View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9954_low_43 (Length: 262)

Name: NF9954_low_43
Description: NF9954
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9954_low_43
NF9954_low_43
[»] scaffold0356 (1 HSPs)
scaffold0356 (1-252)||(17858-18109)
[»] scaffold0134 (1 HSPs)
scaffold0134 (1-252)||(5242-5499)
[»] chr5 (14 HSPs)
chr5 (1-252)||(14192794-14193052)
chr5 (1-252)||(25542775-25543033)
chr5 (1-243)||(17871619-17871868)
chr5 (1-252)||(37372915-37373173)
chr5 (1-252)||(39883162-39883420)
chr5 (1-252)||(8428556-8428814)
chr5 (1-252)||(27881063-27881321)
chr5 (1-247)||(3689961-3690214)
chr5 (1-247)||(3876573-3876826)
chr5 (113-252)||(24629962-24630101)
chr5 (113-252)||(10025042-10025181)
chr5 (113-252)||(30346645-30346784)
chr5 (71-252)||(37261294-37261482)
chr5 (209-242)||(6089199-6089232)
[»] chr2 (11 HSPs)
chr2 (1-252)||(24269052-24269310)
chr2 (1-252)||(17683811-17684069)
chr2 (1-244)||(24245812-24246062)
chr2 (3-252)||(27509353-27509609)
chr2 (1-252)||(27192468-27192726)
chr2 (1-252)||(27842282-27842540)
chr2 (1-252)||(21395349-21395607)
chr2 (1-252)||(41920155-41920413)
chr2 (1-252)||(28666154-28666412)
chr2 (1-252)||(37824988-37825246)
chr2 (58-252)||(35609664-35609865)
[»] scaffold0017 (1 HSPs)
scaffold0017 (1-252)||(186534-186791)
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (1-252)||(1860656-1860914)
chr4 (1-252)||(49710152-49710409)
chr4 (1-252)||(35855886-35856144)
chr4 (1-252)||(38518075-38518333)
chr4 (1-252)||(49786810-49787068)
chr4 (113-252)||(55559139-55559278)
chr4 (1-146)||(13337320-13337472)
chr4 (1-63)||(618206-618268)
[»] chr3 (13 HSPs)
chr3 (1-252)||(10110579-10110837)
chr3 (1-252)||(10000386-10000644)
chr3 (11-252)||(50410151-50410399)
chr3 (8-252)||(10237535-10237785)
chr3 (1-252)||(52918045-52918302)
chr3 (1-252)||(10968764-10969021)
chr3 (1-252)||(13530018-13530276)
chr3 (1-252)||(32750-33008)
chr3 (1-252)||(11368625-11368885)
chr3 (1-250)||(11362239-11362496)
chr3 (65-252)||(46913050-46913244)
chr3 (21-248)||(10038623-10038847)
chr3 (113-252)||(47692948-47693087)
[»] scaffold1139 (1 HSPs)
scaffold1139 (1-248)||(983-1237)
[»] chr7 (9 HSPs)
chr7 (1-252)||(5828537-5828795)
chr7 (1-252)||(21070044-21070302)
chr7 (1-252)||(7036699-7036957)
chr7 (1-243)||(22843792-22844041)
chr7 (1-252)||(12781130-12781389)
chr7 (1-252)||(9001127-9001385)
chr7 (1-252)||(12785960-12786218)
chr7 (113-252)||(42232063-42232202)
chr7 (65-109)||(18939139-18939183)
[»] scaffold0262 (1 HSPs)
scaffold0262 (1-249)||(18988-19243)
[»] chr1 (11 HSPs)
chr1 (4-252)||(36207194-36207449)
chr1 (1-252)||(2453099-2453357)
chr1 (1-252)||(2329148-2329403)
chr1 (1-252)||(16042004-16042262)
chr1 (1-252)||(18148667-18148925)
chr1 (1-249)||(37390134-37390389)
chr1 (1-252)||(6310976-6311235)
chr1 (1-252)||(48775317-48775575)
chr1 (65-252)||(48238523-48238717)
chr1 (113-252)||(52500648-52500787)
chr1 (1-109)||(48233507-48233615)
[»] chr8 (6 HSPs)
chr8 (1-252)||(25218547-25218805)
chr8 (1-252)||(21113726-21113984)
chr8 (1-252)||(30307156-30307414)
chr8 (1-252)||(7821817-7822075)
chr8 (25-252)||(31978533-31978767)
chr8 (1-252)||(25209029-25209272)
[»] chr6 (8 HSPs)
chr6 (1-252)||(2202161-2202419)
chr6 (1-252)||(10187523-10187781)
chr6 (1-252)||(18344104-18344362)
chr6 (1-243)||(30881315-30881564)
chr6 (1-252)||(15333622-15333880)
chr6 (1-250)||(29640010-29640266)
chr6 (1-250)||(31510181-31510437)
chr6 (113-252)||(12517367-12517506)
[»] scaffold0073 (2 HSPs)
scaffold0073 (1-252)||(31912-32169)
scaffold0073 (25-252)||(19436-19670)
[»] scaffold0002 (1 HSPs)
scaffold0002 (1-252)||(321318-321576)
[»] scaffold0550 (1 HSPs)
scaffold0550 (1-252)||(554-812)
[»] scaffold0090 (1 HSPs)
scaffold0090 (1-252)||(48918-49176)
[»] scaffold0003 (2 HSPs)
scaffold0003 (1-248)||(182794-183048)
scaffold0003 (1-250)||(165511-165768)
[»] scaffold0025 (1 HSPs)
scaffold0025 (33-252)||(16663-16889)
[»] scaffold0118 (1 HSPs)
scaffold0118 (113-252)||(28735-28874)
[»] scaffold0888 (1 HSPs)
scaffold0888 (134-252)||(24-142)
[»] scaffold1424 (1 HSPs)
scaffold1424 (176-252)||(1627-1703)
[»] scaffold0107 (1 HSPs)
scaffold0107 (1-57)||(39937-39993)


Alignment Details
Target: scaffold0356 (Bit Score: 232; Significance: 1e-128; HSPs: 1)
Name: scaffold0356
Description:

Target: scaffold0356; HSP #1
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 17858 - 18109
Alignment:
Q  1 aaatgaaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacct 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17858 aaatgaaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacct 17957  T
Q  101 tggtgacccgctcaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaag 200  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17958 tggtgatccgctcaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgatttagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaag 18057  T
Q  201 agtatttaagctttgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 252  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||    
T  18058 agtatttaagctttgattctgtttgccgatcgggtgaaaattatgatgtcca 18109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0134 (Bit Score: 207; Significance: 1e-113; HSPs: 1)
Name: scaffold0134
Description:

Target: scaffold0134; HSP #1
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 5242 - 5499
Alignment:
Q  1 aaatgaaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacct 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  5242 aaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatctattgatgtcacttatagactttgtgtatctcgatttgaatgataacct 5341  T
Q  101 tggtgacccgct------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaag 194  Q
    ||||||||||||      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  5342 tggtgacccgctattttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgatttcaggtgaag 5441  T
Q  195 agaaagagtatttaagctttgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 252  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5442 agaaagagtatttaagctctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 5499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 205; Significance: 1e-112; HSPs: 14)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 14192794 - 14193052
Alignment:
Q  1 aaatgaaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacct 100  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14192794 aaatgaaggtagaaatttctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacct 14192893  T
Q  101 tggtgacccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaa 193  Q
    |||||| |||||       |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14192894 tggtgatccgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttaattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaa 14192993  T
Q  194 gagaaagagtatttaagctttgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 252  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14192994 gagaaagagtatttaagctctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 14193052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 25542775 - 25543033
Alignment:
Q  1 aaatgaaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacct 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25542775 aaatgaaggtagaaattcctgaagattttctcatatcggacacaacaaatatgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacct 25542874  T
Q  101 tggtgacccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaa 193  Q
    ||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25542875 tggtgacccgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaa 25542974  T
Q  194 gagaaagagtatttaagctttgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 252  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  25542975 gagaaagagtatttaagctctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattatgatgtcca 25543033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 1 - 243
Target Start/End: Original strand, 17871619 - 17871868
Alignment:
Q  1 aaatgaaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacct 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||    
T  17871619 aaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacttatagacattgtgtatctcgatttaaatgataacct 17871718  T
Q  101 tggtgacccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaa 193  Q
    ||||||||||||       |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17871719 tggtgacccgctatttttccaagaaagggaaatactcgcaccaacgcttgattctgttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaa 17871818  T
Q  194 gagaaagagtatttaagctttgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattc 243  Q
    ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  17871819 gagaaagagtatttaagctctggttctgtttgtcgatcgggtgaaaattc 17871868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 169; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 37373173 - 37372915
Alignment:
Q  1 aaatgaaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacct 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  37373173 aaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctgatatcagacataacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaatgataacct 37373074  T
Q  101 tggtgacccgctc-------aagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaa 193  Q
    ||||||||  ||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  37373073 tggtgaccaactatttttcgaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaaccaatttatgatgtcactgattccaggtgaa 37372974  T
Q  194 gagaaagagtatttaagctttgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 252  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| ||| | |||||||||| ||||||||||||||    
T  37372973 gagaaagagtatttaagctctgattctatttttagatcgggtgataattctgatgtcca 37372915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 169; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 39883420 - 39883162
Alignment:
Q  1 aaatgaaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacct 100  Q
    |||||||||||||  ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  39883420 aaatgaaggtagatattcctaaagatttgctgatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaatgataacct 39883321  T
Q  101 tggtgacccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaa 193  Q
    ||||| || |||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||| |||||    
T  39883320 tggtgcccagctattttgccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgttgattccaagtgaa 39883221  T
Q  194 gagaaagagtatttaagctttgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 252  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||    
T  39883220 gagaaagagtatttaagctctgattctgtttgtagatcgggtgacaattatgatgtcca 39883162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 165; E-Value: 2e-88
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 8428556 - 8428814
Alignment:
Q  1 aaatgaaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacct 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  8428556 aaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctgatatcagacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaatgataacct 8428655  T
Q  101 tggtgacccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaa 193  Q
    ||||||||  ||       ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  8428656 tggtgaccaactatttttccaagaaaggggaatactcgcacccacgcttgattcaattgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaa 8428755  T
Q  194 gagaaagagtatttaagctttgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 252  Q
    |||||||||||||||| || ||||||| ||| | ||||||||||| |||||||||||||    
T  8428756 gagaaagagtatttaacctctgattctatttttagatcgggtgaatattctgatgtcca 8428814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 165; E-Value: 2e-88
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 27881321 - 27881063
Alignment:
Q  1 aaatgaaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacct 100  Q
    |||| |||||||||  ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  27881321 aaataaaggtagaaactcctgaagatttgctgatatcggacccaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaatgataacct 27881222  T
Q  101 tggtgacccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaa 193  Q
    ||||||||  ||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||    
T  27881221 tggtgaccaactatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagctgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaagtgaa 27881122  T
Q  194 gagaaagagtatttaagctttgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 252  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  27881121 gagaaagagtatttaagctctgattctatttgtagatcgggtgaaaattatgatgtcca 27881063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 144; E-Value: 8e-76
Query Start/End: Original strand, 1 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 3690214 - 3689961
Alignment:
Q  1 aaatgaaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacct 100  Q
    |||||||||||||| ||||  |||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||  || |||||||| ||||||||||||||||||||| |    
T  3690214 aaatgaaggtagaaattcccaaagatttgctcatatccgatacaacaaattcgttgatgtcactaatggactttgtatatcccgatttgaatgataacat 3690115  T
Q  101 tggtgacccgctc-------aagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaa 193  Q
    ||||||||| |||       |||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |    
T  3690114 tggtgacccactcttttttcaagaaaagtgaatactcgcaccaacgcttgattcggttgagcatgttaacgaatatatgatgtcagtgattccaagtgga 3690015  T
Q  194 gagaaagagtatttaagctttgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgat 247  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  3690014 gagaaagagtatttaagctctgattcagtttgtcgatcgggcgaaaattctgat 3689961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 1 - 247
Target Start/End: Original strand, 3876573 - 3876826
Alignment:
Q  1 aaatgaaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacct 100  Q
    |||||||||||||| ||||  |||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||  || |||||||| ||||||||||||||||||||| |    
T  3876573 aaatgaaggtagaaattcccaaagatttgctcatatccgatacaacaaattcgttgatgtcactaatggactttgtatatcccgatttgaatgataacat 3876672  T
Q  101 tggtgacccgctc-------aagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaa 193  Q
    ||| ||||| |||       |||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |    
T  3876673 tggggacccactcttttttcaagaaaagtgaatactcgcaccaacgcttgattcggttgagcatgttaacgaatatatgatgtcagtgattccaagtgga 3876772  T
Q  194 gagaaagagtatttaagctttgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgat 247  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  3876773 gagaaagagtatttaagctctgattcagtttgtcgatcgggcgaaaattctgat 3876826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 124; E-Value: 7e-64
Query Start/End: Original strand, 113 - 252
Target Start/End: Original strand, 24629962 - 24630101
Alignment:
Q  113 caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagct 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  24629962 caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgaacatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaaact 24630061  T
Q  213 ttgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 252  Q
     ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  24630062 ctgattctgtttgtcgctcgggtgaaaattctgatgtcca 24630101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 113 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 10025181 - 10025042
Alignment:
Q  113 caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagct 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||    
T  10025181 caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgaacatgttaacgaatatatgatgtcattgattccaagtgaagagaaagagtatttaaact 10025082  T
Q  213 ttgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 252  Q
     ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  10025081 ctgattctgtttgtcgctcgggtgaaaattctgatgtcca 10025042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 113 - 252
Target Start/End: Original strand, 30346645 - 30346784
Alignment:
Q  113 caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagct 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  30346645 caagaaaggggaatactcgcaccaacacttgattaagttgaacatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaaact 30346744  T
Q  213 ttgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 252  Q
     ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  30346745 ctgattctgtttgtcgctcgggtgaaaattctgatgtcca 30346784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 71 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 37261482 - 37261294
Alignment:
Q  71 ctttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaac 163  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||| |       ||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||| ||||     
T  37261482 ctttgtgtatcccaatttgaatgataaccttaatgacccgttattttttcaagaaaggggaatacttgcgccaacacttgattcagttgagcatattaat 37261383  T
Q  164 gaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctttgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 252  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  37261382 gaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattttgatgtcca 37261294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 209 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 6089232 - 6089199
Alignment:
Q  209 agctttgattctgtttgtcgatcgggtgaaaatt 242  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  6089232 agctctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaatt 6089199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 201; Significance: 1e-110; HSPs: 11)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 201; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 24269052 - 24269310
Alignment:
Q  1 aaatgaaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacct 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  24269052 aaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatctcgatttgaatgataacct 24269151  T
Q  101 tggtgacccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaa 193  Q
    ||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24269152 tggtgacccgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgaacatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaa 24269251  T
Q  194 gagaaagagtatttaagctttgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 252  Q
    |||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  24269252 gagaaagagtatttaaactctgattctgtttgtcgctcgggtgaaaattctgatgtcca 24269310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 17683811 - 17684069
Alignment:
Q  1 aaatgaaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacct 100  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17683811 aaatgaaggtagaaattcctgaatattcgctcatattggacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacct 17683910  T
Q  101 tggtgacccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaa 193  Q
    ||||||||||||       |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17683911 tggtgacccgctatttttccaagaaaggggaatactcgctccaacgcttgattcaattgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaa 17684010  T
Q  194 gagaaagagtatttaagctttgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 252  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  17684011 gagaaagagtatttaagctatgattttgtttgtcgatcgggtgaaaattttgatgtcca 17684069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 1 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 24246062 - 24245812
Alignment:
Q  1 aaatgaaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacct 100  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  24246062 aaatgaaggtagaaattcctaaagatttgctcataacggacacaacaaatccgtggatgtcacttatagaccttgtgtatcccgatttgaatgataacct 24245963  T
Q  101 tggtgacccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaa 193  Q
    ||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24245962 tggtgacccgctattttttcaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaa 24245863  T
Q  194 gagaaagagtatttaagctttgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattct 244  Q
    ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24245862 gagaaagagtatttaagatctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattct 24245812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 191; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 3 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 27509609 - 27509353
Alignment:
Q  3 atgaaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttg 102  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27509609 atgaaggtagaaattcctaaagatttgctcatgtcggacacaacaaattcgttgatatcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttg 27509510  T
Q  103 gtgacccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaaga 195  Q
    |||||| |||       ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27509509 gtgacctgctatttttccaagaaaggggaatactcgcatcaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaaga 27509410  T
Q  196 gaaagagtatttaagctttgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 252  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  27509409 gaaagagtatttaagctctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctaatgtcca 27509353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 27192726 - 27192468
Alignment:
Q  1 aaatgaaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacct 100  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27192726 aaatgaaggtagaaattcctaaagatttgctcatatcggacacaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacct 27192627  T
Q  101 tggtgacccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaa 193  Q
    ||||||||| ||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||    
T  27192626 tggtgaccctctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcgctgattctaggtgaa 27192527  T
Q  194 gagaaagagtatttaagctttgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 252  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| || |||||||||    
T  27192526 gagaaagagtatttaagctctgattctatttgtcgatcgggtgaaatttttgatgtcca 27192468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 27842540 - 27842282
Alignment:
Q  1 aaatgaaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacct 100  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27842540 aaatgaaggtagaaattcctaaagatttgctcatatcggacacaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacct 27842441  T
Q  101 tggtgacccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaa 193  Q
    ||||||||| ||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||    
T  27842440 tggtgaccctctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcgctgattctaggtgaa 27842341  T
Q  194 gagaaagagtatttaagctttgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 252  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| || |||||||||    
T  27842340 gagaaagagtatttaagctctgattctatttgtcgatcgggtgaaatttttgatgtcca 27842282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 21395607 - 21395349
Alignment:
Q  1 aaatgaaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacct 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  21395607 aaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctgatatcggacacaacaaatccgttgatgtcgcttatagactttgtatatcccgatctgaatgataacct 21395508  T
Q  101 tggtgacccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaa 193  Q
    ||||||||  ||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  21395507 tggtgaccaactatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaa 21395408  T
Q  194 gagaaagagtatttaagctttgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 252  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  21395407 gagaaagagtatttaagctctgattctgtttgtagatcgggtgaaaattctgatgtcca 21395349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 157; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 41920155 - 41920413
Alignment:
Q  1 aaatgaaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacct 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  41920155 aaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctgatatcagacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaatgataacct 41920254  T
Q  101 tggtgacccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaa 193  Q
    ||||||||  ||       ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||    
T  41920255 tggtgaccaactatttttccaagaaaggggaatactcgcacccacgcttgattcaattaagcatgttaacgaatttatgatgtcgttgattccaggtgaa 41920354  T
Q  194 gagaaagagtatttaagctttgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 252  Q
    || ||||||||||||| || ||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  41920355 gataaagagtatttaacctctgattctatttttagatcgggtgaaaattctgatgtcca 41920413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 153; E-Value: 4e-81
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 28666154 - 28666412
Alignment:
Q  1 aaatgaaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacct 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||    
T  28666154 aaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctgatatcaaacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactctgtgtatcccgatctgaatgataacct 28666253  T
Q  101 tggtgacccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaa 193  Q
    ||||||||  ||       ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||    
T  28666254 tggtgaccaactatttttccaagaaaggggaatactcgcacccacgcttgattcaattgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattctaggtgaa 28666353  T
Q  194 gagaaagagtatttaagctttgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 252  Q
    |||||||||||||||| || ||||||| ||| | |||| ||||||||||||||||||||    
T  28666354 gagaaagagtatttaacctctgattctatttttagatcaggtgaaaattctgatgtcca 28666412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 149; E-Value: 9e-79
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 37824988 - 37825246
Alignment:
Q  1 aaatgaaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacct 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| | |||||||||||    
T  37824988 aaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctgatatcaaacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactctgtgtatcccgatctaaatgataacct 37825087  T
Q  101 tggtgacccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaa 193  Q
    ||||||||  ||       ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||    
T  37825088 tggtgaccaactatttttccaagaaaggggaatactcgcacccacgcttgattcaattgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattctaggtgaa 37825187  T
Q  194 gagaaagagtatttaagctttgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 252  Q
    |||||||||||||||| || ||||||| ||| | |||| ||||||||||||||||||||    
T  37825188 gagaaagagtatttaacctctgattctatttttagatcaggtgaaaattctgatgtcca 37825246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 58 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 35609865 - 35609664
Alignment:
Q  58 tgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagt 150  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35609865 tgtcacttatagactttgtgtattccgatttgaatgataacattggtgacccgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagt 35609766  T
Q  151 tgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctttgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtc 250  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  35609765 tgagtatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctctgattatgtttgtcgatcgagtgaaaattctgatgtc 35609666  T
Q  251 ca 252  Q
    ||    
T  35609665 ca 35609664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0017 (Bit Score: 197; Significance: 1e-107; HSPs: 1)
Name: scaffold0017
Description:

Target: scaffold0017; HSP #1
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 186791 - 186534
Alignment:
Q  1 aaatgaaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacct 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  186791 aaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatcgtacacaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacct 186692  T
Q  101 tggtgacccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaa 193  Q
    ||||||||||||       ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  186691 tggtgacccgctatttttccaataaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagctgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaa 186592  T
Q  194 gagaaagagtatttaagctttgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 252  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  186591 gagaaagagtatttaagctctgattctgtttgtcgatcgggtg-aaattctgatgtcca 186534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 197; Significance: 1e-107; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 1860914 - 1860656
Alignment:
Q  1 aaatgaaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacct 100  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  1860914 aaatgaaggtagaaattcctaaagatttgctcatatcggacacaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatctcgatttgaatgataacct 1860815  T
Q  101 tggtgacccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaa 193  Q
    ||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||    
T  1860814 tggtgacccgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattctgggtgaa 1860715  T
Q  194 gagaaagagtatttaagctttgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 252  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  1860714 gagaaagagtatttaagctctgattctgtttgttgatcgggtgaaaattctgatgtcca 1860656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 49710409 - 49710152
Alignment:
Q  1 aaatgaaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacct 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  49710409 aaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctgatatcggacacaacaaatcc-ttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaatgataacct 49710311  T
Q  101 tggtgacccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaa 193  Q
    |||||||| |||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  49710310 tggtgaccagctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaa 49710211  T
Q  194 gagaaagagtatttaagctttgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 252  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  49710210 gagaaagagtatttaagctctgattctgtttgtagatcgggtgaaaattctgatgtcca 49710152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 177; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 35856144 - 35855886
Alignment:
Q  1 aaatgaaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacct 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  35856144 aaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctgatatcagacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaatgataacct 35856045  T
Q  101 tggtgacccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaa 193  Q
    ||||||||  ||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  35856044 tggtgaccaactatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaa 35855945  T
Q  194 gagaaagagtatttaagctttgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 252  Q
    |||||||||||||||| || ||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  35855944 gagaaagagtatttaacctctgattctatttttagatcgggtgaaaattctgatgtcca 35855886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 173; E-Value: 4e-93
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 38518333 - 38518075
Alignment:
Q  1 aaatgaaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacct 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  38518333 aaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctgatatcagacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctaaatgataacct 38518234  T
Q  101 tggtgacccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaa 193  Q
    ||||||||  ||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  38518233 tggtgaccaactatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcaattgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaa 38518134  T
Q  194 gagaaagagtatttaagctttgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 252  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  38518133 gagaaagagtatttaagctctgattctatttttagatcgggtgaaaattctgatgtcca 38518075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 157; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 49786810 - 49787068
Alignment:
Q  1 aaatgaaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacct 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||    
T  49786810 aaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctgatatcagacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactctgtgtatcccgatctgaatgataacct 49786909  T
Q  101 tggtgacccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaa 193  Q
    ||||||||  ||       ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  49786910 tggtgaccaactatttttccaagaaaggggaatactcgcacccacgcttgattcaattgagcatattaacgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaa 49787009  T
Q  194 gagaaagagtatttaagctttgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 252  Q
    |||||||||||||||| || ||||||| ||| | |||| ||||||||||||||||||||    
T  49787010 gagaaagagtatttaacctctgattctatttttagatcaggtgaaaattctgatgtcca 49787068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 124; E-Value: 7e-64
Query Start/End: Original strand, 113 - 252
Target Start/End: Original strand, 55559139 - 55559278
Alignment:
Q  113 caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagct 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  55559139 caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgaacatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaaact 55559238  T
Q  213 ttgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 252  Q
     ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  55559239 ctgattctgtttgtcgctcgggtgaaaattctgatgtcca 55559278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 91; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 1 - 146
Target Start/End: Complemental strand, 13337472 - 13337320
Alignment:
Q  1 aaatgaaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacct 100  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  13337472 aaatgaaggtagaaattcatgaagatttgctgatatcggacacaacaaatccgtttatgtcacttatagactttgtgtatctcgatttgaatgataacct 13337373  T
Q  101 tggtgacccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgatt 146  Q
    ||||||||  ||       ||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  13337372 tggtgaccaactatttttccaagaaaggggaatactcgcatcaacgcttgatt 13337320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 1 - 63
Target Start/End: Original strand, 618206 - 618268
Alignment:
Q  1 aaatgaaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcac 63  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  618206 aaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttcatgtcac 618268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 197; Significance: 1e-107; HSPs: 13)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 10110837 - 10110579
Alignment:
Q  1 aaatgaaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacct 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  10110837 aaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatcagacgcaacaaatctgttgatgtcacttacagactttgtgtatctcgatttgaatgataacct 10110738  T
Q  101 tggtgacccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaa 193  Q
    ||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10110737 tggtgacccgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaa 10110638  T
Q  194 gagaaagagtatttaagctttgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 252  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  10110637 gagaaagagtatttaagctttgattatgtttgttgatcgggtgaaaattctgatgtcca 10110579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 10000644 - 10000386
Alignment:
Q  1 aaatgaaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacct 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||  ||||||||| |||||| |||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  10000644 aaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatcagatgcaacaaatctgttgatatcacttacagactttgtgtatctcgatttgaatgataacct 10000545  T
Q  101 tggtgacccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaa 193  Q
    ||||||||||||       |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10000544 tggtgacccgctatttttccaagaaagaggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaa 10000445  T
Q  194 gagaaagagtatttaagctttgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 252  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  10000444 gagaaagagtatttaagctttgattatgtttgttgatcgggtgaaaattctgatgtcca 10000386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 183; E-Value: 4e-99
Query Start/End: Original strand, 11 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 50410399 - 50410151
Alignment:
Q  11 agaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccg 110  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||     
T  50410399 agaaattcctgaagattttctcatatcggacacaacaaatccgctgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggcgaccca 50410300  T
Q  111 ct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagt 203  Q
    ||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50410299 ctattttttcaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagtcgagcatgttaacaaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagt 50410200  T
Q  204 atttaagctttgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 252  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50410199 atttaagctctgattctctttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 50410151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 174; E-Value: 1e-93
Query Start/End: Original strand, 8 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 10237785 - 10237535
Alignment:
Q  8 ggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgac 107  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  10237785 ggtagaaattcctgaagaattgctcatatcagacgcaacaaatctgttgatgtcacttacagactttgtgtatctcgatttgaatgataaccttggtgac 10237686  T
Q  108 ccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaag 200  Q
    |||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  10237685 ccgctattttttcaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgttactgattccaggtgaagagaaag 10237586  T
Q  201 agtatttaagctttgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 252  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  10237585 agta-ttaagctttgattatgtttgttgatcgggtgaaaattctgatgtcca 10237535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 173; E-Value: 4e-93
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 52918302 - 52918045
Alignment:
Q  1 aaatgaaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacct 100  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||||||   || ||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  52918302 aaatgaaggtagaaattcctga-gatttgccgttaccggacacaacaaatctgttgatgccacttatagacttcgtgtatcccgatttgaatgataacct 52918204  T
Q  101 tggtgacccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaa 193  Q
    ||||||| ||||       |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52918203 tggtgactcgctatttttccaagaaaggggaatacccgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaa 52918104  T
Q  194 gagaaagagtatttaagctttgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 252  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52918103 gagaaagagtatttaagctctgattttgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 52918045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 169; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 10968764 - 10969021
Alignment:
Q  1 aaatgaaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacct 100  Q
    |||||||||||||| || |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  10968764 aaatgaaggtagaaatttctga-gatttgctgatatcggacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaact 10968862  T
Q  101 tggtgacccgctc-------aagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaa 193  Q
    | |||||| |||        ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10968863 tcgtgacctgctatttttctaagcaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagtttagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaa 10968962  T
Q  194 gagaaagagtatttaagctttgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 252  Q
    ||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10968963 gagaaagagtatttaagctcttattttgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 10969021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 169; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 13530276 - 13530018
Alignment:
Q  1 aaatgaaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacct 100  Q
    |||||||||||||| |||  ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13530276 aaatgaaggtagaaattctagaagatttggtcatatcagacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacct 13530177  T
Q  101 tggtgacccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaa 193  Q
    ||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  13530176 tggtgacccgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttcattcagttgagcattttaacgaatatatgatgtcactgagtccaggtgaa 13530077  T
Q  194 gagaaagagtatttaagctttgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 252  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||| |||||||||| || ||||||    
T  13530076 gagaaagagtatttaagctctggttctgcttgtcgatcaggtgaaaattttggtgtcca 13530018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 165; E-Value: 2e-88
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 33008 - 32750
Alignment:
Q  1 aaatgaaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacct 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  33008 aaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctgatatcaaacacaacaaatccgttgatgtcacttatggactttgtgtatcccgatctgaatgataacct 32909  T
Q  101 tggtgacccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaa 193  Q
    ||||||||  ||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||    
T  32908 tggtgaccaactatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaagtgaa 32809  T
Q  194 gagaaagagtatttaagctttgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 252  Q
    |||||||||||||||| || ||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  32808 gagaaagagtatttaacctctgattctatttttagatcgggtgaaaattctgatgtcca 32750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 160; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 11368885 - 11368625
Alignment:
Q  1 aaatgaaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacct 100  Q
    ||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |    
T  11368885 aaatgaatgtagaaattcccgaagatttgctcatatccgacacaacaaatccgttgatgtcactcatagactttgtatatcccgatttgaatgataacat 11368786  T
Q  101 tggtgacccgctc--------aagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtga 192  Q
    |||||||||||||        |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  11368785 tggtgacccgctcttttttccaagaaaagggaatactcgcaccaacgcttgattcggttgagcatgttaacgaatatatgatgtcagtgattccaggtga 11368686  T
Q  193 agagaaagagtatttaagctttgattctgtttgtcgatcgggtg-aaaattctgatgtcca 252  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||| ||||| |||| |||||||||||    
T  11368685 agagaaagagtatttaagctctgattcaatttgtcgattgggtgaaaaagtctgatgtcca 11368625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 1 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 11362496 - 11362239
Alignment:
Q  1 aaatgaaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacct 100  Q
    |||||||||  ||| |||| |||||||| |||||||| || ||||||||| ||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |    
T  11362496 aaatgaagggggaaattcccgaagatttactcatatccgatacaacaaattcgttgatgtcactaatagactttgtatatcccgatttaaatgataacat 11362397  T
Q  101 tggtgacccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaa 193  Q
    ||||||||| ||       ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  11362396 tggtgacccactatttttccaagaaaagggaatactcgcaccaacgcttgattcggttgagcatgttaacgaatatatgatgtcagtgattccaggtgaa 11362297  T
Q  194 gagaaaga-gtatttaagctttgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtc 250  Q
    ||||||||  | |||||||| |||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  11362296 gagaaagatttttttaagctctgattcagtttgtcgatcgggcgaaaagtctgatgtc 11362239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 129; E-Value: 7e-67
Query Start/End: Original strand, 65 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 46913244 - 46913050
Alignment:
Q  65 tatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcat 157  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||       ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46913244 tatagactttgtgtatcccgatttgaatgataactttggcgacccgctatttttccaagaaaggagaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcat 46913145  T
Q  158 gttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctttgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 252  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  46913144 gttaacgaatatatgatgtcaccaattccaggtgaagaaaaatagtatttaagctttgattatgtttgtcgatcggggggaaattctgatgtcca 46913050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 118; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 21 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 10038847 - 10038623
Alignment:
Q  21 gaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct-------c 113  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||          |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||       |    
T  10038847 gaagatttgcttatatcagacacaacaaatctgttgatgtc----------tttgtgtatcccaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttcc 10038758  T
Q  114 aagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctt 213  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||     
T  10038757 aagaaaggggaatactcgcgccaacacttgattcaattgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatattatttaagctc 10038658  T
Q  214 tgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatg 248  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10038657 tcattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatg 10038623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 113 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 47693087 - 47692948
Alignment:
Q  113 caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagct 212  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  47693087 caagaaaggggaatcctcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatacatgatgtcactaattccaggtgaagagaaagagtatttaacct 47692988  T
Q  213 ttgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 252  Q
     ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  47692987 ctgattctgtttgtcgatcggacgaaaattctgatgtcca 47692948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1139 (Bit Score: 193; Significance: 1e-105; HSPs: 1)
Name: scaffold1139
Description:

Target: scaffold1139; HSP #1
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 1 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 1237 - 983
Alignment:
Q  1 aaatgaaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacct 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1237 aaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacct 1138  T
Q  101 tggtgacccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaa 193  Q
    ||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  1137 tggtgacccgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttaattcagtcgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaagtgaa 1038  T
Q  194 gagaaagagtatttaagctttgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatg 248  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||| |||||||||||||    
T  1037 gagaaagagtatttaagctctgattttgtttgtcaatcgggcgaaaattctgatg 983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 193; Significance: 1e-105; HSPs: 9)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 5828537 - 5828795
Alignment:
Q  1 aaatgaaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacct 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  5828537 aaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatcttttgatgtcacttatagactttgtgtatctcgatttgaatgataacct 5828636  T
Q  101 tggtgacccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaa 193  Q
    ||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5828637 tggtgacccgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttgactcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaa 5828736  T
Q  194 gagaaagagtatttaagctttgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 252  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  5828737 gagaaagagtatttaagctctgattctgtttgtagatcgggtgaaaattatgatgtcca 5828795  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 21070044 - 21070302
Alignment:
Q  1 aaatgaaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacct 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  21070044 aaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatcagacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaatgataacct 21070143  T
Q  101 tggtgacccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaa 193  Q
    |||| ||| |||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  21070144 tggtaacctgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattcctggtgaa 21070243  T
Q  194 gagaaagagtatttaagctttgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 252  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||    
T  21070244 gagaaagagtatttaagctctgattctgtttgttgatcgggtgaaaatttagatgtcca 21070302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 173; E-Value: 4e-93
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 7036957 - 7036699
Alignment:
Q  1 aaatgaaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacct 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  7036957 aaatgaaggtagaaattcctgaagattcgctgatatcagacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaatgataacct 7036858  T
Q  101 tggtgacccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaa 193  Q
    ||||||||  ||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  7036857 tggtgaccaactacttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaa 7036758  T
Q  194 gagaaagagtatttaagctttgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 252  Q
    |||||||||||||||| || ||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  7036757 gagaaagagtatttaacctctgattctatttttagatcgggtgaaaattctgatgtcca 7036699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 22844041 - 22843792
Alignment:
Q  1 aaatgaaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacct 100  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||    
T  22844041 aaatgaaggtagaaattcttgaagatttgctcatatctgacacaacaaatctgttgatgtcacttatagacattgtgtatctcgatttaaatgataacct 22843942  T
Q  101 tggtgacccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaa 193  Q
    |||||||| |||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22843941 tggtgacctgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattctgttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaa 22843842  T
Q  194 gagaaagagtatttaagctttgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattc 243  Q
    ||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||    
T  22843841 gagaaagagtatttaagttctgtttctgtttgtcgatcgggtgaaaattc 22843792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 166; E-Value: 6e-89
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 12781130 - 12781389
Alignment:
Q  1 aaatgaaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacct 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  12781130 aaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctgatataagacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaatgataacct 12781229  T
Q  101 tggtgacccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaa 193  Q
    ||||||||  ||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  12781230 tggtgaccaactatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaa 12781329  T
Q  194 gagaaagagtatttaagctttgattctgtttgt-cgatcgggtgaaaattctgatgtcca 252  Q
    |||||||||||||||| || ||||||| ||| |  |||||||||||||||||||||||||    
T  12781330 gagaaagagtatttaacctctgattctatttttgagatcgggtgaaaattctgatgtcca 12781389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 165; E-Value: 2e-88
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 9001127 - 9001385
Alignment:
Q  1 aaatgaaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacct 100  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||    
T  9001127 aaatgaaggtagaaattcttgaagatttgttgatatcggacacaacaaatccgttgatgtctcttatagactttgtttatcccgatctgattgataacct 9001226  T
Q  101 tggtgacccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaa 193  Q
    ||||||||  ||       |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||    
T  9001227 tggtgaccaactatttttccaagaaaggggaatactcgcactaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattctaggtgaa 9001326  T
Q  194 gagaaagagtatttaagctttgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 252  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  9001327 gagaaagagtatttaagctctgattctgtttgtagatcgggtgaaaattctgatgtcca 9001385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 153; E-Value: 4e-81
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 12785960 - 12786218
Alignment:
Q  1 aaatgaaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacct 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||    
T  12785960 aaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctgatatcaaacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactctgtgtatcccgatctgaatgataacct 12786059  T
Q  101 tggtgacccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaa 193  Q
    ||||||||  ||       ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||    
T  12786060 tggtgaccaactatttttccaagaaaggggaatactcgcacccacgcttgattcaattgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattctaggtgaa 12786159  T
Q  194 gagaaagagtatttaagctttgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 252  Q
    |||||||||||||||| || ||||||| ||| | |||| ||||||||||||||||||||    
T  12786160 gagaaagagtatttaacctctgattctatttttagatcaggtgaaaattctgatgtcca 12786218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 113 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 42232202 - 42232063
Alignment:
Q  113 caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagct 212  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  42232202 caagaaaggggaatactctcaccaacgcttgattcagttgaacatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaaact 42232103  T
Q  213 ttgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 252  Q
     ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  42232102 ctgattttgtttgtcgctcgggtgaaaattctgatgtcca 42232063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 65 - 109
Target Start/End: Complemental strand, 18939183 - 18939139
Alignment:
Q  65 tatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgaccc 109  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  18939183 tataaactttgtgtatcccgatttgaatgataactttggtaaccc 18939139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0262 (Bit Score: 190; Significance: 1e-103; HSPs: 1)
Name: scaffold0262
Description:

Target: scaffold0262; HSP #1
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 1 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 19243 - 18988
Alignment:
Q  1 aaatgaaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacct 100  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  19243 aaatgaaggtagaaatttctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatatgttgatgtcacttatagactttgtgtatcttgatttgaatgataacct 19144  T
Q  101 tggtgacccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaa 193  Q
    ||||||||||||       ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19143 tggtgacccgctatttttccaaaaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaa 19044  T
Q  194 gagaaagagtatttaagctttgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgt 249  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  19043 gagaaagagtatttaagctctgattctgtttgtcgatcgagtgaaaattctgatgt 18988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 190; Significance: 1e-103; HSPs: 11)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 4 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 36207449 - 36207194
Alignment:
Q  4 tgaaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttgg 103  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36207449 tgaaggtagaaattcctgatgattttctcatatccgacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttgg 36207350  T
Q  104 tgacccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagag 196  Q
    |||||||||       |||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36207349 tgacccgctattttttcaagaaaggggaatactcgccccaacaattgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagag 36207250  T
Q  197 aaagagtatttaagctttgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 252  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  36207249 aaagagtatttaagctttgattatgtttgtcgatcgggtgaaaattatgatgtcca 36207194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 2453099 - 2453357
Alignment:
Q  1 aaatgaaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacct 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  2453099 aaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgaattccgatttgaatgataacct 2453198  T
Q  101 tggtgacccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaa 193  Q
    ||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  2453199 tggtgacccgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgctttattgagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactaattccaggtgaa 2453298  T
Q  194 gagaaagagtatttaagctttgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 252  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2453299 gagaaagagtatttaggctctgattctatttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 2453357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 2329403 - 2329148
Alignment:
Q  1 aaatgaaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacct 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||   ||||||||||||||||||||||||||    
T  2329403 aaatgaaggtagaaattcctgaagattttctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacttatagac---gtgtatcccgatttgaatgataacct 2329307  T
Q  101 tggtgacccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaa 193  Q
    |||||| || ||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2329306 tggtgatccactattttttcaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagtcgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaa 2329207  T
Q  194 gagaaagagtatttaagctttgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 252  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2329206 gagaaagagtatttaagctctgattctctttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 2329148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 181; E-Value: 7e-98
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 16042262 - 16042004
Alignment:
Q  1 aaatgaaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacct 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  16042262 aaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctgatatcggacacaacaaatccgttgatgtcgcttatagactttgtgtatcccaatctgaatgataacct 16042163  T
Q  101 tggtgacccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaa 193  Q
    ||||| || |||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||    
T  16042162 tggtgcccagctattttgccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaagtgaa 16042063  T
Q  194 gagaaagagtatttaagctttgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 252  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  16042062 gagaaagagtatttaagctctgattctgtttgtagatcgggtgaaaattctgatgtcca 16042004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 177; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 18148925 - 18148667
Alignment:
Q  1 aaatgaaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacct 100  Q
    |||||||||||||| ||  ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||    
T  18148925 aaatgaaggtagaaatttatgaagattttctcatatcggacacaacaaatctgttgatgtcacttatcgactttgtgtatctcaatttgaatgataacct 18148826  T
Q  101 tggtgacccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaa 193  Q
    ||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18148825 tggtgacccgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcatttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaa 18148726  T
Q  194 gagaaagagtatttaagctttgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 252  Q
    ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||    
T  18148725 gagaaagagtatttaagctcttattctgtttgtcgatcggatgaaaattcttatgtcca 18148667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 174; E-Value: 1e-93
Query Start/End: Original strand, 1 - 249
Target Start/End: Original strand, 37390134 - 37390389
Alignment:
Q  1 aaatgaaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacct 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  37390134 aaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctgatatcagacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaatgataacct 37390233  T
Q  101 tggtgacccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaa 193  Q
    ||||||||  ||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  37390234 tggtgaccaactatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaa 37390333  T
Q  194 gagaaagagtatttaagctttgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgt 249  Q
    |||||||||||||||| || ||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||    
T  37390334 gagaaagagtatttaacctctgattctatttttagatcgggtgaaaattctgatgt 37390389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 166; E-Value: 6e-89
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 6310976 - 6311235
Alignment:
Q  1 aaatgaaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacct 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  6310976 aaatgaaggtagaaattcctgaagattcgctgatatcagacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaatgataacct 6311075  T
Q  101 tggtgacccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaa 193  Q
    ||||||||  ||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  6311076 tggtgaccaactatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaa 6311175  T
Q  194 gagaaagagtatttaagctttgattctgtttgt-cgatcgggtgaaaattctgatgtcca 252  Q
    |||||||||||||||| || ||||||| ||| |  |||||||||||||||||||||||||    
T  6311176 gagaaagagtatttaacctctgattctatttttgagatcgggtgaaaattctgatgtcca 6311235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 149; E-Value: 9e-79
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 48775317 - 48775575
Alignment:
Q  1 aaatgaaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacct 100  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||  ||| ||||||| |||||||||| |||||||||| |    
T  48775317 aaatgaaggtagaaattcccgaagatttgctcatatccgacacaacaaattctttgatgtcactaatacactttgtatatcccgattagaatgataacat 48775416  T
Q  101 tggtgacccgctc-------aagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaa 193  Q
    |||||||| ||||       |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  48775417 tggtgacctgctctttttccaagaaaagggaatactcgcaccaacgcttgattcggttgagcatgttaacgaatatatgatgtaaatgattccaggtgaa 48775516  T
Q  194 gagaaagagtatttaagctttgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 252  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||  |||| |||||||||||    
T  48775517 gagaaagagtatttaagctctgattcagtttgtcgatcgggcaaaaagtctgatgtcca 48775575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 65 - 252
Target Start/End: Original strand, 48238523 - 48238717
Alignment:
Q  65 tatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcat 157  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||       |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48238523 tatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggcgaccctctatttttccaagaaagaggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcat 48238622  T
Q  158 gttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctttgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 252  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  48238623 gttaacgaatatatgatgtcgctgattccaggcgaagagaaagagtatttaagctctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaactttgatgtcca 48238717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 124; E-Value: 7e-64
Query Start/End: Original strand, 113 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 52500787 - 52500648
Alignment:
Q  113 caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagct 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  52500787 caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgaacatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaaact 52500688  T
Q  213 ttgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 252  Q
     ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  52500687 ctgattctgtttgtcgctcgggtgaaaattctgatgtcca 52500648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 1 - 109
Target Start/End: Complemental strand, 48233615 - 48233507
Alignment:
Q  1 aaatgaaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacct 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48233615 aaatgaaggtagaaattcctgaagatttactcatatcgaacacaacaaatccgctgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacct 48233516  T
Q  101 tggtgaccc 109  Q
    ||| |||||    
T  48233515 tggcgaccc 48233507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 189; Significance: 1e-102; HSPs: 6)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 25218547 - 25218805
Alignment:
Q  1 aaatgaaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacct 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  25218547 aaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctgatatcagacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaatgataacct 25218646  T
Q  101 tggtgacccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaa 193  Q
    ||||||||  ||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  25218647 tggtgaccaactatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaa 25218746  T
Q  194 gagaaagagtatttaagctttgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 252  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  25218747 gagaaagagtatttaagctctgattctgtttgtagatcgggtgaaaattctgatgtcca 25218805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 21113726 - 21113984
Alignment:
Q  1 aaatgaaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacct 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  21113726 aaatgaaggtagaaattcctgaagatttgcttatatcggacacaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatcttgatttgaatgataacct 21113825  T
Q  101 tggtgacccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaa 193  Q
    ||||||||||||       ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21113826 tggtgacccgctatttttccaaaaaaggggaatacttgcaccaacgcttgattcagttgaacatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaa 21113925  T
Q  194 gagaaagagtatttaagctttgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 252  Q
    |||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  21113926 gagaaagagtatttaaactctgattctgtttgtcgctcgggtgaaaattctgatgtcca 21113984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 173; E-Value: 4e-93
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 30307414 - 30307156
Alignment:
Q  1 aaatgaaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacct 100  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  30307414 aaatgaatgtagaaattcctgaagatttgctgatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaacgataacct 30307315  T
Q  101 tggtgacccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaa 193  Q
    ||||||||  ||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  30307314 tggtgaccaactatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaa 30307215  T
Q  194 gagaaagagtatttaagctttgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 252  Q
    |||||||||||||||||||  |||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  30307214 gagaaagagtatttaagctccgattctatttttagatcgggtgaaaattctgatgtcca 30307156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 169; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 7822075 - 7821817
Alignment:
Q  1 aaatgaaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacct 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  7822075 aaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctgatatcaaacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtattccgatctgaatgataacct 7821976  T
Q  101 tggtgacccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaa 193  Q
    ||||||||  ||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||    
T  7821975 tggtgaccaactatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgatttcaggtgaa 7821876  T
Q  194 gagaaagagtatttaagctttgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 252  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  7821875 gagaaagagtatttaagctctgattctatttttagatcgggtgaaaattctgatgtcca 7821817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 25 - 252
Target Start/End: Original strand, 31978533 - 31978767
Alignment:
Q  25 atttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct-------caaga 117  Q
    ||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||       |||||    
T  31978533 atttgctgatatcgggcacaacaaatctgttgatgtcacttataaactttgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtgaccagctatttttccaaga 31978632  T
Q  118 aaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctttgat 217  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  31978633 aaggggaatactcgcatcaacgcttgattcagttgagcatgtcaacaaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctctgat 31978732  T
Q  218 tctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 252  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||    
T  31978733 tctgtttgtagatcgggggaaaattcagatgtcca 31978767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 25209029 - 25209272
Alignment:
Q  1 aaatgaaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacct 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||               |||||||||||    
T  25209029 aaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctgatgtcagacacaacaaatccgttgatgtcacttatagacttt---------------aatgataacct 25209113  T
Q  101 tggtgacccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaa 193  Q
    ||||||||  ||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  25209114 tggtgaccaactatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaa 25209213  T
Q  194 gagaaagagtatttaagctttgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 252  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| ||| | ||||||| |||||||||||||||||    
T  25209214 gagaaagagtatttaagctctgattctatttttagatcgggcgaaaattctgatgtcca 25209272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 189; Significance: 1e-102; HSPs: 8)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 2202161 - 2202419
Alignment:
Q  1 aaatgaaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacct 100  Q
    ||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2202161 aaatgaatgtagaaattcccgaagatttgctcatatcgaacacaataaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacct 2202260  T
Q  101 tggtgacccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaa 193  Q
    ||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2202261 tggtgacccgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttaattcagtagaacatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaa 2202360  T
Q  194 gagaaagagtatttaagctttgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 252  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2202361 gagaaagagtatttaagctctgattctatttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 2202419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 10187781 - 10187523
Alignment:
Q  1 aaatgaaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacct 100  Q
    |||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10187781 aaatgaaggtagaaattcctgaatatttgctcatattggacacaaaaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacct 10187682  T
Q  101 tggtgacccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaa 193  Q
    ||||||||||||       ||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10187681 tggtgacccgctatttttccaagaaaagggaatactcgctccaacacttgattcaattgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaa 10187582  T
Q  194 gagaaagagtatttaagctttgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 252  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  10187581 gagaaagagtatttaagctatgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattttgatgtcca 10187523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 18344362 - 18344104
Alignment:
Q  1 aaatgaaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacct 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18344362 aaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttcatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacct 18344263  T
Q  101 tggtgacccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaa 193  Q
    ||||||||  ||       ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||    
T  18344262 tggtgaccatctatttttccaagaaaggggaatacttgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttgacgaatatatgatgtcgctgattccaggcgaa 18344163  T
Q  194 gagaaagagtatttaagctttgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 252  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  18344162 gagaaagagtatttaagctttgattctatttgtcgatcgggtgaaaattttgatgtcca 18344104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 1 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 30881564 - 30881315
Alignment:
Q  1 aaatgaaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacct 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||    
T  30881564 aaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacttatagacattgtgtatctcgatttaaatgataacct 30881465  T
Q  101 tggtgacccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaa 193  Q
    ||||||||||||       |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30881464 tggtgacccgctatttttccaagaaagggaaatactcgcaccaacgcttgattctgttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaa 30881365  T
Q  194 gagaaagagtatttaagctttgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattc 243  Q
    ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  30881364 gagaaagagtatttaagctctggttctgtttgtcgatcgggtgaaaattc 30881315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 157; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 15333880 - 15333622
Alignment:
Q  1 aaatgaaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacct 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| | |||||| ||  ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  15333880 aaatgaaggtagaaattcctgaagatttgttgatatcgtacgtaacaaatccgttgatgtcactaatagactttgtgtatcccgatctgaatgataacct 15333781  T
Q  101 tggtgacccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaa 193  Q
    |||||||| |||       ||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  15333780 tggtgaccagctatttttccaacaaatgggaatactcgcaccaacacttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaa 15333681  T
Q  194 gagaaagagtatttaagctttgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 252  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  15333680 gagaaagagtatttaggctctgattctgtttgtagatcaggtgaaaattctgatgtcca 15333622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 155; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 1 - 250
Target Start/End: Original strand, 29640010 - 29640266
Alignment:
Q  1 aaatgaaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacct 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||   ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  29640010 aaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctgatatcaaccacaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatcctgatctgaatgataacct 29640109  T
Q  101 tggtgacccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaa 193  Q
    ||||||||  ||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  29640110 tggtgaccaactatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaa 29640209  T
Q  194 gagaaagagtatttaagctttgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtc 250  Q
    |||||||||||||||| || | ||||| ||| | |||||||||||||||||||||||    
T  29640210 gagaaagagtatttaacctctaattctatttttagatcgggtgaaaattctgatgtc 29640266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 1 - 250
Target Start/End: Original strand, 31510181 - 31510437
Alignment:
Q  1 aaatgaaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacct 100  Q
    |||||||||||||| || || |||||||||| |||||   ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||  || |||||||||||||    
T  31510181 aaatgaaggtagaaatttcttaagatttgctgatatcaaccacaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatcctaatctgaatgataacct 31510280  T
Q  101 tggtgacccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaa 193  Q
    ||||||||  ||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  31510281 tggtgaccaactattttttcaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaa 31510380  T
Q  194 gagaaagagtatttaagctttgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtc 250  Q
    |||||||||||||||| || | ||||| ||| | |||||||||||||||||||||||    
T  31510381 gagaaagagtatttaacctctaattctatttttagatcgggtgaaaattctgatgtc 31510437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 113 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 12517506 - 12517367
Alignment:
Q  113 caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagct 212  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12517506 caagaaaggggaatatttgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagagaaagagtatttaagct 12517407  T
Q  213 ttgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 252  Q
     ||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||    
T  12517406 ctgattctgtttgatgatggggtgaaaattctgatgtcca 12517367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0073 (Bit Score: 177; Significance: 2e-95; HSPs: 2)
Name: scaffold0073
Description:

Target: scaffold0073; HSP #1
Raw Score: 177; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 32169 - 31912
Alignment:
Q  1 aaatgaaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacct 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  32169 aaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctgatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaatgataacct 32070  T
Q  101 tggtgacccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaa 193  Q
    |||||||| |||       |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||    
T  32069 tggtgaccagctatttttccaagaaagggga-tacttgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgttgctgattccaggtgaa 31971  T
Q  194 gagaaagagtatttaagctttgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 252  Q
    |||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  31970 gagaaagagtatttaaactctgattctgtttgtagatcgggtgaaaattctgatgtcca 31912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0073; HSP #2
Raw Score: 157; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 25 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 19670 - 19436
Alignment:
Q  25 atttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct-------caaga 117  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||       |||||    
T  19670 atttgctgatatcggacacaacaaatctgttgatgtcacttataaactttgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtgaccagctatttttccaaga 19571  T
Q  118 aaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctttgat 217  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  19570 aaggggaatactcgcatcaacgcttgattcagttgagcatgtcaacaaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctctgat 19471  T
Q  218 tctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 252  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  19470 tctgtttgtagatcgggtgaaaattctgatgtcca 19436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002 (Bit Score: 173; Significance: 4e-93; HSPs: 1)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 173; E-Value: 4e-93
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 321318 - 321576
Alignment:
Q  1 aaatgaaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacct 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  321318 aaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctgatatcggacaaaacaaatccgttgatgtcacttatagactttttgtatcccgatctgaatgataacct 321417  T
Q  101 tggtgacccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaa 193  Q
    ||||||||  ||       ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||| ||||||||    
T  321418 tggtgaccaactatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaatgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatatcgctgatttcaggtgaa 321517  T
Q  194 gagaaagagtatttaagctttgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 252  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  321518 gagaaagagtatttaagctctgattctgtttgtagatcgggtgaaaattctgatgtcca 321576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0550 (Bit Score: 161; Significance: 6e-86; HSPs: 1)
Name: scaffold0550
Description:

Target: scaffold0550; HSP #1
Raw Score: 161; E-Value: 6e-86
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 554 - 812
Alignment:
Q  1 aaatgaaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacct 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  554 aaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctgatatcagacacaacaaacccgttgatgtcacttataaactttgtgtatcccgatctaaatgataacct 653  T
Q  101 tggtgacccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaa 193  Q
    |||||||| |||       ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  654 tggtgaccagctatttttccaataaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaatgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaa 753  T
Q  194 gagaaagagtatttaagctttgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 252  Q
     ||||||||||||||| || ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  754 aagaaagagtatttaacctctgattctgtttgtagattgggtgaaaattctgatgtcca 812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0090 (Bit Score: 153; Significance: 4e-81; HSPs: 1)
Name: scaffold0090
Description:

Target: scaffold0090; HSP #1
Raw Score: 153; E-Value: 4e-81
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 48918 - 49176
Alignment:
Q  1 aaatgaaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacct 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||    
T  48918 aaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctgatatcaaacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactctgtgtatcccgatctgaatgataacct 49017  T
Q  101 tggtgacccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaa 193  Q
    ||||||||  ||       ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||    
T  49018 tggtgaccaactatttttccaagaaaggggaatactcgcacccacgcttgattcaattgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattctaggtgaa 49117  T
Q  194 gagaaagagtatttaagctttgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 252  Q
    |||||||||||||||| || ||||||| ||| | |||| ||||||||||||||||||||    
T  49118 gagaaagagtatttaacctctgattctatttttagatcaggtgaaaattctgatgtcca 49176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003 (Bit Score: 153; Significance: 4e-81; HSPs: 2)
Name: scaffold0003
Description:

Target: scaffold0003; HSP #1
Raw Score: 153; E-Value: 4e-81
Query Start/End: Original strand, 1 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 183048 - 182794
Alignment:
Q  1 aaatgaaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacct 100  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||| | |    
T  183048 aaatgaaggtagaaattcccgaagatttgctcatatccgatacaacaaattcgttgatgtcactaatagactttgtatatcccgatttgaatgatatcat 182949  T
Q  101 tggtgacccgctc-------aagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaa 193  Q
    ||||||||| |||       |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  182948 tggtgacccactctttttccaagaaaagggaatactcgcaccaacgcttgattcggttgagcatgttaacgaatatatgatgtcagtgattccaagtgaa 182849  T
Q  194 gagaaagagtatttaagctttgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatg 248  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||| |||||||    
T  182848 gagaaagagtatttaagctctgattcagtttgtcgatcgggcgaaaaatctgatg 182794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003; HSP #2
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 1 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 165768 - 165511
Alignment:
Q  1 aaatgaaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataacct 100  Q
    |||||||||  ||| |||| |||||||| |||||||| || ||||||||| ||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |    
T  165768 aaatgaagggggaaattcccgaagatttactcatatccgatacaacaaattcgttgatgtcactaatagactttgtatatcccgatttaaatgataacat 165669  T
Q  101 tggtgacccgct-------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaa 193  Q
    ||||||||| ||       ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  165668 tggtgacccactatttttccaagaaaagggaatactcgcaccaacgcttgattcggttgagcatgttaacgaatatatgatgtcagtgattccaggtgaa 165569  T
Q  194 gagaaaga-gtatttaagctttgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtc 250  Q
    ||||||||  | |||||||| |||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  165568 gagaaagatttttttaagctctgattcagtttgtcgatcgggcgaaaagtctgatgtc 165511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0025 (Bit Score: 141; Significance: 5e-74; HSPs: 1)
Name: scaffold0025
Description:

Target: scaffold0025; HSP #1
Raw Score: 141; E-Value: 5e-74
Query Start/End: Original strand, 33 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 16889 - 16663
Alignment:
Q  33 atatcggacacaacaaatccgttgatgtcacctatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct-------caagaaaggggaa 125  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||       |||||||||||||    
T  16889 atatcggacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataactttggtgacccgctatttttccaagaaaggggaa 16790  T
Q  126 tactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctttgattctgtttg 225  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||| ||| ||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||     
T  16789 tactcgcaccaacgcttaatttagtggagtatgttaacgcatatatgatttcactgattctaggtgaagagaaagagtttttaagctatgattctgtttt 16690  T
Q  226 tcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 252  Q
    || |||| | |||||||||||||||||    
T  16689 tcaatcgagcgaaaattctgatgtcca 16663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0118 (Bit Score: 112; Significance: 1e-56; HSPs: 1)
Name: scaffold0118
Description:

Target: scaffold0118; HSP #1
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 113 - 252
Target Start/End: Original strand, 28735 - 28874
Alignment:
Q  113 caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagct 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||    
T  28735 caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgaacatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaaaagtatttaaact 28834  T
Q  213 ttgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 252  Q
     ||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||    
T  28835 ctgattctgtttgtcgcttgggtgaaaattttgatgtcca 28874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0888 (Bit Score: 83; Significance: 2e-39; HSPs: 1)
Name: scaffold0888
Description:

Target: scaffold0888; HSP #1
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 134 - 252
Target Start/End: Original strand, 24 - 142
Alignment:
Q  134 ccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctttgattctgtttgtcgatcgg 233  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||    
T  24 ccaaggcttgattcagttgagcatgttaacgaatatacgatgtcactgatttcaggtggcgagaaagagtatttaagctctgattttgtatgtcgatcgg 123  T
Q  234 gtgaaaattctgatgtcca 252  Q
    |||||||||||||| ||||    
T  124 gtgaaaattctgatttcca 142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1424 (Bit Score: 53; Significance: 2e-21; HSPs: 1)
Name: scaffold1424
Description:

Target: scaffold1424; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 176 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 1703 - 1627
Alignment:
Q  176 tcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctttgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 252  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||    
T  1703 tcactgattccaggtgaagagaaagcgtatttaaactctgattatgtttatcgatcgggtgaaaattttgatgtcca 1627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0107 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0107
Description:

Target: scaffold0107; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 57
Target Start/End: Complemental strand, 39993 - 39937
Alignment:
Q  1 aaatgaaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttga 57  Q
    |||| ||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  39993 aaataaaggtagaaattcttgaagatttgctgatatcggacacaacaaatccgttga 39937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University