View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9936_low_2 (Length: 864)

Name: NF9936_low_2
Description: NF9936
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9936_low_2
NF9936_low_2
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (14-847)||(48818669-48819506)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 737; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 737; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 847
Target Start/End: Complemental strand, 48819506 - 48818669
Alignment:
Q  14 cacagagagagcattgacttctatgaagacaagggaaaccaaaaaacagaagagggagagcgcagagaaccgtgtacaagaattnnnnnnnnn--cacca 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |           |||||    
T  48819506 cacagagagagcattgacttctatgaagacaagggaaaccaaaaaacagaagagggagggcgcagagtaccgtgtacaagaacttaaaaaaaaaacacca 48819407  T
Q  112 aaggaggtagtcgcgaccaaaaacgcaatatgctagggttgtgtttatgattctgactagggttattttgagggtttactttcagttatttctatcccat 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48819406 aaggaggtagtcgcgaccaaaaacgcaatatgctagggttgtgtttatgattctgactagggttattttgagggtttactttcagttatttctatcccat 48819307  T
Q  212 tcaaggaaaatattgcaacaaaaaacttcgattttgatccggatcgctttacccgacccatttatggcttcacctgcaatcacagattttcgcacctctg 311  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  48819306 tcaaggaaaatattgcaactaaaaacttcgattttgatccggatcgctttacccggcccatttatggcttcacctgcaatcacagattttcgcgcctctg 48819207  T
Q  312 ttccttttttccatttctgaatcatgcagtgcattccatat--gtgactcggcagatataatcgcaactcaatttgcaattcatatgagaaatcaattca 409  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48819206 ttcctttttcccatttctgaatcatacagtgcattccatatctgtgactcggcagatataatcgcaactcaatttgcaattcatatgagaaatcaattca 48819107  T
Q  410 acctgtgattcatattggagggattccattttgttttgtgtcggaatatgatatgtagaatacgaactacaggaatatgcattacagacagccaaaaaca 509  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48819106 acctgcgattcatatcggagggattccattttgttttgtgtcggaatatgatatgtagaatacgaactacaggaatatgcattacagacagccaaaaaca 48819007  T
Q  510 atgttaagaatgttccatattacatgcaatccctaaaaatatactcatcatcaatgagtgttaaggaaatttatatacttgtatacgaaaataagacagt 609  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48819006 atgttaagaatgttccatattacatgcaatccctaaaaatatactcatcatcaatgagtgttaaggaaatttatatacttgtatacgaaaataagacagt 48818907  T
Q  610 gacatctcataataatgtcctaaaaatacttgcgatcaaaatcaagcaagacttacgatgtaacaaagcagaaaataattcaagcgaaaaccaatgtata 709  Q
    || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48818906 gaaatctcataataatgtactaaaaatacttgcgatcaaaatcaagcaagacttacgatgtaacaaagcagaaaataattcaagcgaaaaccaatgtata 48818807  T
Q  710 agattaacacattgtatccgaagcaatcacctttagcagtgggaagctgttttccatctttagtgtagaactccctaattgaaaccaatgtcatcccttt 809  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48818806 agattaacacattgtatacgaagcaatcacctttagcagtgggaagctgttttccatctttagtgtagaactccctaattgaaaccaatgtcatcccttt 48818707  T
Q  810 gaaatctcgaaccgccacattcctcctggctgatagct 847  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48818706 gaaatctcgaaccgccacattcctcctggctgatagct 48818669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University