View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9922_1 (Length: 1076)

Name: NF9922_1
Description: NF9922
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9922_1
NF9922_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (9-1076)||(32163927-32164994)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (256-290)||(44211561-44211595)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 1020; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 1020; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 1076
Target Start/End: Original strand, 32163927 - 32164994
Alignment:
Q  9 gtttgatgggatgggagagaagaatgctgtgacgtgggctgcaatgattggtgggtgtggcatgcaaggtgatggagttggatctctagctctctttagg 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32163927 gtttgatgggatgggagagaagaatgctgtgacgtgggctgcaatgattggtgggtgtggcatgcaaggtgatggagttggatctctagctctctttagg 32164026  T
Q  109 gatatgttgaaagaggaacttgtgcctaatgaagttgtcttcacaactctattagcggcttgcagccattcagggatggttgaagaagggttgatgagat 208  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||    
T  32164027 gatatgttgaaagaggaacttgtgcctaatgaagttgtcttcacaactctattagcggcttgcagccattcagggatggttgaagaagggttaatgatat 32164126  T
Q  209 ttgatttcatgtgtaaggagttaaattttgttccttccatgaagcattatgcatgtatggttgatctcttggcacgtgctggcaacctccaagaggcatt 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32164127 ttgatttcatgtgtaaggagttaaattttgttccttccatgaagcattatgcatgtatggttgatctcttggcacgtgctggcaacctccaagaggcatt 32164226  T
Q  309 ggattttatcgacaaaatgcctgttcaacctggtgttggtgtgtttggagcttttctccatggttgtggacttcattccaattttgattttggagaagta 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32164227 ggattttatcgacaaaatgcctgttcaacctggtgttggtgtgtttggagcttttctccatggttgtggacttcattccaattttgattttggagaagta 32164326  T
Q  409 gcaattagaagaatgttggaattgcaccctgatcaagcttgttactacgtgctcatctcaaacctgtatgcttcggatggaagatggggcatggttaagg 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32164327 gcaattagaagaatgttggaattgcaccctgatcaagcttgttactacgtgctcatctcaaacctgtatgcttcggatggaagatggggcatggttaagg 32164426  T
Q  509 aggtaagagagatgataaagcaaagaggattgaacaaggtccctggtgttagtttagtggagatggacatcaacaatactacacatgtcaatgtggcagt 608  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32164427 aggtaagagagatgataaagcaaagaggattgaacaaggtccctggtgttagtttagtggagatggacgtcaacaatactacacatgtcaatgtggcagt 32164526  T
Q  609 ttgatcatatctacttttttcatgatcgtgtgtgatcataaagaaaaattaccttcttaacaagcagctggactggttttataatcaccctaccgcagat 708  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  32164527 ttgatcatatctactttgctcatgatcgtgtgtgatcataaagaaaaattaccttcttaacaagcagctggactggttttataatcaccctaccggagat 32164626  T
Q  709 gtgcatgttctgaaattgagtcttgtaaagctggagataaccgttcaggcataagaatcgaagagcttggcaggagctgatgggtccgaggaggtaaagt 808  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  32164627 gtgcatgttctgaaaatgagtcttgtaaagctggagataaccgttcaggcataagattcgaagagcttggcagaagctgatgggttcgaggaggtaaagt 32164726  T
Q  809 gaccaaaagatcagcagagttagtaaatggccttgtggtagaagcaagattgtctagctcgagagtcaataataactcattgagctttcatatactcgac 908  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32164727 gaccaaaagatcagcagagttagtaaatggccttgtagtagaagcaagattgtctagctcgagagtcaataataactcattgagctttcatatactcgac 32164826  T
Q  909 ttgaagacttgactctaagagtttacttaatataaagaaacgtattaatgatggactcgtaagagaacagtggcaacatggacatattctgtgttagggt 1008  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  32164827 ttgaagacttgactctaagagtttacttaatataaagaaacgtattaatgatggactcgtaagagaacagtggcaacatggacataatctgtgttagggt 32164926  T
Q  1009 gattatggaagagatgagggatagaacgattctaaggcgaagagaaagataatgttataatccaattt 1076  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32164927 gattatggaagagatgagggatagaacgattctaaggcgaagagaaagataatgttataatccaattt 32164994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 31; Significance: 0.0000001; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 256 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 44211595 - 44211561
Alignment:
Q  256 tatgcatgtatggttgatctcttggcacgtgctgg 290  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  44211595 tatgcttgtatggttgatctcttggcacgtgctgg 44211561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University