  || |||||||||  ||| |||||||  |||||||||||||||||| | || ||||| |||||||    
T  15740179 cccacacccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgccacggcttgtcaaattattttttgtaggtaaccgatctcgcaaaagtctccaagca 15740278  T
Q  143 aggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctatga 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15740279 aggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccatattatggtgtaactggggctgctcctatga 15740355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 101; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 19 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 1828746 - 1828550
Alignment:
Q  19 caaatgagaaacatcttcgacaaccccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaac 118  Q
    |||||||  ||||||||| |||  |||||| ||||||||||| |||||| |||||| |  || ||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||    
T  1828746 caaatgatcaacatcttcaacattcccacacccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgccacggtttgccaaattagtttttgtaggtaac 1828647  T
Q  119 cgatccctcagaagtcaccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 215  Q
    | ||| | ||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  1828646 ctatctcgcaatagtctccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccatattatgatgtaactggggctgctcct 1828550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 43 - 213
Target Start/End: Original strand, 19755222 - 19755395
Alignment:
Q  43 cccacatccagaaacacataaccgctcctccacat---atagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcaccaa 139  Q
    |||||||||||||||||| |||||| |||||| |    ||| |||| |||| ||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||| |||| ||||    
T  19755222 cccacatccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaataaaatgtcacggtttgccaaattattttttgtaggtaaccgatctctcaggagtcgccaa 19755321  T
Q  140 gcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctc 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||| || || |||||||||||    
T  19755322 gcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccatatgatgatgaaattggggctgctc 19755395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 43 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 19784584 - 19784411
Alignment:
Q  43 cccacatccagaaacacataaccgctcctccacat---atagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcaccaa 139  Q
    |||||||||||||||||| |||||| |||||| |    ||| |||| |||| ||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||| |||| ||||    
T  19784584 cccacatccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaataaaatgtcacggtttgccaaattattttttgtaggtaaccgatctctcaggagtcgccaa 19784485  T
Q  140 gcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctc 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||| || || |||||||||||    
T  19784484 gcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccatatgatgatgaaattggggctgctc 19784411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 47 - 215
Target Start/End: Original strand, 7403875 - 7404043
Alignment:
Q  47 catccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcaccaagcaagga 146  Q
    |||||||| ||||| |||||| |||||| |  || ||||||||| |||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  7403875 catccagagacacacaaccgcgcctccaaacgtaaaatgccacggtttgccaaattcttttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaagga 7403974  T
Q  147 tagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 215  Q
    |||| ||||||| | |||| ||||||||||||| ||| | |||||| || |||||||||||||||||||    
T  7403975 tagagactttgaaatgaacttgtttatgccaaattaacttcatattttgatgtaactggggctgctcct 7404043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 44; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 89 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 55725822 - 55725719
Alignment:
Q  89 cgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcaccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtcca 188  Q
    |||| |||||||||   |||||||||||| ||||||||||  || | |||||||||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||| ||| ||||    
T  55725822 cgatctgccaaattgtattttgtaggtaagcgatccctcaatagccgccaagcaaggattgaaacttttagaggaacttgtttatgccaaattaactcca 55725723  T
Q  189 tatt 192  Q
    ||||    
T  55725722 tatt 55725719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 110 - 192
Target Start/End: Original strand, 12697838 - 12697920
Alignment:
Q  110 gtaggtaaccgatccctcagaagtcaccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 192  Q
    |||||||| ||||||||||  |||| ||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||| ||| | ||||||    
T  12697838 gtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaatttcatatt 12697920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 110 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 45472824 - 45472742
Alignment:
Q  110 gtaggtaaccgatccctcagaagtcaccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 192  Q
    |||||||| ||||||||||  |||| |||| |||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  45472824 gtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaaacaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 45472742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 92 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 11587331 - 11587233
Alignment:
Q  92 tttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcaccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccata 190  Q
    |||||||||||   ||| |||||||| |||| ||||||||| | ||||||||| ||||||||||||| ||| | || ||||||||||| ||| ||||||    
T  11587331 tttgccaaattttctttcgtaggtaaacgattcctcagaagccgccaagcaagaatagatactttgataggtatctatttatgccaaattaactccata 11587233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 111 - 192
Target Start/End: Original strand, 8361126 - 8361207
Alignment:
Q  111 taggtaaccgatccctcagaagtcaccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 192  Q
    ||||||| |||| |||||| |||| |||| |||||||||| ||||| |  ||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  8361126 taggtaaacgattcctcagcagtcgccaaacaaggatagaaacttttaagggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 8361207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 110 - 192
Target Start/End: Original strand, 20002750 - 20002832
Alignment:
Q  110 gtaggtaaccgatccctcagaagtcaccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 192  Q
    |||||||| ||||||||||  || | |||||||| |||||| ||||| | | |||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  20002750 gtaggtaaacgatccctcaacagccgccaagcaatgatagaaacttttaaaagaacctgtttatgccaaattaactccatatt 20002832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 19 - 74
Target Start/End: Complemental strand, 159897 - 159842
Alignment:
Q  19 caaatgagaaacatcttcgacaaccccacatccagaaacacataaccgctcctcca 74  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||| || |||||||    
T  159897 caaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataatcgttcctcca 159842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 89 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 5790228 - 5790138
Alignment:
Q  89 cgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcaccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaa 179  Q
    ||||||||||||||   ||| |||||||| |||||| |||  || ||||| ||||  ||||||||||| ||||| || |||||||||||||    
T  5790228 cgatttgccaaattctctttagtaggtaaacgatccttcatcaggcaccacgcaaaaatagatactttaagaggtacttgtttatgccaaa 5790138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 134; Significance: 6e-70; HSPs: 14)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 134; E-Value: 6e-70
Query Start/End: Original strand, 19 - 200
Target Start/End: Original strand, 12734059 - 12734240
Alignment:
Q  19 caaatgagaaacatcttcgacaaccccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaac 118  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||    
T  12734059 caaatgagaaacatcttcgacattcccacatctagaaacacataaccgctcctccagagatagaatgccacgggttaccaaattaagttttgtaggtaac 12734158  T
Q  119 cgatccctcagaagtcaccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgta 200  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||    
T  12734159 cgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaaatccatattatgatgta 12734240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 107; E-Value: 8e-54
Query Start/End: Original strand, 43 - 213
Target Start/End: Original strand, 2553595 - 2553765
Alignment:
Q  43 cccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcaccaagca 142  Q
    |||||||||||||||||| ||| || |||||| |  || ||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||  ||| ||||| |||||||    
T  2553595 cccacatccagaaacacacaactgcgcctccaaaggtaaaatgccacggtttgccaaattattttttgtaggtaaccgatctttcaaaagtcgccaagca 2553694  T
Q  143 aggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctc 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  2553695 aggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccatattatggtgtaactggggctgctc 2553765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 47 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 18651412 - 18651244
Alignment:
Q  47 catccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcaccaagcaagga 146  Q
    |||||||| ||||| |||||| | |||| |  || ||| ||||| ||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  18651412 catccagagacacacaaccgcgcatccaaaggtaaaatcccacggttttccaaattattttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaagga 18651313  T
Q  147 tagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 215  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| || | |||||||||||||||||    
T  18651312 tagagactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccatattttgatctaactggggctgctcct 18651244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 54 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 24767595 - 24767434
Alignment:
Q  54 aaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcaccaagcaaggatagatac 153  Q
    ||||||| |||||| |||||| |  || ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||| ||    
T  24767595 aaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgccacgatttgccaaattattttttgtaggtaaccgatccctaagaagtcgtcaagcaaggatagagac 24767496  T
Q  154 tttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 215  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||| ||| |||||||| || ||||||| |||||||||||    
T  24767495 tttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgatgtaactagggctgctcct 24767434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 106 - 215
Target Start/End: Original strand, 21168220 - 21168329
Alignment:
Q  106 ttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcaccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactgg 205  Q
    |||||||||||| |||||   || ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  21168220 ttttgtaggtaatcgatcttgcaaaagtctccaagctaggatagatactttgagaggaacctatttatgccaaattaactccatattatggtgtaactgg 21168319  T
Q  206 ggctgctcct 215  Q
    ||||||||||    
T  21168320 ggctgctcct 21168329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 49; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 96 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 17579210 - 17579114
Alignment:
Q  96 ccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcaccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 192  Q
    ||||||||  ||| |||||||| ||||||||||  |||| ||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  17579210 ccaaattagatttagtaggtaagcgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 17579114  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 45; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 96 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 17573784 - 17573688
Alignment:
Q  96 ccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcaccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 192  Q
    ||||||||  ||| |||||||| ||||||||||  |||| |||||||||||||||  |||| | |||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  17573784 ccaaattagatttagtaggtaagcgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaatcttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 17573688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 110 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 17606449 - 17606367
Alignment:
Q  110 gtaggtaaccgatccctcagaagtcaccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 192  Q
    ||||||||  |||||||||  |||| ||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  17606449 gtaggtaaatgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 17606367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 106 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 21630226 - 21630140
Alignment:
Q  106 ttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcaccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 192  Q
    |||||||||||| ||||||||||  |||| |||| |||||||||| ||||| | ||||||||| |||||||||| ||| ||||||||    
T  21630226 ttttgtaggtaaacgatccctcaatagtcgccaaacaaggatagaaacttttaaaggaacctggttatgccaaattaactccatatt 21630140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 53 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 14373163 - 14373026
Alignment:
Q  53 gaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcaccaagcaaggatagata 152  Q
    |||||||| |||||| |||||| | | | ||||||||| |||||||||||   ||| |||||||| |  | ||||| |||   ||||||||| |||||||    
T  14373163 gaaacacacaaccgcccctccatagaaataatgccacggtttgccaaatttcctttcgtaggtaagccgttcctcaaaagctgccaagcaagaatagata 14373064  T
Q  153 ctttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccata 190  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||| ||| ||||||    
T  14373063 cttttagaggtacctgtttatgccaaattaaatccata 14373026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 110 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 10577364 - 10577282
Alignment:
Q  110 gtaggtaaccgatccctcagaagtcaccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 192  Q
    |||||||| ||||||||||  |||| ||||||||||||| | ||||| | |||||||||||||||||||| ||| || |||||    
T  10577364 gtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatataaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactctatatt 10577282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 92 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 15958946 - 15958861
Alignment:
Q  92 tttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcaccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgcca 177  Q
    |||||||||||   ||| ||||||||  ||||||||| ||| | ||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  15958946 tttgccaaatttgctttcgtaggtaaatgatccctcaaaagccgccaagcaagaatagagactttaagaggaacctgtttatgcca 15958861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 43 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 20883215 - 20883066
Alignment:
Q  43 cccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcaccaagca 142  Q
    ||||||||| |  ||||| |||||  |||||||| ||| ||||||||||| | |||| ||   ||| |||||||| | ||||||||  || | |||||||    
T  20883215 cccacatcccgtgacacaaaaccgagcctccacagatataatgccacgatctaccaagttcgatttagtaggtaaacaatccctcaacagccgccaagca 20883116  T
Q  143 aggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 192  Q
    |||||||| ||||| | |||||||| ||||||||| | ||| ||||||||    
T  20883115 aggatagaaacttttaaaggaacctatttatgccagattaactccatatt 20883066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 93 - 202
Target Start/End: Original strand, 13937708 - 13937817
Alignment:
Q  93 ttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcaccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 192  Q
    ||||||||||  |||| ||||||||||| |||||||| |  | ||||||||  ||||| ||||| | ||| |||||||| |||||||  || ||||||||    
T  13937708 ttgccaaattttgtttagtaggtaaccggtccctcagcaaacgccaagcaaaaatagacactttcaaaggcacctgtttgtgccaaatcaactccatatt 13937807  T
Q  193 atggtgtaac 202  Q
     || ||||||    
T  13937808 ttgatgtaac 13937817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0472 (Bit Score: 89; Significance: 5e-43; HSPs: 1)
Name: scaffold0472
Description:

Target: scaffold0472; HSP #1
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 43 - 215
Target Start/End: Original strand, 3210 - 3382
Alignment:
Q  43 cccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcaccaagca 142  Q
    |||||||||||||||||| |||||| |||||| |  || ||||||| | |||||||||||   ||| |||||||||||||| |||| ||||| |||||||    
T  3210 cccacatccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgccatggtttgccaaattgcttttcgtaggtaaccgatctctcaaaagtctccaagca 3309  T
Q  143 aggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 215  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  3310 aggatagaaactttaagaggaacctgtttatgccaaattaactccatattatggtgtaactagggttgctcct 3382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University