View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9931_2 (Length: 431)

Name: NF9931_2
Description: NF9931
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9931_2
NF9931_2
[»] chr4 (9 HSPs)
chr4 (29-407)||(36403710-36404088)
chr4 (29-406)||(36373039-36373413)
chr4 (29-407)||(36396777-36397155)
chr4 (29-397)||(36387004-36387372)
chr4 (29-407)||(36411027-36411402)
chr4 (29-407)||(36416358-36416733)
chr4 (31-407)||(36425193-36425566)
chr4 (29-406)||(36368423-36368797)
chr4 (33-406)||(36433051-36433421)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (358-406)||(34712339-34712387)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 371; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 371; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 29 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 36404088 - 36403710
Alignment:
Q  29 atggttgtacataaacaactgaggtttaccaatggtgctgaattccaccgtgaacgcaccttttccagggtcatcatctgtcttccaggattgaaggaac 128  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36404088 atggttgtacataaacaactgaggtttaccaatggtgctgaattccaccgtgaacgcaccttttccagggtcatcatctgtcttccaggattgaaggaac 36403989  T
Q  129 cagctttgattagtttttctattaaaccctatctttagatatggaagcaaggtgtctgtgggatgatcaaagctttcccagatgacagtttttgtgttgt 228  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36403988 cagctttgattagtttttctattaaaccctatctttagatatggaagcaaggtgtctgtgggatgatcaaagctttcccagatgacagtttttgtgttgt 36403889  T
Q  229 ttatcatcagaacaaggtttgctatgtctgataatttcgctataacagcattggtgctatttctttgtgattgtggtaatgaaacatcggtagaccaaat 328  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  36403888 ttatcatcagaacaaggtttgctatgtctgataatttcgctataacagcattggtgctatttctttgtgattgtggaaatgaaacatcggtagaccaaat 36403789  T
Q  329 gggaatggtgctatggttatggtgaattactagatttccatttgggtcaatggataaaatcccagaagtgtcattgatg 407  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36403788 gggaatggtgctatggttgtggtgaattactagatttccatttgggtcaatggataaaatcccagaagtgtcattgatg 36403710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 29 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 36373413 - 36373039
Alignment:
Q  29 atggttgtacataaacaactgaggtttaccaatggtgctgaattccaccgtgaacgcaccttttccagggtcatcatctgtcttccaggattgaaggaac 128  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  ||||| || |||||| ||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36373413 atggttgtacataaacaactgaggtttgacaatgctgttgaatttcactgtgaatgcaccatttccagggtcatcatctgtcttccaggattgaaggaac 36373314  T
Q  129 cagctttgattagtttttctattaaaccctatctttagatatggaagcaaggtgtctgtgggatgatcaaagctttcccagatgacagtttttgtgttgt 228  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |  |||||||| |||||||    
T  36373313 cagctttgattagtttttctattaaacccaatctttagatatggaagcaaggtgtctgttggatgatcaaagctttcccataatacagttttggtgttgt 36373214  T
Q  229 ttatcatcagaacaaggtttgctatgtctgataatttcgctataacagcattggtgctatttctttgtgattgtggtaatgaaacatcggtagaccaaat 328  Q
    ||||||||||||||||||||||||  || |||||||  |||||||   |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36373213 ttatcatcagaacaaggtttgctacatccgataattgagctataa---ccctggtgctatttctttgtgattgtggtaatgaaacatcggtagaccaaat 36373117  T
Q  329 gggaatggtgctatggttatggtgaattactagatttccatttgggtcaatggataaaatcccagaagtgtcattgat 406  Q
    ||||||||||||| |||| ||||  | |||||||||| ||||||| || || |||| ||| |||||||| || |||||    
T  36373116 gggaatggtgctacggttgtggttgagtactagattttcatttggatcgattgatagaattccagaagtatcgttgat 36373039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 29 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 36397155 - 36396777
Alignment:
Q  29 atggttgtacataaacaactgaggtttaccaatggtgctgaattccaccgtgaacgcaccttttccagggtcatcatctgtcttccaggattgaaggaac 128  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |    
T  36397155 atggttgtacataaacaactgaggtatacctatgctgctgaatttcaccgtgaatgcaccttttccagggtcatcttctgtcttccaggattgaaggggc 36397056  T
Q  129 cagctttgattagtttttctattaaaccctatctttagatatggaagcaaggtgtctgtgggatgatcaaagctttcccagatgacagtttttgtgttgt 228  Q
    || ||||||||||||||||||| ||| || | | || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  36397055 caactttgattagtttttctatcaaaaccaaacctttgatatggaaggaaggtgtctgtgggatgatcaaagctttcccaaatgacagtttttgtgttgt 36396956  T
Q  229 ttatcatcagaacaaggtttgctatgtctgataatttcgctataacagcattggtgctatttctttgtgattgtggtaatgaaacatcggtagaccaaat 328  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||| |||||||||||| | ||| |||||||||||||| ||| |||||||||||  || ||||||||    
T  36396955 ttatcatcagaacaatgtttgctttgtctgttaattttgctataacagcactagtgatatttctttgtgatagtgttaatgaaacattagtggaccaaat 36396856  T
Q  329 gggaatggtgctatggttatggtgaattactagatttccatttgggtcaatggataaaatcccagaagtgtcattgatg 407  Q
     |||||||||||| |||| ||||| | | ||||||| |||||| |||  || |||| ||| ||||||||||||||||||    
T  36396855 tggaatggtgctaaggttgtggtggagttctagattcccattttggttgattgatagaattccagaagtgtcattgatg 36396777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 29 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 36387372 - 36387004
Alignment:
Q  29 atggttgtacataaacaactgaggtttaccaatggtgctgaattccaccgtgaacgcaccttttccagggtcatcatctgtcttccaggattgaaggaac 128  Q
    |||||||||||| ||||  |||||||| |||||||||||||||| ||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  36387372 atggttgtacattaacacttgaggtttgccaatggtgctgaatttcactgtgaatgcaccatttccagggtcatcatccgtcttccaggattgaaggaac 36387273  T
Q  129 cagctttgattagtttttct-attaaaccctatctttagatatggaagcaaggtgtctgtgggatgatcaaagctttcccagatgacagtttttgtgttg 227  Q
    |||||||||||||||||| | || ||| || | | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |  |||||||| ||||||    
T  36387272 cagctttgattagttttttttatcaaaaccaagccttagatatggaagcaaggtgtctgttggatgatcaaagctttcccataatacagttttggtgttg 36387173  T
Q  228 tttatcatcagaacaaggtttgctatgtctgataatttcgctataacagcattggtgctatttctttgtgattgtggtaatgaaacatcggtagaccaaa 327  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| || |||| ||  |||||||||||| | |||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||    
T  36387172 tttatcatcaaaacaaggtttgctatatccgatagttgagctataacagcactagtgctatttctttgtgattgcgggaatgaaacattggtagaccaaa 36387073  T
Q  328 tgggaatggtgctatggttatggtgaattactagatttccatttgggtcaatggataaaatcccagaagt 397  Q
    |||||||||||||  |||| ||||| | ||||||||||||||||||||| || |||||||| || |||||    
T  36387072 tgggaatggtgcttaggttgtggtggagtactagatttccatttgggtcgat-gataaaattccggaagt 36387004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 29 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 36411402 - 36411027
Alignment:
Q  29 atggttgtacataaacaactgaggtttaccaatggtgctgaattccaccgtgaacgcaccttttccagggtcatcatctgtcttccaggattgaaggaac 128  Q
    |||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  36411402 atggttgtacataaacaattgtggtttgccaatggtgctgaatttcaccgtgaacgcaccttttccagggtcatcatctgtcttccaggattgaaggacc 36411303  T
Q  129 cagctttgattagtttttctattaaaccctatctttagatatggaagcaaggtgtctgtgggatgatcaaagctttcccagatgacagtttttgtgttgt 228  Q
    || ||||||||| ||||||||| ||| || |||||| |||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||| ||    
T  36411302 caactttgattaatttttctatcaaaaccaatcttttgatacggaagcattgtgtctgtgggatgatcaaagctttcccagatggcagtttcggtgtcgt 36411203  T
Q  229 ttatcatcagaacaaggtttgctatgtctgataatttcgctataacagcattggtgctatttctttgtgattgtggtaatgaaacatcggtagaccaaat 328  Q
    ||| | |||||||||||||| |||| ||  ||| ||  |||||||   |||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  36411202 ttaacctcagaacaaggtttcctatatccaatagttgagctataa---cattggtgttatttctttgtgactgtgttaatgaaacattggtagaccaaat 36411106  T
Q  329 gggaatggtgctatggttatggtgaattactagatttccatttgggtcaatggataaaatcccagaagtgtcattgatg 407  Q
    ||||||||||||| |||| ||||| | | ||||||| |||||| |||  || |||| ||| ||||||||||||||||||    
T  36411105 gggaatggtgctaaggttgtggtggagttctagattcccattttggttgattgatagaattccagaagtgtcattgatg 36411027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 29 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 36416733 - 36416358
Alignment:
Q  29 atggttgtacataaacaactgaggtttaccaatggtgctgaattccaccgtgaacgcaccttttccagggtcatcatctgtcttccaggattgaaggaac 128  Q
    |||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  36416733 atggttgtacataaacaattgtggtttgccaatggtgctgaatttcaccgtgaacgcaccttttccagggtcatcatctgtcttccaggattgaaggacc 36416634  T
Q  129 cagctttgattagtttttctattaaaccctatctttagatatggaagcaaggtgtctgtgggatgatcaaagctttcccagatgacagtttttgtgttgt 228  Q
    || ||||||||| ||||||||| ||| || |||||| |||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||| ||    
T  36416633 caactttgattaatttttctatcaaaaccaatcttttgatacggaagcattgtgtctgtgggatgatcaaagctttcccagatggcagtttcggtgtcgt 36416534  T
Q  229 ttatcatcagaacaaggtttgctatgtctgataatttcgctataacagcattggtgctatttctttgtgattgtggtaatgaaacatcggtagaccaaat 328  Q
    ||| | |||||||||||||| |||| ||  ||| ||  |||||||   |||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  36416533 ttaacctcagaacaaggtttcctatatccaatagttgagctataa---cattggtgttatttctttgtgactgtgttaatgaaacattggtagaccaaat 36416437  T
Q  329 gggaatggtgctatggttatggtgaattactagatttccatttgggtcaatggataaaatcccagaagtgtcattgatg 407  Q
    ||||||||||||| |||| ||||| | | ||||||| |||||| |||  || |||| ||| ||||||||||||||||||    
T  36416436 gggaatggtgctaaggttgtggtggagttctagattcccattttggttgattgatagaattccagaagtgtcattgatg 36416358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 31 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 36425566 - 36425193
Alignment:
Q  31 ggttgtacataaacaactgaggtttaccaatggtgctgaattccaccgtgaacgcaccttttccagggtcatcatctgtcttccaggattgaaggaacca 130  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||    
T  36425566 ggttgtacataaacaactgcggtttgccaattgtgctgaatttcacggtgaacgcaccttttccagggtcatcgtcggtcttccatgattgaaggaacca 36425467  T
Q  131 gctttgattagtttttctattaaaccctatctttagatatggaagcaaggtgtctgtgggatgatcaaagctttcccagatgacagtttttgtgttgttt 230  Q
     ||||||||| ||||||||| ||| || | ||||| |||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||  |||| ||||    
T  36425466 actttgattaatttttctatcaaaaccaagctttatatatggaagcattgtgtctgtgggatgatccaagctttcccagatggcagtttcggtgtcgttt 36425367  T
Q  231 atcatcagaacaaggtttgctatgtctgataatttcgctataacagcattggtgctatttctttgtgattgtggtaatgaaacatcggtagaccaaatgg 330  Q
    | | |||||||||||||| |||| ||  ||| ||  |||||||   |||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  36425366 aacctcagaacaaggtttcctatatccaatagttgagctataa---cattggtgttatttctttgtgaatgtgttaatgaaacattggtagaccaaatgg 36425270  T
Q  331 gaatggtgctatggttatggtgaattactagatttccatttgggtcaatggataaaatcccagaagtgtcattgatg 407  Q
    ||||||||||| | || ||||| | | ||||||| ||||||||||| || |||| ||| ||||||||||||||||||    
T  36425269 gaatggtgctaagtttgtggtggagttctagattcccatttgggtcgattgatagaattccagaagtgtcattgatg 36425193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 156; E-Value: 1e-82
Query Start/End: Original strand, 29 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 36368797 - 36368423
Alignment:
Q  29 atggttgtacataaacaactgaggtttaccaatggtgctgaattccaccgtgaacgcaccttttccagggtcatcatctgtcttccaggattgaaggaac 128  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||  ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||    
T  36368797 atggttgtacataaacaactgaggttttccaatgctgctgaatttcaatgtgaatgcgccttttccagggtcatcatctgtcttccatgattggagaaac 36368698  T
Q  129 cagctttgattagtttttctattaaaccctatctttagatatggaagcaaggtgtctgtgggatgatcaaagctttcccagatgacagtttttgtgttgt 228  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| || | ||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| | | | |    
T  36368697 cagctttgattagtttttctatcaaaaccaaccttgagatatggaagcaaggtatctgtaggatgatcaaaactttcccatatgacagttttggagcttt 36368598  T
Q  229 ttatcatcagaacaaggtttgctatgtctgataatttcgctataacagcattggtgctatttctttgtgattgtggtaatgaaacatcggtagaccaaat 328  Q
    ||| ||||| |||||||||| |||| || |||| ||  |||||||   | |||||||||||| | ||||| ||  ||| ||||||| |||||||||||||    
T  36368597 ttagcatcaaaacaaggtttcctatatccgatagttgagctataa---cgttggtgctatttatctgtgactgcagtagtgaaacagcggtagaccaaat 36368501  T
Q  329 gggaatggtgctatggttatggtgaattactagatttccatttgggtcaatggataaaatcccagaagtgtcattgat 406  Q
    ||||||| ||||| |||| ||||  |  ||||||||||||||| | || || |||| ||| |||||||||||||||||    
T  36368500 gggaatgttgctaaggttgtggttgagaactagatttccatttcgatcgattgatagaattccagaagtgtcattgat 36368423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 33 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 36433421 - 36433051
Alignment:
Q  33 ttgtacataaacaactgaggtttaccaatggtgctgaattccaccgtgaacgcaccttttccagggtcatcatctgtcttccaggattgaaggaaccagc 132  Q
    ||||||||||| | ||||| |||||||| ||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  36433421 ttgtacataaaaagctgagttttaccaacggtgctgaatttcaacgtgaaggcaccttttccagggtcatcctctgtcttccaggattgaaggaaccagc 36433322  T
Q  133 tttgattagtttttctattaaaccctatctttagatatggaagcaaggtgtctgtgggatgatcaaagctttcccagatgacagtttttgtgttgtttat 232  Q
    |||||||||||||||||| ||| || | | || ||||||||||| | ||||| ||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||| ||  ||||||     
T  36433321 tttgattagtttttctatcaaaaccaagcctttgatatggaagccaagtgtccgtgggataatcaaagctatcccatatgacagttttggttctgtttaa 36433222  T
Q  233 catcagaacaaggtttgctatgtctgataatttcgctataacagcattggtgctatttctttgtgattgtggtaatgaaacatcggtagaccaaatggga 332  Q
    ||||| ||||| |||| |||| || |||| ||  ||||||||  |   |||||||||| | ||||||||  | | |||||||||||||||||||||||||    
T  36433221 catcaaaacaaagtttcctatatcagatagttgagctataacgtc---ggtgctatttatctgtgattgctggagtgaaacatcggtagaccaaatggga 36433125  T
Q  333 atggtgctatggttatggtgaattactagatttccatttgggtcaatggataaaatcccagaagtgtcattgat 406  Q
    ||||||||| |||| | ||  |  |||||||||||||||||||  || |||| ||| |||||||||||||||||    
T  36433124 atggtgctaaggttgttgttgagaactagatttccatttgggttgattgatagaattccagaagtgtcattgat 36433051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000002; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 358 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 34712387 - 34712339
Alignment:
Q  358 ctagatttccatttgggtcaatggataaaatcccagaagtgtcattgat 406  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||| ||| |||||||||||||||||    
T  34712387 ctagatttccattttggtcaattgatagaattccagaagtgtcattgat 34712339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University