View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9935_low_10 (Length: 450)

Name: NF9935_low_10
Description: NF9935
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9935_low_10
NF9935_low_10
[»] chr3 (16 HSPs)
chr3 (16-450)||(22366529-22366966)
chr3 (16-449)||(22441351-22441787)
chr3 (16-449)||(22634067-22634500)
chr3 (16-450)||(22629051-22629485)
chr3 (16-450)||(22466565-22466990)
chr3 (16-448)||(22435241-22435673)
chr3 (17-214)||(37929600-37929797)
chr3 (16-326)||(22352542-22352853)
chr3 (32-262)||(22356786-22357016)
chr3 (38-296)||(22429975-22430213)
chr3 (32-262)||(22457306-22457524)
chr3 (32-262)||(22480287-22480505)
chr3 (363-450)||(22352445-22352532)
chr3 (34-85)||(30988275-30988326)
chr3 (289-333)||(22356703-22356747)
chr3 (33-76)||(22614250-22614293)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (31-89)||(29604400-29604458)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 276; Significance: 1e-154; HSPs: 16)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 276; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 16 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 22366966 - 22366529
Alignment:
Q  16 attttttaggctatcgtatgtctttgattaagttgaaggatggtattggaggcatgacatccctacaaactctaaatgaggtttatttatatgatcatga 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22366966 attttttaggctatcgtatgtctttgattgagttgaaggatggtattggaggcatgacatccctacaaactctaaatgaggtttatttatatgatcatga 22366867  T
Q  116 agatgaaaatgataatagagtcgtagagctaatcgaagagctaggaaaactaaagcagctaagggaattgggcttggccggtgttaggagtaaatatatg 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22366866 agatgaaaatgataatagagtcgtagagctaattgaagagctaggaaaactaaagcagctaagggaattgggcttggccggtgttaggagtaaatatatg 22366767  T
Q  216 agtgctatatctttctcaatcaatcaaatgcaacaactagagaaactgcatattagaggaatcgcattgaacacattcattgatctggatttgaattcac 315  Q
    |||||||||||||  ||||||||| | ||||||||||| ||||||||  ||||||| ||| ||| ||   | ||||||||||||||||||||||||||||    
T  22366766 agtgctatatcttcttcaatcaataagatgcaacaactggagaaactaaatattagtggagtcgaatatgagacattcattgatctggatttgaattcac 22366667  T
Q  316 ccccacctaagattcaacattttatactcttcggaaatttagagaaattgcctgagtggatttcaaaactcacaaaccttgttaagctggaggtgaaact 415  Q
    ||||||||| | |||||||| ||  ||||| ||| |||||| |||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||| |  || |||||| |||    
T  22366666 ccccacctatgcttcaacatattggactctacgggaatttaaagaagtttcctgagtggattccaaaactcacaaaccttgttgacatgaaggtgagact 22366567  T
Q  416 tatga---agcaacagaatgatgcaatgaaattactcc 450  Q
    || ||   || ||  ||| |||||||||||||||||||    
T  22366566 tacgaaggaggaagggaacgatgcaatgaaattactcc 22366529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 16 - 449
Target Start/End: Complemental strand, 22441787 - 22441351
Alignment:
Q  16 attttttaggctatcgtatgtctttgattaagttgaaggatggtattggaggcatgacatccctacaaactctaaatgaggtttatttatatgatcatga 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||  | ||| |||||  |||    
T  22441787 attttttaggctatcgtatgtctttgattgagttgaaggatggtattggaggcatgacatccctacaaactctaagtggagtacacttaaatgatagtga 22441688  T
Q  116 agatgaaaatgataatagagtcgtagagctaatcgaagagctaggaaaactaaagcagctaagggaattgggcttggccggtgttaggagtaaatatatg 215  Q
    |  |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  22441687 acgtgaaaatgataatagagttgtagagctaatccaagagctaggaaagctaaaacagctaaggaaattgggcttgaccggtgttaggagtaaatatatg 22441588  T
Q  216 agtgctatatctttctcaatcaatcaaatgcaacaactagagaaactgcatattagaggaatcgcat---tgaacacattcattgatctggatttgaatt 312  Q
    |||||||||||||||||||||||  | ||||||||| | ||||||||   |||||| ||| ||  ||     ||||||||||||||||||||||||||||    
T  22441587 agtgctatatctttctcaatcaacgagatgcaacaattggagaaactaattattagtggagtccaatctactaacacattcattgatctggatttgaatt 22441488  T
Q  313 cacccccacctaagattcaacattttatactcttcggaaatttagagaaattgcctgagtggatttcaaaactcacaaaccttgttaagctggaggtgaa 412  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||| | ||  ||| |||||| | || || ||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||    ||||     
T  22441487 cacccccacctaagcttcaacatgttaaattcgacgggaatttatataagtttcctgagtggattcaaaaactcagaaaccttgttaagcttagagtgac 22441388  T
Q  413 acttatgaagcaacagaatgatgcaatgaaattactc 449  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  22441387 acttacgaagcaacaaaatgatgcaatgaaattactc 22441351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 16 - 449
Target Start/End: Complemental strand, 22634500 - 22634067
Alignment:
Q  16 attttttaggctatcgtatgtctttgattaagttgaaggatggtattggaggcatgacatccctacaaactctaaatgaggtttatttatatgatcatga 115  Q
    ||||| |||||||||  |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||    
T  22634500 attttataggctatcaaatgtctctgattcagttgaaggatggtattggaggcatgacatccctacaaactctaaatgaggtttatttagacgatgatga 22634401  T
Q  116 agatgaaaatgataatagagtcgtagagctaatcgaagagctaggaaaactaaagcagctaagggaattgggcttggccggtgttaggagtaaatatatg 215  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  22634400 agatgaagatgataatagagtggtagagttaatagaagagctaggaaagctaaagcagcttagggaattaagcttggtcggtgttaggagtaaatatatg 22634301  T
Q  216 agtgctatatctttctcaatcaatcaaatgcaacaactagagaaactgcatattagaggaatcgcattgaacacattcattgatctggatttgaattcac 315  Q
    ||||||||||||| |||||||||  | ||||||||| | ||||||||  ||||||||||||||  ||  ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  22634300 agtgctatatcttcctcaatcaacaagatgcaacaattggagaaactaaatattagaggaatcagatataacacattcattgatatggatttgaattcac 22634201  T
Q  316 ccccacctaagattcaacattttatactcttcggaaatttagagaaattgcctgagtggatttcaaaactcacaaaccttgttaagctggaggtgaaact 415  Q
    ||||||| ||| |||||| | ||| |||  | ||  |||||  ||||||||||||||||||||||||||||  | | || |||||| || ||||||   |    
T  22634200 ccccaccaaagcttcaacgtgttaaacttatagggtatttattgaaattgcctgagtggatttcaaaactccaatatctcgttaagttgaaggtgacgat 22634101  T
Q  416 tatgaagcaacagaatgatgcaatgaaattactc 449  Q
    || |||| ||  ||||||||||||||||||||||    
T  22634100 tacgaaggaagggaatgatgcaatgaaattactc 22634067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 16 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 22629485 - 22629051
Alignment:
Q  16 attttttaggctatcgtatgtctttgattaagttgaaggatggtattggaggcatgacatccctacaaactctaaatgaggtttatttatatgatcatga 115  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||| |||| ||||| | ||    
T  22629485 attttttaggcattcgtatgtctttgattgagttgaaggatagtattggaggcatgacatccctacaaactctaaatagtgtttgtttagatgataagga 22629386  T
Q  116 agatgaaaatgataatagagtcgtagagctaatcgaagagctaggaaaactaaagcagctaagggaattgggcttggccggtgttaggagtaaatatatg 215  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||    
T  22629385 agatgaaaatgataatagagtggtagagctaatcgaagatctaggaaagctaaatcagctaagggaattggtcttgctcggtgttaggagtaaatatatg 22629286  T
Q  216 agtgctatatctttctcaatcaatcaaatgcaacaactagagaaactgcatattagaggaatcgcattgaacacattcattgatctggatttgaattcac 315  Q
    ||||||||||||| |||||||||| | ||||||||| | |||||||| || ||||| ||| ||  ||   ||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  22629285 agtgctatatcttcctcaatcaataagatgcaacaattggagaaactacaaattagtggagtccaatatgacacattcattgatctggattagaagtcac 22629186  T
Q  316 ccccacctaagattcaacattttatactcttcggaaatttagagaaattgcctgagtggatttcaaaactcacaaaccttgttaagctggaggtgaaact 415  Q
    ||||||||| | |||||| | ||| |||||  ||| ||||  ||||||| |||||||||||||||||||||   || ||||||||||||   ||||  ||    
T  22629185 ccccacctaggcttcaacgtgttaaactctatggatattttaagaaattacctgagtggatttcaaaactccagaatcttgttaagctgagagtgatgct 22629086  T
Q  416 tatgaagcaacagaatgatgcaatgaaattactcc 450  Q
    || |||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  22629085 tacgaagcaagggaatgatgcaatgaaattactcc 22629051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 168; E-Value: 7e-90
Query Start/End: Original strand, 16 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 22466990 - 22466565
Alignment:
Q  16 attttttaggctatcgtatgtctttgattaagttgaaggatggtattggaggcatgacatccctacaaactctaaatgaggtttatttatatgatcatga 115  Q
    |||| |||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||| ||||  ||||    
T  22466990 atttattaggcgattgtatgtctttgattcagttgaaggatggtattggaggcatgacatctctacaaactctaagtgaagtttatttagatgagaatga 22466891  T
Q  116 agatgaaaatgataatagagtcgtagagctaatcgaagagctaggaaaactaaagcagctaagggaattgggcttggccggtgttaggagtaaatatatg 215  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||| |||||  || ||||  ||||| |||||   |||||||||||||||||||||    
T  22466890 agatgaaaatgataatagagtagtagagctaattcaagagctaggaaagctaaataagataagaaaattgagcttgataggtgttaggagtaaatatatg 22466791  T
Q  216 agtgctatatctttctcaatcaatcaaatgcaacaactagagaaactgcatattagaggaatcgcattgaacacattcattgatctggatttgaattcac 315  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||| | |||  |||||||         | ||||||||| |||||||||||||||||    
T  22466790 agtgctatatcttcctcaatcaatcaaatgcaacaaatggagaaactacttatcggaggaat---------ctcattcattggtctggatttgaattcac 22466700  T
Q  316 ccccacctaagattcaacattttatactcttcggaaatttagagaaa-ttgcctgagtggatttcaaaactcacaaaccttgttaagctggaggtgaaac 414  Q
    ||||||||| | |||||| | ||| |||   | |  ||||| ||||| || |||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||  |||||| |     
T  22466699 ccccacctaggcttcaacgtgttaaacttgactggcattta-agaaagttacctgagtggatttcaaaactcaaaaatcttgttgagctcaaggtgacag 22466601  T
Q  415 ttatgaagcaacagaatgatgcaatgaaattactcc 450  Q
    ||| |||| ||  |||||||||||||||||||||||    
T  22466600 ttaggaaggaagggaatgatgcaatgaaattactcc 22466565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 16 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 22435673 - 22435241
Alignment:
Q  16 attttttaggctatcgtatgtctttgattaagttgaaggatggtattggaggcatgacatccctacaaactctaaatgaggtttatttatatgatcatga 115  Q
    ||||||||||| ||  | ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | | ||| | ||| |||||  |||    
T  22435673 attttttaggcgattctctgtctttgattcatttgaaggatggtattggaggcatgacatcgctacaaactctaagtaaagttaaattagatgatggtga 22435574  T
Q  116 agatgaaaatgataatagagtcgtagagctaatcgaagagctaggaaaactaaagcagctaagggaattgggcttggccggtgttaggagtaaatatatg 215  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||||||  |||||||||||| ||||  ||||| ||||||||||||||||  | ||||||  |||||||||||    
T  22435573 agatgaaaatgataatagggtagtagagctaatcatagagctaggaaagctaacacagcttagggaattgggcttggttgttgttagtggtaaatatatg 22435474  T
Q  216 agtgctatatctttctcaatcaatcaaatgcaacaactagagaaactgcatattagaggaatcgcattgaacacattcattgatctggatttgaattcac 315  Q
    ||||||||||||| |||||||||| | |||||  ||||||||| ||||||||||   ||||||  |||  |||  |||||||||||||||||||||||||    
T  22435473 agtgctatatcttcctcaatcaataagatgcatgaactagagagactgcatatttttggaatcaaattagacattttcattgatctggatttgaattcac 22435374  T
Q  316 ccccacctaagattcaacattttatactcttcggaaatttagagaaattgcctgagtggatttcaaaactcacaaaccttgttaagctggaggtgaaact 415  Q
    ||||||||| | || ||| | ||| |||||| ||| ||| | | || || |||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||  ||  ||     
T  22435373 ccccacctaggcttgaacgtgttaaactctttggatattcaaataagtttcctgagtggatttcaaaactccaaaatcttgttaagctggatttgccacg 22435274  T
Q  416 tatgaagcaacagaatgatgcaatgaaattact 448  Q
    | ||||| ||  |||||||||||||||||||||    
T  22435273 tttgaaggaagtgaatgatgcaatgaaattact 22435241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 17 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 37929797 - 37929600
Alignment:
Q  17 ttttttaggctatcgtatgtctttgattaagttgaaggatggtattggaggcatgacatccctacaaactctaaatgaggtttatttatatgatcatgaa 116  Q
    ||||||||||| |   |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||| |||||    
T  37929797 ttttttaggctctgaaatgtctttgattcagttgaaggatggtattggaggcctgacatccctacaaactctaaatgaagtatatttagatgatgatgaa 37929698  T
Q  117 gatgaaaatgataatagagtcgtagagctaatcgaagagctaggaaaactaaagcagctaagggaattgggcttggccggtgttaggagtaaatatat 214  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37929697 gatgaaaatgataatagagttgtagagctaatccaagagctaggaaagctaaaacagctaagggaattgggcttggccggtgttaggagtaaatatat 37929600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 140; E-Value: 4e-73
Query Start/End: Original strand, 16 - 326
Target Start/End: Complemental strand, 22352853 - 22352542
Alignment:
Q  16 attttttaggctatcgtatgtctttgattaagttgaaggatggtattggaggcatgacatccctacaaa-ctctaaatgaggtttatttatatgatcatg 114  Q
    ||||||||||| | |  |||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||| ||||    |    
T  22352853 attttttaggcaaccaaatgtctttgattcaattgaaagatggtattggaggcatgacatccctacaaaactctaagtgatgtttatttagatgaaggag 22352754  T
Q  115 aagatgaaaatgataatagagtcgtagagctaatcgaagagctaggaaaactaaagcagctaagggaattgggcttggccggtgttaggagtaaatatat 214  Q
    ||||||||||||| | |||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||| ||||  |||||||||||||||||||||    
T  22352753 aagatgaaaatgacagtagagttgtagagctaattgaagagctaggaaagctaaatcagctaagggagttggtcttgtacggtgttaggagtaaatatat 22352654  T
Q  215 gagtgctatatctttctcaatcaatcaaatgcaacaactagagaaactgcatattagaggaatcgcattgaacacattcattgatctggatttgaattca 314  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||| |||||| || | ||||||||  ||||||  ||| |||      |||||||||||||||||||||||||||||    
T  22352653 gagtgctctatcttcctcaatcaatcagatgcaaaaattggagaaactatatattattggagtcgtgccttacacattcattgatctggatttgaattca 22352554  T
Q  315 cccccacctaag 326  Q
    ||||||||||||    
T  22352553 cccccacctaag 22352542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 135; E-Value: 3e-70
Query Start/End: Original strand, 32 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 22357016 - 22356786
Alignment:
Q  32 tatgtctttgattaagttgaaggatggtattggaggcatgacatccctacaaactctaaatgaggtttatttatatgatcatgaagatgaaaatgataat 131  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||   ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  22357016 tatgtctttgattcagttgaaggatggtattggaggcatgacatcgctacaaactctaaatagtgtttatttagatgattatgaagatgaaaatgataat 22356917  T
Q  132 agagtcgtagagctaatcgaagagctaggaaaactaaagcagctaagggaattgggcttggccggtgttaggagtaaatatatgagtgctatatctttct 231  Q
    ||||| |||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||  |||| ||| ||||||||||||||||| |||||||| ||    
T  22356916 agagttgtagagttaatagaagagctgggaaaactaaagcagcttagggaattgagcttgagcggtcttaagagtaaatatatgagtggtatatcttcct 22356817  T
Q  232 caatcaatcaaatgcaacaactagagaaact 262  Q
    |||||||| | |||||| || | ||||||||    
T  22356816 caatcaatgagatgcaaaaattggagaaact 22356786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 38 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 22430213 - 22429975
Alignment:
Q  38 tttgattaagttgaaggatggtattggaggcatgacatccctacaaactctaaatgaggtttatttatatgatcatgaagatgaaaatgataatagagtc 137  Q
    ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| | ||| ||||||||||| |||| |||||||      
T  22430213 tttgattgaattgaaggatggtattggaggcatgacatccctacaaactctaagggaggtttatttagacgatgatgaagatgaagatgacaatagag-- 22430116  T
Q  138 gtagagctaatcgaagagctaggaaaactaaagcagctaagggaattgggcttggccggtgttaggagtaaatatatgagtgctatatctttctcaatca 237  Q
                      |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| || ||||||||    
T  22430115 ------------------ctaggaaagctaaatcagctaagggaattgggcttggccggtgtttggagtaaatatatgagtgctttatgttcctcaatca 22430034  T
Q  238 atcaaatgcaacaactagagaaactgcatattagaggaatcgcattgaacacattcatt 296  Q
    |||| |||||  || | ||||||||  ||||||| ||| ||| ||   |||||||||||    
T  22430033 atcagatgcacgaattggagaaactaaatattagtggagtcgaatctgacacattcatt 22429975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 32 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 22457524 - 22457306
Alignment:
Q  32 tatgtctttgattaagttgaaggatggtattggaggcatgacatccctacaaactctaaatgaggtttatttatatgatcatgaagatgaaaatgataat 131  Q
    ||||||||||||| | || || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||| |||        |  ||||||||        
T  22457524 tatgtctttgattcaattaaaagatggtatcggaggcatgacatccctacaaactctacgtgatgtttatttagatggc------ggcgaaaatga---- 22457435  T
Q  132 agagtcgtagagctaatcgaagagctaggaaaactaaagcagctaagggaattgggcttggccggtgttaggagtaaatatatgagtgctatatctttct 231  Q
      ||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||  ||||||||||||   ||| |||||||||||||||| ||    
T  22457434 --agtggtaaagctaatccaagagctaggaaaactaaagcacctaagggaattggtcttgatcggtgttaggagcggatacatgagtgctatatcttcct 22457337  T
Q  232 caatcaatcaaatgcaacaactagagaaact 262  Q
    |||||||| | |||||| || | ||||||||    
T  22457336 caatcaatgagatgcaaaaagtggagaaact 22457306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 32 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 22480505 - 22480287
Alignment:
Q  32 tatgtctttgattaagttgaaggatggtattggaggcatgacatccctacaaactctaaatgaggtttatttatatgatcatgaagatgaaaatgataat 131  Q
    ||||||||||||| | || || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||| |||        |  ||||||||        
T  22480505 tatgtctttgattcaattaaaagatggtatcggaggcatgacatccctacaaactctacgtgatgtttatttagatggc------ggcgaaaatga---- 22480416  T
Q  132 agagtcgtagagctaatcgaagagctaggaaaactaaagcagctaagggaattgggcttggccggtgttaggagtaaatatatgagtgctatatctttct 231  Q
      ||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||  ||||||||||||   ||| |||||||||||||||| ||    
T  22480415 --agtggtaaagctaatccaagagctaggaaaactaaagcacctaagggaattggtcttgatcggtgttaggagcggatacatgagtgctatatcttcct 22480318  T
Q  232 caatcaatcaaatgcaacaactagagaaact 262  Q
    |||||||| | |||||| || | ||||||||    
T  22480317 caatcaatgagatgcaaaaagtggagaaact 22480287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 363 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 22352532 - 22352445
Alignment:
Q  363 ttgcctgagtggatttcaaaactcacaaaccttgttaagctggaggtgaaacttatgaagcaacagaatgatgcaatgaaattactcc 450  Q
    ||||||||||||||||||||||||   || |||||||||||| | ||||| |||  ||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  22352532 ttgcctgagtggatttcaaaactccagaatcttgttaagctgaaagtgaatcttccgaagccagagaatgatgcaatgaaattactcc 22352445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 34 - 85
Target Start/End: Complemental strand, 30988326 - 30988275
Alignment:
Q  34 tgtctttgattaagttgaaggatggtattggaggcatgacatccctacaaac 85  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  30988326 tgtctttgattcagttaaaggatggtattggagagatgacatccctacaaac 30988275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 289 - 333
Target Start/End: Complemental strand, 22356747 - 22356703
Alignment:
Q  289 cattcattgatctggatttgaattcacccccacctaagattcaac 333  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  22356747 cattcattgatcttgatttgaattcacccccacctatgcttcaac 22356703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 33 - 76
Target Start/End: Complemental strand, 22614293 - 22614250
Alignment:
Q  33 atgtctttgattaagttgaaggatggtattggaggcatgacatc 76  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  22614293 atgtctttcattaaattgaaggatggtattggagacatgacatc 22614250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 39; Significance: 0.0000000000007; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 31 - 89
Target Start/End: Complemental strand, 29604458 - 29604400
Alignment:
Q  31 gtatgtctttgattaagttgaaggatggtattggaggcatgacatccctacaaactcta 89  Q
    ||||||||| |||| | |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  29604458 gtatgtcttggattcaattgaaggatggtcttggaggcatgacattcctacaaactcta 29604400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University