View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9985A_low_207 (Length: 273)

Name: NF9985A_low_207
Description: NF9985A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9985A_low_207
NF9985A_low_207
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (4-273)||(16847800-16848069)
chr1 (4-251)||(20965364-20965611)
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (4-273)||(5895904-5896173)
chr3 (4-273)||(16322520-16322789)
chr3 (4-273)||(18504495-18504764)
chr3 (4-273)||(22018288-22018557)
chr3 (5-197)||(11785769-11785960)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (4-269)||(24435939-24436204)
chr8 (157-273)||(24902504-24902620)
chr8 (4-82)||(24902618-24902696)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (4-273)||(22921437-22921706)
chr6 (4-273)||(24401096-24401365)
[»] scaffold0661 (1 HSPs)
scaffold0661 (4-269)||(7818-8083)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (4-273)||(14702814-14703083)
[»] scaffold0084 (1 HSPs)
scaffold0084 (4-273)||(20191-20460)
[»] scaffold0012 (1 HSPs)
scaffold0012 (4-273)||(25859-26128)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (35-273)||(34142151-34142378)
[»] scaffold0126 (1 HSPs)
scaffold0126 (4-251)||(13274-13521)
[»] scaffold0218 (1 HSPs)
scaffold0218 (4-251)||(11326-11573)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (4-251)||(13843547-13843794)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 234; Significance: 1e-129; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 4 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 16848069 - 16847800
Alignment:
Q  4 gagtttggtgttcctccaacgaatgttgatcaagaccaaaagaaactcaggcttttcccgttcactttaaacggtaaagctaaagactggttattgactt 103  Q
    |||||| ||||||||||| | |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  16848069 gagttttgtgttcctccagcaaatgttaatgaagaccaaaagaaactcaggcttttcccgttcactttaattggtaaagctaaagactggttattgactt 16847970  T
Q  104 tgcctaatgggactattcaaacatgggaggaattagagcttaagtttctagagaagtatttccctatgtccaagtacttggataagaagcaagaaataga 203  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  16847969 tgcctaatgggactattcaaacatgggaggaattagagcttaagtttctagagaagtatttccctatgtccaagtacttggataagaagcaagaaatagc 16847870  T
Q  204 aagcttccggcaaggtgaagatgaatcactttatgatgcttgggaaaggttcaatttgcttctgaagaga 273  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16847869 aagcttccggcaaggtgaaggtgaatcactttatgatgcttgggaaaggttcaatttgcttctgaagaga 16847800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 4 - 251
Target Start/End: Original strand, 20965364 - 20965611
Alignment:
Q  4 gagtttggtgttcctccaacgaatgttgatcaagaccaaaagaaactcaggcttttcccgttcactttaaacggtaaagctaaagactggttattgactt 103  Q
    |||||| ||||||||||| | ||||||  | |||| |||||||||||||| || |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  20965364 gagttttgtgttcctccagcaaatgttactgaagatcaaaagaaactcagactattcccgttcactttaaccggtaaagctaaagactggttattgactt 20965463  T
Q  104 tgcctaatgggactattcaaacatgggaggaattagagcttaagtttctagagaagtatttccctatgtccaagtacttggataagaagcaagaaataga 203  Q
    ||||||||||||| || |||| |||||| ||  | ||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||| ||||     
T  20965464 tgcctaatgggaccatccaaaaatgggatgagctggagctgaagtttttagagaagtttttccctatgtccaaatacctggataagaaacaagagatagc 20965563  T
Q  204 aagcttccggcaaggtgaagatgaatcactttatgatgcttgggaaag 251  Q
     | |||  ||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||    
T  20965564 caactttaggcaaggggaaggtgagtcactttatgatgcttgggaaag 20965611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 230; Significance: 1e-127; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 4 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 5896173 - 5895904
Alignment:
Q  4 gagtttggtgttcctccaacgaatgttgatcaagaccaaaagaaactcaggcttttcccgttcactttaaacggtaaagctaaagactggttattgactt 103  Q
    |||||| ||||||||||| | |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  5896173 gagttttgtgttcctccagcaaatgttaatgaagaccaaaagaaactcaggcttttcccgttcactttaattggtaaagctaaagactggttattgactt 5896074  T
Q  104 tgcctaatgggactattcaaacatgggaggaattagagcttaagtttctagagaagtatttccctatgtccaagtacttggataagaagcaagaaataga 203  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  5896073 tgcctaatgggactattcaaacatgggaggaattagagcttaagtttatagagaagtatttccctatgtccaagtacttggataagaagcaagaaatagc 5895974  T
Q  204 aagcttccggcaaggtgaagatgaatcactttatgatgcttgggaaaggttcaatttgcttctgaagaga 273  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5895973 aagcttccggcaaggtgaaggtgaatcactttatgatgcttgggaaaggttcaatttgcttctgaagaga 5895904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 4 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 16322789 - 16322520
Alignment:
Q  4 gagtttggtgttcctccaacgaatgttgatcaagaccaaaagaaactcaggcttttcccgttcactttaaacggtaaagctaaagactggttattgactt 103  Q
    |||||| ||||||||||| | |||||| || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  16322789 gagttttgtgttcctccagcaaatgttaatgaagaccaaaagaaactcaggctattcccgttcactttaatcggtaaagctaaagactggttattgactt 16322690  T
Q  104 tgcctaatgggactattcaaacatgggaggaattagagcttaagtttctagagaagtatttccctatgtccaagtacttggataagaagcaagaaataga 203  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  16322689 tgcctaatgggactattcaaacatgggaggaattaaagcttaagtttctagagaagtatttccctatgtccaagtacttggataagaagcaagaaatagc 16322590  T
Q  204 aagcttccggcaaggtgaagatgaatcactttatgatgcttgggaaaggttcaatttgcttctgaagaga 273  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16322589 aagcttccggcaaggtgaaggtgaatcactttatgatgcttgggaaaggttcaatttgcttctgaagaga 16322520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 4 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 18504764 - 18504495
Alignment:
Q  4 gagtttggtgttcctccaacgaatgttgatcaagaccaaaagaaactcaggcttttcccgttcactttaaacggtaaagctaaagactggttattgactt 103  Q
    |||||| ||||||||||| | |||||| || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  18504764 gagttttgtgttcctccagcaaatgttaatgaagaccaaaagaaactcaggctattcccgttcactttaatcggtaaagctaaagactggttattgactt 18504665  T
Q  104 tgcctaatgggactattcaaacatgggaggaattagagcttaagtttctagagaagtatttccctatgtccaagtacttggataagaagcaagaaataga 203  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  18504664 tgcctaatgggactattcaaacatgggaggaattatagcttaagtttctagagaagtatttccctatgtccaagtacttggataagaagcaagaaatagc 18504565  T
Q  204 aagcttccggcaaggtgaagatgaatcactttatgatgcttgggaaaggttcaatttgcttctgaagaga 273  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18504564 aagcttccggcaaggtgaaggtgaatcactttatgatgcttgggaaaggttcaatttgcttctgaagaga 18504495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 4 - 273
Target Start/End: Original strand, 22018288 - 22018557
Alignment:
Q  4 gagtttggtgttcctccaacgaatgttgatcaagaccaaaagaaactcaggcttttcccgttcactttaaacggtaaagctaaagactggttattgactt 103  Q
    |||||| ||||||||||| | ||||||  | | |||||||||||||| ||||| ||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  22018288 gagttttgtgttcctccagcaaatgttactgatgaccaaaagaaacttaggctattttcgttcactttaaccggtaaagctaaagactggttattgactt 22018387  T
Q  104 tgcctaatgggactattcaaacatgggaggaattagagcttaagtttctagagaagtatttccctatgtccaagtacttggataagaagcaagaaataga 203  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  22018388 tgcctaatgggactattcaaacatgggaagaattagagcttaagtttctagagaagtatttccctatgtccaagtacttggataagaagcaagaaatagc 22018487  T
Q  204 aagcttccggcaaggtgaagatgaatcactttatgatgcttgggaaaggttcaatttgcttctgaagaga 273  Q
    |||||| ||||||||||||  ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  22018488 aagctttcggcaaggtgaaagtgaatcattgtatgatgcttgggaaaggttcaatttgctactgaagaga 22018557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 5 - 197
Target Start/End: Original strand, 11785769 - 11785960
Alignment:
Q  5 agtttggtgttcctccaacgaatgttgatcaagaccaaaagaaactcaggcttttcccgttcactttaaacggtaaagctaaagactggttattgacttt 104  Q
    ||||| |||| |||||| | ||||||  | |||||||||||||||| | | | || || |||||||| | || ||||||||||||||||||  |||||||    
T  11785769 agttttgtgtacctccagcaaatgttactgaagaccaaaagaaactgatgttgtttcctttcactttgaccgataaagctaaagactggttgctgacttt 11785868  T
Q  105 gcctaatgggactattcaaacatgggaggaattagagcttaagtttctagagaagtatttccctatgtccaagtacttggataagaagcaaga 197  Q
     |||||||| || |||||||||||||||||  ||||||| | |||| | ||||||| ||| ||||||||||||||||| || ||||| |||||    
T  11785869 acctaatggtacaattcaaacatgggaggagctagagctgaggtttttggagaagt-tttacctatgtccaagtacttagacaagaaacaaga 11785960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 226; Significance: 1e-124; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 4 - 269
Target Start/End: Original strand, 24435939 - 24436204
Alignment:
Q  4 gagtttggtgttcctccaacgaatgttgatcaagaccaaaagaaactcaggcttttcccgttcactttaaacggtaaagctaaagactggttattgactt 103  Q
    |||||| ||||||||||| | |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  24435939 gagttttgtgttcctccagcaaatgttaatgaagaccaaaagaaactcaggcttttcccgttcacattaatcggtaaagctaaagactggttattgactt 24436038  T
Q  104 tgcctaatgggactattcaaacatgggaggaattagagcttaagtttctagagaagtatttccctatgtccaagtacttggataagaagcaagaaataga 203  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  24436039 tgcctaatgggactattcaaacatgggaggaattagagcttaagtttctagagaagtatttccctatgtccaagtacttggataagaagcaagaaatagc 24436138  T
Q  204 aagcttccggcaaggtgaagatgaatcactttatgatgcttgggaaaggttcaatttgcttctgaa 269  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  24436139 aagcttccggcaaggtgaaggtgaatcactttatgatgcttgggaaagattcaatttgcttctgaa 24436204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 157 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 24902620 - 24902504
Alignment:
Q  157 aagtatttccctatgtccaagtacttggataagaagcaagaaatagaaagcttccggcaaggtgaagatgaatcactttatgatgcttgggaaaggttca 256  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||   ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  24902620 aagtatttccctatgtccaagtacttggataagaagcaagaaatagcaagcttttagcaaggtgaaggtgaatcactttatgatgcttgcgaaagattca 24902521  T
Q  257 atttgcttctgaagaga 273  Q
    ||||| | |||||||||    
T  24902520 atttgttactgaagaga 24902504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 47; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 4 - 82
Target Start/End: Complemental strand, 24902696 - 24902618
Alignment:
Q  4 gagtttggtgttcctccaacgaatgttgatcaagaccaaaagaaactcaggcttttcccgttcactttaaacggtaaag 82  Q
    |||||| ||||||||||| | ||||||  | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  24902696 gagttttgtgttcctccagcaaatgttactgaagaccaaaagaaactcaggctattcccgttcactttaaccggtaaag 24902618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 222; Significance: 1e-122; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 4 - 273
Target Start/End: Original strand, 22921437 - 22921706
Alignment:
Q  4 gagtttggtgttcctccaacgaatgttgatcaagaccaaaagaaactcaggcttttcccgttcactttaaacggtaaagctaaagactggttattgactt 103  Q
    |||||| ||||||||||| | |||||| || |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  22921437 gagttttgtgttcctccagcaaatgttaatgaagaccaaaagaaactgaggctattcccgttcactttaatcggtaaagctaaagactggttattgactt 22921536  T
Q  104 tgcctaatgggactattcaaacatgggaggaattagagcttaagtttctagagaagtatttccctatgtccaagtacttggataagaagcaagaaataga 203  Q
    | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  22921537 ttcccaatgggactattcaaacatgggaggaattagagcttaagtttctagagaagtatttccctatgtccaagtacttggataagaagcaagaaatagc 22921636  T
Q  204 aagcttccggcaaggtgaagatgaatcactttatgatgcttgggaaaggttcaatttgcttctgaagaga 273  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22921637 aagcttccggcaaggtgaaggtgaatcactttatgatgcttgggaaaggttcaatttgcttctgaagaga 22921706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 154; E-Value: 9e-82
Query Start/End: Original strand, 4 - 273
Target Start/End: Original strand, 24401096 - 24401365
Alignment:
Q  4 gagtttggtgttcctccaacgaatgttgatcaagaccaaaagaaactcaggcttttcccgttcactttaaacggtaaagctaaagactggttattgactt 103  Q
    |||||| |||| |||||||| ||||||  | |||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||| ||| || | |||||||||||| |||| ||    
T  24401096 gagttttgtgtgcctccaacaaatgttactgaagaccaaaagaaactgaggctattccccttcacgttaaccggaaagggtaaagactggttgttgaatt 24401195  T
Q  104 tgcctaatgggactattcaaacatgggaggaattagagcttaagtttctagagaagtatttccctatgtccaagtacttggataagaagcaagaaataga 203  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||     
T  24401196 tgcctaatgggactattcaaacatgggaggagttagagcttaattttctagaaaagtatttccctatgtccaaatacttggataagaagcaagaaatagc 24401295  T
Q  204 aagcttccggcaaggtgaagatgaatcactttatgatgcttgggaaaggttcaatttgcttctgaagaga 273  Q
    |||||| |||||||| |||| ||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| |||| ||||    
T  24401296 aagctttcggcaaggggaaggtgaatcactctatgatgcctgggaaagattcaatttgctcctgaggaga 24401365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0661 (Bit Score: 218; Significance: 1e-120; HSPs: 1)
Name: scaffold0661
Description:

Target: scaffold0661; HSP #1
Raw Score: 218; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 4 - 269
Target Start/End: Original strand, 7818 - 8083
Alignment:
Q  4 gagtttggtgttcctccaacgaatgttgatcaagaccaaaagaaactcaggcttttcccgttcactttaaacggtaaagctaaagactggttattgactt 103  Q
    |||||| ||||||||||| | |||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  7818 gagttttgtgttcctccagcaaatgttaatgaagaccaaaagaaactcaggcttttaccgttcacattaataggtaaagctaaagactggttattgactt 7917  T
Q  104 tgcctaatgggactattcaaacatgggaggaattagagcttaagtttctagagaagtatttccctatgtccaagtacttggataagaagcaagaaataga 203  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  7918 tgcctaatgggactattcaaacatgggaggaattagagcttaagtttctagagaagtatttccctatgtccaagtacttggataagaagcaagaaatagc 8017  T
Q  204 aagcttccggcaaggtgaagatgaatcactttatgatgcttgggaaaggttcaatttgcttctgaa 269  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  8018 aagcttccggcaaggtgaaggtgaatcactttatgatgcttgggaaagattcaatttgcttctgaa 8083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 202; Significance: 1e-110; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 4 - 273
Target Start/End: Original strand, 14702814 - 14703083
Alignment:
Q  4 gagtttggtgttcctccaacgaatgttgatcaagaccaaaagaaactcaggcttttcccgttcactttaaacggtaaagctaaagactggttattgactt 103  Q
    |||||| ||||||||||| | ||||||  | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  14702814 gagttttgtgttcctccagcaaatgttactgaagaccaaaagaaactcaggctattcccgttcactttaaccggtaaagctaaagactagttattgactt 14702913  T
Q  104 tgcctaatgggactattcaaacatgggaggaattagagcttaagtttctagagaagtatttccctatgtccaagtacttggataagaagcaagaaataga 203  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  14702914 tgcctaatgggactattcaaacatgggaggagttagagcttaagtttctagaaaagtatttccctatgtccaagtacttggataagaagcaagaaatagc 14703013  T
Q  204 aagcttccggcaaggtgaagatgaatcactttatgatgcttgggaaaggttcaatttgcttctgaagaga 273  Q
    |||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  14703014 aagctttcggcaaggggaaggtgaatcactttatgatgcttgggaaagattcaatttgctactgaagaga 14703083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0084 (Bit Score: 186; Significance: 1e-101; HSPs: 1)
Name: scaffold0084
Description:

Target: scaffold0084; HSP #1
Raw Score: 186; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 4 - 273
Target Start/End: Original strand, 20191 - 20460
Alignment:
Q  4 gagtttggtgttcctccaacgaatgttgatcaagaccaaaagaaactcaggcttttcccgttcactttaaacggtaaagctaaagactggttattgactt 103  Q
    |||||| ||||||||||| | ||||||    |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  20191 gagttttgtgttcctccagcaaatgttacagaagaccaaaagaaactcaggctattcacgttcactttaaccggtaaagctaaagactagttattaactt 20290  T
Q  104 tgcctaatgggactattcaaacatgggaggaattagagcttaagtttctagagaagtatttccctatgtccaagtacttggataagaagcaagaaataga 203  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  20291 tgcctaatgggactattcaaacatgggaagaattagagctaaagtttctagaaaagtatttccctatgtccaagtacttggataagaagcaagaaatagc 20390  T
Q  204 aagcttccggcaaggtgaagatgaatcactttatgatgcttgggaaaggttcaatttgcttctgaagaga 273  Q
    |||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  20391 aagctttcggcaaggggaaggtgaatcactttatgatgcttgggaaagattcaatttgctactgaagaga 20460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0012 (Bit Score: 178; Significance: 4e-96; HSPs: 1)
Name: scaffold0012
Description:

Target: scaffold0012; HSP #1
Raw Score: 178; E-Value: 4e-96
Query Start/End: Original strand, 4 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 26128 - 25859
Alignment:
Q  4 gagtttggtgttcctccaacgaatgttgatcaagaccaaaagaaactcaggcttttcccgttcactttaaacggtaaagctaaagactggttattgactt 103  Q
    |||||| ||||||||||| | | ||||  | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  26128 gagttttgtgttcctccagcaactgttactgaagaccaaaagaaactcaggctattcccgttcactttaaccggtaaagctaaagattggttattaactt 26029  T
Q  104 tgcctaatgggactattcaaacatgggaggaattagagcttaagtttctagagaagtatttccctatgtccaagtacttggataagaagcaagaaataga 203  Q
    | || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  26028 taccgaatgggactattcaaacatgggaggagttagagcttaagtttctagaaaaatatttccctatgtccaagtacttggataagaagcaagaaatagc 25929  T
Q  204 aagcttccggcaaggtgaagatgaatcactttatgatgcttgggaaaggttcaatttgcttctgaagaga 273  Q
    |||||| |||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  25928 aagctttcggcaaggggaaggtgaatcactgtatgatgcttgggaaaggttcaatttgttactgaagaga 25859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 141; Significance: 5e-74; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 141; E-Value: 5e-74
Query Start/End: Original strand, 35 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 34142378 - 34142151
Alignment:
Q  35 aagaccaaaagaaactcaggcttttcccgttcactttaaacggtaaagctaaagactggttattgactttgcctaatgggactattcaaacatgggagga 134  Q
    |||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  34142378 aagaccaaaagaaacttaggctatttccgttcactttaaccggtaaagctaaagactggttattgactttgcctaatgggactattcaaacatgggaaga 34142279  T
Q  135 attagagcttaagtttctagagaagtatttccctatgtccaagtacttggataagaagcaagaaatagaaagcttccggcaaggtgaagatgaatcactt 234  Q
    ||||||||| |||||||           |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||   ||||||| |     
T  34142278 attagagctgaagtttc-----------ttccctatgtccaagtacttggataagaagcaagaaatagcaagctttcggcaaggtgagagtgaatcattg 34142190  T
Q  235 tatgatgcttgggaaaggttcaatttgcttctgaagaga 273  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  34142189 tatgatgcttgggaaaggttcaatttgccactgaagaga 34142151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0126 (Bit Score: 128; Significance: 3e-66; HSPs: 1)
Name: scaffold0126
Description:

Target: scaffold0126; HSP #1
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 4 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 13521 - 13274
Alignment:
Q  4 gagtttggtgttcctccaacgaatgttgatcaagaccaaaagaaactcaggcttttcccgttcactttaaacggtaaagctaaagactggttattgactt 103  Q
    |||||| ||||||||||| | ||||||  | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |    
T  13521 gagttttgtgttcctccagcaaatgttactgaagaccaaaagaaactcaggctattcccgttcactttaaccggtaaagctaaagactggttattgacat 13422  T
Q  104 tgcctaatgggactattcaaacatgggaggaattagagcttaagtttctagagaagtatttccctatgtccaagtacttggataagaagcaagaaataga 203  Q
    | ||||||||||| || ||||||||||| ||  | ||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||     
T  13421 ttcctaatgggaccatccaaacatgggatgagctggagctgaagtttttagagaagtttttccctatgtccaagtacctggataagaaacaagagatagc 13322  T
Q  204 aagcttccggcaaggtgaagatgaatcactttatgatgcttgggaaag 251  Q
     | |||  ||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||    
T  13321 caactttaggcaaggggaaggtgagtcactttatgatgcttgggaaag 13274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0218 (Bit Score: 120; Significance: 2e-61; HSPs: 1)
Name: scaffold0218
Description:

Target: scaffold0218; HSP #1
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 4 - 251
Target Start/End: Original strand, 11326 - 11573
Alignment:
Q  4 gagtttggtgttcctccaacgaatgttgatcaagaccaaaagaaactcaggcttttcccgttcactttaaacggtaaagctaaagactggttattgactt 103  Q
    |||||| ||||||||||| | ||| ||  | || || |||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  11326 gagttttgtgttcctccagcaaattttagtgaacacaaaaagaaactcaggctattcccgttcactttaaccggtaaagctaaagactggttattgactt 11425  T
Q  104 tgcctaatgggactattcaaacatgggaggaattagagcttaagtttctagagaagtatttccctatgtccaagtacttggataagaagcaagaaataga 203  Q
    | ||||||| ||| |||||||||||||| || ||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||| | |||||||| ||||| ||||     
T  11426 ttcctaatgagaccattcaaacatgggatgagttagagcttaagtttttatagaagtttttccctatgtccaagtacctagataagaaacaagagatagc 11525  T
Q  204 aagcttccggcaaggtgaagatgaatcactttatgatgcttgggaaag 251  Q
     | |||  ||||||| |||| ||| ||||||||||||| |||||||||    
T  11526 caactttaggcaaggggaaggtgagtcactttatgatgattgggaaag 11573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 116; Significance: 4e-59; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 4 - 251
Target Start/End: Original strand, 13843547 - 13843794
Alignment:
Q  4 gagtttggtgttcctccaacgaatgttgatcaagaccaaaagaaactcaggcttttcccgttcactttaaacggtaaagctaaagactggttattgactt 103  Q
    |||||| ||||||||||| | ||||||  | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  13843547 gagttttgtgttcctccagcaaatgttactgaagaccaaaagaaactcaggctattcccgttcactttaaccggtaaagctaaagactggttattgactt 13843646  T
Q  104 tgcctaatgggactattcaaacatgggaggaattagagcttaagtttctagagaagtatttccctatgtccaagtacttggataagaagcaagaaataga 203  Q
    |||| |||||||| || |||||||| || || || || || |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||  ||||     
T  13843647 tgccgaatgggaccatccaaacatgagatgagttggacctgaagtttttagagaagtttttccctatgtccaagtacctggataagaaacaagggatagc 13843746  T
Q  204 aagcttccggcaaggtgaagatgaatcactttatgatgcttgggaaag 251  Q
     | |||   ||| || |||| ||| |||||||||||||||||||||||    
T  13843747 caactttatgcacggggaaggtgagtcactttatgatgcttgggaaag 13843794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University