View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9985A_low_26 (Length: 429)

Name: NF9985A_low_26
Description: NF9985A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9985A_low_26
NF9985A_low_26
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (1-226)||(5444162-5444386)
chr4 (214-417)||(5444422-5444624)
chr4 (214-416)||(11814847-11815047)
chr4 (155-228)||(55850266-55850339)
chr4 (158-228)||(11814703-11814773)
[»] chr5 (8 HSPs)
chr5 (1-228)||(35305105-35305331)
chr5 (17-225)||(21256058-21256266)
chr5 (214-403)||(21256349-21256539)
chr5 (215-407)||(17823254-17823446)
chr5 (214-416)||(41949572-41949773)
chr5 (214-281)||(35304957-35305024)
chr5 (288-416)||(15543886-15544014)
chr5 (311-403)||(43233662-43233753)
[»] chr2 (6 HSPs)
chr2 (17-225)||(24038897-24039105)
chr2 (17-225)||(31269953-31270161)
chr2 (214-403)||(24039188-24039377)
chr2 (214-403)||(31269681-31269870)
chr2 (215-281)||(36316583-36316650)
chr2 (378-416)||(36316521-36316559)
[»] chr8 (7 HSPs)
chr8 (17-230)||(26174863-26175071)
chr8 (214-403)||(26175147-26175339)
chr8 (17-225)||(7275636-7275841)
chr8 (1-173)||(4677316-4677489)
chr8 (214-403)||(7275363-7275553)
chr8 (215-259)||(4677507-4677551)
chr8 (11-91)||(29864914-29864994)
[»] scaffold0525 (2 HSPs)
scaffold0525 (17-225)||(6414-6622)
scaffold0525 (254-403)||(2248-2396)
[»] chr7 (9 HSPs)
chr7 (17-225)||(41832044-41832252)
chr7 (53-230)||(34512297-34512473)
chr7 (5-197)||(7734740-7734931)
chr7 (214-403)||(34512552-34512746)
chr7 (214-403)||(41832335-41832525)
chr7 (214-416)||(7737011-7737212)
chr7 (215-416)||(219252-219448)
chr7 (153-222)||(7736902-7736971)
chr7 (328-408)||(23612133-23612213)
[»] chr1 (6 HSPs)
chr1 (17-225)||(18703515-18703723)
chr1 (17-225)||(9906309-9906514)
chr1 (215-389)||(35267719-35267893)
chr1 (155-228)||(35267989-35268062)
chr1 (214-416)||(9906026-9906226)
chr1 (214-304)||(18703387-18703478)
[»] scaffold1412 (2 HSPs)
scaffold1412 (17-230)||(268-482)
scaffold1412 (214-367)||(2-155)
[»] scaffold0001 (2 HSPs)
scaffold0001 (17-230)||(145127-145341)
scaffold0001 (214-403)||(144862-145053)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (17-230)||(6823540-6823753)
chr6 (214-403)||(6823236-6823427)
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (17-230)||(42657287-42657499)
chr3 (214-403)||(4607167-4607356)
chr3 (158-228)||(10745186-10745256)
chr3 (240-281)||(10745351-10745392)
chr3 (214-281)||(42656484-42656551)
[»] scaffold0263 (1 HSPs)
scaffold0263 (214-416)||(22628-22823)
[»] scaffold0862 (1 HSPs)
scaffold0862 (311-403)||(49-141)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 178; Significance: 7e-96; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 178; E-Value: 7e-96
Query Start/End: Original strand, 1 - 226
Target Start/End: Original strand, 5444162 - 5444386
Alignment:
Q  1 tttttatatctcttgtaaccttggtcttgttgcttcatggtacctttgttgcgaagtttgttcaacatatgacctccttccattgtagattttggccttt 100  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||    
T  5444162 tttttatatctcttggaaccttggtcttgttgcttcatggtgcctttggtgtgaagtttgttcaacatatgatctccttccattgaagattttggccctt 5444261  T
Q  101 ccttgcacttctttttcttttggatatcatcattgattttggatatcctagtttttcttgtcttgtgcttctgttcatgatggatcagccatgttgataa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  5444262 ccttgcacttctttttcttttggatatcatcattgattttggatatccttg-ttttcttgtcttctgcttctgttcatgatggatcagccatgttgatac 5444360  T
Q  201 gcttccgtcatgaatggttaagcgtt 226  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  5444361 gcttccgtcatgaatggttaagcgtt 5444386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 214 - 417
Target Start/End: Original strand, 5444422 - 5444624
Alignment:
Q  214 atggttaagcgttgtgccttaattggctttgttgatgattgcttctaccagatggtggttaagcgttgcattgatgcttcttccttcaattggttcaacc 313  Q
    ||||||||||||||||||||   |||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||| || ||| |||    
T  5444422 atggttaagcgttgtgccttttatggctttgttgatgttggcttctaccggatggtggttaagcgttgctttgttgcttcttcctccaaatgattccacc 5444521  T
Q  314 ttgagttgtggttgcttcttgttggataagcacttgtttgatgactatgtttttagccgatgtgtttccagcatctttccttgtattttcatttgcttga 413  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||||||| ||| ||| || ||||| | || |||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  5444522 ttgagttgtggtttcctcttgttggataagcatttggttgttg-ctatgctcttggccgatgtatttccggcatctttacttgtattttcatttgcttga 5444620  T
Q  414 tgtc 417  Q
    ||||    
T  5444621 tgtc 5444624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 214 - 416
Target Start/End: Original strand, 11814847 - 11815047
Alignment:
Q  214 atggttaagcgttgtgccttaattggctttgttgatgattgcttctaccagatggtggttaagcgttgcattgatgcttcttccttcaattggttcaacc 313  Q
    |||||||||||||||| |||   |||||||||   || |||||||||||| |||||||||||||||||  ||| |||||||| | ||||  |||| ||||    
T  11814847 atggttaagcgttgtgtcttttatggctttgtgcttgcttgcttctaccatatggtggttaagcgttgttttgttgcttctt-catcaagcggttaaacc 11814945  T
Q  314 ttgagttgtggttgcttcttgttggataagcacttgtttgatgactatgtttttagccgatgtgtttccagcatctttccttgtattttcatttgcttga 413  Q
    ||||||||||||| | ||| |||||||||||| ||| ||| || ||||| | || ||||||    |||| |||||| | |||||||||||||||| ||||    
T  11814946 ttgagttgtggtttcctctggttggataagcatttggttgttg-ctatgctcttggccgataaacttccggcatctctacttgtattttcatttgtttga 11815044  T
Q  414 tgt 416  Q
    |||    
T  11815045 tgt 11815047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 155 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 55850339 - 55850266
Alignment:
Q  155 ttcttgtcttgtgcttctgttcatgatggatcagccatgttgataagcttccgtcatgaatggttaagcgttgt 228  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||    
T  55850339 ttcttgtcttgtgcttctgttcatgatggttaagacatgttgatatgcttccatcatgaatggttaagcgttgt 55850266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 158 - 228
Target Start/End: Original strand, 11814703 - 11814773
Alignment:
Q  158 ttgtcttgtgcttctgttcatgatggatcagccatgttgataagcttccgtcatgaatggttaagcgttgt 228  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||| ||||||||||||||  |||||||    
T  11814703 ttgtcttgtgcttctgttcatgatggttaagccatgttgataggctttcgtcatgaatggtttggcgttgt 11814773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 164; Significance: 2e-87; HSPs: 8)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 1 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 35305331 - 35305105
Alignment:
Q  1 tttttatatctcttgtaaccttggtcttgttgcttcatggtacctttgttgcgaagtttgttcaacatatgacctccttccattgtagattttggccttt 100  Q
    ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||    
T  35305331 tttttatatctcttggaaccttgatcttgttgcttcagggtacctttggtgtgaagtttgttcaacatatgacctccttccattgtagattttgaccctt 35305232  T
Q  101 ccttgcacttctttttcttttggatatcatcattgattttggatatcctagtttttcttgtcttgtgcttctgttcatgatggatcagccatgttgataa 200  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||     
T  35305231 ccttgcacttctttttc-tttggatatcatcattgattttggatatccttgtatttcttgtcttgtgcttctgttcatgatggttaagacatgttgatat 35305133  T
Q  201 gcttccgtcatgaatggttaagcgttgt 228  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  35305132 gcttccgtcatgaatagttaagcgttgt 35305105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 17 - 225
Target Start/End: Original strand, 21256058 - 21256266
Alignment:
Q  17 aaccttggtcttgttgcttcatggtacctttgttgcgaagtttgttcaacatatgacctccttccattgtagattttggcctttccttgcacttcttttt 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||    
T  21256058 aaccttggtcttgttgcttcatggtacctttggtgtgcagtttgttcaacatatgacctccttccattgtaaactttggcccttccttgcacttcttttt 21256157  T
Q  117 cttttggatatcatcattgattttggatatcctagtttttcttgtcttgtgcttctgttcatgatggatcagccatgttgataagcttccgtcatgaatg 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||   | ||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||| ||||| ||||    
T  21256158 cttttggatatcatcattgattttggatatccttactcttcttgtcttgtgcttctgttcatgatggttaagctatgttgataagcttctgtcataaatg 21256257  T
Q  217 gttaagcgt 225  Q
    |||||||||    
T  21256258 gttaagcgt 21256266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 214 - 403
Target Start/End: Original strand, 21256349 - 21256539
Alignment:
Q  214 atggttaagcgttgtgccttaatt-ggctttgttgatgattg-cttctaccagatggtggttaagcgttgcattgatgcttcttccttcaattggttcaa 311  Q
    ||||||||||||||||||||  |  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||| ||| |||||  |    
T  21256349 atggttaagcgttgtgcctttttaaggctttgttgatgattggcttctaccagatggtggttaagcgttggtttgttgcttcttcctccaagtggttaca 21256448  T
Q  312 ccttgagttgtggttgcttcttgttggataagcacttgtttgatgactatgtttttagccgatgtgtttccagcatctttccttgtattttc 403  Q
    ||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||| ||| || ||||||| || ||| |||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  21256449 ccttgagttgtggtttcctcttgttggataagcatttgattgttg-ctatgttcttggccaatgtatttctagcatctttccttgtattttc 21256539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 81; E-Value: 6e-38
Query Start/End: Original strand, 215 - 407
Target Start/End: Original strand, 17823254 - 17823446
Alignment:
Q  215 tggttaagcgttgtgccttaattggctttgttgatgattgcttctaccagatggtggttaagcgttgcattgatgcttcttccttcaattggttcaacct 314  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||   ||||     |||||| ||||| ||||  ||| ||||||||||| ||| ||||| |||||    
T  17823254 tggttaagcgttgtgccttaatcggctttgttgatgataatttctgttgaatggtgattaagggttgatttgttgcttcttcctccaagtggttaaacct 17823353  T
Q  315 tgagttgtggttgcttcttgttggataagcacttgtttgatgactatgtttttagccgatgtgtttccagcatctttccttgtattttcattt 407  Q
    ||| || ||||| |||||||||| ||||||| ||| ||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||    
T  17823354 tgaattatggtttcttcttgttgaataagcatttgcttgttgactatgcttttagccgatgtatttccagcatctctcattgtattttcattt 17823446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 79; E-Value: 9e-37
Query Start/End: Original strand, 214 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 41949773 - 41949572
Alignment:
Q  214 atggttaagcgttgtgccttaattggctttgttgatgattgcttctaccagatggtggttaagcgttgcattgatgcttcttccttcaattggttcaacc 313  Q
    ||||||||||||||||||||   ||||||||| |||| | ||||||||| ||||||||||||| ||||  ||| ||||||||||| ||| |||||  ||     
T  41949773 atggttaagcgttgtgccttttatggctttgtcgatgttggcttctaccggatggtggttaagtgttggtttgttgcttcttcctccaagtggttacaca 41949674  T
Q  314 ttgagttgtggttgcttcttgttggataagcacttgtttgatgactatgtttttagccgatgtgtttccagcatctttccttgtattttcatttgcttga 413  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||||||| ||| ||| || || |  | || |||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41949673 ttgagttgtggtttcctcttgttggataagcatttggttgctg-ctcttctcttggccgatatatttccggcatctttccttgtattttcatttgcttga 41949575  T
Q  414 tgt 416  Q
    |||    
T  41949574 tgt 41949572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 214 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 35305024 - 35304957
Alignment:
Q  214 atggttaagcgttgtgccttaattggctttgttgatgattgcttctaccagatggtggttaagcgttg 281  Q
    ||||||||||||||||||||   ||||||||| | || ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  35305024 atggttaagcgttgtgccttttatggctttgtggttgtttgcttctaccggatggtggttaagcgttg 35304957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 288 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 15544014 - 15543886
Alignment:
Q  288 tgcttcttccttcaattggttcaaccttgagttgtggttgcttcttgttggataagcacttgtttgatgactatgtttttagccgatgtgtttccagcat 387  Q
    ||||||||||| |||  || | |||||| |||||||||| ||| |||||||||||||| | | ||||||||||||||   | | ||||| |||   ||||    
T  15544014 tgcttcttcctccaagcgggtaaaccttaagttgtggtttctttttgttggataagcattcgcttgatgactatgttgacaactgatgtatttttggcat 15543915  T
Q  388 ctttccttgtattttcatttgcttgatgt 416  Q
     | |||||||||||||||||| |||||||    
T  15543914 ttctccttgtattttcatttgtttgatgt 15543886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 311 - 403
Target Start/End: Original strand, 43233662 - 43233753
Alignment:
Q  311 accttgagttgtggttgcttcttgttggataagcacttgtttgatgactatgtttttagccgatgtgtttccagcatctttccttgtattttc 403  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||| ||| || ||||  | || | |||||| ||||| | ||||||||||||||||||    
T  43233662 accttgagttgtggtttcctcttgttggataagcatttggttgttg-ctattctcttggtcgatgtatttccggtatctttccttgtattttc 43233753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 149; Significance: 1e-78; HSPs: 6)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 17 - 225
Target Start/End: Original strand, 24038897 - 24039105
Alignment:
Q  17 aaccttggtcttgttgcttcatggtacctttgttgcgaagtttgttcaacatatgacctccttccattgtagattttggcctttccttgcacttcttttt 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||    
T  24038897 aaccttggtcttgttgcttcatggtacctttggtgtgcagtttgttcaacatatgacctccttccattgtaaactttggcccttccttgcacttcttttt 24038996  T
Q  117 cttttggatatcatcattgattttggatatcctagtttttcttgtcttgtgcttctgttcatgatggatcagccatgttgataagcttccgtcatgaatg 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||   | ||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||| ||||| ||||    
T  24038997 cttttggatatcatcattgattttggatatccttactcttcttgtcttgtgcttctgttcatgatggttaagctatgttgataagcttctgtcataaatg 24039096  T
Q  217 gttaagcgt 225  Q
    |||||||||    
T  24039097 gttaagcgt 24039105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 133; E-Value: 5e-69
Query Start/End: Original strand, 17 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 31270161 - 31269953
Alignment:
Q  17 aaccttggtcttgttgcttcatggtacctttgttgcgaagtttgttcaacatatgacctccttccattgtagattttggcctttccttgcacttcttttt 116  Q
    ||||||| | ||||||||| |||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||    
T  31270161 aaccttgtttttgttgctttatggtacctttggtgtgtagtttgttcaacatatgacctccttccattgtaaactttggcccttccttgcacttcttttt 31270062  T
Q  117 cttttggatatcatcattgattttggatatcctagtttttcttgtcttgtgcttctgttcatgatggatcagccatgttgataagcttccgtcatgaatg 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||   | ||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||  ||||| ||||    
T  31270061 cttttggatatcatcattgattttggatatccttactcttcttgtcttgtgcttctgttcatgatggttaagctatgttgataagcttttgtcattaatg 31269962  T
Q  217 gttaagcgt 225  Q
    |||||||||    
T  31269961 gttaagcgt 31269953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 91; E-Value: 6e-44
Query Start/End: Original strand, 214 - 403
Target Start/End: Original strand, 24039188 - 24039377
Alignment:
Q  214 atggttaagcgttgtgccttaattggctttgttgatgattg-cttctaccagatggtggttaagcgttgcattgatgcttcttccttcaattggttcaac 312  Q
    ||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||| ||| |||||  ||    
T  24039188 atggttaagcgttgtgccttttaaggctttgttgatgattggcttctaccagatggtggttaagcgttggtttgttgcttcttcctccaagtggttacac 24039287  T
Q  313 cttgagttgtggttgcttcttgttggataagcacttgtttgatgactatgtttttagccgatgtgtttccagcatctttccttgtattttc 403  Q
    |||||||||||||| | |||||||||||||||| ||| ||| || ||||||| || ||| |||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  24039288 cttgagttgtggtttcctcttgttggataagcatttgattgttg-ctatgttcttggccaatgtatttctagcatctttccttgtattttc 24039377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 214 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 31269870 - 31269681
Alignment:
Q  214 atggttaagcgttgtgccttaattggctttgttgatgattg-cttctaccagatggtggttaagcgttgcattgatgcttcttccttcaattggttcaac 312  Q
    ||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||   || ||||||||||| ||| |||||  ||    
T  31269870 atggttaagcgttgtgccttttaaggctttgttgatgattggcttctaccagatggtggttaagcgttggtctgttgcttcttcctccaagtggttacac 31269771  T
Q  313 cttgagttgtggttgcttcttgttggataagcacttgtttgatgactatgtttttagccgatgtgtttccagcatctttccttgtattttc 403  Q
    |||||||||||||| | |||||||||||||||| ||| ||| || ||||||| || ||| |||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  31269770 cttgagttgtggtttcctcttgttggataagcatttgattgttg-ctatgttcttggccaatgtatttctagcatctttccttgtattttc 31269681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 215 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 36316650 - 36316583
Alignment:
Q  215 tggttaagcgttgtgccttaattggctttgtt-gatgattgcttctaccagatggtggttaagcgttg 281  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36316650 tggttaagcgttgtgccttaattggctttgttggttgtttgcttctaccagatggtggttaagcgttg 36316583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 378 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 36316559 - 36316521
Alignment:
Q  378 tttccagcatctttccttgtattttcatttgcttgatgt 416  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36316559 tttccagcatctttccttgtattttcatttgcttgatgt 36316521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 148; Significance: 6e-78; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 148; E-Value: 6e-78
Query Start/End: Original strand, 17 - 230
Target Start/End: Original strand, 26174863 - 26175071
Alignment:
Q  17 aaccttggtcttgttgcttcatggtacctttgttgcgaagtttgttcaacatatgacctccttccattgtagattttggcctttccttgcacttcttttt 116  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||     
T  26174863 aaccttggtcttgtcacttcatggtacctttggtgtgacgtttgttcaacatatgacctccttccattgtagattttggcccttccttgcacttctttt- 26174961  T
Q  117 cttttggatatcatcattgattttggatatcctagttttt-cttgtcttgtgcttctgttcatgatggatcagccatgttgataagcttccgtcatgaat 215  Q
         |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  26174962 -----ggatatcatcattgattttggatatccttgttttttcttgttttgtgcttctgttcatgatggatcagccatgttgataagctttcgtcatgaat 26175056  T
Q  216 ggttaagcgttgtgc 230  Q
    |||||||||||||||    
T  26175057 ggttaagcgttgtgc 26175071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 214 - 403
Target Start/End: Original strand, 26175147 - 26175339
Alignment:
Q  214 atggttaagcgttgtgccttaattggctttgttgatgattgcttctaccagatggtggttaagcgttgcattgatgcttcttccttcaattggttcaacc 313  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |    
T  26175147 atggttaagcgtggtgccttaattggctttgttgatgattgcttctaccggatggtggttaagcgttgctttgatgcttcttccttcaattggttcaatc 26175246  T
Q  314 ttgagttgtggttgcttcttgttggataagcacttgtttgatgacta---tgtttttagccgatgtgtttccagcatctttccttgtattttc 403  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   | ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  26175247 ttgagttttggttgcttcttgttggataagcacttgtttgatgactattttttttttagccgatgtgttcccggcatctttccttgtattttc 26175339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 131; E-Value: 8e-68
Query Start/End: Original strand, 17 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 7275841 - 7275636
Alignment:
Q  17 aaccttggtcttgttgcttcatggtacctttgttgcgaagtttgttcaacatatgacctccttccattgtagattttggcctttccttgcacttcttttt 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||   |||    
T  7275841 aaccttggtcttgttgcttcatggtacctttgatgtgcagtttgttcaacatatgacctccttccattgtaaactttggcccttccttgcactt---ttt 7275745  T
Q  117 cttttggatatcatcattgattttggatatcctagtttttcttgtcttgtgcttctgttcatgatggatcagccatgttgataagcttccgtcatgaatg 216  Q
    |||||||| ||||||||||||||| ||||||||   | ||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  7275744 cttttggagatcatcattgattttagatatccttactcttcttgtcttgtgcttctgttcatgatggttaagctatgttgataagcttctgtcatgaatg 7275645  T
Q  217 gttaagcgt 225  Q
    |||||||||    
T  7275644 gttaagcgt 7275636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 126; E-Value: 8e-65
Query Start/End: Original strand, 1 - 173
Target Start/End: Original strand, 4677316 - 4677489
Alignment:
Q  1 tttttatatctcttgtaaccttggtcttgttgcttcatggtacctttgttgcgaagtttgttcaacatatgacctccttccattgtagattttggccttt 100  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  4677316 tttttatatctcttggaaccttggtcttgttgcttcatggtacctttggtgtgaagtttattcaacatatgacctccttccattgtagattttggccctt 4677415  T
Q  101 ccttgcacttctttttcttttggatatcatcattga-ttttggatatcctagtttttcttgtcttgtgcttctg 173  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |  || |||||||||||||    
T  4677416 ccttgcacttctttttcttttggatatcatcattgatttttggatatccttgttctctttttcttgtgcttctg 4677489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 64; E-Value: 8e-28
Query Start/End: Original strand, 214 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 7275553 - 7275363
Alignment:
Q  214 atggttaagcgttgtgccttaattggctttgttgatgattg-cttctaccagatggtggttaagcgttgcattgatgcttcttccttcaa-ttggttcaa 311  Q
    |||||||||| |||||||||    ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||  ||| ||||||||||| |||  || ||  |    
T  7275553 atggttaagcattgtgccttttaaggctttgttgatgattggcttctaccggatggtggttaagcgttggtttgctgcttcttcctccaaggtgattaca 7275454  T
Q  312 ccttgagttgtggttgcttcttgttggataagcacttgtttgatgactatgtttttagccgatgtgtttccagcatctttccttgtattttc 403  Q
    ||||||||||||||| | |||||||||||||||  ||| ||| || ||||||| || ||| |||| ||||  ||||||||||||||||||||    
T  7275453 ccttgagttgtggtttcctcttgttggataagcctttgattgttg-ctatgttcttggccaatgtatttctggcatctttccttgtattttc 7275363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 215 - 259
Target Start/End: Original strand, 4677507 - 4677551
Alignment:
Q  215 tggttaagcgttgtgccttaattggctttgttgatgattgcttct 259  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4677507 tggttaagcgttgtgccttaattggctttgttgatgattgcttct 4677551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 11 - 91
Target Start/End: Complemental strand, 29864994 - 29864914
Alignment:
Q  11 tcttgtaaccttggtcttgttgcttcatggtacctttgttgcgaagtttgttcaacatatgacctccttccattgtagatt 91  Q
    ||||| ||| ||||| ||| |||| ||||| ||||| | || |||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  29864994 tcttggaactttggtattggtgctacatggaaccttaggtgtgaagtttgtctaacatatgatctccttccattgtagatt 29864914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0525 (Bit Score: 145; Significance: 4e-76; HSPs: 2)
Name: scaffold0525
Description:

Target: scaffold0525; HSP #1
Raw Score: 145; E-Value: 4e-76
Query Start/End: Original strand, 17 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 6622 - 6414
Alignment:
Q  17 aaccttggtcttgttgcttcatggtacctttgttgcgaagtttgttcaacatatgacctccttccattgtagattttggcctttccttgcacttcttttt 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |  | ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||    
T  6622 aaccttggtcttgttgcttcatggtacctttggtatgcagtttgttcaacatatgacctccttccattgtaaactttggcccttccttgcacttcttttt 6523  T
Q  117 cttttggatatcatcattgattttggatatcctagtttttcttgtcttgtgcttctgttcatgatggatcagccatgttgataagcttccgtcatgaatg 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||   | ||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||  ||||||||||    
T  6522 cttttggatatcatcattgattttggatatccttactcttcttgtcttgtgcttctgttcatgatggttaagctatgttgataagcttttgtcatgaatg 6423  T
Q  217 gttaagcgt 225  Q
    |||||||||    
T  6422 gttaagcgt 6414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0525; HSP #2
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 254 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 2396 - 2248
Alignment:
Q  254 gcttctaccagatggtggttaagcgttgcattgatgcttcttccttcaattggttcaaccttgagttgtggttgcttcttgttggataagcacttgtttg 353  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||  ||| ||||||||||| ||| || ||  |||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||| |||    
T  2396 gcttctaccggatggtggttaagcgttggtttgttgcttcttcctccaagtgattacaccttgagttgtggtttcctcttgttggataagcatttgattg 2297  T
Q  354 atgactatgtttttagccgatgtgtttccagcatctttccttgtattttc 403  Q
     || ||||||| || ||| |||| |||||| |||||||||||||| ||||    
T  2296 ttg-ctatgttcttggccaatgtatttccaacatctttccttgtactttc 2248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 145; Significance: 4e-76; HSPs: 9)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 145; E-Value: 4e-76
Query Start/End: Original strand, 17 - 225
Target Start/End: Original strand, 41832044 - 41832252
Alignment:
Q  17 aaccttggtcttgttgcttcatggtacctttgttgcgaagtttgttcaacatatgacctccttccattgtagattttggcctttccttgcacttcttttt 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |  | ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||    
T  41832044 aaccttggtcttgttgcttcatggtacctttggtatgcagtttgttcaacatatgacctccttccattgtaaactttggcccttccttgcacttcttttt 41832143  T
Q  117 cttttggatatcatcattgattttggatatcctagtttttcttgtcttgtgcttctgttcatgatggatcagccatgttgataagcttccgtcatgaatg 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||   | ||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||| ||||| ||||    
T  41832144 cttttggatatcatcattgattttggatatccttactcttcttgtcttgtgcttctgttcatgatggttaagctatgttgataagcttctgtcataaatg 41832243  T
Q  217 gttaagcgt 225  Q
    |||||||||    
T  41832244 gttaagcgt 41832252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 138; E-Value: 5e-72
Query Start/End: Original strand, 53 - 230
Target Start/End: Original strand, 34512297 - 34512473
Alignment:
Q  53 gaagtttgttcaacatatgacctccttccattgtagattttggcctttccttgcacttctttttcttttggatatcatcattgattttggatatcctagt 152  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  34512297 gaagtttgttcaacatatgacctccttccattgtagactttggcccttccttgcacttctttt-cttttggatatcatcattgattttggatatccttgt 34512395  T
Q  153 ttttcttgtcttgtgcttctgttcatgatggatcagccatgttgataagcttccgtcatgaatggttaagcgttgtgc 230  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  34512396 ttttcttgtcttgtgcttctgttcatgatggttaagctatgttaataagcttctgtcatgaatggttaagcgttgtgc 34512473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 121; E-Value: 7e-62
Query Start/End: Original strand, 5 - 197
Target Start/End: Original strand, 7734740 - 7734931
Alignment:
Q  5 tatatctcttgtaaccttggtcttgttgcttcatggtacctttgttgcgaagtttgttcaacatatgacctccttccattgtagattttggcctttcctt 104  Q
    ||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || | ||||||    
T  7734740 tatatctcttagaacctaggtcttgttgcttcatggtacctttggtgtgaagtttgttcaacatatgatctccttccattgtagatttggggccttcctt 7734839  T
Q  105 gcacttctttttcttttggatatcatcattgattttggatatcctagtttttcttgtcttgtgcttctgttcatgatggatcagccatgttga 197  Q
    ||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  7734840 gcaattgtttttctcttggatatcatcattgattttggatatcattg-ttttcttgtcttgtgcttctgttcatgatggttcagtcatgttga 7734931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 214 - 403
Target Start/End: Original strand, 34512552 - 34512746
Alignment:
Q  214 atggttaagcgttgtgccttaattggctttgttgatgattgcttctaccagatggtggttaagcgttgcattgatgcttcttccttcaattggttcaacc 313  Q
    ||||||||||||| ||||||   |||||||||  ||  | ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  34512552 atggttaagcgttatgccttttatggctttgtgaatattggcttctaccggatggtggttaagcgttgctttgatgctccttcattcaattggttcaacc 34512651  T
Q  314 ttgagttgtggttgcttcttgttggataagcacttgtttgatgactatg-----tttttagccgatgtgtttccagcatctttccttgtattttc 403  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||     |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  34512652 ttgagttgtggttgcttcttgttggataagcacttgcttgatgactatgttttttttttagccgatgtgtttccggcatctttccttgtattttc 34512746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 214 - 403
Target Start/End: Original strand, 41832335 - 41832525
Alignment:
Q  214 atggttaagcgttgtgccttaattggctttgttgatgattg-cttctaccagatggtggttaagcgttgcattgatgcttcttccttcaattggtt-caa 311  Q
    ||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||| ||| ||||| ||     
T  41832335 atggttaagcgttgtgccttttaaggctttgttgatgattggcttctaccagatggtggttaagcgttggtttgttgcttcttcctccaagtggttacac 41832434  T
Q  312 ccttgagttgtggttgcttcttgttggataagcacttgtttgatgactatgtttttagccgatgtgtttccagcatctttccttgtattttc 403  Q
    ||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||| ||| ||  |||||| || ||| |||| ||||  ||||||||||||||||||||    
T  41832435 ccttgagttgtggtttcctcttgttggataagcatttgattgttg-ttatgttcttggccaatgtatttctggcatctttccttgtattttc 41832525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 214 - 416
Target Start/End: Original strand, 7737011 - 7737212
Alignment:
Q  214 atggttaagcgttgtgccttaattggctttgttgatgattgcttctaccagatggtggttaagcgttgcattgatgcttcttccttcaattggttcaacc 313  Q
    ||||||||| |||||||||| | ||||||||| |||| | ||||||| | |||||  |||||||||||  ||| ||||||||||| ||| ||||| ||||    
T  7737011 atggttaagtgttgtgccttcaatggctttgtggatgttggcttctatcggatggcagttaagcgttgttttgttgcttcttcctccaagtggttaaacc 7737110  T
Q  314 ttgagttgtggttgcttcttgttggataagcacttgtttgatgactatgtttttagccgatgtgtttccagcatctttccttgtattttcatttgcttga 413  Q
    ||||||||||||| | |||||||| ||||||| ||| ||| |  ||||| | || | |||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  7737111 ttgagttgtggtttcctcttgttgaataagcatttggttg-tttctatgctcttggtcgatgtatttccggcatctttctttgtattttcatttgcttga 7737209  T
Q  414 tgt 416  Q
    |||    
T  7737210 tgt 7737212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 64; E-Value: 8e-28
Query Start/End: Original strand, 215 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 219448 - 219252
Alignment:
Q  215 tggttaagcgttgtgccttaattggctttgttgatgattgcttctaccagatggtggttaagcgttgcattgatgcttcttccttcaattggttcaacct 314  Q
    |||||||||||||| || |||||| ||||||||||||   ||||| ||||||||||||||| |||||  ||| || || || ||||||  |||| |||||    
T  219448 tggttaagcgttgtcccctaattgtctttgttgatgacaacttctgccagatggtggttaaacgttgatttgttg-ttttttcttcaagcggttaaacct 219350  T
Q  315 tgagttgtggttgcttcttgttggataagcacttgtttgatgactatgtttttagccgatgtgtttccagcatctttccttgtattttcatttgcttgat 414  Q
    |||||||| ||| |||||||||||||||||||||  |||||||||| |   || || ||||||||||   ||||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  219349 tgagttgt-gtttcttcttgttggataagcactttcttgatgactagg---ttggctgatgtgtttcttacatctctccttgttttttcatttgcttgat 219254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 153 - 222
Target Start/End: Original strand, 7736902 - 7736971
Alignment:
Q  153 ttttcttgtcttgtgcttctgttcatgatggatcagccatgttgataagcttccgtcatgaatggttaag 222  Q
    ||||||||| || ||||| |||||||||||| |||| ||| ||||||||||||  ||||||| |||||||    
T  7736902 ttttcttgtattatgcttttgttcatgatggttcagtcatattgataagcttctatcatgaacggttaag 7736971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 328 - 408
Target Start/End: Original strand, 23612133 - 23612213
Alignment:
Q  328 cttcttgttggataagcacttgtttgatgactatgtttttagccgatgtgtttccagcatctttccttgtattttcatttg 408  Q
    |||| ||||||||||| | ||| ||| ||||||||||||| | |||||| ||||| |||| | ||||||| ||||||||||    
T  23612133 cttcatgttggataagtatttggttgttgactatgtttttggtcgatgtatttccggcatttctccttgtgttttcatttg 23612213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 145; Significance: 4e-76; HSPs: 6)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 145; E-Value: 4e-76
Query Start/End: Original strand, 17 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 18703723 - 18703515
Alignment:
Q  17 aaccttggtcttgttgcttcatggtacctttgttgcgaagtttgttcaacatatgacctccttccattgtagattttggcctttccttgcacttcttttt 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  18703723 aaccttggtcttgttgcttcatggtatctttggtgtgaagtttgttcaacatatgacctcattccattgtagactttggcccttccttgcacttcttttt 18703624  T
Q  117 cttttggatatcatcattgattttggatatcctagtttttcttgtcttgtgcttctgttcatgatggatcagccatgttgataagcttccgtcatgaatg 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |   | ||||||||||||| ||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  18703623 cttttggatatcatcattgattttggatatctttactcttcttgtcttgtgtttctgttcatgatggttaagctatgttgataagcttctgtcatgaatg 18703524  T
Q  217 gttaagcgt 225  Q
    |||||||||    
T  18703523 gttaagcgt 18703515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 135; E-Value: 3e-70
Query Start/End: Original strand, 17 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 9906514 - 9906309
Alignment:
Q  17 aaccttggtcttgttgcttcatggtacctttgttgcgaagtttgttcaacatatgacctccttccattgtagattttggcctttccttgcacttcttttt 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||   |||    
T  9906514 aaccttggtcttgttgcttcatggtacctttggtgtgcagtttgttcaacatatgacctccttccattgtaaactttggcccttccttgcactt---ttt 9906418  T
Q  117 cttttggatatcatcattgattttggatatcctagtttttcttgtcttgtgcttctgttcatgatggatcagccatgttgataagcttccgtcatgaatg 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||   | ||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||| ||||| ||||    
T  9906417 cttttggatatcatcattgattttggatatccttactcttcttgtcttgtgcttctgttcatgatggttaagctatgttgataagcttctgtcataaatg 9906318  T
Q  217 gttaagcgt 225  Q
    |||||||||    
T  9906317 gttaagcgt 9906309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 123; E-Value: 5e-63
Query Start/End: Original strand, 215 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 35267893 - 35267719
Alignment:
Q  215 tggttaagcgttgtgccttaattggctttgttgatgattgcttctaccagatggtggttaagcgttgcattgatgcttcttccttcaattggttcaacct 314  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||  |||| |||||    
T  35267893 tggttaagtgttgtgccttaattggcattgttgatgattgcttctgccggatggtggttaagcgttgctttgatgcttcatccttcaagcggttaaacct 35267794  T
Q  315 tgagttgtggttgcttcttgttggataagcacttgtttgatgactatgtttttagccgatgtgtttccagcatct 389  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||    
T  35267793 tgagttgtggtttcttcttgttggataagcacttgtttgatgactttgcttttagccgatgtgtttccggcatct 35267719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 155 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 35268062 - 35267989
Alignment:
Q  155 ttcttgtcttgtgcttctgttcatgatggatcagccatgttgataagcttccgtcatgaatggttaagcgttgt 228  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  35268062 ttcttgtgttgtgcttctgttcatgatggttaagccatgttgataagcttctgtcatgaatggttaagcgttgt 35267989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 214 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 9906226 - 9906026
Alignment:
Q  214 atggttaagcgttgtgccttaattggctttgttgatgattg-cttctaccagatggtggttaagcgttgcattgatgcttcttccttcaattggttcaac 312  Q
    ||||||||||||||||||||    |||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||  ||| |||||||  || ||| || ||  ||    
T  9906226 atggttaagcgttgtgccttttaaggctttgttgttgattggcttctaccggatggtggttaagcgttggtttgttgcttct--ctccaagtgattacac 9906129  T
Q  313 cttgagttgtggttgcttcttgttggataagcacttgtttgatgactatgtttttagccgatgtgtttccagcatctttccttgtattttcatttgcttg 412  Q
    |||||||||||||| | |||||||||||| ||| ||| ||| || ||||  | || |||||||| || ||  |||||||| |||||| |||||||||| |    
T  9906128 cttgagttgtggtttcctcttgttggataggcatttggttgttg-ctattctcttggccgatgtattcccgacatctttcattgtatattcatttgctcg 9906030  T
Q  413 atgt 416  Q
    ||||    
T  9906029 atgt 9906026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 214 - 304
Target Start/End: Complemental strand, 18703478 - 18703387
Alignment:
Q  214 atggttaagcgttgtgccttaattggctttgttgatgattg-cttctaccagatggtggttaagcgttgcattgatgcttcttccttcaatt 304  Q
    ||||||||||||||||||||    |||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||  ||| ||||||||||| |||||    
T  18703478 atggttaagcgttgtgccttttaaggctctgttgatgattggcttctaccggatggtggttaagcgttggtttgttgcttcttcctccaatt 18703387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1412 (Bit Score: 143; Significance: 6e-75; HSPs: 2)
Name: scaffold1412
Description:

Target: scaffold1412; HSP #1
Raw Score: 143; E-Value: 6e-75
Query Start/End: Original strand, 17 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 482 - 268
Alignment:
Q  17 aaccttggtcttgttgcttcatggtacctttgttgcgaagtttgttcaacatatgacctccttccattgtagattttggcctttccttgcacttcttttt 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||| |||||||||    
T  482 aaccttggtcttgttgcttcatggtacctttggtgtgcagtttgttcaacatatgacctccttccattgtaaactttggcccttccttgcgcttcttttt 383  T
Q  117 ctttt-ggatatcatcattgattttggatatcctagtttttcttgtcttgtgcttctgttcatgatggatcagccatgttgataagcttccgtcatgaat 215  Q
     |||| |||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  382 ttttttggatatcatcattgttgttggatatccttgtttttcttgtcttgtgcttctgttcatgatggttaagctatgttgataagcttctgtcatgaat 283  T
Q  216 ggttaagcgttgtgc 230  Q
    |||||||| ||||||    
T  282 ggttaagcattgtgc 268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1412; HSP #2
Raw Score: 106; E-Value: 7e-53
Query Start/End: Original strand, 214 - 367
Target Start/End: Complemental strand, 155 - 2
Alignment:
Q  214 atggttaagcgttgtgccttaattggctttgttgatgattgcttctaccagatggtggttaagcgttgcattgatgcttcttccttcaattggttcaacc 313  Q
    ||||||||||||||||||||   ||||||||| |||  | ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  155 atggttaagcgttgtgccttttatggctttgtggatattggcttctaccggatggtggttaagcgttgctttgatgctccttccttcaattggttcaacc 56  T
Q  314 ttgagttgtggttgcttcttgttggataagcacttgtttgatgactatgttttt 367  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||    
T  55 ttgagttgtggttgcttcttgttggataagctcttgtttgatgactatattttt 2  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0001 (Bit Score: 143; Significance: 6e-75; HSPs: 2)
Name: scaffold0001
Description:

Target: scaffold0001; HSP #1
Raw Score: 143; E-Value: 6e-75
Query Start/End: Original strand, 17 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 145341 - 145127
Alignment:
Q  17 aaccttggtcttgttgcttcatggtacctttgttgcgaagtttgttcaacatatgacctccttccattgtagattttggcctttccttgcacttcttttt 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||| |||||||||    
T  145341 aaccttggtcttgttgcttcatggtacctttggtgtgcagtttgttcaacatatgacctccttccattgtaaactttggcccttccttgcgcttcttttt 145242  T
Q  117 ctttt-ggatatcatcattgattttggatatcctagtttttcttgtcttgtgcttctgttcatgatggatcagccatgttgataagcttccgtcatgaat 215  Q
     |||| |||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  145241 ttttttggatatcatcattgttgttggatatccttgtttttcttgtcttgtgcttctgttcatgatggttaagctatgttgataagcttctgtcatgaat 145142  T
Q  216 ggttaagcgttgtgc 230  Q
    |||||||| ||||||    
T  145141 ggttaagcattgtgc 145127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0001; HSP #2
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 214 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 145053 - 144862
Alignment:
Q  214 atggttaagcgttgtgccttaattggctttgttgatgattgcttctaccagatggtggttaagcgttgcattgatgcttcttccttcaattggttcaacc 313  Q
    ||||||||||||||||||||   ||||||||| |||  | ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  145053 atggttaagcgttgtgccttttatggctttgtggatattggcttctaccggatggtggttaagcgttgctttgatgctccttccttcaattggttcaacc 144954  T
Q  314 ttgagttgtggttgcttcttgttggataagcacttgtttgatgac--tatgtttttagccgatgtgtttccagcatctttccttgtattttc 403  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  144953 ttgagttgtggttgcttcttgttggataagctcttgtttgatgactatatttttttagccgatgtgtttccggcatctttccttgtattttc 144862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 142; Significance: 2e-74; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 17 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 6823753 - 6823540
Alignment:
Q  17 aaccttggtcttgttgcttcatggtacctttgttgcgaagtttgttcaacatatgacctccttccattgtagattttggcctttccttgcacttcttttt 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||| |||||||||    
T  6823753 aaccttggtcttgttgcttcatggtatctttggtgtgcagtttgttcaacatatgacctccttccattgtaaactttggcccttccttgcgcttcttttt 6823654  T
Q  117 cttttggatatcatcattgattttggatatcctagtttttcttgtcttgtgcttctgttcatgatggatcagccatgttgataagcttccgtcatgaatg 216  Q
     |||| ||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||| | ||||||||    
T  6823653 tttttagatatcatcattgttgttggatatccttgtttttcttgtcttgtgcttctgttcatgatggttaagctatgttgataagcttctggcatgaatg 6823554  T
Q  217 gttaagcgttgtgc 230  Q
    ||||||||||||||    
T  6823553 gttaagcgttgtgc 6823540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 214 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 6823427 - 6823236
Alignment:
Q  214 atggttaagcgttgtgccttaattggctttgttgatgattgcttctaccagatggtggttaagcgttgcattgatgcttcttccttcaattggttcaacc 313  Q
    ||||||||||||||||||||   ||||||||| |||  | ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  6823427 atggttaagcgttgtgccttttatggctttgtggatattggcttctaccggatggtggttaagcgttgctttgatgctccttccttcaattggttcaacc 6823328  T
Q  314 ttgagttgtggttgcttcttgttggataagcacttgtttgatgac--tatgtttttagccgatgtgtttccagcatctttccttgtattttc 403  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  6823327 ttgagttgtggttgcttcttgttggataagctcttgtttgatgactatatttttttagccgatgtgtttccggcatctttccttgtattttc 6823236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 142; Significance: 2e-74; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 17 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 42657499 - 42657287
Alignment:
Q  17 aaccttggtcttgttgcttcatggtacctttgttgcgaagtttgttcaacatatgacctccttccattgtagattttggcctttccttgcacttcttttt 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||| ||| | ||||||| ||||| ||||||||||||    
T  42657499 aaccttggtcttgttgcttcatggtacctttggtgtgaagtttgatcaacatatgacctccttccatcgtaaactttggcccttcctagcacttcttttt 42657400  T
Q  117 cttttggatatcatcattgattttggatatcctagtttttcttgtcttgtgcttctgttcatgatggatcagccatgttgataagcttccgtcatgaatg 216  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||| | ||| ||||||||| ||||| ||||||||||    
T  42657399 gttttggatatcatcattgattttggatatccttg-ttttcttgtcttgtacttctgttcatgatggttaagctatgttgataggcttctgtcatgaatg 42657301  T
Q  217 gttaagcgttgtgc 230  Q
    ||||||||||||||    
T  42657300 gttaagcgttgtgc 42657287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 214 - 403
Target Start/End: Original strand, 4607167 - 4607356
Alignment:
Q  214 atggttaagcgttgtgccttaattggctttgttgatgattgcttctaccagatggtggttaagcgttgcattgatgcttcttccttcaattggttcaacc 313  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| | ||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||  |||||||||||||    
T  4607167 atggttaagcgttgtgccctaattggctttgtcgatgttggcttctaccggatggtgtttaagcgttgctttgatgcttcatcctgaaattggttcaacc 4607266  T
Q  314 ttgagttgtggttgcttcttgttggataagcacttgtttgatgactatgtttttagccgatgtgtttccagcatctttccttgtattttc 403  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||    
T  4607267 ttgagttgtggttgcttcttgttggataagcacttgtttgatgactttgtttttagccgatgtgttcccgacatctttccttgtattttc 4607356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 158 - 228
Target Start/End: Original strand, 10745186 - 10745256
Alignment:
Q  158 ttgtcttgtgcttctgttcatgatggatcagccatgttgataagcttccgtcatgaatggttaagcgttgt 228  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||    
T  10745186 ttgtattgtgattctgttcatgatggttaagccatgttgataagcttctgtcatgaatggttaagtgttgt 10745256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 240 - 281
Target Start/End: Original strand, 10745351 - 10745392
Alignment:
Q  240 ctttgttgatgattgcttctaccagatggtggttaagcgttg 281  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10745351 ctttgttggtgcttgcttctaccagatggtggttaagcgttg 10745392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 214 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 42656551 - 42656484
Alignment:
Q  214 atggttaagcgttgtgccttaattggctttgttgatgattgcttctaccagatggtggttaagcgttg 281  Q
    ||||||||| ||||||||||   ||||||||| | || | ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  42656551 atggttaagtgttgtgccttttatggctttgtggttgttggcttctaccggatggtggttaagcgttg 42656484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0263 (Bit Score: 68; Significance: 3e-30; HSPs: 1)
Name: scaffold0263
Description:

Target: scaffold0263; HSP #1
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 214 - 416
Target Start/End: Original strand, 22628 - 22823
Alignment:
Q  214 atggttaagcgttgtgccttaattggctttgttgatgattgcttctaccagatggtggttaagcgttgcattgatgcttcttccttcaattggttcaacc 313  Q
    |||||||||||||||| |||   ||||||||| |||| | ||||| ||| ||||||||||||||||||  ||| ||||||||||| ||| ||||          
T  22628 atggttaagcgttgtgtcttttatggctttgtcgatgttggcttccaccggatggtggttaagcgttggtttgttgcttcttcctccaagtggtc----- 22722  T
Q  314 ttgagttgtggttgcttcttgttggataagcacttgtttgatgactatgtttttagccgatgtgtttccagcatctttccttgtattttcatttgcttga 413  Q
     |||||||||||| | |||||||||||||||| ||| ||| || ||||| | || |||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  22723 -tgagttgtggtttcctcttgttggataagcatttggttgttg-ctatgctcttggccgatgtatttccggcatcttaccttgtattttcatttgcttga 22820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0862 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000006; HSPs: 1)
Name: scaffold0862
Description:

Target: scaffold0862; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 311 - 403
Target Start/End: Original strand, 49 - 141
Alignment:
Q  311 accttgagttgtggttgcttcttgttgga-taagcacttgtttgatgactatgtttttagccgatgtgtttccagcatctttccttgtattttc 403  Q
    ||||||||||||||||   |||||||||| |||||| ||| ||| || ||||||| || ||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  49 accttgagttgtggttttctcttgttggagtaagcatttgattgttg-ctatgttcttggccaatgtatttccggcatctttccttgtattttc 141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University