View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9960_2D_low_6 (Length: 988)

Name: NF9960_2D_low_6
Description: NF9960_2D
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9960_2D_low_6
NF9960_2D_low_6
[»] chr6 (37 HSPs)
chr6 (19-975)||(4591647-4592606)
chr6 (487-968)||(4563598-4564079)
chr6 (575-975)||(4585608-4586011)
chr6 (591-975)||(4613475-4613859)
chr6 (596-975)||(4557121-4557500)
chr6 (596-968)||(4560502-4560874)
chr6 (597-968)||(4574305-4574676)
chr6 (600-968)||(4514885-4515253)
chr6 (600-968)||(4480693-4481061)
chr6 (598-959)||(4570970-4571331)
chr6 (589-970)||(4579421-4579802)
chr6 (606-969)||(4469809-4470172)
chr6 (600-970)||(4461123-4461493)
chr6 (606-968)||(4490119-4490481)
chr6 (591-970)||(4598162-4598541)
chr6 (606-968)||(3171747-3172109)
chr6 (606-968)||(4504161-4504523)
chr6 (600-970)||(4505857-4506227)
chr6 (600-968)||(4601789-4602157)
chr6 (606-968)||(4266930-4267292)
chr6 (600-968)||(4617022-4617390)
chr6 (581-970)||(4516302-4516691)
chr6 (606-970)||(4625957-4626321)
chr6 (600-944)||(4492955-4493299)
chr6 (606-968)||(4622148-4622510)
chr6 (606-968)||(4256375-4256738)
chr6 (721-968)||(4457715-4457962)
chr6 (630-975)||(4259911-4260256)
chr6 (619-970)||(4568072-4568426)
chr6 (351-480)||(4563437-4563567)
chr6 (880-966)||(4299587-4299673)
chr6 (606-807)||(4299671-4299866)
chr6 (863-968)||(4391891-4391996)
chr6 (606-710)||(4392048-4392152)
chr6 (436-487)||(4613968-4614019)
chr6 (497-542)||(4613888-4613933)
chr6 (596-666)||(4606957-4607027)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (569-975)||(16686024-16686432)
chr8 (600-968)||(1674226-1674594)
chr8 (589-968)||(20863607-20863986)
chr8 (894-935)||(1969140-1969181)
[»] scaffold0288 (1 HSPs)
scaffold0288 (606-970)||(3481-3845)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (600-968)||(27999863-28000231)
chr5 (606-968)||(24103005-24103367)
chr5 (895-938)||(20155247-20155290)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (600-968)||(1281114-1281482)
[»] scaffold0477 (1 HSPs)
scaffold0477 (606-970)||(4448-4812)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (606-970)||(3086426-3086790)
chr7 (895-937)||(41511442-41511484)
chr7 (895-941)||(48532780-48532826)
[»] scaffold0475 (1 HSPs)
scaffold0475 (748-968)||(3449-3668)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 854; Significance: 0; HSPs: 37)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 854; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 975
Target Start/End: Original strand, 4591647 - 4592606
Alignment:
Q  19 aatcagtccaaattttcacatcatgaaaatattaagtatttgaatttgcacaagacaatatctgtcccttgtcttttaacgagggttgtaaaactgtttt 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4591647 aatcagtccaaattttcacatcatgaaaatattaaatatttgaatttgcacaagacaatatctctcccttgtcttttaacgagggttgtaaaactgtttt 4591746  T
Q  119 atacatgcatccaatcaagccatatcataatgccaattgtttaggttacttccttaaatatctcaaaatataa---acatggggtgatttgataagattc 215  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||   |||||||||||| |||||||||||    
T  4591747 atacatgcatccaatcaagccatgtcataatggcaattgtttaggttacttcctcaaatatctcaaaatataataaacatggggtgatctgataagattc 4591846  T
Q  216 tacgcgtaaaaaagctttacaccgtcagtgctcagcaattaatctctgcaaagtatttctgcctaaaagatttgataggattctacatatgatttttatt 315  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4591847 aacgcgtaaaaaagctttacaccgtcagttttcagcaattaatctctgcaaagtatttctgcctacaagatttgataggattctacatatgatttttatt 4591946  T
Q  316 ttgttttgaaaaaatggatcggatccttcacatgaacatgataatgagattcaagatactgtgaaagaattcttattccctctactttacatattaaagt 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  4591947 ttgttttgaaaaaatggatcggatccttcacatgaacatgataatgaaattcaagataccgtgaaagaattcttattccctctactttacatattaaaat 4592046  T
Q  416 ggtaggattcatattataaagttaatatacatgccatataattatccaatatgcatatattcaaaccattcagtttaggcactctagctgaagatgagtt 515  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  4592047 ggtaggattcatattataaagttaatatacatgccatataattatccaatatgcatatattcaaaacattcagtttaggaactcttgctgaagatgagtt 4592146  T
Q  516 cacttacatcatcacttaaattcaataggggaagatcaatcaattattgttgaactgctttgcataaaaaattacttaaatttgattttatttaagcaac 615  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4592147 cacttacatcatcacttaaattcaataggggaagatcaatcaattattgttgaactgctttgcataaaaaattacttaaatttgattttatttaagcaac 4592246  T
Q  616 acctccttgatcaatttgtccaagttcatatatgaacaacctccaggtctcgtgctctcctccgccttcttcttcaactcgattgcctttttcctcatct 715  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4592247 acctccttgatcaatttgtccaagttcatatatgaacaacctccaggtctcgtgttctcctctgccttcttcttcaactcgattgcctttttcctcatct 4592346  T
Q  716 tctttcctttctctcccaccatcaattcattgacaagtttctccacctcctccctctttacattcgtaccaatttccatcccaatctcccattcattgta 815  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4592347 tctttcctttctctcccaccatcaattcattgataagtttctccacctcctctctctttacattcgtatcaatttccatcccaatctcccattcattgta 4592446  T
Q  816 aataagtctacagtttgttggctgatcactaaagaatggccaacacaacattggaactccagcacatatactttcagtggttgagttccatccacaatga 915  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4592447 aataagtctacagtttgttggctgatcactaaagaatggccaacacaacattggaattccagcacatatactttcagtggttgagttccatccacaatga 4592546  T
Q  916 gtcaagaatccaccaattgaagggtggtttaatacttgctcttgaggacaccagcccgcg 975  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  4592547 gtcaagaatccaccaattgaagggtggtttaatacttgctcttgaggacaccagctcgcg 4592606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 319; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 487 - 968
Target Start/End: Original strand, 4563598 - 4564079
Alignment:
Q  487 agtttaggcactctagctgaagatgagttcacttacatcatcacttaaattcaataggggaagatcaatcaattattgttgaactgctttgcataaaaaa 586  Q
    |||| ||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||  ||||||||||||    
T  4563598 agttcaggaactcttgctgaagatgacttcacttacatcagaacttaaattcaataggggaagatcaattaattatcgttgaactgaattgcataaaaaa 4563697  T
Q  587 -ttacttaaatttgattttatttaagcaacacctccttgatcaatttgtccaagttcatatatgaacaacctccaggtctcgtgctctcctccgccttct 685  Q
     ||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| | |||||| | ||||    
T  4563698 gttacttaaatt-gattttgtttaagcaaaacctccttgatcactttgtccaagttcatgtatgaacaacctccagctctcgtgttttcctccactttct 4563796  T
Q  686 tcttcaactcgattgcctttttcctcatcttctttcctttctctcccaccatcaattcattgacaagtttctccacctcctccctctttacattcgtacc 785  Q
    |||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |    
T  4563797 tcttcaactcaattgccttttgccgcatcttctttcctttctctcctgacatcaattcattgacaagtttctccacctcttctctctttacattcgtatc 4563896  T
Q  786 aatttccatcccaatctcccattcattgtaaataagtctacagtttgttggctgatcactaaagaatggccaacacaacattggaactccagcacatata 885  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  4563897 gatttccatcccaatctcccattcattgtaaataagtctacagtttgttggctgatcaccaaagaatggccaacacaacattggaactccagcacatatg 4563996  T
Q  886 ctttcagtggttgagttccatccacaatgagtcaagaatccaccaattgaagggtggtttaatacttgctcttgaggacacca 968  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||| || ||||||||    
T  4563997 ctttcagtggttgagttccatccgcaatgagtcaagaatccgccaattgaagggtggttcaatactttctcctgtggacacca 4564079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 257; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 575 - 975
Target Start/End: Original strand, 4585608 - 4586011
Alignment:
Q  575 ttgcataaaaaatt-acttaaa--tttgattttatttaagcaacacctccttgatcaatttgtccaagttcatatatgaacaacctccaggtctcgtgct 671  Q
    |||||||||||||| ||||| |  ||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||      
T  4585608 ttgcataaaaaattcacttataggtttgattttatttaagcaaaacctccttaatcactttttccaagtttatgtatgaacaacctccaggtctcgtgtc 4585707  T
Q  672 ctcctccgccttcttcttcaactcgattgcctttttcctcatcttctttcctttctctcccaccatcaattcattgacaagtttctccacctcctccctc 771  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||| |||    
T  4585708 ctcctccgccttcttcttcaactcgattgccttttgcctcatcttctttccattctctcccaccatcaattcattgaccaacttctccacctcctctctc 4585807  T
Q  772 tttacattcgtaccaatttccatcccaatctcccattcattgtaaataagtctacagtttgttggctgatcactaaagaatggccaacacaacattggaa 871  Q
    || ||||| ||  ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||| |    
T  4585808 ttcacattggtgtcaacttccatcccaatctcccattcattgcaaataattctacagtttgttggctgatcagcaatgaatggccaacacaacattggca 4585907  T
Q  872 ctccagcacatatactttcagtggttgagttccatccacaatgagtcaagaatccaccaattgaagggtggtttaatacttgctcttgaggacaccagcc 971  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||| ||    
T  4585908 ctccagcacatatgctttcagtggttgagttccatccacagtgagtcaagaatccaccaattgaagggtggttcaatacttgctcttgcgggcaccaacc 4586007  T
Q  972 cgcg 975  Q
    ||||    
T  4586008 cgcg 4586011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 233; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 591 - 975
Target Start/End: Complemental strand, 4613859 - 4613475
Alignment:
Q  591 ttaaatttgattttatttaagcaacacctccttgatcaatttgtccaagttcatatatgaacaacctccaggtctcgtgctctcctccgccttcttcttc 690  Q
    |||| ||||||||| ||| |||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||| ||||||||||||    
T  4613859 ttaagtttgattttgtttcagcagcacctcattgatcactttgtccaagttcatatatgaacaacctcctggtctcgtgtcctcctctgccttcttcttc 4613760  T
Q  691 aactcgattgcctttttcctcatcttctttcctttctctcccaccatcaattcattgacaagtttctccacctcctccctctttacattcgtaccaattt 790  Q
    ||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||| || ||||| ||||| ||  ||||||    
T  4613759 aactcaattgccttttgcctcattttctttcctttctctcccaccatcaattcattgaccagcttctctacctcatctctcttcacattggtgtcaattt 4613660  T
Q  791 ccatcccaatctcccattcattgtaaataagtctacagtttgttggctgatcactaaagaatggccaacacaacattggaactccagcacatatactttc 890  Q
    |||||||||| |||||||||||| | |||  ||| ||||||| |||||||||    || |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  4613659 ccatcccaatttcccattcattgcatatatatctgcagtttgctggctgatccgcgaaaaatggccaacacaacattggcactccagcacatatgctttc 4613560  T
Q  891 agtggttgagttccatccacaatgagtcaagaatccaccaattgaagggtggtttaatacttgctcttgaggacaccagcccgcg 975  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  4613559 agtggttgagttccatccacaatgagtcaagaatccgccaattgaagggtggtttaatacttgctcttgaggacaccagctcgcg 4613475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 596 - 975
Target Start/End: Original strand, 4557121 - 4557500
Alignment:
Q  596 tttgattttatttaagcaacacctccttgatcaatttgtccaagttcatatatgaacaacctccaggtctcgtgctctcctccgccttcttcttcaactc 695  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||||| |||| ||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||| |||||| |||    
T  4557121 tttgattttgtttaagcaaaacctccttaatcactttttccaaattcatgtatgaacaaccaccaggtctcgtgtcctcctccgccttcgtcttcatctc 4557220  T
Q  696 gattgcctttttcctcatcttctttcctttctctcccaccatcaattcattgacaagtttctccacctcctccctctttacattcgtaccaatttccatc 795  Q
     |||  |||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |  ||||| ||||| || ||||| ||||| ||  ||||||||||     
T  4557221 aattatctttttccacatcttctttcctttctccccctccatcaattcattgaccaaattctctacctcatctctcttcacattggtgtcaatttccatg 4557320  T
Q  796 ccaatctcccattcattgtaaataagtctacagtttgttggctgatcactaaagaatggccaacacaacattggaactccagcacatatactttcagtgg 895  Q
    ||||||||||||  |||| |||||  ||| ||||||| ||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  4557321 ccaatctcccatgtattgcaaatatatctgcagtttgctggctgatcagcaaaaaatggccaacacaacattggaactccagcagatatgctttcagtgg 4557420  T
Q  896 ttgagttccatccacaatgagtcaagaatccaccaattgaagggtggtttaatacttgctcttgaggacaccagcccgcg 975  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  4557421 ttgagttccatccacaatgagtcaagaatccaccaattgaaggatggtttaatacttgctcttgcgggcaccagcccgcg 4557500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 596 - 968
Target Start/End: Original strand, 4560502 - 4560874
Alignment:
Q  596 tttgattttatttaagcaacacctccttgatcaatttgtccaagttcatatatgaacaacctccaggtctcgtgctctcctccgccttcttcttcaactc 695  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  | |||||||||| ||||||| |||    
T  4560502 tttgattttgtttaagcaacacctccttaatcactttctccaagttcatgtatgaacaacctccaggtctcgtgtacacctccgcctttttcttcagctc 4560601  T
Q  696 gattgcctttttcctcatcttctttcctttctctcccaccatcaattcattgacaagtttctccacctcctccctctttacattcgtaccaatttccatc 795  Q
     || ||||||| |||||||||||||||||| ||||    ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||  |     
T  4560602 catggccttttgcctcatcttctttcctttatctcaggacatcaattcattgaccagtttctccacgtcctccctctttacatttgtatcaatttcgttt 4560701  T
Q  796 ccaatctcccattcattgtaaataagtctacagtttgttggctgatcactaaagaatggccaacacaacattggaactccagcacatatactttcagtgg 895  Q
    ||||||| |||||||||| |||||  ||| ||||||| |||||||||   ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  4560702 ccaatcttccattcattgcaaatatatcttcagtttgctggctgatctgcaaaaaatggccaacacaacattggaactccagcacatatgctttcagtgg 4560801  T
Q  896 ttgagttccatccacaatgagtcaagaatccaccaattgaagggtggtttaatacttgctcttgaggacacca 968  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||| |||||||| ||||||| |||||| ||||||||    
T  4560802 ttgagttccatccgcaatgagtcaagaatccaccgactgatgggtggttcaatactttctcttgtggacacca 4560874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 597 - 968
Target Start/End: Original strand, 4574305 - 4574676
Alignment:
Q  597 ttgattttatttaagcaacacctccttgatcaatttgtccaagttcatatatgaacaacctccaggtctcgtgctctcctccgccttcttcttcaactcg 696  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||  | ||||||||||||||||||||||||  | ||||| |||||||||||| |||     
T  4574305 ttgattttgtttaagcaacacctccttaatcactttctccaagtttgtgtatgaacaacctccaggtctcgtgtccacctccaccttcttcttcagctca 4574404  T
Q  697 attgcctttttcctcatcttctttcctttctctcccaccatcaattcattgacaagtttctccacctcctccctctttacattcgtaccaatttccatcc 796  Q
    || || |||| |||||||||||||||||| |||||   ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||| | |    
T  4574405 atggctttttgcctcatcttctttcctttatctccggacatcaattcattgaccagtttctccacctcctccctctttacattagtatcgatttcctttc 4574504  T
Q  797 caatctcccattcattgtaaataagtctacagtttgttggctgatcactaaagaatggccaacacaacattggaactccagcacatatactttcagtggt 896  Q
    ||||||||||||||||| |||||  ||| ||||||| |||||||||   ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  4574505 caatctcccattcattgcaaatatatctgcagtttgctggctgatccgaaaaaaatggccaacataacattggaactccagcacatatgctttcagtggt 4574604  T
Q  897 tgagttccatccacaatgagtcaagaatccaccaattgaagggtggtttaatacttgctcttgaggacacca 968  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||| ||||||| ||||||| |||||| ||||||||    
T  4574605 tgagttccatccgcaatgagtcaagaatccaccgactgaaaggtggttcaatactttctcttgtggacacca 4574676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 600 - 968
Target Start/End: Complemental strand, 4515253 - 4514885
Alignment:
Q  600 attttatttaagcaacacctccttgatcaatttgtccaagttcatatatgaacaacctccaggtctcgtgctctcctccgccttcttcttcaactcgatt 699  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||| | || ||| |||| |||  ||| || |||||||| |||||||| ||     
T  4515253 attttgtttaagcaacacctccttgatcactttgtccaagttcaagtatgaagacccgccaagtctagtgtcctcgtctgccttctttttcaactccata 4515154  T
Q  700 gcctttttcctcatcttctttcctttctctcccaccatcaattcattgacaagtttctccacctcctccctctttacattcgtaccaatttccatcccaa 799  Q
     ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||| ||||| |||||| || | ||||| |||||||    
T  4515153 acctttttcctcattttatttcctttctctcccaccatcaattcattgacaagcttttcaacctcctctctcttcacattcatatcgatttcgatcccaa 4515054  T
Q  800 tctcccattcattgtaaataagtctacagtttgttggctgatcactaaagaatggccaacacaacattggaactccagcacatatactttcagtggttga 899  Q
    |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||| | |||||| |||||||| ||||| || |||||||||||    
T  4515053 tctcccattcattgcaaataaatctacagtttgttggttgatcaccaaagaattgccaacaaagcattggcactccagcgcatatgctctcagtggttga 4514954  T
Q  900 gttccatccacaatgagtcaagaatccaccaattgaagggtggtttaatacttgctcttgaggacacca 968  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||| |||||| ||||||||    
T  4514953 gttccatccgcaatgagtcaagaatccgccaattgaagggtggttcaaaactttctcttgtggacacca 4514885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 177; E-Value: 7e-95
Query Start/End: Original strand, 600 - 968
Target Start/End: Original strand, 4480693 - 4481061
Alignment:
Q  600 attttatttaagcaacacctccttgatcaatttgtccaagttcatatatgaacaacctccaggtctcgtgctctcctccgccttcttcttcaactcgatt 699  Q
    ||||| ||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||  |||||| ||| ||||||||||||| ||     
T  4480693 attttgtttaagcaagacctccttaatcactttgtccaagttcatgtatgaacaaccaccaggtcttgtgtcctcctctgccatcttcttcaactccatg 4480792  T
Q  700 gcctttttcctcatcttctttcctttctctcccaccatcaattcattgacaagtttctccacctcctccctctttacattcgtaccaatttccatcccaa 799  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |   ||||||| || || ||||| ||||| ||| | ||||| |  ||||    
T  4480793 gccttttgcttcatcttctttcctttctctcccaccaacaattcattgattaacctctccacatcttctctcttcacattggtatcgatttcgagtccaa 4480892  T
Q  800 tctcccattcattgtaaataagtctacagtttgttggctgatcactaaagaatggccaacacaacattggaactccagcacatatactttcagtggttga 899  Q
    |||||||||||||| |||||| ||||| ||| | |||||||||   |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  4480893 tctcccattcattgcaaataattctacggttaggtggctgatcggcaaagaatggccaacacaacattggcactccagcacatacactttcagtggttga 4480992  T
Q  900 gttccatccacaatgagtcaagaatccaccaattgaagggtggtttaatacttgctcttgaggacacca 968  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||| || |||| |||||| ||||||||    
T  4480993 gttccatccgcaatgagtcaagaatccgccgattgaagggtggttcaaaactttctcttgtggacacca 4481061  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 174; E-Value: 4e-93
Query Start/End: Original strand, 598 - 959
Target Start/End: Original strand, 4570970 - 4571331
Alignment:
Q  598 tgattttatttaagcaacacctccttgatcaatttgtccaagttcatatatgaacaacctccaggtctcgtgctctcctccgccttcttcttcaactcga 697  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| |||| ||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||| |    
T  4570970 tgattttatttaagcaaaacctccttaatcactttttccaagttcatgtatgaacaaccaccaggtctcgtgtcctcctccgccttcttcttcatctcca 4571069  T
Q  698 ttgcctttttcctcatcttctttcctttctctcccaccatcaattcattgacaagtttctccacctcctccctctttacattcgtaccaatttccatccc 797  Q
    ||   ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||| |  ||||| ||||| ||| | ||||| || ||    
T  4571070 ttatatttttcctcatcttctttcctttatctcccaccatcaattcattgaccaaattctccacctcatttctcttcacattagtatcgatttcgattcc 4571169  T
Q  798 aatctcccattcattgtaaataagtctacagtttgttggctgatcactaaagaatggccaacacaacattggaactccagcacatatactttcagtggtt 897  Q
    ||||||||||  |||| | |||  ||||||||||| ||||||||||  ||| |||||| ||||||||||||||||||||| | |||| ||||| || |||    
T  4571170 aatctcccatgtattgcagatatatctacagtttgctggctgatcagcaaaaaatggctaacacaacattggaactccagtagatatgctttcggtcgtt 4571269  T
Q  898 gagttccatccacaatgagtcaagaatccaccaattgaagggtggtttaatacttgctcttg 959  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||    
T  4571270 gagttccatccacagtgagtcaagaaaccaccaattgaaggatggttcaatactttctcttg 4571331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 174; E-Value: 4e-93
Query Start/End: Original strand, 589 - 970
Target Start/End: Original strand, 4579421 - 4579802
Alignment:
Q  589 acttaaatttgattttatttaagcaacacctccttgatcaatttgtccaagttcatatatgaacaacctccaggtctcgtgctctcctccgccttcttct 688  Q
    |||||| || |||||| ||| || ||||||||||| |||| ||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||  ||||||| |||||||||    
T  4579421 acttaagttcgattttgtttgagtaacacctccttaatcactttctccaagttcatgtatgaacagcctccaggtctcgtgtcctcctccaccttcttct 4579520  T
Q  689 tcaactcgattgcctttttcctcatcttctttcctttctctcccaccatcaattcattgacaagtttctccacctcctccctctttacattcgtaccaat 788  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||| ||||| ||||| ||  | ||    
T  4579521 tcaactcaattgccttttgcctcatcttctttgctttctctcccaccatcaattcattaaccagcttctccacctcctctctcttcacattagtgtcgat 4579620  T
Q  789 ttccatcccaatctcccattcattgtaaataagtctacagtttgttggctgatcactaaagaatggccaacacaacattggaactccagcacatatactt 888  Q
    ||| || ||||| | ||||  |||| | | |  ||| ||| ||  ||| ||||||   || |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||    
T  4579621 ttcaattccaattttccatgtattgcataaatatctgcagcttactgggtgatcagcgaaaaatggccaacacaacattggaactccagcagatatgctt 4579720  T
Q  889 tcagtggttgagttccatccacaatgagtcaagaatccaccaattgaagggtggtttaatacttgctcttgaggacaccagc 970  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||    
T  4579721 tcagtgattgagttccatccgcaatgagtcaagaatccaccaattgaagggtggttcagtacttgctcttgcggacaccagc 4579802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 172; E-Value: 6e-92
Query Start/End: Original strand, 606 - 969
Target Start/End: Original strand, 4469809 - 4470172
Alignment:
Q  606 tttaagcaacacctccttgatcaatttgtccaagttcatatatgaacaacctccaggtctcgtgctctcctccgccttcttcttcaactcgattgccttt 705  Q
    ||||||||| || ||||| || | ||||||||||||| | ||||||  |||||||||||| ||   ||||||| |||||||||| ||||| ||   ||||    
T  4469809 tttaagcaagacatccttaatgactttgtccaagttcttgtatgaaacacctccaggtctggtatcctcctccaccttcttcttgaactccatgatcttt 4469908  T
Q  706 ttcctcatcttctttcctttctctcccaccatcaattcattgacaagtttctccacctcctccctctttacattcgtaccaatttccatcccaatctccc 805  Q
    | ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||| || ||||| ||||   || | ||||| |  ||||||||||    
T  4469909 tccctcatcttctttccattctctccaaccatcaattcattgactagcttctccacctcatctctcttcacatctttatcgatttcaagtccaatctccc 4470008  T
Q  806 attcattgtaaataagtctacagtttgttggctgatcactaaagaatggccaacacaacattggaactccagcacatatactttcagtggttgagttcca 905  Q
    |||||||| |||||| |||||| |||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  4470009 attcattgcaaataaatctacaatttgctagctgatcaccaaagaatggccaacacaacattggcactccagcgcatatgctttcagtggttgagttcca 4470108  T
Q  906 tccacaatgagtcaagaatccaccaattgaagggtggtttaatacttgctcttgaggacaccag 969  Q
    ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  4470109 tccgcaatgagtcaagaatccaccgattgaagggtggttcagtacttgctcttgaggacaccag 4470172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 167; E-Value: 6e-89
Query Start/End: Original strand, 600 - 970
Target Start/End: Original strand, 4461123 - 4461493
Alignment:
Q  600 attttatttaagcaacacctccttgatcaatttgtccaagttcatatatgaacaacctccaggtctcgtgctctcctccgccttcttcttcaactcgatt 699  Q
    ||||| ||||||||| || ||||| || | ||||||||||||| | ||||||  |||||||||||| ||   ||||||| |||||||||| || || ||     
T  4461123 attttgtttaagcaagacatccttaatgactttgtccaagttcttgtatgaaacacctccaggtctggtatcctcctccaccttcttcttgaattccatg 4461222  T
Q  700 gcctttttcctcatcttctttcctttctctcccaccatcaattcattgacaagtttctccacctcctccctctttacattcgtaccaatttccatcccaa 799  Q
     |||||| |||||||||||||||  ||||||| ||||||||||| ||||| |  ||||||||||| |||||||| ||||   || | ||||| |  ||||    
T  4461223 accttttgcctcatcttctttccaatctctccaaccatcaattcgttgaccaacttctccacctcatccctcttcacatctttatcgatttcaagtccaa 4461322  T
Q  800 tctcccattcattgtaaataagtctacagtttgttggctgatcactaaagaatggccaacacaacattggaactccagcacatatactttcagtggttga 899  Q
    |||||||||  ||| |||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  4461323 tctcccatttgttgcaaataaatctacagtttgctggctgatcaccaaagaatggccaacacaacatcggcactccagcacatatgctttcagtggttga 4461422  T
Q  900 gttccatccacaatgagtcaagaatccaccaattgaagggtggtttaatacttgctcttgaggacaccagc 970  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||    
T  4461423 attccatccacaatgagtcaagaatccaccaattgaagggtggttcagtacttgctcttgcggacaccagc 4461493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 167; E-Value: 6e-89
Query Start/End: Original strand, 606 - 968
Target Start/End: Complemental strand, 4490481 - 4490119
Alignment:
Q  606 tttaagcaacacctccttgatcaatttgtccaagttcatatatgaacaacctccaggtctcgtgctctcctccgccttcttcttcaactcgattgccttt 705  Q
    ||||||||  || ||||| |||| ||||||||||||||| ||||||| ||| ||  ||||||||  |||| | |||||||||||||||||  | ||||||    
T  4490481 tttaagcatgacatccttaatcactttgtccaagttcatgtatgaactaccaccgagtctcgtgtcctccgctgccttcttcttcaactccgtcgccttt 4490382  T
Q  706 ttcctcatcttctttcctttctctcccaccatcaattcattgacaagtttctccacctcctccctctttacattcgtaccaatttccatcccaatctccc 805  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||| || ||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||    
T  4490381 tgcctcatcttctttcctttctctcccaccatcaattcattgatcagtttctctacctcttctctctttacattggtatcaattttcatcccaatctccc 4490282  T
Q  806 attcattgtaaataagtctacagtttgttggctgatcactaaagaatggccaacacaacattggaactccagcacatatactttcagtggttgagttcca 905  Q
    |||| | | |||||| ||||| | |   ||| ||||||  ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||  || ||||||||||    
T  4490281 attcttcgcaaataattctactgctaagtggttgatcagcaaaaaatggccaacacaacattggcactccagcacatatactctccatgattgagttcca 4490182  T
Q  906 tccacaatgagtcaagaatccaccaattgaagggtggtttaatacttgctcttgaggacacca 968  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| | |||||| ||||||||    
T  4490181 tccacaatgagtcaagaatccaccaattgaagggtgattcaataccttctcttgtggacacca 4490119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 164; E-Value: 4e-87
Query Start/End: Original strand, 591 - 970
Target Start/End: Original strand, 4598162 - 4598541
Alignment:
Q  591 ttaaatttgattttatttaagcaacacctccttgatcaatttgtccaagttcatatatgaacaacctccaggtctcgtgctctcctccgccttcttcttc 690  Q
    |||| ||||||| | |||||| ||||||||||| |||| ||| || |||||||| ||||||||||||||| |||||||   ||||||||||||| |||||    
T  4598162 ttaagtttgattctgtttaagaaacacctccttaatcactttctctaagttcatgtatgaacaacctccaagtctcgtttcctcctccgccttcatcttc 4598261  T
Q  691 aactcgattgcctttttcctcatcttctttcctttctctcccaccatcaattcattgacaagtttctccacctcctccctctttacattcgtaccaattt 790  Q
    || || |||| ||||| |||||| ||||||||||| ||||||  ||||||||| ||||| || |||||||||||||| ||||| ||||| ||  ||||||    
T  4598262 aaatcaattgtcttttgcctcattttctttcctttatctcccgacatcaattcgttgaccagcttctccacctcctctctcttcacattagtttcaattt 4598361  T
Q  791 ccatcccaatctcccattcattgtaaataagtctacagtttgttggctgatcactaaagaatggccaacacaacattggaactccagcacatatactttc 890  Q
      || |||||||||||||||||| |||||  ||| ||||| | | |||||||    || || || |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  4598362 tgattccaatctcccattcattgcaaatatatctgcagttggcttgctgatccgcgaaaaagggacaacacaacattggcactccggcacatatactttc 4598461  T
Q  891 agtggttgagttccatccacaatgagtcaagaatccaccaattgaagggtggtttaatacttgctcttgaggacaccagc 970  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  4598462 agtggttgagttccatccgcaatgagttaagaatccaccaattgaaggatggtttaatacttgctcttgcagacaccagc 4598541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 163; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 606 - 968
Target Start/End: Original strand, 3171747 - 3172109
Alignment:
Q  606 tttaagcaacacctccttgatcaatttgtccaagttcatatatgaacaacctccaggtctcgtgctctcctccgccttcttcttcaactcgattgccttt 705  Q
    ||||||||| |||||||| |||| ||| ||||||||||| ||||||||||| |||  ||| ||   |||||| ||||||||||||||||| || ||| ||    
T  3171747 tttaagcaagacctccttaatcactttatccaagttcatgtatgaacaaccaccaaatcttgtatcctcctctgccttcttcttcaactccatggccctt 3171846  T
Q  706 ttcctcatcttctttcctttctctcccaccatcaattcattgacaagtttctccacctcctccctctttacattcgtaccaatttccatcccaatctccc 805  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||| |||||| | ||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||    
T  3171847 tgcctcatcttctttcctttctctcccaccatcaattcgttgatcagtttctctacctcccctctctttacattggtatcaatttccatcccaatcttcc 3171946  T
Q  806 attcattgtaaataagtctacagtttgttggctgatcactaaagaatggccaacacaacattggaactccagcacatatactttcagtggttgagttcca 905  Q
    |||| | | |||||| ||||| ||| | ||| ||||||  ||| ||||||| |||||||||||| | ||||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  3171947 attcttggcaaataattctactgttaggtggttgatcagcaaaaaatggcctacacaacattggcattccagcacatacactttccgtggttgagttcca 3172046  T
Q  906 tccacaatgagtcaagaatccaccaattgaagggtggtttaatacttgctcttgaggacacca 968  Q
    ||| || |||||||||||||| ||||||||||| ||||| || |||| |||||| ||||||||    
T  3172047 tccgcagtgagtcaagaatccgccaattgaaggatggttcaacactttctcttgcggacacca 3172109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 163; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 606 - 968
Target Start/End: Complemental strand, 4504523 - 4504161
Alignment:
Q  606 tttaagcaacacctccttgatcaatttgtccaagttcatatatgaacaacctccaggtctcgtgctctcctccgccttcttcttcaactcgattgccttt 705  Q
    ||||||||| || ||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||| |||  |||||| ||||||||||||||||| || ||||||    
T  4504523 tttaagcaagacgtccttaatcactttgtccaagttcatgtatgaacaaccaccaagtcttgtgtcctcctctgccttcttcttcaactccatggccttt 4504424  T
Q  706 ttcctcatcttctttcctttctctcccaccatcaattcattgacaagtttctccacctcctccctctttacattcgtaccaatttccatcccaatctccc 805  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||| || |||| |||||| | | |||| | ||||||||||||||    
T  4504423 tgcctcatcttctttcctttctctcccaccatcaattcattaataagtttctctacctcttctctctgtacattggcatcaatcttcatcccaatctccc 4504324  T
Q  806 attcattgtaaataagtctacagtttgttggctgatcactaaagaatggccaacacaacattggaactccagcacatatactttcagtggttgagttcca 905  Q
    |||| | | ||||||   | |  ||   ||||||||||  ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  4504323 attcttcgcaaataatgttgctattaagtggctgatcagaaaaaaatggccaacacaacattggcactccagcacaaacactttcagtggttgagttcca 4504224  T
Q  906 tccacaatgagtcaagaatccaccaattgaagggtggtttaatacttgctcttgaggacacca 968  Q
    ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| || ||||  ||||| ||||||||    
T  4504223 tccacaatgagtcaagaatcctccgattgaagggtggttcaacactttatcttgtggacacca 4504161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 163; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 600 - 970
Target Start/End: Original strand, 4505857 - 4506227
Alignment:
Q  600 attttatttaagcaacacctccttgatcaatttgtccaagttcatatatgaacaacctccaggtctcgtgctctcctccgccttcttcttcaactcgatt 699  Q
    ||||| |||||||||||||||||| || | |||||||||||||||  |||||||||| |||||||| ||   |||||  ||| |||| |||||||| ||     
T  4505857 attttgtttaagcaacacctccttaataactttgtccaagttcatgaatgaacaaccaccaggtcttgtatcctcctttgccctctttttcaactccatg 4505956  T
Q  700 gcctttttcctcatcttctttcctttctctcccaccatcaattcattgacaagtttctccacctcctccctctttacattcgtaccaatttccatcccaa 799  Q
     |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| | ||||| ||| || ||||| || |  || || || ||||| ||| ||||||| || ||||    
T  4505957 acctttttcctcatcttgtttcctttctctccaaccataatttcatcgaccagcttctctacattttctctattcacattagtatcaatttcgattccaa 4506056  T
Q  800 tctcccattcattgtaaataagtctacagtttgttggctgatcactaaagaatggccaacacaacattggaactccagcacatatactttcagtggttga 899  Q
    ||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||| |||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  4506057 tctccaattcattgcaaataaatctacagtttgttggttgatcaccaaagaacggccaacacagcattggcactccagcgcatatgctttcagtggttga 4506156  T
Q  900 gttccatccacaatgagtcaagaatccaccaattgaagggtggtttaatacttgctcttgaggacaccagc 970  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||| | ||||||||    
T  4506157 gttccatccgcaatgagtcaagaatccaccaattgaagggtgatttaacactttctcttgtgaacaccagc 4506227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 161; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 600 - 968
Target Start/End: Original strand, 4601789 - 4602157
Alignment:
Q  600 attttatttaagcaacacctccttgatcaatttgtccaagttcatatatgaacaacctccaggtctcgtgctctcctccgccttcttcttcaactcgatt 699  Q
    ||||| |||||||||||||||||| || | |||||||| |||| | ||||||||||| ||  |||| ||||||||||  ||| ||||||||||||| ||     
T  4601789 attttgtttaagcaacacctccttaataactttgtccaggttcttgtatgaacaaccacctagtctagtgctctcctttgccatcttcttcaactccatg 4601888  T
Q  700 gcctttttcctcatcttctttcctttctctcccaccatcaattcattgacaagtttctccacctcctccctctttacattcgtaccaatttccatcccaa 799  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||| |||||  | |||| ||||||||  || ||| ||| |||||| ||||| ||||| ||| | |||||||| ||||    
T  4601889 gccttttgcctcatcttcttgcctttatctccggctatcacttcattgatcagcttcgccaactcctctctcttcacatttgtatcgatttccataccaa 4601988  T
Q  800 tctcccattcattgtaaataagtctacagtttgttggctgatcactaaagaatggccaacacaacattggaactccagcacatatactttcagtggttga 899  Q
    |||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||   ||| || |||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  4601989 tctcccattcattacaaataaatctacagtttgttggctgatcggcaaaaaaaggccaacacaacatcggcactccagcacatatgctttcagtggttga 4602088  T
Q  900 gttccatccacaatgagtcaagaatccaccaattgaagggtggtttaatacttgctcttgaggacacca 968  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||| || |||| |||||| ||||||||    
T  4602089 gttccatccacaatgagtcaagaatccgccgatcgaagggtggttcaacactttctcttgtggacacca 4602157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 159; E-Value: 4e-84
Query Start/End: Original strand, 606 - 968
Target Start/End: Complemental strand, 4267292 - 4266930
Alignment:
Q  606 tttaagcaacacctccttgatcaatttgtccaagttcatatatgaacaacctccaggtctcgtgctctcctccgccttcttcttcaactcgattgccttt 705  Q
    ||||||||  |||||||| || | ||||||||||||||| |||||| |||| |||||||| ||| |||| || |||||| |||||||||| |   | |||    
T  4267292 tttaagcatgacctccttaataactttgtccaagttcatgtatgaaaaaccaccaggtcttgtgttctcttctgccttcctcttcaactccaagacattt 4267193  T
Q  706 ttcctcatcttctttcctttctctcccaccatcaattcattgacaagtttctccacctcctccctctttacattcgtaccaatttccatcccaatctccc 805  Q
    | | ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||| || || || ||||| ||||| |||   ||||| |  ||||||||||    
T  4267192 tgcttcatcatatttcctttctctcccaccatcaattcattgactaacttctcgacgtcatctctcttcacatttgtattgatttcgagtccaatctccc 4267093  T
Q  806 attcattgtaaataagtctacagtttgttggctgatcactaaagaatggccaacacaacattggaactccagcacatatactttcagtggttgagttcca 905  Q
    |||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  4267092 attcatagcaaataaatctacagtttgttggctgatcaccaaagaatggccaacacaacattggcactccagcacatatgctttcagtggttgaattcca 4266993  T
Q  906 tccacaatgagtcaagaatccaccaattgaagggtggtttaatacttgctcttgaggacacca 968  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||  ||||| ||||||||    
T  4266992 tccgcaatgagtcaagaatccaccaatcgaagggtggttcaacactttatcttgtggacacca 4266930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 157; E-Value: 6e-83
Query Start/End: Original strand, 600 - 968
Target Start/End: Original strand, 4617022 - 4617390
Alignment:
Q  600 attttatttaagcaacacctccttgatcaatttgtccaagttcatatatgaacaacctccaggtctcgtgctctcctccgccttcttcttcaactcgatt 699  Q
    ||||| |||||||||||| ||||| || | ||||| ||||||||| ||||||||||| || ||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||| ||     
T  4617022 attttgtttaagcaacacatccttaataactttgttcaagttcatgtatgaacaaccacctggtctagtgttctcctctgccttcttcttcaactccatg 4617121  T
Q  700 gcctttttcctcatcttctttcctttctctcccaccatcaattcattgacaagtttctccacctcctccctctttacattcgtaccaatttccatcccaa 799  Q
    ||||||| | |||| ||||||||||| |||||  | |||| ||||||||  || ||  ||| |||||| ||||| ||||||||| | |||||||| ||||    
T  4617122 gccttttgcttcattttctttcctttatctccggctatcacttcattgatcagctttgccaactcctctctcttcacattcgtatcgatttccataccaa 4617221  T
Q  800 tctcccattcattgtaaataagtctacagtttgttggctgatcactaaagaatggccaacacaacattggaactccagcacatatactttcagtggttga 899  Q
    |||||||||||||  |||||| |||||||| ||||||||| ||   ||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  4617222 tctcccattcattacaaataaatctacagtctgttggctggtcggcaaaaaatggccaacacaacattggcactccagcgcatatactttcagtggttga 4617321  T
Q  900 gttccatccacaatgagtcaagaatccaccaattgaagggtggtttaatacttgctcttgaggacacca 968  Q
     |||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||| || ||||  ||||| ||||||||    
T  4617322 attccatccgcaatgagtcaagaatcctccgattgaagggtggttcaacactttgtcttgtggacacca 4617390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 154; E-Value: 4e-81
Query Start/End: Original strand, 581 - 970
Target Start/End: Original strand, 4516302 - 4516691
Alignment:
Q  581 aaaaaattacttaaatttgattttatttaagcaacacctccttgatcaatttgtccaagttcatatatgaacaacctccaggtctcgtgctctcctccgc 680  Q
    ||||||| |||| ||| | ||||| ||| |||| ||||||||| |||| ||| |||||||||| |||||||||||| || ||||| |||  |||||| ||    
T  4516302 aaaaaatcactttaatctaattttgtttgagcagcacctccttaatcactttttccaagttcacatatgaacaaccacctggtcttgtgtcctcctctgc 4516401  T
Q  681 cttcttcttcaactcgattgcctttttcctcatcttctttcctttctctcccaccatcaattcattgacaagtttctccacctcctccctctttacattc 780  Q
    |||||||||||| || || ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||  || |||||||||||||| ||||| |||||     
T  4516402 cttcttcttcaattccatggccttttgcctcatcttctttcctttatctcccaccattaattcattgatcagcttctccacctcctctctcttcacattg 4516501  T
Q  781 gtaccaatttccatcccaatctcccattcattgtaaataagtctacagtttgttggctgatcactaaagaatggccaacacaacattggaactccagcac 880  Q
    ||| |||||||    |||||||||||||||||| |||||  ||| || ||||||||||| |||  ||| || ||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  4516502 gtatcaatttctgctccaatctcccattcattgcaaatatatctgcaatttgttggctgctcagcaaaaaaaggccaacacaacattggtactccggcac 4516601  T
Q  881 atatactttcagtggttgagttccatccacaatgagtcaagaatccaccaattgaagggtggtttaatacttgctcttgaggacaccagc 970  Q
    | || |||||  | || ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||| || |||| |||||| ||||||||||    
T  4516602 agatgctttccattgtggagttccatccacaatgagtcaagaatcctccaactgaaggatggttcaacactttctcttgcggacaccagc 4516691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 153; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 606 - 970
Target Start/End: Original strand, 4625957 - 4626321
Alignment:
Q  606 tttaagcaacacctccttgatcaatttgtccaagttcatatatgaacaacctccaggtctcgtgctctcctccgccttcttcttcaactcgattgccttt 705  Q
    ||||||||| || || || |||| ||| ||||  ||||| ||||||||||| || || ||  || ||||||| ||||||||||||||||| || ||||||    
T  4625957 tttaagcaagacatcattaatcagtttatccatattcatgtatgaacaaccaccgggactaatgttctcctctgccttcttcttcaactccatggccttt 4626056  T
Q  706 ttcctcatcttctttcctttctctcccaccatcaattcattgacaagtttctccacctcctccctctttacattcgtaccaatttccatcccaatctccc 805  Q
    | ||||||||||||||| || |||||  |||||||| ||||||  |||||||| ||| |||||||||| ||||| | | | |||||||| ||||||||||    
T  4626057 tgcctcatcttctttccgttatctcctgccatcaatgcattgatcagtttctctaccccctccctcttcacattagcatcgatttccattccaatctccc 4626156  T
Q  806 attcattgtaaataagtctacagtttgttggctgatcactaaagaatggccaacacaacattggaactccagcacatatactttcagtggttgagttcca 905  Q
    |||||||| |||||  |||||| |||||||||||||||  |||   ||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||    
T  4626157 attcattgcaaatatatctacaatttgttggctgatcagcaaaatttggccaacacagcattggaactccagcgcatatgctttcaatggttgagttcca 4626256  T
Q  906 tccacaatgagtcaagaatccaccaattgaagggtggtttaatacttgctcttgaggacaccagc 970  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||| ||||||||||    
T  4626257 tccacaatgagttaagaatccaccaattgaaggatggttcagtactttctcttgcggacaccagc 4626321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 141; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 600 - 944
Target Start/End: Original strand, 4492955 - 4493299
Alignment:
Q  600 attttatttaagcaacacctccttgatcaatttgtccaagttcatatatgaacaacctccaggtctcgtgctctcctccgccttcttcttcaactcgatt 699  Q
    ||||| ||||||||| || |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||   |||  |||||| |||||||| ||||||||  |     
T  4492955 attttgtttaagcaagacatccttgatcactttgtccaagttcatgtatgaacaaccaccaggtactgtgtcctcctctgccttctttttcaactccgtg 4493054  T
Q  700 gcctttttcctcatcttctttcctttctctcccaccatcaattcattgacaagtttctccacctcctccctctttacattcgtaccaatttccatcccaa 799  Q
    || ||| |||||||||| |||||||||||||| ||||| |  |||||||| || |||||||| |  || || || |||||| || | ||||| |  ||||    
T  4493055 gcttttctcctcatcttgtttcctttctctccaaccataatctcattgaccagattctccacattttctctattaacattcctatcgatttctactccaa 4493154  T
Q  800 tctcccattcattgtaaataagtctacagtttgttggctgatcactaaagaatggccaacacaacattggaactccagcacatatactttcagtggttga 899  Q
    ||||| |||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||  |||  || |||||    
T  4493155 tctccaattcattgcaaatcaatctacagtttgttggctgatcactaaagaaaggccaacacaacattggcactccggcacatatgtttttggtagttga 4493254  T
Q  900 gttccatccacaatgagtcaagaatccaccaattgaagggtggtt 944  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  4493255 gttccatccacaatgagtcaagaatccaccaatcgaatggtggtt 4493299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #25
Raw Score: 135; E-Value: 8e-70
Query Start/End: Original strand, 606 - 968
Target Start/End: Original strand, 4622148 - 4622510
Alignment:
Q  606 tttaagcaacacctccttgatcaatttgtccaagttcatatatgaacaacctccaggtctcgtgctctcctccgccttcttcttcaactcgattgccttt 705  Q
    ||||||||  |||||||| || | ||||||||||||  | ||||||||||| ||||| || ||  |||| || ||||||| ||||||||| || ||||||    
T  4622148 tttaagcatgacctccttaataactttgtccaagttgttgtatgaacaaccaccagggctggtcgtctcatctgccttctccttcaactccatggccttt 4622247  T
Q  706 ttcctcatcttctttcctttctctcccaccatcaattcattgacaagtttctccacctcctccctctttacattcgtaccaatttccatcccaatctccc 805  Q
    |  ||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||  || |||  ||||||||| || || ||||| |||   ||||| || ||||||||||    
T  4622248 tgtctcatcttctttcctttatctcccgacatcaattcattgatcagattcgacacctcctctcttttcacattagtattgatttcgattccaatctccc 4622347  T
Q  806 attcattgtaaataagtctacagtttgttggctgatcactaaagaatggccaacacaacattggaactccagcacatatactttcagtggttgagttcca 905  Q
    ||  |||| | |||  ||||||||||||||||||||||   || ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||    
T  4622348 atgaattgcagatatatctacagtttgttggctgatcagcgaaaaatggccaacacagcattgaaactccagcacatatgctttcggtggttgaattcca 4622447  T
Q  906 tccacaatgagtcaagaatccaccaattgaagggtggtttaatacttgctcttgaggacacca 968  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||| |||||| ||||||||    
T  4622448 tccacaatgagtcaagaatccaccaattgcagggtggttaagtacttcctcttgtggacacca 4622510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #26
Raw Score: 132; E-Value: 5e-68
Query Start/End: Original strand, 606 - 968
Target Start/End: Complemental strand, 4256738 - 4256375
Alignment:
Q  606 tttaagcaacacctccttgatcaatttgtccaagttcatatatgaacaacctccaggtctcgtgctctcctccgccttcttcttcaactcgattgccttt 705  Q
    ||||||||  |||||||| || | |||||||||||||||  |||||  |||  | || || ||| ||| ||| | |||||||||||| || ||  |||||    
T  4256738 tttaagcatgacctccttaataactttgtccaagttcatcaatgaatgaccagctgggctggtgttcttctctgtcttcttcttcaattccatgaccttt 4256639  T
Q  706 ttcctcatcttctttcctttctctcccaccatcaattcattgacaagtttctccacctcctccctctttacattcgtaccaatttccatcccaatctccc 805  Q
    | |||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||  || ||||||||||| || ||||| ||||| |||   ||||| || ||||||||||    
T  4256638 tgcctcatcttctttcctttttctcccgacatcaattcattgatcagattctccacctcatctctcttcacattagtattgatttcaattccaatctccc 4256539  T
Q  806 attcattgtaaataagtctacagtttgttgg-ctgatcactaaagaatggccaacacaacattggaactccagcacatatactttcagtggttgagttcc 904  Q
    ||||  |  |||||| ||||||||||||||| |||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||| ||||||||||||    
T  4256538 attcgctacaaataaatctacagtttgttggtctgatcagcaaaaaatggccaacacaacattggaactccggcacaaatgctttcaatggttgagttcc 4256439  T
Q  905 atccacaatgagtcaagaatccaccaattgaagggtggtttaatacttgctcttgaggacacca 968  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||| | |||||||||||| ||||||||    
T  4256438 atcctcaatgagtcaagaatccaccaactgaagagtggttcagtacttgctcttgcggacacca 4256375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #27
Raw Score: 128; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 721 - 968
Target Start/End: Original strand, 4457715 - 4457962
Alignment:
Q  721 cctttctctcccaccatcaattcattgacaagtttctccacctcctccctctttacattcgtaccaatttccatcccaatctcccattcattgtaaataa 820  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||| || ||||| ||||| ||| | ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  4457715 cctttttctcccaccatcaattcattgactaacttctccacctcatctctcttcacatttgtatcgatttccatcccaatctctcattcattgcaaataa 4457814  T
Q  821 gtctacagtttgttggctgatcactaaagaatggccaacacaacattggaactccagcacatatactttcagtggttgagttccatccacaatgagtcaa 920  Q
     ||||||  ||||||||| ||||| |||||||||||||| || |||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  4457815 atctacaacttgttggcttatcaccaaagaatggccaacgcagcattggcactccagcgcatatgctttcagtggttgagtttcatccacaatgagtcaa 4457914  T
Q  921 gaatccaccaattgaagggtggtttaatacttgctcttgaggacacca 968  Q
    |||||| || |||||||||||||| || ||||  ||||| ||||||||    
T  4457915 gaatcctccgattgaagggtggttcaacactttatcttgtggacacca 4457962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #28
Raw Score: 122; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 630 - 975
Target Start/End: Complemental strand, 4260256 - 4259911
Alignment:
Q  630 tttgtccaagttcatatatgaacaacctccaggtctcgtgctctcctccgccttcttcttcaactcgattgcctttttcctcatcttctttcctttctct 729  Q
    |||||||||||||||  ||||| ||||    || || ||| ||||||| |||||| |||||||||| ||  |||||| |||||||||||||||||  |||    
T  4260256 tttgtccaagttcatcaatgaataaccagatggactggtgttctcctctgccttcctcttcaactccatgaccttttgcctcatcttctttccttcttct 4260157  T
Q  730 cccaccatcaattcattgacaagtttctccacctcctccctctttacattcgtaccaatttccatcccaatctcccattcattgtaaataagtctacagt 829  Q
    ||   ||| | ||||||||  || ||| ||||||| || || || ||||| |||  |||||| || |||||||||||||| ||  |||||| ||||||||    
T  4260156 cctgacataatttcattgatcagcttcgccacctcatctcttttcacattagtattaatttcaattccaatctcccattcgttacaaataaatctacagt 4260057  T
Q  830 ttgttggctgatcactaaagaatggccaacacaacattggaactccagcacatatactttcagtggttgagttccatccacaatgagtcaagaatccacc 929  Q
    ||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||| | ||||| || |||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  4260056 ttgttggctgatcagcaaaaaatggccaacacaacattggaacttcggcacaaatgctttcaatggttgagttccatccgcaatgagttaagaatccacc 4259957  T
Q  930 aattgaagggtggtttaatacttgctcttgaggacaccagcccgcg 975  Q
    || ||||| |||||| | |||||||||||| |||||||||| ||||    
T  4259956 aactgaagagtggttcagtacttgctcttgcggacaccagctcgcg 4259911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #29
Raw Score: 101; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 619 - 970
Target Start/End: Original strand, 4568072 - 4568426
Alignment:
Q  619 tccttgatcaatttgtccaagttcatatatgaacaacctccaggtctcgtgctctcctccgc---cttcttcttcaactcgattgcctttttcctcatct 715  Q
    ||||| |||| ||||||||||||||| |||||| || | |||||||| |||  || ||| ||   ||||||||||||||| |  ||||||| ||||||||    
T  4568072 tccttaatcactttgtccaagttcatgtatgaagaatcaccaggtcttgtgtccttctctgccttcttcttcttcaactccacggccttttgcctcatct 4568171  T
Q  716 tctttcctttctctcccaccatcaattcattgacaagtttctccacctcctccctctttacattcgtaccaatttccatcccaatctcccattcattgta 815  Q
    | |||||||||| ||||||||| |||||||| |  || |||||||||||||| ||||| ||||| ||| ||||||| || || |||||| | | |||  |    
T  4568172 tttttcctttctgtcccaccattaattcattcatcagcttctccacctcctctctcttcacatttgtatcaatttcgattccgatctccaacttattaca 4568271  T
Q  816 aataagtctacagtttgttggctgatcactaaagaatggccaacacaacattggaactccagcacatatactttcagtggttgagttccatccacaatga 915  Q
    ||||  ||| |||| ||||||||| |||  ||| || |||||||| |||||||| ||||  ||||| || |||||    || ||||||||||||||||||    
T  4568272 aatatatctgcagtatgttggctgctcagaaaaaaaaggccaacataacattggtactctggcacaaatgctttccaatgtggagttccatccacaatga 4568371  T
Q  916 gtcaagaatccaccaattgaagggtggtttaatacttgctcttgaggacaccagc 970  Q
    ||||||||||  |||| |||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||    
T  4568372 gtcaagaatcgtccaactgaagggtggttcaacacttgctcttgcggacaccagc 4568426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #30
Raw Score: 87; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 351 - 480
Target Start/End: Original strand, 4563437 - 4563567
Alignment:
Q  351 acatgataatgagattcaagatactgtgaaagaattcttattccctctactttacatatt-aaagtggtaggattcatattataaagttaatatacatgc 449  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| | | |||| ||||||| ||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  4563437 acatgataatggaattcaagatactgtgaaagaattcttattcacccaacttaacatatttaaacttgtaggatttatattataaagttaatatacatgc 4563536  T
Q  450 catataattatccaatatgcatatattcaaa 480  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4563537 catataattatccaatatgcatatattcaaa 4563567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #31
Raw Score: 59; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 880 - 966
Target Start/End: Complemental strand, 4299673 - 4299587
Alignment:
Q  880 catatactttcagtggttgagttccatccacaatgagtcaagaatccaccaattgaagggtggtttaatacttgctcttgaggacac 966  Q
    ||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||| ||||||    
T  4299673 catatgctttcaatggttgagttccatccacagtgagtcaagaatccaccaattgaagggtggttcagtacttgttcttgtggacac 4299587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #32
Raw Score: 51; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 606 - 807
Target Start/End: Complemental strand, 4299866 - 4299671
Alignment:
Q  606 tttaagcaacacctccttgatcaatttgtccaagttcatatatgaacaacctccaggtctcgtgctctcctccgccttcttcttcaactcgattgccttt 705  Q
    ||||||||  |||||||| || | ||||||||||||||| || |||||||| || ||  | ||| ||||||| ||||||      |||||  ||||||||    
T  4299866 tttaagcagaacctccttaataactttgtccaagttcatgtacgaacaaccacctggattagtgttctcctctgccttc------aactcccttgccttt 4299773  T
Q  706 ttcctcatcttctttcctttctctcccaccatcaattcattgacaagtttctccacctcctccctctttacattcgtaccaatttccatcccaatctccc 805  Q
    |  |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||  || || ||||||||||| ||| | ||||| ||| | ||||| || ||||||||||    
T  4299772 tgtctcatcttatctcctttctctcccaccatcaattcattgatcagcttttccacctcctctctcctcacatttgtatcgatttcgattccaatctccc 4299673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #33
Raw Score: 50; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 863 - 968
Target Start/End: Complemental strand, 4391996 - 4391891
Alignment:
Q  863 acattggaactccagcacatatactttcagtggttgagttccatccacaatgagtcaagaatccaccaattgaagggtggtttaatacttgctcttgagg 962  Q
    |||||||||||| || ||| || |||||| ||| |||||| ||||||||||| || |||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||  ||    
T  4391996 acattggaactctagaacaaatgctttcaatgggtgagtttcatccacaatgcgttaagaatccacaaattcaagggtggttcaatacttgctctttcgg 4391897  T
Q  963 acacca 968  Q
    ||||||    
T  4391896 acacca 4391891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #34
Raw Score: 49; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 606 - 710
Target Start/End: Complemental strand, 4392152 - 4392048
Alignment:
Q  606 tttaagcaacacctccttgatcaatttgtccaagttcatatatgaacaacctccaggtctcgtgctctcctccgccttcttcttcaactcgattgccttt 705  Q
    ||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||  ||||| |||| |||||||  |||  |||||  |||||||||||||||||||| ||||||    
T  4392152 tttaagcaagacctccttaatcagtttgtccaagttcatgaatgaagaaccaccaggtcatgtgtcctcctttgccttcttcttcaactcgatcgccttt 4392053  T
Q  706 ttcct 710  Q
    |||||    
T  4392052 ttcct 4392048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #35
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 436 - 487
Target Start/End: Complemental strand, 4614019 - 4613968
Alignment:
Q  436 gttaatatacatgccatataattatccaatatgcatatattcaaaccattca 487  Q
    |||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  4614019 gttaatatacctgctatataattatccaatgtgcatatattcaaaccattca 4613968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #36
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 497 - 542
Target Start/End: Complemental strand, 4613933 - 4613888
Alignment:
Q  497 ctctagctgaagatgagttcacttacatcatcacttaaattcaata 542  Q
    |||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  4613933 ctcttgctgaagatcagttcatttacatcatcacttaaattcaata 4613888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #37
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 596 - 666
Target Start/End: Complemental strand, 4607027 - 4606957
Alignment:
Q  596 tttgattttatttaagcaacacctccttgatcaatttgtccaagttcatatatgaacaacctccaggtctc 666  Q
    ||||||||| ||||||||| |||| ||| |||| ||| ||||||||||| |||||| |||| || ||||||    
T  4607027 tttgattttgtttaagcaaaaccttcttaatcactttttccaagttcatgtatgaaaaaccacctggtctc 4606957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 194; Significance: 1e-105; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 569 - 975
Target Start/End: Complemental strand, 16686432 - 16686024
Alignment:
Q  569 actgctttgcataaaaaa--ttacttaaatttgattttatttaagcaacacctccttgatcaatttgtccaagttcatatatgaacaacctccaggtctc 666  Q
    ||||| ||||||||||||  | |||||  ||||||||| ||||||||| |||||| | |||| ||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  16686432 actgcattgcataaaaaaagtcacttaggtttgattttgtttaagcaaaacctccataatcactttttccaagttcatgtatgaacaaccaccaggtctc 16686333  T
Q  667 gtgctctcctccgccttcttcttcaactcgattgcctttttcctcatcttctttcctttctctcccaccatcaattcattgacaagtttctccacctcct 766  Q
    | |   || ||| ||||| | | ||  || |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |    
T  16686332 gggtcttcgtccaccttcatttgcagttcaattatctttttcctcatcttctttcctttctctcccaccatcaattcattgaccaatttctccacctcat 16686233  T
Q  767 ccctctttacattcgtaccaatttccatcccaatctcccattcattgtaaataagtctacagtttgttggctgatcactaaagaatggccaacacaacat 866  Q
    | ||||| ||||| ||  |||||||||| |||||||||||||||||| |||||  ||| || |||| ||||||||||  ||| |||||||||||||||||    
T  16686232 ctctcttcacattggtgtcaatttccatgccaatctcccattcattgcaaatatatctgcattttgctggctgatcagcaaaaaatggccaacacaacat 16686133  T
Q  867 tggaactccagcacatatactttcagtggttgagttccatccacaatgagtcaagaatccaccaattgaagggtggtttaatacttgctcttgaggacac 966  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || |||    
T  16686132 tggaactccagcatatatactttcagtggttgagttccatccacaatgagttaagaatccaccgattgaaggatggtttaatacttgctcttgcgggcac 16686033  T
Q  967 cagcccgcg 975  Q
    |||| ||||    
T  16686032 cagctcgcg 16686024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 193; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 600 - 968
Target Start/End: Original strand, 1674226 - 1674594
Alignment:
Q  600 attttatttaagcaacacctccttgatcaatttgtccaagttcatatatgaacaacctccaggtctcgtgctctcctccgccttcttcttcaactcgatt 699  Q
    ||||| |||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||| || ||||| ||| ||||||| |||||||||||||| || ||     
T  1674226 attttgtttaagcaacacttccttaatcactttgtccaagttcatgtatgaacaaccacctggtctagtgttctcctctgccttcttcttcaattccatg 1674325  T
Q  700 gcctttttcctcatcttctttcctttctctcccaccatcaattcattgacaagtttctccacctcctccctctttacattcgtaccaatttccatcccaa 799  Q
    ||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||   |||| ||||| ||||||||| |||||||||| ||||    
T  1674326 gccttttgcctcatcttttttccattctctcccaccatcaattcattgataagcttctccaaaccctctctcttcacattcgtatcaatttccataccaa 1674425  T
Q  800 tctcccattcattgtaaataagtctacagtttgttggctgatcactaaagaatggccaacacaacattggaactccagcacatatactttcagtggttga 899  Q
    ||| |||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  1674426 tcttccattcattacaaataaatctacagtttgttggctgatcagcaaaaaatggccaacacaacattggcactccagcgcatatgctttcagtggttga 1674525  T
Q  900 gttccatccacaatgagtcaagaatccaccaattgaagggtggtttaatacttgctcttgaggacacca 968  Q
    ||||||||| || || ||||||||||| || |||||||||||||| || |||| |||||| ||||||||    
T  1674526 gttccatccgcagtgtgtcaagaatccgccgattgaagggtggttcaacactttctcttgtggacacca 1674594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 172; E-Value: 6e-92
Query Start/End: Original strand, 589 - 968
Target Start/End: Complemental strand, 20863986 - 20863607
Alignment:
Q  589 acttaaatttgattttatttaagcaacacctccttgatcaatttgtccaagttcatatatgaacaacctccaggtctcgtgctctcctccgccttcttct 688  Q
    |||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||| | ||||| |||  |||||| ||||||||||    
T  20863986 acttaagtttgattttgtttaagcaacacctccttaatcactttgtccaagttcatatatgaaccaccttccggtcttgtgtcctcctctgccttcttct 20863887  T
Q  689 tcaactcgattgcctttttcctcatcttctttcctttctctcccaccatcaattcattgacaagtttctccacctcctccctctttacattcgtaccaat 788  Q
    |||||||  ||| ||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| || ||  ||||||||||||| ||||| ||||| ||  ||||    
T  20863886 tcaactcatttgtcttttgcctcatcctccttcctttctctcccaccatcaattcatttaccagcatctccacctcctctctcttgacattggtgtcaat 20863787  T
Q  789 ttccatcccaatctcccattcattgtaaataagtctacagtttgttggctgatcactaaagaatggccaacacaacattggaactccagcacatatactt 888  Q
    ||| ||||||||||||||||  ||| ||||   ||| |||||||| |||||||||  ||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||     
T  20863786 ttcgatcccaatctcccatttgttgcaaatgtatctgcagtttgtcggctgatcagcaaaaaatggccagcacaacattggcactccagcacatatgctc 20863687  T
Q  889 tcagtggttgagttccatccacaatgagtcaagaatccaccaattgaagggtggtttaatacttgctcttgaggacacca 968  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||| ||||| || || | |||||| ||||||||    
T  20863686 tcaatggttgagttccatccacaatgagttagaaatccaccaattgaaggatggttcaacaccttctcttgtggacacca 20863607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 894 - 935
Target Start/End: Complemental strand, 1969181 - 1969140
Alignment:
Q  894 ggttgagttccatccacaatgagtcaagaatccaccaattga 935  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  1969181 ggttgaattccagccacaatgagtcaagaatccaccaattga 1969140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0288 (Bit Score: 189; Significance: 1e-102; HSPs: 1)
Name: scaffold0288
Description:

Target: scaffold0288; HSP #1
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 606 - 970
Target Start/End: Complemental strand, 3845 - 3481
Alignment:
Q  606 tttaagcaacacctccttgatcaatttgtccaagttcatatatgaacaacctccaggtctcgtgctctcctccgccttcttcttcaactcgattgccttt 705  Q
    ||||||||| |||||||| || | |||||||| |||||| ||||||| ||| || ||||| ||| ||||||| ||||||||||| ||||| |  ||||||    
T  3845 tttaagcaaaacctccttaataactttgtccaggttcatgtatgaacgaccacctggtctagtgttctcctctgccttcttctttaactccacggccttt 3746  T
Q  706 ttcctcatcttctttcctttctctcccaccatcaattcattgacaagtttctccacctcctccctctttacattcgtaccaatttccatcccaatctccc 805  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||| || ||||| |||| | || | ||||| |  ||||||||||    
T  3745 tgcctcatcttctttcctttctctcccaccgtcaattcattgactagcttctccacctcatctctcttcacatccatatcgatttcaagtccaatctccc 3646  T
Q  806 attcattgtaaataagtctacagtttgttggctgatcactaaagaatggccaacacaacattggaactccagcacatatactttcagtggttgagttcca 905  Q
    |||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| |||||    
T  3645 attcgttgcaaataaatctacagtttgttggctgatcaccaaagaatggccaacaaagcattggtactccagcgcatatgctttcagtggttgaattcca 3546  T
Q  906 tccacaatgagtcaagaatccaccaattgaagggtggtttaatacttgctcttgaggacaccagc 970  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||| ||||||||||    
T  3545 tccacaatgagtcaagaatccaccaattgaagggtggatcagtacttgctcttgtggacaccagc 3481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 173; Significance: 2e-92; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 173; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 600 - 968
Target Start/End: Complemental strand, 28000231 - 27999863
Alignment:
Q  600 attttatttaagcaacacctccttgatcaatttgtccaagttcatatatgaacaacctccaggtctcgtgctctcctccgccttcttcttcaactcgatt 699  Q
    ||||| ||||| |||||| ||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||| || ||||| ||| ||||||| ||||| ||||||||||| ||     
T  28000231 attttgtttaaacaacacttccttaatcactttgtccaagttcatgtatgaacaaccacctggtctagtgttctcctctgcctttttcttcaactccatg 28000132  T
Q  700 gcctttttcctcatcttctttcctttctctcccaccatcaattcattgacaagtttctccacctcctccctctttacattcgtaccaatttccatcccaa 799  Q
    ||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||  |||||  |||| |||||| || |||||||||| ||||    
T  28000131 gccttttgcctcatcttttttccattctctcccaccatcaattcattgataagcttctccaaatcctctatcttcacattcatatcaatttccataccaa 28000032  T
Q  800 tctcccattcattgtaaataagtctacagtttgttggctgatcactaaagaatggccaacacaacattggaactccagcacatatactttcagtggttga 899  Q
    ||| |||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||  ||| |||| ||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||||    
T  28000031 tcttccattcattacaaataaatctacagtttgttggctgatcagcaaaaaatgaccaacacaacattggcactccagcgcatatgctttcggtggttga 27999932  T
Q  900 gttccatccacaatgagtcaagaatccaccaattgaagggtggtttaatacttgctcttgaggacacca 968  Q
    ||||||||| || ||||||||||| || |  |||||||||||||| || |||| |||||| ||||||||    
T  27999931 gttccatccgcagtgagtcaagaacccgctgattgaagggtggttcaaaactttctcttgtggacacca 27999863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 167; E-Value: 6e-89
Query Start/End: Original strand, 606 - 968
Target Start/End: Original strand, 24103005 - 24103367
Alignment:
Q  606 tttaagcaacacctccttgatcaatttgtccaagttcatatatgaacaacctccaggtctcgtgctctcctccgccttcttcttcaactcgattgccttt 705  Q
    ||||||||  |||||||| || | ||||||||||||||| |||||| |||| |||| ||| ||| |||| || ||||||||||| ||||| |   |||||    
T  24103005 tttaagcatgacctccttaataactttgtccaagttcatgtatgaaaaaccaccagatcttgtgttctcttctgccttcttcttgaactccaagaccttt 24103104  T
Q  706 ttcctcatcttctttcctttctctcccaccatcaattcattgacaagtttctccacctcctccctctttacattcgtaccaatttccatcccaatctccc 805  Q
    | | ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |  ||||| || || || ||||| ||||| ||| | ||||| |  ||||||||||    
T  24103105 tgcttcatcgtctttccgttctctcccaccatcaattcattgactaacttctcgacgtcatctctcttcacatttgtatcgatttcgagtccaatctccc 24103204  T
Q  806 attcattgtaaataagtctacagtttgttggctgatcactaaagaatggccaacacaacattggaactccagcacatatactttcagtggttgagttcca 905  Q
    |||||| | |||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  24103205 attcatagcaaataaatctacagtttgttggttgatcaccaaagaatggccaacacaacattggcactccagcacatatgctttcagtggttgagttcca 24103304  T
Q  906 tccacaatgagtcaagaatccaccaattgaagggtggtttaatacttgctcttgaggacacca 968  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||  ||||| ||||||||    
T  24103305 tccgcaatgagtcaagaatccaccaatcgaagggtggtttaacactttatcttgtggacacca 24103367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 895 - 938
Target Start/End: Complemental strand, 20155290 - 20155247
Alignment:
Q  895 gttgagttccatccacaatgagtcaagaatccaccaattgaagg 938  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  20155290 gttgaattccatccacaatgtgtcaagaatcctccaattgaagg 20155247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 157; Significance: 6e-83; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 157; E-Value: 6e-83
Query Start/End: Original strand, 600 - 968
Target Start/End: Original strand, 1281114 - 1281482
Alignment:
Q  600 attttatttaagcaacacctccttgatcaatttgtccaagttcatatatgaacaacctccaggtctcgtgctctcctccgccttcttcttcaactcgatt 699  Q
    ||||| |||||||||||  ||||| |||| |||||| |||||||| ||||||||||| || ||||| ||| |||||||||||  ||||||||| || ||     
T  1281114 attttgtttaagcaacatttccttaatcactttgtcgaagttcatgtatgaacaaccacccggtctagtgttctcctccgccgccttcttcaattccatg 1281213  T
Q  700 gcctttttcctcatcttctttcctttctctcccaccatcaattcattgacaagtttctccacctcctccctctttacattcgtaccaatttccatcccaa 799  Q
    |||||||  ||||| ||||||||||  || ||  | |||||||||||||  |  ||  |||||||||| ||||| ||||| ||| | |||||||| ||||    
T  1281214 gccttttctctcatattctttccttcatccccggctatcaattcattgatcaacttagccacctcctctctcttcacatttgtatcgatttccataccaa 1281313  T
Q  800 tctcccattcattgtaaataagtctacagtttgttggctgatcactaaagaatggccaacacaacattggaactccagcacatatactttcagtggttga 899  Q
    ||| |||||||||  |||||| |||||||| |||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  1281314 tcttccattcattacaaataaatctacagtctgttggctgatcagcaaaaaatggccaacacaacattggcactccagcacatatgctttcagtggttga 1281413  T
Q  900 gttccatccacaatgagtcaagaatccaccaattgaagggtggtttaatacttgctcttgaggacacca 968  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||| |||||| ||||||||    
T  1281414 gttccatccgcaatgagtcaagaatccaccgattgaagggtggttcaacactttctcttgtggacacca 1281482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0477 (Bit Score: 137; Significance: 5e-71; HSPs: 1)
Name: scaffold0477
Description:

Target: scaffold0477; HSP #1
Raw Score: 137; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 606 - 970
Target Start/End: Complemental strand, 4812 - 4448
Alignment:
Q  606 tttaagcaacacctccttgatcaatttgtccaagttcatatatgaacaacctccaggtctcgtgctctcctccgccttcttcttcaactcgattgccttt 705  Q
    ||||||||  |||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||| || ||||  || ||| ||||||| ||||||||||||||||| || ||||||    
T  4812 tttaagcatgacctccttaatcactttgtccaagttcatgtatgaacagccaccagaactggtgttctcctctgccttcttcttcaactccatggccttt 4713  T
Q  706 ttcctcatcttctttcctttctctcccaccatcaattcattgacaagtttctccacctcctccctctttacattcgtaccaatttccatcccaatctccc 805  Q
    | |||||||||| ||||||| ||||||  ||||||||||||||  |  |||   |||| ||| ||||| ||||| ||| |||||||||| ||| ||||||    
T  4712 tgcctcatcttcattcctttatctcccgacatcaattcattgatcatattcgttaccttctctctcttcacattagtatcaatttccataccagtctccc 4613  T
Q  806 attcattgtaaataagtctacagtttgttggctgatcactaaagaatggccaacacaacattggaactccagcacatatactttcagtggttgagttcca 905  Q
    ||  || | | |||   | | ||||||||||||||||    || |||||||||||||||||||| |||||  ||||||| |||||| |||||||||||||    
T  4612 atatatgggagatataccgatagtttgttggctgatcggcgaaaaatggccaacacaacattggcactcctacacatatgctttcaatggttgagttcca 4513  T
Q  906 tccacaatgagtcaagaatccaccaattgaagggtggtttaatacttgctcttgaggacaccagc 970  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||    
T  4512 tccgcaatgagtcaagaatccaccaattgaagggtggttcagtacttgctcttgtggacaccagc 4448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 133; Significance: 1e-68; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 133; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 606 - 970
Target Start/End: Original strand, 3086426 - 3086790
Alignment:
Q  606 tttaagcaacacctccttgatcaatttgtccaagttcatatatgaacaacctccaggtctcgtgctctcctccgccttcttcttcaactcgattgccttt 705  Q
    ||||||||| |||||||| || | ||||||||||||||| ||||||||||| ||    || ||| |||| || || |||||||| |||||     | |||    
T  3086426 tttaagcaagacctccttaataactttgtccaagttcatgtatgaacaaccaccgatactggtgttctcttctgctttcttctttaactctgcgacattt 3086525  T
Q  706 ttcctcatcttctttcctttctctcccaccatcaattcattgacaagtttctccacctcctccctctttacattcgtaccaatttccatcccaatctccc 805  Q
    | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  || ||||| |||||||| ||||| ||||| ||| | ||||| || ||||||||||    
T  3086526 tgcctcatcttctttcctttatctcccaccatcaattcattgatcagcttctcgacctcctctctcttcacattagtatcgatttcaattccaatctccc 3086625  T
Q  806 attcattgtaaataagtctacagtttgttggctgatcactaaagaatggccaacacaacattggaactccagcacatatactttcagtggttgagttcca 905  Q
    ||  |||| | |||  |||||||||| |||| ||||| | | | |||||||||||||||||||| |||||||||  ||  ||||||   |||||||||||    
T  3086626 atatattgcagatatatctacagtttattggttgatctccataaaatggccaacacaacattggcactccagcaagtacgctttcaaccgttgagttcca 3086725  T
Q  906 tccacaatgagtcaagaatccaccaattgaagggtggtttaatacttgctcttgaggacaccagc 970  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||    
T  3086726 tccacaatgagtcaagaatccaccaattgaagggtgattcaatacttgctcttgcggacaccagc 3086790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 895 - 937
Target Start/End: Complemental strand, 41511484 - 41511442
Alignment:
Q  895 gttgagttccatccacaatgagtcaagaatccaccaattgaag 937  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  41511484 gttgaattccaaccacaatgagtcaaaaatccaccaattgaag 41511442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 895 - 941
Target Start/End: Complemental strand, 48532826 - 48532780
Alignment:
Q  895 gttgagttccatccacaatgagtcaagaatccaccaattgaagggtg 941  Q
    ||||| |||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||    
T  48532826 gttgaattccatccacaatgtgttaagaatcctccaattgaagggtg 48532780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0475 (Bit Score: 77; Significance: 3e-35; HSPs: 1)
Name: scaffold0475
Description:

Target: scaffold0475; HSP #1
Raw Score: 77; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 748 - 968
Target Start/End: Complemental strand, 3668 - 3449
Alignment:
Q  748 acaagtttctccacctcctccctctttacattcgtaccaatttccatcccaatctcccattcattgtaaataagtctacagtttgttggctgatcactaa 847  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||||| | | | |||||  | |||||||||||||||||  ||||   ||||||||||||||  || ||    |    
T  3668 acaagtttctccacctcctctctcttcacattggaatctatttcacttccaatctcccattcattccaaatgcatctacagtttgttgagtgttcgggga 3569  T
Q  848 agaatggccaacacaacattggaactccagcacatatactttcagtggttgagttccatccacaatgagtcaagaatccaccaattgaagggtggtttaa 947  Q
    | |||||||||| || |||||||||||||| ||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||| ||    
T  3568 aaaatggccaacgcagcattggaactccagaacaaatgctttcaatggttgagttccatccacaatgagttaagaatccaccaact-aagggtggttcaa 3470  T
Q  948 tacttgctcttgaggacacca 968  Q
     ||||||||||  ||||||||    
T  3469 cacttgctcttacggacacca 3449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University