View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9935_high_1 (Length: 802)

Name: NF9935_high_1
Description: NF9935
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9935_high_1
NF9935_high_1
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (18-793)||(34874574-34875342)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 679; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 679; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 793
Target Start/End: Original strand, 34874574 - 34875342
Alignment:
Q  18 attgtatgtctctatcttatctctcacttgtttatcattttatacatcacacacagattttgacgatacataaaaataaagggatatcgcattttgatgt 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  34874574 attgtatgtctctatcttatctctcacttgtttatcattttatacatcacacacagattttgacgatacataaaaataaagggatatcgcattttggtgt 34874673  T
Q  118 acatttttatagtttaagcacatctctttctaaaatattgacattaaaacagatcctcaaaaatatgtgtgatctcaataaaacaacatttatatattta 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34874674 acatttttatagtttaagcacatctctttctaaaatattgacattaaaacagatcctcaaaaatatgtgtgatctcaataaaacaacatttatatattta 34874773  T
Q  218 aagattacaaacatctacaagttaataagagaaagttctttagcaaatcttatactagtgttataataaggaaaataccgataagtttttagatgagaac 317  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||    
T  34874774 aagattagaaacatctacaagttaataagagaaagttctttagcaaatcttatactagtgttataataaggaaaataccgttaagtttttagaagagaac 34874873  T
Q  318 attgtgtaagaagctaaaagatatataacttttgcatnnnnnnntaatgtaattttctgacctgtattttgaagtcataagacaaaattgcttattgctt 417  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34874874 attgtgtaagaagctaaaagatatataacttttgcataaaaaa-taatgtaatttactgacctgtattttgaagtcataagacaaaattgcttattgctt 34874972  T
Q  418 tagagaacttataatagatgttgcttgattattttgttatctctctttcaacgttgaaattgaaagggtgattgatcatatgcatgtgtttaccgtgaga 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  34874973 tagagaacttataatagatgttgcttgattattttgttatctctctttcaacgttgagattgaaagggtgattgatcatatgcatgtgtttaccgtgtga 34875072  T
Q  518 acgtataggacaaaacggactagacttagtaaaagatttgaataatggataatcactcacccagacatattaattataatatcaatagttatagtattga 617  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  34875073 acgtgtaggacaaaacggactagacttagtaaaaaatttgaataatggataatcactcacccagacatattaattataacatcaatagttatagtattga 34875172  T
Q  618 agatttcaacatgcaattatattaaagtctccgttttactattaatttaggtgcatggtaggttggttacatattagtagatcattcacgtctaattaat 717  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34875173 agatttcaacatgcaattatattaaagtctccgttttactattaatttaggtgcatggtaggttggttgcatattagtagatcattcacgtctaattaat 34875272  T
Q  718 gagacatgatcgtaatgatatttatatatgcagccccttcccctacgtacggaaagaagaaaacatgatgtccatc 793  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||      |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  34875273 gagacatgatcgtaatgatatttatatatgcag------cccctacgtacggaaagaagaaaacatgatgttcatc 34875342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University