View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9966_low_1 (Length: 435)

Name: NF9966_low_1
Description: NF9966
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9966_low_1
NF9966_low_1
[»] chr3 (12 HSPs)
chr3 (46-417)||(2855890-2856258)
chr3 (18-417)||(2768759-2769155)
chr3 (18-417)||(2838652-2839048)
chr3 (25-417)||(2758904-2759293)
chr3 (18-417)||(2818247-2818643)
chr3 (19-417)||(2748688-2749080)
chr3 (25-417)||(2797051-2797440)
chr3 (28-307)||(2807070-2807343)
chr3 (25-417)||(2790048-2790446)
chr3 (18-417)||(5412597-5412972)
chr3 (365-417)||(2755734-2755786)
chr3 (225-283)||(22648771-22648829)
[»] scaffold0691 (1 HSPs)
scaffold0691 (28-413)||(6214-6596)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 254; Significance: 1e-141; HSPs: 12)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 46 - 417
Target Start/End: Original strand, 2855890 - 2856258
Alignment:
Q  46 tccaataaccaaccatatatttcttctcttgggccttcaaatcctacaatttctgtttcttcaatgaaaagggaagacagccgaggatcacgccatcttc 145  Q
    ||||||||||||||| | | ||||||| ||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  2855890 tccaataaccaaccagacaattcttcttttgggccttcaatgcctacaacttctgtttcttcaatgaaaagggaagacagtcgaggatcacgccatcttc 2855989  T
Q  146 cattttctgtcgctccagtactgctgttgctgctgcttgtggatccttgttcatgtgaaatttggaagttatacctctcgcttctttccttgattccgcg 245  Q
    ||||||||||| |||||   |||| ||| ||   ||||| ||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||    
T  2855990 cattttctgtctctcca---ctgcggtttctttggcttgaggatccttgctcgtgtgaaatttgaaagttatacctctggcttctttccttgattccacg 2856086  T
Q  246 aattgacaacttaatgtcctgaatctctgatgcaattttatgacggggaatcaaagttttgattcggcttgtaacattgttgactaaagatccacgtcca 345  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  2856087 aattgacaacttgatgtcctgaatctctgatgcaattttatgatggggaatcaaagttttgattcggcttgtaaccttgttgactaaagatccacgtcca 2856186  T
Q  346 tgaggattggccctatggatcaaccgaagatattcatcaatgacatcttcagtgcgaaatgatgcttctctc 417  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  2856187 tgaggattggccctatgtatcaaccgaaggtattcatcaatgacatcttcaatgcgaaatgatgcttctctc 2856258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 238; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 18 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 2769155 - 2768759
Alignment:
Q  18 tgatatgactgtgcgctcaactgcaccctccaataaccaaccatatatttcttctcttgggccttcaaatcctacaatttctgtttcttcaatgaaaagg 117  Q
    |||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||    
T  2769155 tgatatcactgtgcgcttagctgcaccctccaataaccaaccaaataattcttctcttgggccttccaatcctacaatttctgtttcttcaataaagagg 2769056  T
Q  118 gaagacagccgaggatcacgccatcttccattttctgtcgctccagtactgctgttgctgctgcttgtggatccttgttcatgtgaaatttggaagttat 217  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| | ||||| |||||   || |||||| ||| ||||||||||||||||||| |||| ||| |||    
T  2769055 gaagacatccgaggatcacgccatcttccactttctgactctccactactg---ttcctgctgtttgaggatccttgttcatgtgaagtttgaaagctat 2768959  T
Q  218 acctctcgcttctttccttgattccgcgaattgacaacttaatgtcctgaatctctgatgcaattttatgacggggaatcaaagttttgattcggcttgt 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||     
T  2768958 acctctcgcttctttccttgattccacgaattgacaacttaatgtcctgaatctctaatgcaattttatgacggggagtcaaagttttgattaggcttgc 2768859  T
Q  318 aacattgttgactaaagatccacgtccatgaggattggccctatggatcaaccgaagatattcatcaatgacatcttcagtgcgaaatgatgcttctctc 417  Q
    ||  |||  || ||||||||| ||||   || |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  2768858 aatcttgaagattaaagatccgcgtctgggacgattggccctatgggtcaaccgaaggtattcatcaatgacatcttcaatgcgaaatgatgcttctctc 2768759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 18 - 417
Target Start/End: Original strand, 2838652 - 2839048
Alignment:
Q  18 tgatatgactgtgcgctcaactgcaccctccaataaccaaccatatatttcttctcttgggccttcaaatcctacaatttctgtttcttcaatgaaaagg 117  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2838652 tgatatgactgtgcgctcagctgcaccctccaataaccaaccatatatttcttctcttgggccttcaaatcctacaatttctgtttcttcaatgaaaagg 2838751  T
Q  118 gaagacagccgaggatcacgccatcttccattttctgtcgctccagtactgctgttgctgctgcttgtggatccttgttcatgtgaaatttggaagttat 217  Q
    |||||||| ||||| ||  |||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  2838752 gaagacagtcgagggtcgtgccatcttccattttctgcctctccaggactgctgttgctgctgcttgaggatccttgttcatttgaaatttgaaagttat 2838851  T
Q  218 acctctcgcttctttccttgattccgcgaattgacaacttaatgtcctgaatctctgatgcaattttatgacggggaatcaaagttttgattcggcttgt 317  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| || ||| || ||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||   ||||     
T  2838852 acctctcgcttcttttcttgattccgtgagttgtcagcttgatgtcttgaatctctgatgcaattttgtgacggggaatcaaagttttgattaaccttg- 2838950  T
Q  318 aacattgttgactaaagatccacgtccatgaggattggccctatggatcaaccgaagatattcatcaatgacatcttcagtgcgaaatgatgcttctctc 417  Q
       | |  ||  ||||||||  | |||| |||||||||||||||| || |  ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  2838951 --gagtcatgcataaagatctgcatccaggaggattggccctatgcattagtcgaaggtattcatcaatgacatcttcaatgcgaaatgatgcttctctc 2839048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 223; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 25 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 2759293 - 2758904
Alignment:
Q  25 actgtgcgctcaactgcaccctccaataaccaaccatatatttcttctcttgggccttcaaatcctacaatttctgtttcttcaatgaaaagggaagaca 124  Q
    |||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2759293 actgtgcgttcagctgaaccctccaataaccaaccatatagttcttcttttgggccttcaaatcctacaatttctgtttcttcaatgaaaagggaagaca 2759194  T
Q  125 gccgaggatcacgccatcttccattttctgtcgctccagtactgctgttgctgctgcttgtggatccttgttcatgtgaaatttggaagttatacctctc 224  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||| || || | ||| ||   ||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| |    
T  2759193 gtcgaggatcacgccatcttccattttctttctcttcggtagtg---ttgctgctgtttgaggatccttgttcatttgaaatttgaaagttatacctcac 2759097  T
Q  225 gcttctttccttgattccgcgaattgacaacttaatgtcctgaatctctgatgcaattttatgacggggaatcaaagttttgattcggcttgtaacattg 324  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| || ||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||    
T  2759096 gcttctttccttgattccgtgaattgtcagcttgatgtcttgaatctctgatgcaattttgtgacggggaatcaaagttttgattgggcttgtaatcttg 2758997  T
Q  325 ttgactaaagatccacgtccatgaggattggccctatggatcaaccgaagatattcatcaatgacatcttcagtgcgaaatgatgcttctctc 417  Q
    |||| || |||||| |  ||| ||||||||||| ||||||||| |||||| ||||| ||||| | ||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  2758996 ttgaatacagatccgctaccaggaggattggccgtatggatcagccgaaggtattcgtcaattatatcttcaatgcgaaacgatgcttctctc 2758904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 18 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 2818643 - 2818247
Alignment:
Q  18 tgatatgactgtgcgctcaactgcaccctccaataaccaaccatatatttcttctcttgggccttcaaatcctacaatttctgtttcttcaatgaaaagg 117  Q
    |||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||     
T  2818643 tgatatcactgtgcgctcggctgcaccctccaataaccaaccatatagttcttctctcgggccttcaaatcctacgatttctgtttcttcaatgaaaaga 2818544  T
Q  118 gaagacagccgaggatcacgccatcttccattttctgtcgctccagtactgctgttgctgctgcttgtggatccttgttcatgtgaaatttggaagttat 217  Q
    |||||||| |||||||||||||||| |||  | |||| | |||||   |  | ||||||   ||  | ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  2818543 gaagacagtcgaggatcacgccatcctcctgtgtctgactctcca---catccgttgctttggcacgaggatccttgttcatgcgaaatttggaagttat 2818447  T
Q  218 acctctcgcttctttccttgattccgcgaattgacaacttaatgtcctgaatctctgatgcaattttatgacggggaatcaaagttttgattcggcttgt 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||| || |||   ||||     
T  2818446 acctctcgcttctttccttgattccacgaattgacaacttgatgtcctgaatctctgatgcaatttcataacggggagtcaaagtcttcattaatcttgg 2818347  T
Q  318 aacattgttgactaaagatccacgtccatgaggattggccctatggatcaaccgaagatattcatcaatgacatcttcagtgcgaaatgatgcttctctc 417  Q
    ||  |||   || |||||||  | |||  ||| ||||| ||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  2818346 aatcttgcataccaaagatctgcatcctggagaattggtcctatggatcaaaagaaggtattcatcaatgacatcttcaatgcgaaatgatgcatctctc 2818247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 155; E-Value: 4e-82
Query Start/End: Original strand, 19 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 2749080 - 2748688
Alignment:
Q  19 gatatgactgtgcgctcaactgcaccctccaataaccaaccatatatttcttctcttgggccttcaaatcctacaatttctgtttcttcaatgaaaaggg 118  Q
    ||||| || ||||||||| || |||| ||||||||||||||| | | ||||||| ||||| ||||||  || |||| ||||||||||||||| ||||| |    
T  2749080 gatatcaccgtgcgctcagcttcaccatccaataaccaaccagacagttcttcttttgggacttcaataccaacaacttctgtttcttcaataaaaagag 2748981  T
Q  119 aagacagccgaggatcacgccatcttccattttctgtcgctccagtactgctgttgctgctgcttgtggatccttgttcatgtgaaatttggaagttata 218  Q
    ||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||| || ||||  ||    || |  |||||||||  | ||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  2748980 aagacagtcgaggatcatgccattttccattttctctctctcc--ta----tgctaatgctgcttgaagttccttgttcgtgtgaaatttgaaagttata 2748887  T
Q  219 cctctcgcttctttccttgattccgcgaattgacaacttaatgtcctgaatctctgatgcaattttatgacggggaatcaaagttttgattcggcttgta 318  Q
    |||||| ||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||| || ||||| || | ||||||||||||||||||||||||| | |||| |    
T  2748886 cctctcacttctttccttgattccacgaattgataatttaatgtcctgaatttcagatgctatatgatgacggggaatcaaagttttgatttgccttgca 2748787  T
Q  319 acattgttgactaaagatccacgtccatgaggattggccctatggatcaaccgaagatattcatcaatgacatcttcagtgcgaaatgatgcttctctc 417  Q
    |  |||  |||||||||||| | || | |||||||||||||||| || | |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  2748786 atcttgccgactaaagatccgcatctaggaggattggccctatgcattagccgaaggtattcatcaatgacatcttcaatgcgaaatgatgcttctctc 2748688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 143; E-Value: 6e-75
Query Start/End: Original strand, 25 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 2797440 - 2797051
Alignment:
Q  25 actgtgcgctcaactgcaccctccaataaccaaccatatatttcttctcttgggccttcaaatcctacaatttctgtttcttcaatgaaaagggaagaca 124  Q
    |||||||||||| |||  ||||| | |||||||||| | | |||||| || |||||||||||||| |||||| | ||||||||||| |||||||||||||    
T  2797440 actgtgcgctcagctgtgccctctagtaaccaaccagacaattcttccctcgggccttcaaatccgacaattgcagtttcttcaataaaaagggaagaca 2797341  T
Q  125 gccgaggatcacgccatcttccattttctgtcgctccagtactgctgttgctgctgcttgtggatccttgttcatgtgaaatttggaagttatacctctc 224  Q
    | |||||||||| |||||||| ||| || ||| |||   ||||||||||| |||||||||  |||||| ||   ||||||||||| ||||||||||||||    
T  2797340 gtcgaggatcacaccatcttctattatccgtctctc---tactgctgttgttgctgcttgatgatcctggtgtctgtgaaatttgaaagttatacctctc 2797244  T
Q  225 gcttctttccttgattccgcgaattgacaacttaatgtcctgaatctctgatgcaattttatgacggggaatcaaagttttgattcggcttgtaacattg 324  Q
     ||||||||||||||||| |||||||| | |||||||| || |||||| ||||| || |  ||| ||| |||||| ||||||||| | |||| ||  |||    
T  2797243 acttctttccttgattccacgaattgatatcttaatgttcttaatctcagatgctatctggtgaagggaaatcaatgttttgattagacttgcaatcttg 2797144  T
Q  325 ttgactaaagatccacgtccatgaggattggccctatggatcaaccgaagatattcatcaatgacatcttcagtgcgaaatgatgcttctctc 417  Q
      |||||||||||| | |||  |||||| ||||||||| |||| | |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  2797143 cagactaaagatccgcatcccggaggataggccctatgcatcagctgaaggtattcatcaatgacatcttcaatgcgaaatgatgcttctctc 2797051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 140; E-Value: 3e-73
Query Start/End: Original strand, 28 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 2807343 - 2807070
Alignment:
Q  28 gtgcgctcaactgcaccctccaataaccaaccatatatttcttctcttgggccttcaaatcctacaatttctgtttcttcaatgaaaagggaagacagcc 127  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||||| || | |||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| |    
T  2807343 gtgcgctcagctacaccctccaataaccaaacagacatttcttctcttgggaattcaaatcctacaatttctctttcttcaataaaaagggaagacagtc 2807244  T
Q  128 gaggatcacgccatcttccattttctgtcgctccagtactgctgttgctgctgcttgtggatccttgttcatgtgaaatttggaagttatacctctcgct 227  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||   || ||||||   ||| |||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||    
T  2807243 gaggatcacgccatcttccattttctgtctctc---tagtgctgt---tgcggcttgatgatccttgttcatgtgaaatttgtaagttatacctctcact 2807150  T
Q  228 tctttccttgattccgcgaattgacaacttaatgtcctgaatctctgatgcaattttatgacggggaatcaaagttttga 307  Q
    ||||||||||||||||||||  |||| |||||||||  | ||||  ||||| || | |||||||||||||||||||||||    
T  2807149 tctttccttgattccgcgaaccgacaccttaatgtctcggatcttagatgctatatgatgacggggaatcaaagttttga 2807070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 135; E-Value: 3e-70
Query Start/End: Original strand, 25 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 2790446 - 2790048
Alignment:
Q  25 actgtgcgctcaactgcaccctccaataaccaaccatatatttcttctcttgggccttcaaatcctacaatttctgtttcttcaatgaaaagggaagaca 124  Q
    |||||||||||| |||  |||||||||||||||||| | | |||||| || |||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  2790446 actgtgcgctcagctgtgccctccaataaccaaccagacaattcttccctcgggccttcaaatccgacaattgcagtttcttcaatgaaaagggaagaca 2790347  T
Q  125 gccgaggatcacgccatcttccattttctgtcgctccagtactgctgttgctgctgcttgtggatccttgttcatgtgaaatttggaagttatacctctc 224  Q
     |||||||||| ||||||||| ||| || ||| |||   |||||||||||||||||||||  |||||| ||   ||||||||||| ||||||||||||||    
T  2790346 accgaggatcatgccatcttctattgtccgtctctc---tactgctgttgctgctgcttgatgatcctggtgtctgtgaaatttgaaagttatacctctc 2790250  T
Q  225 gcttctttccttgattccgcgaattgacaacttaatgtcctgaatctctgatgcaattttatgacggggaatcaaagttttgattcggcttgtaacattg 324  Q
     ||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||  | |||||| ||||| || | |||| |||||||||||||||||||| |||||| ||  |||    
T  2790249 acttctttccttgattccacgaattgatatcttaatgtttttaatctcagatgctatctgatgatggggaatcaaagttttgattaggcttgcaatcttg 2790150  T
Q  325 ttgactaaagatccacg---tccatgaggattg------gccctatggatcaaccgaagatattcatcaatgacatcttcagtgcgaaatgatgcttctc 415  Q
      || |||||||  |||   ||||  |||||||      |||||||| || | |||||| |||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  2790149 cagaataaagattgacggcatccagaaggattggattttgccctatgcatgagccgaaggtattcatcgatgatatcttcaatgcgaaatgatgcttctc 2790050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 18 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 5412972 - 5412597
Alignment:
Q  18 tgatatgactgtgcgctcaactgcaccctccaataaccaaccatatatttcttctcttgggccttcaaatcctacaatttctgtttcttcaatgaaaagg 117  Q
    |||||||||||| || ||  ||||||| ||||||||||||||| | | ||||||| |||| ||||||| |||||||| ||||||||||  |||||| |||    
T  5412972 tgatatgactgtacgttccgctgcaccatccaataaccaaccagacaattcttcttttggaccttcaattcctacaacttctgtttctgtaatgaatagg 5412873  T
Q  118 gaagacagccgaggatcacgccatcttccattttctgtcgctccagtactgctgttgctgctgcttgtggatccttgttcatgtgaaatttggaagttat 217  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||   ||||||||||||||||                     ||||||||| |||||||    
T  5412872 gaagacagtcgaggatctcgccatcttccattttctgtctctc---tactgctgttgctgct---------------------tgaaatttgaaagttat 5412797  T
Q  218 acctctcgcttctttccttgattccgcgaattgacaacttaatgtcctgaatctctgatgcaattttatgacggggaatcaaagttttgattcggcttgt 317  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || | |||| |||||||||||||||||||   |||||     
T  5412796 acctctcacttctttccttgattccacgaattgacaacttaatgtcctgaatctcagatgctatctgatgatggggaatcaaagttttgatcaagcttgc 5412697  T
Q  318 aacattgttgactaaagatccacgtccatgaggattggccctatggatcaaccgaagatattcatcaatgacatcttcagtgcgaaatgatgcttctctc 417  Q
    ||  |||  |||||||||||  | |||| |||||||| ||||||| || | |||| | ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  5412696 aatcttgcagactaaagatctgcatccaagaggattgaccctatgcattagccgatggtattcgtcaatgacatcttcaatgcgaaatgatgcttctctc 5412597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 365 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 2755786 - 2755734
Alignment:
Q  365 tcaaccgaagatattcatcaatgacatcttcagtgcgaaatgatgcttctctc 417  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  2755786 tcaaccgaaggtattcatcaatgacatcttcaatgcgaaatgatgcttctctc 2755734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 225 - 283
Target Start/End: Original strand, 22648771 - 22648829
Alignment:
Q  225 gcttctttccttgattccgcgaattgacaacttaatgtcctgaatctctgatgcaattt 283  Q
    |||| ||||||||||||| |||||  | ||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  22648771 gcttttttccttgattccacgaataaataacttaatgtcttgaatctcggatgcaattt 22648829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0691 (Bit Score: 148; Significance: 6e-78; HSPs: 1)
Name: scaffold0691
Description:

Target: scaffold0691; HSP #1
Raw Score: 148; E-Value: 6e-78
Query Start/End: Original strand, 28 - 413
Target Start/End: Original strand, 6214 - 6596
Alignment:
Q  28 gtgcgctcaactgcaccctccaataaccaaccatatatttcttctcttgggccttcaaatcctacaatttctgtttcttcaatgaaaagggaagacagcc 127  Q
    ||||||||| ||| || |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||| ||||||| ||| |  |    
T  6214 gtgcgctcagctggactctccaataaccaaccatataattcctctcttgggccttcgaatcctacaacttcagtttcttcaataaaaagggcagataatc 6313  T
Q  128 gaggatcacgccatcttccattttctgtcgctccagtactgctgttgctgctgcttgtggatccttgttcatgtgaaatttggaagttatacctctcgct 227  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | |||| || ||||||   |||   ||||  |||||  |||||||| ||||||| ||||||||||| || ||    
T  6314 gaggatcacgccatcttccattttctgcctctcctgtgctgctg---ctgacacttgatgatccaggttcatgtaaaatttgaaagttatacctttcact 6410  T
Q  228 tctttccttgattccgcgaattgacaacttaatgtcctgaatctctgatgcaattttatgacggggaatcaaagttttgattcggcttgtaacattgttg 327  Q
    ||| ||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||| ||||| || | |||  | | |||||||||||||||| |||||  ||  |||  |    
T  6411 tctgtccttgattccacgaattgacagctttatgtcctgaatctcagatgctatctgatgctgagaaatcaaagttttgattaggcttacaatcttgcag 6510  T
Q  328 actaaagatccacgtccatgaggattggccctatggatcaaccgaagatattcatcaatgacatcttcagtgcgaaatgatgcttc 413  Q
    ||||| ||||| | |||| |||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  6511 actaatgatccgcatccaggagggttggccctatggatcagccgaaggtattcatcaataacatcttcaatgcgaaatgatgcttc 6596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University