View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF9959_low_6 (Length: 530)
Name: NF9959_low_6
Description: NF9959
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF9959_low_6 |
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| [»] chr4 (2 HSPs) |
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Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 483; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 483; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 530
Target Start/End: Complemental strand, 11592897 - 11592379
Alignment:
| Q |
12 |
agcaaaggataaagcttcagaaacaattgataagaagagagatattgtttattcaaacaaagaagcagtgaaagaagttggtaacaatgttgttgatgca |
111 |
Q |
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| T |
11592897 |
agcaaaggataaagcctcagaaacaattgataagaagagagatattgttaattcaaacaaagaagcagtgaaagaagttggtaacaatgttgttgatgca |
11592798 |
T |
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| Q |
112 |
gttgataatgctaaagagagagtttatgataaagcaaatgatgtttatgataatgttcaagaatacacaaaagggtcattagaaaaagggaaagagatgg |
211 |
Q |
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| T |
11592797 |
gttgataatgctaaagagagagtttatgataaagcaaatgatgtttatgataatgttcaagaatacacaaaagggtcattagaaaaaggcaaagaaatgg |
11592698 |
T |
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| Q |
212 |
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311 |
Q |
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| T |
11592697 |
gacaaacgtttaaagaacatgttgttcacaacgtgaccgaggcgaaagacggtgtgaagaagtttatgtcattatcaatggagagagttgaatcattgat |
11592598 |
T |
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| Q |
312 |
gagtttgttgaatttattgggattttcaagtggttatggaatgaatgtttggataacatttgtttctagttatgttttgtctagggttatgccaagacaa |
411 |
Q |
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| T |
11592597 |
gagtttgttgaatttgttgggattttcaagtggttatggaatgaatgtttggatcacatttgtttctagttatgttttgtctagggttatgccaagacaa |
11592498 |
T |
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| Q |
412 |
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511 |
Q |
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| T |
11592497 |
caatttgctgtggtccagagtaagatttatcctgtttattttagggctatgggttattgtttattggttgctttgttgggtcatgtttttggacatggaa |
11592398 |
T |
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| Q |
512 |
tgagaaacaataatggtgg |
530 |
Q |
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| T |
11592397 |
tgagaaacaataatggtgg |
11592379 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 483; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 530
Target Start/End: Original strand, 11645222 - 11645740
Alignment:
| Q |
12 |
agcaaaggataaagcttcagaaacaattgataagaagagagatattgtttattcaaacaaagaagcagtgaaagaagttggtaacaatgttgttgatgca |
111 |
Q |
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| T |
11645222 |
agcaaaggataaagcctcagaaacaattgataagaagagagatattgttaattcaaacaaagaagcagtgaaagaagttggtaacaatgttgttgatgca |
11645321 |
T |
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| Q |
112 |
gttgataatgctaaagagagagtttatgataaagcaaatgatgtttatgataatgttcaagaatacacaaaagggtcattagaaaaagggaaagagatgg |
211 |
Q |
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| T |
11645322 |
gttgataatgctaaagagagagtttatgataaagcaaatgatgtttatgataatgttcaagaatacacaaaagggtcattagaaaaaggcaaagaaatgg |
11645421 |
T |
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| Q |
212 |
gacaaacgtttaaggaacatgttgttcacaacgtgaccgaagcgaaagacggtgtgaagaagtttatgtcattatcaatggagagagttgaatcattgat |
311 |
Q |
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| T |
11645422 |
gacaaacgtttaaagaacatgttgttcacaacgtgaccgaggcgaaagacggtgtgaagaagtttatgtcattatcaatggagagagttgaatcattgat |
11645521 |
T |
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| Q |
312 |
gagtttgttgaatttattgggattttcaagtggttatggaatgaatgtttggataacatttgtttctagttatgttttgtctagggttatgccaagacaa |
411 |
Q |
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| T |
11645522 |
gagtttgttgaatttgttgggattttcaagtggttatggaatgaatgtttggatcacatttgtttctagttatgttttgtctagggttatgccaagacaa |
11645621 |
T |
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| Q |
412 |
caatttgctgtggtccagagtaagatttatcctgtttattttagggctatgggttattgtttattggttgctttgttgggtcatgtttttggacatggac |
511 |
Q |
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| T |
11645622 |
caatttgctgtggtccagagtaagatttatcctgtttattttagggctatgggttattgtttattggttgctttgttgggtcatgtttttggacatggaa |
11645721 |
T |
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| Q |
512 |
tgagaaacaataatggtgg |
530 |
Q |
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| T |
11645722 |
tgagaaacaataatggtgg |
11645740 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 198; Significance: 1e-107; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 198; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 12 - 353
Target Start/End: Original strand, 37180716 - 37181056
Alignment:
| Q |
12 |
agcaaaggataaagcttcagaaacaattgataagaagagagatattgtttattcaaacaaagaagcagtgaaagaagttggtaacaatgttgttgatgca |
111 |
Q |
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| T |
37180716 |
agcaaaggataaagcctcataaacaattgataagaagagagatattgtttatgcaaacaaagaagcagtgaaagaagttggtaacaatgttgttgatgca |
37180815 |
T |
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| Q |
112 |
gttgataatgctaaagagagagtttatgataaagcaaatgatgtttatgataatgttcaagaatacacaaaagggtcattagaaaaagg-gaaagagatg |
210 |
Q |
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| T |
37180816 |
gttgataatgttaaagagaaagtttatgataaagctaatgatgtttatgataatgttcaagattccacaaaagggtcattggaaaaaggaaaaaaaaatg |
37180915 |
T |
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| Q |
211 |
ggacaaacgtttaaggaacatgttgttcacaacgtgaccgaagcgaaagacggtgtgaagaagtttatgtcattatcaatggagagagttgaatcattga |
310 |
Q |
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| T |
37180916 |
ggacaaacattgaaggaacatgttggt---aacgtgaccgagacataagacggtgtaaagaagtttgtgtcattatctatggagagagttgaatcattga |
37181012 |
T |
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| Q |
311 |
tgagtttgttgaatttatt-gggattttcaagtggttatggaat |
353 |
Q |
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| T |
37181013 |
cgaaagagttgaatttgttagggatttgcaagtggttatggaat |
37181056 |
T |
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