View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9940_low_18 (Length: 263)

Name: NF9940_low_18
Description: NF9940
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9940_low_18
NF9940_low_18
[»] chr3 (26 HSPs)
chr3 (1-252)||(34490886-34491137)
chr3 (1-249)||(6095843-6096091)
chr3 (1-252)||(49199714-49199966)
chr3 (1-252)||(43402034-43402285)
chr3 (1-252)||(30235798-30236049)
chr3 (1-252)||(43403977-43404228)
chr3 (1-252)||(40913011-40913263)
chr3 (1-252)||(4569624-4569875)
chr3 (1-252)||(47303925-47304175)
chr3 (1-252)||(36018523-36018775)
chr3 (1-252)||(41819768-41820016)
chr3 (1-252)||(46860143-46860396)
chr3 (9-252)||(54593377-54593621)
chr3 (1-252)||(55302209-55302460)
chr3 (53-252)||(28074290-28074488)
chr3 (33-252)||(5434153-5434374)
chr3 (1-229)||(1683184-1683411)
chr3 (1-252)||(34795542-34795792)
chr3 (65-230)||(26323821-26323985)
chr3 (33-252)||(36796079-36796304)
chr3 (95-248)||(39127236-39127389)
chr3 (129-184)||(31340448-31340503)
chr3 (1-142)||(20937440-20937580)
chr3 (217-252)||(31340501-31340536)
chr3 (1-67)||(26323320-26323385)
chr3 (23-81)||(50432840-50432898)
[»] scaffold0466 (1 HSPs)
scaffold0466 (1-252)||(7001-7252)
[»] chr5 (19 HSPs)
chr5 (1-252)||(38746678-38746929)
chr5 (1-242)||(40146944-40147185)
chr5 (10-252)||(213141-213384)
chr5 (1-252)||(27015205-27015456)
chr5 (1-252)||(5057721-5057971)
chr5 (1-251)||(28277989-28278240)
chr5 (1-252)||(27637858-27638109)
chr5 (1-251)||(316439-316686)
chr5 (1-252)||(4160307-4160556)
chr5 (1-251)||(14689655-14689902)
chr5 (15-220)||(33906288-33906491)
chr5 (87-252)||(16642208-16642372)
chr5 (36-242)||(35615854-35616060)
chr5 (82-226)||(10055031-10055175)
chr5 (84-242)||(30792923-30793080)
chr5 (84-252)||(30802614-30802782)
chr5 (1-181)||(21205897-21206076)
chr5 (1-86)||(16641185-16641269)
chr5 (204-252)||(33906578-33906627)
[»] chr4 (39 HSPs)
chr4 (1-248)||(26363942-26364189)
chr4 (1-252)||(54882693-54882944)
chr4 (3-252)||(55085611-55085861)
chr4 (1-252)||(8665080-8665331)
chr4 (1-252)||(6655629-6655880)
chr4 (1-252)||(50674090-50674341)
chr4 (1-252)||(50262942-50263193)
chr4 (1-252)||(379051-379302)
chr4 (33-242)||(40630667-40630876)
chr4 (1-252)||(41964089-41964339)
chr4 (1-252)||(12073066-12073316)
chr4 (1-252)||(35662115-35662364)
chr4 (1-252)||(46703174-46703423)
chr4 (1-252)||(27417205-27417446)
chr4 (1-252)||(33989535-33989785)
chr4 (1-202)||(8647861-8648062)
chr4 (1-255)||(2209378-2209637)
chr4 (33-252)||(46569822-46570041)
chr4 (1-242)||(33089582-33089811)
chr4 (140-252)||(8653273-8653385)
chr4 (116-252)||(10071558-10071693)
chr4 (1-252)||(35370582-35370833)
chr4 (1-226)||(3785790-3786013)
chr4 (131-233)||(10071963-10072065)
chr4 (1-252)||(22882998-22883248)
chr4 (1-252)||(22934662-22934912)
chr4 (1-223)||(34112314-34112535)
chr4 (82-251)||(38811404-38811573)
chr4 (1-230)||(35369685-35369912)
chr4 (33-184)||(12119281-12119431)
chr4 (1-230)||(26699690-26699920)
chr4 (1-222)||(41961110-41961334)
chr4 (14-230)||(22629147-22629361)
chr4 (33-199)||(25723493-25723658)
chr4 (141-252)||(47514885-47514997)
chr4 (33-184)||(6200140-6200291)
chr4 (170-231)||(32091265-32091326)
chr4 (156-251)||(6719259-6719355)
chr4 (4-80)||(32091324-32091399)
[»] chr1 (30 HSPs)
chr1 (1-242)||(42298219-42298460)
chr1 (1-252)||(11348371-11348622)
chr1 (1-252)||(37167970-37168221)
chr1 (1-252)||(37879155-37879406)
chr1 (1-252)||(37033317-37033564)
chr1 (1-252)||(193285-193535)
chr1 (1-252)||(13547333-13547584)
chr1 (1-252)||(13549244-13549495)
chr1 (1-252)||(29135921-29136171)
chr1 (1-252)||(28242061-28242312)
chr1 (1-252)||(7482476-7482726)
chr1 (1-252)||(34603249-34603499)
chr1 (1-252)||(34602584-34602834)
chr1 (1-252)||(47114845-47115095)
chr1 (1-252)||(47255584-47255829)
chr1 (1-252)||(19754164-19754418)
chr1 (1-252)||(19752359-19752609)
chr1 (1-150)||(31925950-31926099)
chr1 (1-230)||(41135516-41135743)
chr1 (36-231)||(6808141-6808336)
chr1 (36-225)||(9109680-9109869)
chr1 (6-230)||(16216745-16216966)
chr1 (1-167)||(12318726-12318890)
chr1 (13-221)||(22079039-22079233)
chr1 (157-231)||(31928208-31928282)
chr1 (66-143)||(4535783-4535861)
chr1 (141-214)||(3331255-3331328)
chr1 (96-252)||(6068290-6068447)
chr1 (33-88)||(25651922-25651977)
chr1 (93-186)||(38747052-38747144)
[»] chr2 (14 HSPs)
chr2 (1-252)||(1631976-1632227)
chr2 (1-252)||(42288354-42288604)
chr2 (1-252)||(45726603-45726853)
chr2 (1-252)||(35447128-35447379)
chr2 (2-252)||(17450264-17450513)
chr2 (20-252)||(33647841-33648075)
chr2 (4-242)||(24397739-24397977)
chr2 (67-251)||(7450975-7451158)
chr2 (5-258)||(42261859-42262111)
chr2 (44-252)||(30218321-30218529)
chr2 (123-229)||(40935546-40935651)
chr2 (6-81)||(43730992-43731066)
chr2 (36-138)||(16676031-16676134)
chr2 (125-174)||(34811599-34811647)
[»] chr6 (12 HSPs)
chr6 (4-252)||(3808955-3809204)
chr6 (1-252)||(2973183-2973435)
chr6 (1-252)||(5043301-5043551)
chr6 (1-251)||(17762661-17762913)
chr6 (1-244)||(21593347-21593588)
chr6 (1-252)||(26830368-26830619)
chr6 (1-227)||(603324-603550)
chr6 (1-252)||(22425071-22425321)
chr6 (14-218)||(17757789-17757995)
chr6 (61-252)||(26800443-26800634)
chr6 (33-252)||(25072858-25073076)
chr6 (6-87)||(5741040-5741120)
[»] chr7 (21 HSPs)
chr7 (1-252)||(6360156-6360407)
chr7 (1-252)||(4512634-4512884)
chr7 (1-252)||(6431644-6431895)
chr7 (1-252)||(2389955-2390206)
chr7 (1-252)||(29608414-29608660)
chr7 (1-252)||(2361215-2361466)
chr7 (1-252)||(34310960-34311212)
chr7 (1-252)||(48599578-48599819)
chr7 (1-252)||(4508950-4509192)
chr7 (1-252)||(4510792-4511034)
chr7 (3-249)||(3258671-3258916)
chr7 (1-252)||(22269647-22269897)
chr7 (1-252)||(22328643-22328895)
chr7 (110-252)||(32358189-32358331)
chr7 (6-138)||(8359567-8359699)
chr7 (8-252)||(5116307-5116551)
chr7 (189-252)||(30814438-30814501)
chr7 (110-217)||(22552791-22552897)
chr7 (9-184)||(43363667-43363839)
chr7 (5-108)||(23794074-23794176)
chr7 (1-81)||(1360399-1360478)
[»] chr8 (19 HSPs)
chr8 (1-252)||(11383659-11383910)
chr8 (1-252)||(42435235-42435486)
chr8 (1-252)||(44353468-44353716)
chr8 (1-243)||(40221427-40221669)
chr8 (1-228)||(40328476-40328703)
chr8 (1-252)||(4283219-4283448)
chr8 (69-252)||(22976207-22976389)
chr8 (60-252)||(2999823-3000016)
chr8 (1-252)||(40585397-40585648)
chr8 (36-229)||(9633816-9634007)
chr8 (9-80)||(18655246-18655317)
chr8 (5-252)||(3846068-3846313)
chr8 (62-239)||(40535538-40535713)
chr8 (77-223)||(11136843-11136989)
chr8 (65-252)||(3817641-3817829)
chr8 (156-252)||(20686456-20686552)
chr8 (1-81)||(33655549-33655628)
chr8 (141-215)||(10020150-10020224)
chr8 (10-102)||(10020272-10020361)
[»] scaffold0286 (1 HSPs)
scaffold0286 (1-252)||(11231-11482)
[»] scaffold0014 (1 HSPs)
scaffold0014 (4-252)||(80530-80778)
[»] scaffold0176 (1 HSPs)
scaffold0176 (1-252)||(18245-18495)
[»] scaffold0002 (1 HSPs)
scaffold0002 (5-258)||(490694-490946)
[»] scaffold0197 (1 HSPs)
scaffold0197 (33-252)||(1682-1901)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 220; Significance: 1e-121; HSPs: 26)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 34491137 - 34490886
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34491137 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 34491038  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctca 200  Q
    ||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||    
T  34491037 ttttcaactccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcacaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctca 34490938  T
Q  201 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 252  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34490937 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 34490886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 213; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 1 - 249
Target Start/End: Original strand, 6095843 - 6096091
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 100  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6095843 aagagaaccaacctttagcatttgatttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 6095942  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctca 200  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||    
T  6095943 ttcccaaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaacccttttcaaaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctca 6096042  T
Q  201 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcct 249  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6096043 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcct 6096091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 49199714 - 49199966
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactca-cccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtg 99  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||    
T  49199714 aagagaaccaaccattagcctttgatttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcaacccaagttgctcacaaaagactctccactcatatg 49199813  T
Q  100 tttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctc 199  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  49199814 tttcccaaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaacccttttcacaatagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaaactttgaacctc 49199913  T
Q  200 acccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 252  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  49199914 acccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 49199966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 43402034 - 43402285
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  43402034 aagagaaccaacccatagcctttgatttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagacttacccaagttgttcacaaatgattctccactcatgtgt 43402133  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctca 200  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||    
T  43402134 ttcccaaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaacccttttctcaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctca 43402233  T
Q  201 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 252  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  43402234 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 43402285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 30236049 - 30235798
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 100  Q
    ||||||||||| | |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  30236049 aagagaaccaatcattagccttcgatttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaacttgctcacaaatgactctccactcttgtgt 30235950  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctca 200  Q
    || |||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||    
T  30235949 tttccaaccccatgaatattccccaaaaggcaccaacccttttcacaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctca 30235850  T
Q  201 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 252  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30235849 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 30235798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 43403977 - 43404228
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  43403977 aagagaaccaacccatagcctttgatttcactaaggatcttctcttttagtttcacaagactcacccaagttgctcccaaatgactctccactcatgtgt 43404076  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctca 200  Q
    || |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  43404077 tttccaaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaaactttgaacctca 43404176  T
Q  201 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 252  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  43404177 cccaaagaccctcaacttttagtatctaaaaccctaaaagttccctcatttg 43404228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 40913263 - 40913011
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 100  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40913263 aagagaaccaacccttaacctttaatttcactaaggatcttctcttttgctttcacaagactcacccaatttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 40913164  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctcc-aaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctc 199  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||| ||||||    
T  40913163 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaaggcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacattttgaagctttgaacctc 40913064  T
Q  200 acccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 252  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  40913063 acccaaagaccctaaacctttagtatctaaaaccctaaaagtcccctcctttg 40913011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 4569875 - 4569624
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  4569875 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaaagatcatctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaaagactctccactcatgtgt 4569776  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctca 200  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| ||||||   || ||||| |||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||| |||| |||||||    
T  4569775 ttcccaaccccatgaatcttccccaataggcacacccccttttcccaagagccccctcttttgattctccaagatttacatcttgaagctttgaacctca 4569676  T
Q  201 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 252  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  4569675 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 4569624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 180; E-Value: 3e-97
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 47304175 - 47303925
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 100  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  47304175 aagagaaccaacccttagtttttgatttcactaaggatattctcttttggttttacaagactcacctaagttgctcacaaaa-actctccactcatgtgt 47304077  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctca 200  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||    
T  47304076 ttcccaaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctca 47303977  T
Q  201 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 252  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  47303976 cccaaagaccttcaacatttagtatctaaaaccataaaagttctctcctttg 47303925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 177; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 36018775 - 36018523
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 100  Q
    ||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  36018775 aagagaaccaatccatagcctttgatttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccattcatgtgt 36018676  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctca 200  Q
    |||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||    
T  36018675 ttcccatccccatggatcttccccaaaaggcaccaacccttttcccaaaagctccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctca 36018576  T
Q  201 cccaaagaccctcaacctttagtatcta-aaaccctaaaagttctctcctttg 252  Q
     ||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||    
T  36018575 tccaaagaccctcaacctttagtatctacataccctgaaagttctctcctttg 36018523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 176; E-Value: 7e-95
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 41819768 - 41820016
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 100  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||  ||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  41819768 aagagaaccaacccttagc-tttgatttcataaag-atcttctcttttggtttcataagactcactcaagttgctcacaaatgagtctccactcatgtgt 41819865  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctca 200  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||| |||||||    
T  41819866 ttcccaaccccatgaatcttc-ccaaaaggcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctctaagattcacatcttgaagctttgaacctca 41819964  T
Q  201 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 252  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  41819965 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaacctaaaagttatctcctttg 41820016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 176; E-Value: 7e-95
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 46860396 - 46860143
Alignment:
Q  1 aagagaaccaaccct--tagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgt 98  Q
    |||||||||||||||  ||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46860396 aagagaaccaaccctcttagtctttgatttc-ctaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgt 46860298  T
Q  99 gtttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacct 198  Q
    |||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||| |||||    
T  46860297 gtttcccatccctatgaatcttccccaaaaggcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcatgaagctttgaacct 46860198  T
Q  199 cacccaaagaccctcaacctttagtatcta-aaaccctaaaagttctctcctttg 252  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||    
T  46860197 cacccaaagaccctcaacctttagtatctacataccctaaaagttctctcatttg 46860143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 173; E-Value: 4e-93
Query Start/End: Original strand, 9 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 54593621 - 54593377
Alignment:
Q  9 caacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgtttcccaac 108  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |    
T  54593621 caacccttagcctttgatttcactaaggatcttctattttggtttcacaagactcactcaagttgctcacaaaagactctccactcatgtgttttccatc 54593522  T
Q  109 cccatgaatcttctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctcacccaaaga 208  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||| ||    
T  54593521 cccatgaatcttccccaaaaggtaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaagga 54593422  T
Q  209 ccctcaacctttagtatcta-aaaccctaaaagttctctcctttg 252  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||    
T  54593421 ccctcaacctttagtatctacataccctaaaagttccctcctttg 54593377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 55302209 - 55302460
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  55302209 aagagaaccaacccctagcctttgatttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcactcaagttgctcacaaaagaatctccactcatgtgt 55302308  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctca 200  Q
    || |||||| ||||||| ||  |||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||    
T  55302309 tttccaacctcatgaatttttcccaaaaggcaccaacccttttcccaagagctccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctca 55302408  T
Q  201 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 252  Q
     ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  55302409 tccaaagaccctcaacttttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttg 55302460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 136; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 53 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 28074488 - 28074290
Alignment:
Q  53 tcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagc 152  Q
    |||||||||||||| ||||| ||| |||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||| | |||| |||||||    
T  28074488 tcacaagactcacctaagtttctctcaatagactctccactcatgtgtttcccatccccatgaatcttccccaaaacgcaccaac-tatttcccaagagc 28074390  T
Q  153 cccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 252  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  28074389 cccctcttttggttctccaagattcacatcttgaaactttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttg 28074290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 33 - 252
Target Start/End: Original strand, 5434153 - 5434374
Alignment:
Q  33 aaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatct-tctccaaaaggc 131  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || | ||||  |    
T  5434153 aaggatcttctcttttggtttcccaagactcacccaacttgctcacaaaagactctccactcatgtgtttcctaaccccatgaatctctccctaaaaaac 5434252  T
Q  132 accaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaa- 230  Q
    || |||| ||||| |||||||||||||||||||||||  |||| | |||||||||| |||| |||||| | |||||||||| ||| ||| |||||||||     
T  5434253 actaacccttttcccaagagccccctcttttggttctataagatttacatcttgaagctttaaacctccctcaaagacccttaacttttggtatctaaat 5434352  T
Q  231 accctaaaagttctctcctttg 252  Q
    | ||||||||||| ||||||||    
T  5434353 atcctaaaagttccctcctttg 5434374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 99; E-Value: 6e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 1683411 - 1683184
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 100  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||| | |||||||||||||    
T  1683411 aagataaccaacccttagcctttgatttt-ctaaggatcttctcttttggtctcacaagactcaccaaagttgctcataaatgattatccactcatgtgt 1683313  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatct-tctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaac-ttttaacct 198  Q
    || |||||||||||||||| |  |||||| |||||||||  ||||  || | ||  ||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||| || ||    
T  1683312 tttccaaccccatgaatctcttcccaaaatgcaccaacc-ctttccgaaaaaccttctcttttggttctccaagattcacat-ttgaaacatttgaatct 1683215  T
Q  199 cacccaaagaccctcaacctttagtatctaa 229  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  1683214 cacccaaagaccctcaacctttagtttctaa 1683184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 34795792 - 34795542
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 100  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| || |||||  |||||||  | ||||||    
T  34795792 aagagaaccatcccttagcctttgatttt-ctaaggatcttctcttttggtctcccaagactcacccaagtttcttacaaaa-actctcctttgatgtgt 34795695  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatct-tctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctc 199  Q
     |||||||||||||||||| ||  |||||||||  || | | | | | ||| ||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||| |||| ||| ||    
T  34795694 atcccaaccccatgaatctctcctcaaaaggcatgaaacctctcc-ctagaaccccctcttctggttctccaagattcagatcttgaagctttgaacatc 34795596  T
Q  200 acccaaagaccctcaacctttagtatctaaa-accctaaaagttctctcctttg 252  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  34795595 acccaacgaccatcaacctttagtatctaaataccctaaaagatctctcctttg 34795542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 65 - 230
Target Start/End: Original strand, 26323821 - 26323985
Alignment:
Q  65 cccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatcttctcc--aaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctctttt 162  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||  | ||||||||| ||||||||||||||| || |  |||| ||||||||| ||| | ||| ||||| |||||||    
T  26323821 cccaagttgctcacaaa-gactctcctttgatgtgtttctcaaccccatgaatct-ctgctgaaaatgcaccaaccctttcc-caatagccctctctttt 26323917  T
Q  163 ggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaa 230  Q
    | |||| ||||| | |||||||||| |||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  26323918 gattcttcaagatttacatcttgaagctttgaacttcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaa 26323985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 33 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 36796304 - 36796079
Alignment:
Q  33 aaggatcttctcttttggtttcac-aagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatct-tctccaaaagg 130  Q
    |||||||| | |||||||||||   |||| |||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||| |||| ||||| ||||||| || ||||||      
T  36796304 aaggatctacacttttggtttccttaagattcacccaagttgctaaccaatgactctccactcttgtgtctcccgaccccgtgaatctctccccaaaatc 36796205  T
Q  131 caccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctcca----agactcacatcttgaaacttttaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatc 226  Q
     ||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||    ||  | |||||||||| |||| ||||||| | ||||||| |||||||||||| ||    
T  36796204 aaccgacctttttca-aagagtcccctcttttggttcttcaaaagaggtttacatcttgaagctttgaacctcatctaaagaccttcaacctttagtttc 36796106  T
Q  227 taa-aaccctaaaagttctctcctttg 252  Q
    |||   ||||||||||| |||||||||    
T  36796105 taagttccctaaaagttatctcctttg 36796079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 95 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 39127389 - 39127236
Alignment:
Q  95 atgtgtttcccaaccccatgaatct-tctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaactttt 193  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| || | |||||||||||||  | ||| |||||| ||||| |||| |||||| |||| ||| |||||||| ||||     
T  39127389 atgtgtttcccaacctcatgaatctctcccaaaaaggcaccaactctcttc-caagagtcccctattttagttctctaagattcatatcttgaagctttg 39127291  T
Q  194 aacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaa-accctaaaagttctctcc 248  Q
    ||||||| |||||| |||  |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  39127290 aacctca-ccaaaggccccaaacctttagtatgtaaataccctaaaagttctctcc 39127236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 129 - 184
Target Start/End: Original strand, 31340448 - 31340503
Alignment:
Q  129 ggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatctt 184  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  31340448 ggcaccaaccattttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatctt 31340503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 142
Target Start/End: Complemental strand, 20937580 - 20937440
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 100  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||||| | ||| ||||||||||||||| || ||||| |||||||||||  ||||||| ||||| |   | ||||||    
T  20937580 aagagaaccaacctttatcctttgatttc-ctaagaatcttctcttttggtctcccaagaatcacccaagtttgtcacaaa-gactcccttttgatgtgt 20937483  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatct-tctccaaaaggcaccaacctttt 142  Q
    ||  ||||| ||||||||| ||  |||||||||||||||||||    
T  20937482 ttttcaaccacatgaatctctcctcaaaaggcaccaacctttt 20937440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 217 - 252
Target Start/End: Original strand, 31340501 - 31340536
Alignment:
Q  217 ctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 252  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31340501 ctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 31340536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 1 - 67
Target Start/End: Original strand, 26323320 - 26323385
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcaccc 67  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||| |||| ||||||| || ||||||||||||    
T  26323320 aagagaaccaacccttagcttttgatttc-ctaaggatattcttttttggtctcccaagactcaccc 26323385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 23 - 81
Target Start/End: Original strand, 50432840 - 50432898
Alignment:
Q  23 tgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaa 81  Q
    ||||||||| |||||||| || ||||||| || ||||| ||| ||||||||||||||||    
T  50432840 tgatttcactaaggatctccttttttggtctctcaagattcaaccaagttgctcacaaa 50432898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0466 (Bit Score: 212; Significance: 1e-116; HSPs: 1)
Name: scaffold0466
Description:

Target: scaffold0466; HSP #1
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 7252 - 7001
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  7252 aagagaaccaacccttagcctttgattttactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaaagactctccactcatgtgt 7153  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctca 200  Q
    || |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||    
T  7152 tttccaaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaacccttttcacaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctca 7053  T
Q  201 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 252  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  7052 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 7001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 212; Significance: 1e-116; HSPs: 19)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 38746929 - 38746678
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  38746929 aagagaaccaacccttagcctttgatttcaataaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcgcaaatgactctccactcacgtgt 38746830  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctca 200  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  38746829 ttcccaaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaacccttttcttaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaaactttgaacctca 38746730  T
Q  201 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 252  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38746729 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 38746678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 1 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 40147185 - 40146944
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  40147185 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaaagactctccactcatgtgt 40147086  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctca 200  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||    
T  40147085 ttcccaaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaaccattttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctca 40146986  T
Q  201 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagtt 242  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40146985 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagtt 40146944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 10 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 213384 - 213141
Alignment:
Q  10 aacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgtttcccaacc 109  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  213384 aacccttagcctttgatttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaaagactctccactcatgtgtttcccaacc 213285  T
Q  110 ccatgaatcttctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttct-ccaagactcacatcttgaaacttttaacctcacccaaaga 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  213284 ccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctcccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaaga 213185  T
Q  209 ccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 252  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  213184 ccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 213141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 27015456 - 27015205
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  27015456 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaaggatcttctcttttggttttacaagactcacccaagttgctcacaaaagactctccactcatgtgt 27015357  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctca 200  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||| | |||||    
T  27015356 ttcccaaccccatgattcttccccaaaaggcaccaacccttttcacaagagccccctcttttggttcttcaagattcacatcttgaagctttgatcctca 27015257  T
Q  201 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 252  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  27015256 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 27015205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 196; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 5057971 - 5057721
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5057971 aagagaaccaacccttagcctttgattttactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcgcccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 5057872  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctca 200  Q
    || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||| | |||||    
T  5057871 tttccaaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaacctttttcccaaaag-cccctcttttggttctcaaagattcacatcttgaagctttgatcctca 5057773  T
Q  201 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 252  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5057772 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 5057721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 28278240 - 28277989
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 100  Q
    |||||| |||||||||||| ||||||||||| ||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||    
T  28278240 aagagagccaacccttagcatttgatttcactaacaatcttctcttttgatttcacaagactcacccaagttgctcacaatagtctctccactcatgtgt 28278141  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagc-cccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctc 199  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||    
T  28278140 ttcccaaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaacccttttcccaagagcccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctc 28278041  T
Q  200 acccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctccttt 251  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  28278040 atccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagtttcctccttt 28277989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 151; E-Value: 6e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 27637858 - 27638109
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctc--ttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgt 98  Q
    |||||||| |||  |||| |||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||    
T  27637858 aagagaacaaacttttagtctttgatttcactaaggatcttctctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcataaaagactcttcactcatgt 27637957  T
Q  99 gtttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacct 198  Q
    |||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||    
T  27637958 gtttcctaaccccatgaatcttc-ccaaaatgcaccaacccttttcccaagagctccctcttttggttctccaagattcacatcttg-aactttgaacct 27638055  T
Q  199 cacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 252  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  27638056 cacccaaagattctcaacctttagtatctaaaaccttaaaagttccctcctttg 27638109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 316686 - 316439
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    ||||| |||||||||||| || ||||| ||||| |||||||||||||| |||||||   | ||||||    
T  316686 aagagaaccaacccttagcctttgatttcct--aggattttctcttttggtctcccaagattcacc-aagttgctcacaaa-gactctcttttgatgtgt 316591  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatct-tctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctc 199  Q
    |||||||||  |||||||| || |||||||||||||||| | | | ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||    
T  316590 ttcccaaccttatgaatctctccccaaaaggcaccaaccctctcc-caagagcccccccttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctc 316492  T
Q  200 acccaaagaccctcaacctttagtatctaa-aaccctaaaagttctctccttt 251  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  ||  |||||||||||||||||    
T  316491 acccaaagaccctcaacctttagtatctaagtacaataaaagttctctccttt 316439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 4160556 - 4160307
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| | | |||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| | |||     
T  4160556 aagagaaccaacccttagcctttaattac-ctaaggatcttctcttttggtttcccaagattcaccctagttgctcacaaatgactctccacttacgtg- 4160459  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatct-tctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctc 199  Q
    |||||||||| |||||||| || ||||||| |||  |||  | || ||||||||||||||||| |||||||| || |||| |||| ||||||| ||| ||    
T  4160458 ttcccaaccctatgaatctctccccaaaagacacttacc-ctctcccaagagccccctcttttagttctccaggattcacttctttaaactttgaacatc 4160360  T
Q  200 acccaaagaccctcaacctttagtatctaaa-accctaaaagttctctcctttg 252  Q
    ||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||    
T  4160359 acccaaa-accctcaaactttagtatctaaataccctaaatgttctctcatttg 4160307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 1 - 251
Target Start/End: Original strand, 14689655 - 14689902
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||  | ||||||||| ||||||||| || ||||||| | | ||||||||||||||| |||||||  | ||||||    
T  14689655 aagagaaccaacccctagcctttgatttt-ctaaggatcttttcttttggtgtcccaagacttatctaagttgctcacaaat-actctccttttatgtgt 14689752  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctca 200  Q
    ||||||  | || |||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||| |||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||| |||    
T  14689753 ttcccattctcacgaatct-ctccaaaaggcaccaacccttt-cacaagaaccccttcttttggttctccaaaattcacatcttgaaactttgaacatca 14689850  T
Q  201 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaa-accctaaaagttctctccttt 251  Q
    | |||||||||| |||||| | ||||||||  ||||||||||| ||||||||    
T  14689851 ctcaaagacccttaaccttcactatctaaatgccctaaaagttttctccttt 14689902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 91; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 15 - 220
Target Start/End: Original strand, 33906288 - 33906491
Alignment:
Q  15 ttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgtttcccaaccccatg 114  Q
    ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || | ||||||  | ||||||||| ||||||||||    
T  33906288 ttagcctttgatttc-ctaaggatcttctcttttggtttcccaagactcacccaagttgctcactaa-gtctctcctttgatgtgtttctcaaccccatg 33906385  T
Q  115 aatct-tctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctcacccaaagaccctc 213  Q
    ||||| || ||||||||||||||||  | || |||||||||||| |||||||||| ||||| |||||| ||||  |||  |||||||| |||||||||||    
T  33906386 aatctctccccaaaaggcaccaacc-ctctcccaagagcccccttttttggttctacaagattcacattttgaggcttcgaacctcactcaaagaccctc 33906484  T
Q  214 aaccttt 220  Q
    |||||||    
T  33906485 aaccttt 33906491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 89; E-Value: 6e-43
Query Start/End: Original strand, 87 - 252
Target Start/End: Original strand, 16642208 - 16642372
Alignment:
Q  87 ctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatct-tctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttg 185  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||| ||| | |||||||||  |||||||||||| ||||| |||| |||||    
T  16642208 ctccactcatgtgtttcctaaccccatgaatctgtccccaaaaggcaccaaccctttcc-caagagccc--tcttttggttcttcaagattcacttcttg 16642304  T
Q  186 aaacttttaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaa-accctaaaagttctctcctttg 252  Q
    || |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  16642305 aagctttgaacctcacccaaagaccatcaacctttagtatctaaataccctaaaagtgctctcctttg 16642372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 89; E-Value: 6e-43
Query Start/End: Original strand, 36 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 35616060 - 35615854
Alignment:
Q  36 gatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatct-tctccaaaaggcacc 134  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||| | ||||| |||||| |  | ||||||||| |||| |||||||||| || |||||||||| |    
T  35616060 gatcttcgcttttggtttcccaagactcaccaaagttgattacaaa-gactcttcttttatgtgtttctcaactccatgaatctctccccaaaaggcatc 35615962  T
Q  135 aacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaa-acc 233  Q
    | || ||| | |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||     
T  35615961 acccctttcc-caagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcactcaaagaccctcaacctttagtatctaaatact 35615863  T
Q  234 ctaaaagtt 242  Q
    |||||||||    
T  35615862 ctaaaagtt 35615854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 82 - 226
Target Start/End: Original strand, 10055031 - 10055175
Alignment:
Q  82 tgactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatct-tctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcaca 180  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| || ||| |||||||||| | ||| | ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  10055031 tgactctctactcatgtgtttcccaaccccgtgaatctctccccataaggcaccaaacctttcc-caagagccctctcttttggttctccaagattcaca 10055129  T
Q  181 tcttgaaacttttaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatc 226  Q
    ||||||| |||| || |||||||||| ||| |||| ||||||||||    
T  10055130 tcttgaagctttgaatctcacccaaaaaccttcaatctttagtatc 10055175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 69; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 84 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 30793080 - 30792923
Alignment:
Q  84 actctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatct-tctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatc 182  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||| | ||| |||| | | |||||||||||||||| | |||||    
T  30793080 actctctactcatgtgtttcccaaccccatgaatatctccccaaaaggcaccaaccttttcc-caa-agccacatattttggttctccaaga-taacatc 30792984  T
Q  183 ttgaaacttttaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaa-aaccctaaaagtt 242  Q
    ||||| |||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  30792983 ttgaagctttgaacatcacctaaagaccctcaacctttagtatctaattaccctaaaagtt 30792923  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 67; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 84 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 30802782 - 30802614
Alignment:
Q  84 actctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatct-tctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatc 182  Q
    ||||||||||||||||||| | |||||||||||||| || ||||||||||| ||||  |||| |||||||| ||||||||||||||| |||| | |||||    
T  30802782 actctccactcatgtgttttctaaccccatgaatctctccccaaaaggcacaaacc-ctttcccaagagcctcctcttttggttctctaaga-taacatc 30802685  T
Q  183 ttgaaacttttaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaa-accctaaaagttctctcctttg 252  Q
     |||| |||| ||||||||| |||||||||||||||  | |||||||| ||||||||||||| ||| ||||    
T  30802684 atgaagctttgaacctcacctaaagaccctcaacctagaatatctaaataccctaaaagttccctcatttg 30802614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 1 - 181
Target Start/End: Original strand, 21205897 - 21206076
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 100  Q
    ||||||||||| |||||| |||||||||||  |||| ||||| ||||| |||||  || | |||||||| || || |||||||||||  |||||||||||    
T  21205897 aagagaaccaatccttagtctttgatttcat-aaggttcttcacttttagtttcctaaaattcacccaaatttctgacaaatgactcctcactcatgtgt 21205995  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctcc--aaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacat 181  Q
    |||||||||| ||||| | |||||  ||||| |||||||| ||| || |||| |||| ||||||||||||| |||| ||||||    
T  21205996 ttcccaaccctatgaa-cctctccgaaaaagacaccaaccctttcca-aagaaccccatcttttggttctctaagattcacat 21206076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 1 - 86
Target Start/End: Original strand, 16641185 - 16641269
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgact 86  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||    ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| |||||    
T  16641185 aagagaaccaacctttagcctttgatttttt-aagtatcttctcttttggtttcacaagactcaccaaagttgttcacaattgact 16641269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 204 - 252
Target Start/End: Original strand, 33906578 - 33906627
Alignment:
Q  204 aaagaccctcaacctttagtatctaaa-accctaaaagttctctcctttg 252  Q
    ||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||    
T  33906578 aaagaacctcaacctttaatatctaaataccctaaaagttctcttctttg 33906627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 212; Significance: 1e-116; HSPs: 39)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 1 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 26364189 - 26363942
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 100  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26364189 aagagaaccaacccttagcatttgatttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 26364090  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctca 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||    
T  26364089 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggccccaacccttttcacaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctca 26363990  T
Q  201 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcc 248  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  26363989 cccaaaggccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcc 26363942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 54882944 - 54882693
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||    
T  54882944 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaaggatcttctcttttggtttcacgagactcacccaagtttctcacaaaagactctacactcatgtgt 54882845  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctca 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||| |||||||    
T  54882844 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcataagagccccctcttttggttctccaagattcacattttgaagctttgaacctca 54882745  T
Q  201 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 252  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  54882744 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 54882693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 3 - 252
Target Start/End: Original strand, 55085611 - 55085861
Alignment:
Q  3 gagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgttt 102  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55085611 gagaatcaacccttagcctttgatttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacacaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgttt 55085710  T
Q  103 cccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaa-cttttaacctcac 201  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||    
T  55085711 cccaaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaaccctttccccaagagccccctcttttggttctccaagatttacatcttgaaagcttttaacctcac 55085810  T
Q  202 ccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 252  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  55085811 ccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 55085861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 8665331 - 8665080
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 100  Q
    |||| ||||||| | || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||    
T  8665331 aagaaaaccaacacataacctttgatttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaaagactctccactcctgtgt 8665232  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctca 200  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||    
T  8665231 ttcccaaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctca 8665132  T
Q  201 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 252  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8665131 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 8665080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 6655880 - 6655629
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 100  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  6655880 aagagaaacaacctttagcctttgattttactaatgatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcagaaatgactctccactcatgtgt 6655781  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctca 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||  ||| |||||||    
T  6655780 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaaccctttccccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttaaagttttgaacctca 6655681  T
Q  201 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 252  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  6655680 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 6655629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 50674090 - 50674341
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  50674090 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaaagactctccactcatgtgt 50674189  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctca 200  Q
    ||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||    
T  50674190 ttcccaaccccatgaatctttcccataaggcaccaacccttttcattagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctca 50674289  T
Q  201 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 252  Q
    |||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  50674290 cccaaagacccttaacatttagtatttaaaaccctaaaagttccctcctttg 50674341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 50262942 - 50263193
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 100  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  50262942 aagagaaccaaccattagcctttgatttcactaagggtcttctcttttggtttcacaagagtcaccgaggttgctcacaaaagactctccactcatgtgt 50263041  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctca 200  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||    
T  50263042 ttcccaaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaaccctttttccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctca 50263141  T
Q  201 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 252  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  50263142 cccaaagactctcaacctttagtgtctaaaaccctaaaagttccctcctttg 50263193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 181; E-Value: 7e-98
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 379302 - 379051
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  379302 aagagaaccaacccttagcctttgatttc-ctaaggatcttctcttttgatttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 379204  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctca 200  Q
    ||||||  | ||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||| |||||||    
T  379203 ttcccattctcatgaatcttccccaaaaggcaccgacccttttcacaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcatgaagctttgaacctca 379104  T
Q  201 cccaaagaccctcaacctttagtatcta-aaaccctaaaagttctctcctttg 252  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  379103 cccaaagtccctcaacctttagtatctacaaatcctaaaagttctctcctttg 379051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 178; E-Value: 4e-96
Query Start/End: Original strand, 33 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 40630876 - 40630667
Alignment:
Q  33 aaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggca 132  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  40630876 aaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaaagactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatcttccccaaaaggca 40630777  T
Q  133 ccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaac 232  Q
    |||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40630776 ccaacccttttcacaaaagctccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaac 40630677  T
Q  233 cctaaaagtt 242  Q
    ||||||||||    
T  40630676 cctaaaagtt 40630667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 178; E-Value: 4e-96
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 41964339 - 41964089
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  41964339 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaaagactctctactcatgtgt 41964240  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctca 200  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||||  || |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||| |||||||    
T  41964239 ttcccaaccccatgaatctttcccaaaag--actaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcatgaagctttgaacctca 41964142  T
Q  201 cccaaagaccctcaacctttagtatcta-aaaccctaaaagttctctcctttg 252  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||    
T  41964141 cccaaagaccctcaacctttagtatctacataccctaaaagttccctcctttg 41964089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 177; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 12073316 - 12073066
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 100  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  12073316 aagagaaccaacccttagcatttgatttcactaaggatcttctcttttggtttcataagactcacccaagttgctcacaaaagactcttcactcatgtgt 12073217  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaa-cctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctc 199  Q
    || |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||| |||| ||||||    
T  12073216 tttccaaccccatgaatcttc-ccaaaaggcaccaaccctttttcccaagag-cccctcttttggttctccaagatttacatcttgaagctttgaacctc 12073119  T
Q  200 acccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 252  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  12073118 acccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccatcctttg 12073066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 35662364 - 35662115
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 100  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||    
T  35662364 aagagaaccaacccttagc-tttgatttc-ctaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaagaactctccattcatgtgt 35662267  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctca 200  Q
    || |||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||| |||||||    
T  35662266 tttccaaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaacccttttcctaagagccccctcttttggttctccaagattcacatattgaagctttgaacctca 35662167  T
Q  201 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 252  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  35662166 cccaaagactctcaacctttagtatctaaaatcctaaaagttctctcatttg 35662115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 46703423 - 46703174
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 100  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||| |    
T  46703423 aagagaaccaacttttagcctttgatttc-ctaaggattttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctgacaaaagactctccattcatgt-t 46703326  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctca 200  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||| |||| |||||||    
T  46703325 ttcccatccccatgaatcttccccaaaaggcaccaacccttttcccaagagccccctcttttgattctcgaagattcacatcttgaagctttgaacctca 46703226  T
Q  201 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 252  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46703225 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 46703174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 153; E-Value: 4e-81
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 27417205 - 27417446
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 100  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||          || ||||||||||||||||||    
T  27417205 aagagaaccaacccttagtctttgatttcactaaggatcttcttttttggttttacaagactcacccaa----------aaagactctccactcatgtgt 27417294  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctca 200  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||  |||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| || |||| |||||||    
T  27417295 ttcccaaccccatgaatcttccccaaaagacaccaacccctttcccaagagccccttcttttggttctccaagattcacatcttaaagctttgaacctca 27417394  T
Q  201 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 252  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  27417395 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 27417446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 153; E-Value: 4e-81
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 33989785 - 33989535
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 100  Q
    |||||||| || ||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33989785 aagagaacaaatccttagcctttgattac-ctaaggatcttctcttttggtttcaaaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 33989687  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctca 200  Q
    ||||||| |||||||||||   |||||||||||||||| || || |||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||| |||| |||||||    
T  33989686 ttcccaatcccatgaatctctcccaaaaggcaccaacc-ttctcccaagagccccctattttggttcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctca 33989588  T
Q  201 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaa-accctaaaagttctctcctttg 252  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||    
T  33989587 cccaaagaccctcaaactttagtatctaaataccctaaaagttatctgctttg 33989535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 146; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 1 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 8648062 - 8647861
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 100  Q
    |||||||||||| | || | ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||    
T  8648062 aagagaaccaacacataacatttgatttcactaaggatcttctcttttgatttcacaagactcacccaagttgctcacaaaagactctccactcctgtgt 8647963  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctca 200  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||    
T  8647962 ttcccaaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctca 8647863  T
Q  201 cc 202  Q
    ||    
T  8647862 cc 8647861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 1 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 2209637 - 2209378
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaa-----tgactctccactca 95  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |  |       | || |     ||||||||||||||    
T  2209637 aagagaaccaacccatagcctttgatttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcgctgagaaccaacccatagcctttgactctccactca 2209538  T
Q  96 tgtgtttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaa 195  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||    
T  2209537 tgtgtttcccaaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaacccttttcccaagagtcccctcgtttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaa 2209438  T
Q  196 cctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttgctt 255  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  2209437 cctcacccaaagaccctcaatctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcatttgctt 2209378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 33 - 252
Target Start/End: Original strand, 46569822 - 46570041
Alignment:
Q  33 aaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggca 132  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||| ||||| |||||| ||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  46569822 aaggaccttctcttttggtttcataagattcacctaagttgttcacaaaagactttccactcatttgtttcccaaccccatgaatctttcccaaaaggca 46569921  T
Q  133 ccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaac 232  Q
    |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  46569922 ccaatccttttcacaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacctaaagaccttcaacatttagtatctaaaac 46570021  T
Q  233 cctaaaagttctctcctttg 252  Q
    ||||||| ||| ||||||||    
T  46570022 cctaaaatttccctcctttg 46570041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 109; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 33089811 - 33089582
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 100  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||  | ||||||||||||||||||| ||           |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33089811 aagagaaccaacctttagcctttgatttt-ctaaggatcttctcttttggtctc-----------ccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 33089724  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatct-tctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctc 199  Q
    ||  | ||||||||||||| |||||||||| |||||||| | | | |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||    
T  33089723 ttttcgaccccatgaatctctctccaaaagacaccaaccctctcc-caagagccccctcttttgattctccaagattcacatcttcaaactttgaacctc 33089625  T
Q  200 acccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagtt 242  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||    
T  33089624 acccaaagaccctcaatctttagtatctaaatacctaaaagtt 33089582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 97; E-Value: 9e-48
Query Start/End: Original strand, 140 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 8653385 - 8653273
Alignment:
Q  140 ttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaa 239  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8653385 ttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaa 8653286  T
Q  240 gttctctcctttg 252  Q
    |||||||||||||    
T  8653285 gttctctcctttg 8653273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 116 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 10071693 - 10071558
Alignment:
Q  116 atcttctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctcacccaaagaccctcaa 215  Q
    |||||||||||||  || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||    
T  10071693 atcttctccaaaaa-catcaacccttttcacaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttaaagctttgaacctcacccaaagaccctcaa 10071595  T
Q  216 cctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 252  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  10071594 cctttagtatctaaaaccttaaaagttccctcctttg 10071558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 87; E-Value: 9e-42
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 35370582 - 35370833
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 100  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| | ||| ||||||| ||||||| ||   |||||||||||||||||| ||||| ||||||||  | |||| |    
T  35370582 aagagaaccaaccattagcctttgatttcccaaag-atcttctattttggtatccatagactcacccaagttgcttacaaa-gactctcctttgatgttt 35370679  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatct-tctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctctttt-ggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacct 198  Q
    ||  ||||| ||||||||| | || |||||| ||||||| | | | ||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||| || |||| |||||    
T  35370680 ttatcaacctcatgaatctctttcgaaaagggaccaaccctctcc-caagaaccccctcttttaggttctccaagattcacatcttaaagctttgaacct 35370778  T
Q  199 cacccaaagaccctcaacctttagtatctaaa-accctaaaagttctctcctttg 252  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||    
T  35370779 ctcccaaagaccctcaacctttagtatctaaataccttaaaagttccctcctttg 35370833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 1 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 3786013 - 3785790
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 100  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||| | |||||| |||||||||||| || |||||||| | ||| ||||||||||| ||||||||  | | ||||    
T  3786013 aagagaaccaactcttagcctttgatttc-ctaaggatattctcttttggtctcccaagactcgcacaatttgctcacaaa-gactctcctttgaagtgt 3785916  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatct-tctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctc 199  Q
    | | | ||||||| | ||| ||  ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||| || |||    
T  3785915 tcctcgaccccataattctctcctcaaaaggcaccaacccttttc-caagagccccctcttttggttcttcaagattcacatcttgaagctttgaatctc 3785817  T
Q  200 acccaaagaccctcaacctttagtatc 226  Q
     || |||||| ||||||||||||||||    
T  3785816 gcctaaagactctcaacctttagtatc 3785790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 131 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 10072065 - 10071963
Alignment:
Q  131 caccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaa 230  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10072065 caccaacccttttcacaagagccccctcttttagttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaa 10071966  T
Q  231 acc 233  Q
    |||    
T  10071965 acc 10071963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 82; E-Value: 8e-39
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 22882998 - 22883248
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 100  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||||  | ||||||||||||||||||| ||  ||||||| ||||| ||||||||||| |||||||   | ||||||    
T  22882998 aagagaaccaaccattatcctttgatttt-ctaaggatcttctcttttggtctcctaagactcgcccaaattgctcacaaa-gactctcatttgatgtgt 22883095  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatct-tctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctc 199  Q
    |||| ||||| |||| ||| ||||||||||| | || || | | | ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||    
T  22883096 ttcctaaccctatgagtctctctccaaaaggtatcagccctctcc-caagagccccctctttttgttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctc 22883194  T
Q  200 acccaaagaccctcaacctttagtatctaaa-accctaaaagttctctcctttg 252  Q
    || |||| |  |||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||| ||||    
T  22883195 actcaaatagtctcaacctttagtatctaaataccctaaaatttccctcatttg 22883248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 82; E-Value: 8e-39
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 22934662 - 22934912
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 100  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||||  | ||||||||||||||||||| ||  ||||||| ||||| ||||||||||| |||||||   | ||||||    
T  22934662 aagagaaccaaccattatcctttgatttt-ctaaggatcttctcttttggtctcctaagactcgcccaaattgctcacaaa-gactctcatttgatgtgt 22934759  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatct-tctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctc 199  Q
    |||| ||||| |||| ||| ||||||||||| | || || | | | ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||    
T  22934760 ttcctaaccctatgagtctctctccaaaaggtatcagccctctcc-caagagccccctctttttgttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctc 22934858  T
Q  200 acccaaagaccctcaacctttagtatctaaa-accctaaaagttctctcctttg 252  Q
    || |||| |  |||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||| ||||    
T  22934859 actcaaatagtctcaacctttagtatctaaataccctaaaatttccctcatttg 22934912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 34112535 - 34112314
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 100  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||||| | ||||||||||  ||||| |||  ||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  34112535 aagagaaccaaactttagcctttgatttc-ctaaggatcttcagttttgtttttccaagattcatccaagttgctcacagatgactctccactcatgtgt 34112437  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatct-tctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctc 199  Q
    || |||||||| |||| || || |||||||||||||||| |||||  ||||||| | ||||| |||| ||||||| |||||  | || | ||| || |||    
T  34112436 tttccaaccccgtgaacctctccccaaaaggcaccaacccttttc-taagagcctcgtctttaggttatccaagattcacaattggacattttgaatctc 34112338  T
Q  200 acccaaagaccctcaacctttagt 223  Q
    || ||||||||||||| |||||||    
T  34112337 acacaaagaccctcaatctttagt 34112314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 82 - 251
Target Start/End: Original strand, 38811404 - 38811573
Alignment:
Q  82 tgactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatct-tctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcaca 180  Q
    |||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||| ||  |||||| |||||||| ||| | |||||||||| ||||| |||||||||||| |||||    
T  38811404 tgactctccacttatgtgtttcctaacctcatgaatctctccgcaaaagacaccaaccctttcc-caagagcccc-tctttgggttctccaagattcaca 38811501  T
Q  181 tcttgaaacttttaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaa-aaccctaaaagttctctccttt 251  Q
    |||| || |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||    
T  38811502 tcttaaagctttgaacctcacccaaataccctcaacctttagtatctaagtaccctaaaagttccctccttt 38811573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #29
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 1 - 230
Target Start/End: Original strand, 35369685 - 35369912
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |   || |||||||| ||||| | ||   |||||||||||||||||| ||||| |||| ||   | ||||||    
T  35369685 aagagaaccaacccttagcctttgattccc--aaagatcttctattttgctatccatagactcacccaagttgcttacaaa-gactatcttttgatgtgt 35369781  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatct-tctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctctttt-ggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacct 198  Q
    |||  |||| ||||||||| | || |||||| ||||||| | | | ||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||| || |||| |||||    
T  35369782 ttctaaacctcatgaatctctttcgaaaagggaccaaccctctcc-caagaaccccctcttttaggttctccaagattcacatcttaaatctttgaacct 35369880  T
Q  199 cacccaaagaccctcaacctttagtatctaaa 230  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35369881 cacccaaagaccctcaacctttagtatctaaa 35369912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #30
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 33 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 12119431 - 12119281
Alignment:
Q  33 aaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggca 132  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| || ||||| ||||||||| ||||||||||||||||| | ||| || |    
T  12119431 aaggatcttctcttttggtttcacaagacacacccaaattgctcacaaatgattcaccactaatgtgtttcgcaaccccatgaatcttcccaaaagggaa 12119332  T
Q  133 ccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatctt 184  Q
    ||||||  |||| ||||||  |||| ||||  |||||||||| ||| |||||    
T  12119331 ccaacc-ctttcccaagagttcccttttttaattctccaagattcatatctt 12119281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #31
Raw Score: 64; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 1 - 230
Target Start/End: Original strand, 26699690 - 26699920
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 100  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||| ||  ||| ||| |||||||| ||||   |||||||| |  ||||| |||| ||||| ||||||||||||| |    
T  26699690 aagagaaccaacctttaacctttgattacataaag-atcatctcttttagttttctaagactcatctgagttgttcactaatgaatctccactcatgtat 26699788  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctcc-aaaaggcaccaacctttttcacaagagccccct-cttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacct 198  Q
     |||| |||||||||||||  ||  |||||||||||||| ||||  ||||| |||||| | ||||| |||| |||| ||||||||||||  ||| |||||    
T  26699789 ctcccgaccccatgaatctcttctgaaaaggcaccaaccctttttccaagatcccccttcatttggctctctaagattcacatcttgaagttttgaacct 26699888  T
Q  199 cacccaaagaccctcaacctttagtatctaaa 230  Q
    || ||||||| | |||||||||||||||||||    
T  26699889 caaccaaagatcttcaacctttagtatctaaa 26699920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #32
Raw Score: 57; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 1 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 41961334 - 41961110
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagtt-----gctcacaaatgactctccactca 95  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||| |||| ||||||| || |||||||||||||||||     ||||||| | ||||||||  | |    
T  41961334 aagagaaccaacccttagcttttgatttc-ctaaggatattcttttttggtctcccaagactcacccaagttacgttgctcacata-gactctcctttaa 41961237  T
Q  96 tgtgtttcccaaccccatgaatct-tctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaactttta 194  Q
    ||||||||||||||| |||||||| || |||||| ||||| ||||| | | | |||||||||| ||| |||||| ||||| |||||| | || ||||| |    
T  41961236 tgtgtttcccaaccc-atgaatctctccccaaaaagcaccgaccttctcc-ctagagccccctttttcggttctacaagattcacatttggacactttga 41961139  T
Q  195 acctcaccc-aaagaccctcaacctttag 222  Q
    | ||||||| ||||||||||| |||||||    
T  41961138 atctcaccccaaagaccctcaccctttag 41961110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #33
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 14 - 230
Target Start/End: Original strand, 22629147 - 22629361
Alignment:
Q  14 cttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgtttcccaaccccat 113  Q
    |||||||||||||||  | ||||||||| | | ||||| || ||||| |||| ||| ||||||| | || ||||||| |||||||||||| |||||||||    
T  22629147 cttagcctttgatttt-ctaaggatcttttatgttggtctcccaagattcactcaaattgctcagagat-actctcctctcatgtgtttctcaaccccat 22629244  T
Q  114 gaat--cttctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctcacccaaagaccc 211  Q
     |||  |||| ||||||||||| |||| ||||  ||| |  | ||| |||||||||||||||| ||||||||||||  ||| || |||||||| |||| |    
T  22629245 aaatatcttc-ccaaaaggcactaaccattttt-caatattctcctattttggttctccaagattcacatcttgaacttttaaatctcacccagagacac 22629342  T
Q  212 tcaacctttagtatctaaa 230  Q
    | |||||||||| ||||||    
T  22629343 tgaacctttagtttctaaa 22629361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #34
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 33 - 199
Target Start/End: Original strand, 25723493 - 25723658
Alignment:
Q  33 aaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatct-tctccaaaaggc 131  Q
    |||| |||||||||| ||| |  ||| ||||||  |||||| ||||||| |||||||   | |||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||    
T  25723493 aagggtcttctctttcggtctaccaaaactcacttaagttgttcacaaa-gactctcttttgatgtgtttcccaaccccacgaagctctctccaaaaggc 25723591  T
Q  132 accaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctc 199  Q
    |  |||| || || ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||| ||||||    
T  25723592 attaaccattatc-caagagctccctcttttggttctccaagattcacattttgaagctttgaacctc 25723658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #35
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 141 - 252
Target Start/End: Original strand, 47514885 - 47514997
Alignment:
Q  141 tttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaa-aaccctaaaa 239  Q
    |||| |||||| || |||||||||||| |||||| ||| |||||||| |||| ||| |||||| |||||| |||||||||||| | |||  |||||||||    
T  47514885 tttcccaagagtccactcttttggttcaccaagattcatatcttgaagctttgaacttcacccgaagaccttcaacctttagtgtttaagtaccctaaaa 47514984  T
Q  240 gttctctcctttg 252  Q
    |||| ||| ||||    
T  47514985 gttcactcatttg 47514997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #36
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 33 - 184
Target Start/End: Original strand, 6200140 - 6200291
Alignment:
Q  33 aaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatct-tctccaaaaggc 131  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||| ||| |||| |||||||  || |||||||  |||||||||||| ||||||||   |||| || ||||||||     
T  6200140 aaggatcttctcttttggtatctcaagattcatccaaattgctca-taaggactctcatctcatgtgtttctcaaccccacatatctctccccaaaagga 6200238  T
Q  132 accaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatctt 184  Q
    ||| | || | || ||||||| || |||||| |||||||||||  ||||||||    
T  6200239 acccaactctgtcccaagagctccatcttttagttctccaagatacacatctt 6200291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #37
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 170 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 32091326 - 32091265
Alignment:
Q  170 caagactcacatcttgaaacttttaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaa 231  Q
    ||||| ||||||||||||  ||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  32091326 caagattcacatcttgaagttttgaacctcactcaaagaccctcaacatttagtatccaaaa 32091265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #38
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 156 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 6719355 - 6719259
Alignment:
Q  156 ctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaa-aaccctaaaagttctctccttt 251  Q
    ||||||| ||| ||||||| |||||||||||| |||| || ||||||| || ||| |||||||||||  |||||    |||||||||||||||||||    
T  6719355 ctcttttagttttccaagattcacatcttgaacctttgaatctcaccctaaaaccttcaacctttagcctctaagttgcctaaaagttctctccttt 6719259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #39
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 4 - 80
Target Start/End: Complemental strand, 32091399 - 32091324
Alignment:
Q  4 agaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaa 80  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||| | |||||||||||| | |||| || ||| ||| |||||||||| ||||||    
T  32091399 agaaccaacactttgcctttgatttc-ctaaggatcttctcctctggtctcccaaaacttacccaagttgttcacaa 32091324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 210; Significance: 1e-115; HSPs: 30)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 1 - 242
Target Start/End: Original strand, 42298219 - 42298460
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 100  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  42298219 aagagaaccaactcttagcctttgatttcacttaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcgcaaatgactctccactcatgtgt 42298318  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctca 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||    
T  42298319 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcacaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctca 42298418  T
Q  201 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagtt 242  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42298419 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagtt 42298460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 208; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 11348622 - 11348371
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11348622 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 11348523  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctca 200  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  11348522 tttccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccagaccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaaactttgaacctca 11348423  T
Q  201 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 252  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  11348422 cccaaagaccctcaacccttagtatctaaaaccctaaaagttccatcctttg 11348371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 37168221 - 37167970
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 100  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  37168221 aagagaatcaacctttagcctttgatttcactaaggatcttctcttttagtttcacaagactcacccaagttgctcacaaaagactctccactcatgtgt 37168122  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctca 200  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||    
T  37168121 ttcccaaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctca 37168022  T
Q  201 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 252  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||    
T  37168021 cccaaaaaccctcaacctttagtatctaaaactgtaaaagttccctcctttg 37167970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 37879155 - 37879406
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 100  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  37879155 aagagaaccaatccttagcctttgatttcactaaggatcttctcttttgatttcacaagactcacccaagttgctcacaaaagactctccactcatgtgt 37879254  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctca 200  Q
    ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||    
T  37879255 ttcccaaccccatgaattttccccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctctttttgttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctca 37879354  T
Q  201 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 252  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||  |||||||    
T  37879355 cccaaagatcctcaacatttagtatctaaaaccctaacagttccttcctttg 37879406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 191; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 37033317 - 37033564
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37033317 aagagaaccaacccatagcctttgatttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 37033416  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctca 200  Q
    ||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||    
T  37033417 ttcccaacctcatgaatcttcctcaaaaggcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctca 37033516  T
Q  201 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 252  Q
    ||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||| ||||||||    
T  37033517 cccaaagaccctcaacctttag----taaaaccctaaaagttccctcctttg 37033564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 193535 - 193285
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||| |||||||    
T  193535 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcatccaagttgctcacaaaagactcttcacacatgtgt 193436  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctca 200  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||| |||||||    
T  193435 ttcccaaccccatgaatcttc-ccaaaaggcaccaaccttttccccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcatgaagctttgaacctca 193337  T
Q  201 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 252  Q
    || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  193336 ccgaaagaccctcaacctttaatatctaaaaccctaaaagttatctcctttg 193285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 13547333 - 13547584
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  13547333 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagtatcttctcttttggtttcacaagattcacccaagttgctcacaaaagactctccactcatgtgt 13547432  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctca 200  Q
    || |||||||||||||| |||  ||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||| |||||||    
T  13547433 tttccaaccccatgaattttcctcaaaaggcaccgacccttttcacaagagctccctcttttggttatccaagattcacatcttgaagctttgaacctca 13547532  T
Q  201 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 252  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  13547533 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaactctaaaagttctctcctttg 13547584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 13549244 - 13549495
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  13549244 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagtatcttctcttttggtttcacaagattcacccaagttgctcacaaaagactctccactcatgtgt 13549343  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctca 200  Q
    || |||||||||||||| |||  ||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||| |||||||    
T  13549344 tttccaaccccatgaattttcctcaaaaggcaccgacccttttcacaagagctccctcttttggttatccaagattcacatcttgaagctttgaacctca 13549443  T
Q  201 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 252  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  13549444 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaactctaaaagttctctcctttg 13549495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 29136171 - 29135921
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 100  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |    
T  29136171 aagagaactaacccttagcctttgatttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaaaaactctccactcatgttt 29136072  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctca 200  Q
    |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||    
T  29136071 ttcc-aaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaacccttttcccaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctca 29135973  T
Q  201 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 252  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  29135972 ctcaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 29135921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 28242312 - 28242061
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28242312 aagagaaccaacccatagcctttgatttcactaaggatattctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 28242213  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctca 200  Q
    |||||||||  |||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||| |||||||    
T  28242212 ttcccaaccttatgaatcttc-ccaaaaggcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacattttgaagctttgaacctca 28242114  T
Q  201 cccaaagaccctcaacctttagtatcta-aaaccctaaaagttctctcctttg 252  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||    
T  28242113 cccaaagaccctcaacctttagtatctacataccctaaaagttccctcctttg 28242061  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 181; E-Value: 7e-98
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 7482476 - 7482726
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 100  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  7482476 aagagaaccaacccttagc-tttgatttc-ctaaggatcttctctttttgtttcacaagactcacccaagttgctcacaaaagactctccactcatgtgt 7482573  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacctttttcacaagag-ccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctc 199  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||    
T  7482574 ttcccaaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaacccttttcccaagagcccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctc 7482673  T
Q  200 acccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 252  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  7482674 acccaaagaccctcaaccgttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttg 7482726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 180; E-Value: 3e-97
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 34603499 - 34603249
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||    
T  34603499 aagagaaccaacccttagcctttgatttc-ctaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaaagacttttcactcatgtgt 34603401  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctca 200  Q
    || |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||| |||    
T  34603400 tttccaaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaacccttttcccaagagctccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacatca 34603301  T
Q  201 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 252  Q
    |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  34603300 cccaaagaccttcaacctttaatatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 34603249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 176; E-Value: 7e-95
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 34602584 - 34602834
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||    
T  34602584 aagagaaccaacccttagcctttgatttc-ctaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaaagacttttcactcatgtgt 34602682  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctca 200  Q
    || |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||  ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||| |||    
T  34602683 tttccaaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaacccttttaccaagagctccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacatca 34602782  T
Q  201 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 252  Q
    |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  34602783 cccaaagaccttcaacctttaatatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 34602834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 176; E-Value: 7e-95
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 47115095 - 47114845
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  47115095 aagagaaccaacccttagcctttgatttcattaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaaagactctccattcatgtgt 47114996  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctca 200  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||| |||||||    
T  47114995 ttcccaaccccatgaatcttc-ccaaaaggtaccaaccctgttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacagcttgaagctttgaacctca 47114897  T
Q  201 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 252  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||| || ||||||||| ||||||||    
T  47114896 cccaaagaccctcaatctttaatatctaaagccttaaaagttccctcctttg 47114845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 171; E-Value: 6e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 47255584 - 47255829
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 100  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  47255584 aagagaaccaacccttagtctttgatttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcact-aagttgctcacaaaagactctccaatcatgtgt 47255682  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctca 200  Q
    |||||||||| |||||||||| |||||||||||||    ||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||    
T  47255683 ttcccaaccc-atgaatcttccccaaaaggcacca----ttttcccaagagccccatcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctca 47255777  T
Q  201 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 252  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  47255778 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 47255829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 165; E-Value: 2e-88
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 19754418 - 19754164
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacg---aaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatg 97  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||||||||    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  19754418 aagagaaccaaccattatcctttgatttcacttataaggattttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaaagactctccactcatg 19754319  T
Q  98 tgtttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacc 197  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||| ||| ||   |||| ||||    
T  19754318 tgtttcccaaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaacccttttcacaagagccccctctcttggttttccaagattcaaatcatggtgctttgaacc 19754219  T
Q  198 tcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 252  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  19754218 tcacccaaagacccttaacctttagtatctagaaccctaaaagttccctcctttg 19754164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 19752609 - 19752359
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 100  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  19752609 aagagaaccaatcattagcctttgatttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcatctaagttgctcacaaaatactctccactcatgtgt 19752510  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctca 200  Q
    |||||||| | |||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||  |||  |||  |||||||    
T  19752509 ttcccaactcaatgaatcttccccaaaaggcaccaacc-ttttcataagagccccatcttttggttctccaagattcacattatgacgcttagaacctca 19752411  T
Q  201 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 252  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||    
T  19752410 cccaaagaccttcaacctttagtatctaaaaccctaaaaattccctcatttg 19752359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 114; E-Value: 7e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 150
Target Start/End: Original strand, 31925950 - 31926099
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 100  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||| ||||    
T  31925950 aagagaaccaaccattagcctttgatttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagtctcacccaagttgctcacaaaagattctccactcacgtgt 31926049  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacctttttcacaaga 150  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||    
T  31926050 ttcccaaacccatgaatcttccccaaaaggcaccaacccttttcacaaga 31926099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 1 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 41135743 - 41135516
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 100  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||| | || |||||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||| ||||||||  | ||||||    
T  41135743 aagagaaccaatccttagcctttaatttc-caaatgatcttctcttttggtttcctaagactcacccaagtttctcacaaa-gactctcctttgatgtgt 41135646  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatct-tctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctc 199  Q
    ||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||  | || ||| | |  ||||||||||||||||||||  |||||||||||  ||| ||||||    
T  41135645 ttcccaaccccatgaatctctccctaaaaggcaccaacc-ctctcccaaaatcttcctcttttggttctccaagatccacatcttgaaggtttgaacctc 41135547  T
Q  200 acccaaagaccctcaacctttagtatctaaa 230  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41135546 acccaaagaccctcaacctttagtatctaaa 41135516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 36 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 6808336 - 6808141
Alignment:
Q  36 gatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatct-tctccaaaaggcacc 134  Q
    ||||||||||||||||||  ||  |||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||| |  ||||||| || |    
T  6808336 gatcttctcttttggttttccattactcaccctagttgctcacaaatgactcttcattcatgtgttttccaaccccatgaatctcttcccaaaagaca-c 6808238  T
Q  135 aacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctcacccaaaga-ccctcaacctttagtatctaaaa 231  Q
    ||  | | || |||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||  ||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  6808237 aaaatctctc-caagagcccaatcttttggttctccaagattcacatcttgaagttttgaacctcacctaaagacccctcaacctttagtatctaaaa 6808141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 36 - 225
Target Start/End: Original strand, 9109680 - 9109869
Alignment:
Q  36 gatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatct-tctccaaaaggcacc 134  Q
    |||||||| ||||| |||| ||||||||| |||| ||||||||||| |||||||   | |||||| |||||||| ||||||||| || ||||||| || |    
T  9109680 gatcttctattttgatttcccaagactcatccaaattgctcacaaaagactctcatttgatgtgtctcccaacctcatgaatctctccccaaaagacatc 9109779  T
Q  135 aacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctcacccaaagaccctcaacctttagtat 225  Q
    |||| | | | || ||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||  ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  9109780 aaccctctcc-catgagtccccttttttggttctccaagattcacatcttgaagttttgaacctcacccaaataccctcaacctttagtat 9109869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 6 - 230
Target Start/End: Original strand, 16216745 - 16216966
Alignment:
Q  6 aaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgtttccc 105  Q
    ||||||| | |||||||||||||| | ||||||||||||||||   ||  ||| | |||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||    
T  16216745 aaccaactcgtagcctttgatttc-ctaaggatcttctcttttaagttttcaaaattcactcaagttgctcacaa-tgactctcctctcatgtgtttgcc 16216842  T
Q  106 aaccccatgaatct-tctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctcaccca 204  Q
    ||| | |||||| | | ||||||| ||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||| |||||   |||||||||| |||| ||  |||||||    
T  16216843 aacac-atgaatttctatccaaaatgcaccaacccttttcg-aagagccccctcttttggttcttcaagatatacatcttgaacctttgaatatcaccca 16216940  T
Q  205 aagaccctcaacctttagtatctaaa 230  Q
    |||||||| |||||||||| ||||||    
T  16216941 aagacccttaacctttagtttctaaa 16216966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #23
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 1 - 167
Target Start/End: Original strand, 12318726 - 12318890
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| | || ||| |||| ||||||| || |||||||||||||||||||||| |||  |||||||  | ||||||    
T  12318726 aagagaaccaacccttagcctttgatttc-caaaagattttctattttggtctcccaagactcacccaagttgctcataaa-aactctcctttgatgtgt 12318823  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttct--ccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttc 167  Q
    ||| ||| || ||||| |||||  ||||||||||||||||  | || ||||||||| ||| ||||||||    
T  12318824 ttctcaatcctatgaa-cttctccccaaaaggcaccaacc-ctctcccaagagccctctcatttggttc 12318890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #24
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 13 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 22079233 - 22079039
Alignment:
Q  13 ccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgtttcccaacccca 112  Q
    ||||||||||||||||||  ||| ||||| | |||||||||  ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||  | ||||||||||||||        
T  22079233 ccttagcctttgatttcat-aagcatcttatattttggtttgccaagactcacctaagttgctcacaaa-gactctcccttgatgtgtttcccaac---- 22079140  T
Q  113 tgaatcttctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctcacccaaagaccct 212  Q
           || ||||| | ||||||||  |  | |||  ||||||||||||||||||  |||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||    
T  22079139 -------tccccaaacgacaccaacc-ctcacccaattgccccctcttttggttctttaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccct 22079048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #25
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 157 - 231
Target Start/End: Original strand, 31928208 - 31928282
Alignment:
Q  157 tcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaa 231  Q
    |||||||||| || |||| |||||||||||| |||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  31928208 tcttttggttttctaagattcacatcttgaagctttgaacctcatccaaagactctcaacctttagtatctaaaa 31928282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #26
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 66 - 143
Target Start/End: Original strand, 4535783 - 4535861
Alignment:
Q  66 ccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatct-tctccaaaaggcaccaaccttttt 143  Q
    |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||  ||||||||||||||| |  ||||||| |||||||| ||||    
T  4535783 ccaagttgctcacaaacgactatccactcatgtgtttttcaaccccatgaatctattcccaaaagacaccaaccctttt 4535861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #27
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 141 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 3331328 - 3331255
Alignment:
Q  141 tttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctcacccaaagaccctca 214  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||   ||| || |||||| |||||||||||    
T  3331328 tttcccaagagccccctcttttggttctctaagattcacatcttgatcatttaaatctcacctaaagaccctca 3331255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #28
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 96 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 6068447 - 6068290
Alignment:
Q  96 tgtgtttcccaaccccatgaatcttctcc-aaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaactttta 194  Q
    ||||||||||||||  ||||||||  ||| ||||| |||||||||||| |  ||||||||||||||||||||| |  ||| |||| |||| |   ||| |    
T  6068447 tgtgtttcccaaccttatgaatctcttcccaaaagacaccaaccttttcct-aagagccccctcttttggttcccttagattcacgtcttcatcatttga 6068349  T
Q  195 acctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaa-aaccctaaaagttctctcctttg 252  Q
    | |||| ||||||||||||||| |||||  | |||   |||||||||||||||||||||    
T  6068348 atctcatccaaagaccctcaacttttagcctttaagttccctaaaagttctctcctttg 6068290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #29
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 33 - 88
Target Start/End: Complemental strand, 25651977 - 25651922
Alignment:
Q  33 aaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactct 88  Q
    |||||||||| |||||| |||| ||||| |||||||||||||||||| || |||||    
T  25651977 aaggatcttcacttttgctttcccaagattcacccaagttgctcacatataactct 25651922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #30
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 93 - 186
Target Start/End: Original strand, 38747052 - 38747144
Alignment:
Q  93 tcatgtgtttcccaaccccatgaatct-tctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttga 186  Q
    |||||||||| ||||||| ||||| || ||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||  |||||||| || |||| ||| |||||||    
T  38747052 tcatgtgttttccaaccctatgaacctctctccaaaaggcaccaaccctttt-tcaagagccccc-gttttggttgtctaagattcatatcttga 38747144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 208; Significance: 1e-114; HSPs: 14)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 208; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 1631976 - 1632227
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  1631976 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaaagactctccactcatgtgt 1632075  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctca 200  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||| |||||||    
T  1632076 ttcccaaccccatgaatcttccccaaaagacaccaacccttttcacaagagccccctcttttggttccccaagattcacatcttgaagctttgaacctca 1632175  T
Q  201 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 252  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  1632176 ctcaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 1632227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 42288354 - 42288604
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  42288354 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaaagactctccactcatgtgt 42288453  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctca 200  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||  ||| |||||||    
T  42288454 ttcccaaccccatgaatcttc-ccaaaaggcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttcttcaagattcacatcttgaagttttgaacctca 42288552  T
Q  201 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 252  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  42288553 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcatttg 42288604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 45726853 - 45726603
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45726853 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaaggatcttctcttttggtttcacatgactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 45726754  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctca 200  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||    
T  45726753 ttccaaaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaacc-ctttcccaagagctccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctca 45726655  T
Q  201 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 252  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  45726654 cccaaagactctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcatttg 45726603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 35447128 - 35447379
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  35447128 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagtatcttctcttttggttttacaagactcacccaagttgctcacaaaagactctccactcatgtgt 35447227  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctc-caagactcacatcttgaaacttttaacctc 199  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  35447228 ttcccaaccccatgaatctttcccaaaaggcaccaacccttttcacaagag-cccctcttttggttctctcaagactcacatcttgaagctttgaacctc 35447326  T
Q  200 acccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 252  Q
    || |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35447327 acacaaatactctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 35447379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 2 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 17450513 - 17450264
Alignment:
Q  2 agagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactc-tccactcatgtgt 100  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| | | |||||||||    
T  17450513 agagaatcaacccttagcctttgatttc-ctaatgatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagtttctcacaattgactccttcgctcatgtgt 17450415  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctca 200  Q
    |||||| |||||||||||||   |||| |||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||    
T  17450414 ttcccatccccatgaatctttcacaaagggcaccaaccctttcc-caagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctca 17450316  T
Q  201 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 252  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  17450315 ctcaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 17450264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 20 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 33648075 - 33647841
Alignment:
Q  20 ctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatct 119  Q
    |||||||||| | ||||||||||||||||||||| | ||||||| || |||| ||| ||||||||||||| |||||| ||||| |||||| | |||||||    
T  33648075 ctttgatttccctaaggatcttctcttttggttttataagactcgcctaagtagctaacaaatgactctctactcatatgttttccaacctcgtgaatct 33647976  T
Q  120 -tctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctcacccaaagaccctcaacct 218  Q
     ||  ||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  33647975 ctcctcaaaaggcaccaacccttttcccaagagcctcctcttttgattctccaagattcacatcttgaaactttgaacctcacccaaagaccttcaacct 33647876  T
Q  219 ttagtatctaaa-accctaaaagttctctcctttg 252  Q
    |||||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  33647875 ttagtatctaaatactctaaaagttctctcctttg 33647841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 4 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 24397977 - 24397739
Alignment:
Q  4 agaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgtttc 103  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||  | |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||     
T  24397977 agaaccaacccttagc-tttgacttt-ctaaggatattctcttttggtttcacaagactaacccaaattggtcacaaatgactctccactcatgtgttta 24397880  T
Q  104 ccaaccccatgaatct-tctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctcacc 202  Q
    ||| ||| |||| ||| || | |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||| ||||||||     
T  24397879 ccagcccgatgagtctctccctaaaaggcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacattttgaagctttgaacctcaca 24397780  T
Q  203 caaagaccctcaacctttagtatctaaa-accctaaaagtt 242  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  24397779 caaagaccgtcaacctttagtatctaaataccctaaaagtt 24397739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 67 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 7451158 - 7450975
Alignment:
Q  67 caagttgctcacaaatgactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggtt 166  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| || ||||| ||| |  ||||||||||||||||||||    
T  7451158 caagttgctcacaaatgactctccactcatgtgttttccaaccccataaatcttctccaaaagtcatcaaccctttaccaaagagccccctcttttggtt 7451059  T
Q  167 ctccaagactcacatcttgaaacttttaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctccttt 251  Q
    |||||||| ||||||| |||| |||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  7451058 ctccaagattcacatcctgaagctttgaacctcacccaaagacgc-caacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctccttt 7450975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 5 - 258
Target Start/End: Original strand, 42261859 - 42262111
Alignment:
Q  5 gaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgtttcc 104  Q
    ||||||| || |||| ||||||||| | || ||| | |||||||||| ||  ||||||| ||||||||||||| |||  |||||||  | ||||||||||    
T  42261859 gaaccaatccgtagcttttgatttc-ctaatgatatactcttttggtctcgtaagactcgcccaagttgctcataaaa-actctcctttgatgtgtttcc 42261956  T
Q  105 caaccccatgaatct-tctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctcaccc 203  Q
    ||| ||||||||||| || || ||||||||||||| | | || ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||    
T  42261957 caatcccatgaatctctcacctaaaggcaccaaccctctcca-aagagcccccttttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcaccc 42262055  T
Q  204 aaagaccctcaacctttagtatcta-aaaccctaaaagttctctcctttgcttctc 258  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| || |||||||| |||||    
T  42262056 aaagaccctcaacctttagtatctacataccctaaaagctccctcctttggttctc 42262111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 44 - 252
Target Start/End: Original strand, 30218321 - 30218529
Alignment:
Q  44 cttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatct-tctccaaaaggcaccaacctttt 142  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| || |||||  |  |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||| | |     
T  30218321 cttttggtttcgcaagactcactcaagttgctcacaaa-gattctcctttggtgtgtttcccaaccccatgaatctctccccaaaaggcactaac-tctc 30218418  T
Q  143 tcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaa-accctaaaagt 241  Q
    || ||  ||||| |  |||||||| ||||||| |||||| ||||   ||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||    
T  30218419 tcccataagccctcatttttggttgtccaagattcacattttgatgttttgaacctcacccaaagaccctcaacatatagtatctaaataccctaaaagt 30218518  T
Q  242 tctctcctttg 252  Q
    || ||||||||    
T  30218519 tccctcctttg 30218529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 123 - 229
Target Start/End: Original strand, 40935546 - 40935651
Alignment:
Q  123 ccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctcacccaaagaccctcaacctttag 222  Q
    |||| ||||||||||| ||| | |||||||| | |||||||||||||| ||| |||||| | || ||||| || ||| ||||||| ||||||||||||||    
T  40935546 ccaataggcaccaaccctttcc-caagagcctcatcttttggttctcctagattcacatttggacactttgaatctctcccaaaggccctcaacctttag 40935644  T
Q  223 tatctaa 229  Q
    | |||||    
T  40935645 tttctaa 40935651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 6 - 81
Target Start/End: Complemental strand, 43731066 - 43730992
Alignment:
Q  6 aaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaa 81  Q
    |||||||| |||| |||||||||| | | |||| |||| |||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||    
T  43731066 aaccaacctttagactttgatttc-ctacggatattctattttggtttcccaagattcacccaaattgctcacaaa 43730992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 36 - 138
Target Start/End: Complemental strand, 16676134 - 16676031
Alignment:
Q  36 gatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatcttctcc--aaaaggcac 133  Q
    |||||||||||||||| || ||||  ||| | || ||||||| |||| ||||| | ||||| ||||||||||||  |||||| ||||||  |||||||||    
T  16676134 gatcttctcttttggtctcccaagtttcaactaacttgctcagaaataactcttctctcatatgtttcccaaccaaatgaat-ttctccttaaaaggcac 16676036  T
Q  134 caacc 138  Q
    |||||    
T  16676035 caacc 16676031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 125 - 174
Target Start/End: Original strand, 34811599 - 34811647
Alignment:
Q  125 aaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaaga 174  Q
    |||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||| ||||    
T  34811599 aaaaggcaccaacctttttc-caaaaaccccctcttttggttctctaaga 34811647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 206; Significance: 1e-113; HSPs: 12)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 206; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 4 - 252
Target Start/End: Original strand, 3808955 - 3809204
Alignment:
Q  4 agaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgtttc 103  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3808955 agaaccaacccttagcctttgatttcactaaggattttctcttttggttttacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgtttc 3809054  T
Q  104 ccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacctttttcacaagag-ccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctcacc 202  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||    
T  3809055 ccaaccccatgaatcttctccaaaaggaaccaacccttttcacaagagcccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacc 3809154  T
Q  203 caaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 252  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  3809155 caaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 3809204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 2973183 - 2973435
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||    
T  2973183 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgttcacaaatgactctgcattcatgtgt 2973282  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctca 200  Q
    ||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||    
T  2973283 ttcccaaccccatgaatcttcccaaaaaagcaccaacccttttcacaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctca 2973382  T
Q  201 cccaaagaccctcaacctttagtatcta-aaaccctaaaagttctctcctttg 252  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  2973383 cccaaagaccttcaacctttagtatctacaaaccctaaaagttccctcctttg 2973435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 5043551 - 5043301
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 100  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  5043551 aagagaaccaactcttagcctttgattccactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaaattgctcacaaaagactctccactcatgtgt 5043452  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctca 200  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||| |||| |||||||    
T  5043451 ttcccaaccccatgaatcttc-ccaaaaggcaccaacccttttcccaagagccctctcttttggttctccaagattctcatcttgaagctttgaacctca 5043353  T
Q  201 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 252  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  5043352 cccaaagaccctcaatctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 5043301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 186; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 1 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 17762913 - 17762661
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  17762913 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaaggatcttctctttttgtttcacaagactcacccaagttgctcccaaaagactctccactcatgtgt 17762814  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatct--tctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacct 198  Q
    |||||||||||||||||||   | |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | || ||| |    
T  17762813 ttcccaaccccatgaatctaacccccaaaaggcaccaaaccttttcacaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagccttgaactt 17762714  T
Q  199 cacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctccttt 251  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17762713 cacccaaagatcctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctccttt 17762661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 1 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 21593588 - 21593347
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 100  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  21593588 aagagaaccaacccttagc-tttgatttc-ctaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcaaaaatgactctccactcatgtgt 21593491  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctca 200  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||| |||||||    
T  21593490 tttccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaaccctttccccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttaaatctttgaacctca 21593391  T
Q  201 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttct 244  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  21593390 cccaaagaccctcaacatttagtatctaaaaccctaaaagttct 21593347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 180; E-Value: 3e-97
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 26830368 - 26830619
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||| |||    
T  26830368 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcgcccaagttgctcacaaatgactctgcgctcatctgt 26830467  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctca 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||| ||||| |    
T  26830468 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacctttttcccaagagactcctcttttggttctccaagattcacatcttgaagttttaaacctta 26830567  T
Q  201 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 252  Q
    | |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  26830568 ctcaaagaccctcagcctttattatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 26830619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 179; E-Value: 1e-96
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Original strand, 603324 - 603550
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 100  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  603324 aagagaaccaaccattagcctttgatttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaaggacactccactcatgtgt 603423  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctca 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||    
T  603424 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaaccctttcctcaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctca 603523  T
Q  201 cccaaagaccctcaacctttagtatct 227  Q
     |||||||||||||||||||| |||||    
T  603524 tccaaagaccctcaacctttactatct 603550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 139; E-Value: 8e-73
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 22425071 - 22425321
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 100  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||  |||||||||| ||| |||||||    
T  22425071 aagagaaccaacccttagc-tttgatttc-ctaaggatattctcttttggtttcacaagactaaccgaagttgctcttaaatgactcttcacccatgtgt 22425168  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacctttttcacaagag--ccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacct 198  Q
    ||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||| || || ||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || | ||||     
T  22425169 ttcacaaccccatgaatcttccccaaaatgcaccaacccttatcccaagaggcccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctctgaacca 22425268  T
Q  199 cacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 252  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  22425269 cacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccct-aaagttccctcctttg 22425321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 14 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 17757995 - 17757789
Alignment:
Q  14 cttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgtttcccaaccccat 113  Q
    ||||||||||||||||||  | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17757995 cttagcctttgatttcactgatgatcttctctttttgtttcacaagactcacccaagttgctcacaaaagactctccactcatgtgtttcccaaccccat 17757896  T
Q  114 gaatct--tctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctcacccaaagaccc 211  Q
    ||||||   | |||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||| || |||| || ||||||||||||||     
T  17757895 gaatctaacccccaaaatgcaccaacccttttcacaagagccccctattttggttctccaacattcacatcttcaagctttgaatctcacccaaagacca 17757796  T
Q  212 tcaacct 218  Q
    |||||||    
T  17757795 tcaacct 17757789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 61 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 26800634 - 26800443
Alignment:
Q  61 ctcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctctt 160  Q
    |||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  26800634 ctcacccaagttgctctcaatagactctccactcatgtgtttcccatccc-atgaatcttccccaaaaggcaccaacctttttcccaagagccccctctt 26800536  T
Q  161 ttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatcta-aaaccctaaaagttctctcctttg 252  Q
    |||||| |||| ||  ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||    
T  26800535 ttggttatccatgatccacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctacataccctaaaagttttctcctttg 26800443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 82; E-Value: 8e-39
Query Start/End: Original strand, 33 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 25073076 - 25072858
Alignment:
Q  33 aaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatcttctccaaa-aggc 131  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||  | ||||||| | || ||| ||||||||  | |||||||||| ||||| ||||||||  ||| || ||||    
T  25073076 aaggatcttctcttttggtttcccaagacctatccaagtttcacataaa-gactctcctttgatgtgtttccaaaccctatgaatctcttcccaagaggc 25072978  T
Q  132 accaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaa- 230  Q
    || | || ||||| ||||||||||| |||| ||||||| |||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  25072977 acaatcccttttc-caagagccccc-ctttgggttctcaaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaat 25072880  T
Q  231 accctaaaagttctctcctttg 252  Q
    ||||||||||||| || |||||    
T  25072879 accctaaaagttcacttctttg 25072858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 6 - 87
Target Start/End: Original strand, 5741040 - 5741120
Alignment:
Q  6 aaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactc 87  Q
    ||||||||||||||||||||||| || |||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||||    
T  5741040 aaccaacccttagcctttgattt-actaaggatcttcactttttgtttctcaagattcacccaaattgctcacaaaagactc 5741120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 204; Significance: 1e-111; HSPs: 21)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 6360156 - 6360407
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6360156 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaaggatcttctcttttgatttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 6360255  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctca 200  Q
    ||  |||| ||||||||||||| ||||||||||||  | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  6360256 ttttcaactccatgaatcttcttcaaaaggcaccattccttttctcaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaaacttttaacctca 6360355  T
Q  201 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 252  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6360356 cccaaagaccctcaacctttaatatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 6360407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 196; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 4512634 - 4512884
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 100  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4512634 aagagaactaacccttagcctttgatttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 4512733  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctca 200  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||| |||||||    
T  4512734 ttccaaaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaacc-ctttcccaagagccccctcttttggttctctaagattcacatcttgaagctttgaacctca 4512832  T
Q  201 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 252  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  4512833 cccaaagaccctcaacctttagaatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 4512884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 196; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 6431895 - 6431644
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 100  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  6431895 aagagaaccaacccttagcatttgatttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaaagactctacactcatgtgt 6431796  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctca 200  Q
    || |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||| |||||||    
T  6431795 tttccaaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaaccctttccccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagttttgaacctca 6431696  T
Q  201 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 252  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  6431695 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 6431644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 2390206 - 2389955
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  2390206 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaaagactatccactcatgtgt 2390107  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctca 200  Q
    || |||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||| |||||||    
T  2390106 tttccaaccccatgaatcttccccaaaagccaccaacccttttcgcaatagccccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagctttgaacctca 2390007  T
Q  201 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 252  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  2390006 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttg 2389955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 29608660 - 29608414
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  29608660 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttctattttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaaagactctccactcatgtgt 29608561  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctca 200  Q
    ||||||||||||||||||     ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||| |||||||    
T  29608560 ttcccaaccccatgaatc-----caaaaggcaccaacccttttcacaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagttttgaacctca 29608466  T
Q  201 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 252  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  29608465 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 29608414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 2361215 - 2361466
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  2361215 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaaggatcttctcttttggtttcataagactcacccaagttgctcacaaaagactctccactcatgtgt 2361314  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctca 200  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||   || || ||||    
T  2361315 ttcccaaccccatgaatcatccccaaaaggcaccaacccttttcacaagagccccctcttttgattcttcaagattcacatcttgaaggattgaatctca 2361414  T
Q  201 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 252  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  2361415 cccaaagaccctcaatctttagtatctaaaatcctaaaagttccctcctttg 2361466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 181; E-Value: 7e-98
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 34310960 - 34311212
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 100  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  34310960 aagagaaccaacctttagcctttgatttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaaagactctccactcatgtgt 34311059  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctca 200  Q
    || ||| ||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||    
T  34311060 tttccatccccatgaaccttccccaaaaggcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctca 34311159  T
Q  201 cccaaagaccctcaacctttagtatcta-aaaccctaaaagttctctcctttg 252  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||  |||||||    
T  34311160 cccaaggaccctcaacctttagtatctacataccctaaaagttccttcctttg 34311212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 177; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 48599578 - 48599819
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |    
T  48599578 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaaagactctctactcatgttt 48599677  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctca 200  Q
    || |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||          |||||||||||| |||| |||||||    
T  48599678 tttccaaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaacccttttcacaagagccccctcttttggt----------tcacatcttgaagctttgaacctca 48599767  T
Q  201 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 252  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  48599768 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 48599819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 163; E-Value: 4e-87
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 4508950 - 4509192
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 100  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4508950 aagagaaccaatccttagcctttgatttcactaaggatcttatcttttggtttcacaagactcaccaaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 4509049  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctca 200  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||| ||||||| |||||||||||||        ||||||||||||| |||| |||||||    
T  4509050 ttcccaaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaacc-ctttcccaagagctccctcttttggtt--------ctcacatcttgaagctttgaacctca 4509140  T
Q  201 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 252  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  4509141 cccaaaaaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccatcctttg 4509192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 163; E-Value: 4e-87
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 4510792 - 4511034
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 100  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4510792 aagagaaccaatcgttagcctttgatttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcaccaaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 4510891  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctca 200  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||| ||||||| |||||||||||||        ||||||||||||| |||| |||||||    
T  4510892 ttcccaaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaacc-ctttcccaagagctccctcttttggtt--------ctcacatcttgaagctttgaacctca 4510982  T
Q  201 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 252  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  4510983 cccaaaaaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccatcctttg 4511034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 3 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 3258916 - 3258671
Alignment:
Q  3 gagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgttt 102  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||| |||||    
T  3258916 gagaaccaacccttagg-tttgatttc-ctaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctaataaaagactctccactcatatgttt 3258819  T
Q  103 cccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctcacc 202  Q
    |||| |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||| |||| |||| |||||||||    
T  3258818 cccatccccatgaatcttccccaaaaggcaccaacccttttcccaagagccccatctttttgttctccaagattcacatcatgaagctttgaacctcacc 3258719  T
Q  203 caaagaccctcaacctttagtatcta-aaaccctaaaagttctctcct 249  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||    
T  3258718 caaagaccctcaacctttagtatctacataccctaaaagttccctcct 3258671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 22269897 - 22269647
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 100  Q
    |||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||  ||||||||||||||||||    
T  22269897 aagagaaccaacccatagcctatgatttcactaaggatcttctattttggtttcacaagactcacccaagtttctctcaatagactctccactcatgtgt 22269798  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctca 200  Q
    |||||  |||||||||||||| |||||||||||||| || |||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| | |||| |||||||    
T  22269797 ttcccctccccatgaatcttccccaaaaggcaccaa-ctctttcccaagag-cccctcttttggttctccaagattcacatcttgtagctttgaacctca 22269700  T
Q  201 cccaaagaccctcaacctttagtatcta-aaaccctaaaagttctctcctttg 252  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||| |||| ||||||||    
T  22269699 cccaaagaccctcaaactttagtatctacataccctaaatgttccctcctttg 22269647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 22328643 - 22328895
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 100  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| ||  |||||| ||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |    
T  22328643 aagagaaccaacccttagcttttgattacat-aaggatattctcttttagtttcccaagattcacccaagttgctcacaaatgactctctactcatgttt 22328741  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatct-tctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctc 199  Q
    |||||||||| |||||||| || |||||||||||||||  |||||  |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| |||||||||||    
T  22328742 ttcccaaccctatgaatctctccccaaaaggcaccaactcttttcctaagagccccctcttttggttctccaagatttacatcttgaagcttttaacctc 22328841  T
Q  200 acccaaagaccctcaacctttagtatctaaa-accctaaaagttctctcctttg 252  Q
      ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||    
T  22328842 caccaaagatcctcaacctttagtatctaaataccctaaaagttttctcctttg 22328895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 110 - 252
Target Start/End: Original strand, 32358189 - 32358331
Alignment:
Q  110 ccatgaatcttctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctcacccaaagac 209  Q
    |||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  32358189 ccatgaattttccccaaaaggcaccaacccttttcacaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagac 32358288  T
Q  210 cctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 252  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  32358289 cctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 32358331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 109; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 6 - 138
Target Start/End: Original strand, 8359567 - 8359699
Alignment:
Q  6 aaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgtttccc 105  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  8359567 aaccaactcttagcctttgatttcactaaggattttctcttttggtttcacaagactcatccaagttgctcacaaaagactctccactcatgtgtttccc 8359666  T
Q  106 aaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacc 138  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  8359667 aaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaacc 8359699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 87; E-Value: 9e-42
Query Start/End: Original strand, 8 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 5116551 - 5116307
Alignment:
Q  8 ccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgtttcccaa 107  Q
    ||||| |||| |||||||||||  || |||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||  ||||||||||| |||   | | |||||| ||||    
T  5116551 ccaactcttaacctttgatttcctga-ggatcttctcttttggttacccaagactcacctaagtttatcacaaatgaccctcatttgaagtgtttaccaa 5116453  T
Q  108 ccccatgaatct-tctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctcacccaaa 206  Q
     || |||||||| ||||||||||||||| ||| | | | |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||  ||| ||| ||||| |||    
T  5116452 tccaatgaatctctctccaaaaggcaccgaccctctcc-caagagccccctcttttggttctcaaagattcacatcttgaagttttgaacatcacctaaa 5116354  T
Q  207 gaccctcaacctttagtatctaaa-accctaaaagttctctcctttg 252  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| | ||||||||    
T  5116353 gaccctcaacctttagtatttaaataccctaaaagtcccctcctttg 5116307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 189 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 30814501 - 30814438
Alignment:
Q  189 cttttaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 252  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  30814501 ctttgaacctcacccaaagaccctcaaccttaagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 30814438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 110 - 217
Target Start/End: Original strand, 22552791 - 22552897
Alignment:
Q  110 ccatgaatcttctcc-aaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctcacccaaaga 208  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||||||| ||| ||  |||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||  |||| || ||||||||||||    
T  22552791 ccatgaatcttttcccaaaaggcaccaaccgtttcca--agagccccctcttttggttctctaagattcacattttgaccctttaaatctcacccaaaga 22552888  T
Q  209 ccctcaacc 217  Q
    |||||||||    
T  22552889 ccctcaacc 22552897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 9 - 184
Target Start/End: Original strand, 43363667 - 43363839
Alignment:
Q  9 caacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgtttcccaac 108  Q
    ||||||||||| ||| ||||| | || |||||||||||||||| || ||||| |||||||| |||||||| || |||||||  |||||||||||| |||     
T  43363667 caacccttagcatttaatttc-ctaaagatcttctcttttggtctctcaagattcacccaaattgctcac-aaggactctcatctcatgtgtttctcaa- 43363763  T
Q  109 cccatgaatct-tctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatctt 184  Q
    ||| ||||||| |  |||||||| ||||| |  | || ||||||| ||||||||| |||||||||||  ||||||||    
T  43363764 cccttgaatctcttcccaaaaggaaccaa-caatgtcccaagagctccctcttttagttctccaagatacacatctt 43363839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 5 - 108
Target Start/End: Original strand, 23794074 - 23794176
Alignment:
Q  5 gaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactc-tccactcatgtgtttc 103  Q
    ||||||||| ||||||||||||||  | |||||||| |||||||||| ||  | || |||||||| ||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||    
T  23794074 gaaccaaccattagcctttgatttt-ctaaggatctcctcttttggtctcttacgattcacccaaattgctcacaaa-gactcatccgctcatgtgtttc 23794171  T
Q  104 ccaac 108  Q
     ||||    
T  23794172 tcaac 23794176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 1 - 81
Target Start/End: Original strand, 1360399 - 1360478
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaa 81  Q
    ||||||||||| || || ||||||||||| | ||  || ||||||||||||||  |||||||||| |||||||||| ||||    
T  1360399 aagagaaccaatccatatcctttgatttcccaaaa-atattctcttttggttttccaagactcactcaagttgctcgcaaa 1360478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 200; Significance: 1e-109; HSPs: 19)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 11383910 - 11383659
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||| |    
T  11383910 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaaagactttccacttatgtat 11383811  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctca 200  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||    
T  11383810 ttcccaaccccatgaatcttcctcaaaaggcaccaacccttttcacaatagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctca 11383711  T
Q  201 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 252  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  11383710 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 11383659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 42435235 - 42435486
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||| |||    
T  42435235 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcactcaagttgctcacaaaagactctccattcatatgt 42435334  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctca 200  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||    
T  42435335 ttcccaaccccatgaatcttccccaaaagtcaccaacctttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctca 42435434  T
Q  201 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 252  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  42435435 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttg 42435486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 182; E-Value: 2e-98
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 44353716 - 44353468
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  44353716 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaagaatcttttcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcaccgatgactctccactcatgtgt 44353617  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctca 200  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||   |||||||  ||| |||||||    
T  44353616 tttccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaaccctcttcacaagagccccctcttttagttctccaagattc---tcttgaagttttaaacctca 44353520  T
Q  201 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 252  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  44353519 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 44353468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 159; E-Value: 9e-85
Query Start/End: Original strand, 1 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 40221669 - 40221427
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 100  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  40221669 aagagaaccaacctttagcctttgatttcactaaggatcttctcttttggttttacaagactcacctaagttgctcacaaaagactctccactcatgtgt 40221570  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctca 200  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||  |||| |||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||  | | |||||||    
T  40221569 ttcccaaccccatgaatcttccccaaaaggcactaacccctttcccaagagccccctattttggttctcgaagattcacatcttgaagttctaaacctca 40221470  T
Q  201 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttc 243  Q
     ||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  40221469 tccaaagaccttccacctttagtatcaaaaaccctaaaagttc 40221427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 156; E-Value: 6e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 40328703 - 40328476
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 100  Q
    |||||||||||| | |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  40328703 aagagaaccaactcatagcctttgatttcactaaagatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaaagactctacactcatgtgt 40328604  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctca 200  Q
    |||||| |||||||||||||| | |||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||| |||||||    
T  40328603 ttcccatccccatgaatcttccctaaaaggcaccaacccttttcccaagaaccccctcttttggttctccaagattcacatcatgaagctttgaacctca 40328504  T
Q  201 cccaaagaccctcaacctttagtatcta 228  Q
    |||||||||||| || ||||||||||||    
T  40328503 cccaaagaccctaaatctttagtatcta 40328476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 4283448 - 4283219
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||| |||||||||||||    
T  4283448 aagagaaccaacccttagcctttgatttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcaaccaagtttctcacaaaagactttccactcatgtgt 4283349  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctca 200  Q
    ||||||||||||||||||||  ||||||                      ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||| |||||||    
T  4283348 ttcccaaccccatgaatctttcccaaaa----------------------gccccctcttttggttctccaagatccacatcttgaagctttgaacctca 4283271  T
Q  201 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 252  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4283270 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 4283219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 69 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 22976389 - 22976207
Alignment:
Q  69 agttgctcacaaatgactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttct 168  Q
    ||||||||||||  |||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||  |||||||| ||||||||||||||    
T  22976389 agttgctcacaatagactcttcactcatgtgttttc-aaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaaccctttttccaagagcctcctcttttggttct 22976291  T
Q  169 ccaagactcacatcttgaaacttttaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 252  Q
    |||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  22976290 ccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaactctaaaagttcactcctttg 22976207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 60 - 252
Target Start/End: Original strand, 2999823 - 3000016
Alignment:
Q  60 actcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatctt-ctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctc 158  Q
    |||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||| | ||||||| |||||||| | | | ||||| |||||||    
T  2999823 actcgcccaagttgctcacaattgactctctactcatgtgtttctcatccccatgaatctttccccaaaagacaccaaccatatcc-caagaaccccctc 2999921  T
Q  159 ttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaa-accctaaaagttctctcctttg 252  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  2999922 ttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacatcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaattccctaaaagttctctcctttg 3000016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 94; E-Value: 6e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 40585648 - 40585397
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 100  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||| |  ||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||  | ||||||    
T  40585648 aagagaaccaacccttagtctttgatttc-ctaaggatcttctcttttggtctaccaatactcacccaaattgctcacaaa-gactctcctttgatgtgt 40585551  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatct-tctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctc 199  Q
    || | |||||||||||||| || ||||||| || ||||| | | || |||||||| |||||||| ||||| || | |||||||||||| |||| ||||||    
T  40585550 tttcaaaccccatgaatctctcaccaaaagacatcaaccctctccaaaagagcccactcttttgattctcaaatattcacatcttgaagctttgaacctc 40585451  T
Q  200 acccaaagaccctcaacctttagtatctaaa-accctaaaagttctctcctttg 252  Q
    | |||||||| || ||||||||||||||||| || ||||||||| | |||||||    
T  40585450 aaccaaagactcttaacctttagtatctaaatactctaaaagttatttcctttg 40585397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 36 - 229
Target Start/End: Original strand, 9633816 - 9634007
Alignment:
Q  36 gatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcacca 135  Q
    ||||||||| |||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||| |||||||||| |||||   |||||||| ||||    
T  9633816 gatcttctcgtttggtttcctaagattcacccaagttgctcacaaatgactctcatcttatgtgtttaccaaccccattaatctctcccaaaaggtacca 9633915  T
Q  136 acctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaa 229  Q
    ||||||||  ||||||| || ||||||| || | ||||| |||||| | || ||||| || |||||||||||||  || ||||||||| |||||    
T  9633916 accttttt--caagagcgccatcttttgattattcaagattcacatttggacactttgaatctcacccaaagacgttcgacctttagtttctaa 9634007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 9 - 80
Target Start/End: Complemental strand, 18655317 - 18655246
Alignment:
Q  9 caacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaa 80  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  18655317 caacccttagcctttgatttcactaaggatcttctcttttgatttcacaagactcaccgaagttgctcacaa 18655246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 5 - 252
Target Start/End: Original strand, 3846068 - 3846313
Alignment:
Q  5 gaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgtttcc 104  Q
    ||||||||| ||  ||||||||||| | || |||| ||||||||||| ||  |||| | |||||| ||||||||||| || ||| | |||||||||||||    
T  3846068 gaaccaaccatttacctttgatttc-caaaagatcgtctcttttggtatccaaagatttacccaatttgctcacaaa-gaatcttctctcatgtgtttcc 3846165  T
Q  105 caaccccatgaatct-tctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctcaccc 203  Q
    ||||||||||||||| || ||||||| |||||||  ||||| |||||| | | |||||||||||| ||||| ||||||  |||| |||| || ||||| |    
T  3846166 caaccccatgaatctctccccaaaagacaccaactcttttc-caagag-ctcttcttttggttcttcaagattcacattatgaacctttgaatctcactc 3846263  T
Q  204 aaagaccctcaacctttagtatctaa-aaccctaaaagttctctcctttg 252  Q
    ||  |||||||||||||||| || ||  ||||| |||||| |||||||||    
T  3846264 aagaaccctcaacctttagtttcaaagtaccctgaaagttttctcctttg 3846313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 57; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 62 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 40535713 - 40535538
Alignment:
Q  62 tcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaa-tcttctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctctt 160  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||| | ||||||||||| |||| | |||||| | || ||||||||||| ||||| ||| | ||||| |||||||||    
T  40535713 tcacctaagttgctcacaa-tgactcttctctcatgtgttttccaatcacatgaacttttatccaaaaggcatcaacccttt-ctcaagaaccccctctt 40535616  T
Q  161 ttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaa-accctaaaa 239  Q
    ||||||||  ||||  |||| ||||||||||| |||  |||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||    
T  40535615 ttggttctaaaagatccacaacttgaaactttgaac--cacccaaagaccatcaatctttagtatctaaataccctaaaa 40535538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 77 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 11136989 - 11136843
Alignment:
Q  77 acaaatgactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatct-tctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagac 175  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||| || || |||||||||| | |||  |||| ||||||||| ||||||| ||||||||| |     
T  11136989 acaaatgactctccactcatgtgttttcctacccaatgaacctctccccaaaaggcatcgaccaatttc-caagagccctctcttttagttctccaaaat 11136891  T
Q  176 tcacatcttgaaacttttaacctcacccaaagaccctcaacctttagt 223  Q
    ||| || | || | ||| || ||||||||||||||| |||||||||||    
T  11136890 tcatatttggacaatttgaatctcacccaaagacccccaacctttagt 11136843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 65 - 252
Target Start/End: Original strand, 3817641 - 3817829
Alignment:
Q  65 cccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatctt-ctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccc--cctcttt 161  Q
    ||||| ||||||||||| || ||| | || |||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||    |||||    
T  3817641 cccaatttgctcacaaa-gaatcttctcttatgtattttccaaccccatgaatctttctccaaaaggcaccaacccttttc-caagagccctaattcttt 3817738  T
Q  162 tggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaa-aaccctaaaagttctctcctttg 252  Q
    ||||||| ||||| || |||||| || |||| ||  | || || | |||||||||||||||| |||||  |||||||||||| |||||||||    
T  3817739 tggttcttcaagaatcccatcttcaacctttgaa-tttactcagaaaccctcaacctttagtttctaagtaccctaaaagttttctcctttg 3817829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 156 - 252
Target Start/End: Original strand, 20686456 - 20686552
Alignment:
Q  156 ctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaa-aaccctaaaagttctctcctttg 252  Q
    ||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||| ||| ||| ||||||| ||||||| ||||||||||||  ||||| ||||||| ||||||||    
T  20686456 ctcttttggttatccaagattcacatcttgaagctttgaacttca-ccaaagatcctcaacatttagtatctaagtaccctgaaagttccctcctttg 20686552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 1 - 81
Target Start/End: Original strand, 33655549 - 33655628
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaa 81  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||  | ||||||||||||||||| | ||  |||| |||||||| |||||||||||    
T  33655549 aagagaaccaacccttaacctttgatttt-ctaaggatcttctcttttgttctcctaagattcacccaaattgctcacaaa 33655628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 141 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 10020224 - 10020150
Alignment:
Q  141 tttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctcacccaaagaccctcaa 215  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||   ||| || |||||| ||||||||||||    
T  10020224 tttcccaagagccccctcttttggttctctaagattcacatattgatcatttgaatctcacctaaagaccctcaa 10020150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 10 - 102
Target Start/End: Complemental strand, 10020361 - 10020272
Alignment:
Q  10 aacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgttt 102  Q
    |||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||  |  |||| ||||| |||||| ||||||  |||||| | |||||||||||    
T  10020361 aacccttagcctttgatttc-ctaaggatctcctcttttggtaccctaagattcacctaagttgttcacaa--gactcttctctcatgtgttt 10020272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0286 (Bit Score: 196; Significance: 1e-107; HSPs: 1)
Name: scaffold0286
Description:

Target: scaffold0286; HSP #1
Raw Score: 196; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 11482 - 11231
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 100  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  11482 aagagaaacaacctttagcctttgattttactaatgatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcagaaatgactctccactcatgtgt 11383  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctca 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||    
T  11382 ttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaaccctttccccaagagccccatcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctca 11283  T
Q  201 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 252  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  11282 cccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 11231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014 (Bit Score: 189; Significance: 1e-102; HSPs: 1)
Name: scaffold0014
Description:

Target: scaffold0014; HSP #1
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 4 - 252
Target Start/End: Original strand, 80530 - 80778
Alignment:
Q  4 agaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgtttc 103  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  80530 agaaccaacccttagcctttgatttcactaaggatctactcttttagtttcccaagactcacccaagttgctcacaaaagactctccgctcatgtgtttc 80629  T
Q  104 ccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctcaccc 203  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| |||| ||||||||||    
T  80630 ccaaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaacccttttcataagagccccctcttttggttctccaagattcaaatcttgaagctttgaacctcaccc 80729  T
Q  204 aaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 252  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  80730 aaagaccctcaacctctagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 80778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0176 (Bit Score: 161; Significance: 6e-86; HSPs: 1)
Name: scaffold0176
Description:

Target: scaffold0176; HSP #1
Raw Score: 161; E-Value: 6e-86
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 18245 - 18495
Alignment:
Q  1 aagagaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgt 100  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  18245 aagagaaccaactcttagtctttgatttcactaaggatcttctcttttggttttacaagactcactcaagttgctcacaaataactctccactcatgtgt 18344  T
Q  101 ttcccaaccccatgaatcttctcc-aaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctc 199  Q
    || | |||| ||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||    
T  18345 tttc-aacctcatgaatcttcccccaaaaggcaccaacccttttcacaagagccccctctttttgttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctc 18443  T
Q  200 acccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 252  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||    
T  18444 acccaaagacccgcaacctttagtatctaaaa-cctataagttttctcctttg 18495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002 (Bit Score: 96; Significance: 4e-47; HSPs: 1)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 5 - 258
Target Start/End: Original strand, 490694 - 490946
Alignment:
Q  5 gaaccaacccttagcctttgatttcacgaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgtttcc 104  Q
    ||||||| || |||| ||||||||| | || ||| | |||||||||| ||  ||||||| ||||||||||||| |||  |||||||  | ||||||||||    
T  490694 gaaccaatccgtagcttttgatttc-ctaatgatatactcttttggtctcgtaagactcgcccaagttgctcataaaa-actctcctttgatgtgtttcc 490791  T
Q  105 caaccccatgaatct-tctccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctcaccc 203  Q
    ||| ||||||||||| || || ||||||||||||| | | || ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||    
T  490792 caatcccatgaatctctcacctaaaggcaccaaccctctcca-aagagcccccttttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcaccc 490890  T
Q  204 aaagaccctcaacctttagtatcta-aaaccctaaaagttctctcctttgcttctc 258  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| || |||||||| |||||    
T  490891 aaagaccctcaacctttagtatctacataccctaaaagctccctcctttggttctc 490946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0197 (Bit Score: 78; Significance: 2e-36; HSPs: 1)
Name: scaffold0197
Description:

Target: scaffold0197; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 33 - 252
Target Start/End: Original strand, 1682 - 1901
Alignment:
Q  33 aaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatct-tctccaaaaggc 131  Q
    ||||||||||||||||| | || |||||||| |||||||||||||||| ||||||||   | ||||||||| ||||  ||||||||| ||  |||||| |    
T  1682 aaggatcttctcttttgatctcccaagactcgcccaagttgctcacaa-tgactctcatatgatgtgtttctcaactacatgaatctctccacaaaagac 1780  T
Q  132 accaacctttttcacaagagccccctcttttggttctccaagactcacatcttgaaacttttaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaa- 230  Q
    ||||| | |   | |||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||  | |||||||||||||| |||||||||||||||||||     
T  1781 accaagcctcgcc-caagagtcccctcttttggttcttcaagattcacatcttgaagctttggagctcacccaaagaccttcaacctttagtatctaaat 1879  T
Q  231 accctaaaagttctctcctttg 252  Q
    ||||||||||||||||| ||||    
T  1880 accctaaaagttctctcatttg 1901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University