View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9946_low_1 (Length: 648)

Name: NF9946_low_1
Description: NF9946
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9946_low_1
NF9946_low_1
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (14-643)||(23333218-23333847)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 586; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 586; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 643
Target Start/End: Complemental strand, 23333847 - 23333218
Alignment:
Q  14 ggacatcacgaagttgaccgataaaattgtgtgccagaatgcagctgaagcagtactcccccaaagaggttgataagtttgttttatgtaattttttgct 113  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23333847 ggacataacgaagttgaccgataaaattgtgtgccggaatgcagctgaagcagtactccccccaagaggttgataagtttgttttatgtaattttttgct 23333748  T
Q  114 gttttgatatattgtgtcatgatttaccaggaaaaatgtacacattgtcgttacctcaggaactgttgttcgtgttgctgatgagctttcccttcaagag 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23333747 gttttgatatattgtgtcatgatttaccaggaaaaatgtacacattgtcgttgcctcaggaactgttgttcgtgttgctgatgagctttcccttcaagag 23333648  T
Q  214 atgcgattgctgaatacatattatgcagagcttgagaccgcaactgtaagtgattttttatatgtcaactgctttctgatgaaacaatcattataatatg 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  23333647 atgcgattgctgaatacatattatgcagagcttgagaccgcaactgtaagtgattttttatatgtcaactgctttctgatggaacaatcattataatatg 23333548  T
Q  314 ctgaattacgttggacaaaatccctaattcaaatgatttcgttggcttgcttaatgtcgtcattacgaagatgcgcacgacagggcataagataaattgc 413  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  23333547 ctgacttacgttggacaaaatccctaattcaaatgatttcgttggcttgcttaatgtcgtcattacgaagatgcgcacgatggggcataagataaattgc 23333448  T
Q  414 gaacattttaggagtttgcctctagctatgtgtaatactcccaaaaagtataacaaatttgcaaccagtgtggtggattctttttggactgccgtatttt 513  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  23333447 gaacattttaggagtttgcctctagctatgtgtaatactcccaaaaggtataacaaatttgcaaccagtgtggtggattctttttggactgctgtatttt 23333348  T
Q  514 ttcttatggagtctttctatcttgaccattaaaattaagctgagcaccagattttaattaaccaacgtaaattttgcagcattaattaactcaaaaaggt 613  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23333347 ttcttatggagtctttctgtcttgaccattaaaattaagctgagcaccagattttaattaaccaacgtaaattttgcagcattaattaactcaaaaaggt 23333248  T
Q  614 ttgcgtggaaaatagatgtttgttcttctc 643  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23333247 ttgcgtggaaaatagatgtttgttcttctc 23333218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University