View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9959_low_5 (Length: 564)

Name: NF9959_low_5
Description: NF9959
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9959_low_5
NF9959_low_5
[»] chr3 (11 HSPs)
chr3 (22-564)||(2838484-2839026)
chr3 (22-564)||(2855694-2856236)
chr3 (22-481)||(2759012-2759468)
chr3 (22-564)||(2768781-2769323)
chr3 (31-564)||(2748710-2749240)
chr3 (22-564)||(5412619-5413140)
chr3 (36-564)||(2818269-2818797)
chr3 (22-479)||(2807070-2807521)
chr3 (34-564)||(2797073-2797603)
chr3 (152-482)||(2790164-2790491)
chr3 (34-105)||(2790491-2790562)
[»] scaffold0691 (1 HSPs)
scaffold0691 (22-564)||(6036-6578)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 451; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 451; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 564
Target Start/End: Original strand, 2838484 - 2839026
Alignment:
Q  22 ttcagttccccgacaaaattgctccatcatgtttatcaacaaacctctcacagtgtatgattgagaaactgtgatgcaagcacgacaatcaaagtttgtt 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||| |    
T  2838484 ttcagttccccgacaaaattgctccatcatgtttatcaacaaacctctcacagtgtatgattgagaaactgtgacgcaagcataacaatcaaagtttgct 2838583  T
Q  122 gttaccttttggctgtcaaaaattagcttggcaagagtagtttttcctataccccccattcccaccactgaaatcactttgcgctcagatataccttcca 221  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||| || ||| ||||||||| |  ||| ||||    
T  2838584 gttaccttttggctttcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctagaccccccattcctaccactgatatgactgtgcgctcagctgcaccctcca 2838683  T
Q  222 ataaccaaccagacaattcttcttttgggccttcaatgcctacaacttctgtttcttcaatgaaaagggaagacagtcgagggtcgtgccatcttccatt 321  Q
    ||||||||||| | | ||||||| ||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2838684 ataaccaaccatatatttcttctcttgggccttcaaatcctacaatttctgtttcttcaatgaaaagggaagacagtcgagggtcgtgccatcttccatt 2838783  T
Q  322 ttctgcctctccaggactgctgttgctgctgcttgaggatccttgttcatttgaaatttgaaagttatacctctcgcttcttttcttgattccgtgagtt 421  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2838784 ttctgcctctccaggactgctgttgctgctgcttgaggatccttgttcatttgaaatttgaaagttatacctctcgcttcttttcttgattccgtgagtt 2838883  T
Q  422 gtcagcttgatgtcttgaatctctgatgcaattttgtgacggggaatcaaagttttgattaaccttggagtcatgcataaagatctgcatccaggaggat 521  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2838884 gtcagcttgatgtcttgaatctctgatgcaattttgtgacggggaatcaaagttttgattaaccttggagtcatgcataaagatctgcatccaggaggat 2838983  T
Q  522 tggccctatgcattagtcgaaggtattcatcaatgacatcttc 564  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2838984 tggccctatgcattagtcgaaggtattcatcaatgacatcttc 2839026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 362; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 564
Target Start/End: Original strand, 2855694 - 2856236
Alignment:
Q  22 ttcagttccccgacaaaattgctccatcatgtttatcaacaaacctctcacagtgtatgattgagaaactgtgatgcaagcacgacaatcaaagtttgtt 121  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2855694 ttcagttccccgacaaaattgctccatcatgtttatcaacaaacctctcacagtgtatgattgagaaactgtgatgcaagcacgacaatcaaagtttgtt 2855793  T
Q  122 gttaccttttggctgtcaaaaattagcttggcaagagtagtttttcctataccccccattcccaccactgaaatcactttgcgctcagatataccttcca 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2855794 gttaccttttggctgtcaaaaattagcttggcaagagtagtttttcctataccccccattcccaccactgaaatcactttgcgctcagatataccttcca 2855893  T
Q  222 ataaccaaccagacaattcttcttttgggccttcaatgcctacaacttctgtttcttcaatgaaaagggaagacagtcgagggtcgtgccatcttccatt 321  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||    
T  2855894 ataaccaaccagacaattcttcttttgggccttcaatgcctacaacttctgtttcttcaatgaaaagggaagacagtcgaggatcacgccatcttccatt 2855993  T
Q  322 ttctgcctctccaggactgctgttgctgctgcttgaggatccttgttcatttgaaatttgaaagttatacctctcgcttcttttcttgattccgtgagtt 421  Q
    ||||| ||||||   ||||| ||| ||   ||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||  || ||    
T  2855994 ttctgtctctcc---actgcggtttctttggcttgaggatccttgctcgtgtgaaatttgaaagttatacctctggcttctttccttgattccacgaatt 2856090  T
Q  422 gtcagcttgatgtcttgaatctctgatgcaattttgtgacggggaatcaaagttttgattaaccttgga---gtcatgcataaagatctgcatccaggag 518  Q
    | || ||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||   |||| |    |  ||  ||||||||  | |||| |||    
T  2856091 gacaacttgatgtcctgaatctctgatgcaattttatgatggggaatcaaagttttgattcggcttgtaaccttgttgactaaagatccacgtccatgag 2856190  T
Q  519 gattggccctatgcattagtcgaaggtattcatcaatgacatcttc 564  Q
    ||||||||||||| || |  ||||||||||||||||||||||||||    
T  2856191 gattggccctatgtatcaaccgaaggtattcatcaatgacatcttc 2856236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 270; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 22 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 2759468 - 2759012
Alignment:
Q  22 ttcagttccccgacaaaattgctccatcatgtttatcaacaaacctctcacagtgtatgattgagaaactgtgatgcaagcacgacaatcaaagtttgtt 121  Q
    ||||||| || ||||||||||| ||||||| |||||||  || |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||  |||||||||| | ||||    
T  2759468 ttcagtttcctgacaaaattgcgccatcatttttatcagtaatcctctcacagtgtatgattgagaaactacgatgcaagcttgacaatcaaactgtgtt 2759369  T
Q  122 gttaccttttggctgtcaaaaattagcttggcaagagtagtttttcctataccccccattcccaccactgaaatcactttgcgctcagatataccttcca 221  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| || | |||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||| |  ||| ||||    
T  2759368 gttaccttttggctgtcaaaaactagcttggcaagagtggttttgccgagaccccccattcctaccactgaaatcactgtgcgttcagctgaaccctcca 2759269  T
Q  222 ataaccaaccagacaattcttcttttgggccttcaatgcctacaacttctgtttcttcaatgaaaagggaagacagtcgagggtcgtgccatcttccatt 321  Q
    ||||||||||| | | ||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||    
T  2759268 ataaccaaccatatagttcttcttttgggccttcaaatcctacaatttctgtttcttcaatgaaaagggaagacagtcgaggatcacgccatcttccatt 2759169  T
Q  322 ttctgcctctccaggactgctgttgctgctgcttgaggatccttgttcatttgaaatttgaaagttatacctctcgcttcttttcttgattccgtgagtt 421  Q
    ||||  |||| | |   |  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||    
T  2759168 ttctttctcttcgg---tagtgttgctgctgtttgaggatccttgttcatttgaaatttgaaagttatacctcacgcttctttccttgattccgtgaatt 2759072  T
Q  422 gtcagcttgatgtcttgaatctctgatgcaattttgtgacggggaatcaaagttttgatt 481  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2759071 gtcagcttgatgtcttgaatctctgatgcaattttgtgacggggaatcaaagttttgatt 2759012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 238; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 22 - 564
Target Start/End: Complemental strand, 2769323 - 2768781
Alignment:
Q  22 ttcagttccccgacaaaattgctccatcatgtttatcaacaaacctctcacagtgtatgattgagaaactgtgatgcaagcacgacaatcaaagtttgtt 121  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  2769323 ttcagtttcctgacaaaattgctccatcatttttatcagtaaccctctcacagtgtatgattgagaaactgtgatgcaagcacgacaatcaaagtttgca 2769224  T
Q  122 gttaccttttggctgtcaaaaattagcttggcaagagtagtttttcctataccccccattcccaccactgaaatcactttgcgctcagatataccttcca 221  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||| |||||| || |  ||| ||||    
T  2769223 gttaccttttggctgtcataaactagtttggcaagagtggtttttcctagaccccccattcctaccactgatatcactgtgcgcttagctgcaccctcca 2769124  T
Q  222 ataaccaaccagacaattcttcttttgggccttcaatgcctacaacttctgtttcttcaatgaaaagggaagacagtcgagggtcgtgccatcttccatt 321  Q
    ||||||||||| | ||||||||| |||||||||| |  ||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||  ||||| ||  ||||||||||| |    
T  2769123 ataaccaaccaaataattcttctcttgggccttccaatcctacaatttctgtttcttcaataaagagggaagacatccgaggatcacgccatcttccact 2769024  T
Q  322 ttctgcctctccaggactgctgttgctgctgcttgaggatccttgttcatttgaaatttgaaagttatacctctcgcttcttttcttgattccgtgagtt 421  Q
    ||||| ||||||   ||| ||||| |||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||  || ||    
T  2769023 ttctgactctcc---actactgttcctgctgtttgaggatccttgttcatgtgaagtttgaaagctatacctctcgcttctttccttgattccacgaatt 2768927  T
Q  422 gtcagcttgatgtcttgaatctctgatgcaattttgtgacggggaatcaaagttttgattaaccttggagtcatgca---taaagatctgcatccaggag 518  Q
    | || ||| ||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||  |||| | || || |   |||||||| || ||  |||     
T  2768926 gacaacttaatgtcctgaatctctaatgcaattttatgacggggagtcaaagttttgattaggcttgcaatcttgaagattaaagatccgcgtctgggac 2768827  T
Q  519 gattggccctatgcattagtcgaaggtattcatcaatgacatcttc 564  Q
    |||||||||||||  | |  ||||||||||||||||||||||||||    
T  2768826 gattggccctatgggtcaaccgaaggtattcatcaatgacatcttc 2768781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 31 - 564
Target Start/End: Complemental strand, 2749240 - 2748710
Alignment:
Q  31 ccgacaaaattgctccatcatgtttatcaacaaacctctcacagtgtatgattgagaaactgtgatgcaagcacgacaatcaaagtttgttgttaccttt 130  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || || |||||||    
T  2749240 ccgacagaattgctccatcatgtttatcaacaaacctctcacagtgtaagattgagaaactgtgacgcaagcacgacaatcaaagtgtgctgataccttt 2749141  T
Q  131 tggctgtcaaaaattagcttggcaagagtagtttttcctataccccccattcccaccactgaaatcactttgcgctcagatataccttccaataaccaac 230  Q
    | ||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||  || |||||||| ||||| || |||||  ||||||||| |  ||| |||||||||||||    
T  2749140 ttgctttcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctaggcctcccattcctaccacggatatcaccgtgcgctcagcttcaccatccaataaccaac 2749041  T
Q  231 cagacaattcttcttttgggccttcaatgcctacaacttctgtttcttcaatgaaaagggaagacagtcgagggtcgtgccatcttccattttctgcctc 330  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| || |||||| |||||||||||  |||    
T  2749040 cagacagttcttcttttgggacttcaataccaacaacttctgtttcttcaataaaaagagaagacagtcgaggatcatgccattttccattttctctctc 2748941  T
Q  331 tccaggactgctgttgctgctgcttgaggatccttgttcatttgaaatttgaaagttatacctctcgcttcttttcttgattccgtgagttgtcagcttg 430  Q
    |||        || |  |||||||||| | ||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||  || |||  |  ||     
T  2748940 tcc------tatgctaatgctgcttgaagttccttgttcgtgtgaaatttgaaagttatacctctcacttctttccttgattccacgaattgataattta 2748847  T
Q  431 atgtcttgaatctctgatgcaattttgtgacggggaatcaaagttttgattaaccttggagtcatgc---ataaagatctgcatccaggaggattggccc 527  Q
    ||||| ||||| || ||||| || |  ||||||||||||||||||||||||  ||||| | || |||    |||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  2748846 atgtcctgaatttcagatgctatatgatgacggggaatcaaagttttgatttgccttgcaatcttgccgactaaagatccgcatctaggaggattggccc 2748747  T
Q  528 tatgcattagtcgaaggtattcatcaatgacatcttc 564  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  2748746 tatgcattagccgaaggtattcatcaatgacatcttc 2748710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 22 - 564
Target Start/End: Complemental strand, 5413140 - 5412619
Alignment:
Q  22 ttcagttccccgacaaaattgctccatcatgtttatcaacaaacctctcacagtgtatgattgagaaactgtgatgcaagcacgacaatcaaagtttgtt 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||| || |    
T  5413140 ttcagttccccgacaaaattgctccatcatgtttatcaacaaacctctcacagtgtatgattgagaaactgttacgcaagcacaacaatcaaagtgtgct 5413041  T
Q  122 gttaccttttggctgtcaaaaattagcttggcaagagtagtttttcctataccccccattcccaccactgaaatcactttgcgctcagatataccttcca 221  Q
    | |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||| |||||||| || ||| | || || | |  ||| ||||    
T  5413040 gataccttttggctttcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctaggccccccattcctaccactgatatgactgtacgttccgctgcaccatcca 5412941  T
Q  222 ataaccaaccagacaattcttcttttgggccttcaatgcctacaacttctgtttcttcaatgaaaagggaagacagtcgagggtcgtgccatcttccatt 321  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||| ||  |||||||||||||    
T  5412940 ataaccaaccagacaattcttcttttggaccttcaattcctacaacttctgtttctgtaatgaatagggaagacagtcgaggatctcgccatcttccatt 5412841  T
Q  322 ttctgcctctccaggactgctgttgctgctgcttgaggatccttgttcatttgaaatttgaaagttatacctctcgcttcttttcttgattccgtgagtt 421  Q
    ||||| |||||    ||||||||||||||                     ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||  || ||    
T  5412840 ttctgtctctc---tactgctgttgctgc---------------------ttgaaatttgaaagttatacctctcacttctttccttgattccacgaatt 5412765  T
Q  422 gtcagcttgatgtcttgaatctctgatgcaattttgtgacggggaatcaaagttttgattaaccttggagtcatgca---taaagatctgcatccaggag 518  Q
    | || ||| ||||| |||||||| ||||| || |  ||| ||||||||||||||||||| || |||| | || ||||   |||||||||||||||| |||    
T  5412764 gacaacttaatgtcctgaatctcagatgctatctgatgatggggaatcaaagttttgatcaagcttgcaatcttgcagactaaagatctgcatccaagag 5412665  T
Q  519 gattggccctatgcattagtcgaaggtattcatcaatgacatcttc 564  Q
    ||||| ||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||    
T  5412664 gattgaccctatgcattagccgatggtattcgtcaatgacatcttc 5412619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 36 - 564
Target Start/End: Complemental strand, 2818797 - 2818269
Alignment:
Q  36 aaaattgctccatcatgtttatcaacaaacctctcacagtgtatgattgagaaactgtgatgcaagcacgacaatcaaagtttgttgttaccttttggct 135  Q
    |||||||||||||||| |||||||  || |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  2818797 aaaattgctccatcatttttatcagtaatcctctcacagtgtatgattgagaaactacgatgcaagctcgacaatcaaactgtgttgttaccttttggct 2818698  T
Q  136 gtcaaaaattagcttggcaagagtagtttttcctataccccccattcccaccactgaaatcactttgcgctcagatataccttccaataaccaaccagac 235  Q
    |||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||| ||||||| | |  ||| ||||||||||||||| |     
T  2818697 gtcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctagaccccccattcctaccactgatatcactgtgcgctcggctgcaccctccaataaccaaccatat 2818598  T
Q  236 aattcttcttttgggccttcaatgcctacaacttctgtttcttcaatgaaaagggaagacagtcgagggtcgtgccatcttccattttctgcctctccag 335  Q
    | ||||||| | ||||||||||  ||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||  |||||| |||  | |||| ||||||      
T  2818597 agttcttctctcgggccttcaaatcctacgatttctgtttcttcaatgaaaagagaagacagtcgaggatcacgccatcctcctgtgtctgactctcc-- 2818500  T
Q  336 gactgctgttgctgctgcttgaggatccttgttcatttgaaatttgaaagttatacctctcgcttcttttcttgattccgtgagttgtcagcttgatgtc 435  Q
     ||  | ||||||   ||  ||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||  || ||| || |||||||||    
T  2818499 -acatccgttgctttggcacgaggatccttgttcatgcgaaatttggaagttatacctctcgcttctttccttgattccacgaattgacaacttgatgtc 2818401  T
Q  436 ttgaatctctgatgcaattttgtgacggggaatcaaagttttgattaaccttggagtcatgcat---aaagatctgcatccaggaggattggccctatgc 532  Q
     |||||||||||||||||||  | ||||||| ||||||| || ||||| |||||| || |||||   |||||||||||||| |||| ||||| ||||||     
T  2818400 ctgaatctctgatgcaatttcataacggggagtcaaagtcttcattaatcttggaatcttgcataccaaagatctgcatcctggagaattggtcctatgg 2818301  T
Q  533 attagtcgaaggtattcatcaatgacatcttc 564  Q
    || |   |||||||||||||||||||||||||    
T  2818300 atcaaaagaaggtattcatcaatgacatcttc 2818269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 22 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 2807521 - 2807070
Alignment:
Q  22 ttcagttccccgacaaaattgctccatcatgtttatcaacaaacctctcacagtgtatgattgagaaactgtgatgcaagcacgacaatcaaagtttgtt 121  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  2807521 ttcagtttcctgacaaaattgctccatcatgtttatcatcaaccctctcacagtgtatgattgagaaactgcgatgcaagcacgacaatcaaagtgtgtt 2807422  T
Q  122 gttaccttttggctgtcaaaaattagcttggcaagagtagtttttcctataccccccattcccaccactgaaatcactttgcgctcagatataccttcca 221  Q
    |||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||| ||||| ||||||||  ||||||||| || ||| ||||    
T  2807421 gttaccgtttggctatcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctagacctcccattcctaccaccgaaatcaccgtgcgctcagctacaccctcca 2807322  T
Q  222 ataaccaaccagacaattcttcttttgggccttcaatgcctacaacttctgtttcttcaatgaaaagggaagacagtcgagggtcgtgccatcttccatt 321  Q
    |||||||| |||||| ||||||| |||||  |||||  ||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||    
T  2807321 ataaccaaacagacatttcttctcttgggaattcaaatcctacaatttctctttcttcaataaaaagggaagacagtcgaggatcacgccatcttccatt 2807222  T
Q  322 ttctgcctctccaggactgctgttgctgctgcttgaggatccttgttcatttgaaatttgaaagttatacctctcgcttcttttcttgattccgtgagtt 421  Q
    ||||| ||||| ||   ||||||   ||| |||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||       
T  2807221 ttctgtctctctag---tgctgt---tgcggcttgatgatccttgttcatgtgaaatttgtaagttatacctctcacttctttccttgattccgcgaacc 2807128  T
Q  422 gtcagcttgatgtcttgaatctctgatgcaattttgtgacggggaatcaaagttttga 479  Q
    | || ||| |||||| | ||||  ||||| || |  ||||||||||||||||||||||    
T  2807127 gacaccttaatgtctcggatcttagatgctatatgatgacggggaatcaaagttttga 2807070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 34 - 564
Target Start/End: Complemental strand, 2797603 - 2797073
Alignment:
Q  34 acaaaattgctccatcatgtttatcaacaaacctctcacagtgtatgattgagaaactgtgatgcaagcacgacaatcaaagtttgttgttaccttttgg 133  Q
    |||||||| |||||||||||| ||||| |  || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||     
T  2797603 acaaaattcctccatcatgttgatcaatatccccctcacggtgtatgattgagaaactgtgatgcaagcacgacaatcaaattttgttgttaccttttga 2797504  T
Q  134 ctgtcaaaaattagcttggcaagagtagtttttcctataccccccattcccaccactgaaatcactttgcgctcagatataccttccaataaccaaccag 233  Q
    ||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||| | | || || | |||||||||||    
T  2797503 ctgtcgaaaactagcttggcaagagtggtttttcctagacctcccattccaaccactgaaatcactgtgcgctcagctgtgccctctagtaaccaaccag 2797404  T
Q  234 acaattcttcttttgggccttcaatgcctacaacttctgtttcttcaatgaaaagggaagacagtcgagggtcgtgccatcttccattttctgcctctcc 333  Q
    ||||||||||  | ||||||||||  || |||| | | ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||   |||||||| ||| || | |||||     
T  2797403 acaattcttccctcgggccttcaaatccgacaattgcagtttcttcaataaaaagggaagacagtcgaggatcacaccatcttctattatccgtctctc- 2797305  T
Q  334 aggactgctgttgctgctgcttgaggatccttgttcatttgaaatttgaaagttatacctctcgcttcttttcttgattccgtgagttgtcagcttgatg 433  Q
       |||||||||| |||||||||| |||||| ||   | |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||  || |||  | ||| |||    
T  2797304 --tactgctgttgttgctgcttgatgatcctggtgtctgtgaaatttgaaagttatacctctcacttctttccttgattccacgaattgatatcttaatg 2797207  T
Q  434 tcttgaatctctgatgcaattttgtgacggggaatcaaagttttgattaaccttggagtcatgca---taaagatctgcatccaggaggattggccctat 530  Q
    |  | |||||| ||||| || | |||| ||| |||||| ||||||||||  |||| | || ||||   |||||||| |||||| ||||||| ||||||||    
T  2797206 ttcttaatctcagatgctatctggtgaagggaaatcaatgttttgattagacttgcaatcttgcagactaaagatccgcatcccggaggataggccctat 2797107  T
Q  531 gcattagtcgaaggtattcatcaatgacatcttc 564  Q
    |||| ||  |||||||||||||||||||||||||    
T  2797106 gcatcagctgaaggtattcatcaatgacatcttc 2797073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 152 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 2790491 - 2790164
Alignment:
Q  152 gcaagagtagtttttcctataccccccattcccaccactgaaatcactttgcgctcagatataccttccaataaccaaccagacaattcttcttttgggc 251  Q
    |||||||| |||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||| | | || ||||||||||||||||||||||||||  | ||||    
T  2790491 gcaagagtggtttttcctagacctcccattccaaccactgaaatcactgtgcgctcagctgtgccctccaataaccaaccagacaattcttccctcgggc 2790392  T
Q  252 cttcaatgcctacaacttctgtttcttcaatgaaaagggaagacagtcgagggtcgtgccatcttccattttctgcctctccaggactgctgttgctgct 351  Q
    ||||||  || |||| | | |||||||||||||||||||||||||  ||||| || |||||||||| ||| || | |||||    |||||||||||||||    
T  2790391 cttcaaatccgacaattgcagtttcttcaatgaaaagggaagacaaccgaggatcatgccatcttctattgtccgtctctc---tactgctgttgctgct 2790295  T
Q  352 gcttgaggatccttgttcatttgaaatttgaaagttatacctctcgcttcttttcttgattccgtgagttgtcagcttgatgtcttgaatctctgatgca 451  Q
    |||||| |||||| ||   | |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||  || |||  | ||| |||| || |||||| |||||     
T  2790294 gcttgatgatcctggtgtctgtgaaatttgaaagttatacctctcacttctttccttgattccacgaattgatatcttaatgtttttaatctcagatgct 2790195  T
Q  452 attttgtgacggggaatcaaagttttgatta 482  Q
    || |  ||| |||||||||||||||||||||    
T  2790194 atctgatgatggggaatcaaagttttgatta 2790164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 34 - 105
Target Start/End: Complemental strand, 2790562 - 2790491
Alignment:
Q  34 acaaaattgctccatcatgtttatcaacaaacctctcacagtgtatgattgagaaactgtgatgcaagcacg 105  Q
    |||||||| |||||||||||| ||||| |  || ||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  2790562 acaaaattcctccatcatgttgatcaatatccccctcacggtgaatgattgagaaacggtgatgcaagcacg 2790491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0691 (Bit Score: 198; Significance: 1e-107; HSPs: 1)
Name: scaffold0691
Description:

Target: scaffold0691; HSP #1
Raw Score: 198; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 22 - 564
Target Start/End: Original strand, 6036 - 6578
Alignment:
Q  22 ttcagttccccgacaaaattgctccatcatgtttatcaacaaacctctcacagtgtatgattgagaaactgtgatgcaagcacgacaatcaaagtttgtt 121  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |  || |||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||    
T  6036 ttcagtttcccgacaaaattgctccatcatgtttatgagtaaccctctcacggtgtatgtttgagaaactgcgatgcaagcacgacaatcaaattgtgtt 6135  T
Q  122 gttaccttttggctgtcaaaaattagcttggcaagagtagtttttcctataccccccattcccaccactgaaatcactttgcgctcagatataccttcca 221  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| ||  ||||||||| |  ||  ||||    
T  6136 gttaccttttggctgtcaaaaactagcttggcaagagtggttttccctatacctcccattcctaccactgaaattacggtgcgctcagctggactctcca 6235  T
Q  222 ataaccaaccagacaattcttcttttgggccttcaatgcctacaacttctgtttcttcaatgaaaagggaagacagtcgagggtcgtgccatcttccatt 321  Q
    ||||||||||| | ||||| ||| |||||||||| |  ||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||| | |||||| ||  |||||||||||||    
T  6236 ataaccaaccatataattcctctcttgggccttcgaatcctacaacttcagtttcttcaataaaaagggcagataatcgaggatcacgccatcttccatt 6335  T
Q  322 ttctgcctctccaggactgctgttgctgctgcttgaggatccttgttcatttgaaatttgaaagttatacctctcgcttcttttcttgattccgtgagtt 421  Q
    |||||||||||| |   ||||| |||||   ||||| |||||  |||||| | ||||||||||||||||||| || ||||| | |||||||||  || ||    
T  6336 ttctgcctctcctg---tgctgctgctgacacttgatgatccaggttcatgtaaaatttgaaagttatacctttcacttctgtccttgattccacgaatt 6432  T
Q  422 gtcagcttgatgtcttgaatctctgatgcaattttgtgacggggaatcaaagttttgattaaccttggagtcatgca---taaagatctgcatccaggag 518  Q
    | |||||| ||||| |||||||| ||||| || |  ||  | | |||||||||||||||||  |||  | || ||||   ||| |||| |||||||||||    
T  6433 gacagctttatgtcctgaatctcagatgctatctgatgctgagaaatcaaagttttgattaggcttacaatcttgcagactaatgatccgcatccaggag 6532  T
Q  519 gattggccctatgcattagtcgaaggtattcatcaatgacatcttc 564  Q
    | ||||||||||| || || ||||||||||||||||| ||||||||    
T  6533 ggttggccctatggatcagccgaaggtattcatcaataacatcttc 6578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University