View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9961_low_1 (Length: 893)

Name: NF9961_low_1
Description: NF9961
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9961_low_1
NF9961_low_1
[»] chr1 (14 HSPs)
chr1 (19-885)||(51069325-51070192)
chr1 (520-669)||(51031390-51031539)
chr1 (526-669)||(51064138-51064281)
chr1 (98-234)||(51033289-51033425)
chr1 (520-676)||(40616501-40616657)
chr1 (113-251)||(51036539-51036677)
chr1 (114-239)||(40612631-40612756)
chr1 (534-669)||(51035581-51035716)
chr1 (114-251)||(51066812-51066949)
chr1 (742-833)||(40616746-40616837)
chr1 (747-814)||(51035425-51035492)
chr1 (747-856)||(51031142-51031251)
chr1 (747-856)||(51063894-51064003)
chr1 (312-388)||(51064519-51064596)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 772; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 772; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 885
Target Start/End: Complemental strand, 51070192 - 51069325
Alignment:
Q  19 cttaggacttcacaggtaccaattctattctcttcattatagtgatgtatgtg----tgcatacatattcattgttatcgttggcaggttaggtgtaaga 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51070192 cttaggacttcacaggtaccaattctattctcttcattatagtgatgtatgtgcgcatgcatacatattcattgttatcgttggcaggttaggtgtaaga 51070093  T
Q  115 agtttggtattggaatcttcagatagtttgagagtaactggatttgctttaggaatatgggaaaatgcttggaaagccttggatgctgttggtgttggag 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51070092 agtttggtattggaatcttcagatagtttgagagtaactggatttgctttaggaatatgggaaaatgcttggaaagccttggatgctgttggtgttggag 51069993  T
Q  215 atatcctccgccacaaacatatacatctttatgggtattttgcacattaccaacttaatgtttttgatattatnnnnnnnngtaaatcagcttaagtact 314  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||| ||||||||||    
T  51069992 atatcctccgccacaaacatatacatctttatgggtattttgcacattaccaacttaatgtttttgatattataaaaaaaagtaaatcaacttaagtact 51069893  T
Q  315 tgaattgggtgcaggaatgtgactacttctttgattacaggacaacaattagcaactatgtctttcagggacaaaggaaagctgtaagtacaaaattgta 414  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51069892 tgaattgggtgcaggaatgtgactacttctttgattacaggacagcaattagcaactatgtctttcagggacaaaggaaagctgtaagtacaaaattgta 51069793  T
Q  415 ttattgtatctataatatttcaaaccagcatgttttattcaatttgatgcgaaattcttgtcgtgatgcactgtgtgttttgcgatctatgtagtgaact 514  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  51069792 ttattgtatctataatatttcaaaccagcatgttttattcaatttgatgcgaaattcttgtcgtgatga---gtgtgttttgcgatctatgtagtgaact 51069696  T
Q  515 acgaagtgttagaagaaagttattgttggaagcccttgccaatgaactcccaaatagaaccattaggtacatgtcaaaagtcgttgctatagagaaatct 614  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  51069695 acgaagtgttagaagaaagttattgttggaagcccttggcaatgaacttccaaatagcaccattaggtacatgtcaaaagtcgttgctatagaggaatct 51069596  T
Q  615 ggattctttaaaatactacatcttgttgatggaacaaccatcaaaacaaaggtaaacaatatgtgtgacatgacataatgactatcaaccttgattttgc 714  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51069595 ggattctttaaaatactacatcttgttgatggaacaaccatcaaaacaaaggtaaacaatatgtgtgacatgacataatgactatcaaccttgattttgc 51069496  T
Q  715 tttaactgatacatgactgtaatttgtaatttaaaaggtattgataggatgtgatggaatcaactctgtggttgcaaagtggttaggcttcaaggaggcc 814  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51069495 tttaactgatacatgagtgtaatttgtaatttaaaaggtattgataggatgtgatggaatcaactctgtggttgcaaagtggttaggcttcaaggaggcc 51069396  T
Q  815 agttatacagggagatatggaattaggggttttgcagagttggaatacaatcacagttttgagcctatgct 885  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  51069395 agttatacagggagatatggaatcaggggtttcgcagagttggaaaacaatcacagttttgagcctatgct 51069325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 520 - 669
Target Start/End: Complemental strand, 51031539 - 51031390
Alignment:
Q  520 gtgttagaagaaagttattgttggaagcccttgccaatgaactcccaaatagaaccattaggtacatgtcaaaagtcgttgctatagagaaatctggatt 619  Q
    |||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||| || ||| | |||||||||||||||||||| || |||||||| ||| ||||||| ||    
T  51031539 gtgttaaaaggaaattattgttggaagcccttgccaatgaacttcccaatggcaccattaggtacatgtcaaaggttgttgctattgaggaatctggttt 51031440  T
Q  620 ctttaaaatactacatcttgttgatggaacaaccatcaaaacaaaggtaa 669  Q
     |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  51031439 ttccaaaatactacatcttgttgatggaacaaccatcaaaaccaaggtaa 51031390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 84; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 526 - 669
Target Start/End: Complemental strand, 51064281 - 51064138
Alignment:
Q  526 gaagaaagttattgttggaagcccttgccaatgaactcccaaatagaaccattaggtacatgtcaaaagtcgttgctatagagaaatctggattctttaa 625  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| || ||| | |||||||||||||||||||| || |||||||| ||| ||||||| || |  ||    
T  51064281 gaagaaatttattgttggaagcccttgcaaatgaacttcccaatggcaccattaggtacatgtcaaaggttgttgctattgaggaatctggtttttccaa 51064182  T
Q  626 aatactacatcttgttgatggaacaaccatcaaaacaaaggtaa 669  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  51064181 aatactacatcttgttgatggaacaaccatcaaaaccaaggtaa 51064138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 73; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 98 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 51033425 - 51033289
Alignment:
Q  98 gcaggttaggtgtaagaagtttggtattggaatcttcagatagtttgagagtaactggatttgctttaggaatatgggaaaatgcttggaaagccttgga 197  Q
    |||| ||||| || |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||  ||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  51033425 gcagattaggcgttagaagtttggtattagaatcttccgatagtttgagagtaagcggatttgctttaacaatatgggaaaatgcttggaaggtcttgga 51033326  T
Q  198 tgctgttggtgttggagatatcctccgccacaaacat 234  Q
    || |||||| || ||||||||||| |||||| |||||    
T  51033325 tgttgttggcgtaggagatatccttcgccaccaacat 51033289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 69; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 520 - 676
Target Start/End: Original strand, 40616501 - 40616657
Alignment:
Q  520 gtgttagaagaaagttattgttggaagcccttgccaatgaactcccaaatagaaccattaggtacatgtcaaaagtcgttgctatagagaaatctggatt 619  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||||||| | ||| || |||| | | || ||||||||| ||||||| || ||||||||  || ||||||| ||    
T  40616501 gtgttagaaggcagttattgttggaagcccttgctagtgagcttccaagtggcactattaggtacttgtcaaaggttgttgctattcaggaatctggttt 40616600  T
Q  620 ctttaaaatactacatcttgttgatggaacaaccatcaaaacaaaggtaaacaatat 676  Q
    |||||| ||||| |||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  40616601 ctttaagatactccatcttgccgatggaacaaccatcaaaaccaaggtaaacaatat 40616657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 67; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 113 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 51036677 - 51036539
Alignment:
Q  113 gaagtttggtattggaatcttcagatagtttgagagtaactggatttgctttaggaatatgggaaaatgcttggaaagccttggatgctgttggtgttgg 212  Q
    |||| ||| |||| |||||||| ||| |||||||||| | |||||||||||||  ||||||| ||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||    
T  51036677 gaagcttgatattagaatcttcggatggtttgagagtgagtggatttgctttaataatatggaaaaatgcttggaaggcattggatgttgttggtgttgg 51036578  T
Q  213 agatatcctccgccacaaacatatacatctttatgggta 251  Q
    ||| ||||| || ||||||||| |||| |||||||||||    
T  51036577 agacatccttcgtcacaaacatctacaactttatgggta 51036539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 114 - 239
Target Start/End: Original strand, 40612631 - 40612756
Alignment:
Q  114 aagtttggtattggaatcttcagatagtttgagagtaactggatttgctttaggaatatgggaaaatgcttggaaagccttggatgctgttggtgttgga 213  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||   |||||||||||||    ||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||    
T  40612631 aagtttggtattagaatcttcagatagtttgcgagtcggtggatttgctttaacgttatgggaaaatgcttggaaggccttggatgttgtaggtgttgga 40612730  T
Q  214 gatatcctccgccacaaacatataca 239  Q
     |||||||||||||| ||||| ||||    
T  40612731 aatatcctccgccaccaacatctaca 40612756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 534 - 669
Target Start/End: Complemental strand, 51035716 - 51035581
Alignment:
Q  534 ttattgttggaagcccttgccaatgaactcccaaatagaaccattaggtacatgtcaaaagtcgttgctatagagaaatctggattctttaaaatactac 633  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| || | | | |||||||| ||||||||||| || ||||||||  |  ||||||| || | ||| ||||| |    
T  51035716 ttattgttggaagcccttgccaatgaacttcctagtggcaccattagatacatgtcaaaggttgttgctattcaagaatctggcttgtctaagatactcc 51035617  T
Q  634 atcttgttgatggaacaaccatcaaaacaaaggtaa 669  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  51035616 atcttgctgatggaacaaccatcaaaactaaggtaa 51035581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 58; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 114 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 51066949 - 51066812
Alignment:
Q  114 aagtttggtattggaatcttcagatagtttgagagtaactggatttgctttaggaatatgggaaaatgcttggaaagccttggatgctgttggtgttgga 213  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||   |||||||||||||    ||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||    
T  51066949 aagtttggtattagaatcttctgatagcttgagagttggtggatttgctttaacggtatgggaaaatgcttggaaggcgttggatgttgttggtgttgga 51066850  T
Q  214 gatatcctccgccacaaacatatacatctttatgggta 251  Q
       |||||||||||| ||||| |||| ||| |||||||    
T  51066849 accatcctccgccaccaacatctacaacttcatgggta 51066812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 742 - 833
Target Start/End: Original strand, 40616746 - 40616837
Alignment:
Q  742 aatttaaaaggtattgataggatgtgatggaatcaactctgtggttgcaaagtggttaggcttcaaggaggccagttatacagggagatatg 833  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||| | |||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||  ||| |||||||||||||    
T  40616746 aatttaaaaggtattgatcgggtgtgatggagttaactctttggtagcaaagtggctaggcttcaaggaggcctcttacacagggagatatg 40616837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 747 - 814
Target Start/End: Complemental strand, 51035492 - 51035425
Alignment:
Q  747 aaaaggtattgataggatgtgatggaatcaactctgtggttgcaaagtggttaggcttcaaggaggcc 814  Q
    ||||||||||||| || ||||||||| | ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||    
T  51035492 aaaaggtattgattgggtgtgatggagtaaactctgtggtagcaaaatggttaggcttcaaggaggcc 51035425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 747 - 856
Target Start/End: Complemental strand, 51031251 - 51031142
Alignment:
Q  747 aaaaggtattgataggatgtgatggaatcaactctgtggttgcaaagtggttaggcttcaaggaggccagttatacagggagatatggaattaggggttt 846  Q
    ||||||||||||| || ||||||||| | ||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| |||   || ||||||||||||| ||  || ||||     
T  51031251 aaaaggtattgattgggtgtgatggagtaaactctgtggtggcaaaatggttagggttcaaggaagcctcatacacagggagatatgcaaccagaggtta 51031152  T
Q  847 tgcagagttg 856  Q
    ||||||||||    
T  51031151 tgcagagttg 51031142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 747 - 856
Target Start/End: Complemental strand, 51064003 - 51063894
Alignment:
Q  747 aaaaggtattgataggatgtgatggaatcaactctgtggttgcaaagtggttaggcttcaaggaggccagttatacagggagatatggaattaggggttt 846  Q
    ||||||||||||| || ||||||||| | ||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| |||   || ||||||||||||| ||  || ||||     
T  51064003 aaaaggtattgattgggtgtgatggagtaaactctgtggtggcaaaatggttagggttcaaggaagcctcatacacagggagatatgcaaccagaggtta 51063904  T
Q  847 tgcagagttg 856  Q
    ||||||||||    
T  51063903 tgcagagttg 51063894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 312 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 51064596 - 51064519
Alignment:
Q  312 acttgaattgg-gtgcaggaatgtgactacttctttgattacaggacaacaattagcaactatgtctttcagggacaa 388  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||  || |||||   | |||||| |||||||| ||||||    
T  51064596 acttgaattggagtgcaggaatgtgactacttctttggttatggggcaacagacatcaactacgtctttcatggacaa 51064519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University