View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9985A_low_289 (Length: 249)

Name: NF9985A_low_289
Description: NF9985A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9985A_low_289
NF9985A_low_289
[»] chr7 (15 HSPs)
chr7 (1-242)||(24122006-24122247)
chr7 (1-224)||(24132455-24132678)
chr7 (27-216)||(24232527-24232716)
chr7 (4-242)||(24151095-24151333)
chr7 (27-223)||(24138389-24138585)
chr7 (18-222)||(24238059-24238263)
chr7 (18-226)||(24154266-24154474)
chr7 (17-225)||(24284008-24284217)
chr7 (26-237)||(24161168-24161379)
chr7 (4-121)||(21194261-21194378)
chr7 (43-228)||(24146118-24146303)
chr7 (54-175)||(21199524-21199645)
chr7 (32-228)||(3494819-3495015)
chr7 (27-135)||(23342851-23342959)
chr7 (58-132)||(23348065-23348139)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (54-237)||(28160509-28160692)
chr2 (12-211)||(10988802-10989001)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (4-209)||(15380155-15380360)
chr1 (4-228)||(3151040-3151263)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (95-135)||(1157403-1157443)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 238; Significance: 1e-132; HSPs: 15)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 238; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 1 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 24122247 - 24122006
Alignment:
Q  1 aggtgacgaagttaccttgagagtcatggtggacaaagaaataaacaaagttgtgtatgctgaagcagggaaggattttgttgatgctcttttcagcttc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24122247 aggtgacgaagttaccttgagagtcatggtggacaaagaaataaacaaagttgtgtatgctgaagcagggaaggattttgttgatgctcttttcagcttc 24122148  T
Q  101 ttaaccttaccattaggtactatttcaagacttgtggctaaggagtcagatattgaagcagtgagatttggcagcctgagtacactttatcaaagtgtat 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24122147 ttaaccttaccattaggtactatttcaagacttgtggctaaggagtcagatattgaagcagtgagatttggcagcctgagtacactttatcaaagtgtat 24122048  T
Q  201 cagatcttgatgaacactatctatggtccaatacctgtaaag 242  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  24122047 cagatcttgatgaacactatctatggtccaatacctgcaaag 24122006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 136; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 24132678 - 24132455
Alignment:
Q  1 aggtgacgaagttaccttgagagtcatggtggacaaagaaataaacaaagttgtgtatgctgaagcagggaaggattttgttgatgctcttttcagcttc 100  Q
    ||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||| |||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24132678 aggtgacaaagttaccttgagagttttggtggacaaacaaaagagcaaagttgtgtatgctgaagcagggaaggattttgttgatgctcttttcagcttc 24132579  T
Q  101 ttaaccttaccattaggtactatttcaagacttgtggctaaggagtcagatattgaagcagtgagatttggcagcctgagtacactttatcaaagtgtat 200  Q
    ||||| || || |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | | | |||| |||||||||||      
T  24132578 ttaacattgcctttaggtactattgcaagacttgtggcaaaggagtcagatattgaagcagtgatatttggcagcattaattcactgtatcaaagtgtga 24132479  T
Q  201 cagatcttgatgaacactatctat 224  Q
    ||||||||||| |||| |||||||    
T  24132478 cagatcttgatcaacaatatctat 24132455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 27 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 24232716 - 24232527
Alignment:
Q  27 tggtggacaaagaaataaacaaagttgtgtatgctgaagcagggaaggattttgttgatgctcttttcagcttcttaaccttaccattaggtactatttc 126  Q
    |||||||||||||||  |||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| || || ||||| |||||| |    
T  24232716 tggtggacaaagaaaagaacaaagttgtgtatgctgaggctgggaaggatttcgttgatgctctcttcagcttcttaacattgcctttagggactattgc 24232617  T
Q  127 aagacttgtggctaaggagtcagatattgaagcagtgagatttggcagcctgagtacactttatcaaagtgtatcagatcttgatgaaca 216  Q
    |||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||| | ||  || | ||||||||||| ||| |||||||| ||||    
T  24232616 aagatttgtggctaaggactcaaatattgaagcagtgaaatttggcagcattagctcattgtatcaaagtgtgtcaaatcttgatcaaca 24232527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 79; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 4 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 24151333 - 24151095
Alignment:
Q  4 tgacgaagttaccttgagagtcatggtggacaaagaaataaacaaagttgtgtatgctgaagcagggaaggattttgttgatgctcttttcagcttctta 103  Q
    |||| ||||||||||||||||  |||| || ||||| | |||||||||| | |  ||||| || |||||||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  24151333 tgacaaagttaccttgagagttttggtcgataaagagaaaaacaaagttctattggctgaggctgggaaggattttgttgatgcactcttcagcttctta 24151234  T
Q  104 accttaccattaggtactatttcaagacttgtggctaaggagtcagatattgaagcagtgagatttggcagcctgagtacactttatcaaagtgtatcag 203  Q
    || || || |||||||||||| | ||||| |||||| | |||||| |||| |||||||||| |||||| ||  ||||| |||| |||||||||||   ||    
T  24151233 acatttcctttaggtactattgctagactcgtggctgaagagtcaaatatcgaagcagtgaaatttggtagtttgagttcactatatcaaagtgtgaaag 24151134  T
Q  204 atcttgatgaacactatctatggtccaatacctgtaaag 242  Q
    ||||||||  ||| |||||||||||  ||||||| ||||    
T  24151133 atcttgatccacaatatctatggtcacatacctgcaaag 24151095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 77; E-Value: 8e-36
Query Start/End: Original strand, 27 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 24138585 - 24138389
Alignment:
Q  27 tggtggacaaagaaataaacaaagttgtgtatgctgaagcagggaaggattttgttgatgctcttttcagcttcttaaccttaccattaggtactatttc 126  Q
    |||||||||| || | |||||||||| ||| | |||| ||||  |||||||||||||||| |||||| || |||||||| ||||| |||||||||||  |    
T  24138585 tggtggacaaggagaaaaacaaagttctgtttactgaggcagataaggattttgttgatgttcttttgagtttcttaacattacccttaggtactatcgc 24138486  T
Q  127 aagacttgtggctaaggagtcagatattgaagcagtgagatttggcagcctgagtacactttatcaaagtgtatcagatcttgatgaacactatcta 223  Q
    | || | |||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||| |||| ||||||||||| |||| ||||||| |||| ||||||    
T  24138485 aggaatcgtggataaagagtcaaatattgaagcagtgagatttggcagcataagttcactctatcaaagtgtgtcagttcttgatcaacaatatcta 24138389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 77; E-Value: 8e-36
Query Start/End: Original strand, 18 - 222
Target Start/End: Original strand, 24238059 - 24238263
Alignment:
Q  18 tgagagtcatggtggacaaagaaataaacaaagttgtgtatgctgaagcagggaaggattttgttgatgctcttttcagcttcttaaccttaccattagg 117  Q
    ||||||| |||||||||  | |||  |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| || || |||||    
T  24238059 tgagagttatggtggacggaaaaaggaacaaagttgtgtatgctgaggcaggcaaggattttgtcgatgctctcttcagtttcttaacattgcctttagg 24238158  T
Q  118 tactatttcaagacttgtggctaaggagtcagatattgaagcagtgagatttggcagcctgagtacactttatcaaagtgtatcagatcttgatgaacac 217  Q
     |||||| ||||||||| ||||||| ||||  |||| | ||| || | | |||| ||||||||| ||||  ||||||||||| ||||||||||||||||     
T  24238159 aactattgcaagacttgcggctaagcagtcgaatatcggagctgtaacagttggaagcctgagttcactgcatcaaagtgtagcagatcttgatgaacaa 24238258  T
Q  218 tatct 222  Q
    |||||    
T  24238259 tatct 24238263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 18 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 24154474 - 24154266
Alignment:
Q  18 tgagagtcatggtggacaaagaaataaacaaagttgtgtatgctgaagcagggaaggattttgttgatgctcttttcagcttcttaaccttaccattagg 117  Q
    |||||||  ||||||||||||  |  || |||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||| || ||||||||||| || || |||||    
T  24154474 tgagagttttggtggacaaagcgaggaaaaaagttgtttatgctgaagcagagaaggatttcgttgatgttctgttaagcttcttaacattgcctttagg 24154375  T
Q  118 tactatttcaagacttgtggctaaggagtcagatattgaagcagtgagatttggcagcctgagtacactttatcaaagtgtatcagatcttgatgaacac 217  Q
    ||||||| ||||||||||  |||| |||||  ||||||||||||| | ||||   ||| | ||| |||| ||||||||||| ||||||||| | ||| |     
T  24154374 tactattgcaagacttgtatctaaagagtcgaatattgaagcagttaaatttaatagcattagttcactgtatcaaagtgtttcagatcttaaagaagaa 24154275  T
Q  218 tatctatgg 226  Q
    |||||||||    
T  24154274 tatctatgg 24154266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 62; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 17 - 225
Target Start/End: Original strand, 24284008 - 24284217
Alignment:
Q  17 ttgagagtcatggtggacaaagaaataaacaaagttgtgtatgctgaagcagggaaggattttgttgatgctcttttcagcttcttaaccttaccattag 116  Q
    |||||||| |||||||| |||||||  ||||||||| | ||| ||||||||| |||||||||||||||||  || ||||||||||| ||||| || ||||    
T  24284008 ttgagagttatggtggataaagaaagtaacaaagttctatatcctgaagcagtgaaggattttgttgatgtcctcttcagcttctttaccttgcccttag 24284107  T
Q  117 gtactatttcaagacttgtggctaaggagtcagatattgaagcag-tgagatttggcagcctgagtacactttatcaaagtgtatcagatcttgatgaac 215  Q
    | |||||| ||||||| || ||||  || ||| |||||||||||| | |  ||||||||| | ||  |||| ||||||||||||  |||||||||| |||    
T  24284108 ggactattgcaagactcgttgctacagactcaaatattgaagcagttcaattttggcagcattagctcactgtatcaaagtgtaaaagatcttgatcaac 24284207  T
Q  216 actatctatg 225  Q
    | ||| ||||    
T  24284208 aatatttatg 24284217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 26 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 24161379 - 24161168
Alignment:
Q  26 atggtggacaaagaaataaacaaagttgtgtatgctgaagcagggaaggattttgttgatgctcttttcagcttcttaaccttaccattaggtactattt 125  Q
    ||||||||||||||||  || |||||| | |||||||| || || ||||||||||| |||| ||||||||||||||| || |||||  |||| ||||||     
T  24161379 atggtggacaaagaaaggaagaaagttctatatgctgaggctggaaaggattttgtcgatgttcttttcagcttcttgacattacctctagggactattg 24161280  T
Q  126 caagacttgtggctaaggagtcagatattgaagcagtgagatttggcagcctgagtacactttatcaaagtgtatcagatcttgatgaacactatctatg 225  Q
    |  ||||  |  |||| |||||| |||| ||||||||||| ||||||||| | ||| |||| || | |||||| |||||||| |||| ||| ||||| ||    
T  24161279 cttgactcatatctaaagagtcaaatatggaagcagtgaggtttggcagcattagttcactgtacctaagtgtgtcagatctcgatgcacagtatctctg 24161180  T
Q  226 gtccaatacctg 237  Q
    ||| ||||||||    
T  24161179 gtcaaatacctg 24161168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 4 - 121
Target Start/End: Original strand, 21194261 - 21194378
Alignment:
Q  4 tgacgaagttaccttgagagtcatggtggacaaagaaataaacaaagttgtgtatgctgaagcagggaaggattttgttgatgctcttttcagcttctta 103  Q
    |||| ||||||| ||||| || ||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||| | ||| ||||||||||||    
T  21194261 tgacaaagttacattgagggttatggtggacaaagaaaggaacaaagttttgtatgctgaggcagggaaggattttattgaagttctattcagcttctta 21194360  T
Q  104 accttaccattaggtact 121  Q
    || || || |||||||||    
T  21194361 acattgcctttaggtact 21194378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 43 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 24146303 - 24146118
Alignment:
Q  43 aaacaaagttgtgtatgctgaagcagggaaggattttgttgatgctcttttcagcttcttaaccttaccattaggtactatttcaagacttgtggctaag 142  Q
    |||||||||| ||| ||| || ||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||| | || || ||||| || ||| ||| ||| ||||| |||    
T  24146303 aaacaaagttctgtttgcagaggcaggaaaggattttgttgatgttcttttgagcttcttatcattgcctttagggaccattgcaaaactcgtggcaaag 24146204  T
Q  143 gagtcagatattgaagcagtgagatttggcagcctgagtacactttatcaaagtgtatcagatcttgatgaacactatctatggtc 228  Q
    || ||| |||||||| |||||| |||||||||| | ||  || | ||||||||||| ||||||||||||  ||| ||||| |||||    
T  24146203 gactcaaatattgaatcagtgaaatttggcagcattagctcattgtatcaaagtgtgtcagatcttgatacacaatatctttggtc 24146118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 54 - 175
Target Start/End: Original strand, 21199524 - 21199645
Alignment:
Q  54 tgtatgctgaagcagggaaggattttgttgatgctcttttcagcttcttaaccttaccattaggtactatttcaagacttgtggctaaggagtcagatat 153  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||| || || ||||| |||||| ||||||| ||| |  |||||||  ||||    
T  21199524 tgtatgctgaggcaggaaaggattttgttgatgctctcttcggcttcttaacattgcctttaggaactattgcaagactagtgtccgaggagtcgaatat 21199623  T
Q  154 tgaagcagtgagatttggcagc 175  Q
    ||||||  ||| ||||||||||    
T  21199624 tgaagctatgaaatttggcagc 21199645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 32 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 3495015 - 3494819
Alignment:
Q  32 gacaaagaaataaacaaagttgtgtatgctgaagcagggaaggattttgttgatgctcttttcagcttcttaaccttaccattaggtactatttcaagac 131  Q
    |||||||||| ||| | |||| ||||||||||||| || |||||||| || |||| ||| || || |||||||| || ||  ||||||||||| |||||     
T  3495015 gacaaagaaagaaatagagttctgtatgctgaagccggtaaggatttcgtcgatgttctctttagtttcttaacattgcctctaggtactattgcaagat 3494916  T
Q  132 ttgtggctaaggagtcagatattgaagcagtgagatttggcagcctgagtacactttatcaaagtgtatcagatcttgatgaacactatctatggtc 228  Q
    | ||  ||||||| ||| ||||||||||||||| |||||| ||| | ||  |||| ||||||||||| ||| |  ||||  |||| |||||||||||    
T  3494915 tagtttctaaggattcaaatattgaagcagtgaaatttggtagcattagctcactatatcaaagtgtgtcaaaatttgaccaacaatatctatggtc 3494819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 27 - 135
Target Start/End: Complemental strand, 23342959 - 23342851
Alignment:
Q  27 tggtggacaaagaaataaacaaagttgtgtatgctgaagcagggaaggattttgttgatgctcttttcagcttcttaaccttaccattaggtactatttc 126  Q
    ||||| |||||||||  ||||||||  ||| |||||||||||| ||||| ||||| |||| ||| || ||||||||||| || || ||||| |||||| |    
T  23342959 tggtgaacaaagaaaccaacaaagtcttgtttgctgaagcaggaaaggactttgtggatgttctgtttagcttcttaacattgcctttaggaactattgc 23342860  T
Q  127 aagacttgt 135  Q
    |||||||||    
T  23342859 aagacttgt 23342851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 58 - 132
Target Start/End: Complemental strand, 23348139 - 23348065
Alignment:
Q  58 tgctgaagcagggaaggattttgttgatgctcttttcagcttcttaaccttaccattaggtactatttcaagact 132  Q
    ||||||||||||||| || ||||| |||| ||| || || |||||||| || |||||||| |||||| |||||||    
T  23348139 tgctgaagcagggaaagactttgtcgatgttctatttagtttcttaacattgccattaggaactattgcaagact 23348065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 136; Significance: 5e-71; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 136; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 54 - 237
Target Start/End: Original strand, 28160509 - 28160692
Alignment:
Q  54 tgtatgctgaagcagggaaggattttgttgatgctcttttcagcttcttaaccttaccattaggtactatttcaagacttgtggctaaggagtcagatat 153  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  28160509 tgtatgctgaagcagggaaggattttgttggtgctcttttcagcttcttaaccttactgttaggtactatttctagacttgtggctaaggagtcagatat 28160608  T
Q  154 tgaagcagtgagatttggcagcctgagtacactttatcaaagtgtatcagatcttgatgaacactatctatggtccaatacctg 237  Q
    ||| ||||||| |||||||||||||||||||||  |||| || || |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  28160609 tgacgcagtgaaatttggcagcctgagtacactgcatcatagcgtctcagatcttgatgaactctatctatggtccaatacctg 28160692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 72; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 12 - 211
Target Start/End: Original strand, 10988802 - 10989001
Alignment:
Q  12 ttaccttgagagtcatggtggacaaagaaataaacaaagttgtgtatgctgaagcagggaaggattttgttgatgctcttttcagcttcttaaccttacc 111  Q
    |||| |||||||| | |||||| |||||||  ||||||||| |||||||||| |||| ||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||| || ||    
T  10988802 ttacgttgagagttaaggtggataaagaaagtaacaaagttctgtatgctgaggcagtgaaggatttcgttgatgttctcttcagcttcttaacattgcc 10988901  T
Q  112 attaggtactatttcaagacttgtggctaaggagtcagatattgaagcagtgagatttggcagcctgagtacactttatcaaagtgtatcagatcttgat 211  Q
     ||||| |||||| | |||||||||||||  |||||| |||||||||||||   |||||| ||| | ||| |||| |||||||||||   ||||||||||    
T  10988902 tttagggactattgcgagacttgtggctacagagtcaaatattgaagcagttcaatttggtagcattagttcactatatcaaagtgtgaaagatcttgat 10989001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 74; Significance: 5e-34; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 4 - 209
Target Start/End: Original strand, 15380155 - 15380360
Alignment:
Q  4 tgacgaagttaccttgagagtcatggtggacaaagaaataaacaaagttgtgtatgctgaagcagggaaggattttgttgatgctcttttcagcttctta 103  Q
    ||||||||||| ||||||| | |||||||| | |||||  ||||||||| | ||||  || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  15380155 tgacgaagttagcttgagatttatggtggatagagaaaggaacaaagttctatatgtagaggcagggaaggattttgttgatactcttttcagcttctta 15380254  T
Q  104 accttaccattaggtactatttcaagacttgtggctaaggagtcagatattgaagcagtgagatttggcagcctgagtacactttatcaaagtgtatcag 203  Q
    |  || || ||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||| |||| || ||||||| |||||| ||| ||||  || | ||  |||||||||| |    
T  15380255 atatttcctttagggactattgcaagacttgcggctaaggagtcaaatatcgacgcagtgaaatttggaagcttgagctcattgtacgaaagtgtatcgg 15380354  T
Q  204 atcttg 209  Q
    ||||||    
T  15380355 atcttg 15380360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 57; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 4 - 228
Target Start/End: Original strand, 3151040 - 3151263
Alignment:
Q  4 tgacgaagttaccttgagagtcatggtggacaaagaaataaacaaagttgtgtatgctgaagcagggaaggattttgttgatgctcttttcagcttctta 103  Q
    |||| |||||| ||||||| | ||||||||||||||||  ||||| ||| | |||||||| || ||||||||||| || |||| |||||| || || |||    
T  3151040 tgacaaagttagcttgagaattatggtggacaaagaaaggaacaa-gttctatatgctgaggctgggaaggatttcgtcgatgttcttttgagtttttta 3151138  T
Q  104 accttaccattaggtactatttcaagacttgtggctaaggagtcagatattgaagcagtgagatttggcagcctgagtacactttatcaaagtgtatcag 203  Q
    || |||||  |||| |||||| |||||||  |  || |||||||| ||||||||||||||| | |||||||| | ||  || | |||| | ||||||| |    
T  3151139 acattacctctagggactattgcaagactcatttctcaggagtcaaatattgaagcagtgaaacttggcagcataagctcattgtatcgaggtgtatcgg 3151238  T
Q  204 atcttgatgaacactatctatggtc 228  Q
    |||||||| |||| |||||||||||    
T  3151239 atcttgatcaacaatatctatggtc 3151263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000001; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 95 - 135
Target Start/End: Complemental strand, 1157443 - 1157403
Alignment:
Q  95 agcttcttaaccttaccattaggtactatttcaagacttgt 135  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  1157443 agcttcttaaccttaccattaggtaccattgcaagacttgt 1157403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University