View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9978_low_7 (Length: 267)

Name: NF9978_low_7
Description: NF9978
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9978_low_7
NF9978_low_7
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (14-263)||(22361078-22361327)
chr3 (14-263)||(22365465-22365714)
chr3 (94-258)||(23397192-23397357)
chr3 (19-77)||(36028854-36028912)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (19-261)||(200578-200820)
chr5 (44-261)||(196224-196441)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (44-263)||(1330628-1330847)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (44-263)||(7162536-7162758)
chr8 (44-263)||(30045180-30045403)
chr8 (44-263)||(30049583-30049806)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (44-263)||(3941438-3941661)
chr4 (44-263)||(3945837-3946060)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (14-263)||(39949346-39949593)
chr7 (14-263)||(39953738-39953985)
[»] scaffold1453 (1 HSPs)
scaffold1453 (14-151)||(1-138)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 198; Significance: 1e-108; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 14 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 22361327 - 22361078
Alignment:
Q  14 cagagaacagaaattagagaagnnnnnnnntggaagagaaagggacaataacaatgtttactatgctgcaaatttgatacataccatccatacatccttc 113  Q
    |||| |||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22361327 cagaaaacagaaattagagaagaaaagaaatggaagagaaagggacaataacaatgtttactatgctgcaaatttgatacataccatccatacatccttc 22361228  T
Q  114 ttacatacttatagccaaatacttagtaatgactcagcctatgctttgctgatgtcatatgacataaacctacttaacttgtgcagataacattacttgt 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  22361227 ttacatacttatagccaaatacttagtaatgactcagcctatgcttagctgatgtcatatgacataaacctacttaacttgtgcagataaccttacttgt 22361128  T
Q  214 gcagcatagttttactgataaaacaagttaaaatgattacacacataagc 263  Q
    ||||||||| |||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  22361127 gcagcatagctttactaacaaaacaagttaaaataattacacacataagc 22361078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 186; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 14 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 22365714 - 22365465
Alignment:
Q  14 cagagaacagaaattagagaagnnnnnnnntggaagagaaagggacaataacaatgtttactatgctgcaaatttgatacataccatccatacatccttc 113  Q
    |||| |||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  22365714 cagaaaacagaaattagagaagaaaagaaatggaagagaaagggacaataacaatgtttactatactgcaaatttgatacatatcatccatacatccttc 22365615  T
Q  114 ttacatacttatagccaaatacttagtaatgactcagcctatgctttgctgatgtcatatgacataaacctacttaacttgtgcagataacattacttgt 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |    
T  22365614 ttacatacttatagccaaatacttagtaatgactcagcctatgcttagttgatgtcatatgacataaacctacttaacttgtgcagataaccttacttat 22365515  T
Q  214 gcagcatagttttactgataaaacaagttaaaatgattacacacataagc 263  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  22365514 gcagcatagttttactaacaaaacaagttaaaataattacacacataagc 22365465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 94 - 258
Target Start/End: Original strand, 23397192 - 23397357
Alignment:
Q  94 ataccatccatacatccttcttacatacttatagccaaatacttagtaatgactcagcctatgctttgctgatgtcatatgacataaacctacttaactt 193  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| ||| || ||||||||||||||||||  | | ||| ||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||    
T  23397192 ataccatccatacatctttcttacatatttagagtcaaatacttagtaatgacataacttatactttgttgatgtcatacgacataaacctatttaactt 23397291  T
Q  194 gtgcagataacattacttgtgcagcatagttttactgataaaac-aagttaaaatgattacacaca 258  Q
    || ||||  || |||||||||||| | ||| |||| || ||||| |||||||||| ||||||||||    
T  23397292 gtacagaacaccttacttgtgcaggaaagtattaccgacaaaactaagttaaaatcattacacaca 23397357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 19 - 77
Target Start/End: Original strand, 36028854 - 36028912
Alignment:
Q  19 aacagaaattagagaagnnnnnnnntggaagagaaagggacaataacaatgtttactat 77  Q
    |||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36028854 aacagaaattagagaagaaaagaaatggaagagaaagggacaataacaatgtttactat 36028912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 195; Significance: 1e-106; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 19 - 261
Target Start/End: Original strand, 200578 - 200820
Alignment:
Q  19 aacagaaattagagaagnnnnnnnntggaagagaaagggacaataacaatgtttactatgctgcaaatttgatacataccatccatacatccttcttaca 118  Q
    |||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  200578 aacagaaattagagaagaaaagaaatggaagagaaagggacaataacaatgtttactatgctgcaaatttgatacataccatccatacatccttcttaca 200677  T
Q  119 tacttatagccaaatacttagtaatgactcagcctatgctttgctgatgtcatatgacataaacctacttaacttgtgcagataacattacttgtgcagc 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  200678 tacttatagccaaatacttagtaatgactcagcctatgcttagctgatgtcatatgaggtaaacctacttaacttgtgcagataaccttacttgtgcagc 200777  T
Q  219 atagttttactgataaaacaagttaaaatgattacacacataa 261  Q
    ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  200778 atagttttactaacaaaacaagttaaaatgattacacacataa 200820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 44 - 261
Target Start/End: Original strand, 196224 - 196441
Alignment:
Q  44 tggaagagaaagggacaataacaatgtttactatgctgcaaatttgatacataccatccatacatccttcttacatacttatagccaaatacttagtaat 143  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  196224 tggaagagaaagagacaataacaatgtttactatgctgcaaatttgatacataccatccatacatccttcttacatacttatagccaaatacttagtaat 196323  T
Q  144 gactcagcctatgctttgctgatgtcatatgacataaacctacttaacttgtgcagataacattacttgtgcagcatagttttactgataaaacaagtta 243  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  196324 gactcagcctatgcttagctgatgtcatatgacgtaaacctacttaactcgtgcagataaccttacttgtgcagcatagttttactaacaaaacaagtta 196423  T
Q  244 aaatgattacacacataa 261  Q
    ||||||||||||||||||    
T  196424 aaatgattacacacataa 196441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 188; Significance: 1e-102; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 44 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 1330847 - 1330628
Alignment:
Q  44 tggaagagaaagggacaataacaatgtttactatgctgcaaatttgatacataccatccatacatccttcttacatacttatagccaaatacttagtaat 143  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  1330847 tggaagagaaagggacaataacaatgtttactatgctgcaaatttgatacataccatccttacatccttcttacatacttatagtcaaatacttactaat 1330748  T
Q  144 gactcagcctatgctttgctgatgtcatatgacataaacctacttaacttgtgcagataacattacttgtgcagcatagttttactgataaaacaagtta 243  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||    
T  1330747 gactcaacctatactttgctgatgtcatatgacataaacctacttaacttgtgcagataacattacttgtgcagtatagttttactaacaaaacaagtta 1330648  T
Q  244 aaatgattacacacataagc 263  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  1330647 aaatgattacacacataagc 1330628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 181; Significance: 7e-98; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 181; E-Value: 7e-98
Query Start/End: Original strand, 44 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 7162758 - 7162536
Alignment:
Q  44 tggaagagaaagggacaataacaatgtttactatgctgcaaatttgatacataccatccatacatccttcttacatacttatagccaaatacttagtaat 143  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7162758 tggaagagaaagggacaataacaatgtttactatgctgcaaatttaatacaaaccatccatacatccttcttacatacttatagccaaatacttagtaat 7162659  T
Q  144 gactcagcctatgctttgctgatgtcatatgacataaacctacttaacttgtgcagataac---attacttgtgcagcatagttttactgataaaacaag 240  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||| | |||| |||    
T  7162658 gactcagcctatgcttagctgatgtcatatgacataaacctgcttaacttgtgcagataaccttattacttgtgcagcatagttttactaacaaaataag 7162559  T
Q  241 ttaaaatgattacacacataagc 263  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  7162558 ttaaaatgattacacacataagc 7162536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 179; E-Value: 1e-96
Query Start/End: Original strand, 44 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 30045403 - 30045180
Alignment:
Q  44 tggaagagaaagggacaataacaatgtttactatgctgcaaatttgatacataccatccatacatccttcttacatacttatagccaaatacttagtaat 143  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  30045403 tggaagagaaagggacaataacaatgtttactatgctgcaaatttgatacataccatccatacatccttcttacatacttatagccaaatactaagtaat 30045304  T
Q  144 gactcagcctatgctttgctgatgtc----atatgacataaacctacttaacttgtgcagataacattacttgtgcagcatagttttactgataaaacaa 239  Q
    |||||||||||||||| |||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  30045303 gactcagcctatgcttagctgatgtcatatatatgacataaacctacttaacttgtgcagataatcttacttgtgcagcatagttttactaacaaaacaa 30045204  T
Q  240 gttaaaatgattacacacataagc 263  Q
    |||||||| |||||||||||||||    
T  30045203 gttaaaataattacacacataagc 30045180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 179; E-Value: 1e-96
Query Start/End: Original strand, 44 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 30049806 - 30049583
Alignment:
Q  44 tggaagagaaagggacaataacaatgtttactatgctgcaaatttgatacataccatccatacatccttcttacatacttatagccaaatacttagtaat 143  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  30049806 tggaagagaaagggacaataacaatgtttactatgctgcaaatttgatacataccatccatacatccttcttacatacttatagccaaatactaagtaat 30049707  T
Q  144 gactcagcctatgctttgctgatgtc----atatgacataaacctacttaacttgtgcagataacattacttgtgcagcatagttttactgataaaacaa 239  Q
    |||||||||||||||| |||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  30049706 gactcagcctatgcttagctgatgtcatatatatgacataaacctacttaacttgtgcagataatcttacttgtgcagcatagttttactaacaaaacaa 30049607  T
Q  240 gttaaaatgattacacacataagc 263  Q
    |||||||| |||||||||||||||    
T  30049606 gttaaaataattacacacataagc 30049583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 179; Significance: 1e-96; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 179; E-Value: 1e-96
Query Start/End: Original strand, 44 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 3941661 - 3941438
Alignment:
Q  44 tggaagagaaagggacaataacaatgtttactatgctgcaaatttgatacataccatccatacatccttcttacatacttatagccaaatacttagtaat 143  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  3941661 tggaagagaaagggacaataacaatgtttactatgctgcaaatttgatacataccatccatacatccttcttacatacttatagccaaatactaagtaat 3941562  T
Q  144 gactcagcctatgctttgctgatgtc----atatgacataaacctacttaacttgtgcagataacattacttgtgcagcatagttttactgataaaacaa 239  Q
    |||||||||||||||| |||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  3941561 gactcagcctatgcttagctgatgtcatatatatgacataaacctacttaacttgtgcagataatcttacttgtgcagcatagttttactaacaaaacaa 3941462  T
Q  240 gttaaaatgattacacacataagc 263  Q
    |||||||| |||||||||||||||    
T  3941461 gttaaaataattacacacataagc 3941438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 179; E-Value: 1e-96
Query Start/End: Original strand, 44 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 3946060 - 3945837
Alignment:
Q  44 tggaagagaaagggacaataacaatgtttactatgctgcaaatttgatacataccatccatacatccttcttacatacttatagccaaatacttagtaat 143  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  3946060 tggaagagaaagggacaataacaatgtttactatgctgcaaatttgatacataccatccatacatccttcttacatacttatagccaaatactaagtaat 3945961  T
Q  144 gactcagcctatgctttgctgatgtc----atatgacataaacctacttaacttgtgcagataacattacttgtgcagcatagttttactgataaaacaa 239  Q
    |||||||||||||||| |||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  3945960 gactcagcctatgcttagctgatgtcatatatatgacataaacctacttaacttgtgcagataatcttacttgtgcagcatagttttactaacaaaacaa 3945861  T
Q  240 gttaaaatgattacacacataagc 263  Q
    |||||||| |||||||||||||||    
T  3945860 gttaaaataattacacacataagc 3945837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 167; Significance: 2e-89; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 167; E-Value: 2e-89
Query Start/End: Original strand, 14 - 263
Target Start/End: Original strand, 39949346 - 39949593
Alignment:
Q  14 cagagaacagaaattagagaagnnnnnnnntggaagagaaagggacaataacaatgtttactatgctgcaaatttgatacataccatccatacatccttc 113  Q
    |||| |||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||| ||||||||||||||||    
T  39949346 cagaaaacagaaattagagaagaaaagaaatggaagagaaagggacaataacaatgtttactatgctgcaaattttttatatatcatccatacatccttc 39949445  T
Q  114 ttacatacttatagccaaatacttagtaatgactcagcctatgctttgctgatgtcatatgacataaacctacttaacttgtgcagataacattacttgt 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||    
T  39949446 ttacatacttatagccaaatacttagtaataactcagcctatgtttagctgatgtcatatgacataaacctacttaact--tgcagataaccttacttgt 39949543  T
Q  214 gcagcatagttttactgataaaacaagttaaaatgattacacacataagc 263  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  39949544 gcagcatagttttactaacaaaacaagttaaaataattacacacataagc 39949593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 163; E-Value: 4e-87
Query Start/End: Original strand, 14 - 263
Target Start/End: Original strand, 39953738 - 39953985
Alignment:
Q  14 cagagaacagaaattagagaagnnnnnnnntggaagagaaagggacaataacaatgtttactatgctgcaaatttgatacataccatccatacatccttc 113  Q
    |||| |||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||| ||||||||||||||||    
T  39953738 cagaaaacagaaattagagaagaaaagaaatggaagagaaagggacaataacaatgtttactatgctgcaaattttttatatatcatccatacatccttc 39953837  T
Q  114 ttacatacttatagccaaatacttagtaatgactcagcctatgctttgctgatgtcatatgacataaacctacttaacttgtgcagataacattacttgt 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||    
T  39953838 ttacatacttatagccaaatacttagtaataactcagtctatgtttagctgatgtcatatgacataaacctacttaact--tgcagataaccttacttgt 39953935  T
Q  214 gcagcatagttttactgataaaacaagttaaaatgattacacacataagc 263  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  39953936 gcagcatagttttactaacaaaacaagttaaaataattacacacataagc 39953985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1453 (Bit Score: 110; Significance: 2e-55; HSPs: 1)
Name: scaffold1453
Description:

Target: scaffold1453; HSP #1
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 14 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 138 - 1
Alignment:
Q  14 cagagaacagaaattagagaagnnnnnnnntggaagagaaagggacaataacaatgtttactatgctgcaaatttgatacataccatccatacatccttc 113  Q
    |||| |||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  138 cagaaaacagaaattagagaagaaaagaaatggaagagaaagggacaataacaatgtttactatgctgcaaatttgatacataccatccatacatccttc 39  T
Q  114 ttacatacttatagccaaatacttagtaatgactcagc 151  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38 ttacatacttatagccaaatacttagtaatgactcagc 1  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University