View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9989_low_2 (Length: 555)

Name: NF9989_low_2
Description: NF9989
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9989_low_2
NF9989_low_2
[»] chr7 (23 HSPs)
chr7 (14-279)||(33350478-33350743)
chr7 (13-279)||(36651338-36651604)
chr7 (13-279)||(46356523-46356789)
chr7 (13-266)||(11593297-11593550)
chr7 (19-279)||(39907051-39907311)
chr7 (13-279)||(32629952-32630217)
chr7 (67-279)||(36869961-36870173)
chr7 (13-256)||(38896955-38897198)
chr7 (13-279)||(49028625-49028877)
chr7 (107-279)||(31004662-31004834)
chr7 (20-279)||(24177867-24178126)
chr7 (126-279)||(37616373-37616526)
chr7 (13-157)||(38606382-38606526)
chr7 (63-188)||(21520198-21520320)
chr7 (36-214)||(24426229-24426404)
chr7 (88-205)||(48918817-48918939)
chr7 (203-279)||(38606540-38606616)
chr7 (38-145)||(20499478-20499585)
chr7 (36-110)||(48055658-48055732)
chr7 (30-86)||(22346810-22346866)
chr7 (43-206)||(43793777-43793941)
chr7 (53-172)||(23087894-23088013)
chr7 (19-74)||(36870201-36870256)
[»] chr3 (16 HSPs)
chr3 (13-275)||(51448385-51448647)
chr3 (13-279)||(52138172-52138438)
chr3 (22-279)||(38849447-38849704)
chr3 (117-279)||(25190827-25190989)
chr3 (141-279)||(47542383-47542521)
chr3 (79-279)||(19757397-19757594)
chr3 (79-279)||(19736579-19736776)
chr3 (21-279)||(9258238-9258493)
chr3 (54-279)||(29816890-29817115)
chr3 (19-275)||(48221131-48221390)
chr3 (43-239)||(27916945-27917142)
chr3 (95-199)||(6779330-6779434)
chr3 (37-155)||(26592236-26592354)
chr3 (37-158)||(50630114-50630235)
chr3 (55-110)||(26388153-26388208)
chr3 (246-279)||(805519-805552)
[»] chr5 (19 HSPs)
chr5 (13-279)||(20318335-20318601)
chr5 (13-279)||(1274609-1274875)
chr5 (13-279)||(1288261-1288527)
chr5 (13-279)||(24177868-24178134)
chr5 (30-279)||(2076146-2076395)
chr5 (35-279)||(3394077-3394321)
chr5 (61-279)||(10638690-10638907)
chr5 (13-279)||(3301193-3301459)
chr5 (83-279)||(28977529-28977725)
chr5 (13-207)||(12493106-12493300)
chr5 (29-199)||(31502798-31502969)
chr5 (36-279)||(27298-27540)
chr5 (13-190)||(43558567-43558737)
chr5 (50-190)||(25937459-25937600)
chr5 (44-201)||(37123944-37124101)
chr5 (114-206)||(16134781-16134873)
chr5 (25-239)||(40383812-40384027)
chr5 (82-155)||(35685268-35685340)
chr5 (247-279)||(12493059-12493091)
[»] chr2 (20 HSPs)
chr2 (13-275)||(2609872-2610134)
chr2 (14-279)||(24584278-24584543)
chr2 (13-279)||(452288-452554)
chr2 (19-279)||(45368297-45368557)
chr2 (13-279)||(38453291-38453556)
chr2 (79-279)||(12475093-12475293)
chr2 (30-225)||(8180156-8180351)
chr2 (139-279)||(41763721-41763861)
chr2 (19-135)||(16292063-16292179)
chr2 (117-279)||(30743071-30743233)
chr2 (14-213)||(13148667-13148866)
chr2 (20-279)||(14769650-14769909)
chr2 (135-186)||(11992850-11992901)
chr2 (219-279)||(4807142-4807202)
chr2 (33-152)||(876518-876637)
chr2 (118-199)||(36038669-36038750)
chr2 (81-177)||(7135445-7135541)
chr2 (25-170)||(37281461-37281605)
chr2 (117-206)||(7292441-7292530)
chr2 (235-279)||(11992778-11992822)
[»] chr1 (23 HSPs)
chr1 (21-279)||(43241053-43241311)
chr1 (21-279)||(51441436-51441694)
chr1 (13-279)||(8671265-8671530)
chr1 (21-279)||(49348066-49348324)
chr1 (62-279)||(51601451-51601668)
chr1 (79-279)||(32083417-32083617)
chr1 (30-279)||(37463534-37463783)
chr1 (21-206)||(35829138-35829323)
chr1 (83-275)||(7813910-7814100)
chr1 (15-214)||(46227041-46227240)
chr1 (29-279)||(40419042-40419291)
chr1 (119-164)||(13820549-13820594)
chr1 (44-131)||(52836524-52836609)
chr1 (88-150)||(34827887-34827949)
chr1 (243-279)||(1210319-1210355)
chr1 (120-204)||(32405252-32405336)
chr1 (36-122)||(3877307-3877392)
chr1 (46-112)||(16142666-16142732)
chr1 (21-59)||(29173421-29173459)
chr1 (36-74)||(45833927-45833965)
chr1 (53-106)||(16273664-16273717)
chr1 (167-235)||(34827818-34827886)
chr1 (21-77)||(52420772-52420828)
[»] chr4 (28 HSPs)
chr4 (13-279)||(1777687-1777953)
chr4 (13-279)||(23906973-23907240)
chr4 (21-279)||(435584-435839)
chr4 (30-279)||(48623199-48623448)
chr4 (35-279)||(27450845-27451089)
chr4 (25-280)||(39707818-39708068)
chr4 (23-217)||(1212041-1212235)
chr4 (116-279)||(53707241-53707404)
chr4 (116-279)||(56374737-56374900)
chr4 (117-280)||(16002362-16002525)
chr4 (376-541)||(2985638-2985820)
chr4 (19-121)||(53703960-53704062)
chr4 (51-199)||(3272811-3272959)
chr4 (163-279)||(48174765-48174881)
chr4 (177-279)||(31960486-31960588)
chr4 (50-170)||(42037289-42037409)
chr4 (37-205)||(55769122-55769297)
chr4 (36-187)||(10776183-10776334)
chr4 (81-172)||(17666804-17666895)
chr4 (98-279)||(35555993-35556173)
chr4 (37-130)||(55833454-55833553)
chr4 (31-137)||(41427202-41427310)
chr4 (25-102)||(44860465-44860541)
chr4 (34-164)||(32911613-32911743)
chr4 (81-170)||(15183467-15183556)
chr4 (305-345)||(2985853-2985893)
chr4 (52-104)||(30852809-30852861)
chr4 (83-155)||(37250633-37250705)
[»] chr8 (14 HSPs)
chr8 (33-264)||(36565928-36566159)
chr8 (13-279)||(36544496-36544762)
chr8 (30-279)||(42854685-42854934)
chr8 (32-279)||(12492514-12492761)
chr8 (13-271)||(15215950-15216210)
chr8 (33-280)||(18849786-18850036)
chr8 (36-190)||(41445064-41445219)
chr8 (36-206)||(13588807-13588977)
chr8 (118-279)||(13984080-13984240)
chr8 (43-178)||(39706947-39707081)
chr8 (44-214)||(3284868-3285042)
chr8 (88-199)||(30578980-30579092)
chr8 (29-67)||(25984908-25984946)
chr8 (53-199)||(28300856-28301002)
[»] scaffold0018 (1 HSPs)
scaffold0018 (13-279)||(30812-31078)
[»] chr6 (13 HSPs)
chr6 (34-279)||(30670253-30670498)
chr6 (30-279)||(5258822-5259072)
chr6 (13-279)||(9706119-9706386)
chr6 (17-279)||(20428308-20428571)
chr6 (65-279)||(5631213-5631427)
chr6 (91-279)||(33495629-33495817)
chr6 (30-173)||(6082761-6082904)
chr6 (19-239)||(2680762-2680979)
chr6 (36-279)||(2208074-2208317)
chr6 (127-279)||(10100529-10100682)
chr6 (36-211)||(27790523-27790698)
chr6 (37-190)||(26291150-26291303)
chr6 (30-135)||(3629591-3629696)
[»] scaffold0113 (2 HSPs)
scaffold0113 (101-279)||(12270-12442)
scaffold0113 (21-85)||(13122-13186)
[»] scaffold0045 (1 HSPs)
scaffold0045 (21-255)||(88626-88864)
[»] scaffold0286 (1 HSPs)
scaffold0286 (36-279)||(173-416)
[»] scaffold0008 (1 HSPs)
scaffold0008 (36-214)||(48647-48827)
[»] scaffold0220 (1 HSPs)
scaffold0220 (21-153)||(25011-25144)
[»] scaffold0606 (1 HSPs)
scaffold0606 (29-131)||(9028-9130)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 178; Significance: 9e-96; HSPs: 23)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 178; E-Value: 9e-96
Query Start/End: Original strand, 14 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 33350743 - 33350478
Alignment:
Q  14 gacgtaggatggggccaccgaagatttttccataacaataggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtattg 113  Q
    |||| |||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  33350743 gacgcaggatgggactaccgaagattttcccataacaataggattgcaccaagggtcaaccctaactccttatctttttactttagttttggatgtattg 33350644  T
Q  114 atagaacacatccaagagttagcatcgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaataattgaacgggaggctagaga 213  Q
    |  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||  || ||||||||||||||||||    
T  33350643 acggaacacatccaagagttagcaccgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttggtgggtgagtcgagggaggaagtgaacgggaggctagaga 33350544  T
Q  214 cctaaaggcaagccttggaagcgtattgtttccgcttgagtagaagcaagacgtagtatatggaat 279  Q
    |||  ||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  33350543 cctggaggcaagccttagaagcgtatggattccgcttgagtagaagcaagacgaagtatatggaat 33350478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 175; E-Value: 6e-94
Query Start/End: Original strand, 13 - 279
Target Start/End: Original strand, 36651338 - 36651604
Alignment:
Q  13 ggacgtaggatggggccaccgaagatttttccataacaataggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtatt 112  Q
    ||||| |||||||| | ||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  36651338 ggacgcaggatgggactaccgaagtttttcccataacaataggattgcaccaagggtcaaccctaagtccttatctttttactttagttttagatgtatt 36651437  T
Q  113 gatagaacacatccaagagttagcatcgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaataattgaacgggaggctagag 212  Q
    ||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||  || |||||||||||||||||    
T  36651438 gacggaacacatccaagagttagcaccgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttggtgggtgagtcgagggaggaagtgaacgggaggctagag 36651537  T
Q  213 acctaaaggcaagccttggaagcgtattgtttccgcttgagtagaagcaagacgtagtatatggaat 279  Q
    ||||  ||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  36651538 acctggaggcaagccttagaagcgtatggattccgcttgagtagaagcaagacggagtatatggaat 36651604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 167; E-Value: 3e-89
Query Start/End: Original strand, 13 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 46356789 - 46356523
Alignment:
Q  13 ggacgtaggatggggccaccgaagatttttccataacaataggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtatt 112  Q
    ||||| |||||||| | ||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  46356789 ggacgcaggatgggactaccaaagattttcccataacaataggattgcaccaagggtcaaccctaagtccttatctttttactttagttttggatgtatt 46356690  T
Q  113 gatagaacacatccaagagttagcatcgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaataattgaacgggaggctagag 212  Q
    ||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||  || ||||||||| |||||||    
T  46356689 gacggaacacatccaagagttagcaccgagatgtatgctttttgcagatgatgtagccttggtgggtgagtcgagggaggaagtgaacgggaagctagag 46356590  T
Q  213 acctaaaggcaagccttggaagcgtattgtttccgcttgagtagaagcaagacgtagtatatggaat 279  Q
    ||||  ||||||||||| ||||||||| | | |||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  46356589 acctggaggcaagccttagaagcgtatggataccgcttgagtagaagcaagacggagtatatggaat 46356523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 13 - 266
Target Start/End: Original strand, 11593297 - 11593550
Alignment:
Q  13 ggacgtaggatggggccaccgaagatttttccataacaataggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtatt 112  Q
    ||||| |||||| | | |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  11593297 ggacgcaggatgagactaccgaagattttcccataacaataggattgcaccaagggtcaaccctaagtccttatctttttactttagttttggatgtatt 11593396  T
Q  113 gatagaacacatccaagagttagcatcgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaataattgaacgggaggctagag 212  Q
    ||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||  || |||||||||||||||||    
T  11593397 gacggaacacatccaagagttagcaccgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttggtgggtgagtcgagggaggaagtgaacgggaggctagag 11593496  T
Q  213 acctaaaggcaagccttggaagcgtattgtttccgcttgagtagaagcaagacg 266  Q
    ||||  ||||||| ||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  11593497 acctggaggcaagtcttagaagcgtatggattccgcttgagtagaagcaagacg 11593550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 19 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 39907311 - 39907051
Alignment:
Q  19 aggatggggccaccgaagatttttccataacaataggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtattgataga 118  Q
    |||||||| | || ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||  ||    
T  39907311 aggatgggactacggaagattttcccataacaataggattgcaccaagggtcaaccctaagtccttatcttttcactttagttttggatgtattgacgga 39907212  T
Q  119 acacatccaagagttagcatcgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaataattgaacgggaggctagagacctaa 218  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||      
T  39907211 acacatccaagagttagcaccgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttggtgggtgagtcgagggaggaagtgaacgggaggctagagacctgg 39907112  T
Q  219 aggcaagccttggaagcgtattgtttccgcttgagtagaagcaagacgtagtatatggaat 279  Q
    ||||||  ||| ||||| ||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  39907111 aggcaaatcttagaagcatatggattccgcttgagtagaagcaagacggagtatatggaat 39907051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 147; E-Value: 3e-77
Query Start/End: Original strand, 13 - 279
Target Start/End: Original strand, 32629952 - 32630217
Alignment:
Q  13 ggacgtaggatggggccaccgaagatttttccataacaataggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtatt 112  Q
    ||||| |||||||||  |||| ||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||| |    
T  32629952 ggacgcaggatggggataccgtagattttcccataacaataggactgcaccaagggtcaaccctaagtccttatctttttactctagttttggatgtact 32630051  T
Q  113 gatagaacacatccaagagttagcatcgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaataattgaacgggaggctagag 212  Q
     |  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||  | || ||  |||||||||||    
T  32630052 aacggaacacatccaagagttagcaccgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgctaggtgagtctagggaggagtt-aaatggaggctagag 32630150  T
Q  213 acctaaaggcaagccttggaagcgtattgtttccgcttgagtagaagcaagacgtagtatatggaat 279  Q
    ||||  ||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  32630151 acctggaggcaagccttagaagcgtatggtttccgcctgagtagaagcaagacggagtatatggaat 32630217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 145; E-Value: 5e-76
Query Start/End: Original strand, 67 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 36870173 - 36869961
Alignment:
Q  67 ggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtattgatagaacacatccaagagttagcatcgagatgtatgctttttgcagatgatgt 166  Q
    |||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  36870173 ggtcaaccttaagtccttatctttttactttagttttggatgtactgacggaacacatccaagagctagcaccgagatgtatgctttttgcagatgatgt 36870074  T
Q  167 agtcttgcttggtgagtcgagggaataattgaacgggaggctagagacctaaaggcaagccttggaagcgtattgtttccgcttgagtagaagcaagacg 266  Q
    ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||  |||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||     
T  36870073 agtcttgcttggtgagtcgagggaggaattgaacgggaggctagaggcctggaggcaagctttagaagcgtatggtttccgcttgagtagaagcaagaca 36869974  T
Q  267 tagtatatggaat 279  Q
    |||||||||||||    
T  36869973 tagtatatggaat 36869961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 13 - 256
Target Start/End: Original strand, 38896955 - 38897198
Alignment:
Q  13 ggacgtaggatggggccaccgaagatttttccataacaataggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtatt 112  Q
    ||||| |||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  38896955 ggacgcaggatgggactaccgaagattttcccataacaataggattgcaccaagggtcaaccctaagtccttatctttttgctttagttttggatgtatt 38897054  T
Q  113 gatagaacacatccaagagttagcatcgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaataattgaacgggaggctagag 212  Q
    ||  ||||||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||  || |||||||||||||||||    
T  38897055 gacggaacacatccaagagttagcaccgagatgtattcattttgcagatgatgtagtcttggttggttagtcgagggaggaagtgaacgggaggctagag 38897154  T
Q  213 acctaaaggcaagccttggaagcgtattgtttccgcttgagtag 256  Q
    || |  ||||||||||| |||| |||| | ||||||||||||||    
T  38897155 acttggaggcaagccttcgaagtgtatggattccgcttgagtag 38897198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 13 - 279
Target Start/End: Original strand, 49028625 - 49028877
Alignment:
Q  13 ggacgtaggatggggccaccgaagatttttccataacaataggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtatt 112  Q
    |||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  49028625 ggacgtaggatgggactaccgaagattttcccataacaataggattgcaccaagggtcaaccctaagtccttatctttttactttagttttggatgtatt 49028724  T
Q  113 gatagaacacatccaagagttagcatcgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaataattgaacgggaggctagag 212  Q
    ||  ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||               ||||||||||||    
T  49028725 gacggaacacatccaagagttagcaccaagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttggtaggtgagtcg--------------tgggaggctagag 49028810  T
Q  213 acctaaaggcaagccttggaagcgtattgtttccgcttgagtagaagcaagacgtagtatatggaat 279  Q
    ||||  ||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  49028811 acctggaggcaagccttagaagcgtatggattccgcttgagtagaagcaagacggagtatatggaat 49028877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 113; E-Value: 6e-57
Query Start/End: Original strand, 107 - 279
Target Start/End: Original strand, 31004662 - 31004834
Alignment:
Q  107 tgtattgatagaacacatccaagagttagcatcgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaataattgaacgggagg 206  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||  || |||||||||||    
T  31004662 tgtattgagggaacacatccaagagttagcaccgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttggtgggtgagtcgagggaggaagtgaacgggagg 31004761  T
Q  207 ctagagacctaaaggcaagccttggaagcgtattgtttccgcttgagtagaagcaagacgtagtatatggaat 279  Q
    ||||||||||  ||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  31004762 ctagagacctggaggcaagccttagaagcgtatggattccgcttgagtagaagcaagacagagtatatggaat 31004834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 20 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 24178126 - 24177867
Alignment:
Q  20 ggatggggccaccgaagatttttccataacaataggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtattgatagaa 119  Q
    ||||||||  |||||||| ||| ||| ||||||||||  | || |||||||||||||| || ||||| |||||| |||||||||||||||| |||  |||    
T  24178126 ggatggggataccgaagactttcccacaacaataggaccgcactaagggtcaaccctaagttcttatctttttattttagttttggatgtactgacggaa 24178027  T
Q  120 cacatccaagagttagcatcgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaataattgaacgggaggctagagacctaaa 219  Q
    |||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||  | || |||||||| ||||||||||  |    
T  24178026 cacgcccaagagttagcaccgagatgtatgctttttgcaaatgacgtagtcttgcttggtgagtcgagggaggatttaaacgggagactagagacctgga 24177927  T
Q  220 ggcaagccttggaagcgtattgtttccgcttgagtagaagcaagacgtagtatatggaat 279  Q
    |||||||||| ||| ||||| ||||| || ||||||| | ||||| | ||||||||||||    
T  24177926 ggcaagccttagaaacgtatggtttctgcatgagtagcatcaagatggagtatatggaat 24177867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 106; E-Value: 9e-53
Query Start/End: Original strand, 126 - 279
Target Start/End: Original strand, 37616373 - 37616526
Alignment:
Q  126 caagagttagcatcgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaataattgaacgggaggctagagacctaaaggcaag 225  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||  |||||||    
T  37616373 caagagttagcaccgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttggtgggtgagtcgagggaggaagtgaacgggaggctagagacctggaggcaag 37616472  T
Q  226 ccttggaagcgtattgtttccgcttgagtagaagcaagacgtagtatatggaat 279  Q
    |||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  37616473 ccttagaagcgtatggattccgcttgagtagaagcaagacggagtatatggaat 37616526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 81; E-Value: 7e-38
Query Start/End: Original strand, 13 - 157
Target Start/End: Original strand, 38606382 - 38606526
Alignment:
Q  13 ggacgtaggatggggccaccgaagatttttccataacaataggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtatt 112  Q
    ||||| ||||||||   |||| ||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||  |||||||| ||||| ||||||||||||||||| |    
T  38606382 ggacgcaggatgggaataccgtagatttttcgataacaataggactgcaccaagggtcaacccttagtccttatctttttgctttagttttggatgtact 38606481  T
Q  113 gatagaacacatccaagagttagcatcgagatgtatgctttttgc 157  Q
    || |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||    
T  38606482 gacagaacacatccaagagttagcaccaagatgtatgctttttgc 38606526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 63 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 21520320 - 21520198
Alignment:
Q  63 caagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtattgatagaacacatccaagagttagcatcgagatgtatgctttttgcagatg 162  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||| | |||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  | |||    
T  21520320 caagggtcaaccctaagtgcttatattttaa-tttagttttggatgtatttacggaacacatccaagagttagcaccgagatgtatgcttttt--atatg 21520224  T
Q  163 atgtagtcttgcttggtgagtcgagg 188  Q
    |||||||  ||||||| |||||||||    
T  21520223 atgtagttctgcttggagagtcgagg 21520198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 61; E-Value: 6e-26
Query Start/End: Original strand, 36 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 24426404 - 24426229
Alignment:
Q  36 gatttttccataacaataggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtattgatagaacacatccaagagttag 135  Q
    |||||||| ||||||| | ||||| |||||||||||||| || || ||||| |||||||| || ||||||||||| | ||  |||||||  |||||||||    
T  24426404 gatttttctataacaacatgattgcaccaagggtcaaccataagtgcttatctttttactataattttggatgtacttatgcaacacatttaagagttag 24426305  T
Q  136 catcgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaataattgaacgggaggctagagac 214  Q
    |||||||||||||  ||||||| |||||||| |   | |||||||||||||||||  ||||||  |||||| |||||||    
T  24426304 catcgagatgtatattttttgcggatgatgtgg---ttcttggtgagtcgagggaccaattgagtgggaggttagagac 24426229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 88 - 205
Target Start/End: Original strand, 48918817 - 48918939
Alignment:
Q  88 tttttactttagttttggatgtattgatagaacacatccaagagttagcatcgagatgtatgctttt-----tgcagatgatgtagtcttgcttggtgag 182  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||  |||||||| ||||||||| ||  |||||||||  ||||     |||||||||||||||||| |||||||||    
T  48918817 tttttactttagttttggatgtatcgacggaacacattcaagagttaacactgagatgtatttttttttttttgcagatgatgtagtcttacttggtgag 48918916  T
Q  183 tcgagggaataattgaacgggag 205  Q
    |||| |||| |||| ||||||||    
T  48918917 tcgaaggaagaattaaacgggag 48918939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 49; E-Value: 9e-19
Query Start/End: Original strand, 203 - 279
Target Start/End: Original strand, 38606540 - 38606616
Alignment:
Q  203 gaggctagagacctaaaggcaagccttggaagcgtattgtttccgcttgagtagaagcaagacgtagtatatggaat 279  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||| |||| |||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  38606540 gaggctagagacctggaggcaagccttagaagtgtatggtttccgcctgagtagaagcaagacggagtatatggaat 38606616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 38 - 145
Target Start/End: Original strand, 20499478 - 20499585
Alignment:
Q  38 tttttccataacaataggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtattgatagaacacatccaagagttagca 137  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| | |||| || | |||||| ||||||||||| ||||||||||| |    ||||||||||||||| |||||    
T  20499478 tttttccataacaataggattgcaccaaggttgaaccataagcccttatctttttactttacttttggatgtacttgcggaacacatccaagagctagca 20499577  T
Q  138 tcgagatg 145  Q
     |||||||    
T  20499578 ccgagatg 20499585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 36 - 110
Target Start/End: Complemental strand, 48055732 - 48055658
Alignment:
Q  36 gatttttccataacaataggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgta 110  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||| || | |||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  48055732 gatttttccataacaataggattgcaccaaggctgaaccataagcccttatctttttactttacttttggatgta 48055658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 30 - 86
Target Start/End: Original strand, 22346810 - 22346866
Alignment:
Q  30 accgaagatttttccataacaataggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttat 86  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||    
T  22346810 accgaagattttcccataacaataggattgcaccatgggtcaaccctaagtccttat 22346866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 43 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 43793941 - 43793777
Alignment:
Q  43 ccataacaataggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtattgatagaacacatccaagagttagcatcgag 142  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||| | ||| ||| | |||||| |||| || ||||| ||||||||| | | | ||||||||||||||  |||| | ||    
T  43793941 ccataacaataagattgcaccaaggttgaacactaagcccttatcttttcaccttagtgttggatgtacttacaaaacacatccaagagcgagcaccaag 43793842  T
Q  143 atgtatgct-ttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaataattgaacgggagg 206  Q
    ||||||||| ||||||| ||||| ||||| | ||||| ||||| | |||| |||| || ||||||    
T  43793841 atgtatgcttttttgcaaatgatatagtcctacttggagagtcaaaggaagaattaaatgggagg 43793777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 53 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 23088013 - 23087894
Alignment:
Q  53 aggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtattgatagaacacatccaagagttagcatcgagatgtatgctt 152  Q
    ||||||| ||||||||| || ||||   |||||| | || || |||||||||||| || | | | ||||||||||| || |||||  ||||||||||  |    
T  23088013 aggattggaccaagggttaatcctaatcccttatctattaacattagttttggatatacttacaaaacacatccaacagatagcactgagatgtatgtat 23087914  T
Q  153 tttgcagatgatgtagtctt 172  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  23087913 tttgcagatgatgtagtctt 23087894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 19 - 74
Target Start/End: Complemental strand, 36870256 - 36870201
Alignment:
Q  19 aggatggggccaccgaagatttttccataacaataggattgtaccaagggtcaacc 74  Q
    |||||||||  |||| | ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  36870256 aggatggggataccgcaaattttcccataacaataggattgcaccaagggtcaacc 36870201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 175; Significance: 6e-94; HSPs: 16)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 175; E-Value: 6e-94
Query Start/End: Original strand, 13 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 51448647 - 51448385
Alignment:
Q  13 ggacgtaggatggggccaccgaagatttttccataacaataggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtatt 112  Q
    ||||| |||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  51448647 ggacgcaggatgggactaccgaagattttcccataacaataggattgcaccaagggtcaaccctaagtccttatctttttactttagttttggatgtatt 51448548  T
Q  113 gatagaacacatccaagagttagcatcgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaataattgaacgggaggctagag 212  Q
    ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||  || ||||||||| |||||||    
T  51448547 gacggaacacatccaagagttagcatcgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttggtgggtgagttgagggaggaagtgaacgggacgctagag 51448448  T
Q  213 acctaaaggcaagccttggaagcgtattgtttccgcttgagtagaagcaagacgtagtatatg 275  Q
    ||||| ||||||| ||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  51448447 acctagaggcaagtcttagaagcgtatggattccgcttgagtagaagcaagacggagtatatg 51448385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 151; E-Value: 1e-79
Query Start/End: Original strand, 13 - 279
Target Start/End: Original strand, 52138172 - 52138438
Alignment:
Q  13 ggacgtaggatggggccaccgaagatttttccataacaataggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtatt 112  Q
    ||||| |||||||| | |||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  52138172 ggacgcaggatgggactaccgaagattttcccataacaatagaattgcaccaaggatcaaccctaagtccttatctttttactttagttttggatgtatt 52138271  T
Q  113 gatagaacacatccaagagttagcatcgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaataattgaacgggaggctagag 212  Q
    ||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||| | |||||||| |||||  ||  ||||||||||||||||    
T  52138272 gacggaacacatccaagagttagcaccgagatgtatgctttttacacatgatgtagtcttggtgggtgagtcaagggaggaagggaacgggaggctagag 52138371  T
Q  213 acctaaaggcaagccttggaagcgtattgtttccgcttgagtagaagcaagacgtagtatatggaat 279  Q
    ||||  ||||||||||| ||||||||| | ||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  52138372 acctggaggcaagccttagaagcgtatggattctgtttgagtagaagcaagacggagtatatggaat 52138438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 22 - 279
Target Start/End: Original strand, 38849447 - 38849704
Alignment:
Q  22 atggggccaccgaagatttttccataacaataggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtattgatagaaca 121  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||   || |||||||| |||||  ||||||||||||||||  |   |||||    
T  38849447 atggggctaccaaagatttttccataacagtaggattgcaccaagggtcaattgtaagtccttatcttttttatttagttttggatgtacgggcggaaca 38849546  T
Q  122 catccaagagttagcatcgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaataattgaacgggaggctagagacctaaagg 221  Q
    | ||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||  |||||||||||| ||  |||    
T  38849547 cgtccaagagtaagcaccgagatgtatgctttttgtagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgaaggaggaattgaataggaggctagagatctggagg 38849646  T
Q  222 caagccttggaagcgtattgtttccgcttgagtagaagcaagacgtagtatatggaat 279  Q
    |||||| |  || ||||| ||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||    
T  38849647 caagccctataatcgtatggtttccgcttgagtaaaagtaagacggagtatatggaat 38849704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 117 - 279
Target Start/End: Original strand, 25190827 - 25190989
Alignment:
Q  117 gaacacatccaagagttagcatcgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaataattgaacgggaggctagagacct 216  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | || || ||||||||||||||||    
T  25190827 gaacacatccaagagttagcaccgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaggagttaaatgggaggctagagacct 25190926  T
Q  217 aaaggcaagccttggaagcgtattgtttccgcttgagtagaagcaagacgtagtatatggaat 279  Q
    | ||||| ||||| |||| || |  |||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  25190927 agaggcacgccttagaagtgtgtgatttccgattaagtagaagcaagacggagtatatggaat 25190989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 91; E-Value: 8e-44
Query Start/End: Original strand, 141 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 47542521 - 47542383
Alignment:
Q  141 agatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaataattgaacgggaggctagagacctaaaggcaagccttggaagcgtatt 240  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||     
T  47542521 agatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttggtgggtgagtcgagggaggaagtgaacgggaggctagagacctggaggcaagccttagaagcgtatg 47542422  T
Q  241 gtttccgcttgagtagaagcaagacgtagtatatggaat 279  Q
    | |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  47542421 gattccgcttgagtagaagcaagacggagtgtatggaat 47542383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 79 - 279
Target Start/End: Original strand, 19757397 - 19757594
Alignment:
Q  79 gtccttatatttttactttagttttggatgtattgatagaacacatccaagagttagcatcgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttgg 178  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||   ||  ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||    
T  19757397 gtccttacatttttactttagttttggatgt---gacggaacacatccaagagttagcaccaagatgtatgctttttgcagatgatgcagtcctgcttgg 19757493  T
Q  179 tgagtcgagggaataattgaacgggaggctagagacctaaaggcaagccttggaagcgtattgtttccgcttgagtagaagcaagacgtagtatatggaa 278  Q
     |||| ||||||  ||||||| |||||| ||||||| |  || |||||||| ||||||||| |  ||||| | ||||||||||||||  |||||||||||    
T  19757494 agagttgagggaggaattgaatgggaggttagagacttggagacaagccttagaagcgtatggcatccgccttagtagaagcaagacagagtatatggaa 19757593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 83; E-Value: 5e-39
Query Start/End: Original strand, 79 - 279
Target Start/End: Original strand, 19736579 - 19736776
Alignment:
Q  79 gtccttatatttttactttagttttggatgtattgatagaacacatccaagagttagcatcgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttgg 178  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||   ||  ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||    
T  19736579 gtccttacatttttactttagttttggatgt---gacggaacacatccaagagttagcaccaagatgtatgctttttgcagatgatgcagtcctgcttgg 19736675  T
Q  179 tgagtcgagggaataattgaacgggaggctagagacctaaaggcaagccttggaagcgtattgtttccgcttgagtagaagcaagacgtagtatatggaa 278  Q
     |||| ||||||  ||||||| |||||  ||||||| || || |||||||| |||| |||| |  ||||| | ||||||||||||||  |||||||||||    
T  19736676 agagttgagggaggaattgaatgggagattagagacttagagacaagccttagaagtgtatggcatccgccttagtagaagcaagacagagtatatggaa 19736775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 21 - 279
Target Start/End: Original strand, 9258238 - 9258493
Alignment:
Q  21 gatggggccaccgaagatttttccataacaataggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtattgatagaac 120  Q
    |||||||  |||||| ||||| ||| ||||||||||| | ||||| || |||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||| | |  ||||    
T  9258238 gatggggttaccgaatattttcccacaacaataggatggcaccaatggacaaccccaagtccttatctttttactttagttttggatgtacttacggaac 9258337  T
Q  121 acatccaagagttagcatcgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaataattgaacgggaggctagagacctaaa- 219  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||  ||       ||| |||||||||||||||||| | |||||| || ||||||||||||||| |     
T  9258338 acatccaagagttagcaccgagatgtatgttttctgtcga------cgtcatgcttggtgagtcgagggga-aattgaccgagaggctagagacctagaa 9258430  T
Q  220 ---ggcaagccttggaagcgtattgtttccgcttgagtagaagcaagacgtagtatatggaat 279  Q
       | ||||||||  |||||| | |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  9258431 attgacaagccttaaaagcgtgtggtttccgcctgagtagaagcaagacggagtatatggaat 9258493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 54 - 279
Target Start/End: Original strand, 29816890 - 29817115
Alignment:
Q  54 ggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtattgatagaacacatccaagagttagcatcgagatgtatgcttt 153  Q
    |||||| ||||||| ||||||||| | |||||  ||||||| |||| |||||||||| | | | ||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||    
T  29816890 ggattgcaccaaggctcaaccctaagcccttacctttttaccttaggtttggatgtacttacaaaacacatcctagagttagcaccgagatgtatgtttt 29816989  T
Q  154 ttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaataattgaacgggaggctagagacctaaaggcaagccttggaagcgtattgtttccgcttgag 253  Q
    ||| |||||||  |||| | ||||| ||||| |||||  ||||||||| |||  || |||| || || |||||||| |||| || | | ||| || |||     
T  29816990 ttgaagatgatacagtcctacttggagagtcaagggatgaattgaacgcgagcttatagacttagagacaagccttagaagtgtgtggcttctgcctgaa 29817089  T
Q  254 tagaagcaagacgtagtatatggaat 279  Q
    ||||| ||||||  ||||||||||||    
T  29817090 tagaatcaagacagagtatatggaat 29817115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 19 - 275
Target Start/End: Original strand, 48221131 - 48221390
Alignment:
Q  19 aggatggggccaccgaagatttttccataacaataggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtattgataga 118  Q
    |||||| | ||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||   ||||| || |  | || ||||||||||||||||| |||||| |   | |    
T  48221131 aggatgcgaccaccgacgaattttccataacaataggattgcaccaagaaccaaccttaggatcataaatttttactttagttttagatgtacttgcaaa 48221230  T
Q  119 acacatccaagagttagcatcgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaataattgaacgggaggctagagacctaa 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  || |||||| ||||||||||  ||| | | |||||||| ||  ||||||| |||||| |  |||| |      
T  48221231 acacatccaagagttagcatcgagatgtacactctttgcatatgatgtagttctgcattgagagtcgagagaggaattgaatgggaggttgaagacttgg 48221330  T
Q  219 aggcaagccttggaagc---gtattgtttccgcttgagtagaagcaagacgtagtatatg 275  Q
    || |||||||| |||||    ||| |||||| ||| |||||||| ||||| |||||||||    
T  48221331 agacaagccttagaagcacattatggtttccacttaagtagaagtaagacatagtatatg 48221390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 43 - 239
Target Start/End: Original strand, 27916945 - 27917142
Alignment:
Q  43 ccataacaataggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtattgatagaacacatccaagagttagcatcgag 142  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| || || | ||||| ||||||||||||||||| | |||| |  ||  | |||||||| |||||| | ||||    
T  27916945 ccataacaataggattgcaccaagggtcatccataagcccttacatttttactttagttttagttgtacttctaataaacatccaaaagttagtaccgag 27917044  T
Q  143 atgtatgctttttgcagatgatg-tagtcttgcttggtgagtcgagggaataattgaacgggaggctagagacctaaaggcaagccttggaagcgtat 239  Q
    |||||||  ||||| |||||||| ||||| ||||| | ||  |||||||  ||||||| | |||| || |||| | ||| ||||||||  ||||||||    
T  27917045 atgtatgagttttgaagatgatgttagtcctgcttagagacacgagggaggaattgaatgagaggttaaagacttgaagacaagccttataagcgtat 27917142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 95 - 199
Target Start/End: Original strand, 6779330 - 6779434
Alignment:
Q  95 tttagttttggatgtattgatagaacacatccaagagttagcatcgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaataa 194  Q
    |||||||||| ||||||| || || |||||||||||| || ||| ||  || |||||||||||||||||||||||  ||||| | || ||||||||  ||    
T  6779330 tttagttttgtatgtatttatggagcacatccaagagataccattgaagtgcatgctttttgcagatgatgtagttctgcttagagaatcgagggaggaa 6779429  T
Q  195 ttgaa 199  Q
    |||||    
T  6779430 ttgaa 6779434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 37 - 155
Target Start/End: Complemental strand, 26592354 - 26592236
Alignment:
Q  37 atttttccataacaataggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtattgatagaacacatccaagagttagc 136  Q
    |||||| ||||| ||||| |||  ||| || || ||| ||| || |||||| |||||||||| ||| ||||||| | | ||||||| |||||||||||||    
T  26592354 attttttcataataatagaattacacctagagttaactctaagttcttataattttactttactttgggatgtacttacagaacacgtccaagagttagc 26592255  T
Q  137 atcgagatgtatgcttttt 155  Q
    || | |||||||| |||||    
T  26592254 attgtgatgtatgtttttt 26592236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 37 - 158
Target Start/End: Complemental strand, 50630235 - 50630114
Alignment:
Q  37 atttttccataacaataggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtattgatagaacacatccaagagttagc 136  Q
    ||||| ||| || |||||||||   |||||| ||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||| || | |  ||||||||||||| | ||||    
T  50630235 attttcccacaataataggattaccccaaggttcaaccctaagcccttatctttttactttagttttggatttacttacggaacacatccaagtgctagc 50630136  T
Q  137 atcgagatgtatgctttttgca 158  Q
    | | || || ||| ||||||||    
T  50630135 accaaggtgcatgatttttgca 50630114  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 55 - 110
Target Start/End: Original strand, 26388153 - 26388208
Alignment:
Q  55 gattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgta 110  Q
    ||||| ||||||||| ||||||  | |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  26388153 gattgcaccaagggttaacccttagcccttatttttttactttagttttggatgta 26388208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 246 - 279
Target Start/End: Original strand, 805519 - 805552
Alignment:
Q  246 cgcttgagtagaagcaagacgtagtatatggaat 279  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  805519 cgcttgagtagaagcaagacggagtatatggaat 805552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 171; Significance: 1e-91; HSPs: 19)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 13 - 279
Target Start/End: Original strand, 20318335 - 20318601
Alignment:
Q  13 ggacgtaggatggggccaccgaagatttttccataacaataggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtatt 112  Q
    ||||| |||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  20318335 ggacgcaggatgggactaccgaagattttcccataacaataggattgcaccaagggtcaaccctaagtccttatctttttactttagttttggatgtatt 20318434  T
Q  113 gatagaacacatccaagagttagcatcgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaataattgaacgggaggctagag 212  Q
    ||   ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||  || |||||||||||||||||    
T  20318435 gacgaaacacattcaagagttagcaccgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttcatgggtgagtcgagggaggaagtgaacgggaggctagag 20318534  T
Q  213 acctaaaggcaagccttggaagcgtattgtttccgcttgagtagaagcaagacgtagtatatggaat 279  Q
    ||||  ||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  20318535 acctggaggcaagccttagaagcgtatggattccgcttgagtagaagcaagacggagtatatggaat 20318601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 167; E-Value: 3e-89
Query Start/End: Original strand, 13 - 279
Target Start/End: Original strand, 1274609 - 1274875
Alignment:
Q  13 ggacgtaggatggggccaccgaagatttttccataacaataggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtatt 112  Q
    ||||| |||||||| | |||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  1274609 ggacgcaggatgggactaccgaagattttcccataacaatagaattgcaccaagggtcaaccctaagtccttatctttttactttagttttggatgtatt 1274708  T
Q  113 gatagaacacatccaagagttagcatcgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaataattgaacgggaggctagag 212  Q
    ||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||  || |||||  ||||||||||    
T  1274709 gacggaacacatccaagagttagcaccgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttggtgggtgagtcgagggaggaagtgaacatgaggctagag 1274808  T
Q  213 acctaaaggcaagccttggaagcgtattgtttccgcttgagtagaagcaagacgtagtatatggaat 279  Q
    ||||  ||||||||||| ||||||||| | ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  1274809 acctggaggcaagccttagaagcgtatggattccggttgagtagaagcaagacggagtatatggaat 1274875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 167; E-Value: 3e-89
Query Start/End: Original strand, 13 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 1288527 - 1288261
Alignment:
Q  13 ggacgtaggatggggccaccgaagatttttccataacaataggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtatt 112  Q
    ||||| |||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1288527 ggacgcaggatgggactaccgaagattttcccataacaataggattgcaccaagggtcaaccctaagtccttatatttttactttagttttggatgtatt 1288428  T
Q  113 gatagaacacatccaagagttagcatcgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaataattgaacgggaggctagag 212  Q
    ||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||| ||||||||  || |||||||||| ||||||    
T  1288427 gacggaacacatccaagagttagcaccgagatgtatgctttttgcagatgatgtggtcttggtgggtgattcgagggaggaagtgaacgggagactagag 1288328  T
Q  213 acctaaaggcaagccttggaagcgtattgtttccgcttgagtagaagcaagacgtagtatatggaat 279  Q
    ||||  || |||||||| ||||||||| | ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  1288327 acctggagacaagccttagaagcgtatggattctgcttgagtagaagcaagacggagtatatggaat 1288261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 167; E-Value: 3e-89
Query Start/End: Original strand, 13 - 279
Target Start/End: Original strand, 24177868 - 24178134
Alignment:
Q  13 ggacgtaggatggggccaccgaagatttttccataacaataggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtatt 112  Q
    ||||| |||||||| | |||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||| |||||||||    
T  24177868 ggacgcaggatgggactaccgaagattttccgataacaataggattgcaccaagggtcaaccctaagtcctaatctttttactttagtttgggatgtatt 24177967  T
Q  113 gatagaacacatccaagagttagcatcgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaataattgaacgggaggctagag 212  Q
    ||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||  || |||||||||||||||||    
T  24177968 gacggaacacatccaagagttagcaccgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttggtgagtgagtcgagggaggaagtgaacgggaggctagag 24178067  T
Q  213 acctaaaggcaagccttggaagcgtattgtttccgcttgagtagaagcaagacgtagtatatggaat 279  Q
    |||| |||||||||||| |||| |||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  24178068 acctgaaggcaagccttagaagtgtatggattccgcttgagtagaagcaagacggagtatatggaat 24178134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 158; E-Value: 8e-84
Query Start/End: Original strand, 30 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 2076395 - 2076146
Alignment:
Q  30 accgaagatttttccataacaataggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtattgatagaacacatccaag 129  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  2076395 accgaagattttcccacaacaataggattgcaccaagggtcaaccctaagtccttatctttttactttagttttggatgtattgacggaacacatccaag 2076296  T
Q  130 agttagcatcgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaataattgaacgggaggctagagacctaaaggcaagcctt 229  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||  || |||||||||||||||||| ||  |||||||||||    
T  2076295 agttagcaccgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttggtgggtgagtcaagggaggaagtgaacgggaggctagagagctggaggcaagcctt 2076196  T
Q  230 ggaagcgtattgtttccgcttgagtagaagcaagacgtagtatatggaat 279  Q
     ||||||||| | |||||||||||||||||||||||  |||| |||||||    
T  2076195 agaagcgtatggattccgcttgagtagaagcaagacagagtacatggaat 2076146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 149; E-Value: 2e-78
Query Start/End: Original strand, 35 - 279
Target Start/End: Original strand, 3394077 - 3394321
Alignment:
Q  35 agatttttccataacaataggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtattgatagaacacatccaagagtta 134  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||| | |||||| |||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||    
T  3394077 agattttcccataacaataggattgcaccaagggtaaaccctaagtccttatctctttactctagttttggatgtactgacggaacacatccaagagtta 3394176  T
Q  135 gcatcgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaataattgaacgggaggctagagacctaaaggcaagccttggaag 234  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  | || || ||||||||||||||||  ||||||||||| ||||    
T  3394177 gcaccgagatgtatgctttttgcagatgatgcagtcttgcttggtgagtcgagggaggagttaaatgggaggctagagacctggaggcaagccttagaag 3394276  T
Q  235 cgtattgtttccgcttgagtagaagcaagacgtagtatatggaat 279  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  3394277 cgtatggtttccgcctgagtagaagcaagacagagtatatggaat 3394321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 61 - 279
Target Start/End: Original strand, 10638690 - 10638907
Alignment:
Q  61 accaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtattgatagaacacatccaagagttagcatcgagatgtatgctttttgcaga 160  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  10638690 accaagggtcaaccctaagtccttatctttttactttagttttggatgtattgacggaacacatccaagagttagcaccgagatgtatgctttttgcaga 10638789  T
Q  161 tgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaataattgaacgggaggctagagacctaaaggcaagccttggaagcgtattgtttccgcttgagtagaagc 260  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||||||  || ||||||| |||||||||||||  ||||||||||| ||||||||| | || ||||||||||||||     
T  10638790 tgatgtagtcttggtgggtgagtcgagggaggaagtgaacggtaggctagagacctggaggcaagccttagaagcgtatggatt-cgcttgagtagaaga 10638888  T
Q  261 aagacgtagtatatggaat 279  Q
    |||||| ||||||||||||    
T  10638889 aagacggagtatatggaat 10638907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 135; E-Value: 4e-70
Query Start/End: Original strand, 13 - 279
Target Start/End: Original strand, 3301193 - 3301459
Alignment:
Q  13 ggacgtaggatggggccaccgaagatttttccataacaataggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtatt 112  Q
    ||||| |||||||||  || | ||||||| || |||||| |||| |  ||||||||| ||||||| |||||||| | |||||| |||||||||||||| |    
T  3301193 ggacgcaggatggggatactgtagattttcccttaacaaaaggactccaccaagggtaaaccctaagtccttatctctttactctagttttggatgtact 3301292  T
Q  113 gatagaacacatccaagagttagcatcgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaataattgaacgggaggctagag 212  Q
    || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||  |||| || ||||||||||||    
T  3301293 gacagaacacatccaagagttagcaccgagatgtatgctttttgcagatgatgcaatcttgcttggtgagttgagggaggaattaaatgggaggctagag 3301392  T
Q  213 acctaaaggcaagccttggaagcgtattgtttccgcttgagtagaagcaagacgtagtatatggaat 279  Q
    ||||  ||||||||||| |||| |||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  3301393 acctggaggcaagccttagaagagtatggtttccgcctgagtagaagcaagacggagtatatggaat 3301459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 83 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 28977725 - 28977529
Alignment:
Q  83 ttatatttttactttagttttggatgtattgatagaacacatccaagagttagcatcgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgag 182  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |    
T  28977725 ttatctttttactttagttttggatgtattgacggaacacatccaagagttagcaccgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttggtgggtggg 28977626  T
Q  183 tcgagggaataattgaacgggaggctagagacctaaaggcaagccttggaagcgtattgtttccgcttgagtagaagcaagacgtagtatatggaat 279  Q
    || |||||  || |||||||||||||| || |||  ||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  28977625 tcaagggaggaagtgaacgggaggctataggcctggaggcaagccttagaagcgtatggattccgcttgagtagaagcaagacggagtatatggaat 28977529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 119; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 13 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 12493300 - 12493106
Alignment:
Q  13 ggacgtaggatggggccaccgaagatttttccataacaataggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtatt 112  Q
    ||||| |||||||| | |||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  12493300 ggacgcaggatgggactaccgaatattttcccataacaataggattgcaccaagggtcaaccctaactccttatctttttactttagttttggatgtatt 12493201  T
Q  113 gatagaacacatccaagagttagcatcgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaataattgaacgggaggc 207  Q
    ||  ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||  || ||||||||||||    
T  12493200 gacggaacacatccaagagttagcaccaagatgtatgctttttgcagatgatgtaatcttggtgggtgagtcgagggaggaagtgaacgggaggc 12493106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 29 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 31502969 - 31502798
Alignment:
Q  29 caccgaagatttttccataacaataggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtattgatagaacacatccaa 128  Q
    ||||||||||||  || |||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||| |||| || ||| ||||||||||| | | | |||| ||||||    
T  31502969 caccgaagatttccccttaacaataggattgtaccaaggttcaacactacgtccttatcttttcaccttaattttggatgtacttacaaaacaaatccaa 31502870  T
Q  129 g-agttagcatcgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaataattgaa 199  Q
    | |   |||| | ||||| |||||||||||||||||  ||||||| ||||| |||||||  ||| |||||||    
T  31502869 gaaacgagcaccaagatgcatgctttttgcagatgagatagtcttacttggagagtcgaaagaagaattgaa 31502798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 36 - 279
Target Start/End: Original strand, 27298 - 27540
Alignment:
Q  36 gatttttccataacaataggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtattgatagaacacatccaagagttag 135  Q
    |||||| || |||||||||||||| || |||| |||||| || |  ||||  |||||| ||| |||||||||||| |    || || |||||||||||||    
T  27298 gattttcccgtaacaataggattgcacgaaggatcaacc-taagctcttacctttttatttttgttttggatgtacttgcggaccatatccaagagttag 27396  T
Q  136 catcgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaataattgaacgggaggctagagacctaaaggcaagccttggaagc 235  Q
    || ||||||||||| ||||||  |||||||||||| || |||| ||| |||||||  ||||||| |||| | | ||||| || |  ||||| || |||||    
T  27397 caacgagatgtatgttttttgtcgatgatgtagtcctgtttggagagacgagggaggaattgaatgggaagttggagacttagatacaagcgttagaagc 27496  T
Q  236 gtattgtttccgcttgagtagaagcaagacgtagtatatggaat 279  Q
    |||    ||||||||||||| |||||||||  |||||| |||||    
T  27497 gtaggacttccgcttgagtaaaagcaagacagagtatagggaat 27540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 13 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 43558737 - 43558567
Alignment:
Q  13 ggacgtaggatggggccaccgaagatttttccataacaataggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtatt 112  Q
    ||||| ||||| ||||||||| | ||||| | ||||||||||||||| || |||||||||||||        |  |||| |||||||||||||||||| |    
T  43558737 ggacgcaggatagggccaccgcaaattttccaataacaataggattgcactaagggtcaaccctc-------aacttttcactttagttttggatgtact 43558645  T
Q  113 gatagaacacatccaagagttagcatcgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgaggga 190  Q
     |  ||||||||||||||| || || |||||| ||||| ||||| ||||||||||||| | ||||| |||| ||||||    
T  43558644 tacggaacacatccaagagctaacaccgagatatatgcgttttgtagatgatgtagtccttcttggagagttgaggga 43558567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 50 - 190
Target Start/End: Original strand, 25937459 - 25937600
Alignment:
Q  50 aataggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttgg-atgtattgatagaacacatccaagagttagcatcgagatgtat 148  Q
    |||||||||| ||||||| |||| |||| |||||| ||||| ||||||||||||   ||||| | || | | ||||||||| ||||||| |||||||||     
T  25937459 aataggattgcaccaaggatcaatcctaagtccttgtatttatactttagtttttttatgtacttatgggatacatccaagtgttagcaccgagatgtaa 25937558  T
Q  149 gctttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgaggga 190  Q
      |||||| ||||||| |||| |||||||| |||||||||||    
T  25937559 cttttttgtagatgatatagttttgcttggagagtcgaggga 25937600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 44 - 201
Target Start/End: Original strand, 37123944 - 37124101
Alignment:
Q  44 cataacaataggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtattgatagaacacatccaagagttagcatcgaga 143  Q
    |||||||||| ||||  ||||||  |||| | || | |||||| || |||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||| || ||| |||||||    
T  37123944 cataacaataagattacaccaagaatcaatcataagcccttatcttcttactttagttttggatgtatttatagaatacattcaatagctagtatcgaga 37124043  T
Q  144 tgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaataattgaacg 201  Q
      ||||||||||| |||||| |||||| || || | ||||| |||||  |||||||||    
T  37124044 catatgctttttgtagatgaggtagtcctgttttgagagtcaagggacgaattgaacg 37124101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 114 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 16134873 - 16134781
Alignment:
Q  114 atagaacacatccaagagttagcatcgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaataattgaacgggagg 206  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| |||||| |||||||  || ||||| ||||  || || | |||||||||||| |||| || ||||||    
T  16134873 atagaacacatccaagagtgagcatcaagatgtttgcttttcacatatgatatagtgctgatttgagagtcgagggaagaattaaatgggagg 16134781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 25 - 239
Target Start/End: Original strand, 40383812 - 40384027
Alignment:
Q  25 gggccaccgaagatttttccataacaataggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtattgatagaacacat 124  Q
    |||||||||| |||||||| |||||| || ||| | ||||| | |||||  ||   | |||| ||||||||||||| ||||||||| | | | |||| ||    
T  40383812 gggccaccgacgatttttcaataacattatgatcgcaccaatgatcaacattaaaccattatctttttactttagtcttggatgtacttacataacatat 40383911  T
Q  125 ccaagagttagcatcgagatgtatgctttt-tgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaataattgaacgggaggctagagacctaaaggca 223  Q
     |||||| |||||  ||||||||||||||| | ||||| ||||| || | ||||  |||| ||||||  |||||||||| ||  | ||||| || || ||    
T  40383912 tcaagagctagcactgagatgtatgcttttatacagatcatgtaatcatacttgaagagttgagggaggaattgaacggaagattggagacatagagaca 40384011  T
Q  224 agccttggaagcgtat 239  Q
    ||||||  ||||||||    
T  40384012 agccttaaaagcgtat 40384027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 82 - 155
Target Start/End: Original strand, 35685268 - 35685340
Alignment:
Q  82 cttatatttttactttagttttggatgtattgatagaacacatccaagagttagcatcgagatgtatgcttttt 155  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||| ||||| || |||||||| |||||| ||||| | ||||||||| |||||    
T  35685268 cttatctttttgctttagttttgga-gtatttatggaacacattcaagaggtagcaccaagatgtatgtttttt 35685340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 247 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 12493091 - 12493059
Alignment:
Q  247 gcttgagtagaagcaagacgtagtatatggaat 279  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  12493091 gcttgagtagaagcaagacggagtatatggaat 12493059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 171; Significance: 1e-91; HSPs: 20)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 13 - 275
Target Start/End: Original strand, 2609872 - 2610134
Alignment:
Q  13 ggacgtaggatggggccaccgaagatttttccataacaataggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtatt 112  Q
    ||||| |||||||| | ||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  2609872 ggacgcaggatgggactaccaaagattttcccataacaataggattgcaccaagggtcaaccctaagtccttatctttttactttagttttggatgtatt 2609971  T
Q  113 gatagaacacatccaagagttagcatcgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaataattgaacgggaggctagag 212  Q
    ||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||  || ||||||||||||||||     
T  2609972 gacggaacacatccaagagttagcaccgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttggtgggtgagtcgagggaggaagtgaacgggaggctagaa 2610071  T
Q  213 acctaaaggcaagccttggaagcgtattgtttccgcttgagtagaagcaagacgtagtatatg 275  Q
    ||||  ||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  2610072 acctggaggcaagccttagaagcgtatggattccgcttgagtagaagcaagacggagtatatg 2610134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 170; E-Value: 6e-91
Query Start/End: Original strand, 14 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 24584543 - 24584278
Alignment:
Q  14 gacgtaggatggggccaccgaagatttttccataacaataggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtattg 113  Q
    |||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |     
T  24584543 gacgcaggatggggctaccgaagattttcccataacaataggattgcaccaagggtcaaccctaagtccttatctttttactttagttttggatgtacta 24584444  T
Q  114 atagaacacatccaagagttagcatcgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaataattgaacgggaggctagaga 213  Q
    |  |||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||    
T  24584443 acggaacacatccaagagttatcaccgagatgtatgttttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcaagggaggaattgaacgggaggctagaga 24584344  T
Q  214 cctaaaggcaagccttggaagcgtattgtttccgcttgagtagaagcaagacgtagtatatggaat 279  Q
    || |||||| || ||| |||||||||  ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  24584343 cccaaaggccagtcttagaagcgtatgatttccgcttgagtagaaacaagacggagtatatggaat 24584278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 167; E-Value: 3e-89
Query Start/End: Original strand, 13 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 452554 - 452288
Alignment:
Q  13 ggacgtaggatggggccaccgaagatttttccataacaataggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtatt 112  Q
    ||||| |||||| | | |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  452554 ggacgcaggatgagactaccgaagattttcccataacaataggattgcaccaagggtcaaccctaagtccttatctttttactttagttttggatgtatt 452455  T
Q  113 gatagaacacatccaagagttagcatcgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaataattgaacgggaggctagag 212  Q
    ||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||| ||||||  || |||||||||||||||||    
T  452454 gacggaacacatccaagagttagcaccgagatgtatgctttttacagatgatgtagtcttggtgggtgagttgagggaggaagtgaacgggaggctagag 452355  T
Q  213 acctaaaggcaagccttggaagcgtattgtttccgcttgagtagaagcaagacgtagtatatggaat 279  Q
    ||||  ||||||||||| ||||||||| | |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  452354 acctggaggcaagccttagaagcgtatggattccacttgagtagaagcaagacggagtatatggaat 452288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 19 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 45368557 - 45368297
Alignment:
Q  19 aggatggggccaccgaagatttttccataacaataggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtattgataga 118  Q
    |||||||||  |||| ||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||    
T  45368557 aggatggggataccgtagattttcccataacaataggactgcaccaagggtcaaccctaagtccttatctttttactttagttttggatgtattgacgga 45368458  T
Q  119 acacatccaagagttagcatcgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaataattgaacgggaggctagagacctaa 218  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | || || ||||||||||||||||      
T  45368457 acacatccaagaattagcaccgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaggagttaaatgggaggctagagacctgg 45368358  T
Q  219 aggcaagccttggaagcgtattgtttccgcttgagtagaagcaagacgtagtatatggaat 279  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||  |||||||||||    
T  45368357 aggcaagccttagaagcgtatggttttcgcctgagtagaagcaagacggggtatatggaat 45368297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 143; E-Value: 7e-75
Query Start/End: Original strand, 13 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 38453556 - 38453291
Alignment:
Q  13 ggacgtaggatggggccaccgaagatttttccataacaataggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtatt 112  Q
    ||||| ||||||||   |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || | |||||||||||||||||||||||    
T  38453556 ggacgcaggatgggattaccgaagattttcccataacaataggattgcaccaagggtcaaccctaagtcctcatctctttactttagttttggatgtatt 38453457  T
Q  113 gatagaacacatccaagagttagcatcgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaataattgaacgggaggctagag 212  Q
    || | |||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||  || |||||||||||||||||    
T  38453456 gacaaaacacatccaagagttagcaccgagatgtatgtattttgcagatgatgtagtcttggtgggtgagtcgagggaggaagtgaacgggaggctagag 38453357  T
Q  213 acctaaaggcaagccttggaagcgtattgtttccgcttgagtagaagcaagacgtagtatatggaat 279  Q
    | ||  |||||| || | ||||||||| | |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  38453356 a-ctggaggcaaaccatagaagcgtatggattccgcttaagtagaagcaagacggagtatatggaat 38453291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 79 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 12475293 - 12475093
Alignment:
Q  79 gtccttatatttttactttagttttggatgtattgatagaacacatccaagagttagcatcgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttgg 178  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||    
T  12475293 gtccttttctttttactttagttttggatgtattgacggaacacatccaagagttagcaccgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttggtggg 12475194  T
Q  179 tgagtcgagggaataattgaacgggaggctagagacctaaaggcaagccttggaagcgtattgtttccgcttgagtagaagcaagacgtagtatatggaa 278  Q
    ||||||||||||  || |||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||| | |||| |||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  12475193 tgagtcgagggaggaagtgaacgggaggctagagacctggaggcaagccttagaagcgtatggattcctcttgagtataagcaagacggagtatatggaa 12475094  T
Q  279 t 279  Q
    |    
T  12475093 t 12475093  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 128; E-Value: 6e-66
Query Start/End: Original strand, 30 - 225
Target Start/End: Original strand, 8180156 - 8180351
Alignment:
Q  30 accgaagatttttccataacaataggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtattgatagaacacatccaag 129  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||    
T  8180156 accgaagattttcccataacaataggattgcgccaagggtcaaccataagtccttatctttttactttagttttggatgtattgacgaaacacatccaag 8180255  T
Q  130 agttagcatcgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaataattgaacgggaggctagagacctaaaggcaag 225  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||  |||||||    
T  8180256 agttagcaccgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttggtgggtgagtcgagggaggaagtgaacgggaggctagagacctggaggcaag 8180351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 93; E-Value: 5e-45
Query Start/End: Original strand, 139 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 41763861 - 41763721
Alignment:
Q  139 cgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaataattgaacgggaggctagagacctaaaggcaagccttggaagcgta 238  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | || || ||||||||||||||||  ||||||||||| | ||||||    
T  41763861 cgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaggagttaaatgggaggctagagacctggaggcaagccttagtagcgta 41763762  T
Q  239 ttgtttccgcttgagtagaagcaagacgtagtatatggaat 279  Q
    | |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  41763761 tggtttccgcctgagtagaagcaagacggagtatatggaat 41763721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 19 - 135
Target Start/End: Original strand, 16292063 - 16292179
Alignment:
Q  19 aggatggggccaccgaagatttttccataacaataggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtattgataga 118  Q
    |||||||| | |||||| ||||| |||||||| |||||||| | ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||    
T  16292063 aggatgggactaccgaaaattttcccataacattaggattgcatcaagggtcaaccctaagtccttatctttttactttagttttggatgtattgacgga 16292162  T
Q  119 acacatccaagagttag 135  Q
    |||||||||||||||||    
T  16292163 acacatccaagagttag 16292179  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 117 - 279
Target Start/End: Original strand, 30743071 - 30743233
Alignment:
Q  117 gaacacatccaagagttagcatcgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaataattgaacgggaggctagagacct 216  Q
    |||||||||||||| |||| | |||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||| ||  ||||||||| |    
T  30743071 gaacacatccaagaattagtaccgagatgtatgaattttgcagatgatgtagttttgcttggtgagtcgagggaggaattgaactggtcgctagagactt 30743170  T
Q  217 aaaggcaagccttggaagcgtattgtttccgcttgagtagaagcaagacgtagtatatggaat 279  Q
      || ||| |||| ||||| ||| |||||||| || ||||||| |||||  ||||||||||||    
T  30743171 ggagacaaaccttagaagcatatggtttccgcctgggtagaagaaagacagagtatatggaat 30743233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 14 - 213
Target Start/End: Original strand, 13148667 - 13148866
Alignment:
Q  14 gacgtaggatggggccaccgaagatttttccataacaataggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtattg 113  Q
    |||||| |||||||| || ||||||||||| |||||||||| |||| ||||| |||| ||| ||   |||||  ||||||||||||||||||||||| |     
T  13148667 gacgtaagatggggctactgaagatttttcgataacaatagaattgcaccaaaggtctaccgtaaacccttacttttttactttagttttggatgtactt 13148766  T
Q  114 atagaacacatccaagagttagcatcgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaataattgaacgggaggctagaga 213  Q
    | |||||||||||||||| |||||   |||||||||| ||||| |||||||| |||   |||||| |||||||  ||  ||||||| |||||| ||||||    
T  13148767 acagaacacatccaagagctagcactaagatgtatgcattttgtagatgatgcagttccgcttggagagtcgaatgagaaattgaatgggaggttagaga 13148866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 20 - 279
Target Start/End: Original strand, 14769650 - 14769909
Alignment:
Q  20 ggatggggccaccgaagatttttccataacaataggattgtaccaagggtcaaccctatgtcct-tatatttttactttagttttggatgtattgataga 118  Q
    |||||||||||||||  ||||  ||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||| | ||| ||| ||||||||||| ||||||||||| | | |      
T  14769650 ggatggggccaccgacaatttc-ccaaaacaatatgattgcaccaagggtcaaccctaagccctgtatctttttactttaattttggatgtacttacatc 14769748  T
Q  119 acacatccaagagttagcatcgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaataattgaacgggaggctagagacctaa 218  Q
    |||||| |||||| ||||| | | ||||||| |||||   |||||||||||| ||||||| |||||||||||  |||| || | |||| | ||||| | |    
T  14769749 acacattcaagagctagcaccaatatgtatgtttttttgcgatgatgtagtcatgcttggagagtcgagggacgaattcaatgagaggttggagacttga 14769848  T
Q  219 aggcaagccttggaagcgtattgtttccgcttgagtagaagcaagacgtagtatatggaat 279  Q
    || |||||||| |||| ||   | ||  || ||| ||||||||||||  ||||||||||||    
T  14769849 agacaagccttagaagtgtccggcttttgcgtgaatagaagcaagacagagtatatggaat 14769909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 135 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 11992901 - 11992850
Alignment:
Q  135 gcatcgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcga 186  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11992901 gcatcgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcga 11992850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 219 - 279
Target Start/End: Original strand, 4807142 - 4807202
Alignment:
Q  219 aggcaagccttggaagcgtattgtttccgcttgagtagaagcaagacgtagtatatggaat 279  Q
    ||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  4807142 aggcaagccttagaagcgtatggattccgcttgagtagaagcaagacggagtatatggaat 4807202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 33 - 152
Target Start/End: Original strand, 876518 - 876637
Alignment:
Q  33 gaagatttttccataacaataggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtattgatagaacacatccaagagt 132  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||| ||||| ||| | |||||| |||| || || |||||||||||| | |  |||||||||||||||     
T  876518 gaagattttcccataacaacaggattgcaccaaggttcaacactaagcccttatcttttcaccttcgttttggatgtacttacggaacacatccaagagc 876617  T
Q  133 tagcatcgagatgtatgctt 152  Q
     |||| | ||||||||||||    
T  876618 gagcaccaagatgtatgctt 876637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 118 - 199
Target Start/End: Original strand, 36038669 - 36038750
Alignment:
Q  118 aacacatccaagagttagcatcgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaataattgaa 199  Q
    |||||||||||||||| ||||  ||||||||| |||||| ||||||||| ||| ||||||| ||||||| ||| ||||||||    
T  36038669 aacacatccaagagtttgcatgaagatgtatgttttttgaagatgatgttgtcctgcttggagagtcgatggattaattgaa 36038750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 81 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 7135541 - 7135445
Alignment:
Q  81 ccttatatttttactttagttttggatgtattgatagaacacatccaagagttagcatcgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttg 177  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||||||| | |   |||||| ||||||| || ||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||    
T  7135541 ccttatagttttactttaattttggatgtacttaccaaacacaaccaagagctaccattgagatgtatgcattttgcaaatgatgtagtcctgcttg 7135445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 25 - 170
Target Start/End: Original strand, 37281461 - 37281605
Alignment:
Q  25 gggccaccgaagatttttccataacaataggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtattgatagaacacat 124  Q
    |||| ||||| |||||| |||||||||| |||||| || | | ||||||| || | |||||| |||||||||||| ||| |||||| | |   |||||||    
T  37281461 gggctaccgacgattttcccataacaattggattggactatgagtcaacc-taagcccttatctttttactttaggtttagatgtacttacgaaacacat 37281559  T
Q  125 ccaagagttagcatcgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtc 170  Q
    ||| | ||||||| | || ||||||||||||| ||||||| |||||    
T  37281560 ccatgggttagcaccaaggtgtatgctttttgtagatgatttagtc 37281605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 117 - 206
Target Start/End: Original strand, 7292441 - 7292530
Alignment:
Q  117 gaacacatccaagagttagcatcgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaataattgaacgggagg 206  Q
    |||||||||||||||  |||||| ||||||||| |||||||| ||||   |||| || |||| |||||||||||| |||| || ||||||    
T  7292441 gaacacatccaagagcgagcatcaagatgtatgatttttgcatatgacagagtcctgtttggagagtcgagggaagaattaaatgggagg 7292530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #20
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 235 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 11992822 - 11992778
Alignment:
Q  235 cgtattgtttccgcttgagtagaagcaagacgtagtatatggaat 279  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  11992822 cgtatggtttccgcctgagtagaagcaagacgaagtatatggaat 11992778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 171; Significance: 1e-91; HSPs: 23)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 21 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 43241311 - 43241053
Alignment:
Q  21 gatggggccaccgaagatttttccataacaataggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtattgatagaac 120  Q
    |||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||    
T  43241311 gatgggactaccgaagattttcccataacaataggattgcaccaagggtcaaccctaagtccttatctttttactttagttttggatgtattgacggaac 43241212  T
Q  121 acatccaagagttagcatcgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaataattgaacgggaggctagagacctaaag 220  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||  ||    
T  43241211 acatccaagagttagcaccgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttggtgggtgagtcgagggaggaagtgaacgggaggctagagacctggag 43241112  T
Q  221 gcaagccttggaagcgtattgtttccgcttgagtagaagcaagacgtagtatatggaat 279  Q
    | ||||||| ||||||||| | |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  43241111 gtaagccttagaagcgtatggattccacttgagtagaagcaagacggagtatatggaat 43241053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 21 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 51441694 - 51441436
Alignment:
Q  21 gatggggccaccgaagatttttccataacaataggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtattgatagaac 120  Q
    |||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||  ||||    
T  51441694 gatgggactaccgaagattttcccataacaataggattgcaccaagggtcaaccctaagtccttatcttttttctttagttttggatgtattgacggaac 51441595  T
Q  121 acatccaagagttagcatcgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaataattgaacgggaggctagagacctaaag 220  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||  ||    
T  51441594 acatccaagagttagcaccgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttggtgggtgagtcgagggaggaagtgaacgggaggctagagacctggag 51441495  T
Q  221 gcaagccttggaagcgtattgtttccgcttgagtagaagcaagacgtagtatatggaat 279  Q
    ||||||||| |||| |||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  51441494 gcaagccttagaagagtatggattccgcttgagtagaagcaagacggagtatatggaat 51441436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 13 - 279
Target Start/End: Original strand, 8671265 - 8671530
Alignment:
Q  13 ggacgtaggatggggccaccgaagatttttccataacaataggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtatt 112  Q
    ||||| |||||||| | | |||||||||| |||||||||||| |||| ||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  8671265 ggacgcaggatgggactatcgaagattttcccataacaatagaattgcacctagggtcaaccctaagtccttatctttttactttagttttg-atgtatt 8671363  T
Q  113 gatagaacacatccaagagttagcatcgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaataattgaacgggaggctagag 212  Q
    ||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||  || |||||||||||||||||    
T  8671364 gacggaacacatccaagagttagcaccgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttggtgggtgagtcgagggaggaagtgaacgggaggctagag 8671463  T
Q  213 acctaaaggcaagccttggaagcgtattgtttccgcttgagtagaagcaagacgtagtatatggaat 279  Q
    || |  ||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  8671464 acttggaggcaagccttagaagcgtatggattccgcttgagtagaagcaagacggagtatatggaat 8671530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 21 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 49348324 - 49348066
Alignment:
Q  21 gatggggccaccgaagatttttccataacaataggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtattgatagaac 120  Q
    |||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||    
T  49348324 gatgggactaccgaagattttcccataacaataggattgcaccaagggtcagccctaagtccttatctttttactttagttttggatgtattgacggaac 49348225  T
Q  121 acatccaagagttagcatcgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaataattgaacgggaggctagagacctaaag 220  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| | | ||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||  ||    
T  49348224 acatccaagagttagcaccgagatgtatgctttttgtagatgatgtagtctcggtgggtgagtcgagggaggaagtgaacgggaggctagagacctggag 49348125  T
Q  221 gcaagccttggaagcgtattgtttccgcttgagtagaagcaagacgtagtatatggaat 279  Q
    ||||||||| ||||||||| | ||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  49348124 gcaagccttagaagcgtatggattctgcttgagtagaagcaagacggagtatatcgaat 49348066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 146; E-Value: 1e-76
Query Start/End: Original strand, 62 - 279
Target Start/End: Original strand, 51601451 - 51601668
Alignment:
Q  62 ccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtattgatagaacacatccaagagttagcatcgagatgtatgctttttgcagat 161  Q
    |||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  51601451 ccaagggtcaaccctaagtccatatctttttactttagttttggatgtattgacggaacacatccaagagttagcaccgagatgtatgctttttgcagat 51601550  T
Q  162 gatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaataattgaacgggaggctagagacctaaaggcaagccttggaagcgtattgtttccgcttgagtagaagca 261  Q
    |||||||||||| | ||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||| |||||    
T  51601551 gatgtagtcttggtgggtgagtcgagggaggaagtgaacgggaggctagagacctggaggcaagccttagaagcgtatggattccgcttgagtaaaagca 51601650  T
Q  262 agacgtagtatatggaat 279  Q
    ||||| ||||||||||||    
T  51601651 agacggagtatatggaat 51601668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 79 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 32083617 - 32083417
Alignment:
Q  79 gtccttatatttttactttagttttggatgtattgatagaacacatccaagagttagcatcgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttgg 178  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  32083617 gtccttatctttttactttagttttggatgtactgacagaacacatccaagagttagcaccgagatgtatgctttttgcaaatgatgtaatcttgcttgg 32083518  T
Q  179 tgagtcgagggaataattgaacgggaggctagagacctaaaggcaagccttggaagcgtattgtttccgcttgagtagaagcaagacgtagtatatggaa 278  Q
    ||||||||||||  | || || ||||||||||||||||  ||||||||||  ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  32083517 tgagtcgagggaggagttaaatgggaggctagagacctggaggcaagcctcagaagcgtatggtttccgcctgagtagaagcaagacggagtatatggaa 32083418  T
Q  279 t 279  Q
    |    
T  32083417 t 32083417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 98; E-Value: 5e-48
Query Start/End: Original strand, 30 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 37463783 - 37463534
Alignment:
Q  30 accgaagatttttccataacaataggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtattgatagaacacatccaag 129  Q
    ||||| |||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||  ||||||||||||||||||||||  | |  |||||||||||||    
T  37463783 accgatgattttcctataacaataggattgcaccaagggtcaaccctaagcccttacctttttactttagttttggatgttcttacggaacacatccaag 37463684  T
Q  130 agttagcatcgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaataattgaacgggaggctagagacctaaaggcaagcctt 229  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||  ||||||||||   || |||| |||||| ||||||| |  || ||||||||    
T  37463683 agttagcaccgagatgtatgctttttgcagatgacgtagtcctgcttgaagagtcgagggtggaaatgaatgggaggttagagactttgagacaagcctt 37463584  T
Q  230 ggaagcgtattgtttccgcttgagtagaagcaagacgtagtatatggaat 279  Q
     |||| |||| | ||| ||||  |||||| ||||||  ||||||||||||    
T  37463583 agaagtgtatggcttctgcttttgtagaaacaagacagagtatatggaat 37463534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 66; E-Value: 6e-29
Query Start/End: Original strand, 21 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 35829323 - 35829138
Alignment:
Q  21 gatggggccaccgaagatttttccataacaataggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtattgatagaac 120  Q
    ||||||| | |||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||| | || | || ||||||| ||  ||||||||||||||| | | |||||    
T  35829323 gatggggtcgccgacgattttcccataacaataggattgcaccaaggatcaaacttaagcccatatatttctaacttagttttggatgtacttacagaac 35829224  T
Q  121 acatccaagagttagcatcgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaataattgaacgggagg 206  Q
    ||||||||||| ||||| ||| ||||||||||| |||| | ||||| ||| ||||||| |||||||| ||  ||||||| ||||||    
T  35829223 acatccaagagctagcaccgatatgtatgctttgtgcacaagatgtcgtcctgcttggagagtcgagagaggaattgaatgggagg 35829138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 83 - 275
Target Start/End: Original strand, 7813910 - 7814100
Alignment:
Q  83 ttatatttttactttagttttggatgtattgatagaacacatccaagagttagcatcgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgag 182  Q
    |||| |||||| |||||||||||||||| | | | |||| |||||||| ||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| | |||    
T  7813910 ttatctttttattttagttttggatgtacttaaaaaaca-atccaagaattaacattgagatgtatgttttttgcagatgatgtagtcatgcttcgagag 7814008  T
Q  183 tcgagggaataattgaacgggaggctagagacctaaaggcaagccttggaagcgtattgtttccgcttgagtagaagcaagacgtagtatatg 275  Q
    ||||||||  ||||||| |||||| | ||||| |  || ||||||||  ||| |||| | |||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  7814009 tcgagggaggaattgaatgggagg-ttgagacttggagacaagccttataagtgtatggcttccgcttgagtagaagcaagacagagtatatg 7814100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 56; E-Value: 6e-23
Query Start/End: Original strand, 15 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 46227240 - 46227041
Alignment:
Q  15 acgtaggatggggccaccgaagatttttccataacaataggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtattga 114  Q
    ||||||| ||||||  |||| ||||||   |||| |||||  ||| ||||||| ||||||||| | |||||  ||||||||||||||||||||||| | |    
T  46227240 acgtagggtggggctgccgacgattttcttataataatagagttgcaccaaggatcaaccctaagcccttacctttttactttagttttggatgtactta 46227141  T
Q  115 tagaacacatccaagagttagcatcgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaataattgaacgggaggctagagac 214  Q
       ||||| |||||||||||||| | |||||||||| ||||||| ||||||||| | |  |||| |||||||||||  |||||||  ||||| |||||||    
T  46227140 cgaaacacgtccaagagttagcaccaagatgtatgccttttgcatatgatgtagccctatttggagagtcgagggagaaattgaataggaggttagagac 46227041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 29 - 279
Target Start/End: Original strand, 40419042 - 40419291
Alignment:
Q  29 caccgaagatttttccataacaataggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtattgatagaacacatccaa 128  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||| | ||||| ||| |  ||||| |||| || ||||||||||||||| | |  ||||||||||||    
T  40419042 caccgaagattttcccataacaatag-attgcaccaatgttcaacactaagcacttatcttttcaccttagttttggatgtacttacggaacacatccaa 40419140  T
Q  129 gagttagcatcgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaataattgaac-gggaggctagagacctaaaggcaagcc 227  Q
    |||| | || | ||| || |||||||||   ||||||||||| | ||||  ||||||| |||| |||| ||  |||||| | |||||||  ||  |||||    
T  40419141 gagtgatcaccaagacgtgtgctttttgtt-atgatgtagtcctacttgaagagtcgaaggaagaattaaaatgggaggttggagacctggagataagcc 40419239  T
Q  228 ttggaagcgtattgtttccgcttgagtagaagcaagacgtagtatatggaat 279  Q
    || ||| ||||| | || |||| ||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  40419240 ttagaaacgtatggatttcgctcgagtagaagcacgacatagtatatggaat 40419291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 119 - 164
Target Start/End: Original strand, 13820549 - 13820594
Alignment:
Q  119 acacatccaagagttagcatcgagatgtatgctttttgcagatgat 164  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  13820549 acacatccaagagttagcaccgagatgtatgctttttgcagatgat 13820594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 44 - 131
Target Start/End: Original strand, 52836524 - 52836609
Alignment:
Q  44 cataacaataggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtattgatagaacacatccaagag 131  Q
    |||||||||||||||  || |||| |||||| || | ||||||||||||| ||||| ||||||||||||  | |||||||||||||||    
T  52836524 cataacaataggattacacaaaggatcaaccttaagcccttatatttttattttagatttggatgtatt--ttgaacacatccaagag 52836609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 88 - 150
Target Start/End: Complemental strand, 34827949 - 34827887
Alignment:
Q  88 tttttactttagttttggatgtattgatagaacacatccaagagttagcatcgagatgtatgc 150  Q
    ||||||||||||||||||||||  | | | |||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  34827949 tttttactttagttttggatgttcttacataacacatccaagagttagcatcaagatttatgc 34827887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 243 - 279
Target Start/End: Original strand, 1210319 - 1210355
Alignment:
Q  243 ttccgcttgagtagaagcaagacgtagtatatggaat 279  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  1210319 ttccgcttgagtagaagcaagacggagtatatggaat 1210355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 120 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 32405336 - 32405252
Alignment:
Q  120 cacatccaagagttagcatcgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaataattgaacggga 204  Q
    |||| ||||||||||||| | || |||||| |||||| ||||||||||||| ||| ||| ||||||| |||  ||||||| ||||    
T  32405336 cacaaccaagagttagcacctaggtgtatgttttttgtagatgatgtagtcatgcgtggagagtcgaaggagaaattgaatggga 32405252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 36 - 122
Target Start/End: Original strand, 3877307 - 3877392
Alignment:
Q  36 gatttttccataacaataggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtattgatagaacac 122  Q
    |||||| || |||||||| ||||| | ||||| |||||| || |||| ||| ||||||| ||||||||||||||| | |||||||||    
T  3877307 gattttcccgtaacaatatgattgcatcaaggatcaacctta-gtccatatctttttaccttagttttggatgtacttatagaacac 3877392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 46 - 112
Target Start/End: Complemental strand, 16142732 - 16142666
Alignment:
Q  46 taacaataggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtatt 112  Q
    |||||||||||||| | ||| |||||| |||| | |||||| |||||||||||||||| ||| ||||    
T  16142732 taacaataggattgcatcaaaggtcaaacctaagaccttatctttttactttagtttttgatatatt 16142666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 21 - 59
Target Start/End: Complemental strand, 29173459 - 29173421
Alignment:
Q  21 gatggggccaccgaagatttttccataacaataggattg 59  Q
    |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  29173459 gatggggctaccgaagattttcccataacaataggattg 29173421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 36 - 74
Target Start/End: Original strand, 45833927 - 45833965
Alignment:
Q  36 gatttttccataacaataggattgtaccaagggtcaacc 74  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  45833927 gatttttccataacaataagattgtatcaagggtcaacc 45833965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 53 - 106
Target Start/End: Complemental strand, 16273717 - 16273664
Alignment:
Q  53 aggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttgga 106  Q
    ||||||| |||||||||||||||||   |||||| ||||||| |||||||||||    
T  16273717 aggattggaccaagggtcaaccctaatcccttatctttttacattagttttgga 16273664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 167 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 34827886 - 34827818
Alignment:
Q  167 agtcttgcttggtgagtcgagggaataattgaacgggaggctagagacctaaaggcaagccttggaagc 235  Q
    |||||||||||| |||||||| ||  ||||||| |||||| ||||||| || || |||||||| |||||    
T  34827886 agtcttgcttggagagtcgagagaggaattgaatgggaggttagagacttagagacaagccttagaagc 34827818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #23
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 21 - 77
Target Start/End: Original strand, 52420772 - 52420828
Alignment:
Q  21 gatggggccaccgaagatttttccataacaataggattgtaccaagggtcaacccta 77  Q
    ||||||||||||||  ||| ||||||||| ||||||||| ||||||  |||||||||    
T  52420772 gatggggccaccgacaattcttccataaccataggattgcaccaagactcaacccta 52420828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 167; Significance: 3e-89; HSPs: 28)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 167; E-Value: 3e-89
Query Start/End: Original strand, 13 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 1777953 - 1777687
Alignment:
Q  13 ggacgtaggatggggccaccgaagatttttccataacaataggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtatt 112  Q
    |||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  1777953 ggacgtaggatgggactaccgaagattttcccataacaataggattgcaccaagggtcaaccctaaatccttatcttttaactttagttttggatgtatt 1777854  T
Q  113 gatagaacacatccaagagttagcatcgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaataattgaacgggaggctagag 212  Q
    ||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||  || |||||||||||||||||    
T  1777853 gacggaacacatccaagagttagcaccgagatgtatgctttatgcagatgatgtagtcttggtgggtgagtcgagggaggaagtgaacgggaggctagag 1777754  T
Q  213 acctaaaggcaagccttggaagcgtattgtttccgcttgagtagaagcaagacgtagtatatggaat 279  Q
    ||||  |||||| |||| ||||||||| | |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  1777753 acctggaggcaaaccttagaagcgtatggattccgcttgagtagaagcaatacggagtatatggaat 1777687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 13 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 23907240 - 23906973
Alignment:
Q  13 ggacgtaggatggggccaccgaagatttttccataacaataggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtatt 112  Q
    ||||| |||||| | | |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  23907240 ggacgcaggatgagactaccgaagattttcccataacaataggattgcaccaagggtcaaccctaagtccttatctttttactttagttttggatgtatt 23907141  T
Q  113 gatagaacacatccaagagttagcatcgagatgtatgctttttgc-agatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaataattgaacgggaggctaga 211  Q
    ||  ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||| |  || ||||||||||||||||    
T  23907140 gacggaacacaaccaagagttagcaccgagatgtatgctttttgcaagatgatgtagtcttggtgggtgagtcgaggaaggaagtgaacgggaggctaga 23907041  T
Q  212 gacctaaaggcaagccttggaagcgtattgtttccgcttgagtagaagcaagacgtagtatatggaat 279  Q
    |||||  ||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  23907040 gacctggaggcaagccttagaagcgtatggattccgcttgagtagaagcaagacggagtatatggaat 23906973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 157; E-Value: 3e-83
Query Start/End: Original strand, 21 - 279
Target Start/End: Original strand, 435584 - 435839
Alignment:
Q  21 gatggggccaccgaagatttttccataacaataggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtattgatagaac 120  Q
    |||||| | |||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||    
T  435584 gatgggactaccgaagattttcccataacaataggagtgcaccaagggtcaaccctaagtccttatctttttactttagttttggatgtattgacggaac 435683  T
Q  121 acatccaagagttagcatcgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaataattgaacgggaggctagagacctaaag 220  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||   |||||||||||| | ||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||  ||    
T  435684 acatccaagagttagcaccgagatgtatgctttttgca---gatgtagtcttggtgggtgagtcgagggaggaagtgaacgggaggctagagacctggag 435780  T
Q  221 gcaagccttggaagcgtattgtttccgcttgagtagaagcaagacgtagtatatggaat 279  Q
    ||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  435781 gcaagccttagaagcgtatggattccgcttgagtagaagcacgacggagtatatggaat 435839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 142; E-Value: 3e-74
Query Start/End: Original strand, 30 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 48623448 - 48623199
Alignment:
Q  30 accgaagatttttccataacaataggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtattgatagaacacatccaag 129  Q
    ||||||||||||  | || ||||||||||| ||||||| ||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||    
T  48623448 accgaagattttctcttatcaataggattgcaccaaggttcaaccctaagttcttatctttttactttagttttggatgtattgacgtaacacatccaag 48623349  T
Q  130 agttagcatcgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaataattgaacgggaggctagagacctaaaggcaagcctt 229  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||  || |||||||||||||| ||| ||  |||||||||||    
T  48623348 agttagcaccgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttggtggatgagtcgagggaggaagtgaacgggaggctatagatctggaggcaagcctt 48623249  T
Q  230 ggaagcgtattgtttccgcttgagtagaagcaagacgtagtatatggaat 279  Q
     ||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  48623248 agaagcgtatggattccgcttgagtagaagcaagacggagtatatggaat 48623199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 137; E-Value: 3e-71
Query Start/End: Original strand, 35 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 27451089 - 27450845
Alignment:
Q  35 agatttttccataacaataggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtattgatagaacacatccaagagtta 134  Q
    ||||||| |||||||||||| | || ||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||| | |   |||||||||||||||||    
T  27451089 agattttcccataacaatagaactgcaccaagggtcaaccctaagtccttctctttttactttagttttggatgtactaacgaaacacatccaagagtta 27450990  T
Q  135 gcatcgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaataattgaacgggaggctagagacctaaaggcaagccttggaag 234  Q
     || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  | |  || ||||||||||||||||  ||||||||||| ||||    
T  27450989 acaccgagatgtatgctttttgccgatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaggagtcaaatgggaggctagagacctcgaggcaagccttagaag 27450890  T
Q  235 cgtattgtttccgcttgagtagaagcaagacgtagtatatggaat 279  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  27450889 cgtatggtttccgcttgagtagaagcaagacggagtatttggaat 27450845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 124; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 25 - 280
Target Start/End: Original strand, 39707818 - 39708068
Alignment:
Q  25 gggccaccgaagatttttccataacaataggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtattgatagaacacat 124  Q
    |||| ||| |||||||| ||||||||||||||||| || |||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| | | |||||||||    
T  39707818 gggctaccaaagattttcccataacaataggattgcactaagggttaaccctaagtccttatctttttactttagttttggatgtacttacagaacacat 39707917  T
Q  125 ccaagagttagcatcgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaataattgaacgggaggctagagacctaaaggcaa 224  Q
    ||||||||| ||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||       ||||||||||||||||| |   | |||    
T  39707918 ccaagagtttgcaccgatatgtatgttttttgcagatgatgtagtcttgtttggtgagtcgaggga-----gcaacgggaggctagagacatggtgacaa 39708012  T
Q  225 gccttggaagcgtattgtttccgcttgagtagaagcaagacgtagtatatggaata 280  Q
    ||||| ||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  39708013 gccttagaagcgtatggtttctgcctgagtagaagcaagacggagtatatggaata 39708068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 115; E-Value: 4e-58
Query Start/End: Original strand, 23 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 1212235 - 1212041
Alignment:
Q  23 tggggccaccgaagatttttccataacaataggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtattgatagaacac 122  Q
    |||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||| | | | |||||    
T  1212235 tggggctaccgaatattttcccataacaataggattgcaccaaggttcaaccctaagtccttatcttttcactttagttttggatgtacttacataacac 1212136  T
Q  123 atccaagagttagcatcgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaataattgaacgggaggctagagaccta 217  Q
    ||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||    
T  1212135 atctaagagttagcaccgagatgtatgctttttggagatgatgtagtcttgattggcgagtcgagggagaaattgaacgggaggctagaaaccta 1212041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 116 - 279
Target Start/End: Original strand, 53707241 - 53707404
Alignment:
Q  116 agaacacatccaagagttagcatcgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaataattgaacgggaggctagagacc 215  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||    
T  53707241 agaacacatccaagagttagcaccgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttggtgggtgagtcgagggaggaagtgaacgggaggctagagacc 53707340  T
Q  216 taaaggcaagccttggaagcgtattgtttccgcttgagtagaagcaagacgtagtatatggaat 279  Q
    |  ||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  53707341 tggaggcaagccttagaagcgtatggattccgcttgagtagaagcaagacggagtatatcgaat 53707404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 116 - 279
Target Start/End: Original strand, 56374737 - 56374900
Alignment:
Q  116 agaacacatccaagagttagcatcgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaataattgaacgggaggctagagacc 215  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||    
T  56374737 agaacacatccaagagttagcaccgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttggtgggtgagtcgagggaggaagtgaacgggaggctagagacc 56374836  T
Q  216 taaaggcaagccttggaagcgtattgtttccgcttgagtagaagcaagacgtagtatatggaat 279  Q
    |  ||||||||||| |||| |||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  56374837 tggaggcaagccttagaagtgtatggattccgcttgagtagaagcaagacggagtatatggaat 56374900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 108; E-Value: 6e-54
Query Start/End: Original strand, 117 - 280
Target Start/End: Original strand, 16002362 - 16002525
Alignment:
Q  117 gaacacatccaagagttagcatcgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaataattgaacgggaggctagagacct 216  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  16002362 gaacacatccaagagttagcaccgagatgtatgttttttgcatatgacgtagtcttgcttggtgagttgagggaggaattgaacgggaggctagagacct 16002461  T
Q  217 aaaggcaagccttggaagcgtattgtttccgcttgagtagaagcaagacgtagtatatggaata 280  Q
    | || |||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  16002462 agagacaagccttagaagcgtatggtttgcgcttgagtagaagcaagacaaagtatatggaata 16002525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 86; E-Value: 8e-41
Query Start/End: Original strand, 376 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 2985820 - 2985638
Alignment:
Q  376 ttaaaactacgttgaaaatgaacattgaaactatttgtttgttgcaaatgtgaaag---------------gagtataattttattttgtctaaatgaat 460  Q
    |||||||| | |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||               ||||||||||||||||| ||||||| |||    
T  2985820 ttaaaacttccttgaaaattaacattgacactatttgtttgttgcaaatgtgaaagtttatataaccaagggagtataattttattttatctaaattaat 2985721  T
Q  461 tatgaatgagt--tgcaggtaccgttaatttggagtgtggtgatggaaaacttccaacggcacaaccccaacttccaactgat 541  Q
    ||||||||||   ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  2985720 tatgaatgagaggtgcaggtactgttaatttggagtgtggtgatggaaaacttccaaccgcacaaccccaacttccaactgat 2985638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 71; E-Value: 7e-32
Query Start/End: Original strand, 19 - 121
Target Start/End: Original strand, 53703960 - 53704062
Alignment:
Q  19 aggatggggccaccgaagatttttccataacaataggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtattgataga 118  Q
    |||||||| | |||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  53703960 aggatgggactaccgaagattttcccgtaacaataggattgcaccaagggtcaaccctaagtccttatctttttactttagttttggatgtattgatgga 53704059  T
Q  119 aca 121  Q
    |||    
T  53704060 aca 53704062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 51 - 199
Target Start/End: Original strand, 3272811 - 3272959
Alignment:
Q  51 ataggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtattgatagaacacatccaagagttagcatcgagatgtatgc 150  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||  ||| ||| |||||||| |||||||||||    
T  3272811 ataggattgcaccaaggatcaaccctaagtctttatatttttacattagttttggatctatttatagaacgaatctaagcgttagcattgagatgtatgc 3272910  T
Q  151 tttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaataattgaa 199  Q
    |||||| |||| || |||| |||||| | |||||||||||  |||||||    
T  3272911 tttttgtagataatatagtattgcttagagagtcgagggaggaattgaa 3272959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 163 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 48174881 - 48174765
Alignment:
Q  163 atgtagtcttgcttggtgagtcgagggaataattgaacgggaggctagagacctaaaggcaagccttggaagcgtattgtttccgcttgagtagaagcaa 262  Q
    ||||||||||| | ||||||||||| ||  || |||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||   ||||||||||||||||||||    
T  48174881 atgtagtcttggtgggtgagtcgagagaggaagtgaacgggaggctagagacctggaggcaagccttagaagcgtatgaattccgcttgagtagaagcaa 48174782  T
Q  263 gacgtagtatatggaat 279  Q
    |||| ||||||||||||    
T  48174781 gacggagtatatggaat 48174765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 177 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 31960588 - 31960486
Alignment:
Q  177 ggtgagtcgagggaataattgaacgggaggctagagacctaaaggcaagccttggaagcgtattgtttccgcttgagtagaagcaagacgtagtatatgg 276  Q
    ||||||||||||||  || | |||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  31960588 ggtgagtcgagggaggaactaaacgggaggctagagacctggaggcaagccttagaagcgtatggattccgcttgagtagaagcaagacagagtatatgg 31960489  T
Q  277 aat 279  Q
    |||    
T  31960488 aat 31960486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 50 - 170
Target Start/End: Original strand, 42037289 - 42037409
Alignment:
Q  50 aataggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtattgatagaacacatccaagagttagcatcgagatgtatg 149  Q
    |||| ||||||||||||| ||||| |||   ||||| ||||| || ||||||||||||||| | | | ||||||||||||||  |||| ||||||||||     
T  42037289 aataagattgtaccaaggttcaacactaatcccttacattttcaccttagttttggatgtacttagaaaacacatccaagagcgagcaccgagatgtatt 42037388  T
Q  150 ctttttgcagatgatgtagtc 170  Q
     |||||||||||||| |||||    
T  42037389 ttttttgcagatgatatagtc 42037409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 37 - 205
Target Start/End: Complemental strand, 55769297 - 55769122
Alignment:
Q  37 atttttccataacaataggattgtaccaagggt------caaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtattgatagaacacatccaaga 130  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||||||      |||||||    |||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  55769297 attttcccataacaataggattgcaccaagggttggtgtcaaccctgaacccttatctttttactttagttttggatgtatttatggaacacatccaaga 55769198  T
Q  131 gttagcatcgagatgtatgc-tttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaataattgaacgggag 205  Q
      || |  |||| | ||||| ||||||||||| |||||||| || |||| || ||||| ||  ||||||| |||||    
T  55769197 cctaactccgagttctatgcttttttgcagataatgtagtcctgtttggagattcgagagaggaattgaatgggag 55769122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 36 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 10776334 - 10776183
Alignment:
Q  36 gatttttccataacaataggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtattgatagaacacatccaagagttag 135  Q
    |||||| |||| |||||||||||| ||||||| ||||| | | | |||||| |||| | |||||||||||||||| | |  |||||||| ||||||        
T  10776334 gattttcccatgacaataggattgcaccaaggttcaacaccaagcccttatcttttcattttagttttggatgtacttacggaacacattcaagagcgga 10776235  T
Q  136 catcgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgag 187  Q
    || | |||||||||||||||||||||||| ||||| | | ||| ||||||||    
T  10776234 caccaagatgtatgctttttgcagatgatatagtcctacatggagagtcgag 10776183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 81 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 17666895 - 17666804
Alignment:
Q  81 ccttatatttttactttagttttggatgtattgatagaacacatccaagagttagcatcgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtctt 172  Q
    |||||| ||||||| ||||||||||||||| | | | ||||||||||| |  ||||| |||||||||||| ||||| | |||||||||||||    
T  17666895 ccttatctttttacattagttttggatgtacttacataacacatccaacaactagcaccgagatgtatgcattttgaatatgatgtagtctt 17666804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 98 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 35556173 - 35555993
Alignment:
Q  98 agttttggatgtattgatagaacacatccaagagttagcatcgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaataattg 197  Q
    ||||||||||||| | | ||||||| ||||||||  |||| | | |||||||||||||| ||||||| ||||| | ||||| ||||||| ||||  |||     
T  35556173 agttttggatgtacttacagaacacctccaagagcgagcaccaa-atgtatgctttttgtagatgatatagtcctacttggagagtcgaaggaaggatta 35556075  T
Q  198 aacgggaggctagagacctaaaggcaagccttggaagcgtattgtttccgcttgagtagaagcaagacgtagtatatggaat 279  Q
    || |||||| | ||| | |  || |||||||| ||| | ||| |||| | ||||||||||||||||||  || |||||||||    
T  35556074 aatgggaggttggagtcttggagacaagccttagaaacatatggttttcacttgagtagaagcaagacagagcatatggaat 35555993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 37 - 130
Target Start/End: Complemental strand, 55833553 - 55833454
Alignment:
Q  37 atttttccataacaataggattgtaccaagggt------caaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtattgatagaacacatccaaga 130  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||||||      |||||||    |||||| |||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||    
T  55833553 attttcccataacaataggattgcaccaagggttggtgtcaaccctgaacccttatctttttactttagttttggatgtgtttatggaacacatccaaga 55833454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 31 - 137
Target Start/End: Original strand, 41427202 - 41427310
Alignment:
Q  31 ccgaagatttttccataacaataggattgtaccaagggtcaaccctatgtcctta--tatttttactttagttttggatgtattgatagaacacatccaa 128  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||| |  |  ||||  | ||||||||||||||||||| ||| | | | ||||| |||||    
T  41427202 ccgacgatttttccataacaataggattgcaccgagtgtcaaccattagctcttatttttttttactttagttttggaagtacttacaaaacacgtccaa 41427301  T
Q  129 gagttagca 137  Q
    |||||||||    
T  41427302 gagttagca 41427310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 25 - 102
Target Start/End: Original strand, 44860465 - 44860541
Alignment:
Q  25 gggccaccgaagatttttccataacaataggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttt 102  Q
    |||||||||| ||||||  |||||||| | ||||| |||||||||||| |||| | |||||| |||||||||||||||    
T  44860465 gggccaccgacgattttatcataacaacaagattgcaccaagggtcaatcctaagcccttat-tttttactttagttt 44860541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 34 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 32911743 - 32911613
Alignment:
Q  34 aagatttttccataacaataggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtattgatagaacacatccaagagtt 133  Q
    ||||| |||||||||||||  || |  |||||| |||||| ||| |||||||| ||||| |||||||||||||  || | || ||||| | |||||||      
T  32911743 aagatctttccataacaatgagactacaccaagtgtcaactctaagtccttatctttttgctttagttttggacatacttatggaacaaaaccaagagcc 32911644  T
Q  134 agcatcgagatgtatgctttttgcagatgat 164  Q
    | || | ||||| |||||||||| |||||||    
T  32911643 aacaccaagatgcatgctttttgtagatgat 32911613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 81 - 170
Target Start/End: Original strand, 15183467 - 15183556
Alignment:
Q  81 ccttatatttttactttagttttggatgtattgatagaacacatccaagagttagcatcgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtc 170  Q
    |||||| |||| |||||||||||||||||||| | | || |||||||||||  |||| | | || |||| |||||||| ||||| |||||    
T  15183467 ccttatcttttcactttagttttggatgtatttacataatacatccaagagcgagcaccaatatatatgttttttgcatatgatatagtc 15183556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 305 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 2985893 - 2985853
Alignment:
Q  305 cttccgaaggtttttcaaaaatattgtaaacaataaattaa 345  Q
    |||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  2985893 cttctgaagttttttcaaaaatattgaaaacaataaattaa 2985853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 52 - 104
Target Start/End: Original strand, 30852809 - 30852861
Alignment:
Q  52 taggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttg 104  Q
    ||||| || ||||||||||||| ||| | |||||| |||||||||||||||||    
T  30852809 taggactgcaccaagggtcaactctaagcccttatctttttactttagttttg 30852861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 83 - 155
Target Start/End: Original strand, 37250633 - 37250705
Alignment:
Q  83 ttatatttttactttagttttggatgtattgatagaacacatccaagagttagcatcgagatgtatgcttttt 155  Q
    |||||||||||||| ||||||  ||||| | ||   ||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||    
T  37250633 ttatatttttacttaagttttttatgtacttatgatacacatccaagagttagcgccgagatgtatacttttt 37250705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 164; Significance: 2e-87; HSPs: 14)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 33 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 36566159 - 36565928
Alignment:
Q  33 gaagatttttccataacaataggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtattgatagaacacatccaagagt 132  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  36566159 gaagattttcccataacaataggattgcaccaagggtcaaccctaagtccttatctttttactttagttttggatgtattgacggaacacatccaagagt 36566060  T
Q  133 tagcatcgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaataattgaacgggaggctagagacctaaaggcaagccttgga 232  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||    
T  36566059 tagcaccgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttggtgggtgagtcgagggaggaagtgaacgggaggctagagacctggaggcaagccttaga 36565960  T
Q  233 agcgtattgtttccgcttgagtagaagcaaga 264  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  36565959 agcgtatggattccgcttgagtagaagcaaga 36565928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 163; E-Value: 8e-87
Query Start/End: Original strand, 13 - 279
Target Start/End: Original strand, 36544496 - 36544762
Alignment:
Q  13 ggacgtaggatggggccaccgaagatttttccataacaataggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtatt 112  Q
    ||||| |||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  36544496 ggacgcaggatgggactaccgaagattttcccataacaataggattgcaccaagggtcaaccctaagttcttatctttttactttagttttggatgtatt 36544595  T
Q  113 gatagaacacatccaagagttagcatcgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaataattgaacgggaggctagag 212  Q
    |||  ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||  || |||||||||||||||||    
T  36544596 gatgcaacacatccaagagttagcactgagatgtatgcttttttcagatgatgtagtcttggtgggtgagtcgagggaggaagtgaacgggaggctagag 36544695  T
Q  213 acctaaaggcaagccttggaagcgtattgtttccgcttgagtagaagcaagacgtagtatatggaat 279  Q
    ||||| ||||||||||| ||| ||||| | |||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  36544696 acctagaggcaagccttagaaccgtatggattccacttgagtagaagcaagacagagtatatggaat 36544762  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 162; E-Value: 3e-86
Query Start/End: Original strand, 30 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 42854934 - 42854685
Alignment:
Q  30 accgaagatttttccataacaataggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtattgatagaacacatccaag 129  Q
    |||| ||||||| | |||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  42854934 accgtagattttcctataacaataggactgcaccaagggtcaaccctaagtccttatctttttactttagttttggatgtcctgatagaacacatccaag 42854835  T
Q  130 agttagcatcgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaataattgaacgggaggctagagacctaaaggcaagcctt 229  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | || || ||||||||||||||||  |||||||||||    
T  42854834 agttagcaccgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaggagttaaatgggaggctagagacctggaggcaagcctt 42854735  T
Q  230 ggaagcgtattgtttccgcttgagtagaagcaagacgtagtatatggaat 279  Q
      |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  42854734 aaaagcgtatggtttccgcctgagtagaagcaagacggagtatatggaat 42854685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 160; E-Value: 5e-85
Query Start/End: Original strand, 32 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 12492761 - 12492514
Alignment:
Q  32 cgaagatttttccataacaataggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtattgatagaacacatccaagag 131  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | || || ||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  12492761 cgaagatttttccataacaataggattgcaccaagggtcaatcttaagttcttatctttttactttagttttggatgtattgacggaacacatccaagag 12492662  T
Q  132 ttagcatcgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaataattgaacgggaggctagagacctaaaggcaagccttgg 231  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||  || ||||| |||||||||||||||  ||| ||||||| |    
T  12492661 ttagcaccgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttggtgggtgagtcgagggaggaagtgaactggaggctagagacctggaggtaagccttag 12492562  T
Q  232 aagcgtattgtttccgcttgagtagaagcaagacgtagtatatggaat 279  Q
    |||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  12492561 aagcgtatggattccgcttgagtagaagcaagacggagtatatggaat 12492514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 13 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 15216210 - 15215950
Alignment:
Q  13 ggacgtaggatggggccaccgaagatttttccataacaataggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtatt 112  Q
    ||||| |||||| ||  |||| ||||||| |||||||||||||| || ||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |    
T  15216210 ggacgcaggatgaggataccgtagattttcccataacaataggactgcaccaaggatcaaccctaagtccttatctttttactttagttttggatgtact 15216111  T
Q  113 gatagaacacatccaagagttagcatcgagatgtatg--ctttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaataattgaacgggaggctag 210  Q
    || |||||||||||||||||||||| |||||||||||   |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||  | || |  ||||||||||    
T  15216110 gacagaacacatccaagagttagcaccgagatgtatgttttttttgcagacgatgtagtcttgtttggtgagtcgagggaggacttaagtgggaggctag 15216011  T
Q  211 agacctaaaggcaagccttggaagcgtattgtttccgcttgagtagaagcaagacgtagta 271  Q
    ||||||  ||||||  ||| ||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  15216010 agacctggaggcaaaacttagaagcatatggtttccgcctgagtagaagcaagacggagta 15215950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 33 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 18850036 - 18849786
Alignment:
Q  33 gaagatttttccataacaataggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtattgatagaacacatccaagagt 132  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||| ||  || |||| |||||| ||||||||| ||| |||| |  ||||||| |||| | |    
T  18850036 gaagatttttccataataataggattgcaccaacggtcaaccttaattctttatctttttattttagttttagatatatttacggaacacacccaacaat 18849937  T
Q  133 tagcatcgagatgtatgcttttt---gcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaataattgaacgggaggctagagacctaaaggcaagcctt 229  Q
    ||||| | ||||||||| |||||   |||||||||||||||||| |||| |||| || |||  |||| ||||| ||||||||||| |  || |||| |||    
T  18849936 tagcaccaagatgtatgtttttttttgcagatgatgtagtcttgtttggagagttgaaggaggaatttaacggtaggctagagacttggagacaagtctt 18849837  T
Q  230 ggaagcgtattgtttccgcttgagtagaagcaagacgtagtatatggaata 280  Q
      ||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||  |||||||||||||    
T  18849836 acaagcgtaatgtttccacttgagtagaaccaagacaaagtatatggaata 18849786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 36 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 41445219 - 41445064
Alignment:
Q  36 gatttttccataacaataggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatt-tttactttagttttggatgtattgatagaacacatccaagagtta 134  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| | |||||| || ||||||||| ||||||||||| | |   ||||||||||| || ||    
T  41445219 gattttcccataacaatatgattgtaccaagggttaaccctaagcccttattttgtttactttaattttggatgtaattacgaaacacatccaaaagcta 41445120  T
Q  135 gcatcgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgaggga 190  Q
    ||| |||||||| |  |||||| ||||||||||||| | ||||| |||||||||||    
T  41445119 gcaccgagatgtctattttttgtagatgatgtagtcctacttggagagtcgaggga 41445064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 36 - 206
Target Start/End: Original strand, 13588807 - 13588977
Alignment:
Q  36 gatttttccataacaataggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtattgatagaacacatccaagagttag 135  Q
    |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||   | |||   ||  |||| |||||||||| | || |  ||||| ||||||||||| |    
T  13588807 gattttcccataacaataggattgcaccaagggtcaaccataatccattacccttaaacttcagttttggatatgtttacggaacatatccaagagtttg 13588906  T
Q  136 catcgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaataattgaacgggagg 206  Q
    || | ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||| |||  ||||||| ||||||    
T  13588907 caccaagatgtatgctttttggtgatgatgtagtcttgcttggagagtcgatggaggaattgaatgggagg 13588977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 118 - 279
Target Start/End: Original strand, 13984080 - 13984240
Alignment:
Q  118 aacacatccaagagttagcatcgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaataattgaacgggaggctagagaccta 217  Q
    |||| |||||||| |||| | | ||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||| | |||||||||||  ||||||| || | | ||||||| |     
T  13984080 aacatatccaagatttagaaccaagatgtatg-tttttgcagatgaagtagtcctgctttgagagtcgagggagaaattgaatggaaagttagagacttg 13984178  T
Q  218 aaggcaagccttggaagcgtattgtttccgcttgagtagaagcaagacgtagtatatggaat 279  Q
     || |||||||| |||| ||||   |||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  13984179 gagacaagccttagaagtgtatgacttccgcatgagtagaagcaagacagagtatatggaat 13984240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 43 - 178
Target Start/End: Original strand, 39706947 - 39707081
Alignment:
Q  43 ccataacaataggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtattgatagaacacatccaagagttagcatcgag 142  Q
    |||||||||||||||||||  || |||||| || | | |||| | |||||||||||||||||| |||| | || |||||||| ||||||||| || | |     
T  39706947 ccataacaataggattgtagtaatggtcaatcccaagcccttttctttttactttagttttgggtgtagttatggaacacattcaagagttaaca-caaa 39707045  T
Q  143 atgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttgg 178  Q
    ||||||| |||||| |||||||| |||| |||||||    
T  39707046 atgtatgatttttgaagatgatggagtcatgcttgg 39707081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 44 - 214
Target Start/End: Original strand, 3284868 - 3285042
Alignment:
Q  44 cataacaataggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgta-ttgat---agaacacatccaagagttagcatc 139  Q
    ||||||||||| |||| ||||||| ||||| ||| | |||||| |||| || ||||||||||||||| || ||    |||||||| |||||   ||||||    
T  3284868 cataacaatagtattgcaccaaggttcaacactaagcccttatcttttcaccttagttttggatgtacttaattacggaacacatacaagaaagagcatc 3284967  T
Q  140 gagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaataattgaacgggaggctagagac 214  Q
     |||| ||||||||||||||||||  ||||| |  | || ||||||| |||| |||| || |||||||| |||||    
T  3284968 aagatttatgctttttgcagatgacatagtcctattcggagagtcgaaggaagaattaaatgggaggctggagac 3285042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 88 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 30579092 - 30578980
Alignment:
Q  88 tttttactttagttttg-gatgtattgatagaacacatccaagagttagcatcgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcga 186  Q
    ||||||||||||||||  |||||| | | ||||||||| |||||| |||||  ||||||| ||||||||| ||||| ||||||| | ||||  |||||||    
T  30579092 tttttactttagttttttgatgtacttacagaacacatacaagagctagcactgagatgtttgctttttgaagatggtgtagtccttcttgaagagtcga 30578993  T
Q  187 gggaataattgaa 199  Q
    ||||  |||||||    
T  30578992 gggaggaattgaa 30578980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 29 - 67
Target Start/End: Original strand, 25984908 - 25984946
Alignment:
Q  29 caccgaagatttttccataacaataggattgtaccaagg 67  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  25984908 caccgaagattttcccataacaataggattgcaccaagg 25984946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 53 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 28301002 - 28300856
Alignment:
Q  53 aggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtattgatagaacacatccaagagttagcatcgagatgtatgctt 152  Q
    ||||||| |||||||||||||||||   |||||| ||||||| |||||||| |||||| | | | ||  |||| || |  ||| | | |||||||||| |    
T  28301002 aggattggaccaagggtcaaccctaatcccttatctttttacattagttttagatgtacttacaaaaagcatcaaacaactagaaccaagatgtatgcgt 28300903  T
Q  153 tttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaataattgaa 199  Q
    |||| | |||||||||||||  |||| ||||||| |||  |||||||    
T  28300902 tttgtacatgatgtagtcttaattggagagtcgatggaggaattgaa 28300856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0018 (Bit Score: 163; Significance: 8e-87; HSPs: 1)
Name: scaffold0018
Description:

Target: scaffold0018; HSP #1
Raw Score: 163; E-Value: 8e-87
Query Start/End: Original strand, 13 - 279
Target Start/End: Original strand, 30812 - 31078
Alignment:
Q  13 ggacgtaggatggggccaccgaagatttttccataacaataggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtatt 112  Q
    ||||| |||||||| | |||||||||||| ||| |||||||||| || |||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  30812 ggacgcaggatgggactaccgaagattttcccaaaacaataggactgcaccaagggtcaatcctaagtccttatctttttactttagttttggatgtatt 30911  T
Q  113 gatagaacacatccaagagttagcatcgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaataattgaacgggaggctagag 212  Q
    ||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||  || |||||||||||||||||    
T  30912 gacggaacacatccaagagttagcaccgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttggtgggtgagtcgagggaggaagtgaacgggaggctagag 31011  T
Q  213 acctaaaggcaagccttggaagcgtattgtttccgcttgagtagaagcaagacgtagtatatggaat 279  Q
    ||||  ||||||||||| |||| |||| | |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  31012 acctggaggcaagccttagaagtgtatggattccgcttgagtagaagcaagactgagtatatggaat 31078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 146; Significance: 1e-76; HSPs: 13)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 146; E-Value: 1e-76
Query Start/End: Original strand, 34 - 279
Target Start/End: Original strand, 30670253 - 30670498
Alignment:
Q  34 aagatttttccataacaataggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtattgatagaacacatccaagagtt 133  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||  ||||| | |||||||||||||||||| |||| |||  ||| |||||||||||||    
T  30670253 aagattttcccataacaataagattgcaccaagggtcaaccataaatccttgtctttttactttagttttgggtgtactgacggaatacatccaagagtt 30670352  T
Q  134 agcatcgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaataattgaacgggaggctagagacctaaaggcaagccttggaa 233  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||  ||    
T  30670353 agcattgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaggaattgaacgggaggttagagacctagaggcaagccttataa 30670452  T
Q  234 gcgtattgtttccgcttgagtagaagcaagacgtagtatatggaat 279  Q
    |||||| |||| |||||||| |||||||||||| ||||||| ||||    
T  30670453 gcgtatggttttcgcttgagaagaagcaagacggagtatatagaat 30670498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 143; E-Value: 7e-75
Query Start/End: Original strand, 30 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 5259072 - 5258822
Alignment:
Q  30 accgaagatttttccataacaataggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatattttt-actttagttttggatgtattgatagaacacatccaa 128  Q
    |||| ||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||  ||||||||||||    
T  5259072 accgtagactttcccataacaataggattgcaccaagggtaaaccctaagtccttatcttttttactttagttttggatgtactgacggaacacatccaa 5258973  T
Q  129 gagttagcatcgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaataattgaacgggaggctagagacctaaaggcaagcct 228  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  | || || ||||||||||||||||  ||||||||||    
T  5258972 gagttagcaccgagatgtatgctttttgcagatgatgaagtcttgcttggtgagtcgagggaggagttaaatgggaggctagagacctggaggcaagcct 5258873  T
Q  229 tggaagcgtattgtttccgcttgagtagaagcaagacgtagtatatggaat 279  Q
    | ||||||||| | |||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  5258872 tagaagcgtatggcttccgcctgagtagaagcaagacaaagtatatggaat 5258822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 124; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 13 - 279
Target Start/End: Original strand, 9706119 - 9706386
Alignment:
Q  13 ggacgtaggatggggccaccgaagatttttccataacaataggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtatt 112  Q
    ||||| |||||| ||  |||| ||||||| ||||||||||| || || |||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||| |    
T  9706119 ggacgcaggatgaggataccgtagattttcccataacaatatgactgcaccaagggtcaaccttaagtccttatctttttactttagttttggatgtact 9706218  T
Q  113 gatagaacacatccaagagttagcatcgagatgtatgcttttt-gcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaataattgaacgggaggctaga 211  Q
    ||   |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||  | || || |||||||||||    
T  9706219 gacgaaacacatccaagagttagcaccgagttgtatgctttttcccaaatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggagaagttaaatgggaggctaga 9706318  T
Q  212 gacctaaaggcaagccttggaagcgtattgtttccgcttgagtagaagcaagacgtagtatatggaat 279  Q
    |||||  ||||||||||| |||| |||| ||| |||| ||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  9706319 gacctggaggcaagccttagaagagtatggttcccgcctgagtagaagcaagatggagtatatggaat 9706386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 120; E-Value: 4e-61
Query Start/End: Original strand, 17 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 20428571 - 20428308
Alignment:
Q  17 gtaggatggggccaccgaagatttttccataacaataggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtattgata 116  Q
    |||||||||||  |||| | ||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||  |||| || ||||||||| |||||||||| | |      
T  20428571 gtaggatggggataccgtatattttcccataacaataggactgcaccaagggtcaaccctaagtttttatcttattactttagctttggatgtacttacg 20428472  T
Q  117 gaacacatccaagagttagcatcgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaataattgaacgggaggctagagacct 216  Q
    |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  | || || ||||||||||| | ||    
T  20428471 gaacacattcaagagttagcaccgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcaagggaggagttaaatgggaggctagatatct 20428372  T
Q  217 aaaggcaagccttggaagcgtattgtttccg-cttgagtagaagcaagacgtagtatatggaat 279  Q
    | ||||||||||| ||||||||| |||| || | ||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  20428371 agaggcaagccttagaagcgtatggttttcgccatgagtggaagcaagacggagtatatggaat 20428308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 65 - 279
Target Start/End: Original strand, 5631213 - 5631427
Alignment:
Q  65 agggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtattgatagaacacatccaagagttagcatcgagatgtatgctttttgcagatgat 164  Q
    |||||||| | || |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||| |||||    
T  5631213 agggtcaatcttaagtccttatctttttactttagttttggatgtactgacggaacacatccaagagttagcaccgagatgcatgttttttgcatatgat 5631312  T
Q  165 gtagtcttgcttggtgagtcgagggaataattgaacgggaggctagagacctaaaggcaagccttggaagcgtattgtttccgcttgagtagaagcaaga 264  Q
     ||||||| |||||||||||||||||  | || || |||||||| |||||||  ||||||||||| |||| |||| |||||||| |||||||||||||||    
T  5631313 ctagtctttcttggtgagtcgagggaggagttaaatgggaggctggagacctgtaggcaagccttagaagagtatggtttccgcatgagtagaagcaaga 5631412  T
Q  265 cgtagtatatggaat 279  Q
    |  ||||||||||||    
T  5631413 caaagtatatggaat 5631427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 91 - 279
Target Start/End: Original strand, 33495629 - 33495817
Alignment:
Q  91 ttactttagttttggatgtattgatagaacacatccaagagttagcatcgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgaggga 190  Q
    |||||||||||||| ||||| |||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  33495629 ttactttagttttgaatgtactgacggaacacatccaagatttagcatcgagatgtatgctttttgcatatgatgtagtcttgcttggtgagttgaggga 33495728  T
Q  191 ataattgaacgggaggctagagacctaaaggcaagccttggaagcgtattgtttccgcttgagtagaagcaagacgtagtatatggaat 279  Q
      |||||||| ||||||||||||| |  || ||| ||||  |||||||| |||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  33495729 ggaattgaacaggaggctagagacttggagtcaaaccttaaaagcgtatggtttccgcctgagtagaagcaagacagagtatatggaat 33495817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 30 - 173
Target Start/End: Original strand, 6082761 - 6082904
Alignment:
Q  30 accgaagatttttccataacaataggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtattgatagaacacatccaag 129  Q
    ||||||||||||  | |||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  6082761 accgaagattttctcgtaacaataggattgcaccaagggtcaaccctaagttcttatctttttactttagttttggatgtattgacggaacacatccaag 6082860  T
Q  130 agttagcatcgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttg 173  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6082861 agttagcaccgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttg 6082904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 88; E-Value: 5e-42
Query Start/End: Original strand, 19 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 2680979 - 2680762
Alignment:
Q  19 aggatggggccaccgaagatttttccataacaataggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatattttt-actttagttttggatgtattgatag 117  Q
    |||||||||| |||||| |||||||||||||||||   ||| |||| ||||||||| || |||||||| ||||| |||||||||||||||||| | | |     
T  2680979 aggatggggctaccgaaaatttttccataacaata---ttgcacca-gggtcaaccgtaagtccttatcttttttactttagttttggatgtacttacat 2680884  T
Q  118 aacacatccaagagttagcatcgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaataattgaacgggaggctagagaccta 217  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||| ||  || ||||||||| ||||||||| |     
T  2680883 aacacatccaagtgttagcatcgagatgtatacattttgcggatgacgtagtcttgcttgatgagtcgagtgaggaactgaacgggatgctagagacttg 2680784  T
Q  218 aaggcaagccttggaagcgtat 239  Q
     || |||||||| |||||||||    
T  2680783 gagacaagccttagaagcgtat 2680762  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 36 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 2208317 - 2208074
Alignment:
Q  36 gatttttccataacaataggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtattgatagaacacatccaagagttag 135  Q
    |||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||| |||| | |||||  ||||||||||||||||||||||| | |  |||||||||||||||||||    
T  2208317 gatttttccatatcaatatgattgcaccaagggtcaatcctaagcccttacctttttactttagttttggatgtacttacggaacacatccaagagttag 2208218  T
Q  136 catcgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaataattgaacgggaggctagagacctaaaggcaagccttggaagc 235  Q
    || | ||||||| |  ||| ||| |||||||||||||||||||  | ||||||||  ||||||| || ||| ||||||| |  || | || ||| || ||    
T  2208217 caccaagatgtacgactttggcaaatgatgtagtcttgcttggaaaatcgagggaggaattgaatggaaggttagagacttggagactagtcttagatgc 2208118  T
Q  236 gtattgtttccgcttgagtagaagcaagacgtagtatatggaat 279  Q
    ||||   |||||| |||||||||| |||||  | ||||||||||    
T  2208117 gtataacttccgcctgagtagaagtaagacaaaatatatggaat 2208074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 127 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 10100682 - 10100529
Alignment:
Q  127 aagagttagcatcgagatgtatgcttttt-gcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaataattgaacgggaggctagagacctaaaggcaag 225  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||| |  |||| ||| ||||||||||||||   |||  ||    
T  10100682 aagagttagcaccgagatgtatgtttttttgcagatgatgtagtattgcttagtgagtcgaggaaggaattaaactggaggctagagaccaggaggtgag 10100583  T
Q  226 ccttggaagcgtattgtttccgcttgagtagaagcaagacgtagtatatggaat 279  Q
    |||| ||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  10100582 ccttagaagcatatggtttccgcctgagtagaagcaagacggagtatatggaat 10100529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 36 - 211
Target Start/End: Original strand, 27790523 - 27790698
Alignment:
Q  36 gatttttccataacaataggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtattgatagaacacatccaagagttag 135  Q
    |||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||   |||||  ||||||||||||||||| ||| | | ||  ||||||||||| ||||||    
T  27790523 gattttcccataacaaaaggattataccaagggtcaaccctaaacccttacctttttactttagttttgaatgcacttatgaaacacatccaaaagttag 27790622  T
Q  136 catcgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaataattgaacgggaggctaga 211  Q
    |||| ||||||||||||||  || ||||||||||| || |||| | |||||||||  ||||||| |||||| ||||    
T  27790623 catcaagatgtatgcttttcacatatgatgtagtcatgtttggagtgtcgagggaggaattgaatgggaggttaga 27790698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 37 - 190
Target Start/End: Original strand, 26291150 - 26291303
Alignment:
Q  37 atttttccataacaataggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtattgatagaacacatccaagagttagc 136  Q
    |||||| |||||||||||||||| |||||| | |||||||| ||| || |  ||| |||||| ||||||||||||| |  |||||||||||||||||| |    
T  26291150 attttttcataacaataggattgcaccaagtgccaaccctaagtc-ttgtcgtttcactttaattttggatgtatttacggaacacatccaagagttaac 26291248  T
Q  137 atcgagatgtatgc-tttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgaggga 190  Q
    | || ||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||  ||||||||||    
T  26291249 accgtgatgtatgcttttttacagatgatgtagtcctgcttggaaagtcgaggga 26291303  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 54; E-Value: 9e-22
Query Start/End: Original strand, 30 - 135
Target Start/End: Original strand, 3629591 - 3629696
Alignment:
Q  30 accgaagatttttccataacaataggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtattgatagaacacatccaag 129  Q
    ||||| |||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||| || | |||||| ||||||||||||||||||||||| | || |||||||| ||||    
T  3629591 accgacgattttcccataacaataggattgcactaagggtcaaccttaagcccttatctttttactttagttttggatgtacttatggaacacattcaag 3629690  T
Q  130 agttag 135  Q
    | ||||    
T  3629691 atttag 3629696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0113 (Bit Score: 100; Significance: 3e-49; HSPs: 2)
Name: scaffold0113
Description:

Target: scaffold0113; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 101 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 12442 - 12270
Alignment:
Q  101 tttggatgtattgatagaacacatccaagagttagcatcgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaataattgaac 200  Q
    |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||      |       
T  12442 tttggatgtattgacagaacacattcaagagttagcaccgagatgtatgctttttgaagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgaggga------ggga 12349  T
Q  201 gggaggctagagacctaaaggcaagccttggaagcgtattgtttccgcttgagtagaagcaagacgtagtatatggaat 279  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| | ||||| ||||    
T  12348 gggaggctagagacctagaggcaagccttagaagcgtatggtttccgcttgagtagaagtaagacggattatatagaat 12270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0113; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 21 - 85
Target Start/End: Complemental strand, 13186 - 13122
Alignment:
Q  21 gatggggccaccgaagatttttccataacaataggattgtaccaagggtcaaccctatgtcctta 85  Q
    |||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||    
T  13186 gatgggactaccgaagattttcccataacaataggattgcaccaagggtcaaccctgagtcctta 13122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0045 (Bit Score: 94; Significance: 1e-45; HSPs: 1)
Name: scaffold0045
Description:

Target: scaffold0045; HSP #1
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 21 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 88864 - 88626
Alignment:
Q  21 gatggggccaccgaagatttttccataacaataggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtattgatagaac 120  Q
    |||||||| ||| |||||||| || |||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||  ||||||| ||| ||||||||||| | |  ||||    
T  88864 gatggggctaccaaagattttcccgtaaccataggattgcaccaagggtcaaccctaagtccttaactttttacattacttttggatgtactaaaggaac 88765  T
Q  121 acatccaagagtta----gcatcgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaataattgaacgggaggctagagacct 216  Q
    ||||| ||| ||||    |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||  |||||||||||||||||||||  |    
T  88764 acatctaagggttaattagcactgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgttagatgagtcgagggatgaattgaacgggaggctagagattt 88665  T
Q  217 aaaggcaagccttggaagcgtattgtttccgcttgagta 255  Q
      ||||||||||| ||||||||| |||||| | ||||||    
T  88664 ggaggcaagccttagaagcgtatggtttccacatgagta 88626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0286 (Bit Score: 72; Significance: 2e-32; HSPs: 1)
Name: scaffold0286
Description:

Target: scaffold0286; HSP #1
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 36 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 416 - 173
Alignment:
Q  36 gatttttccataacaataggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtattgatagaacacatccaagagttag 135  Q
    |||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||| |||| | |||||  ||||||||||||||||||||||| | |  |||||||||||||||||||    
T  416 gatttttccatatcaatatgattgcaccaagggtcaatcctaagcccttacctttttactttagttttggatgtacttacggaacacatccaagagttag 317  T
Q  136 catcgagatgtatgctttttgcagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaataattgaacgggaggctagagacctaaaggcaagccttggaagc 235  Q
    || | ||||||| |  ||| ||| |||||||||||||||||||  | ||||||||  ||||||| || ||| ||||||| |  || | || ||| || ||    
T  316 caccaagatgtacgactttggcaaatgatgtagtcttgcttggaaaatcgagggaggaattgaatggaaggttagagacttggagactagtcttagatgc 217  T
Q  236 gtattgtttccgcttgagtagaagcaagacgtagtatatggaat 279  Q
    ||||   |||||| |||||||||| |||||  | ||||||||||    
T  216 gtataacttccgcctgagtagaagtaagacaaaatatatggaat 173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0008 (Bit Score: 60; Significance: 2e-25; HSPs: 1)
Name: scaffold0008
Description:

Target: scaffold0008; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 36 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 48827 - 48647
Alignment:
Q  36 gatttttccataacaataggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtattgatagaacacatccaagagttag 135  Q
    ||||||||||| | ||||| |||| |||||  |||||||||| || ||||| ||||| ||||||||||| ||||| | | | | || || ||||||||||    
T  48827 gatttttccatcaaaatagaattgcaccaaatgtcaaccctaagttcttatctttttcctttagttttg-atgtacttacaaagcatatgcaagagttag 48729  T
Q  136 catcgagatgtatgctttttg---cagatgatgtagtcttgcttggtgagtcgagggaataattgaacgggaggctagagac 214  Q
    |||||| |||||||||||||    ||||||||||||| |||||||| |||||||||||  ||||||| |||||| |||||||    
T  48728 catcgaaatgtatgctttttttttcagatgatgtagttttgcttggagagtcgagggaggaattgaatgggaggttagagac 48647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0220 (Bit Score: 42; Significance: 0.00000000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0220
Description:

Target: scaffold0220; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 21 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 25144 - 25011
Alignment:
Q  21 gatggggccaccgaagatttt-tccataacaataggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtattgatagaa 119  Q
    |||||||| |||||  ||||| |||||| || |||||||| |||||||||||| ||||   | |||| ||||||||||||||||| ||||  | || |||    
T  25144 gatggggctaccgacaattttgtccatagcattaggattgcaccaagggtcaagcctaaacctttatctttttactttagttttgaatgttcttatggaa 25045  T
Q  120 cacatccaagagttagcatcgagatgtatgcttt 153  Q
    |||||| ||||||||||| |||||| ||| ||||    
T  25044 cacatctaagagttagcaccgagatctattcttt 25011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0606 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0606
Description:

Target: scaffold0606; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 29 - 131
Target Start/End: Original strand, 9028 - 9130
Alignment:
Q  29 caccgaagatttttccataacaataggattgtaccaagggtcaaccctatgtccttatatttttactttagttttggatgtattgatagaacacatccaa 128  Q
    |||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||  |||| |||   | |||| |||| | |||||||||||||||| | | | |||||||||||    
T  9028 caccgacgattttcccataacaataggattgcaccaaggtacaacactaaaccattatcttttcattttagttttggatgtacttacaaaacacatccaa 9127  T
Q  129 gag 131  Q
    |||    
T  9128 gag 9130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University