View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9990_low_3 (Length: 556)

Name: NF9990_low_3
Description: NF9990
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9990_low_3
NF9990_low_3
[»] chr3 (11 HSPs)
chr3 (19-542)||(5850965-5851488)
chr3 (113-407)||(5830241-5830532)
chr3 (59-383)||(5804442-5804763)
chr3 (77-367)||(5500634-5500924)
chr3 (78-352)||(5482407-5482678)
chr3 (77-367)||(5487817-5488107)
chr3 (103-331)||(5856085-5856313)
chr3 (80-353)||(5523516-5523789)
chr3 (74-334)||(5452581-5452838)
chr3 (77-339)||(20341452-20341711)
chr3 (103-339)||(5444180-5444413)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 524; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 524; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 542
Target Start/End: Original strand, 5850965 - 5851488
Alignment:
Q  19 cacagaccttcacagtaacaattatcaatcattacttcgaatgaaaatagagtatggattgagcttattcttgatgtaaattttatgtcatttcaggcat 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5850965 cacagaccttcacagtaacaattatcaatcattacttcgaatgaaaatagagtatggattgagcttattcttgatgtaaattttatgtcatttcaggcat 5851064  T
Q  119 ggagactatggatcgaagaaaggccactagagttcatagctaacatattatacgatgatgaggccatatgttcaaaaataataagatttcttcacgttgg 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5851065 ggagactatggatcgaagaaaggccactagagttcatagctaacatattatacgatgatgaggccatatgttcaaaaataataagatttcttcacgttgg 5851164  T
Q  219 tctactgtgtgtacaacagaaaccagaaaataggcctaacatgtcatctgcggtttttatgctaaagggtgaaaatttactccccaaaccaagtaaaccc 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5851165 tctactgtgtgtacaacagaaaccagaaaataggcctaacatgtcatctgcggtttttatgctaaagggtgaaaatttactccccaaaccaagtaaaccc 5851264  T
Q  319 gggttctacgcaggaaaagatgatacaaatagcataggatctttatctataaatgaagcttcaatcacagtggtagaggcgcgttagaatgactaacatg 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5851265 gggttctacgcaggaaaagatgatacaaatagcataggatctttatctataaatgaagcttcaatcacagtggtagaggcgcgttagaatgactaacatg 5851364  T
Q  419 gattaaatactgtacaaatgtgctaaaatttggtttctacaaatataatggggaaaattctattttgctctgaacagctaactattttacccacctgaat 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5851365 gattaaatactgtacaaatgtgctaaaatttggtttctacaaatataatggggaaaattctattttgctctgaacagctaactattttacccacctgaat 5851464  T
Q  519 aaattgtatgatttctgaagttat 542  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  5851465 aaattgtatgatttctgaagttat 5851488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 173; E-Value: 9e-93
Query Start/End: Original strand, 113 - 407
Target Start/End: Original strand, 5830241 - 5830532
Alignment:
Q  113 aggcatggagactatggatcgaagaaaggccactagagttcatagctaacatattatacgatgatgaggccatatgttcaaaaataataagatttcttca 212  Q
    |||||||| || ||||||| ||||||||| |||| |||||||||||| ||||||  |   ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  5830241 aggcatggcgattatggattgaagaaaggtcactggagttcatagctgacatatcgt---atgatgatgccatatcttcaaaaataataagatttattca 5830337  T
Q  213 cgttggtctactgtgtgtacaacagaaaccagaaaataggcctaacatgtcatctgcggtttttatgctaaagggtgaaaatttactccccaaaccaagt 312  Q
     ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5830338 tgttggtctattgtgtgtacaacagaaaccagaaaataggcctaacatgtcatctgtggtttttatgttgaagggtgaaaatttactccccaaaccaagt 5830437  T
Q  313 aaacccgggttctacgcaggaaaagatgatacaaatagcataggatctttatctataaatgaagcttcaatcacagtggtagaggcgcgttagaa 407  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||||  |||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||| || || |||||||||| |||||    
T  5830438 aaacccgggttctatgcaggaagagatactacaaatagcataggatcttcatcaataaatgatgcttcaatctcaatgttagaggcgcggtagaa 5830532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 163; E-Value: 8e-87
Query Start/End: Original strand, 59 - 383
Target Start/End: Original strand, 5804442 - 5804763
Alignment:
Q  59 atgaaaatagagtatggattgagcttattcttgatgtaaattttatgtcatttcaggcatggagactatggatcgaagaaaggccactagagttcatagc 158  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||| ||||  | ||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||  ||||||||   |||||  | ||    
T  5804442 atgaaaattgagtaaggattgagcttactcttactataactttgatgtcattttaggcatggagactatggattgagcaaaggccagaggagttgcttgc 5804541  T
Q  159 taacatattatacgatgatgaggccatatgttcaaaaataataagatttcttcacgttggtctactgtgtgtacaacagaaaccagaaaataggcctaac 258  Q
    | |||||||||| ||| ||||   ||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5804542 tgacatattatatgataatga---catatcttcaaaaataataagatttattcatgttgggctattgtgtgtacaacagaaaccagaaaataggcctaac 5804638  T
Q  259 atgtcatctgcggtttttatgctaaagggtgaaaatttactccccaaaccaagtaaacccgggttctacgcaggaaaagatgatacaaatagcataggat 358  Q
    |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||  |||||||||||||||| ||||||    
T  5804639 atgtcatctgtggtttttatgttaaagggtgaaaatttactccccaaaccaagtaaacctggcttctatgcaggaggagatgatacaaatagcgtaggat 5804738  T
Q  359 ctttatctataaatgaagcttcaat 383  Q
    ||  ||||||| |||||||||||||    
T  5804739 ctccatctatatatgaagcttcaat 5804763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 155; E-Value: 5e-82
Query Start/End: Original strand, 77 - 367
Target Start/End: Complemental strand, 5500924 - 5500634
Alignment:
Q  77 ttgagcttattcttgatgtaaattttatgtcatttcaggcatggagactatggatcgaagaaaggccactagagttcatagctaacatattatacgatga 176  Q
    ||||||||| || || ||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||| || ||||||| |||||    
T  5500924 ttgagcttactcatgttgtaactttgatgtcattttaggcatggagactatggattgaagaaagaccactggagttaatagctgacgtattatatgatga 5500825  T
Q  177 tgaggccatatgttcaaaaataataagatttcttcacgttggtctactgtgtgtacaacagaaaccagaaaataggcctaacatgtcatctgcggttttt 276  Q
    ||| ||||||||| || ||||| |||||||| |||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  5500824 tgacgccatatgtacagaaatactaagatttattcatgtgggtctattgtgtgtacaacagaaaccagaaaataggcctaacatgtcatctgtggttttt 5500725  T
Q  277 atgctaaagggtgaaaatttactccccaaaccaagtaaacccgggttctacgcaggaaaagatgatacaaatagcataggatctttatcta 367  Q
    ||| ||||||||||||| ||||| || ||||||||| |||||||||||||||||| ||  ||| ||| ||||||||||| ||||| |||||    
T  5500724 atgttaaagggtgaaaagttacttccgaaaccaagtgaacccgggttctacgcagcaagcgataataaaaatagcatagaatcttcatcta 5500634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 149; E-Value: 2e-78
Query Start/End: Original strand, 78 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 5482678 - 5482407
Alignment:
Q  78 tgagcttattcttgatgtaaattttatgtcatttcaggcatggagactatggatcgaagaaaggccactagagttcatagctaacatattatacgatgat 177  Q
    |||||||  ||||| ||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||| |||| |||| ||||| |||||| ||||||  |   |||||    
T  5482678 tgagctttctcttgttgtaactttgatgtcattttaggcatggagactatggattgaaggaaggacactggagttaatagctgacatatcgt---atgat 5482582  T
Q  178 gaggccatatgttcaaaaataataagatttcttcacgttggtctactgtgtgtacaacagaaaccagaaaataggcctaacatgtcatctgcggttttta 277  Q
    || | ||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  5482581 gatgtcatatcttcaaaaataataagatttattcatgttggtctattgtgtgttcaacagaaaccagaaaataggcctaacatgtcatctgtggttttta 5482482  T
Q  278 tgctaaagggtgaaaatttactccccaaaccaagtaaacccgggttctacgcaggaaaagatgatacaaatagca 352  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||    
T  5482481 tgttaaagggtgaaaatttactccccaaaccaaatgaacccgggttctacgcaggaggagatgatactaatagca 5482407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 147; E-Value: 3e-77
Query Start/End: Original strand, 77 - 367
Target Start/End: Complemental strand, 5488107 - 5487817
Alignment:
Q  77 ttgagcttattcttgatgtaaattttatgtcatttcaggcatggagactatggatcgaagaaaggccactagagttcatagctaacatattatacgatga 176  Q
    ||||||||| || || ||||| ||| ||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||| || ||||||| |||||    
T  5488107 ttgagcttactcatgttgtaactttgatgtcattttaggcatggaaactatggattgaagaaagaccactggagttaatagctgacgtattatatgatga 5488008  T
Q  177 tgaggccatatgttcaaaaataataagatttcttcacgttggtctactgtgtgtacaacagaaaccagaaaataggcctaacatgtcatctgcggttttt 276  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||    
T  5488007 tgaggccatatgttcagaaataataagatttattcatgttggtctattgtgtgtgcaacagctaccagaaaataggcctaacatgtcatctgtggtcttt 5487908  T
Q  277 atgctaaagggtgaaaatttactccccaaaccaagtaaacccgggttctacgcaggaaaagatgatacaaatagcataggatctttatcta 367  Q
    ||| ||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||| || | ||  ||| | ||||||||||||| ||||| |||||    
T  5487907 atgttaaagggtgaaaagttactccccaaaccaaatgaacccgggttctatgctgcaagggataaaacaaatagcatagaatcttcatcta 5487817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 137; E-Value: 3e-71
Query Start/End: Original strand, 103 - 331
Target Start/End: Original strand, 5856085 - 5856313
Alignment:
Q  103 atgtcatttcaggcatggagactatggatcgaagaaaggccactagagttcatagctaacatattatacgatgatgaggccatatgttcaaaaataataa 202  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||  |||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  5856085 atgtcattttaggcatggagactatggattgaagaaagaccactagagttaatagcagacatattagacgatgatgagcccatatgttcagaaataataa 5856184  T
Q  203 gatttcttcacgttggtctactgtgtgtacaacagaaaccagaaaataggcctaacatgtcatctgcggtttttatgctaaagggtgaaaatttactccc 302  Q
    ||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||  ||||||| |||||||||| |||||||||| ||| |||||| ||||||||||||  ||||||||    
T  5856185 gatttattcatgttggtctattgtgtgtacaacagctaccagaagataggcctaatatgtcatctgtggtctttatgttaaagggtgaaaggttactccc 5856284  T
Q  303 caaaccaagtaaacccgggttctacgcag 331  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||||    
T  5856285 caaaccaaatgaacccgggttctacgcag 5856313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 130; E-Value: 4e-67
Query Start/End: Original strand, 80 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 5523789 - 5523516
Alignment:
Q  80 agcttattcttgatgtaaattttatgtcatttcaggcatggagactatggatcgaagaaaggccactagagttcatagctaacatattatacgatgatga 179  Q
    |||||| || || ||||| ||| ||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||  |||||||||| ||||||||    
T  5523789 agcttactcatgttgtaactttgatgtcatttaaggcatggaaactatggattgaagaaagaccactggagttaatagcagacatattatatgatgatga 5523690  T
Q  180 ggccatatgttcaaaaataataagatttcttcacgttggtctactgtgtgtacaacagaaaccagaaaataggcctaacatgtcatctgcggtttttatg 279  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||| |||| ||||| |||  ||||||| |||||||||| |||||||||| ||| ||||||    
T  5523689 ggccatatgttcagaaataataagatttattcatgttggtctattgtgcgtacagcagctaccagaagataggcctaatatgtcatctgtggtctttatg 5523590  T
Q  280 ctaaagggtgaaaatttactccccaaaccaagtaaacccgggttctacgcaggaaaagatgatacaaatagcat 353  Q
     ||||||||||||| |||||||| ||||||| | |||||||||||||||| | ||  ||| |||||||||||||    
T  5523589 ttaaagggtgaaaagttactcccgaaaccaaatgaacccgggttctacgctgcaagggataatacaaatagcat 5523516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 119; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 74 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 5452838 - 5452581
Alignment:
Q  74 ggattgagcttattcttgatgtaaattttatgtcatttcaggcatggagactatggatcgaagaaaggccactagagttcatagctaacatattatacga 173  Q
    |||||||||||| |||   |||||  || ||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||  ||||||   ||||| |||||| |||| ||||||||    
T  5452838 ggattgagcttactctgtctgtaaccttgatgtcattttaggcatggagactgtggattgaaggcaggccagaggagttaatagctgacatgttatacga 5452739  T
Q  174 tgatgaggccatatgttcaaaaataataagatttcttcacgttggtctactgtgtgtacaacagaaaccagaaaataggcctaacatgtcatctgcggtt 273  Q
    |||   ||| ||||| ||  |||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  5452738 tga---ggcaatatgctccgaaataataagatttattcatgttggtctattgtgtgtacaacagaaaccagaaaataggcctaacatgtcatctgtggtt 5452642  T
Q  274 tttatgctaaagggtgaaaatttactccccaaaccaagtaaacccgggttctacgcaggaa 334  Q
    |||||| ||||||| ||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  5452641 tttatgttaaagggcgaaaagttactcccaaaaccaagtgaacccgggttctacggaggaa 5452581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 77 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 20341711 - 20341452
Alignment:
Q  77 ttgagcttattcttgatgtaaattttatgtcatttcaggcatggagactatggatcgaagaaaggccactagagttcatagctaacatattatacgatga 176  Q
    ||||||||| ||||  |||||  || ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||   ||||| |||||| |||||| |||   |||    
T  20341711 ttgagcttactctttttgtaaccttgatgtcattttaggcatggagactatggattgaagaaagggcaaaggagttaatagctgacatatcata---tga 20341615  T
Q  177 tgaggccatatgttcaaaaataataagatttcttcacgttggtctactgtgtgtacaacagaaaccagaaaataggcctaacatgtcatctgcggttttt 276  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||||| |||| || ||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  20341614 tgaggccatatgttcagatataataagatttattcatgtgggtttattgtgtgtacaacagaaagcagaaaataggcctaacatgtcatctgtggttttt 20341515  T
Q  277 atgctaaagggtgaaaatttactccccaaaccaagtaaacccgggttctacgcaggaaaagat 339  Q
    ||| |||||||||| || |||||||| | ||||||| |||| |||||||| ||||||| ||||    
T  20341514 atgttaaagggtgagaagttactcccaacaccaagtgaacctgggttctatgcaggaagagat 20341452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 91; E-Value: 8e-44
Query Start/End: Original strand, 103 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 5444413 - 5444180
Alignment:
Q  103 atgtcatttcaggcatggagactatggatcgaagaaaggccactagagttcatagctaacatattatacgatgatgaggccatatgttcaaaaataataa 202  Q
    ||||||||| ||||||||| | | ||||| ||||  ||||||   ||||| || ||| ||||||||||   ||||||||| || |||||| |||||||||    
T  5444413 atgtcattttaggcatggaaattgtggattgaaggcaggccagaggagttaatggctgacatattata---tgatgaggcaatgtgttcagaaataataa 5444317  T
Q  203 gatttcttcacgttggtctactgtgtgtacaacagaaaccagaaaataggcctaacatgtcatctgcggtttttatgctaaagggtgaaaatttactccc 302  Q
    ||||| |||| ||||||||| ||||||| ||||||  ||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||| ||||| ||||| ||    
T  5444316 gatttattcatgttggtctattgtgtgtgcaacagctaccggaaaataggcctaacatgtcatcggtggtttttatgttaaagggcgaaaagttacttcc 5444217  T
Q  303 caaaccaagtaaacccgggttctacgcaggaaaagat 339  Q
     ||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||    
T  5444216 gaaaccaagtgaacccgggttctacggaggaagagat 5444180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University