View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9960_low_1 (Length: 945)

Name: NF9960_low_1
Description: NF9960
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9960_low_1
NF9960_low_1
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (8-930)||(2911587-2912511)
chr2 (896-930)||(38025146-38025180)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 831; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 831; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 930
Target Start/End: Original strand, 2911587 - 2912511
Alignment:
Q  8 agaagcagagaccaaagtgactatttgctcatc--gttaccaaaattttttatatccataatctgccacgtcacaaatattataaaaacaataagctgta 105  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2911587 agaaccagagaccaaagtgactatttgctcatcatgttaccaaatttttttatatccataatctgccacgtcacaaatattataaaaacaataagctgta 2911686  T
Q  106 tacgtactcaatggataatagagtacaaagtggtatacatatacatctacgtgggtgatcatatatcaattaaatccagtagcctccaaatatagtcagt 205  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  2911687 tacgtactcaatggataatagagtacaaagtggtatgcatatacatctacgtgggtcatcatatatcaattaaatccagtagcctccaaatatagtca-- 2911784  T
Q  206 catatacaaactctttgatttaattccaatcccaaccaaaaccaaagctaa----atacatcattatacacgtaaactttgcaaatggccaacgtggcat 301  Q
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2911785 --tatacaaactctttgatttaattccaatcccaaccaaaaccaaagctaattaaatacatcattatacacgtaaactttgcaaatggccaacgtggcat 2911882  T
Q  302 tgttacttatttcagtccatgatgttgtaactgacacgtgtcctatctcagcccacagagttgagttatgcccattgttattttcttgtttggaaactcc 401  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  2911883 tgttacttatttcagtccatgatgttgtaactgacacgtgtcctatctcagcccacagagttgagttatgcccattgttattttcttctttggaaactcc 2911982  T
Q  402 gccaaataagaccacatccttagccggttgtttccacctctttcaacaggtagcaccatgttttataagtaacataaagccattatttcattttgtgtta 501  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  2911983 gccaaataagaccacatccttagccggttgtttccacctctttcaacaggtagcaccatgttttataagtaagataaagccattatttcattttgtgtta 2912082  T
Q  502 ctattagtatacactacactgcacaatcttcattcatttcaatcccacttcttagtattttatctctcaagcacctattattctgcnnnnnnntcatcta 601  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||    
T  2912083 ctattagtatacactacactgcacaatcttcattcatttcaatcccacttcttagtattttatctctcaagcacctattattctgcaaaaaaatcatcta 2912182  T
Q  602 agcaaaaagattcttcttcacttttcatttcatttttattagtataaaaagtgtgatcgattaattttgggcatgagtttgaggtacataggtagagtgt 701  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2912183 agcaaaaagattcttcttcacttttcatttcatttttattagtataaaaagtgtgatcaattaattttgggcatgagtttgaggtacataggtagagtgt 2912282  T
Q  702 tgtaccaaactgcaatgagaacgtttcagggcatgaaagatcaaagctcaaagtgtgattcaacaatcaagtctctaagggattctacttcttcaaagca 801  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2912283 tgtaccaaactgcaatgagaacgtttcagggcatgaaagatcaaagctcaaagtgtgattcaacaatcaagtctctaagggattctacttcttcaaagca 2912382  T
Q  802 agtcaaggctagggttttctcaaataatactgcttttgaaaattcatcttctgctttcaaaggtagcaacagtgacaaggtaaaacgtgctgaagagtct 901  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2912383 agttaaggctagggttttctcaaataatactgcttttgaaaattcatcttctgctttcaaaggtagcaacagtgacaaggtaaaacgtgctgaagagtct 2912482  T
Q  902 cttaggactgtcatgtacttgagctgctg 930  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  2912483 cttaggactgtcatgtacttgagctgctg 2912511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 896 - 930
Target Start/End: Original strand, 38025146 - 38025180
Alignment:
Q  896 gagtctcttaggactgtcatgtacttgagctgctg 930  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  38025146 gagtctctaaggactgtcatgtacttgagctgctg 38025180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University