View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9913A_low_56 (Length: 395)

Name: NF9913A_low_56
Description: NF9913A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9913A_low_56
NF9913A_low_56
[»] chr3 (14 HSPs)
chr3 (180-395)||(22352321-22352536)
chr3 (18-297)||(22356557-22356845)
chr3 (10-384)||(22628941-22629306)
chr3 (10-296)||(22634041-22634321)
chr3 (10-390)||(22466446-22466811)
chr3 (10-384)||(22441237-22441608)
chr3 (10-297)||(22366503-22366787)
chr3 (10-151)||(22352538-22352673)
chr3 (112-390)||(22435123-22435398)
chr3 (10-85)||(22430001-22430076)
chr3 (10-228)||(22457161-22457373)
chr3 (10-228)||(22480142-22480354)
chr3 (20-62)||(22435442-22435484)
chr3 (337-393)||(22356470-22356526)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 200; Significance: 1e-109; HSPs: 14)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 180 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 22352536 - 22352321
Alignment:
Q  180 gaagttgcctgagtggatttcaaaactccagaatcttgttaagctgaaagtgaatcttccgaagccagagaatgatgcaaggaaattactccaaagtatg 279  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  22352536 gaagttgcctgagtggatttcaaaactccagaatcttgttaagctgaaagtgaatcttccgaagccagagaatgatgcaatgaaattactccaaagtatg 22352437  T
Q  280 ccaaatttgttgtccctcacttttgctggtggtggtcaccgttatgaagacaatttcgaaagtttacattttcaagatgggtagtttatgaatttgaaga 379  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  22352436 ccaaatttgttgtccctcacttttgctggtggtggtcaccgttatgaagacaatttcgaaagtttacattttcaagaagggttgtttatgaatttgaaga 22352337  T
Q  380 aactatgtcttgctga 395  Q
    |||||| |||||||||    
T  22352336 aactatatcttgctga 22352321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 156; E-Value: 9e-83
Query Start/End: Original strand, 18 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 22356845 - 22356557
Alignment:
Q  18 gagtaaatatatgagtgctctatcttcctcaatcaatcagatgcaaaaattggagaaactaagtattaaagga------atcggaatggaatatgacaca 111  Q
    ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||      |||||||||| ||||| | ||    
T  22356845 gagtaaatatatgagtggtatatcttcctcaatcaatgagatgcaaaaattggagaaactaagtattaaaggagtcggaatcggaatgggatatggcgca 22356746  T
Q  112 ttcattgatcttgatttgaattcacccccacctaagcttcaacgtcttaaacttgaaggg---aaattaaagaagttgcctgagtggatttcaaaactcc 208  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||     |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  22356745 ttcattgatcttgatttgaattcacccccacctatgcttcaacgtgttaaacttcaagaccttaaattaaataagttgcctgagtggatttcaaaactcc 22356646  T
Q  209 agaatcttgttaagctgaaagtgaatcttccgaagccagagaatgatgcaaggaaattactccaaagtatgccaaatttgttgtccctc 297  Q
    | |||||||| |||||||| || |  ||| ||| |  || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22356645 aaaatcttgtcaagctgaatgtaagccttacgagggaagtgaatgatgcaatgaaattactccaaagtatgccaaatttgttgtccctc 22356557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 10 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 22629306 - 22628941
Alignment:
Q  10 ggtgttaggagtaaatatatgagtgctctatcttcctcaatcaatcagatgcaaaaattggagaaactaagtattaaaggaatcggaatggaatatgaca 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||   ||||  ||| ||       |||||||||    
T  22629306 ggtgttaggagtaaatatatgagtgctatatcttcctcaatcaataagatgcaacaattggagaaactacaaattagtggagtcc------aatatgaca 22629213  T
Q  110 cattcattgatcttgatttgaattcacccccacctaagcttcaacgtcttaaacttgaagggaaattaaagaagttgcctgagtggatttcaaaactcca 209  Q
    ||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||| |||||||||| |||||||  | ||  | || ||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  22629212 cattcattgatctggattagaagtcacccccacctaggcttcaacgtgttaaactctatggatattttaagaaattacctgagtggatttcaaaactcca 22629113  T
Q  210 gaatcttgttaagctgaaagtgaatcttccgaagccagagaatgatgcaaggaaattactccaaagtatgccaaatttgttgtccctcacttttgctggt 309  Q
    ||||||||||||||||| |||||  ||| |||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||   | ||   ||    
T  22629112 gaatcttgttaagctgagagtgatgcttacgaagcaagggaatgatgcaatgaaattactccaaagtatgcgaaaattgctgtccctc---tatgtcagt 22629016  T
Q  310 ggtggtcaccgttatgaagacaatttcgaaagtttacattttcaagatgggtagtttatgaatttgaagaaacta 384  Q
    ||| || |   |||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||    
T  22629015 ggtagtgatgattatgaagacaaattggaaaggttacattttcaagatggatggtttatgaatttgaaggaacta 22628941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 128; E-Value: 5e-66
Query Start/End: Original strand, 10 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 22634321 - 22634041
Alignment:
Q  10 ggtgttaggagtaaatatatgagtgctctatcttcctcaatcaatcagatgcaaaaattggagaaactaagtattaaaggaatcggaatggaatatgaca 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||| ||      ||| |||    
T  22634321 ggtgttaggagtaaatatatgagtgctatatcttcctcaatcaacaagatgcaacaattggagaaactaaatattagaggaatcaga------tataaca 22634228  T
Q  110 cattcattgatcttgatttgaattcacccccacctaagcttcaacgtcttaaacttgaagggaaattaaagaagttgcctgagtggatttcaaaactcca 209  Q
    ||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||  |||| | |||  ||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  22634227 cattcattgatatggatttgaattcacccccaccaaagcttcaacgtgttaaacttatagggtatttattgaaattgcctgagtggatttcaaaactcca 22634128  T
Q  210 gaatcttgttaagctgaaagtgaatcttccgaagccagagaatgatgcaaggaaattactccaaagtatgccaaatttgttgtccct 296  Q
      |||| |||||| |||| ||||   || |||||  || ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  22634127 atatctcgttaagttgaaggtgacgattacgaaggaagggaatgatgcaatgaaattactcaaaagtatgccaaacttgttgtccct 22634041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 10 - 390
Target Start/End: Complemental strand, 22466811 - 22466446
Alignment:
Q  10 ggtgttaggagtaaatatatgagtgctctatcttcctcaatcaatcagatgcaaaaattggagaaactaagtattaaaggaatcggaatggaatatgaca 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||  |||         ||||  ||||| |        
T  22466811 ggtgttaggagtaaatatatgagtgctatatcttcctcaatcaatcaaatgcaacaaatggagaaactacttat---------cgga--ggaatct---- 22466727  T
Q  110 cattcattgatcttgatttgaattcacccccacctaagcttcaacgtcttaaacttgaagggaaattaaagaagttgcctgagtggatttcaaaactcca 209  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||  || | ||||  ||||| ||||||||||||||||||||| |    
T  22466726 cattcattggtctggatttgaattcacccccacctaggcttcaacgtgttaaacttgactggcatttaagaaagttacctgagtggatttcaaaactcaa 22466627  T
Q  210 gaatcttgttaagctgaaagtgaatcttccgaagccagagaatgatgcaaggaaattactccaaagtatgccaaatttgttgtccctcacttttgctggt 309  Q
     ||||||||| |||| || ||||   ||  ||||  || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||  |||  ||||     
T  22466626 aaatcttgttgagctcaaggtgacagttaggaaggaagggaatgatgcaatgaaattactccaaagtatgccaaacttgttgctcctctgtttcactggc 22466527  T
Q  310 ggtggtcaccgttatgaagacaatttcgaaagtttacattttcaagatgggtagtttatgaatttgaagaaactatgtctt 390  Q
    | ||||| || |||||||||||| || |||||| |||||||||| ||||||| ||||| |||||||||| |||||| ||||    
T  22466526 gatggtcgccattatgaagacaaatttgaaagtatacattttcaggatgggtggtttaagaatttgaaggaactatatctt 22466446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 10 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 22441608 - 22441237
Alignment:
Q  10 ggtgttaggagtaaatatatgagtgctctatcttcctcaatcaatcagatgcaaaaattggagaaactaagtattaaaggaatcggaatggaatatgaca 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||  |||||||| ||||||||||||||| |||||  ||| ||  |||  | ||  |||    
T  22441608 ggtgttaggagtaaatatatgagtgctatatctttctcaatcaacgagatgcaacaattggagaaactaattattagtggagtcc-aatctacta--aca 22441512  T
Q  110 cattcattgatcttgatttgaattcacccccacctaagcttcaacgtcttaaacttgaagggaaattaaagaagttgcctgagtggatttcaaaactcca 209  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| | || ||||| ||| | ||||| ||||||||||||  |||||||      
T  22441511 cattcattgatctggatttgaattcacccccacctaagcttcaacatgttaaattcgacgggaatttatataagtttcctgagtggattcaaaaactcag 22441412  T
Q  210 gaatcttgttaagctgaaagtgaatcttccgaagccagagaatgatgcaaggaaattactccaaagtatgccaaatttgttgtccctcacttttgctggt 309  Q
     || ||||||||||| | |||||  ||| |||||| | | |||||||||| ||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||  | |  | | |    
T  22441411 aaaccttgttaagcttagagtgacacttacgaagcaacaaaatgatgcaatgaaattactcataagtatgccaaacttgttgtccctccatatctcggat 22441312  T
Q  310 ggtggtcaccgttatgaagacaatttcgaaagtttacattttcaagatgggtagtttatgaatttgaagaaacta 384  Q
    |||  | |   |||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||| | ||||| |||||||||| |||||    
T  22441311 ggttctgattattatgaagacaaattcgaaaggttacattttcaagttggatggtttacgaatttgaaggaacta 22441237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 10 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 22366787 - 22366503
Alignment:
Q  10 ggtgttaggagtaaatatatgagtgctctatcttcctcaatcaatcagatgcaaaaattggagaaactaagtattaaaggaatcggaatggaatatgaca 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||| || |||||||||||| |||||  ||| |||      ||||||| |    
T  22366787 ggtgttaggagtaaatatatgagtgctatatcttcttcaatcaataagatgcaacaactggagaaactaaatattagtggagtcg------aatatgaga 22366694  T
Q  110 cattcattgatcttgatttgaattcacccccacctaagcttcaacgtcttaaacttgaagggaaattaaagaagttgcctgagtggatttcaaaactcca 209  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| | ||  |||  | ||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||      
T  22366693 cattcattgatctggatttgaattcacccccacctatgcttcaacatattggactctacgggaatttaaagaagtttcctgagtggattccaaaactcac 22366594  T
Q  210 gaatcttgttaagctgaaagtgaatcttccga---agccagagaatgatgcaaggaaattactccaaagtatgccaaatttgttgtccctc 297  Q
     || |||||| |  |||| ||||  ||| |||   ||  || ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  22366593 aaaccttgttgacatgaaggtgagacttacgaaggaggaagggaacgatgcaatgaaattactccaaagtatgccaaacttgttgtccctc 22366503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 10 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 22352673 - 22352538
Alignment:
Q  10 ggtgttaggagtaaatatatgagtgctctatcttcctcaatcaatcagatgcaaaaattggagaaactaagtattaaaggaatcggaatggaatatgaca 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||  ||| |||   ||     | |||    
T  22352673 ggtgttaggagtaaatatatgagtgctctatcttcctcaatcaatcagatgcaaaaattggagaaactatatattattggagtcg---tg---ccttaca 22352580  T
Q  110 cattcattgatcttgatttgaattcacccccacctaagcttc 151  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  22352579 cattcattgatctggatttgaattcacccccacctaagcttc 22352538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 112 - 390
Target Start/End: Complemental strand, 22435398 - 22435123
Alignment:
Q  112 ttcattgatcttgatttgaattcacccccacctaagcttcaacgtcttaaacttgaagggaaattaaagaagttgcctgagtggatttcaaaactccaga 211  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||    ||  | | ||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |    
T  22435398 ttcattgatctggatttgaattcacccccacctaggcttgaacgtgttaaactctttggatattcaaataagtttcctgagtggatttcaaaactccaaa 22435299  T
Q  212 atcttgttaagctgaaagtgaatcttccgaagccagagaatgatgcaaggaaattactccaaagtatgccaaatttgttgtccctcacttttgctggtgg 311  Q
    |||||||||||||| |  ||   | |  ||||  || ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||  | |  ||||||     
T  22435298 atcttgttaagctggatttgccacgtttgaaggaagtgaatgatgcaatgaaattacttcaaagtatgccaaacttgttgtccctccatatctctggtgt 22435199  T
Q  312 tggtcaccgttatgaagacaatttcgaaagtttacattttcaagatgggtagtttatgaatttgaagaaactatgtctt 390  Q
    |  | |   |||||||||||| || ||||| ||||||||| ||||||| | |||||||||||||||| |||||| ||||    
T  22435198 tcctga---ttatgaagacaaattggaaaggttacattttgaagatggatggtttatgaatttgaaggaactatatctt 22435123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 10 - 85
Target Start/End: Complemental strand, 22430076 - 22430001
Alignment:
Q  10 ggtgttaggagtaaatatatgagtgctctatcttcctcaatcaatcagatgcaaaaattggagaaactaagtatta 85  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||    
T  22430076 ggtgtttggagtaaatatatgagtgctttatgttcctcaatcaatcagatgcacgaattggagaaactaaatatta 22430001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 10 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 22457373 - 22457161
Alignment:
Q  10 ggtgttaggagtaaatatatgagtgctctatcttcctcaatcaatcagatgcaaaaattggagaaactaagtattaaaggaatcggaatggaatatgaca 109  Q
    |||||||||||   ||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||   |||   | || ||||      |||||||    
T  22457373 ggtgttaggagcggatacatgagtgctatatcttcctcaatcaatgagatgcaaaaagtggagaaactacaaattcgcgcaaacgga------tatgaca 22457280  T
Q  110 cattcattgatcttgatttgaattcacccccacctaagcttcaacgtcttaaacttgaagggaaattaaagaagttgcctgagtggatttcaaaactcca 209  Q
    || | |||||  |  ||||||||||||| ||||||| ||||| || |||||  ||||| ||||| ||| ||| |||||||  ||||||| ||||||| ||    
T  22457279 cagttattgacatgcatttgaattcaccaccacctatgcttcgacatcttactcttgatgggaagttagagatgttgcctctgtggattccaaaacttca 22457180  T
Q  210 gaatcttgttaagctgaaa 228  Q
     ||||||||||||||||||    
T  22457179 aaatcttgttaagctgaaa 22457161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 10 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 22480354 - 22480142
Alignment:
Q  10 ggtgttaggagtaaatatatgagtgctctatcttcctcaatcaatcagatgcaaaaattggagaaactaagtattaaaggaatcggaatggaatatgaca 109  Q
    |||||||||||   ||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||   |||   | || ||||      |||||||    
T  22480354 ggtgttaggagcggatacatgagtgctatatcttcctcaatcaatgagatgcaaaaagtggagaaactacaaattcgcgcaaacgga------tatgaca 22480261  T
Q  110 cattcattgatcttgatttgaattcacccccacctaagcttcaacgtcttaaacttgaagggaaattaaagaagttgcctgagtggatttcaaaactcca 209  Q
    || | |||||  |  ||||||||||||| ||||||| ||||| || |||||  ||||| ||||| ||| ||| |||||||  ||||||| ||||||| ||    
T  22480260 cagttattgacatgcatttgaattcaccaccacctatgcttcgacatcttactcttgatgggaagttagagatgttgcctctgtggattccaaaacttca 22480161  T
Q  210 gaatcttgttaagctgaaa 228  Q
     ||||||||||||||||||    
T  22480160 aaatcttgttaagctgaaa 22480142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 20 - 62
Target Start/End: Complemental strand, 22435484 - 22435442
Alignment:
Q  20 gtaaatatatgagtgctctatcttcctcaatcaatcagatgca 62  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  22435484 gtaaatatatgagtgctatatcttcctcaatcaataagatgca 22435442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 337 - 393
Target Start/End: Complemental strand, 22356526 - 22356470
Alignment:
Q  337 gaaagtttacattttcaagatgggtagtttatgaatttgaagaaactatgtcttgct 393  Q
    |||||||||||||| |||||||| | ||||| ||| |||||| |||||| |||||||    
T  22356526 gaaagtttacatttccaagatggatggtttaagaacttgaaggaactatatcttgct 22356470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University