View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9961_high_2 (Length: 826)

Name: NF9961_high_2
Description: NF9961
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9961_high_2
NF9961_high_2
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (17-816)||(48099090-48099889)
chr1 (162-816)||(48066290-48066944)
chr1 (57-816)||(48062098-48062855)
chr1 (165-811)||(48105839-48106485)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (393-628)||(50231161-50231396)
chr4 (162-259)||(50230959-50231056)
chr4 (44-97)||(50230887-50230940)
[»] scaffold1463 (3 HSPs)
scaffold1463 (445-615)||(849-1019)
scaffold1463 (44-105)||(1254-1315)
scaffold1463 (162-231)||(1168-1237)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 796; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 796; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 816
Target Start/End: Original strand, 48099090 - 48099889
Alignment:
Q  17 agatggaaattaaagataaatatattgtgcatcttctgtattaaatcatgcagcattgtattttgacttgagtaataagcagaagttataactaacaaat 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48099090 agatggaaattaaagataaatatattgtgcatcttctgtattaaatcatgcagcattgtattttgacttgagtaataagcagaagttataactaacaaat 48099189  T
Q  117 ttccctgaagaggaaggagcttattagattagttttgaaaatgaagaaatacctgatttggttgaggattgacacttgtttctgtgagccatataggaag 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48099190 ttccctgaagaggaaggagcttattagattagttttgaaaatgaagaaatacctgatttggttgaggattgacacttgtttctgtgagccatataggaag 48099289  T
Q  217 tccagttgcaccaagaagatctagacttgacctcatgtaagcatagtttggtcgaccaagtctaaaatggccttgcaccccaatggccaatgatattcca 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48099290 tccagttgcaccaagaagatctagacttgacctcatgtaagcatagtttggtcgaccaagtctaaaatggccttgcaccccaatggccaatgatattcca 48099389  T
Q  317 gcagttcctggaaatcgctgaatctccttaagtttcctgatataattaggtgggctgactacccgatctccacttgattcaatggtgttaaactcattca 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48099390 gcagttcctggaaatcgctgaatctccttaagtttcctgatataattaggtgggctgactacccgatctccacttgattcaatggtgttaaactcattca 48099489  T
Q  417 tgaacattttgatttctggatcaagatggtaagctgttgaataatatattggcgaagcattttcgccgagtttgttctcaaaaaagtggtagtggacatt 516  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48099490 tgaacattttgatttctggatcaagatggtaagctgttgaataatatattggcgaggcattttcgccgagtttgttctcaaaaaagtggtagtggacatt 48099589  T
Q  517 ctcattcacaacgtcccatgcaatcagttgtcctctataccttgaaaccacagatcttattctttttgcagccgcttttcgtaattcttcaggagatagg 616  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48099590 ctcattcacaacgtcccatgcaatcagttgtcctctataccttgaaaccacagatcttattctttttgcagccgcttttcgtaattcttcaggagatagg 48099689  T
Q  617 aacttaacccatttaggctgaaaagtttcatcgtcccagaaaacggtatgacctctgacagaaatgccattttctttggcgaatttcatcatggcatctg 716  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48099690 aacttaacccatttaggctgaaaagtttcatcgtcccagaaaacggtatgacctctgacagaaatgccattttctttggcgaatttcatcatggcatctg 48099789  T
Q  717 ggatagtatagttttcctggccttgaaatctctctgtactataccacttcatctcattagtaaaagctgtgtacttgaatcttgacacaaaccatctctg 816  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48099790 ggatagtatagttttcctggccttgaaatctctctgtactataccacttcatctcattagtaaaagctgtgtacttgaatcttgacacaaaccatctctg 48099889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 323; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 162 - 816
Target Start/End: Original strand, 48066290 - 48066944
Alignment:
Q  162 gaaatacctgatttggttgaggattgacacttgtttctgtgagccatataggaagtccagttgcaccaagaagatctagacttgacctcatgtaagcata 261  Q
    |||||||||||||||| | || ||  |||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||      
T  48066290 gaaatacctgatttggattagaatccacactactttcagtgagccatataggaagtccagttgcaccaagaagatctagacctgacctcatgtaagcaat 48066389  T
Q  262 gtttggtcgaccaagtctaaaatggccttgcaccccaatggccaatgatattccagcagttcctggaaatcgctgaatctccttaagtttcctgatataa 361  Q
    ||||||    ||  ||  |||||||||||||||||| || | |||| | ||||||| ||| ||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||    
T  48066390 gtttggcacgccgcgtgaaaaatggccttgcacccctatagtcaataacattccagtagtgcctggaaattgttgaatctgcttaagtttcctgatataa 48066489  T
Q  362 ttaggtgggctgactacccgatctccacttgattcaatggtgttaaactcattcatgaacattttgatttctggatcaagatggtaagctgttgaataat 461  Q
    || ||||||||| | ||  | |||  |||  |||||||||||||||| |||||||| |||||  || | |  |||||||||| ||| |||||||||||||    
T  48066490 ttgggtgggctggcaacttggtctggactgaattcaatggtgttaaattcattcataaacatgctggtgttcggatcaagatagtacgctgttgaataat 48066589  T
Q  462 atattggcgaagcattttcgccgagtttgttctcaaaaaagtggtagtggacattctcattcacaacgtcccatgcaatcagttgtcctctataccttga 561  Q
    ||| ||  || ||||||||||||||||||| |||||||||| |||  ||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||| ||||| |||||    
T  48066590 atactgcagaggcattttcgccgagtttgtcctcaaaaaagcggttatggacattctcgttcacaacgtcccatgcaattaattgtccactatatcttga 48066689  T
Q  562 aaccacagatcttattctttttgcagccgcttttcgtaattcttcaggagataggaacttaacccatttaggctgaaaagtttcatcgtcccagaaaacg 661  Q
    |||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||||  ||||||||  ||||||||||||| |||| |    
T  48066690 aaccacagatttcattctttttgcagccgcttctcgtaattcttcaggagatagggacttcacccattggggctgaaatctttcatcgtcccacaaaatg 48066789  T
Q  662 gtatgacctctgacagaaatgccattttctttggcgaatttcatcatggcatctgggatagtatagttttcctggccttgaaatctctctgtactatacc 761  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  48066790 gcatgacctctgacagaaatgccattttctttggcaaatttcagcatggcatcaggaatagtatagttttcctggccttgaattttctctgtactatacc 48066889  T
Q  762 acttcatctcattagtaaaagctgtgtacttgaatcttgacacaaaccatctctg 816  Q
    |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  48066890 acttcatctcattagtgaaagttgtgtacttgaatcttgacacaaaccatttctg 48066944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 276; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 57 - 816
Target Start/End: Original strand, 48062098 - 48062855
Alignment:
Q  57 ttaaatcatgcagcattgtattttgacttgagtaataagcagaagttataactaacaaatttccctgaagaggaaggagcttattagattagttttgaaa 156  Q
    |||||||| | ||||||||||||| ||| | ||||||||||||| |||||| |||||||||| | ||||||| ||| || |||||| |||| |||||||     
T  48062098 ttaaatcacgaagcattgtattttaactagtgtaataagcagaatttataaataacaaattttcttgaagag-aagaagtttattatattacttttgaag 48062196  T
Q  157 atgaagaaatacctgatttggttgaggattgacacttgtttctgtgagccatataggaagtccagttgcaccaagaagatctagacttgacctcatgtaa 256  Q
     |  | | ||||||||||||| |||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||| ||||||||| ||     
T  48062197 gttga-acatacctgatttggctgaggatccacactggtttctgtgagccatataggaagtccagttgctgcaagaagatcaagacctgacctcatatat 48062295  T
Q  257 gcatagtttggtcgaccaagtctaaaatggccttgcaccccaatggccaatgatattccagcagttcctggaaatcgctgaatctccttaagtttcctga 356  Q
    |||  ||||||    |||  |  ||||||||  |||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||| |||| ||    
T  48062296 gcaatgtttggcacgccacttgaaaaatggcactgcaaccctatggccaatgatattccagcatttcctggaaactgctgaatctccttaagcttccgga 48062395  T
Q  357 tataattaggtgggctgactacccgatctccacttgattcaatggtgttaaactcattcatgaacattttgatttctggatcaagatggtaagctgttga 456  Q
    ||||||| | ||||||| |  ||  ||| |||||  |||| || |||||| |||||||||||||||| ||  ||   ||||||||||||||||||| |||    
T  48062396 tataattggttgggctggcatccttatcaccactgtattcgatagtgttatactcattcatgaacatgttcgttgtgggatcaagatggtaagctgctga 48062495  T
Q  457 ataatatattggcgaagcattttcgccgagtttgttctcaaaaaagtggtagtggacattctcattcacaacgtcccatgcaatcagttgtcctctatac 556  Q
    ||| |||| ||  || ||||||| |||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  48062496 atagtatactgcagaggcatttttgccgaggttgtcctcaaaaaagtggaagtggacattctcatttaccacgtcccatgcaatcaattgtcctttatac 48062595  T
Q  557 cttgaaaccacagatcttattctttttgcagccgcttttcgtaattcttcaggagataggaacttaacccatttaggctgaaaagtttcatcgtcccaga 656  Q
    ||||| ||||| ||| | |||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||| ||| ||  | |||||| ||| |||    |||||  |||||| |    
T  48062596 cttgagaccacggatttcattctttttgcagctgcttctcgtaattcatcaggagacagggacaaatcccattcaggttgacgtctttcactgtcccaca 48062695  T
Q  657 aaacggtatgacctctgacagaaatgccattttctttggcgaatttcatcatggcatctgggatagtatagttttcctggccttgaaatctctctgtact 756  Q
    ||| | |||||||||||||||| ||||||||||| || || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | | ||||||||||    
T  48062696 aaatgttatgacctctgacagatatgccattttccttagcaaatttcagcatggcatctgggatagtatagttttcatggccttggattttctctgtact 48062795  T
Q  757 ataccacttcatctcattagtaaaagctgtgtacttgaatcttgacacaaaccatctctg 816  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  48062796 ataccacttcatctcgttagtgaaagttgtgtatttgaatcttgacacaaaccatttctg 48062855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 127; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 165 - 811
Target Start/End: Original strand, 48105839 - 48106485
Alignment:
Q  165 atacctgatttggttgaggattgacacttgtttctgtgagccatataggaagtccagttgcaccaagaagatctagacttgacctcatgtaagcatagtt 264  Q
    ||||||||||||| |||||||  | ||| | ||||||||||||||| |||| |||| |   |||||||| |||||||| ||||||||||||||||   ||    
T  48105839 atacctgatttggctgaggatccaaactggcttctgtgagccatattggaaatccaatattaccaagaaaatctagacctgacctcatgtaagcaagatt 48105938  T
Q  265 tggtcgaccaagtctaaaatggccttgcaccccaatggccaatgatattccagcagttcctggaaatcgctgaatctccttaagtttcctgatataatta 364  Q
    |||  | |||  |  ||||||||||||||  || ||||| ||| ||||| ||| || | ||  | || ||  |||||||| ||||||  ||| ||| ||     
T  48105939 tggctggccacttgcaaaatggccttgcaatcctatggcaaataatatttcagtagcttctccagattgcataatctcctcaagttttttgagatagttg 48106038  T
Q  365 ggtgggctgactacccgatctccacttgattcaatggtgttaaactcattcatgaacattttgatttctggatcaagatggtaagctgttgaataatata 464  Q
    |||||||| || ||   |||||||||  ||||||| || ||| |||||||||| |||| |||  ||||||||||||| |  | |||| || |||| ||||    
T  48106039 ggtgggctaacaactttatctccactatattcaatagtattatactcattcataaacaattttgtttctggatcaagctcatgagcttttaaatagtata 48106138  T
Q  465 ttggcgaagcattttcgccgagtttgttctcaaaaaagtggtagtggacattctcattcacaacgtcccatgcaatcagttgtcctctataccttgaaac 564  Q
     |   || |||||||| || ||||||| |||| |||||||  | |||||||| |||||||| || ||||||||||||| || |||| ||||||||  |||    
T  48106139 attcagatgcattttcacctagtttgtcctcataaaagtgaaaatggacattttcattcaccacatcccatgcaatcaattctcctttataccttttaac 48106238  T
Q  565 cacagatcttattctttttgcagccgcttttcgtaattcttcaggagataggaacttaacccatttaggctgaaaagtttcatcgtcccagaaaacggta 664  Q
     ||||||   |||||||||   || ||||| || ||||| || || ||||   |||||||||||| ||| ||| |  |||||||||||||||||| | ||    
T  48106239 aacagattcgattctttttttcgcggctttgcgcaattcatcgggcgataaatacttaacccattcaggttgatatttttcatcgtcccagaaaatgtta 48106338  T
Q  665 tgacctctgacagaaatgccattttctttggcgaatttcatcatggcatctgggatagtatagttttcctggccttgaaatctctctgtactataccact 764  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||| || ||||  | ||| ||||||| |||||| |||||||| |||||| ||| | | |||||||||||||| |    
T  48106339 tgacctctgacagaaattccattatctttagcaaattctaacattgcatctgagatagtgtagttttcttggcctggaattatttctgtactataccatt 48106438  T
Q  765 tcatctcattagtaaaagctgtgtacttgaatcttgacacaaaccat 811  Q
    |||| ||||| || |||| |||||| |||||||||||||||||||||    
T  48106439 tcatttcattggtgaaagttgtgtatttgaatcttgacacaaaccat 48106485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 104; Significance: 2e-51; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 393 - 628
Target Start/End: Original strand, 50231161 - 50231396
Alignment:
Q  393 attcaatggtgttaaactcattcatgaacattttgatttctggatcaagatggtaagctgttgaataatatattggcgaagcattttcgccgagtttgtt 492  Q
    ||||||||||||||||| | ||||| |||||  || | |  | |||||||| |||||||||| ||||||||| ||  || ||||||| |||||||||||     
T  50231161 attcaatggtgttaaacacgttcataaacatgctggtgttcgaatcaagatagtaagctgttaaataatatactgcagaggcatttttgccgagtttgtc 50231260  T
Q  493 ctcaaaaaagtggtagtggacattctcattcacaacgtcccatgcaatcagttgtcctctataccttgaaaccacagatcttattctttttgcagccgct 592  Q
    |||||||||  ||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||| | || | ||||||||||||||||||    
T  50231261 ctcaaaaaaccggttgtggacattctcgtttacaacgtcccatgcaatcaattgtccactatatcttgaaaccaaaaatttcattctttttgcagccgct 50231360  T
Q  593 tttcgtaattcttcaggagataggaacttaacccat 628  Q
    | |||||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  50231361 tctcgtaattcttcaggagatagggacttaagccat 50231396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 58; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 162 - 259
Target Start/End: Original strand, 50230959 - 50231056
Alignment:
Q  162 gaaatacctgatttggttgaggattgacacttgtttctgtgagccatataggaagtccagttgcaccaagaagatctagacttgacctcatgtaagca 259  Q
    |||||||||||||||| | || ||  |||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  50230959 gaaatacctgatttggattagaatccacactactttcagtgagccatataggaagtccagttgcaccaagatgatctagacctgacctcatgtaagca 50231056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 44 - 97
Target Start/End: Original strand, 50230887 - 50230940
Alignment:
Q  44 tgcatcttctgtattaaatcatgcagcattgtattttgacttgagtaataagca 97  Q
    |||||||| ||| ||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  50230887 tgcatcttatgttttaaatcttgcagctttgtattttgacttgtgtaataagca 50230940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1463 (Bit Score: 95; Significance: 5e-46; HSPs: 3)
Name: scaffold1463
Description:

Target: scaffold1463; HSP #1
Raw Score: 95; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 445 - 615
Target Start/End: Complemental strand, 1019 - 849
Alignment:
Q  445 gtaagctgttgaataatatattggcgaagcattttcgccgagtttgttctcaaaaaagtggtagtggacattctcattcacaacgtcccatgcaatcagt 544  Q
    |||| ||||| ||||||||| ||  || |||||||| |||||||||| || ||||||  ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |    
T  1019 gtaaactgttaaataatatactgcagaggcattttctccgagtttgtcctaaaaaaatcggttgtggacattctcgttcacaacgtcccatgcaatcaat 920  T
Q  545 tgtcctctataccttgaaaccacagatcttattctttttgcagccgcttttcgtaattcttcaggagatag 615  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  919 tgtccactatatcttgaaaccacagatttcattctttttgcagccgcttctcgtaattcttcaggagatag 849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1463; HSP #2
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 44 - 105
Target Start/End: Complemental strand, 1315 - 1254
Alignment:
Q  44 tgcatcttctgtattaaatcatgcagcattgtattttgacttgagtaataagcagaagttat 105  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||| |||||||    
T  1315 tgcatcttctgttttaaatcatgcagctatgtattttgacttgtgtaataagcataagttat 1254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1463; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 162 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 1237 - 1168
Alignment:
Q  162 gaaatacctgatttggttgaggattgacacttgtttctgtgagccatataggaagtccagttgcaccaag 231  Q
    |||||||| ||||||| | || ||  |||||  |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  1237 gaaataccagatttggattagaatccacactactttcagtgagccatataggaagttcagttgcaccaag 1168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University