View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF9925_low_2 (Length: 708)
Name: NF9925_low_2
Description: NF9925
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF9925_low_2 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 655; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 655; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 26 - 692
Target Start/End: Complemental strand, 35870639 - 35869973
Alignment:
| Q |
26 |
tgaaaagctacaaaatttggaagaggatgacgatgacgacaatgatgatgatgctttttcagatgccttagaaacactgtcttcaacagaatcattatgt |
125 |
Q |
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| T |
35870639 |
tgaaaagctacaaaatttggaagaggatgacgatgacgacaatgatgatgatgctttttcagatgccttagaaacactgtcttcaacagaatcattatgt |
35870540 |
T |
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| Q |
126 |
gtaagtggtttggataatttggatgcaaacaagtgtagaatctcttctacagatgacaaacaagctcaagaattcatgatgaaccggtttttacctgcag |
225 |
Q |
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| T |
35870539 |
gtaagtggtttggataatttggatgcaaacaagtgtagaatctcttctacagatgacaaacaagctcaagaattcatgatgaaccggtttttacctgcag |
35870440 |
T |
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| Q |
226 |
caaaggctatgactttacaaactcatcaacatgctccaagaaaacaatctgttctgttacatcaaccaagcaccaaattggttagtgaggaaaagaactc |
325 |
Q |
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| T |
35870439 |
caaaggctatgactttacaaactcatcaacatgctccaagaaaacaatctgttctgttacaacaaccaagcaccaaattggttagtgaggaaaagaactc |
35870340 |
T |
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| Q |
326 |
ttttgttaacaatagaaatatcactgacattgtaccatacactgatcaataccgtgaagaggaagaagaagaaagtgaccatgatgaaactgatgattat |
425 |
Q |
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| T |
35870339 |
ttttgttaacaatagaaatatcactgacattgtaccatacactgatcaataccgagaagaggaagaagaagaaagtgaccatgatgaaactgattattat |
35870240 |
T |
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| Q |
426 |
gcaaatatttcagctaagggttgtggattatttcctacttcatgcattaagaattcactgtgtttattaaatccaatgcctgagacaaaaatggagaacc |
525 |
Q |
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| T |
35870239 |
gcaaatatttcagctaagggttgtggattatttcctacttcatgcattaagaattcactgtgtttattaaatccaatgcctgagacaaaaatggagaacc |
35870140 |
T |
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| Q |
526 |
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625 |
Q |
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| T |
35870139 |
agattccagtgtggtcttccaatgacgttgaaaaacctaacaaaagttcttattttagcactaacagaccaggtccaaccattaagaaggtaaaaactaa |
35870040 |
T |
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| Q |
626 |
gtctttcttatttttctttacaatttcttgcattgcactccacccttcaatagtcaatagtacctac |
692 |
Q |
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| T |
35870039 |
gtctttcttatttttctttacaatttcttgcattgcactccacccttcaatagtcaatagtacctac |
35869973 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 213; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 26 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 35878186 - 35877902
Alignment:
| Q |
26 |
tgaaaagctacaaaatttggaagaggatgacgatgacgacaatgatgatgatgctttttcagatgccttagaaacactgtcttcaacagaatcattatgt |
125 |
Q |
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| T |
35878186 |
tgaaaagctacaaaatttggaagaggatgacgatgacgacaatgaagatgatgccttttcagatgccttagaaacactgtcttcaacagaatcattatgt |
35878087 |
T |
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| Q |
126 |
gtaagtggtttggataatttggatgcaaacaagtgtagaatctc-ttctacagatgacaaacaagctcaagaattcatgatgaaccggtttttacctgca |
224 |
Q |
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| T |
35878086 |
gtaagtggcttggataatttggatgcaaacaagtgtaaaacctctttctactgatgataaacaggctcaagacttcatgatgaaccggtttttacctgca |
35877987 |
T |
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| Q |
225 |
gcaaaggctatgactttacaaactcatcaacatgctccaagaaaacaatctgttctgttacatcaaccaagcaccaaattggtta |
309 |
Q |
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| T |
35877986 |
gcaaaggatatgactttgcaaccacatcaacatgctccaagaaaacaatctgttatgttacaccaacctagcaccaaattggtta |
35877902 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 655; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 655; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 26 - 692
Target Start/End: Complemental strand, 24444840 - 24444174
Alignment:
| Q |
26 |
tgaaaagctacaaaatttggaagaggatgacgatgacgacaatgatgatgatgctttttcagatgccttagaaacactgtcttcaacagaatcattatgt |
125 |
Q |
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| T |
24444840 |
tgaaaagctacaaaatttggaagaggatgacgatgacgacaatgatgatgatgctttttcagatgccttagaaacactgtcttcaacagaatcattatgt |
24444741 |
T |
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| Q |
126 |
gtaagtggtttggataatttggatgcaaacaagtgtagaatctcttctacagatgacaaacaagctcaagaattcatgatgaaccggtttttacctgcag |
225 |
Q |
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| T |
24444740 |
gtaagtggtttggataatttggatgcaaacaagtgtagaatctcttctacagatgacaaacaagctcaagaattcatgatgaaccggtttttacctgcag |
24444641 |
T |
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| Q |
226 |
caaaggctatgactttacaaactcatcaacatgctccaagaaaacaatctgttctgttacatcaaccaagcaccaaattggttagtgaggaaaagaactc |
325 |
Q |
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| T |
24444640 |
caaaggctatgactttacaaactcatcaacatgctccaagaaaacaatctgttctgttacaacaaccaagcaccaaattggttagtgaggaaaagaactc |
24444541 |
T |
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| Q |
326 |
ttttgttaacaatagaaatatcactgacattgtaccatacactgatcaataccgtgaagaggaagaagaagaaagtgaccatgatgaaactgatgattat |
425 |
Q |
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| T |
24444540 |
ttttgttaacaatagaaatatcactgacattgtaccatacactgatcaataccgagaagaggaagaagaagaaagtgaccatgatgaaactgattattat |
24444441 |
T |
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| Q |
426 |
gcaaatatttcagctaagggttgtggattatttcctacttcatgcattaagaattcactgtgtttattaaatccaatgcctgagacaaaaatggagaacc |
525 |
Q |
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| T |
24444440 |
gcaaatatttcagctaagggttgtggattatttcctacttcatgcattaagaattcactgtgtttattaaatccaatgcctgagacaaaaatggagaacc |
24444341 |
T |
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| Q |
526 |
agattccagtgtggtcttccaatgacgttgaaaaacctaacaaaagttcttattttagcactaacagaccaggtccaaccattaagaaggtaaaaactaa |
625 |
Q |
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| T |
24444340 |
agattccagtgtggtcttccaatgacgttgaaaaacctaacaaaagttcttattttagcactaacagaccaggtccaaccattaagaaggtaaaaactaa |
24444241 |
T |
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| Q |
626 |
gtctttcttatttttctttacaatttcttgcattgcactccacccttcaatagtcaatagtacctac |
692 |
Q |
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| T |
24444240 |
gtctttcttatttttctttacaatttcttgcattgcactccacccttcaatagtcaatagtacctac |
24444174 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 213; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 26 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 24452387 - 24452103
Alignment:
| Q |
26 |
tgaaaagctacaaaatttggaagaggatgacgatgacgacaatgatgatgatgctttttcagatgccttagaaacactgtcttcaacagaatcattatgt |
125 |
Q |
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| T |
24452387 |
tgaaaagctacaaaatttggaagaggatgacgatgacgacaatgaagatgatgccttttcagatgccttagaaacactgtcttcaacagaatcattatgt |
24452288 |
T |
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| Q |
126 |
gtaagtggtttggataatttggatgcaaacaagtgtagaatctc-ttctacagatgacaaacaagctcaagaattcatgatgaaccggtttttacctgca |
224 |
Q |
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| T |
24452287 |
gtaagtggcttggataatttggatgcaaacaagtgtaaaacctctttctactgatgataaacaggctcaagacttcatgatgaaccggtttttacctgca |
24452188 |
T |
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| Q |
225 |
gcaaaggctatgactttacaaactcatcaacatgctccaagaaaacaatctgttctgttacatcaaccaagcaccaaattggtta |
309 |
Q |
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| T |
24452187 |
gcaaaggatatgactttgcaaccacatcaacatgctccaagaaaacaatctgttatgttacaccaacctagcaccaaattggtta |
24452103 |
T |
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