View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9960_2D_low_3 (Length: 1035)

Name: NF9960_2D_low_3
Description: NF9960_2D
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9960_2D_low_3
NF9960_2D_low_3
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (25-1024)||(11364875-11365875)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 961; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 961; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 25 - 1024
Target Start/End: Original strand, 11364875 - 11365875
Alignment:
Q  25 cgaatctaaaggtttctctgcctggattaatcagatgcttgtcacatcttgttaagaatgatgtagaaaatgatttgcttgacaaggtatatcttgtact 124  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11364875 cgaatctaaaggtttctctgcctggattaatcagatgcttgtcacatcttgttaagaatgatgtagaaaatgatttgcttgacaaggtatatcttgtact 11364974  T
Q  125 ctattaacatttaattttggtgagtttttgttacctgaaacaacagtacattggtcattctttttaaactgctaaatatctttgcatcacataaacatat 224  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  11364975 ctattaacatttaattttggtgagtttttgttacctgaaacaacagtagattggtcattctttttaaactgctgcatatctttgcatcacataaacatat 11365074  T
Q  225 tttacatcttagcattgtcatttcatttcccctttgcaactttaggttaatattggttgagttatgtgcatttggaactagtaaatatttctagggaggc 324  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11365075 tttacatcttagcattgtcatttcatttcccctttgcaactttaggttaatattggttgagttatgtgcatttggaactagtaaatatttctagggaggc 11365174  T
Q  325 atatattactttatactttataatcttacaaaatcataatactcttagctgggtatgagtagcttggtagatatgattaaattttgaaactatggtatgt 424  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11365175 atatattactttatactttataatcttacaaaatcataatactcttagctgggtataagtagcttggtagatatgattaaattttgaaactatggtatgt 11365274  T
Q  425 cactttcggtcttgtgaaacgtctcaagactctagctacatattctatattttccaccgtgatttagggagcccattatttatatattgatgttgcattc 524  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11365275 cactttcggtcttgtgaaacgtctcaagactctagctacatattctatattttccaccgtgatttagggagcccattatttatatattgatgttgcattc 11365374  T
Q  525 aatttatttctaaggctt-tctctaatctaatagggggatattggagagaggctattgcatgcttatgaagatgatagctttacgagctttaatggtaag 623  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  11365375 aatttatttctaaggcttctctctaatctaatagggggatattggagagaggctattgcatgcttatgaagatgatagctttatgagctttaatggtaag 11365474  T
Q  624 ttaaatttagaaattagaatacaatttagatttcagatgaaatgaataattgaatggtgttgcatgagttgcaagcttttcaactatctaaaaggctttg 723  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11365475 ttaaatttagaaattagaatacaatttagatttcggatgaaatgaataattgaatggtgttgtatgagttgcaagcttttcaactatctaaaaggctttg 11365574  T
Q  724 ttaatcttttatgttcttgatgattgcttaaatatcatgtttacaatgtttatttactatgtgtgtaggtttatctcgtaacatgaaggatttaatccca 823  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11365575 ttaatcttttatgttcttgatgattgcttaaatatcgtgtttacaatgtttatttactatgtgtgtaggtttatctcgtaacatgaaggatttaatccca 11365674  T
Q  824 ttattagttgatagttttcaacgattgattccatcagcgacagaatggcttgatgagccgacttttggatgtttgacatctattcttcactgcattgatt 923  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11365675 ttattagttgatagttttcaacgattgattccatcagcgacagaatggcttgatgagccgacttttggatgtttgacatctattcttcactgcattgatt 11365774  T
Q  924 taattgtcatatacttgaagaagacaaaagatttaaattctcaaagtggaccagaagtggctgcatccttggagaacctatttcatcactttcccattca 1023  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11365775 taattgtcatatacttgaagaagacaaaagatttaaattctcaaagtggaccagaagtggctgcatccttggagaacctatttcatcactttcccattca 11365874  T
Q  1024 t 1024  Q
    |    
T  11365875 t 11365875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University