View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9938_low_4 (Length: 441)

Name: NF9938_low_4
Description: NF9938
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9938_low_4
NF9938_low_4
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (19-431)||(1361849-1362261)
chr2 (19-431)||(1354963-1355375)
chr2 (66-424)||(20492641-20492999)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (20-424)||(29954506-29954910)
chr4 (20-424)||(51369543-51369947)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (20-424)||(11531819-11532223)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (20-424)||(14622587-14622991)
chr6 (20-424)||(14588929-14589333)
chr6 (66-420)||(12846488-12846842)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 381; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 381; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 1362261 - 1361849
Alignment:
Q  19 cctcactccttggtacctcaacagccactcccttttccaccaatgcccttgaaaacaaacattggtcaagcaaataaggcagtgtcacaaggacatggcc 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  1362261 cctcactccttggtacctcaacagccactcccttttccaccaatgcccttgaaaacaaacattggtcaagcaaataaggcagtgtcacaagaacatggcc 1362162  T
Q  119 aaaatgaaccttttcaataacagaaccagaaccacagtgactcatacatccaccaattgctccatgagctaagattttaagctgaggtgcccatgtcttc 218  Q
     ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1362161 gaaatgaaccttctcaataacagaaccagaaccacagtgactcatacatccaccaattgctccatgagctaagattttaagctgaggtgcccatgtcttc 1362062  T
Q  219 caaacaattccgcgttctttcgttctttcctcaaatccttcaggtaattcaagtgtaccctctttcagattcttcaaagtccaaaagaaaggcaacccag 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  1362061 caaacaattccgcgttctttcgttctttcctcaaatccttcaggtaattcaagtgtaccctctttcagattcttcaaagcccaaaagaaagacaacccag 1361962  T
Q  319 aaagctcaattccataagccaactcagttaaatcttcctgactcaacttcaactcactcccaaatccaatgtaaacaacagaagatgattctcttgaatc 418  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1361961 aaagctcaattccatgagccaactcagttaaatcattctgactcaacttcaactcactcccaaatccaatgtaaacaacagaagatgattctcttgaatc 1361862  T
Q  419 caaccaccctttg 431  Q
    |||||||||||||    
T  1361861 caaccaccctttg 1361849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 377; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 1355375 - 1354963
Alignment:
Q  19 cctcactccttggtacctcaacagccactcccttttccaccaatgcccttgaaaacaaacattggtcaagcaaataaggcagtgtcacaaggacatggcc 118  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  1355375 cctcactccttggtacttcaacagccacttccttttccaccaatgcccttgaaaacaaacactggtcaagcaaataaggcagtgtcacaagaacatggcc 1355276  T
Q  119 aaaatgaaccttttcaataacagaaccagaaccacagtgactcatacatccaccaattgctccatgagctaagattttaagctgaggtgcccatgtcttc 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  1355275 aaaatgaaccttttcaataacagaaccagaaccacaatgactcatacatccaccaattgctccatgagctaagatcttaagctgaggtgcccatgtcttc 1355176  T
Q  219 caaacaattccgcgttctttcgttctttcctcaaatccttcaggtaattcaagtgtaccctctttcagattcttcaaagtccaaaagaaaggcaacccag 318  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  1355175 caaacaattccgcgttctttcgtcctttcctcgaatccttcaggtaattcaagtgtaccctctttcagattcttcaaagtccaaaagaaagacaacccag 1355076  T
Q  319 aaagctcaattccataagccaactcagttaaatcttcctgactcaacttcaactcactcccaaatccaatgtaaacaacagaagatgattctcttgaatc 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1355075 aaagctcaattccataagccaactcagttaaatcttcctgactcaacttcaactcactcccaaatccaatgtaaacaacagaagatgattctcttgaatc 1354976  T
Q  419 caaccaccctttg 431  Q
    |||||||||||||    
T  1354975 caaccaccctttg 1354963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 66 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 20492999 - 20492641
Alignment:
Q  66 cttgaaaacaaacattggtcaagcaaataaggcagtgtcacaaggacatggccaaaatgaaccttttcaataacagaaccagaaccacagtgactcatac 165  Q
    ||||||||||||||||| ||||  |||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||| ||| ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||    
T  20492999 cttgaaaacaaacattgatcaattaaataaggcaatgtcacaagtacatgcccaaaatgaagcttctcaatgactgaacctgaaccacaatgactcatac 20492900  T
Q  166 atccaccaattgctccatgagctaagattttaagctgaggtgcccatgtcttccaaacaattccgcgttctttcgttctttcctcaaatccttcaggtaa 265  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| |||||||| |||||   |||||| |||||||| ||||||||||| |||||    
T  20492899 atccaccaattgatccatgagctaagatctttagctgtggtgcccatgttttccaaacgattccatattcttttgttctttcttcaaatccttcgggtaa 20492800  T
Q  266 ttcaagtgtaccctctttcagattcttcaaagtccaaaagaaaggcaacccagaaagctcaattccataagccaactcagttaaatcttcctgactcaac 365  Q
    |||||||||||| ||||| || || ||||||| |||||||||||| |||| |||  |||||||||||| ||| |||||||||| |||||  ||| | |||    
T  20492799 ttcaagtgtaccttctttaaggtttttcaaagcccaaaagaaaggtaacctagattgctcaattccatgagctaactcagttagatcttgttgatttaac 20492700  T
Q  366 ttcaactcactcccaaatccaatgtaaacaacagaagatgattctcttgaatccaacca 424  Q
    || ||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  20492699 tttaactcgctcccgaatccaatgtaaacaaccgaagatgattcttttgaatccaacca 20492641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 233; Significance: 1e-128; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 233; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 20 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 29954910 - 29954506
Alignment:
Q  20 ctcactccttggtacctcaacagccactcccttttccaccaatgcccttgaaaacaaacattggtcaagcaaataaggcagtgtcacaaggacatggcca 119  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||   ||||||  | | ||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||| |||    
T  29954910 ctcactccttggtacctcaattgccaccttcttttcttctagtgctcttgaaaacaaacattggtcaggtaaataaggcaatgtcacaaggacatgccca 29954811  T
Q  120 aaatgaaccttttcaataacagaaccagaaccacagtgactcatacatccaccaattgctccatgagctaagattttaagctgaggtgcccatgtcttcc 219  Q
    ||||||| ||| ||||| || ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||    
T  29954810 aaatgaagcttctcaatgactgaacctgaaccacaatgactcatacatccaccaattgatccatgagctaagatcttaagttgaggtgcccatgttttcc 29954711  T
Q  220 aaacaattccgcgttctttcgttctttcctcaaatccttcaggtaattcaagtgtaccctctttcagattcttcaaagtccaaaagaaaggcaacccaga 319  Q
    |||| ||||| | |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  29954710 aaacgattccacattcttttgttctttcctcaaatcctttaggtaattcaagtgtaccctctttaagatttttcaaagcccaaaagaaaggcaacctaga 29954611  T
Q  320 aagctcaattccataagccaactcagttaaatcttcctgactcaacttcaactcactcccaaatccaatgtaaacaacagaagatgattctcttgaatcc 419  Q
    ||||||||||||||  || |||||||||| |||||  || || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  29954610 aagctcaattccatgcgctaactcagttagatcttgttggcttaacttcaactcgctcccaaatccaatgtaaacaacagaagatgattcttttgaatcc 29954511  T
Q  420 aacca 424  Q
    |||||    
T  29954510 aacca 29954506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 133; E-Value: 5e-69
Query Start/End: Original strand, 20 - 424
Target Start/End: Original strand, 51369543 - 51369947
Alignment:
Q  20 ctcactccttggtacctcaacagccactcccttttccaccaatgcccttgaaaacaaacattggtcaagcaaataaggcagtgtcacaaggacatggcca 119  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||  | | |   |||| | ||||||| |||||||| | |||||||| ||| ||||| ||||| |||    
T  51369543 ctcactccttggtacttcaacagccactttcttttcttctagtaatcttgcatacaaacactggtcaagtatataaggcaatgtgacaagaacatgccca 51369642  T
Q  120 aaatgaaccttttcaataacagaaccagaaccacagtgactcatacatccaccaattgctccatgagctaagattttaagctgaggtgcccatgtcttcc 219  Q
    | ||||| | | ||||  || ||||    ||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||| | ||| ||| |||| || ||||    
T  51369643 agatgaagcatctcaacgactgaacttccaccacagtgactcatacatccaccaattgatggatgagctaagattttgatctggggtacccaggttttcc 51369742  T
Q  220 aaacaattccgcgttctttcgttctttcctcaaatccttcaggtaattcaagtgtaccctctttcagattcttcaaagtccaaaagaaaggcaacccaga 319  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||  |  ||| |||||  |||  ||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  51369743 aaacaattccacgttcttttgttctttcctcgaatccttgaggtaattcagatacaccgtctttacgatctttcaaagcccaaaagaaaggtaacccaga 51369842  T
Q  320 aagctcaattccataagccaactcagttaaatcttcctgactcaacttcaactcactcccaaatccaatgtaaacaacagaagatgattctcttgaatcc 419  Q
    ||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||  |||   |||||  |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||    
T  51369843 aagttcaattccatgagctaactcagttaaatcttgttgatctaactttgactcgcttccaaatccaatgtaaacaacagaagatgattcttttgagtcc 51369942  T
Q  420 aacca 424  Q
    |||||    
T  51369943 aacca 51369947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 205; Significance: 1e-112; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 20 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 11532223 - 11531819
Alignment:
Q  20 ctcactccttggtacctcaacagccactcccttttccaccaatgcccttgaaaacaaacattggtcaagcaaataaggcagtgtcacaaggacatggcca 119  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||  ||||||  | | | | ||||| ||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||  |||| |||    
T  11532223 ctcactccttggtacctcaatagccactttcttttcttctagtactcttgagaacaaacattggtcaattaaataaggcaatgtcacaagagcatgccca 11532124  T
Q  120 aaatgaaccttttcaataacagaaccagaaccacagtgactcatacatccaccaattgctccatgagctaagattttaagctgaggtgcccatgtcttcc 219  Q
    ||||||| ||| ||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||| ||||| || ||||||||||| ||||    
T  11532123 aaatgaagcttctcaatgactgaacctgaaccacagtgactcatacatccaccgattgatccatgtgctaagatcttaagttgtggtgcccatgttttcc 11532024  T
Q  220 aaacaattccgcgttctttcgttctttcctcaaatccttcaggtaattcaagtgtaccctctttcagattcttcaaagtccaaaagaaaggcaacccaga 319  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  11532023 aaacaattccacgttcttttgttctttcctcaaattctttaggtaattcaagtgtaccctctttaagatttttcaaagcccaaaagaaaggcaacctaga 11531924  T
Q  320 aagctcaattccataagccaactcagttaaatcttcctgactcaacttcaactcactcccaaatccaatgtaaacaacagaagatgattctcttgaatcc 419  Q
    |||||||||||||| ||| |||||| ||| |||||  ||||| |  |||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  11531923 aagctcaattccatgagctaactcaattagatcttgttgacttattttcgtctcgctcccaaatccaatgtaaacaacagaagacgattcttttgaatcc 11531824  T
Q  420 aacca 424  Q
    |||||    
T  11531823 aacca 11531819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 173; Significance: 7e-93; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 173; E-Value: 7e-93
Query Start/End: Original strand, 20 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 14622991 - 14622587
Alignment:
Q  20 ctcactccttggtacctcaacagccactcccttttccaccaatgcccttgaaaacaaacattggtcaagcaaataaggcagtgtcacaaggacatggcca 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||  | | | | |||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||| |||    
T  14622991 ctcactccttggtacctcaacagccactttcttttcttctagtactcttgcaaacaaacattggtcaagtaaataaggcaatgtcacaagaacatgccca 14622892  T
Q  120 aaatgaaccttttcaataacagaaccagaaccacagtgactcatacatccaccaattgctccatgagctaagattttaagctgaggtgcccatgtcttcc 219  Q
    | ||||| | ||||||| || ||||  | |||||| ||| ||||||| |||| ||||| | |||||| |||||| |||| ||| |||||||| || ||||    
T  14622891 agatgaagcatttcaatgactgaactgggaccacaatgagtcatacaaccactaattgattcatgagttaagatcttaaactggggtgcccaagttttcc 14622792  T
Q  220 aaacaattccgcgttctttcgttctttcctcaaatccttcaggtaattcaagtgtaccctctttcagattcttcaaagtccaaaagaaaggcaacccaga 319  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||| ||| |||||||||  ||||||||| ||||  || |||| ||||||||| || |||| |||    
T  14622791 aaacaattccgcgttcttttgttctttcctcgaaccctttaggcaattcaagtacaccctctttaagatcttttaaagcccaaaagaacggtaacctaga 14622692  T
Q  320 aagctcaattccataagccaactcagttaaatcttcctgactcaacttcaactcactcccaaatccaatgtaaacaacagaagatgattctcttgaatcc 419  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||||| |||||  ||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  14622691 aagctcaattccatgagctaactcagttatatcttgttgacttaacttcgactcgctcccaaatccaatgtaaacaatagaagatgattcttttgaatcc 14622592  T
Q  420 aacca 424  Q
    |||||    
T  14622591 aacca 14622587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 20 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 14589333 - 14588929
Alignment:
Q  20 ctcactccttggtacctcaacagccactcccttttccaccaatgcccttgaaaacaaacattggtcaagcaaataaggcagtgtcacaaggacatggcca 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||  | | | | |||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||| |||    
T  14589333 ctcactccttggtacctcaacagccactttcttttcttctagtactcttgcaaacaaacattggtcaagtaaataaggcaatgtcacaagaacatgccca 14589234  T
Q  120 aaatgaaccttttcaataacagaaccagaaccacagtgactcatacatccaccaattgctccatgagctaagattttaagctgaggtgcccatgtcttcc 219  Q
    | || || | ||||||  || ||||  | |||||| ||| ||||||| |||||||||| |||||||| |||||| |||| ||| ||| |||| || ||||    
T  14589233 agataaagcatttcaaagactgaacttggaccacaatgagtcatacaaccaccaattgatccatgagttaagatcttaaactggggtacccaagttttcc 14589134  T
Q  220 aaacaattccgcgttctttcgttctttcctcaaatccttcaggtaattcaagtgtaccctctttcagattcttcaaagtccaaaagaaaggcaacccaga 319  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||| ||| |||||||||  ||||||||| ||||  || |||| ||||||||| || |||| |||    
T  14589133 aaacaattccgcgttcttttgttctttcctcgaaccctttaggcaattcaagtacaccctctttaagatcttttaaagcccaaaagaacggtaacctaga 14589034  T
Q  320 aagctcaattccataagccaactcagttaaatcttcctgactcaacttcaactcactcccaaatccaatgtaaacaacagaagatgattctcttgaatcc 419  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||||| |||||  ||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  14589033 aagctcaattccatgagctaactcagttatatcttgttgacttaacttcgactcgctcccaaatccaatgtaaacaatagaagatgattcttttgaatcc 14588934  T
Q  420 aacca 424  Q
    |||||    
T  14588933 aacca 14588929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 163; E-Value: 7e-87
Query Start/End: Original strand, 66 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 12846842 - 12846488
Alignment:
Q  66 cttgaaaacaaacattggtcaagcaaataaggcagtgtcacaaggacatggccaaaatgaaccttttcaataacagaaccagaaccacagtgactcatac 165  Q
    ||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||| ||||| ||||| |||||||| | ||| ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||    
T  12846842 cttgaaaacaaacattgatctagcaaataaggcaatgtaacaagaacatgtccaaaatggagcttctcaatgactgaacctgaaccacaatgactcatac 12846743  T
Q  166 atccaccaattgctccatgagctaagattttaagctgaggtgcccatgtcttccaaacaattccgcgttctttcgttctttcctcaaatccttcaggtaa 265  Q
    | || |||||||||||||| | |||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||  || || ||||||| ||||||    
T  12846742 accccccaattgctccatgggataagatcttaagctggggtgcccatgttttccaaacaattccacgttctttggttcgatcttcgaatcctttaggtaa 12846643  T
Q  266 ttcaagtgtaccctctttcagattcttcaaagtccaaaagaaaggcaacccagaaagctcaattccataagccaactcagttaaatcttcctgactcaac 365  Q
     ||||||||||||| ||| || || ||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||| || || |||| |||||  ||  | |||    
T  12846642 ctcaagtgtacccttttttaggtttttcaaagcccaaaagaaaggtaacctagaaagctcaattccatgagctaattcggttagatctttttgcgttaac 12846543  T
Q  366 ttcaactcactcccaaatccaatgtaaacaacagaagatgattctcttgaatcca 420  Q
     ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  12846542 ctcaactcgctcccaaatccaatgtaaacaacggaagatgattctcttgaatcca 12846488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University