View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9985A_low_138 (Length: 315)

Name: NF9985A_low_138
Description: NF9985A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9985A_low_138
NF9985A_low_138
[»] chr4 (12 HSPs)
chr4 (15-305)||(8654697-8654987)
chr4 (15-315)||(3129596-3129893)
chr4 (15-271)||(47541151-47541406)
chr4 (15-220)||(2631624-2631829)
chr4 (15-202)||(7662966-7663153)
chr4 (15-221)||(20675248-20675454)
chr4 (15-165)||(23873240-23873390)
chr4 (15-165)||(55298846-55298996)
chr4 (15-211)||(8486699-8486895)
chr4 (15-83)||(49926112-49926180)
chr4 (15-83)||(19647935-19648003)
chr4 (15-83)||(29553586-29553654)
[»] scaffold0029 (1 HSPs)
scaffold0029 (15-315)||(134468-134768)
[»] scaffold0002 (2 HSPs)
scaffold0002 (15-315)||(312295-312595)
scaffold0002 (15-315)||(327749-328049)
[»] chr5 (5 HSPs)
chr5 (15-315)||(10486534-10486834)
chr5 (15-244)||(34481173-34481402)
chr5 (15-110)||(587742-587837)
chr5 (15-238)||(35122397-35122620)
chr5 (26-62)||(27795720-27795756)
[»] chr1 (9 HSPs)
chr1 (15-309)||(21528387-21528685)
chr1 (17-256)||(36306012-36306251)
chr1 (15-238)||(37530792-37531015)
chr1 (15-165)||(32353061-32353211)
chr1 (15-221)||(48073139-48073345)
chr1 (15-99)||(48265548-48265632)
chr1 (15-90)||(30970447-30970522)
chr1 (15-89)||(16873332-16873406)
chr1 (15-83)||(25504839-25504907)
[»] chr3 (12 HSPs)
chr3 (15-302)||(49731559-49731846)
chr3 (15-315)||(30166958-30167258)
chr3 (15-221)||(2813208-2813414)
chr3 (15-221)||(29309634-29309840)
chr3 (15-221)||(6176186-6176392)
chr3 (15-126)||(9379323-9379434)
chr3 (15-90)||(23601999-23602074)
chr3 (15-82)||(25872955-25873022)
chr3 (33-90)||(8943596-8943653)
chr3 (15-89)||(14867625-14867699)
chr3 (23-61)||(46248738-46248776)
chr3 (24-62)||(48569906-48569944)
[»] chr7 (12 HSPs)
chr7 (15-315)||(15653319-15653619)
chr7 (62-315)||(46623966-46624219)
chr7 (15-221)||(13440279-13440485)
chr7 (15-248)||(12378409-12378639)
chr7 (15-90)||(45943077-45943152)
chr7 (24-92)||(43105546-43105614)
chr7 (159-238)||(17856106-17856185)
chr7 (14-89)||(41339750-41339825)
chr7 (15-89)||(19728713-19728787)
chr7 (23-61)||(27723973-27724011)
chr7 (15-48)||(46623931-46623964)
chr7 (15-83)||(45992802-45992870)
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (15-315)||(7452578-7452878)
chr8 (15-220)||(16420719-16420924)
chr8 (15-67)||(19384572-19384624)
chr8 (24-89)||(12134563-12134628)
chr8 (26-62)||(13879354-13879390)
[»] chr2 (14 HSPs)
chr2 (15-315)||(45421745-45422046)
chr2 (15-315)||(13550350-13550650)
chr2 (19-221)||(26894320-26894522)
chr2 (19-221)||(26899759-26899961)
chr2 (15-165)||(43627725-43627875)
chr2 (15-114)||(31085452-31085551)
chr2 (15-114)||(33548098-33548197)
chr2 (94-315)||(13550882-13551103)
chr2 (15-73)||(22052853-22052911)
chr2 (14-73)||(36804137-36804196)
chr2 (14-62)||(36804352-36804400)
chr2 (155-238)||(22725129-22725212)
chr2 (179-220)||(26679225-26679266)
chr2 (26-62)||(40176905-40176941)
[»] scaffold0131 (1 HSPs)
scaffold0131 (141-315)||(4163-4337)
[»] chr6 (9 HSPs)
chr6 (15-232)||(25318080-25318297)
chr6 (15-232)||(26205574-26205791)
chr6 (15-221)||(23347175-23347381)
chr6 (15-165)||(15674051-15674205)
chr6 (15-70)||(33630323-33630378)
chr6 (15-48)||(1683266-1683299)
chr6 (26-89)||(4474935-4474998)
chr6 (15-83)||(19255866-19255934)
chr6 (15-83)||(33640144-33640212)
[»] scaffold0418 (1 HSPs)
scaffold0418 (15-202)||(7901-8088)
[»] scaffold0112 (1 HSPs)
scaffold0112 (15-89)||(15490-15564)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 267; Significance: 1e-149; HSPs: 12)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 267; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 15 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 8654987 - 8654697
Alignment:
Q  15 acatcaagaagtaaagccctacactccgctaacaagtcctcctcccactgccacaacctacgtctccacctccacaaaaccccccactgctccgaatcaa 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8654987 acatcaagaagtaaagccctacactccgctaacaagtcctcctcccactgccacaacctacgtctccacctccacaaaaccccccactgctccgaatcaa 8654888  T
Q  115 cagataacaagtccaccacagacataaacttattctctgttaactcaaacagcctacggaaacggacacaaaaaggaacatcccctaaccacctatccaa 214  Q
    |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8654887 cagataacaagtctgccacagacataaacttattctctgttaactcaaacagcctacggaaacggacacaaaaaggaacatcccctaaccacctatccaa 8654788  T
Q  215 ccaaaacaacgtatcagctccatctccaaccctcatagccacaagattaacaaaccatccactctctccagcaccaacactacccctaaga 305  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8654787 ccaaaacaacgtattagctccatctccaaccctcctagccacaagatcaccaaaccatccactctctccagcaccaacactacccctaaga 8654697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 175; E-Value: 3e-94
Query Start/End: Original strand, 15 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 3129893 - 3129596
Alignment:
Q  15 acatcaagaagtaaagccctacactccgctaacaagtcctcctcccactgccacaacctacgtctccacctccacaaaaccccccactgctccgaatcaa 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||  ||||||   ||||||||||||||    
T  3129893 acatcaagaagtaaagccctacactccgctaacat---ctcctcccactgccacaaacaacgtctccacctccacgtaacccctagctgctccgaatcaa 3129797  T
Q  115 cagataacaagtccaccacagacataaacttattctctgttaactcaaacagcctacggaaacggacacaaaaaggaacatcccctaaccacctatccaa 214  Q
     ||| ||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||    
T  3129796 tagagaacaagtctgccacagacatgaacttattctctgttaactcaaacagtctactaaaacggacacaaaaaggaacatcccctaaccacctaccaaa 3129697  T
Q  215 ccaaaacaacgtatcagctccatctccaaccctcatagccacaagattaacaaaccatccactctctccagcaccaacactacccctaagacgactcacc 314  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||| || | ||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  3129696 ccaaaacaatgtatcagctccatctccaaccctcctagccacatgatcaacaaaccagccgccctctccatcaccatcactacccctaaaacgactcacc 3129597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 161; E-Value: 7e-86
Query Start/End: Original strand, 15 - 271
Target Start/End: Original strand, 47541151 - 47541406
Alignment:
Q  15 acatcaagaagtaaagccctacactccgctaacaagtcctcctcccactgccacaacctacgtctccacctccacaaaaccccccactgctccgaatcaa 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||| ||| |||  ||||||||||||||    
T  47541151 acatcaagaagtaaagccctacactccgctaacatctcctccttccactgccacaaacgacgtctccacctccacataactcccggctgctccgaatcaa 47541250  T
Q  115 cagataacaagtccaccacagacataaacttattctctgttaactcaaacagcctacggaaacggacacaaaaaggaacatcccctaaccacctatccaa 214  Q
    |||| ||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  47541251 cagaaaacaagtctgccacagacatgaacttattctctgttaactcaaacagtctacaaaaacgaacacaaaaaggaacatcccctaaccacctatcaaa 47541350  T
Q  215 ccaaaacaacgtatcagctccatctccaaccctcatagccacaagattaacaaacca 271  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||| ||| |||||||||    
T  47541351 ccaaaacaacgtatcatctccatctccaaccttc-tagccacatgatcaacaaacca 47541406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 15 - 220
Target Start/End: Original strand, 2631624 - 2631829
Alignment:
Q  15 acatcaagaagtaaagccctacactccgctaacaagtcctcctcccactgccacaacctacgtctccacctccacaaaaccccccactgctccgaatcaa 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||   |||||||| ||||||||||||    
T  2631624 acatcaagaagtaaagccctacactcatctagcaactcctcctcccactgccataacctacgtctccacctccacacctccccccaccgctccgaatcaa 2631723  T
Q  115 cagataacaagtccaccacagacataaacttattctctgttaactcaaacagcctacggaaacggacacaaaaaggaacatcccctaaccacctatccaa 214  Q
    |||| | ||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||  |  || || ||||||| |||| | ||||||| |||||||||  |    
T  2631724 cagagagcaagtcggccacagacatagacttattctctgttaactcaaacaaccgcctaaaccgcacacaaagaggagcctcccctatccacctatcaga 2631823  T
Q  215 ccaaaa 220  Q
    ||||||    
T  2631824 ccaaaa 2631829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 15 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 7663153 - 7662966
Alignment:
Q  15 acatcaagaagtaaagccctacactccgctaacaagtcctcctcccactgccacaacctacgtctccacctccacaaaaccccccactgctccgaatcaa 114  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| ||||||  |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||| ||||  ||||||| ||||||    
T  7663153 acatcaagaagtaaagccatacactccactaacatctcctcctcccactgccacaatctacgcctccacctccaaaaaaacccctgctgctccaaatcaa 7663054  T
Q  115 cagataacaagtccaccacagacataaacttattctctgttaactcaaacagcctacggaaacggacacaaaaaggaacatcccctaa 202  Q
    |||| ||||||||  ||| |||||| | |||||||||| ||||||||||||  ||||| ||||||||||| || ||||||||||||||    
T  7663053 cagagaacaagtctgccatagacatgagcttattctctattaactcaaacaatctacgaaaacggacacagaacggaacatcccctaa 7662966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 15 - 221
Target Start/End: Original strand, 20675248 - 20675454
Alignment:
Q  15 acatcaagaagtaaagccctacactccgctaacaagtcctcctcccactgccacaacctacgtctccacctccacaaaaccccccactgctccgaatcaa 114  Q
    |||||||||||||||| |||||||||  | | ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||   |||||||| ||||||||||||    
T  20675248 acatcaagaagtaaagtcctacactcatcaagcaactcctcctcccactgccataacctacgtctccacctccacacctccccccaccgctccgaatcaa 20675347  T
Q  115 cagataacaagtccaccacagacataaacttattctctgttaactcaaacagcctacggaaacggacacaaaaaggaacatcccctaaccacctatccaa 214  Q
    || | | ||||||  |||| || ||| |||||||||||||||||||||||| ||  |  || || ||||||| |||| | |||||||||||||||||  |    
T  20675348 caaagagcaagtcggccacggatatagacttattctctgttaactcaaacaaccgcctaaaccgcacacaaagaggagcctcccctaaccacctatcaga 20675447  T
Q  215 ccaaaac 221  Q
    |||||||    
T  20675448 ccaaaac 20675454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 15 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 23873390 - 23873240
Alignment:
Q  15 acatcaagaagtaaagccctacactccgctaacaagtcctcctcccactgccacaacctacgtctccacctccacaaaaccccccactgctccgaatcaa 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||| ||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||   |||||||| ||||||||||||    
T  23873390 acatcaagaagtaaagccctacactcatctagcaactcctcctcccactgccattacctacgtctccacctccacacctccccccaccgctccgaatcaa 23873291  T
Q  115 cagataacaagtccaccacagacataaacttattctctgttaactcaaaca 165  Q
    |||| | ||||||  | || |||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  23873290 cagagagcaagtcggcaacggacatagacttattctctgttaactcaaaca 23873240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 15 - 165
Target Start/End: Original strand, 55298846 - 55298996
Alignment:
Q  15 acatcaagaagtaaagccctacactccgctaacaagtcctcctcccactgccacaacctacgtctccacctccacaaaaccccccactgctccgaatcaa 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||| ||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||   |||||||| ||||||||||||    
T  55298846 acatcaagaagtaaagccctacactcatctagcaactcctcctcccactgccataaactacgtctccacctccacacctccccccaccgctccgaatcaa 55298945  T
Q  115 cagataacaagtccaccacagacataaacttattctctgttaactcaaaca 165  Q
    |||| | ||||||  | || |||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  55298946 cagagagcaagtcggcaacggacatagacttattctctgttaactcaaaca 55298996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 15 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 8486895 - 8486699
Alignment:
Q  15 acatcaagaagtaaagccctacactccgctaacaagtcctcctcccactgccacaacctacgtctccacctccacaaaaccccccactgctccgaatcaa 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||   ||| ||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||   |||||||| | ||||||||||    
T  8486895 acatcaagaagtaaagccctacactaatctagcaactccttctcccactgccataacctacgtctccacctccacacctccccccaccggtccgaatcaa 8486796  T
Q  115 cagataacaagtccaccacagacataaacttattctctgttaactcaaacagcctacggaaacggacacaaaaaggaacatcccctaaccacctatc 211  Q
    |||| | |||||| || || |||||| |||||||||||||||||||||||| ||  |  || || ||||||| |||| | ||||||| |||||||||    
T  8486795 cagagagcaagtcgacgacggacatagacttattctctgttaactcaaacaaccgcctaaaccgcacacaaagaggagcctcccctatccacctatc 8486699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 15 - 83
Target Start/End: Complemental strand, 49926180 - 49926112
Alignment:
Q  15 acatcaagaagtaaagccctacactccgctaacaagtcctcctcccactgccacaacctacgtctccac 83  Q
    |||||||| || ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||  |||||| || || ||||||    
T  49926180 acatcaagcagaaaagccctacactccactaacaactcctcctcccacgcccacaatctccgcctccac 49926112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 15 - 83
Target Start/End: Original strand, 19647935 - 19648003
Alignment:
Q  15 acatcaagaagtaaagccctacactccgctaacaagtcctcctcccactgccacaacctacgtctccac 83  Q
    |||||||| || ||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||  |||||| || || ||||||    
T  19647935 acatcaagcagaaaagccctacactccactaacatctcctcctcccacgcccacaatctccgcctccac 19648003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 15 - 83
Target Start/End: Complemental strand, 29553654 - 29553586
Alignment:
Q  15 acatcaagaagtaaagccctacactccgctaacaagtcctcctcccactgccacaacctacgtctccac 83  Q
    |||||||  ||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||  |||||| || || ||||||    
T  29553654 acatcaaacagtaaagtcctacactcctctaacaactcctcctcccacgcccacaatctccgcctccac 29553586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0029 (Bit Score: 261; Significance: 1e-145; HSPs: 1)
Name: scaffold0029
Description:

Target: scaffold0029; HSP #1
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 15 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 134768 - 134468
Alignment:
Q  15 acatcaagaagtaaagccctacactccgctaacaagtcctcctcccactgccacaacctacgtctccacctccacaaaaccccccactgctccgaatcaa 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  134768 acatcaagaagtaaagccctacactccgctaacaagtcctcctcccactgccacaacctacgtctccacctccacaaaaccccccactgctccgaatcaa 134669  T
Q  115 cagataacaagtccaccacagacataaacttattctctgttaactcaaacagcctacggaaacggacacaaaaaggaacatcccctaaccacctatccaa 214  Q
     ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  134668 tagataacaagtctgccacagacataaacttattctctgttaactcaaacagcctacggaaacggacacaaaaaggaacatcccctaaccacctatccaa 134569  T
Q  215 ccaaaacaacgtatcagctccatctccaaccctcatagccacaagattaacaaaccatccactctctccagcaccaacactacccctaagacgactcacc 314  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  134568 ccaaaacaacgtattagctccatctccaaccctcctagccacaagatcaccaaaccaacccctctctccagcaccatcactacccctaagacgactcacc 134469  T
Q  315 t 315  Q
    |    
T  134468 t 134468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002 (Bit Score: 261; Significance: 1e-145; HSPs: 2)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 15 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 312595 - 312295
Alignment:
Q  15 acatcaagaagtaaagccctacactccgctaacaagtcctcctcccactgccacaacctacgtctccacctccacaaaaccccccactgctccgaatcaa 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  312595 acatcaagaagtaaagccctacactccgctaacaagtcctcctcccactgccacaacctacgtctccacctccacaaaaccccccactgctccgaatcaa 312496  T
Q  115 cagataacaagtccaccacagacataaacttattctctgttaactcaaacagcctacggaaacggacacaaaaaggaacatcccctaaccacctatccaa 214  Q
     ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  312495 tagataacaagtctgccacagacataaacttattctctgttaactcaaacagcctacggaaacggacacaaaaaggaacatcccctaaccacctatccaa 312396  T
Q  215 ccaaaacaacgtatcagctccatctccaaccctcatagccacaagattaacaaaccatccactctctccagcaccaacactacccctaagacgactcacc 314  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  312395 ccaaaacaacgtattagctccatctccaaccctcctagccacaagatcaccaaaccaacccctctctccagcaccatcactacccctaagacgactcacc 312296  T
Q  315 t 315  Q
    |    
T  312295 t 312295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002; HSP #2
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 15 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 328049 - 327749
Alignment:
Q  15 acatcaagaagtaaagccctacactccgctaacaagtcctcctcccactgccacaacctacgtctccacctccacaaaaccccccactgctccgaatcaa 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  328049 acatcaagaagtaaagccctacactccgctaacaagtcctcctcccactgccacaacctacgtctccacctccacaaaaccccccactgctccgaatcaa 327950  T
Q  115 cagataacaagtccaccacagacataaacttattctctgttaactcaaacagcctacggaaacggacacaaaaaggaacatcccctaaccacctatccaa 214  Q
     ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  327949 tagataacaagtctgccacagacataaacttattctctgttaactcaaacagcctacggaaacggacacaaaaaggaacatcccctaaccacctatccaa 327850  T
Q  215 ccaaaacaacgtatcagctccatctccaaccctcatagccacaagattaacaaaccatccactctctccagcaccaacactacccctaagacgactcacc 314  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  327849 ccaaaacaacgtattagctccatctccaaccctcctagccacaagatcaccaaaccaacccctctctccagcaccatcactacccctaagacgactcacc 327750  T
Q  315 t 315  Q
    |    
T  327749 t 327749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 225; Significance: 1e-124; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 15 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 10486834 - 10486534
Alignment:
Q  15 acatcaagaagtaaagccctacactccgctaacaagtcctcctcccactgccacaacctacgtctccacctccacaaaaccccccactgctccgaatcaa 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  10486834 acatcaagaagtaaagccctacactccgctaacatgtcctcctcccactgccacaacctacgtctccacctccacataaccccccgctgctccgaatcaa 10486735  T
Q  115 cagataacaagtccaccacagacataaacttattctctgttaactcaaacagcctacggaaacggacacaaaaaggaacatcccctaaccacctatccaa 214  Q
    |||| ||||||||  |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  10486734 cagagaacaagtctgccacagacatgaacttattctatgttaactcaaacagcctacgaaaacggacacaaaaaggaagatcccctaaccacctatccaa 10486635  T
Q  215 ccaaaacaacgtatcagctccatctccaaccctcatagccacaagattaacaaaccatccactctctccagcaccaacactacccctaagacgactcacc 314  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||| |  | ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  10486634 ccaaaacaacgtatcagctccatctccaaccctcctagccacatgatcaacaaaccagctgcactctccatcaccatcactacccctaagacgactcacc 10486535  T
Q  315 t 315  Q
    |    
T  10486534 t 10486534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 106; E-Value: 5e-53
Query Start/End: Original strand, 15 - 244
Target Start/End: Original strand, 34481173 - 34481402
Alignment:
Q  15 acatcaagaagtaaagccctacactccgctaacaagtcctcctcccactgccacaacctacgtctccacctccacaaaaccccccactgctccgaatcaa 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||   |||||||| ||||||||||||    
T  34481173 acatcaagaagtaaagccctacactcctctagcaacccctcctcccactgccataacctacgtctccacctccacacttccccccaccgctccgaatcaa 34481272  T
Q  115 cagataacaagtccaccacagacataaacttattctctgttaactcaaacagcctacggaaacggacacaaaaaggaacatcccctaaccacctatccaa 214  Q
    |||| | ||| |   ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||  || |  ||||||| |||||| |||||||||||||||||  |    
T  34481273 cagagagcaaatatgccacagacatagacttattctctgttaactcaaacaaccgactaaacctcacacaaagaggaacctcccctaaccacctatcgga 34481372  T
Q  215 ccaaaacaacgtatcagctccatctccaac 244  Q
    ||||||| | |||||||| ||||| |||||    
T  34481373 ccaaaacgaagtatcagccccatcaccaac 34481402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 15 - 110
Target Start/End: Original strand, 587742 - 587837
Alignment:
Q  15 acatcaagaagtaaagccctacactccgctaacaagtcctcctcccactgccacaacctacgtctccacctccacaaaaccccccactgctccgaa 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||  ||| | |||||| ||||||||||| | | ||||||| |||||||||    
T  587742 acatcaagaagtaaagccctacactcctctaacatatcctcctcccacatccatagcctacgcctccacctccagacatccccccaatgctccgaa 587837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 15 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 35122620 - 35122397
Alignment:
Q  15 acatcaagaagtaaagccctacactccgctaacaagtcctcctcccactgccacaacctacgtctccacctccacaaaaccccccactgctccgaatcaa 114  Q
    |||||||| ||||||||||||  |||| |||| ||   |||||||||   |||||||||||||||||||||||||  |||||| | |||||||   ||||    
T  35122620 acatcaagcagtaaagccctaagctcctctaataaagtctcctcccaagcccacaacctacgtctccacctccacccaacccctccctgctccaggtcaa 35122521  T
Q  115 cagataacaagtccaccacagacataaacttattctctgttaactcaaacagcctacggaaacggacacaaaaaggaacatcccctaaccacctatccaa 214  Q
     ||| ||||  | | ||||||| ||    || ||||| | ||| ||||||| |||||| || ||  ||| ||||||||||||  | ||||||||||   |    
T  35122520 gagagaacatattcgccacagaaatggttttgttctcagctaagtcaaacaacctacgaaaccgctcactaaaaggaacatcatcaaaccacctatgaga 35122421  T
Q  215 ccaaaacaacgtatcagctccatc 238  Q
    |||||||||||||||||| |||||    
T  35122420 ccaaaacaacgtatcagcaccatc 35122397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 26 - 62
Target Start/End: Original strand, 27795720 - 27795756
Alignment:
Q  26 taaagccctacactccgctaacaagtcctcctcccac 62  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  27795720 taaagccctacactcctctaccaagtcctcctcccac 27795756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 202; Significance: 1e-110; HSPs: 9)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 15 - 309
Target Start/End: Original strand, 21528387 - 21528685
Alignment:
Q  15 acatcaagaagtaaagccctaca----ctccgctaacaagtcctcctcccactgccacaacctacgtctccacctccacaaaaccccccactgctccgaa 110  Q
    ||||||||||||||||||||||     | ||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||    
T  21528387 acatcaagaagtaaagccctacgtctccaccgctaacatgtcctcctcccactaccataacctacgtctccacctccacataaccccccattgctccgaa 21528486  T
Q  111 tcaacagataacaagtccaccacagacataaacttattctctgttaactcaaacagcctacggaaacggacacaaaaaggaacatcccctaaccacctat 210  Q
    |||||||| ||||||||  | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21528487 tcaacagagaacaagtctccaacagacatgaacttattctctgttaactcaaacagcctacgaaaacggacacaaaaaggaacatcccctaaccacctat 21528586  T
Q  211 ccaaccaaaacaacgtatcagctccatctccaaccctcatagccacaagattaacaaaccatccactctctccagcaccaacactacccctaagacgac 309  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  21528587 ccaaccaaaacaacgtatcagcttcatctccaaccctcctagccacatgatcaacaaaccatccgctctctccatcaccatcactacccctaagacgac 21528685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 17 - 256
Target Start/End: Original strand, 36306012 - 36306251
Alignment:
Q  17 atcaagaagtaaagccctacactccgctaacaagtcctcctcccactgccacaacctacgtctccacctccacaaaaccccccactgctccgaatcaaca 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||| | |||||||  ||||||| ||||||||    
T  36306012 atcaagaagtaaagccctacactcctctaacatctcctccttccactgccacaatctacgcctccacctccaaacaaccccctgctgctccaaatcaaca 36306111  T
Q  117 gataacaagtccaccacagacataaacttattctctgttaactcaaacagcctacggaaacggacacaaaaaggaacatcccctaaccacctatccaacc 216  Q
    || ||||||||  ||||| |||| | ||||||||| |||||||||||||| ||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  36306112 gagaacaagtctgccacatacatgagcttattctccgttaactcaaacagtctacgaaaaaggacacagaaaggaacatcccctaaccacctatcatacc 36306211  T
Q  217 aaaacaacgtatcagctccatctccaaccctcatagccac 256  Q
    |||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||    
T  36306212 aaaacaacgtatcagaaccatctccaaccctcctagccac 36306251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 15 - 238
Target Start/End: Original strand, 37530792 - 37531015
Alignment:
Q  15 acatcaagaagtaaagccctacactccgctaacaagtcctcctcccactgccacaacctacgtctccacctccacaaaaccccccactgctccgaatcaa 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||   |||||||| ||||||||||||    
T  37530792 acatcaagaagtaaagccctacactcctctagcaacccctcctcccactgccataacctacgtctccacctccacacttccccccaccgctccgaatcaa 37530891  T
Q  115 cagataacaagtccaccacagacataaacttattctctgttaactcaaacagcctacggaaacggacacaaaaaggaacatcccctaaccacctatccaa 214  Q
    |||| | ||||||  ||||| |||||  ||||||||||||||||||||||| || ||  |  |  ||||||| |||||| |||||||||||||||||  |    
T  37530892 cagagagcaagtctgccacatacatagtcttattctctgttaactcaaacaaccgactaagtctcacacaaagaggaacctcccctaaccacctatcaga 37530991  T
Q  215 ccaaaacaacgtatcagctccatc 238  Q
    ||||||| | |||||||| |||||    
T  37530992 ccaaaacgaagtatcagccccatc 37531015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 15 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 32353211 - 32353061
Alignment:
Q  15 acatcaagaagtaaagccctacactccgctaacaagtcctcctcccactgccacaacctacgtctccacctccacaaaaccccccactgctccgaatcaa 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||| ||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||   |||||||| ||||||||||||    
T  32353211 acatcaagaagtaaagccctacactcatctagcaactcctccttccactgccataacctacgtctccacctccacacctccccccaccgctccgaatcaa 32353112  T
Q  115 cagataacaagtccaccacagacataaacttattctctgttaactcaaaca 165  Q
    |||| | ||||||  |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  32353111 cagagagcaagtcggccacggacatagacttattctctgttaactcaaaca 32353061  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 15 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 48073345 - 48073139
Alignment:
Q  15 acatcaagaagtaaagccctacactccgctaacaagtcctcctcccactgccacaacctacgtctccacctccacaaaaccccccactgctccgaatcaa 114  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||  ||| ||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||   |||||||| ||||||||||||    
T  48073345 acatcaagaagtaaagccccacactcatctagcaactcctcctcccactcccataacctacgtctccacctccacacctccccccaccgctccgaatcaa 48073246  T
Q  115 cagataacaagtccaccacagacataaacttattctctgttaactcaaacagcctacggaaacggacacaaaaaggaacatcccctaaccacctatccaa 214  Q
    |||| | ||||||  | || |||||| |||||||||||||||||||||||| ||  |  || || ||||||| |||| | ||||||| |||||||||  |    
T  48073245 cagagagcaagtcggcaacggacatagacttattctctgttaactcaaacaaccgcctaaaccgcacacaaagaggagcctcccctatccacctatcaga 48073146  T
Q  215 ccaaaac 221  Q
    |||||||    
T  48073145 ccaaaac 48073139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 15 - 99
Target Start/End: Complemental strand, 48265632 - 48265548
Alignment:
Q  15 acatcaagaagtaaagccctacactccgctaacaagtcctcctcccactgccacaacctacgtctccacctccacaaaacccccc 99  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  48265632 acatcaagaagtaaagccctacactccgctaacaactcctcctcccactgccacaacctacgtctccacctccacataacccccc 48265548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 15 - 90
Target Start/End: Complemental strand, 30970522 - 30970447
Alignment:
Q  15 acatcaagaagtaaagccctacactccgctaacaagtcctcctcccactgccacaacctacgtctccacctccaca 90  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| | ||  ||||||||||||  |||||| ||||| |||||||||||||    
T  30970522 acatcaagaagtaaggccctacactccgccaccatctcctcctcccacgcccacaatctacgcctccacctccaca 30970447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 15 - 89
Target Start/End: Complemental strand, 16873406 - 16873332
Alignment:
Q  15 acatcaagaagtaaagccctacactccgctaacaagtcctcctcccactgccacaacctacgtctccacctccac 89  Q
    |||||||| ||||||||||||  |||| |||| ||   |||||||||   |||||||||||||||||||||||||    
T  16873406 acatcaagcagtaaagccctaagctcctctaataaaatctcctcccaagcccacaacctacgtctccacctccac 16873332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 15 - 83
Target Start/End: Complemental strand, 25504907 - 25504839
Alignment:
Q  15 acatcaagaagtaaagccctacactccgctaacaagtcctcctcccactgccacaacctacgtctccac 83  Q
    |||||||| || ||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||  |||||| || || ||||||    
T  25504907 acatcaagcagaaaagccctacactccactaacatctcctcctcccacgcccacaatctccgcctccac 25504839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 192; Significance: 1e-104; HSPs: 12)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 15 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 49731846 - 49731559
Alignment:
Q  15 acatcaagaagtaaagccctacactccgctaacaagtcctcctcccactgccacaacctacgtctccacctccacaaaaccccccactgctccgaatcaa 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||    
T  49731846 acatcaagaagtaaagccctacactccgccaacaactcctcctcccactgccacaaactacgtctccacctccacataaccccccgctgctccggatcaa 49731747  T
Q  115 cagataacaagtccaccacagacataaacttattctctgttaactcaaacagcctacggaaacggacacaaaaaggaacatcccctaaccacctatccaa 214  Q
    |||| ||||||||  ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  49731746 cagagaacaagtctgccacatacatgaacttattctctgttaactcaaacagtctacgaaaacggacacaaaaaggaacatcccctaaccacctatcaaa 49731647  T
Q  215 ccaaaacaacgtatcagctccatctccaaccctcatagccacaagattaacaaaccatccactctctccagcaccaacactaccccta 302  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||| || | ||||||| ||||| |||||||||||    
T  49731646 ccaaaacaatgtgtcagctccatctccaaccctcctagccacatgatcaacaaaccagccgcactctccatcaccatcactaccccta 49731559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 141; E-Value: 6e-74
Query Start/End: Original strand, 15 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 30167258 - 30166958
Alignment:
Q  15 acatcaagaagtaaagccctacactccgctaacaagtcctcctcccactgccacaacctacgtctccacctccacaaaaccccccactgctccgaatcaa 114  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| |||  |||||||  |||||    
T  30167258 acatcaagaagtaaagtcctacactccgctaacatctcctcctcccactgccacaatctacgcctccacctccaaaaaacaccctgctgctccagatcaa 30167159  T
Q  115 cagataacaagtccaccacagacataaacttattctctgttaactcaaacagcctacggaaacggacacaaaaaggaacatcccctaaccacctatccaa 214  Q
    |||| ||||||||  ||||| |||| | |||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  30167158 cagagaacaagtctgccacaaacatgagcttattctctgttaactcaaacaatctacgaaaacggacacagaacggaacatcccctaaccacctatccaa 30167059  T
Q  215 ccaaaacaacgtatcagctccatctccaaccctcatagccacaagattaacaaaccatccactctctccagcaccaacactacccctaagacgactcacc 314  Q
    |||||||||||||||||  ||||| ||||||||| |||||||  ||  | ||||||| ||||  || ||  ||||| ||||| |||||| ||||||||||    
T  30167058 ccaaaacaacgtatcagaaccatcaccaaccctcctagccacgtgaccaccaaaccacccacagtcaccctcaccagcactatccctaatacgactcacc 30166959  T
Q  315 t 315  Q
    |    
T  30166958 t 30166958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 91; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 15 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 2813414 - 2813208
Alignment:
Q  15 acatcaagaagtaaagccctacactccgctaacaagtcctcctcccactgccacaacctacgtctccacctccacaaaaccccccactgctccgaatcaa 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||   |||||||| ||||||||||||    
T  2813414 acatcaagaagtaaagccctacactcatctagcaactcctcctcccactgccataacctacgtctccacctccacacctccccccaccgctccgaatcaa 2813315  T
Q  115 cagataacaagtccaccacagacataaacttattctctgttaactcaaacagcctacggaaacggacacaaaaaggaacatcccctaaccacctatccaa 214  Q
    |||| | ||||||  | || |||||| |||||||||||||||||||||||| ||  |  || || ||||||| |||| | ||||||| |||||||||  |    
T  2813314 cagagagcaagtcggcaacggacatagacttattctctgttaactcaaacaaccgcctaaaccgcacacaaagaggagcctcccctatccacctatcaga 2813215  T
Q  215 ccaaaac 221  Q
    |||||||    
T  2813214 ccaaaac 2813208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 15 - 221
Target Start/End: Original strand, 29309634 - 29309840
Alignment:
Q  15 acatcaagaagtaaagccctacactccgctaacaagtcctcctcccactgccacaacctacgtctccacctccacaaaaccccccactgctccgaatcaa 114  Q
    |||||||||||||| |||||||||||  ||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||   |||||||| |||||||||| |    
T  29309634 acatcaagaagtaacgccctacactcatctagcaactcctcctcccactgccataacctacgtctccacctccacacctccccccaccgctccgaatcga 29309733  T
Q  115 cagataacaagtccaccacagacataaacttattctctgttaactcaaacagcctacggaaacggacacaaaaaggaacatcccctaaccacctatccaa 214  Q
    |||| | ||||||  |||| |||||| |||||||||||||||||||||||| ||  |  || || ||||||| |||| | ||||||| |||||||||  |    
T  29309734 cagagagcaagtcggccacggacatagacttattctctgttaactcaaacaaccgcctaaaccgcacacaaagaggagcctcccctatccacctatcaga 29309833  T
Q  215 ccaaaac 221  Q
    |||||||    
T  29309834 ccaaaac 29309840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 15 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 6176392 - 6176186
Alignment:
Q  15 acatcaagaagtaaagccctacactccgctaacaagtcctcctcccactgccacaacctacgtctccacctccacaaaaccccccactgctccgaatcaa 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||| ||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||   |||||||| ||||||||||||    
T  6176392 acatcaagaagtaaagccctacactcatctagcaactcctcctcccactgctataacctacgtctccacctccacacctccccccaccgctccgaatcaa 6176293  T
Q  115 cagataacaagtccaccacagacataaacttattctctgttaactcaaacagcctacggaaacggacacaaaaaggaacatcccctaaccacctatccaa 214  Q
    |||| | ||||||  | || |||||| ||||||||||| |||||||||||| ||  |  || || ||||||| |||| | ||||||| |||||||||  |    
T  6176292 cagagagcaagtcggcgacggacatagacttattctctattaactcaaacaaccgtctaaaccgcacacaaagaggagcctcccctatccacctatcaga 6176193  T
Q  215 ccaaaac 221  Q
    |||||||    
T  6176192 ccaaaac 6176186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 15 - 126
Target Start/End: Original strand, 9379323 - 9379434
Alignment:
Q  15 acatcaagaagtaaagccctacactccgctaacaagtcctcctcccactgccacaacctacgtctccacctccacaaaaccccccactgctccgaatcaa 114  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||||||||||   |||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  9379323 acatcaagtagtaatgccctacactccgctaacatcccctcctcccactgccataacctgcgcctccacctccacaaatccccccactgctctgaatcaa 9379422  T
Q  115 cagataacaagt 126  Q
    || | |||||||    
T  9379423 catagaacaagt 9379434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 52; E-Value: 8e-21
Query Start/End: Original strand, 15 - 90
Target Start/End: Original strand, 23601999 - 23602074
Alignment:
Q  15 acatcaagaagtaaagccctacactccgctaacaagtcctcctcccactgccacaacctacgtctccacctccaca 90  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||| ||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  23601999 acatcaagaagtaaagccctacactcatctagcaactcctcctcccactgccataacctatgtctccacctccaca 23602074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 15 - 82
Target Start/End: Complemental strand, 25873022 - 25872955
Alignment:
Q  15 acatcaagaagtaaagccctacactccgctaacaagtcctcctcccactgccacaacctacgtctcca 82  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||  |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  25873022 acatcaaaaagtaaagccctacactcctctagcaacccctcctcccactgccataacctacgtctcca 25872955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 33 - 90
Target Start/End: Original strand, 8943596 - 8943653
Alignment:
Q  33 ctacactccgctaacaagtcctcctcccactgccacaacctacgtctccacctccaca 90  Q
    |||||||||||| |||| || |||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||    
T  8943596 ctacactccgcttacaaatcttcctcccacgcccacaacctacgtctccacttccaca 8943653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 15 - 89
Target Start/End: Complemental strand, 14867699 - 14867625
Alignment:
Q  15 acatcaagaagtaaagccctacactccgctaacaagtcctcctcccactgccacaacctacgtctccacctccac 89  Q
    |||||||| | ||| |||||||||||| |||| ||  |||||||||||  ||||||||| |||||||| ||||||    
T  14867699 acatcaagtattaaggccctacactcctctaataaaacctcctcccacgcccacaacctccgtctccaactccac 14867625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 23 - 61
Target Start/End: Complemental strand, 46248776 - 46248738
Alignment:
Q  23 aagtaaagccctacactccgctaacaagtcctcctccca 61  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  46248776 aagtaaagccctacactcccctaacaagtcttcctccca 46248738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 24 - 62
Target Start/End: Complemental strand, 48569944 - 48569906
Alignment:
Q  24 agtaaagccctacactccgctaacaagtcctcctcccac 62  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  48569944 agtaaagccctacactcctctaccaagtcctcctcccac 48569906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 169; Significance: 1e-90; HSPs: 12)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 169; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 15 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 15653619 - 15653319
Alignment:
Q  15 acatcaagaagtaaagccctacactccgctaacaagtcctcctcccactgccacaacctacgtctccacctccacaaaaccccccactgctccgaatcaa 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||  ||||||| ||||||    
T  15653619 acatcaagaagtaaagccctacactccgctaacatctcctcctcccactgccacaatctacgcctccacctccagaaaaccccctgctgctccaaatcaa 15653520  T
Q  115 cagataacaagtccaccacagacataaacttattctctgttaactcaaacagcctacggaaacggacacaaaaaggaacatcccctaaccacctatccaa 214  Q
    |||| ||||||||  ||| |||||| | ||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  15653519 cagagaacaagtctgccatagacatgagcttattctccgttaactcaaacagtctacgaaaacgggcacaaaaaggaacatcccctaaccacctatcaaa 15653420  T
Q  215 ccaaaacaacgtatcagctccatctccaaccctcatagccacaagattaacaaaccatccactctctccagcaccaacactacccctaagacgactcacc 314  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||  |   ||||||||| ||||  || ||  ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  15653419 ccaaaacaacgtatcagatccatctccaaccctcctagccacgtggccaacaaaccacccacaatcaccctcaccaacactatccctaagacgactcacc 15653320  T
Q  315 t 315  Q
    |    
T  15653319 t 15653319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 62 - 315
Target Start/End: Original strand, 46623966 - 46624219
Alignment:
Q  62 ctgccacaacctacgtctccacctccacaaaaccccccactgctccgaatcaacagataacaagtccaccacagacataaacttattctctgttaactca 161  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||| ||||  |||  ||||||| |||||||||| ||||||||  |||||||||| | ||||||||| |||||||||    
T  46623966 ctgccacaaactacgcctccacctccaaaaaaatccctgctgctccaaatcaacagagaacaagtctgccacagacatgagcttattctccgttaactca 46624065  T
Q  162 aacagcctacggaaacggacacaaaaaggaacatcccctaaccacctatccaaccaaaacaacgtatcagctccatctccaaccctcatagccacaagat 261  Q
    ||||| || || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||| ||||||| |||||||  ||     
T  46624066 aacagtctgcgaaaacggacacagaaaggaacatcccctaaccacctatcaaaccaaaacaacgtatcagaaccatctctaaccctcctagccacgtgac 46624165  T
Q  262 taacaaaccatccactctctccagcaccaacactacccctaagacgactcacct 315  Q
     ||||||||| ||||  || ||  | ||||||||| |||||| |||||||||||    
T  46624166 caacaaaccacccacagtcaccctcgccaacactatccctaatacgactcacct 46624219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 15 - 221
Target Start/End: Original strand, 13440279 - 13440485
Alignment:
Q  15 acatcaagaagtaaagccctacactccgctaacaagtcctcctcccactgccacaacctacgtctccacctccacaaaaccccccactgctccgaatcaa 114  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||  ||| ||| ||||||||||||| ||| || |||||||||||||||||||   |||||||| ||||||||||||    
T  13440279 acatcaagaagtaaagcccaacactcatctagcaactcctcctcccactaccataaactacgtctccacctccacacctccccccaccgctccgaatcaa 13440378  T
Q  115 cagataacaagtccaccacagacataaacttattctctgttaactcaaacagcctacggaaacggacacaaaaaggaacatcccctaaccacctatccaa 214  Q
    |||| | ||||||  | || |||||| |||||||||||||||||||||||| ||  |  || || ||||||| |||| | ||||||| |||||||||  |    
T  13440379 cagagagcaagtcggcaacggacatagacttattctctgttaactcaaacaaccgcctaaaccgcacacaaagaggagcctcccctatccacctatcaga 13440478  T
Q  215 ccaaaac 221  Q
    |||||||    
T  13440479 ccaaaac 13440485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 15 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 12378639 - 12378409
Alignment:
Q  15 acatcaagaagtaaagccctacactccgctaacaagtcctcctcccactgccacaacctacgtctccacctccacaaaaccccccactgctccgaatcaa 114  Q
    ||||||||||||   |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| || |||| |||| ||||| |||||||| ||| ||| | ||    
T  12378639 acatcaagaagt---gccctacactccgctaacatctcctcctcccactgccacaacctgcgcctccgcctcaacaaatccccccaccgcttcgacttaa 12378543  T
Q  115 cagataacaagtccaccacagacataaacttattctctgttaactcaaacagcctacggaaacggacacaaaaaggaacatcccctaaccacctatccaa 214  Q
    || | ||||| |   |||||||||| | |||||||||  ||||||||||||| ||| |  | ||  |||| | |||||||||||||| |||||||||  |    
T  12378542 caaagaacaaatttgccacagacatgatcttattctccattaactcaaacagtctatgataccgctcacagagaggaacatcccctatccacctatcata 12378443  T
Q  215 ccaaaacaacgtatcagctccatctccaaccctc 248  Q
    |||||||   ||||||||  |||| |||||||||    
T  12378442 ccaaaacgttgtatcagcctcatcaccaaccctc 12378409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 52; E-Value: 8e-21
Query Start/End: Original strand, 15 - 90
Target Start/End: Original strand, 45943077 - 45943152
Alignment:
Q  15 acatcaagaagtaaagccctacactccgctaacaagtcctcctcccactgccacaacctacgtctccacctccaca 90  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||    
T  45943077 acatcaagaagtaaagccctacactcctctagcaactcctcctcccactgccataatctacatctccacctccaca 45943152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 24 - 92
Target Start/End: Original strand, 43105546 - 43105614
Alignment:
Q  24 agtaaagccctacactccgctaacaagtcctcctcccactgccacaacctacgtctccacctccacaaa 92  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||  ||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||    
T  43105546 agtaacgccctacactctgctaacatctcctcctcccattgccacaacctgcgcctccacctccacaaa 43105614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 159 - 238
Target Start/End: Original strand, 17856106 - 17856185
Alignment:
Q  159 tcaaacagcctacggaaacggacacaaaaaggaacatcccctaaccacctatccaaccaaaacaacgtatcagctccatc 238  Q
    ||||||| |||||| || ||  ||| |||||||||||| || ||||||||||   ||||||||||||||||||| |||||    
T  17856106 tcaaacaacctacgaaaccgctcactaaaaggaacatcaccaaaccacctatgagaccaaaacaacgtatcagcaccatc 17856185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 14 - 89
Target Start/End: Original strand, 41339750 - 41339825
Alignment:
Q  14 gacatcaagaagtaaagccctacactccgctaacaagtcctcctcccactgccacaacctacgtctccacctccac 89  Q
    ||||||||  ||||||| |||||||||| |||| || ||||||||||||  ||||||||| | || ||||||||||    
T  41339750 gacatcaaatagtaaagtcctacactcctctaataattcctcctcccacgcccacaacctgcatcgccacctccac 41339825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 15 - 89
Target Start/End: Original strand, 19728713 - 19728787
Alignment:
Q  15 acatcaagaagtaaagccctacactccgctaacaagtcctcctcccactgccacaacctacgtctccacctccac 89  Q
    |||||||| |||||  ||||||||||| |||| ||  |||||||||||  ||||||||| |||||||| ||||||    
T  19728713 acatcaagtagtaagaccctacactcctctaataaaacctcctcccacgcccacaacctccgtctccaactccac 19728787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 23 - 61
Target Start/End: Complemental strand, 27724011 - 27723973
Alignment:
Q  23 aagtaaagccctacactccgctaacaagtcctcctccca 61  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  27724011 aagtaaagccctacactcccctaacaagtcttcctccca 27723973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 15 - 48
Target Start/End: Original strand, 46623931 - 46623964
Alignment:
Q  15 acatcaagaagtaaagccctacactccgctaaca 48  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  46623931 acatcaagaagtaaagccctacactctgctaaca 46623964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 15 - 83
Target Start/End: Original strand, 45992802 - 45992870
Alignment:
Q  15 acatcaagaagtaaagccctacactccgctaacaagtcctcctcccactgccacaacctacgtctccac 83  Q
    |||||||| || ||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||  |||||| || || ||||||    
T  45992802 acatcaagcagaaaagccctacactccactaacatctcctcctcccacgcccacaatctccgcctccac 45992870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 149; Significance: 1e-78; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 15 - 315
Target Start/End: Original strand, 7452578 - 7452878
Alignment:
Q  15 acatcaagaagtaaagccctacactccgctaacaagtcctcctcccactgccacaacctacgtctccacctccacaaaaccccccactgctccgaatcaa 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||  ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| | |||||||  ||||||| ||||||    
T  7452578 acatcaagaagtaaagccctacactcctctaataacacctcctcccactgccacaatctacgcctccacctccaaacaaccccctgctgctccaaatcaa 7452677  T
Q  115 cagataacaagtccaccacagacataaacttattctctgttaactcaaacagcctacggaaacggacacaaaaaggaacatcccctaaccacctatccaa 214  Q
    |||| ||||||||  |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |    
T  7452678 cagagaacaagtctgccacagacataagcttattctccgttaactcaaacagtctacgaaaacggacacagaaaggaacatcccctaaccacctatcata 7452777  T
Q  215 ccaaaacaacgtatcagctccatctccaaccctcatagccacaagattaacaaaccatccactctctccagcaccaacactacccctaagacgactcacc 314  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||  |    | |||||| ||||  || ||  ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  7452778 ccaaaacaacgtatcagaaccatctccaaccctcctagccacgtgggcgagaaaccacccacaatcaccctcaccaacactatccctaagacgactcacc 7452877  T
Q  315 t 315  Q
    |    
T  7452878 t 7452878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 15 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 16420924 - 16420719
Alignment:
Q  15 acatcaagaagtaaagccctacactccgctaacaagtcctcctcccactgccacaacctacgtctccacctccacaaaaccccccactgctccgaatcaa 114  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||  ||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||   |||||||| ||||||||||||    
T  16420924 acatcgagaagtaaagccctacgctcatctagcaactcctcctcccactgccataacctacgtctccacctccacacctccccccaccgctccgaatcaa 16420825  T
Q  115 cagataacaagtccaccacagacataaacttattctctgttaactcaaacagcctacggaaacggacacaaaaaggaacatcccctaaccacctatccaa 214  Q
    |||| | ||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||  |  || || ||||||| |||| | ||||||| |||||||||  |    
T  16420824 cagagagcaagtcggccacagacatagacttattctctgttaactcaaacaaccgcctaaaccgcacacaaagaggagcctcccctatccacctatcaga 16420725  T
Q  215 ccaaaa 220  Q
    ||||||    
T  16420724 ccaaaa 16420719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 15 - 67
Target Start/End: Complemental strand, 19384624 - 19384572
Alignment:
Q  15 acatcaagaagtaaagccctacactccgctaacaagtcctcctcccactgcca 67  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||    
T  19384624 acatcaagaagtaaagccctacactccactaacatctcctcctcccactgcca 19384572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 24 - 89
Target Start/End: Original strand, 12134563 - 12134628
Alignment:
Q  24 agtaaagccctacactccgctaacaagtcctcctcccactgccacaacctacgtctccacctccac 89  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||  ||||||| |||| | ||||||||||    
T  12134563 agtaaagccctacactcctctaccaagtcctcctcccacgcccacaacgtacgccgccacctccac 12134628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 26 - 62
Target Start/End: Complemental strand, 13879390 - 13879354
Alignment:
Q  26 taaagccctacactccgctaacaagtcctcctcccac 62  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  13879390 taaagccctacactcctctaccaagtcctcctcccac 13879354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 130; Significance: 2e-67; HSPs: 14)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 15 - 315
Target Start/End: Original strand, 45421745 - 45422046
Alignment:
Q  15 acatcaagaagtaaagccctacactccgctaacaagtcctcctcccactgccacaacctacgtctccacctccacaaaacccccca-ctgctccgaatca 113  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||| ||||  ||||  |||||||  ||||    
T  45421745 acatcaagaagaaaagccctacactccgctaacatctcctcctcccactgcgacaatctacgcctccacctccaaaaaaaacccctgctgctccagatca 45421844  T
Q  114 acagataacaagtccaccacagacataaacttattctctgttaactcaaacagcctacggaaacggacacaaaaaggaacatcccctaaccacctatcca 213  Q
    ||||| ||||||||  ||||| |||| | |||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||    
T  45421845 acagagaacaagtctgccacatacatgagcttattctctgttaactcaaacaatctacgaaaacggacacagaacggaacatcccctaaccacctatcca 45421944  T
Q  214 accaaaacaacgtatcagctccatctccaaccctcatagccacaagattaacaaaccatccactctctccagcaccaacactacccctaagacgactcac 313  Q
    ||||||||||||||||||  ||||| ||||||||| |||||||  ||  | ||||||| ||||  || ||  ||||| ||||| |||||| |||||||||    
T  45421945 accaaaacaacgtatcagaaccatcaccaaccctcctagccacgtgaccaccaaaccacccacagtcaccctcaccagcactatccctaatacgactcac 45422044  T
Q  314 ct 315  Q
    ||    
T  45422045 ct 45422046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 15 - 315
Target Start/End: Original strand, 13550350 - 13550650
Alignment:
Q  15 acatcaagaagtaaagccctacactccgctaacaagtcctcctcccactgccacaacctacgtctccacctccacaaaaccccccactgctccgaatcaa 114  Q
    |||||||||| ||||||||| |||||| ||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  13550350 acatcaagaattaaagccctgcactcctctagcaagtcctcatcccactgccataacctacgtctccacctccacacatccccccactgctccgaatcaa 13550449  T
Q  115 cagataacaagtccaccacagacataaacttattctctgttaactcaaacagcctacggaaacggacacaaaaaggaacatcccctaaccacctatccaa 214  Q
    |||| | ||||||| ||||  | ||| |||||||||||||||||||||||| || ||  || |  |||| || |||| | ||||||| ||||||||| ||    
T  13550450 cagaaagcaagtccgccacgaatatagacttattctctgttaactcaaacaaccgactaaacctcacacgaagaggagcctcccctatccacctatcgaa 13550549  T
Q  215 ccaaaacaacgtatcagctccatctccaaccctcatagccacaagattaacaaaccatccactctctccagcaccaacactacccctaagacgactcacc 314  Q
    ||||||  | ||||| || ||||| ||||| ||| |   |||  |||   ||||||| || ||  | ||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  13550550 ccaaaatgatgtatctgccccatcaccaactctcctcaacacctgatcctcaaaccagccgctaccaccaacaccaaccctacccctaagacgactcacc 13550649  T
Q  315 t 315  Q
    |    
T  13550650 t 13550650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 19 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 26894522 - 26894320
Alignment:
Q  19 caagaagtaaagccctacactccgctaacaagtcctcctcccactgccacaacctacgtctccacctccacaaaaccccccactgctccgaatcaacaga 118  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    ||||||| |||||||| |||||||    
T  26894522 caagaagtaaagccctacactcatctagcaactcctcctcccactgccataacctacgtctccacctccacaccttcccccaccgctccgaagcaacaga 26894423  T
Q  119 taacaagtccaccacagacataaacttattctctgttaactcaaacagcctacggaaacggacacaaaaaggaacatcccctaaccacctatccaaccaa 218  Q
     | ||||||    ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||  |  || || ||||||| |||| | ||||||| |||||||||  |||||    
T  26894422 gagcaagtcggtgacagacatagacttattctctgttaactcaaacaaccgcctaaaccgcacacaaagaggagcctcccctatccacctatcagaccaa 26894323  T
Q  219 aac 221  Q
    |||    
T  26894322 aac 26894320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 19 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 26899961 - 26899759
Alignment:
Q  19 caagaagtaaagccctacactccgctaacaagtcctcctcccactgccacaacctacgtctccacctccacaaaaccccccactgctccgaatcaacaga 118  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    ||||||| |||||||| |||||||    
T  26899961 caagaagtaaagccctacactcatctagcaactcctcctcccactgccataacctacgtctccacctccacaccttcccccaccgctccgaagcaacaga 26899862  T
Q  119 taacaagtccaccacagacataaacttattctctgttaactcaaacagcctacggaaacggacacaaaaaggaacatcccctaaccacctatccaaccaa 218  Q
     | ||||||    ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||  |  || || ||||||| |||| | ||||||| |||||||||  |||||    
T  26899861 gagcaagtcggtgacagacatagacttattctctgttaactcaaacaaccgcctaaaccgcacacaaagaggagcctcccctatccacctatcagaccaa 26899762  T
Q  219 aac 221  Q
    |||    
T  26899761 aac 26899759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 15 - 165
Target Start/End: Original strand, 43627725 - 43627875
Alignment:
Q  15 acatcaagaagtaaagccctacactccgctaacaagtcctcctcccactgccacaacctacgtctccacctccacaaaaccccccactgctccgaatcaa 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||   ||||||||  |||||||||||    
T  43627725 acatcaagaagtaaagccctacactcatctagcaactcctcctcccactgccataacctacgtctccacctccacacctccccccacctctccgaatcaa 43627824  T
Q  115 cagataacaagtccaccacagacataaacttattctctgttaactcaaaca 165  Q
     ||| | ||||||  ||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  43627825 tagagagcaagtcggccacgaacatagacttattctctgttaactcaaaca 43627875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 15 - 114
Target Start/End: Complemental strand, 31085551 - 31085452
Alignment:
Q  15 acatcaagaagtaaagccctacactccgctaacaagtcctcctcccactgccacaacctacgtctccacctccacaaaaccccccactgctccgaatcaa 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||    
T  31085551 acatcaagaagtaaagccctacactctgctaacagctcctcctcccactgtcacaacctgcatctccacctccacacatccccccactgctctgaatcaa 31085452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 15 - 114
Target Start/End: Original strand, 33548098 - 33548197
Alignment:
Q  15 acatcaagaagtaaagccctacactccgctaacaagtcctcctcccactgccacaacctacgtctccacctccacaaaaccccccactgctccgaatcaa 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||   |||||||| ||||||||||||    
T  33548098 acatcaagaagtaaagccctacactcatctagcaactcctcctcccactgccataacctacgtctccacctccacacctccccccaccgctccgaatcaa 33548197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 94 - 315
Target Start/End: Original strand, 13550882 - 13551103
Alignment:
Q  94 ccccccactgctccgaatcaacagataacaagtccaccacagacataaacttattctctgttaactcaaacagcctacggaaacggacacaaaaaggaac 193  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||  | ||| |||||||||||||||||||||||| || ||  || |  |||| || |||| |    
T  13550882 ccccccactgctccgaatcaacagaaagcaagtccgccacgaatatagacttattctctgttaactcaaacaaccgactaaacctcacacgaagaggagc 13550981  T
Q  194 atcccctaaccacctatccaaccaaaacaacgtatcagctccatctccaaccctcatagccacaagattaacaaaccatccactctctccagcaccaaca 293  Q
     ||||||| ||||||||| ||||||||  | ||||| || ||||| ||||| ||| |   |||  |||   ||||||| || ||  | ||| |||||||     
T  13550982 ctcccctatccacctatcgaaccaaaatgatgtatctgccccatcaccaactctcctcaacacctgatcctcaaaccagccgctaccaccaacaccaacc 13551081  T
Q  294 ctacccctaagacgactcacct 315  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  13551082 ctacccctaagacgactcacct 13551103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 15 - 73
Target Start/End: Original strand, 22052853 - 22052911
Alignment:
Q  15 acatcaagaagtaaagccctacactccgctaacaagtcctcctcccactgccacaacct 73  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||| |||||    
T  22052853 acatcaagaagtaaagccctacactcctctagcaactcctcctcccactgccataacct 22052911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 14 - 73
Target Start/End: Original strand, 36804137 - 36804196
Alignment:
Q  14 gacatcaagaagtaaagccctacactccgctaacaagtcctcctcccactgccacaacct 73  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  36804137 gacatcaaatagtaaagccctacactcctctaacaagtcctcctcccacgcccacaacct 36804196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 14 - 62
Target Start/End: Original strand, 36804352 - 36804400
Alignment:
Q  14 gacatcaagaagtaaagccctacactccgctaacaagtcctcctcccac 62  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  36804352 gacatcaaatagtaaagccctacactcctctaacaagtcctcctcccac 36804400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 155 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 22725212 - 22725129
Alignment:
Q  155 taactcaaacagcctacggaaacggacacaaaaaggaacatcccctaaccacctatccaaccaaaacaacgtatcagctccatc 238  Q
    ||||||||||| ||||||||| |  ||||||||||||||   ||| ||||| ||||| |||||||||| ||| ||||| |||||    
T  22725212 taactcaaacaacctacggaatcacacacaaaaaggaaccggccccaaccatctatcaaaccaaaacatcgtgtcagccccatc 22725129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 179 - 220
Target Start/End: Original strand, 26679225 - 26679266
Alignment:
Q  179 gacacaaaaaggaacatcccctaaccacctatccaaccaaaa 220  Q
    |||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||    
T  26679225 gacacaaaaaggaacatcaccaacccacctatccaaccaaaa 26679266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 26 - 62
Target Start/End: Original strand, 40176905 - 40176941
Alignment:
Q  26 taaagccctacactccgctaacaagtcctcctcccac 62  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  40176905 taaagccctacactcctctaccaagtcctcctcccac 40176941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0131 (Bit Score: 127; Significance: 1e-65; HSPs: 1)
Name: scaffold0131
Description:

Target: scaffold0131; HSP #1
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 141 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 4337 - 4163
Alignment:
Q  141 aacttattctctgttaactcaaacagcctacggaaacggacacaaaaaggaacatcccctaaccacctatccaaccaaaacaacgtatcagctccatctc 240  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  4337 aacttattctctattaactcaaacagcctacgaaaacggacacaaaaaggaacatcccctaaccacctatccaaccaaaacaacgtatgagctccatctc 4238  T
Q  241 caaccctcatagccacaagattaacaaaccatccactctctccagcaccaacactacccctaagacgactcacct 315  Q
    ||||||||  ||||||| ||| ||||||||| || ||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||    
T  4237 caaccctccgagccacatgatcaacaaaccaaccgctctctccatcaccatcactacccctaatacgactcacct 4163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 102; Significance: 1e-50; HSPs: 9)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 15 - 232
Target Start/End: Original strand, 25318080 - 25318297
Alignment:
Q  15 acatcaagaagtaaagccctacactccgctaacaagtcctcctcccactgccacaacctacgtctccacctccacaaaaccccccactgctccgaatcaa 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||  |||||||    
T  25318080 acatcaagaagtaaagccctacactcctctagcaactcctcctcccactgccataacctacgtatccacctccacaaatccccccaccgctttgaatcaa 25318179  T
Q  115 cagataacaagtccaccacagacataaacttattctctgttaactcaaacagcctacggaaacggacacaaaaaggaacatcccctaaccacctatccaa 214  Q
    |||||| ||||||| |||| |||||||||||||||| |||||||||||||| || ||  || |  |||| || |||| | |||| || ||||||||| ||    
T  25318180 cagatagcaagtccgccacggacataaacttattctttgttaactcaaacaaccgactaaacctcacacgaagaggagcctcccttatccacctatcgaa 25318279  T
Q  215 ccaaaacaacgtatcagc 232  Q
    ||||||| | ||||||||    
T  25318280 ccaaaacgatgtatcagc 25318297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 15 - 232
Target Start/End: Original strand, 26205574 - 26205791
Alignment:
Q  15 acatcaagaagtaaagccctacactccgctaacaagtcctcctcccactgccacaacctacgtctccacctccacaaaaccccccactgctccgaatcaa 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||  |||||||    
T  26205574 acatcaagaagtaaagccctacactcctctagcaactcctcctcccactgccataacctacgtatccacctccacaaatccccccaccgctttgaatcaa 26205673  T
Q  115 cagataacaagtccaccacagacataaacttattctctgttaactcaaacagcctacggaaacggacacaaaaaggaacatcccctaaccacctatccaa 214  Q
    |||||| ||||||| |||| |||||||||||||||| |||||||||||||| || ||  || |  |||| || |||| | |||| || ||||||||| ||    
T  26205674 cagatagcaagtccgccacggacataaacttattctttgttaactcaaacaaccgactaaacctcacacgaagaggagcctcccttatccacctatcgaa 26205773  T
Q  215 ccaaaacaacgtatcagc 232  Q
    ||||||| | ||||||||    
T  26205774 ccaaaacgatgtatcagc 26205791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 91; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 15 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 23347381 - 23347175
Alignment:
Q  15 acatcaagaagtaaagccctacactccgctaacaagtcctcctcccactgccacaacctacgtctccacctccacaaaaccccccactgctccgaatcaa 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||   |||||||| ||||||||||||    
T  23347381 acatcaagaagtaaagccctacactcatctagcaactcctcctcccactgccataacctacgtctccacctccacacctccccccaccgctccgaatcaa 23347282  T
Q  115 cagataacaagtccaccacagacataaacttattctctgttaactcaaacagcctacggaaacggacacaaaaaggaacatcccctaaccacctatccaa 214  Q
    |||| | ||||||  | || |||||| |||||||||||||||||||||||| ||  |  || || ||||||| |||| | ||||||| |||||||||  |    
T  23347281 cagagagcaagtcggcgacggacatagacttattctctgttaactcaaacaaccgcctaaaccgcacacaaagaggagcctcccctatccacctatcaga 23347182  T
Q  215 ccaaaac 221  Q
    |||||||    
T  23347181 ccaaaac 23347175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 15 - 165
Target Start/End: Original strand, 15674051 - 15674205
Alignment:
Q  15 acatcaagaagtaaagccctacactccgctaacaagtcctcctcccactgccacaacctacgtctccacctccacaaaacc----ccccactgctccgaa 110  Q
    |||||||||||||||||||| |||||  ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||    |||||  |||| |||    
T  15674051 acatcaagaagtaaagccctgcactcatctagcaactcctcctcccactgccacaacctacgtctccacctccacacctccccggccccaacgctctgaa 15674150  T
Q  111 tcaacagataacaagtccaccacagacataaacttattctctgttaactcaaaca 165  Q
    |||||||| |  |||||  ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  15674151 tcaacagagagtaagtcggccacagacatagacttattctccgttaactcaaaca 15674205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 15 - 70
Target Start/End: Original strand, 33630323 - 33630378
Alignment:
Q  15 acatcaagaagtaaagccctacactccgctaacaagtcctcctcccactgccacaa 70  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  33630323 acatcaaaaaataaagccctacactccgctaacatctcctcctcccactgccacaa 33630378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 15 - 48
Target Start/End: Original strand, 1683266 - 1683299
Alignment:
Q  15 acatcaagaagtaaagccctacactccgctaaca 48  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1683266 acatcaagaagtaaagccctacactccgctaaca 1683299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 26 - 89
Target Start/End: Original strand, 4474935 - 4474998
Alignment:
Q  26 taaagccctacactccgctaacaagtcctcctcccactgccacaacctacgtctccacctccac 89  Q
    ||||| |||| ||||| |||| || | ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  4474935 taaagtcctaaactcctctaataaattctcctcccacgcccacaacctacgtctccacctccac 4474998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 15 - 83
Target Start/End: Original strand, 19255866 - 19255934
Alignment:
Q  15 acatcaagaagtaaagccctacactccgctaacaagtcctcctcccactgccacaacctacgtctccac 83  Q
    |||||||| || ||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||  |||||| || || ||||||    
T  19255866 acatcaagcagaaaagccctacactccactaacatctcctcctcccacgcccacaatctccgcctccac 19255934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 15 - 83
Target Start/End: Original strand, 33640144 - 33640212
Alignment:
Q  15 acatcaagaagtaaagccctacactccgctaacaagtcctcctcccactgccacaacctacgtctccac 83  Q
    |||||||| || ||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||  |||||| || || ||||||    
T  33640144 acatcaagcagaaaagccctacactccactaacatctcctcctcccacgcccacaatctccgcctccac 33640212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0418 (Bit Score: 96; Significance: 4e-47; HSPs: 1)
Name: scaffold0418
Description:

Target: scaffold0418; HSP #1
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 15 - 202
Target Start/End: Original strand, 7901 - 8088
Alignment:
Q  15 acatcaagaagtaaagccctacactccgctaacaagtcctcctcccactgccacaacctacgtctccacctccacaaaaccccccactgctccgaatcaa 114  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| ||||||  |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||| ||||  ||||||| ||||||    
T  7901 acatcaagaagtaaagccatacactccactaacatctcctcctcccactgccacaatctacgcctccacctccaaaaaaacccctgctgctccaaatcaa 8000  T
Q  115 cagataacaagtccaccacagacataaacttattctctgttaactcaaacagcctacggaaacggacacaaaaaggaacatcccctaa 202  Q
    |||| ||||||||  ||| |||||| | |||||||||| ||||||||||||  ||||| ||||||||||| || ||||||||||||||    
T  8001 cagagaacaagtctgccatagacatgagcttattctctattaactcaaacaatctacgaaaacggacacagaacggaacatcccctaa 8088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0112 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0112
Description:

Target: scaffold0112; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 15 - 89
Target Start/End: Complemental strand, 15564 - 15490
Alignment:
Q  15 acatcaagaagtaaagccctacactccgctaacaagtcctcctcccactgccacaacctacgtctccacctccac 89  Q
    |||||||  |||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||  |||||| || || | ||||||||||    
T  15564 acatcaaatagtaaagccctacactcctctaacatatcctcctcccacgcccacaatctgcgacgccacctccac 15490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University