View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF9936_low_1 (Length: 1145)
Name: NF9936_low_1
Description: NF9936
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF9936_low_1 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 940; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 940; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 1007
Target Start/End: Original strand, 36925237 - 36926232
Alignment:
| Q |
12 |
agatggacatcaagctataatagacactatgcacacggaattcccaagcatcctatgctctttcaagcatgcctttattaccatagacaaattttctgtg |
111 |
Q |
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| T |
36925237 |
agatggacttcaagctataatagacactatgcacacagaattcccaagcatcctatgctctttcaagcatgcctttattaccatagacaaattttctgtg |
36925336 |
T |
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| Q |
112 |
accgaagctcaacacgatgaggcagccattactctttcttccaaaatttccaaagcaaacagtttcttggatgatgctcaacagagggaagcggctttaa |
211 |
Q |
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| T |
36925337 |
accgaagctcaacacgatgaggcagccattactctttcttccaaaatttccaaagcaaacagttccttggatgatgctcaacagagggaagcggctttaa |
36925436 |
T |
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| Q |
212 |
aggaacagatcattcaattggagaaagaaataatacatcttcaagaggagaaggataaatgcattcaagaaactataggctacaaaacggagctggagaa |
311 |
Q |
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| T |
36925437 |
aggaacagatcattcaattggagaaagaaataatacatcttcaagaggagaaggataaatgcattcaagaaactataggctacaaaactgagctggagaa |
36925536 |
T |
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| Q |
312 |
tttgaggaaagacaaaaatcaaattgtggaagatcaaatgaaagctcggcaacaaatatttgaggtcgattataaatggtctgctctacgtagtcagttt |
411 |
Q |
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| T |
36925537 |
tttgaggaaagacaaaaatcaaattgtggaagatcaaatgaaagctcggcaacaaatatttgaggtcgattataaatggtctgctctacgtagtcagttt |
36925636 |
T |
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| Q |
412 |
cagtacaaccacattattgcaagaaattcttcttgaggatttttcgtatttattgccttttaaatggccaaatttattaagttttggtggctaaatgaat |
511 |
Q |
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| T |
36925637 |
caatacaaccacattattgcaagaaatccttcttgaggatttttcgtatttattgcattttaaatggccaaatttattaagttttggaggctaaatgaat |
36925736 |
T |
|
| Q |
512 |
tcactaaataaagatattaaatatcctaaatgtaatagatacagtttataagataaggtaggaatttatgctattgattgaaacaaaattaaaatttagt |
611 |
Q |
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| T |
36925737 |
tcactaaataaagatattaaatatcctaaatgtaatagatacactttataagataagataggaatttatgctattgattgaaacaaaattaaaatttagt |
36925836 |
T |
|
| Q |
612 |
aattctaagctgtcatattttattatgattttataatttgtttatatcaatgcatgtaaacagttctgttgatatgcattgccgttgcaaaaaatcaaga |
711 |
Q |
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| T |
36925837 |
aattctaagctttcatattttattatgattttataatttgtttatatcaatgcatgtaaacagttctgttgatatgcattgccgttgcaaaaaatcaaga |
36925936 |
T |
|
| Q |
712 |
agatcaaaactcttgtgcatgtaccaatggtaatcaagcagtttgcattagtgaagaaaatacggtcaaaactcaaatgtaacaaatgaaactcaactct |
811 |
Q |
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| T |
36925937 |
agatcaaaactcttgtgcatgtaccaatggtaatcaagcagtttgcattagtgaagaaaatacggtcaaaactcaaatgtaacaaatgaaactcaactct |
36926036 |
T |
|
| Q |
812 |
atggcccaatattcagattccacattaatgacgcaaattattctatagtcctacattattattcatcacattgcatataacagctggttctctccaccct |
911 |
Q |
| |
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| T |
36926037 |
atggcccaatattcagattccacattaatgacacaaattattctatattcctacattattattcatcacattgcatataacagctggttctctccaccct |
36926136 |
T |
|
| Q |
912 |
cctgagttctaactattaatgataatatttcaagatcaatgaggctttttctttgaaggaatgccactattaatatatcaatacccttgtatatca |
1007 |
Q |
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| T |
36926137 |
cctgagttctaactattgatgataatatttcaagatcaatgaggctttttctttgaaggaatgccactattaatatatcaatacccttgtatatca |
36926232 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 117; E-Value: 5e-59
Query Start/End: Original strand, 1002 - 1122
Target Start/End: Original strand, 36926256 - 36926376
Alignment:
| Q |
1002 |
atatcattactatgtgacgaatagaagttctgatgaagggctgtgaagaagtgcaatctcgtgtaagagaggttgaagaaaagcgacatgagtgagtttc |
1101 |
Q |
| |
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|
| T |
36926256 |
atatcattactatgtgacgaatagaagttctgatgaagggctgtgaagaagtgcaatctcgtgtaagagaggttgaagaaaagcaacatgagtgagtttc |
36926355 |
T |
|
| Q |
1102 |
gagttaaccatatcaacaact |
1122 |
Q |
| |
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| T |
36926356 |
gagttaaccatatcaacaact |
36926376 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000004; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 1057 - 1122
Target Start/End: Complemental strand, 36992120 - 36992055
Alignment:
| Q |
1057 |
atctcgtgtaagagaggttgaagaaaagcgacatgagtgagtttcgagttaaccatatcaacaact |
1122 |
Q |
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| T |
36992120 |
atctcatgtatgagaggttgaagaaaaacgacataagtgagcttttagttaatcatatcgacaact |
36992055 |
T |
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Back To:
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