View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9959_low_2 (Length: 607)

Name: NF9959_low_2
Description: NF9959
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9959_low_2
NF9959_low_2
[»] chr3 (13 HSPs)
chr3 (22-589)||(2855694-2856258)
chr3 (22-589)||(2768759-2769323)
chr3 (22-589)||(2838484-2839048)
chr3 (22-589)||(2758904-2759468)
chr3 (31-589)||(2748688-2749240)
chr3 (22-589)||(5412597-5413140)
chr3 (22-479)||(2807070-2807521)
chr3 (36-589)||(2818247-2818797)
chr3 (34-589)||(2797051-2797603)
chr3 (152-589)||(2790048-2790491)
chr3 (537-589)||(2755734-2755786)
chr3 (34-105)||(2790491-2790562)
chr3 (397-455)||(22648771-22648829)
[»] scaffold0691 (1 HSPs)
scaffold0691 (22-585)||(6036-6596)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 478; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 478; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 589
Target Start/End: Original strand, 2855694 - 2856258
Alignment:
Q  22 ttcagttccccgacaaaattgctccatcatgtttatcaacaaacctctcacagtgtatgattgagaaactgtgatgcaagcacgacaatcaaagtttgtt 121  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2855694 ttcagttccccgacaaaattgctccatcatgtttatcaacaaacctctcacagtgtatgattgagaaactgtgatgcaagcacgacaatcaaagtttgtt 2855793  T
Q  122 gttaccttttggctgtcaaaaattagcttggcaagagtagtttttcctataccccccattcccaccactgaaatcactttgcgctcagatataccttcca 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2855794 gttaccttttggctgtcaaaaattagcttggcaagagtagtttttcctataccccccattcccaccactgaaatcactttgcgctcagatataccttcca 2855893  T
Q  222 ataaccaaccagacaattcttcttttgggccttcaatgcctacaacttctgtttcttcaatgaaaagggaagacagccgaggatcacgccatcttccatt 321  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  2855894 ataaccaaccagacaattcttcttttgggccttcaatgcctacaacttctgtttcttcaatgaaaagggaagacagtcgaggatcacgccatcttccatt 2855993  T
Q  322 ttctgtcgctccagtactgctgttgctgctgcttgtggatccttgttcatgtgaaatttggaagttatacctctcgcttctttccttgattccgcgaatt 421  Q
    ||||||| ||||   ||||| ||| ||   ||||| ||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  2855994 ttctgtctctcc---actgcggtttctttggcttgaggatccttgctcgtgtgaaatttgaaagttatacctctggcttctttccttgattccacgaatt 2856090  T
Q  422 gacaacttaatgtcctgaatctctgatgcaattttatgacggggaatcaaagttttgattcggcttgtaacattgttgactaaagatccacgtccatgag 521  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  2856091 gacaacttgatgtcctgaatctctgatgcaattttatgatggggaatcaaagttttgattcggcttgtaaccttgttgactaaagatccacgtccatgag 2856190  T
Q  522 gattggccctatggatcaaccgaagatattcatcaatgacatcttcagtgcgaaatgatgcttctctc 589  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  2856191 gattggccctatgtatcaaccgaaggtattcatcaatgacatcttcaatgcgaaatgatgcttctctc 2856258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 318; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 22 - 589
Target Start/End: Complemental strand, 2769323 - 2768759
Alignment:
Q  22 ttcagttccccgacaaaattgctccatcatgtttatcaacaaacctctcacagtgtatgattgagaaactgtgatgcaagcacgacaatcaaagtttgtt 121  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  2769323 ttcagtttcctgacaaaattgctccatcatttttatcagtaaccctctcacagtgtatgattgagaaactgtgatgcaagcacgacaatcaaagtttgca 2769224  T
Q  122 gttaccttttggctgtcaaaaattagcttggcaagagtagtttttcctataccccccattcccaccactgaaatcactttgcgctcagatataccttcca 221  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||| |||||| || |  ||| ||||    
T  2769223 gttaccttttggctgtcataaactagtttggcaagagtggtttttcctagaccccccattcctaccactgatatcactgtgcgcttagctgcaccctcca 2769124  T
Q  222 ataaccaaccagacaattcttcttttgggccttcaatgcctacaacttctgtttcttcaatgaaaagggaagacagccgaggatcacgccatcttccatt 321  Q
    ||||||||||| | ||||||||| |||||||||| |  ||||||| ||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||||| |    
T  2769123 ataaccaaccaaataattcttctcttgggccttccaatcctacaatttctgtttcttcaataaagagggaagacatccgaggatcacgccatcttccact 2769024  T
Q  322 ttctgtcgctccagtactgctgttgctgctgcttgtggatccttgttcatgtgaaatttggaagttatacctctcgcttctttccttgattccgcgaatt 421  Q
    ||||| | ||||   ||| ||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  2769023 ttctgactctcc---actactgttcctgctgtttgaggatccttgttcatgtgaagtttgaaagctatacctctcgcttctttccttgattccacgaatt 2768927  T
Q  422 gacaacttaatgtcctgaatctctgatgcaattttatgacggggaatcaaagttttgattcggcttgtaacattgttgactaaagatccacgtccatgag 521  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||  |||  || ||||||||| ||||   ||     
T  2768926 gacaacttaatgtcctgaatctctaatgcaattttatgacggggagtcaaagttttgattaggcttgcaatcttgaagattaaagatccgcgtctgggac 2768827  T
Q  522 gattggccctatggatcaaccgaagatattcatcaatgacatcttcagtgcgaaatgatgcttctctc 589  Q
    |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  2768826 gattggccctatgggtcaaccgaaggtattcatcaatgacatcttcaatgcgaaatgatgcttctctc 2768759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 314; E-Value: 1e-177
Query Start/End: Original strand, 22 - 589
Target Start/End: Original strand, 2838484 - 2839048
Alignment:
Q  22 ttcagttccccgacaaaattgctccatcatgtttatcaacaaacctctcacagtgtatgattgagaaactgtgatgcaagcacgacaatcaaagtttgtt 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||| |    
T  2838484 ttcagttccccgacaaaattgctccatcatgtttatcaacaaacctctcacagtgtatgattgagaaactgtgacgcaagcataacaatcaaagtttgct 2838583  T
Q  122 gttaccttttggctgtcaaaaattagcttggcaagagtagtttttcctataccccccattcccaccactgaaatcactttgcgctcagatataccttcca 221  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||| || ||| ||||||||| |  ||| ||||    
T  2838584 gttaccttttggctttcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctagaccccccattcctaccactgatatgactgtgcgctcagctgcaccctcca 2838683  T
Q  222 ataaccaaccagacaattcttcttttgggccttcaatgcctacaacttctgtttcttcaatgaaaagggaagacagccgaggatcacgccatcttccatt 321  Q
    ||||||||||| | | ||||||| ||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||  |||||||||||||    
T  2838684 ataaccaaccatatatttcttctcttgggccttcaaatcctacaatttctgtttcttcaatgaaaagggaagacagtcgagggtcgtgccatcttccatt 2838783  T
Q  322 ttctgtcgctccagtactgctgttgctgctgcttgtggatccttgttcatgtgaaatttggaagttatacctctcgcttctttccttgattccgcgaatt 421  Q
    ||||| | |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||    
T  2838784 ttctgcctctccaggactgctgttgctgctgcttgaggatccttgttcatttgaaatttgaaagttatacctctcgcttcttttcttgattccgtgagtt 2838883  T
Q  422 gacaacttaatgtcctgaatctctgatgcaattttatgacggggaatcaaagttttgattcggcttgtaacattgttgactaaagatccacgtccatgag 521  Q
    | || ||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||   ||||    | |  ||  ||||||||  | |||| |||    
T  2838884 gtcagcttgatgtcttgaatctctgatgcaattttgtgacggggaatcaaagttttgattaaccttg---gagtcatgcataaagatctgcatccaggag 2838980  T
Q  522 gattggccctatggatcaaccgaagatattcatcaatgacatcttcagtgcgaaatgatgcttctctc 589  Q
    ||||||||||||| || |  ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  2838981 gattggccctatgcattagtcgaaggtattcatcaatgacatcttcaatgcgaaatgatgcttctctc 2839048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 294; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 22 - 589
Target Start/End: Complemental strand, 2759468 - 2758904
Alignment:
Q  22 ttcagttccccgacaaaattgctccatcatgtttatcaacaaacctctcacagtgtatgattgagaaactgtgatgcaagcacgacaatcaaagtttgtt 121  Q
    ||||||| || ||||||||||| ||||||| |||||||  || |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||  |||||||||| | ||||    
T  2759468 ttcagtttcctgacaaaattgcgccatcatttttatcagtaatcctctcacagtgtatgattgagaaactacgatgcaagcttgacaatcaaactgtgtt 2759369  T
Q  122 gttaccttttggctgtcaaaaattagcttggcaagagtagtttttcctataccccccattcccaccactgaaatcactttgcgctcagatataccttcca 221  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| || | |||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||| |  ||| ||||    
T  2759368 gttaccttttggctgtcaaaaactagcttggcaagagtggttttgccgagaccccccattcctaccactgaaatcactgtgcgttcagctgaaccctcca 2759269  T
Q  222 ataaccaaccagacaattcttcttttgggccttcaatgcctacaacttctgtttcttcaatgaaaagggaagacagccgaggatcacgccatcttccatt 321  Q
    ||||||||||| | | ||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  2759268 ataaccaaccatatagttcttcttttgggccttcaaatcctacaatttctgtttcttcaatgaaaagggaagacagtcgaggatcacgccatcttccatt 2759169  T
Q  322 ttctgtcgctccagtactgctgttgctgctgcttgtggatccttgttcatgtgaaatttggaagttatacctctcgcttctttccttgattccgcgaatt 421  Q
    |||| || || | |||    ||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  2759168 ttctttctcttcggta---gtgttgctgctgtttgaggatccttgttcatttgaaatttgaaagttatacctcacgcttctttccttgattccgtgaatt 2759072  T
Q  422 gacaacttaatgtcctgaatctctgatgcaattttatgacggggaatcaaagttttgattcggcttgtaacattgttgactaaagatccacgtccatgag 521  Q
    | || ||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||| || |||||| |  ||| |||    
T  2759071 gtcagcttgatgtcttgaatctctgatgcaattttgtgacggggaatcaaagttttgattgggcttgtaatcttgttgaatacagatccgctaccaggag 2758972  T
Q  522 gattggccctatggatcaaccgaagatattcatcaatgacatcttcagtgcgaaatgatgcttctctc 589  Q
    |||||||| ||||||||| |||||| ||||| ||||| | ||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  2758971 gattggccgtatggatcagccgaaggtattcgtcaattatatcttcaatgcgaaacgatgcttctctc 2758904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 267; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 31 - 589
Target Start/End: Complemental strand, 2749240 - 2748688
Alignment:
Q  31 ccgacaaaattgctccatcatgtttatcaacaaacctctcacagtgtatgattgagaaactgtgatgcaagcacgacaatcaaagtttgttgttaccttt 130  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || || |||||||    
T  2749240 ccgacagaattgctccatcatgtttatcaacaaacctctcacagtgtaagattgagaaactgtgacgcaagcacgacaatcaaagtgtgctgataccttt 2749141  T
Q  131 tggctgtcaaaaattagcttggcaagagtagtttttcctataccccccattcccaccactgaaatcactttgcgctcagatataccttccaataaccaac 230  Q
    | ||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||  || |||||||| ||||| || |||||  ||||||||| |  ||| |||||||||||||    
T  2749140 ttgctttcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctaggcctcccattcctaccacggatatcaccgtgcgctcagcttcaccatccaataaccaac 2749041  T
Q  231 cagacaattcttcttttgggccttcaatgcctacaacttctgtttcttcaatgaaaagggaagacagccgaggatcacgccatcttccattttctgtcgc 330  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||| || |    
T  2749040 cagacagttcttcttttgggacttcaataccaacaacttctgtttcttcaataaaaagagaagacagtcgaggatcatgccattttccattttctctctc 2748941  T
Q  331 tccagtactgctgttgctgctgcttgtggatccttgttcatgtgaaatttggaagttatacctctcgcttctttccttgattccgcgaattgacaactta 430  Q
    |||  ||    || |  |||||||||  | ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| || |||    
T  2748940 tcc--ta----tgctaatgctgcttgaagttccttgttcgtgtgaaatttgaaagttatacctctcacttctttccttgattccacgaattgataattta 2748847  T
Q  431 atgtcctgaatctctgatgcaattttatgacggggaatcaaagttttgattcggcttgtaacattgttgactaaagatccacgtccatgaggattggccc 530  Q
    ||||||||||| || ||||| || | ||||||||||||||||||||||||| | |||| ||  |||  |||||||||||| | || | ||||||||||||    
T  2748846 atgtcctgaatttcagatgctatatgatgacggggaatcaaagttttgatttgccttgcaatcttgccgactaaagatccgcatctaggaggattggccc 2748747  T
Q  531 tatggatcaaccgaagatattcatcaatgacatcttcagtgcgaaatgatgcttctctc 589  Q
    |||| || | |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  2748746 tatgcattagccgaaggtattcatcaatgacatcttcaatgcgaaatgatgcttctctc 2748688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 22 - 589
Target Start/End: Complemental strand, 5413140 - 5412597
Alignment:
Q  22 ttcagttccccgacaaaattgctccatcatgtttatcaacaaacctctcacagtgtatgattgagaaactgtgatgcaagcacgacaatcaaagtttgtt 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||| || |    
T  5413140 ttcagttccccgacaaaattgctccatcatgtttatcaacaaacctctcacagtgtatgattgagaaactgttacgcaagcacaacaatcaaagtgtgct 5413041  T
Q  122 gttaccttttggctgtcaaaaattagcttggcaagagtagtttttcctataccccccattcccaccactgaaatcactttgcgctcagatataccttcca 221  Q
    | |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||| |||||||| || ||| | || || | |  ||| ||||    
T  5413040 gataccttttggctttcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctaggccccccattcctaccactgatatgactgtacgttccgctgcaccatcca 5412941  T
Q  222 ataaccaaccagacaattcttcttttgggccttcaatgcctacaacttctgtttcttcaatgaaaagggaagacagccgaggatcacgccatcttccatt 321  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  5412940 ataaccaaccagacaattcttcttttggaccttcaattcctacaacttctgtttctgtaatgaatagggaagacagtcgaggatctcgccatcttccatt 5412841  T
Q  322 ttctgtcgctccagtactgctgttgctgctgcttgtggatccttgttcatgtgaaatttggaagttatacctctcgcttctttccttgattccgcgaatt 421  Q
    ||||||| |||   ||||||||||||||||                     ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  5412840 ttctgtctctc---tactgctgttgctgct---------------------tgaaatttgaaagttatacctctcacttctttccttgattccacgaatt 5412765  T
Q  422 gacaacttaatgtcctgaatctctgatgcaattttatgacggggaatcaaagttttgattcggcttgtaacattgttgactaaagatccacgtccatgag 521  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| || | |||| |||||||||||||||||||   ||||| ||  |||  |||||||||||  | |||| |||    
T  5412764 gacaacttaatgtcctgaatctcagatgctatctgatgatggggaatcaaagttttgatcaagcttgcaatcttgcagactaaagatctgcatccaagag 5412665  T
Q  522 gattggccctatggatcaaccgaagatattcatcaatgacatcttcagtgcgaaatgatgcttctctc 589  Q
    ||||| ||||||| || | |||| | ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  5412664 gattgaccctatgcattagccgatggtattcgtcaatgacatcttcaatgcgaaatgatgcttctctc 5412597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 238; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 22 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 2807521 - 2807070
Alignment:
Q  22 ttcagttccccgacaaaattgctccatcatgtttatcaacaaacctctcacagtgtatgattgagaaactgtgatgcaagcacgacaatcaaagtttgtt 121  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  2807521 ttcagtttcctgacaaaattgctccatcatgtttatcatcaaccctctcacagtgtatgattgagaaactgcgatgcaagcacgacaatcaaagtgtgtt 2807422  T
Q  122 gttaccttttggctgtcaaaaattagcttggcaagagtagtttttcctataccccccattcccaccactgaaatcactttgcgctcagatataccttcca 221  Q
    |||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||| ||||| ||||||||  ||||||||| || ||| ||||    
T  2807421 gttaccgtttggctatcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctagacctcccattcctaccaccgaaatcaccgtgcgctcagctacaccctcca 2807322  T
Q  222 ataaccaaccagacaattcttcttttgggccttcaatgcctacaacttctgtttcttcaatgaaaagggaagacagccgaggatcacgccatcttccatt 321  Q
    |||||||| |||||| ||||||| |||||  |||||  ||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  2807321 ataaccaaacagacatttcttctcttgggaattcaaatcctacaatttctctttcttcaataaaaagggaagacagtcgaggatcacgccatcttccatt 2807222  T
Q  322 ttctgtcgctccagtactgctgttgctgctgcttgtggatccttgttcatgtgaaatttggaagttatacctctcgcttctttccttgattccgcgaatt 421  Q
    ||||||| |||   || ||||||   ||| |||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||      
T  2807221 ttctgtctctc---tagtgctgt---tgcggcttgatgatccttgttcatgtgaaatttgtaagttatacctctcacttctttccttgattccgcgaacc 2807128  T
Q  422 gacaacttaatgtcctgaatctctgatgcaattttatgacggggaatcaaagttttga 479  Q
    |||| |||||||||  | ||||  ||||| || | |||||||||||||||||||||||    
T  2807127 gacaccttaatgtctcggatcttagatgctatatgatgacggggaatcaaagttttga 2807070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 36 - 589
Target Start/End: Complemental strand, 2818797 - 2818247
Alignment:
Q  36 aaaattgctccatcatgtttatcaacaaacctctcacagtgtatgattgagaaactgtgatgcaagcacgacaatcaaagtttgttgttaccttttggct 135  Q
    |||||||||||||||| |||||||  || |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  2818797 aaaattgctccatcatttttatcagtaatcctctcacagtgtatgattgagaaactacgatgcaagctcgacaatcaaactgtgttgttaccttttggct 2818698  T
Q  136 gtcaaaaattagcttggcaagagtagtttttcctataccccccattcccaccactgaaatcactttgcgctcagatataccttccaataaccaaccagac 235  Q
    |||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||| ||||||| | |  ||| ||||||||||||||| |     
T  2818697 gtcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctagaccccccattcctaccactgatatcactgtgcgctcggctgcaccctccaataaccaaccatat 2818598  T
Q  236 aattcttcttttgggccttcaatgcctacaacttctgtttcttcaatgaaaagggaagacagccgaggatcacgccatcttccattttctgtcgctccag 335  Q
    | ||||||| | ||||||||||  ||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||  | |||| | ||||      
T  2818597 agttcttctctcgggccttcaaatcctacgatttctgtttcttcaatgaaaagagaagacagtcgaggatcacgccatcctcctgtgtctgactctcc-- 2818500  T
Q  336 tactgctgttgctgctgcttgtggatccttgttcatgtgaaatttggaagttatacctctcgcttctttccttgattccgcgaattgacaacttaatgtc 435  Q
     ||  | ||||||   ||  | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  2818499 -acatccgttgctttggcacgaggatccttgttcatgcgaaatttggaagttatacctctcgcttctttccttgattccacgaattgacaacttgatgtc 2818401  T
Q  436 ctgaatctctgatgcaattttatgacggggaatcaaagttttgattcggcttgtaacattgttgactaaagatccacgtccatgaggattggccctatgg 535  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||| || |||   |||| ||  |||   || |||||||  | |||  ||| ||||| |||||||    
T  2818400 ctgaatctctgatgcaatttcataacggggagtcaaagtcttcattaatcttggaatcttgcataccaaagatctgcatcctggagaattggtcctatgg 2818301  T
Q  536 atcaaccgaagatattcatcaatgacatcttcagtgcgaaatgatgcttctctc 589  Q
    |||||  |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  2818300 atcaaaagaaggtattcatcaatgacatcttcaatgcgaaatgatgcatctctc 2818247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 34 - 589
Target Start/End: Complemental strand, 2797603 - 2797051
Alignment:
Q  34 acaaaattgctccatcatgtttatcaacaaacctctcacagtgtatgattgagaaactgtgatgcaagcacgacaatcaaagtttgttgttaccttttgg 133  Q
    |||||||| |||||||||||| ||||| |  || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||     
T  2797603 acaaaattcctccatcatgttgatcaatatccccctcacggtgtatgattgagaaactgtgatgcaagcacgacaatcaaattttgttgttaccttttga 2797504  T
Q  134 ctgtcaaaaattagcttggcaagagtagtttttcctataccccccattcccaccactgaaatcactttgcgctcagatataccttccaataaccaaccag 233  Q
    ||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||| | | || || | |||||||||||    
T  2797503 ctgtcgaaaactagcttggcaagagtggtttttcctagacctcccattccaaccactgaaatcactgtgcgctcagctgtgccctctagtaaccaaccag 2797404  T
Q  234 acaattcttcttttgggccttcaatgcctacaacttctgtttcttcaatgaaaagggaagacagccgaggatcacgccatcttccattttctgtcgctcc 333  Q
    ||||||||||  | ||||||||||  || |||| | | ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||| || ||| |||     
T  2797403 acaattcttccctcgggccttcaaatccgacaattgcagtttcttcaataaaaagggaagacagtcgaggatcacaccatcttctattatccgtctctc- 2797305  T
Q  334 agtactgctgttgctgctgcttgtggatccttgttcatgtgaaatttggaagttatacctctcgcttctttccttgattccgcgaattgacaacttaatg 433  Q
      ||||||||||| |||||||||  |||||| ||   ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| | |||||||    
T  2797304 --tactgctgttgttgctgcttgatgatcctggtgtctgtgaaatttgaaagttatacctctcacttctttccttgattccacgaattgatatcttaatg 2797207  T
Q  434 tcctgaatctctgatgcaattttatgacggggaatcaaagttttgattcggcttgtaacattgttgactaaagatccacgtccatgaggattggccctat 533  Q
    | || |||||| ||||| || |  ||| ||| |||||| ||||||||| | |||| ||  |||  |||||||||||| | |||  |||||| ||||||||    
T  2797206 ttcttaatctcagatgctatctggtgaagggaaatcaatgttttgattagacttgcaatcttgcagactaaagatccgcatcccggaggataggccctat 2797107  T
Q  534 ggatcaaccgaagatattcatcaatgacatcttcagtgcgaaatgatgcttctctc 589  Q
    | |||| | |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  2797106 gcatcagctgaaggtattcatcaatgacatcttcaatgcgaaatgatgcttctctc 2797051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 152; E-Value: 3e-80
Query Start/End: Original strand, 152 - 589
Target Start/End: Complemental strand, 2790491 - 2790048
Alignment:
Q  152 gcaagagtagtttttcctataccccccattcccaccactgaaatcactttgcgctcagatataccttccaataaccaaccagacaattcttcttttgggc 251  Q
    |||||||| |||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||| | | || ||||||||||||||||||||||||||  | ||||    
T  2790491 gcaagagtggtttttcctagacctcccattccaaccactgaaatcactgtgcgctcagctgtgccctccaataaccaaccagacaattcttccctcgggc 2790392  T
Q  252 cttcaatgcctacaacttctgtttcttcaatgaaaagggaagacagccgaggatcacgccatcttccattttctgtcgctccagtactgctgttgctgct 351  Q
    ||||||  || |||| | | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||| || ||| |||   ||||||||||||||||    
T  2790391 cttcaaatccgacaattgcagtttcttcaatgaaaagggaagacaaccgaggatcatgccatcttctattgtccgtctctc---tactgctgttgctgct 2790295  T
Q  352 gcttgtggatccttgttcatgtgaaatttggaagttatacctctcgcttctttccttgattccgcgaattgacaacttaatgtcctgaatctctgatgca 451  Q
    |||||  |||||| ||   ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||  | |||||| |||||     
T  2790294 gcttgatgatcctggtgtctgtgaaatttgaaagttatacctctcacttctttccttgattccacgaattgatatcttaatgtttttaatctcagatgct 2790195  T
Q  452 attttatgacggggaatcaaagttttgattcggcttgtaacattgttgactaaagatccacg---tccatgaggattg------gccctatggatcaacc 542  Q
    || | |||| |||||||||||||||||||| |||||| ||  |||  || |||||||  |||   ||||  |||||||      |||||||| || | ||    
T  2790194 atctgatgatggggaatcaaagttttgattaggcttgcaatcttgcagaataaagattgacggcatccagaaggattggattttgccctatgcatgagcc 2790095  T
Q  543 gaagatattcatcaatgacatcttcagtgcgaaatgatgcttctctc 589  Q
    |||| |||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  2790094 gaaggtattcatcgatgatatcttcaatgcgaaatgatgcttctctc 2790048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 537 - 589
Target Start/End: Complemental strand, 2755786 - 2755734
Alignment:
Q  537 tcaaccgaagatattcatcaatgacatcttcagtgcgaaatgatgcttctctc 589  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  2755786 tcaaccgaaggtattcatcaatgacatcttcaatgcgaaatgatgcttctctc 2755734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 34 - 105
Target Start/End: Complemental strand, 2790562 - 2790491
Alignment:
Q  34 acaaaattgctccatcatgtttatcaacaaacctctcacagtgtatgattgagaaactgtgatgcaagcacg 105  Q
    |||||||| |||||||||||| ||||| |  || ||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  2790562 acaaaattcctccatcatgttgatcaatatccccctcacggtgaatgattgagaaacggtgatgcaagcacg 2790491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 397 - 455
Target Start/End: Original strand, 22648771 - 22648829
Alignment:
Q  397 gcttctttccttgattccgcgaattgacaacttaatgtcctgaatctctgatgcaattt 455  Q
    |||| ||||||||||||| |||||  | ||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  22648771 gcttttttccttgattccacgaataaataacttaatgtcttgaatctcggatgcaattt 22648829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0691 (Bit Score: 234; Significance: 1e-129; HSPs: 1)
Name: scaffold0691
Description:

Target: scaffold0691; HSP #1
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 22 - 585
Target Start/End: Original strand, 6036 - 6596
Alignment:
Q  22 ttcagttccccgacaaaattgctccatcatgtttatcaacaaacctctcacagtgtatgattgagaaactgtgatgcaagcacgacaatcaaagtttgtt 121  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |  || |||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||    
T  6036 ttcagtttcccgacaaaattgctccatcatgtttatgagtaaccctctcacggtgtatgtttgagaaactgcgatgcaagcacgacaatcaaattgtgtt 6135  T
Q  122 gttaccttttggctgtcaaaaattagcttggcaagagtagtttttcctataccccccattcccaccactgaaatcactttgcgctcagatataccttcca 221  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| ||  ||||||||| |  ||  ||||    
T  6136 gttaccttttggctgtcaaaaactagcttggcaagagtggttttccctatacctcccattcctaccactgaaattacggtgcgctcagctggactctcca 6235  T
Q  222 ataaccaaccagacaattcttcttttgggccttcaatgcctacaacttctgtttcttcaatgaaaagggaagacagccgaggatcacgccatcttccatt 321  Q
    ||||||||||| | ||||| ||| |||||||||| |  ||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||| |  |||||||||||||||||||||||    
T  6236 ataaccaaccatataattcctctcttgggccttcgaatcctacaacttcagtttcttcaataaaaagggcagataatcgaggatcacgccatcttccatt 6335  T
Q  322 ttctgtcgctccagtactgctgttgctgctgcttgtggatccttgttcatgtgaaatttggaagttatacctctcgcttctttccttgattccgcgaatt 421  Q
    ||||| | |||| |   ||||| |||||   ||||  |||||  |||||||| ||||||| ||||||||||| || ||||| ||||||||||| ||||||    
T  6336 ttctgcctctcctg---tgctgctgctgacacttgatgatccaggttcatgtaaaatttgaaagttatacctttcacttctgtccttgattccacgaatt 6432  T
Q  422 gacaacttaatgtcctgaatctctgatgcaattttatgacggggaatcaaagttttgattcggcttgtaacattgttgactaaagatccacgtccatgag 521  Q
    |||| ||| |||||||||||||| ||||| || | |||  | | |||||||||||||||| |||||  ||  |||  |||||| ||||| | |||| |||    
T  6433 gacagctttatgtcctgaatctcagatgctatctgatgctgagaaatcaaagttttgattaggcttacaatcttgcagactaatgatccgcatccaggag 6532  T
Q  522 gattggccctatggatcaaccgaagatattcatcaatgacatcttcagtgcgaaatgatgcttc 585  Q
    | |||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  6533 ggttggccctatggatcagccgaaggtattcatcaataacatcttcaatgcgaaatgatgcttc 6596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University